Fine time scaling of purifying selection on human nonsynonymous mtDNA mutations based on the worldwide population tree and mother-child pairs

A high-resolution mtDNA phylogenetic tree allowed us to look backward in time to investigate purifying selection. Purifying selection was very strong in the last 2,500 years, continuously eliminating pathogenic mutations back until the end of the Younger Dryas (∼11,000 years ago), when a large population expansion likely relaxed selection pressure. This was preceded by a phase of stable selection until another relaxation occurred in the out-of-Africa migration. Demography and selection are closely related: expansions led to relaxation of selection and higher pathogenicity mutations significantly decreased the growth of descendants. The only detectible positive selection was the recurrence of highly pathogenic nonsynonymous mutations (m.3394T>C-m.3397A>G-m.3398T>C) at interior branches of the tree, preventing the formation of a dinucleotide STR (TATATA) in the MT-ND1 gene. At the most recent time scale in 124 mother-children transmissions, purifying selection was detectable through the loss of mtDNA variants with high predicted pathogenicity. A few haplogroup-defining sites were also heteroplasmic, agreeing with a significant propensity in 349 positions in the phylogenetic tree to revert back to the ancestral variant. This nonrandom mutation property explains the observation of heteroplasmic mutations at some haplogroup-defining sites in sequencing datasets, which may not indicate poor quality as has been claimed.

Joint modelling of longitudinal and survival data on breast cancer

Tese de Doutoramento em Ciências (Especialidade em Matemática)

Longitudinal evaluation, acceptability and long-term retention of knowledge on a horizontally integrated organic and functional systems course

Undergraduate medical education is moving from traditional disciplinary basic science courses into more integrated curricula. Integration models based on organ systems originated in the 1950s, but few longitudinal studies have evaluated their effectiveness. This article outlines the development and implementation of the Organic and Functional Systems (OFS) courses at the University of Minho in Portugal, using evidence collected over 10 years. It describes the organization of content, student academic performance and acceptability of the courses, the evaluation of preparedness for future courses and the retention of knowledge on basic sciences. Students consistently rated the OFS courses highly. Physician tutors in subsequent clinical attachments considered that students were appropriately prepared. Performance in the International Foundations of Medicine examination of a self-selected sample of students revealed similar performances in basic science items after the last OFS course and 4 years later, at the moment of graduation. In conclusion, the organizational and pedagogical approaches of the OFS courses achieve high acceptability by students and result in positive outcomes in terms of preparedness for subsequent training and long-term retention of basic science knowledge.

Estudo longitudinal dos fatores associados à evolução de sintomas depressivos em idosos institucionalizados

Objetivos : Constatando que a depressão é comum em idosos institucionalizados, associando-se à solidão, à ansiedade e à afetividade, pretendemos descrever a evolução da depressão durante dois anos e verificar que fatores se associam a essa evolução. Métodos : Em um estudo de coorte prospectivo em dois momentos (2011 e 2013), avaliamos 83 idosos institucionalizados, com idade no primeiro momento entre os 60 e os 100 anos, sendo 79,5% mulheres, 86,7% sem companheiro(a), e 72,3% com algum grau de escolaridade. Usamos a Escala Geriátrica da Depressão (GDS), a Escala de Solidão (UCLA-L), o Inventário Geriátrico de Ansiedade (GAI) e a Lista de Afetos Positivos e Negativos (PANAS). Resultados: Verificamos que 59,0% mantiveram a depressão e 10,8% desenvolveram depressão. Os idosos com depressão tiveram significativamente piores resultados na UCLA, GAI e PANAS, e os não depressivos tiveram afetos positivos mais altos. Quanto à evolução da depressão, os idosos que mantiveram depressão tiveram inicialmente pontuações elevadas no GDS, GAI, UCLA e na subescala PANAS negativo e pontuações baixas na subescala PANAS positivo. Esses idosos apresentaram associadamente um agravamento dos sentimentos de solidão, dos sintomas ansiosos e do afeto negativo ao longo dos dois anos. Os que desenvolveram depressão tiveram, no primeiro momento, pontuações elevadas na UCLA. Conclusões: Os sintomas de depressão com ou sem solidão no momento inicial, o agravamento da solidão, a ansiedade, o afeto negativo e o baixo afeto positivo poderão ser fatores de risco para a manutenção da depressão. A solidão poderá ainda ser um fator de risco para o desenvolvimento de depressão.

