Iis--integrated Interactome System: A Web-based Platform For The Annotation, Analysis And Visualization Of Protein-metabolite-gene-drug Interactions By Integrating A Variety Of Data Sources And Tools.

High-throughput screening of physical, genetic and chemical-genetic interactions brings important perspectives in the Systems Biology field, as the analysis of these interactions provides new insights into protein/gene function, cellular metabolic variations and the validation of therapeutic targets and drug design. However, such analysis depends on a pipeline connecting different tools that can automatically integrate data from diverse sources and result in a more comprehensive dataset that can be properly interpreted. We describe here the Integrated Interactome System (IIS), an integrative platform with a web-based interface for the annotation, analysis and visualization of the interaction profiles of proteins/genes, metabolites and drugs of interest. IIS works in four connected modules: (i) Submission module, which receives raw data derived from Sanger sequencing (e.g. two-hybrid system); (ii) Search module, which enables the user to search for the processed reads to be assembled into contigs/singlets, or for lists of proteins/genes, metabolites and drugs of interest, and add them to the project; (iii) Annotation module, which assigns annotations from several databases for the contigs/singlets or lists of proteins/genes, generating tables with automatic annotation that can be manually curated; and (iv) Interactome module, which maps the contigs/singlets or the uploaded lists to entries in our integrated database, building networks that gather novel identified interactions, protein and metabolite expression/concentration levels, subcellular localization and computed topological metrics, GO biological processes and KEGG pathways enrichment. This module generates a XGMML file that can be imported into Cytoscape or be visualized directly on the web. We have developed IIS by the integration of diverse databases following the need of appropriate tools for a systematic analysis of physical, genetic and chemical-genetic interactions. IIS was validated with yeast two-hybrid, proteomics and metabolomics datasets, but it is also extendable to other datasets. IIS is freely available online at: http://www.lge.ibi.unicamp.br/lnbio/IIS/.

Acoplamentos: um estudo sobre a intera????o entre humanos e computadores

Este estudo investiga a intera????o dos humanos com os computadores pessoais. A partir dos inc??modos produzidos por esses encontros, na primeira parte estuda-se a produ????o da m??quina ???amig??vel??? ??? que insinua compara????es com a mente humana ??? e seus fortes efeitos nas transforma????es culturais do final do s??culo XX. Na segunda parte do trabalho, a partir de entrevistas de trabalhadores falando sobre sua aprendizagem b??sica do uso de computadores pessoais, faz-se uma an??lise das principais concep????es sobre a rela????o homem-t??cnica que est??o influenciando a intera????o humano-computador. Com isso fica evidenciado o papel do computador na crise do sujeito moderno, e afirma-se a necessidade de se pensar a subjetividade para al??m da cl??ssica divis??o sujeito-objeto, homem m??quina, natureza-artif??cio... o que aponta para a id??ia de acoplamentos flex??veis entre humanos e computadores e pede por uma no????o de aprendizagem que acolha a cria????o de problemas como seu aspecto mais rico.

Cognitive intervention protocol for age-related memory impairments

With the number of elderly people increasing tremendously worldwide, comes the need for effective methods to maintain or improve older adults' cognitive performance. Using continuous neurofeedback, through the use of EEG techniques, people can learn how to train and alter their brain electrical activity. A software platform that puts together the proposed rehabilitation methodology has been developed: a digital game protocol that supports neurofeedback training of alpha and theta rhythms, by reading the EEG activity and presenting it back to the subject, interleaved with neurocognitive tasks such as n-Back and Corsi Block-Tapping. This tool will be used as a potential rehabilitative platform for age-related memory impairments.

Intelligent SCADA for load control

A supervisory control and data acquisition (SCADA) system is an integrated platform that incorporates several components and it has been applied in the field of power systems and several engineering applications to monitor, operate and control a lot of processes. In the future electrical networks, SCADA systems are essential for an intelligent management of resources like distributed generation and demand response, implemented in the smart grid context. This paper presents a SCADA system for a typical residential house. The application is implemented on MOVICON™11 software. The main objective is to manage the residential consumption, reducing or curtailing loads to keep the power consumption in or below a specified setpoint, imposed by the costumer and the generation availability.

