Soft Computing Approach for Optimization of siRNA Efficiency Prediction for Post-transcriptional Gene Silencing

Post-transcriptional gene silencing by RNA interference is mediated by small interfering RNA called siRNA. This gene silencing mechanism can be exploited therapeutically to a wide variety of disease-associated targets, especially in AIDS, neurodegenerative diseases, cholesterol and cancer on mice with the hope of extending these approaches to treat humans. Over the recent past, a significant amount of work has been undertaken to understand the gene silencing mediated by exogenous siRNA. The design of efficient exogenous siRNA sequences is challenging because of many issues related to siRNA. While designing efficient siRNA, target mRNAs must be selected such that their corresponding siRNAs are likely to be efficient against that target and unlikely to accidentally silence other transcripts due to sequence similarity. So before doing gene silencing by siRNAs, it is essential to analyze their off-target effects in addition to their inhibition efficiency against a particular target. Hence designing exogenous siRNA with good knock-down efficiency and target specificity is an area of concern to be addressed. Some methods have been developed already by considering both inhibition efficiency and off-target possibility of siRNA against agene. Out of these methods, only a few have achieved good inhibition efficiency, specificity and sensitivity. The main focus of this thesis is to develop computational methods to optimize the efficiency of siRNA in terms of “inhibition capacity and off-target possibility” against target mRNAs with improved efficacy, which may be useful in the area of gene silencing and drug design for tumor development. This study aims to investigate the currently available siRNA prediction approaches and to devise a better computational approach to tackle the problem of siRNA efficacy by inhibition capacity and off-target possibility. The strength and limitations of the available approaches are investigated and taken into consideration for making improved solution. Thus the approaches proposed in this study extend some of the good scoring previous state of the art techniques by incorporating machine learning and statistical approaches and thermodynamic features like whole stacking energy to improve the prediction accuracy, inhibition efficiency, sensitivity and specificity. Here, we propose one Support Vector Machine (SVM) model, and two Artificial Neural Network (ANN) models for siRNA efficiency prediction. In SVM model, the classification property is used to classify whether the siRNA is efficient or inefficient in silencing a target gene. The first ANNmodel, named siRNA Designer, is used for optimizing the inhibition efficiency of siRNA against target genes. The second ANN model, named Optimized siRNA Designer, OpsiD, produces efficient siRNAs with high inhibition efficiency to degrade target genes with improved sensitivity-specificity, and identifies the off-target knockdown possibility of siRNA against non-target genes. The models are trained and tested against a large data set of siRNA sequences. The validations are conducted using Pearson Correlation Coefficient, Mathews Correlation Coefficient, Receiver Operating Characteristic analysis, Accuracy of prediction, Sensitivity and Specificity. It is found that the approach, OpsiD, is capable of predicting the inhibition capacity of siRNA against a target mRNA with improved results over the state of the art techniques. Also we are able to understand the influence of whole stacking energy on efficiency of siRNA. The model is further improved by including the ability to identify the “off-target possibility” of predicted siRNA on non-target genes. Thus the proposed model, OpsiD, can predict optimized siRNA by considering both “inhibition efficiency on target genes and off-target possibility on non-target genes”, with improved inhibition efficiency, specificity and sensitivity. Since we have taken efforts to optimize the siRNA efficacy in terms of “inhibition efficiency and offtarget possibility”, we hope that the risk of “off-target effect” while doing gene silencing in various bioinformatics fields can be overcome to a great extent. These findings may provide new insights into cancer diagnosis, prognosis and therapy by gene silencing. The approach may be found useful for designing exogenous siRNA for therapeutic applications and gene silencing techniques in different areas of bioinformatics.

Qu?? es un Di??logo Socr??tico?

Resumen tomado de la publicaci??n

Cat??logo ayudas t??cnicas

Cat??logo que recoge las ayudas t??cnicas que facilita la Consejer??a de Educaci??n, ciencia e Investigaci??n de la Regi??n de Murcia, destinadas a los alumnos con necesidades educativas especiales. Se especifican las caracter??sticas t??cnicas, medidas, destinatarios y objetivos de uso de las mismas. El objetivo del presente Cat??logo es que todos los profesionales que trabajan con alumnos con necesidades educativas especiales (acnees) conozcan la existencia de estas ayudas t??cnicas y el tipo de alumno a quien van dirigidas, con el fin de que una vez detectada la necesidad puedan solicitarlas f??cilmente. As?? mismo se especifican las caracter??sticas t??cnicas y medidas de cada ayuda, estableciendo un sistema de c??digos seg??n medidas y accesorios, con el fin de poder concretar al m??ximo el tipo de material necesario y agilizar el procedimiento de dotaci??n. Se recogen en anexos el procedimiento de solicitud y los formularios

El di??logo como estrategia de educaci??n en valores c??vicos : un estudio etnogr??fico en Primaria