Longitudinal analysis of tumor marker CEA of breast cancer patients from Braga's hospital

Allied to an epidemiological study of population of the Senology Unit of Braga’s Hospital that have been diagnosed with malignant breast cancer, we describe the progression in time of repeated measurements of tumor marker Carcinoembryonic antigen (CEA). Our main purpose is to describe the progression of this tumor marker as a function of possible risk factors and, hence, to understand how these risk factors influences that progression. The response variable, values of CEA, was analyzed making use of longitudinal models, testing for different correlation structures. The same covariates used in a previous survival analysis were considered in the longitudinal model. The reference time used was time from diagnose until death from breast cancer. For diagnostic of the models fitted we have used empirical and theoretical variograms. To evaluate the fixed term of the longitudinal model we have tested for a changing point on the effect of time on the tumor marker progression. A longitudinal model was also fitted only to the subset of patients that died from breast cancer, using the reference time as time from date of death until blood test.

Couple's willingness to donate embryos for research: a longitudinal study

Introduction. Decision-making on embryo disposition is a source of distress and is subject to change over time. This paper analyses the willingness of couples undergoing in vitro fertilization to donate cryopreserved embryos for research from 15 days after embryo transfer to 12 months later, taking into account the influence of psychosocial, demographic, and reproductive factors. Materials and methods. Prospective longitudinal study, with 74 heterosexual couples undergoing in vitro fertilization in a public fertility centre in Portugal, recruited between 2011 and 2012. Participants were evaluated twice: 15 days after embryo transfer and 12 months later. Results. A significant decrease in patients’ willingness to donate embryos for research over time was observed [86.5% to 73.6%; relative risk (RR) = 0.85; 95% CI 0.76–0.95]. A higher education level (>12 years) [adjusted RR (RRadj) = 0.79; 95% CI 0.64–0.96], considering research on human embryos to be important (vs. very important) (RRadj = 0.59; 95% CI 0.39–0.85) and practicing a religion less than once a month (vs. at least once a month) (RRadj = 0.73; 95% CI 0.53–1.00) seemed associated with unwillingness to donate embryos for research over time. Change towards non-donation happened mainly among couples who first considered that it was better to donate than wasting the embryos. Change towards donation occurred mostly among those stating that their priority at time 1 was to have a baby and who became pregnant in the meantime. Conclusions. Quality of care guided by patients’ characteristics, values, preferences, and needs calls for considering the factors and reasons underlying couples’ willingness to donate embryos for research over time as a topic in psychosocial guidelines for infertility and medically assisted reproductive care.

The alarm distress baby scale in a longitudinal Portuguese study reanalyzed with attachment data

Article first published online: 13 NOV 2013

Estudo cardiológico longitudinal em crianças expostas ao vírus da imunodeficiência humana tipo 1 por via perinatal