Desenvolvimento do sistema de protecção, monitorização e gestão de baterias de iões de lítio do tipo LiFePO4 para aplicação em veículos eléctricos

A mobilidade é considerada um dos factores chave na sustentabilidade e desenvolvimento de qualquer economia. Em Portugal essa realidade não é diferente. Em 2011 verifica-se que 41% do consumo global de combustíveis pertence ao sector rodoviário [1] o que evidencia a sua relevância na economia do país. No que concerne aos veículos de tracção eléctrica, começaram a surgir nos finais do séc. XIX, e no início do séc. XX nos Estados Unidos da América representavam 38% dos veículos [2]. Diversos factores económicos e tecnológicos conduziram a um crescente desinteresse por parte da indústria em investir na produção deste tipo de veículos. Contudo com a introdução de baterias de iões de lítio em veículos de tracção eléctrica, torna-os viáveis e competitivos. Neste trabalho é proposto o desenvolvimento de um sistema de gestão de baterias de iões de lítio do tipo LiFePO4 para aplicação em veículos eléctricos. O sistema deverá assegurar a protecção das baterias e indicar o estado de carga das mesmas. Este sistema permitirá uma optimização no uso deste género de baterias, proporcionará uma melhor utilização, aumentando a sua vida útil. O sistema irá ser aplicado e testado experimentalmente no veículo eléctrico ecológico (Veeco). No âmbito do projecto Veeco foi projectado e construído um banco de ensaios utilizado na análise do comportamento das baterias, e determinar quais os requisitos necessários para o sistema de gestão desenvolvido. Foi também projectado e realizado um sistema de aquisição e processamento de dados que permite obter informações acerca da bateria, dados que estarão disponíveis no interface Homem-máquina do Veeco.

Safety high accuracy Context-Aware Matrix (CAM) making based on X.509 proxy certificate

Human Computer Interaction (HCl) is to interaction between computers and each person. And context-aware (CA) is very important one of HCI composition. In particular, if there are sequential or continuous tasks between users and devices, among users, and among devices etc, it is important to decide the next action using right CA. And to take perfect decision we have to get together all CA into a structure. We define that structure is Context-Aware Matrix (CAM) in this article. However to make exact decision is too hard for some problems like low accuracy, overhead and bad context by attacker etc. Many researcher has been studying to solve these problems. Moreover, still it has weak point HCI using in safety. In this Article, we propose CAM making include best selecting Server in each area. As a result, moving users could be taken the best way.

Estudo e implementação piloto de um sistema SCADA na Swedwood Portugal

A realização desta Tese/Dissertação tem como objectivo o estudo e implementação piloto de um Sistema de Supervisão e Aquisição de dados (SCADA) na Swedwood Portugal, na qual exerço as funções de Engenheiro de Processo nas linhas de montagem de mobiliário. Foi efectuado um estudo das necessidades da empresa relativamente às melhorias dos processos das linhas de montagem, com o intuito de melhorar a montagem do semi-produto, a nível de qualidade das matérias-primas, operação e desempenho de equipamentos. Chegou-se à conclusão que existe uma grande necessidade de controlar a qualidade das matérias-primas utilizadas na construção do semi-produto em tempo real, de modo a que seja possível diminuir a complexidade na recolha atempada de amostras por parte dos elementos de operação e diminuir o atraso da entrega de resultados das amostras por parte do laboratório. A colagem é um elemento crítico na montagem do semi-produto, devido às variações de viscosidade da cola, consequência das variações climatéricas a que foi sujeita, desde a saída do fornecedor até à sua utilização nas linhas de montagem. Para tal concebeu-se uma solução para dar uma resposta mais rápida no controlo de qualidade da cola à base de acetato de polivinil (PVAC), ou seja, a implementação piloto de um sistema SCADA na sala de colas, de modo a que haja um controlo a nível de temperatura e humidade, controlo de viscosidade em tempo real e controlo do nível da cola na cuba, fazendo com que haja só uma supervisão por parte dos elementos de operação. Optou-se por um conjunto de hardware e software da SIMATIC desenvolvido pela Siemens, para elaboração da programação e desenvolvimento da Interface Homem Máquina (HMI).

Realidade aumentada aplicada ao processo de ensino/aprendizagem. Estudo de caso.

Nas últimas décadas temos assistido a um avanço tecnológico a todos os níveis mas com particular incidência ao nível do hardware e dos dispositivos móveis. Estes tornaram-­‐se cada vez mais leves e mais baratos, e transferiram-­‐se do escritório para o carro, para os equipamentos e para os utensílios. A quantidade de informação (digital) disponível no meio envolvente aumentou de forma exponencial exigindo uma resposta tecnológica com o intuito de melhorar/facilitar o seu acesso e assimilação. É aqui que surge o conceito de Realidade Aumentada a funcionar como uma ponte de ligação entre o real e o digital convidando a novos modelos de interacção com o utilizador. A sua incorporação visa essencialmente tornar os sistemas mais usáveis diminuindo a carga cognitiva inerente à sua utilização. Este trabalho apresenta um estudo de caso, propondo um modelo para a construção de um Objecto de Aprendizagem com recurso a Realidade Aumentada especificamente para a área da saúde. O problema identificado nesta dissertação procura investigar se a integração de técnicas de Realidade Aumentada combinadas com técnicas multimédia e outros materiais convencionais podem contribuir para uma maior motivação e percepção cooperando para a construção de conhecimento.