Analizar el estado de la cuesti??n de la educaci??n en valores en Educaci??n Primaria. Describir el contexto espec??fico en el que se asienta la investigaci??n. Explorar las posibilidades de educar en valores a trav??s del di??logo en un aula de Educaci??n Primaria. Establecer orientaciones sobre la educaci??n en valores en Educaci??n Primaria. El modelo metodol??gico elegido es la etnograf??a educativa y el m??todo de la investigaci??n es el estudio de caso. La investigaci??n se ha centrado en un estudio de caso ??nico: el estudio en profundidad de un aula de Educaci??n Primaria, realizando la investigadora una observaci??n participante. El centro educativo elegido es el CP Germ??n Fern??ndez Ramos de Oviedo, popularmente conocido como CP Villar Pando, y el aula corresponde a quinto curso, al que acuden veinticinco alumnos, quince ni??os y diez ni??as, de entre nueve y once a??os. De ellos, el 40 por ciento son inmigrantes. La propuesta que se hace en este estudio es que a trav??s del di??logo entre todos los miembros del aula pueden abordarse en profundidad los m??s diversos asuntos morales. El di??logo en el aula permite crear un clima de trabajo muy rico en el que se pueden abordar infinitas tem??ticas de educaci??n en valores, creando un medio reflexivo, en el que confluyan ideas previas sobre el tema, conocimientos acad??micos, experiencias, etc.. El trabajo etnogr??fico ha permitido indagar sobre el enfoque dial??gico de educaci??n en valores en Primaria y los resultados permiten establecer las siguientes conclusiones: 1) El di??logo est?? sometido a normas; 2) No son precisos sofisticados materiales educativos; 3) Permite plantear la educaci??n en valores de manera contextualizada; 4) Permite abordar la educaci??n en valores de modo transversal; 5) Permite desarrollar una ense??anza 'no infantilizadora'; 6) La ense??anza de valores c??vicos no tiene por qu?? ser una actividad acad??mica en sentido estricto; 7) La ense??anza de valores se puede abordar racionalmente; 8) Es una forma de aprender cooperativa, comunitaria; 9) Permite ense??ar al alumnado a dialogar; 10) Se favorece el pensamiento libre y aut??nomo; 11) La metodolog??a dial??gica en educaci??n en valores permite abordar en profundidad diversos contenidos acad??micos; 12) Coherencia entre teor??a-pr??ctica; y 13) Positiva valoraci??n de los implicados.

Cat??logo de ??rboles y arbustos

Los profesores del Departamento de Biolog??a y Geolog??a de este IES elaboraron esta gu??a como ayuda a aquellos que se acercan por primera vez al conocimiento de los ??rboles y arbustos de su entorno m??s cercano, aquel que se circunscribe a los jardines del Instituto y al ??rea recreativa pr??xima, ambos situados en Vegadeo (Asturias). La mayor parte de las especies descritas son plantas cultivadas procedentes de jardines y viveros cuya utilizaci??n ornamental se encuentra muy extendida por lo que a pesar no formar parte de la flora aut??ctona de Asturias su presencia en calles y parques urbanos es tan com??n que no resultan extra??as al observador. Este material forma parte de un programa del Departamento, en el que adem??s de visitas, salidas, estudios fuera del recinto y tareas de mantenimiento del jard??n del IES se editaron varios trabajos relacionados con el mismo. En ??l se encuentran una introducci??n explicativa a la gu??a; el cat??logo de ??rboles y arbustos (nombre popular, nombre cient??fico, clasificaci??n, descripci??n, h??bitat, origen y distribuci??n, usos, ilustraciones); un glosario, un ??ndice de especies, clave dicot??mica para principiantes y un plano del ??rea catalogado con la ubicaci??n de cada especie.

Política exterior de China en África subsahariana a la luz del concepto de soft-power. Un análisis de Angola, Nigeria y Sudán en el período 2002-2009.

La monografía analiza la política exterior de China en África subsahariana a la luz de las políticas blandas implementadas por China en la región y su relación con los intereses nacionales chinos; específicamente en Angola, Nigeria y Sudán en el período 2002 – 2009.

El Soft Power para la construccion y el posicionamiento hegemonico de Venezuela a traves de la Alianza Bolivariana de las Americas (ALBA), 2005-2008

Este documento muestra la posibilidad del resurgimiento de la teoria del Soft Power en el siglo XXI en Latinoamerica, especificamente en Venezuela. Se desarrolla la idea de la construccion y el posicionamiento hegemonico de Venezuela a traves de la Naturaleza cambiante del poder y sus recursos intangibles. Todo esto aplicado a traves del ALBA en el periodo de 2005 a 2008.

Análisis del Soft Power como estrategia de política exterior para el mantenimiento de la condición hegemónica de Estados Unidos en el Sistema Internacional. (periodo 2000- primer semestre de 2011)

Estados Unidos ha tenido un papel protagónico y determinante en el Sistema Internacional en especial durante el periodo de la Guerra Fría, en el cual logró su status hegemónico. Es por esto, que su influencia en el mundo se ha ido configurando y el Soft Power como elemento de poder ha permitido plantear los objetivos y metas en torno a su política interna y su Política exterior, lo cual ha beneficiado su condición como superpotencia.

eHandbook cube logo source files

The source files and full sized renders of the main eHandbook 'cube' (both Photoshop and .png format). Created by David Davies and Dr Matt Jones.

eHandbook title logo source files

Source files (Photoshop .psd) and full sized .png of the eHandbook title logo.

Soft Sytems Modelling

This presentation introduces Soft Systems Modelling as a technique to support investigating the behaviour of dynamic systems in the real world. It combines techniques from General Systems Theory, Soft Systems Methodolgy and Critical Systems Heuristics. Personas and Scenarios are used as a technique for exploring the motivations of stakeholders in the systems.