OBJETIVO: Determinação da freqüência das alterações cardíacas e sua evolução nas crianças expostas ao HIV-1 por via perinatal. MÉTODOS: Realizada avaliação seqüencial clínico-cardiológica, eletrocardiográfica e ecocardiográfica Doppler em 84 crianças expostas ao HIV-1. RESULTADOS: Grupo I (sororreversão) 43 crianças (51,2%). Ausência de alterações clínicas. ECG: distúrbio de condução de ramo direito 5 casos. ECO: CIA (1 caso) e CIV (1 caso). Grupo II 41 infectados (48,8%) com 51,2% de alterações cardiológicas. Crianças assintomáticas ou com sintomas leves, sem imunossupressão: alterações clínico-ecocardiográficas ausentes; ECG: distúrbio de condução de ramo direito (2 casos). Crianças com comprometimento clínico-imunológico moderado e severo: Alterações encontradas: 1) Clínicas (31,7%): taquicardia isolada (1 caso), ICC (12 casos). 2) Eletrocardiográficas (43,9%): taquicardia sinusal associada a outras alterações (10 casos), distúrbio de condução de ramo direito (5 casos), BDAS (1 caso), HBAD (1 caso), alterações da repolarização ventricular (11 casos), SVD (2 casos), SVE (1 caso), desvio do AQRS para direita (1 caso), arritmias (3 casos). 3) Ecocardiográficas (26,8%): miocardiopatia dilatada (5 casos), derrame pericárdico com tamponamento (2 casos), hipertensão pulmonar (2 casos) e prolapso da valva mitral (1 caso). CONCLUSÃO: O envolvimento cardíaco foi uma característica do grupo infectado. Houve maior prevalência de alterações nas crianças pertencentes à categoria clínico-imunológica mais avançada. Os achados clínicos, eletrocardiográficos e ecocardiográficos mais freqüentes foram, respectivamente, ICC, alterações da repolarização ventricular e miocardiopatia dilatada. Esta foi reversível em um caso. As alterações eletrocardiográficas foram significantemente mais freqüentes que as clínicas e ecocardiográficas.

Estudio longitudinal sobre los efectos de la música a altos niveles sonoros en adolescentes

Se plantea la realización de un estudio longitudinal, asimilable a un experimento de laboratorio, con el máximo control de variables independientes, a los fines de constituirse en modelo referencial con validez nacional e internacional en el campo de la normatización dentro de la temática pertinente. Se trabaja con dos grupos de adolescentes -de varones uno y de niñas el otro-, de dos escuelas de la ciudad de Córdoba a lo largo de cuatro años. Se plantea como finalidad conocer con precisión efectos auditivos de la exposición a altos niveles sonoros de música en discotecas durante el período de la adolescencia y su relación con variables físicas, psicosociales y ambientales, como moderadores. En la primera etapa se llevó a cabo el diseño y construcción de ambientes acústicamente apropiadas para los estudios audiológicos -cabinas audiométricas que cumplimentan requisitos de normas nacionales e internacionales para realizar estudios audimétricos en los rangos de frecuencias convencionales y extendido de altas frecuencias. La segunda parte, que se encuentra en desarrollo, se inició con la toma de pruebas a los adolescentes que cursaron en el Ciclo Lectivo 1998 el Tercer Año del CBU. Las pruebas son estudios audiométricos y pruebas psicosociales. En este período -año 1999- se continuará trabajando con el mismo grupo de jóvenes, quienes cursarán el Cuarto Año de estudios (primero del Ciclo de Especialización). A las pruebas antes mencionadas se incluirán estudios de inmisión sonora por dosimetría y monitoreo de niveles reales en el conducto auditivo externo por el uso de walkman y discman. Los objetivos planteados son: a) detectar problemas auditivos y su relación con variables moderadoreas de carácter físico, psicosocial y ambiental; b) obtener información temprana acerca de la sensibilidad auditiva de los grupos de adolescentes estudiados; c) comprobar si la audimetría en altas frecuencias es válida como predictora de los problemas auditivos inducidos por ruido; d) conocer los niveles de inmisión sonora y espectro de la música a que están expuestos los adolescentes en su asistencia a discotecas del medio; e) conocer niveles sonoros reales a que están expuestos los adolescentes que escuchan música con walkman o discman; f) desarrollar para el análisis de los niveles sonoros reales técnicas de medición objetivas as hoc; g) determinar desde los objetivos parciales anteriores en cuanto conjunto, la influencia que ejercen sobre la salud auditiva del grupo de adolescentes.