Edição gráfica de layout fabril no apoio ao planeamento e controlo da produção

O contributo da área de investigação Interacção Humano-Computador (HCI) está patente não só na qualidade da interacção, mas também na diversificação das formas de interacção. A HCI define-se como sendo uma disciplina que se dedica ao desenho, desenvolvimento e implementação de sistemas de computação interactivos para uso humano e estudo dos fenómenos relevantes que os rodeiam. Pretende-se, no âmbito desta tese de mestrado, o desenvolvimento de um Editor Gráfico de Layout Fabril a integrar num SAD para suporte ao Planeamento e Controlo da Produção. O sistema deve ser capaz de gerar um layout fabril do qual constam, entre outros objectos, as representações gráficas e as respectivas características/atributos do conjunto de recursos (máquinas/processadores) existentes no sistema de produção a modelar. O módulo desenvolvido será integrado no projecto de I&D ADSyS (Adaptative Decision Support System for Interactive Scheduling with MetaCognition and User Modeling Experience), melhorando aspectos de interacção referentes ao sistema AutoDynAgents, um dedicado ao escalonamento, planeamento e controlo de produção. Foi realizada a análise de usabilidade a este módulo com a qual se pretendeu realizar a respectiva avaliação, através da realização de um teste de eficiência e do preenchimento de um inquérito, da qual se identificaram um conjunto de melhorias e sugestões a serem consideradas no refinamento deste módulo.

Towards the detection of deception in interactive multimedia environments

A classical application of biosignal analysis has been the psychophysiological detection of deception, also known as the polygraph test, which is currently a part of standard practices of law enforcement agencies and several other institutions worldwide. Although its validity is far from gathering consensus, the underlying psychophysiological principles are still an interesting add-on for more informal applications. In this paper we present an experimental off-the-person hardware setup, propose a set of feature extraction criteria and provide a comparison of two classification approaches, targeting the detection of deception in the context of a role-playing interactive multimedia environment. Our work is primarily targeted at recreational use in the context of a science exhibition, where the main goal is to present basic concepts related with knowledge discovery, biosignal analysis and psychophysiology in an educational way, using techniques that are simple enough to be understood by children of different ages. Nonetheless, this setting will also allow us to build a significant data corpus, annotated with ground-truth information, and collected with non-intrusive sensors, enabling more advanced research on the topic. Experimental results have shown interesting findings and provided useful guidelines for future work. Pattern Recognition

Evaluation of distinct input methods of an intelligent wheelchair in simulated and real environments: a performance and usability study

This paper focuses on evaluating the usability of an Intelligent Wheelchair (IW) in both real and simulated environments. The wheelchair is controlled at a high-level by a flexible multimodal interface, using voice commands, facial expressions, head movements and joystick as its main inputs. A Quasi-experimental design was applied including a deterministic sample with a questionnaire that enabled to apply the System Usability Scale. The subjects were divided in two independent samples: 46 individuals performing the experiment with an Intelligent Wheelchair in a simulated environment (28 using different commands in a sequential way and 18 with the liberty to choose the command); 12 individuals performing the experiment with a real IW. The main conclusion achieved by this study is that the usability of the Intelligent Wheelchair in a real environment is higher than in the simulated environment. However there were not statistical evidences to affirm that there are differences between the real and simulated wheelchairs in terms of safety and control. Also, most of users considered the multimodal way of driving the wheelchair very practical and satisfactory. Thus, it may be concluded that the multimodal interfaces enables very easy and safe control of the IW both in simulated and real environments.

Concepção de uma aplicação móvel no âmbito da ecologia e sustentabilidade ambiental

Trabalho de projeto apresentado à Escola Superior de Comunicação Social como parte dos requisitos para obtenção de grau de mestre em Audiovisual e Multimédia.

Learning with tangible interfaces

Trabalho apresentado no âmbito do Mestrado em Engenharia Informática, como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática

Avaliação da Usabilidade de um Projeto de eHealth, enquadrado na visão europeia de Health Technology Assessment (HTA)

Trabalho de projeto apresentado à Escola Superior de Comunicação Social como parte dos requisitos para obtenção de grau de mestre em Audiovisual e Multimédia.