Modelos Mixtos-Aditivos Generalizados para el Estudio de Fenómenos Biológicos y Sociales Descriptos por Datos Agregados y/o Longitudinales. Generalized Mixed Additive Models for the Study of Biological and Social Phenomenons from Longitudinal and/or Aggregated Data.

Este proyecto propone extender y generalizar los procesos de estimación e inferencia de modelos aditivos generalizados multivariados para variables aleatorias no gaussianas, que describen comportamientos de fenómenos biológicos y sociales y cuyas representaciones originan series longitudinales y datos agregados (clusters). Se genera teniendo como objeto para las aplicaciones inmediatas, el desarrollo de metodología de modelación para la comprensión de procesos biológicos, ambientales y sociales de las áreas de Salud y las Ciencias Sociales, la condicionan la presencia de fenómenos específicos, como el de las enfermedades.Es así que el plan que se propone intenta estrechar la relación entre la Matemática Aplicada, desde un enfoque bajo incertidumbre y las Ciencias Biológicas y Sociales, en general, generando nuevas herramientas para poder analizar y explicar muchos problemas sobre los cuales tienen cada vez mas información experimental y/o observacional.Se propone, en forma secuencial, comenzando por variables aleatorias discretas (Yi, con función de varianza menor que una potencia par del valor esperado E(Y)) generar una clase unificada de modelos aditivos (paramétricos y no paramétricos) generalizados, la cual contenga como casos particulares a los modelos lineales generalizados, no lineales generalizados, los aditivos generalizados, los de media marginales generalizados (enfoques GEE1 -Liang y Zeger, 1986- y GEE2 -Zhao y Prentice, 1990; Zeger y Qaqish, 1992; Yan y Fine, 2004), iniciando una conexión con los modelos lineales mixtos generalizados para variables latentes (GLLAMM, Skrondal y Rabe-Hesketh, 2004), partiendo de estructuras de datos correlacionados. Esto permitirá definir distribuciones condicionales de las respuestas, dadas las covariables y las variables latentes y estimar ecuaciones estructurales para las VL, incluyendo regresiones de VL sobre las covariables y regresiones de VL sobre otras VL y modelos específicos para considerar jerarquías de variación ya reconocidas. Cómo definir modelos que consideren estructuras espaciales o temporales, de manera tal que permitan la presencia de factores jerárquicos, fijos o aleatorios, medidos con error como es el caso de las situaciones que se presentan en las Ciencias Sociales y en Epidemiología, es un desafío a nivel estadístico. Se proyecta esa forma secuencial para la construcción de metodología tanto de estimación como de inferencia, comenzando con variables aleatorias Poisson y Bernoulli, incluyendo los existentes MLG, hasta los actuales modelos generalizados jerárquicos, conextando con los GLLAMM, partiendo de estructuras de datos correlacionados. Esta familia de modelos se generará para estructuras de variables/vectores, covariables y componentes aleatorios jerárquicos que describan fenómenos de las Ciencias Sociales y la Epidemiología.

Avaliação da função sistólica longitudinal na insuficiência cardíaca com fração de ejeção normal

FUNDAMENTO: A insuficiência cardíaca com fração de ejeção normal (ICFEN) é hoje o modelo mais prevalente de IC em diferentes estudos epidemiológicos, e anormalidades na função sistólica de grau leve (subclínica) têm sido observadas nesses pacientes quando a contratilidade do ventrículo esquerdo (VE) é avaliada no eixo longitudinal (S') pelo ecocardiograma Doppler tecidual (EDT), mesmo na presença de fração de ejeção do VE normal. OBJETIVO: Avaliar se pacientes com diagnóstico de ICFEN, de acordo com os novos critérios da Sociedade Europeia de Cardiologia, apresentam alterações da função sistólica constatada pela medida de S' quando comparados com os pacientes em que a ICFEN não foi confirmada. MÉTODOS: Cento e dezoito pacientes com sinais ou sintomas de IC foram submetidos a dosagem de BNP e ao EDT com medidas da velocidade do eixo longitudinal na sístole (S') e diástole (E') e medidas do fluxo transmitral durante a diástole (E,A). RESULTADOS: ICFEN foi confirmada em 38 pacientes (32,2%). O pico da velocidade miocárdica durante a sístole (S') e a velocidade miocárdica no inicio da diástole (E') estavam significativamente diminuídas em pacientes com ICFEN em relação aos pacientes em que a ICFEN foi excluída (7,8 ± 2,3 cm/s vs 9,4 ± 2,5 cm/s p=0,002 - 7,7 ± 2,6 cm/s vs 9,4 ± 2,5 cm/s-p=0,001). Valores médios de BNP foram mais elevados em pacientes com ICFEN (140,5 ± 122,4 pg/ml vs 23,1 ± 25,0 pg/ml p< 0,0001). S' se correlacionou de modo significativo com E' (r=0,457 - p< 0,0001) mostrando uma forte ligação entre contração e relaxamento ventricular. CONCLUSÃO: Nossos achados mostram redução da função sistólica, quando avaliada pelo S', na ICFEN, existindo correlação linear entre o grau de disfunção sistólica (S') e diastólica (E/E'e E').

Transitions to fatherhood in East Germany in the 1990s : psychological determinants of childbearing and the meaning of entering into parenthood for young adults from Rostock ; an event-history and qualitative composite investigation within the Rostock longitudinal survey

East Germany, men, fertility, first births, event history analysis, problem-centered interviews, methodical integration, triangulation, social psychology, gender

Efeito da velocidade de operação do arado de discos, de arrasto, na componente longitudinal do esforço tratório, em solo de classe textural areia

O presente trabalho foi realizado com o propósito de estudar o efeito do aumento de velocidade sobre os valores da componente longitudinal do esforço tratório. Foi usado um arado de discos, de arrasto. Para a medição da componente longitudinal do esforço tratório foi utilizado um dispositivo de acoplamento na barra do trator, onde foi inserido um dinamômetro eletromecânico PIAB. Os ensaios foram realizados, em condições de campo, em um solo de classe textural areia. As velocidades de deslocamento foram em número de 4:2,86 km/h, 3,61 km/h, 4,74 km/h e 6,64 km/h. Nas condições em que foram realizados os ensaios, determinou-se a seguinte equação: K = 2,64 v + 62,88, sendo K = força específica média em kgf/dm² e v = velocidade de deslocamento em km/h.

Size and scaling in the Indian frogs Nyctibatrachus and Nannobatrachus (Ranidae) : a contribution in celebration of the distinguished scholarship of Robert F. Inger on the occasion of his sixty-fifth birthday / H. Bradley Shaffer.

n.s. no.46(1988)

Les Actituds del professorat de l'ESO vers les pràctiques inclusives: un estudi longitudinal

En aquest treball s’exposa l’estudi realitzat en un centre educatiu ordinari d’Educació Secundària Obligatòria. En aquest centre, el curs acadèmic 2002-2003 s’hi implanten dues unitats d’educació especial amb la finalitat d’aconseguir una escolarització amb un caràcter més normalitzat per als alumnes que les integren. Fruit d’aquesta implantació se’ns ofereix l’oportunitat de realitzar un estudi al voltant del funcionament d’aquest procés. Degut a la importància que tenen en els processos d’aquesta índole, entre d’altres motius, decidim decantar-nos per l’estudi de les actituds del professorat vers les pràctiques inclusives. Així doncs en aquest treball s’hi recullen quines són les actituds dels professorat d’aquest IES, en dos moments diferents al llarg del temps, al voltant de diferents aspectes relacionats amb les pràctiques inclusives, l’instrument dissenyat per a recollir aquestes actituds, així com també les pràctiques amb caràcter inclusiu que s’han dut a terme en aquest IES.