Correlating Bayesian date estimates with climatic events and domestication using a bovine case study

The tribe Bovini contains a number of commercially and culturally important species, such as cattle. Understanding their evolutionary time scale is important for distinguishing between post-glacial and domestication-associated population expansions, but estimates of bovine divergence times have been hindered by a lack of reliable calibration points. We present a Bayesian phylogenetic analysis of 481 mitochondrial D-loop sequences, including 228 radiocarbon-dated ancient DNA sequences, using a multi-demographic coalescent model. By employing the radiocarbon dates as internal calibrations, we co-estimate the bovine phylogeny and divergence times in a relaxed-clock framework. The analysis yields evidence for significant population expansions in both taurine and zebu cattle, European aurochs and yak clades. The divergence age estimates support domestication-associated expansion times (less than 12 kyr) for the major haplogroups of cattle. We compare the molecular and palaeontological estimates for the Bison-Bos divergence.

Productivity of crossbred dairy cows suckling their calves for 12 or 24 weeks post calving

An experiment on restricted suckling of crossbred dairy cows was conducted at the Livestock Research Centre, Tanga in northeast Tanzania. Thirty-six Bos taurus (Holstein Friesian and Jersey) x Bos indicus (East African Zebu) cows were allocated alternately as they calved to suckling their calves for either 12 or 24 weeks after calving. Cows grazed improved pastures and were offered 4 kg concentrate daily. Milking occurred twice daily by hand; calves were allowed to suck residual milk for 30 min following each milking. Calves were also allowed access to grazing and were offered a maximum of I kg concentrate daily to 24 weeks of age. Weaning age had no significant effect on lactation milk yield for human consumption, the mean (SE) yield being 1806 (102.0) L and 1705 (129. 1) L for 12- and 24-week weaning, respectively. Cows from the two treatments suffered similar losses of live weight and body condition score during lactation and neither group had returned to the original body condition score 40 weeks following calving. Post-partum anoestrous intervals were prolonged. Although not significant, cows suckling calves to 24 weeks had a mean interval to first oestrus extended by 38 days compared with cows suckling calves to 12 weeks. The mean (SE) daily live weight gains of the calves to 52 weeks were 263 (14.1) g/day and 230 (18.1) g/day for calves weaned at 12 and 24 weeks, respectively, such that 12-month weights were 119 (5.6) kg and 110 (7.3) kg, respectively. Twelve-week-weaned calves consumed more concentrate (p < 0.05) from 13 to 24 weeks than did 24-week weaned calves. Calculation of residual milk consumption removed by calves from birth to 12 weeks indicated that it accounted for 28% of total yield. No benefits in cow and calf performance and welfare were found to justify prolonging the suckling period to 24 weeks.

Evaluation of PCR to detect Theileria parva in field-collected tick and bovine samples in Tanzania

The ability of PCR to detect infections of Theileria parva, the cause of East Coast Fever, in field-collected tick and bovine samples from Tanzania was evaluated. PCR-detected infection prevalence was high (15/20, 75%) in unfed adult Rhipicephalus appendiculatus ticks that fed as nymphs on an acutely-infected calf, but low (22/836, 2.6%) in unfed adult R. appendiculatus collected from field sites in Tanzania. Tick infection prevalence was comparable to that in previous studies that used salivary gland staining to detect T parva infection in field-collected host-seeking ticks. Of 282 naturally-exposed zebu calves, seven had PCR-positive buffy coat samples prior to detection of Theileria spp. parasites in stained huffy coat cells or lymph node biopsies. Evidence of Theileria spp. infections was detected in stained smears of lymph node biopsies from 109 calves (38.6%) and huffy coat samples from 81 (28.7%), while huffy coat samples from 66 (23.4%) were PCR-positive for T parva. Implications of these findings for the sensitivity and specificity of the PCR are discussed. (C) 2003 Elsevier Science B.V. All rights reserved.

A cross-sectional study of reproductive performance of smallholder dairy cows in coastal Tanzania

A retrospective cross-sectional study was conducted on 200 randomly selected smallholder farms from a mixed dairy farming system in Tanga, Tanzania, between January and April 1999. We estimated the frequency and determinants of long calving interval (LCI), retention of fetal membrane (RFM), dystocia, and abortion in smallholder crossbred cattle and explored birth trends. The mean calving interval was 500 days and birth rate was 65 per 100 cow-years. Dystocia was reported to affect 58% of calvings, and 17.2% of animals suffered RFM. Using mixed effect models, the variables associated with LCI, RFM and dystocia were breed, level of exotic blood and condition score. Zebu breeding was associated with LCI (odds ratio (OR) = 2.3, p = 0.041) and Friesian breeding with lower odds for RF (OR = 0.26, p = 0.020). Animals with higher levels of exotic blood had lower odds for evidence of dystocia (OR = 0.45, p = 0.021). Evidence of dystocia was significantly associated with poor condition score (beta = -1.10, p = 0.001). Our observations suggest that LCIs are common in smallholder dairy farms in this region and a likely source of economic loss. Dystocia, RFM, poor condition score and mineral deficiency were common problems and were possibly linked to LCI.

Alternative strategies for activation of the natural lactoperoxidase system in cows' milk: trials in Tanzania

Thiocyanate content and lactoperoxidase activity of individual cow's milk of different breeds were determined, and the effects of different lactoperoxidase system (LP-s) activation strategies were compared. Lactoperoxidase activity varied significantly between Friesian and both Ayrshire and Tanzania Short Horn Zebu (TSHZ), but differences between Ayrshire and TSHZ were not significant. There was no significant variation in SCN- content between breeds. The LP-s was activated using three strategies based on SCN-: namely; equal concentrations of SCN- and H2O2 (7:7, 10:10, 15 :15 mg/l), excess SCN- concentrations (15:10, 20:10, 25:10 mg SCN-: H2O2/I), and excess H2O2 concentrations (10:15, 10:20, 10:25 mg SCN-: H2O2/I), plus a fourth strategy based on I- (15 : 15 mg I- : H2O2/I). The keeping quality (KQ) was assessed using pH, titratable acidity, clot on boiling and alcohol stability tests. All activation strategies enhanced the shelf life of milk (typically increasing KQ from around 10 to around 20 h), but it was clear that the effectiveness of the LP-s depends on the type and concentrations of the activators of the system. The LP-s activated using I- as an electron donor was more effective than the LP-s activated using SCN- as an electron donor, increasing the KQ by a further 6-8 h compared with SCN-.

Assessment of inbreeding depression in a Guzerat dairy herd: Effects of individual increase in inbreeding coefficients on production and reproduction

Influences of inbreeding on daily milk yield (DMY), age at first calving (AFC), and calving intervals (CI) were determined on a highly inbred zebu dairy subpopulation of the Guzerat breed. Variance components were estimated using animal models in single-trait analyses. Two approaches were employed to estimate inbreeding depression: using individual increase in inbreeding coefficients or using inbreeding coefficients as possible covariates included in the statistical models. The pedigree file included 9,915 animals, of which 9,055 were inbred, with an average inbreeding coefficient of 15.2%. The maximum inbreeding coefficient observed was 49.45%, and the average inbreeding for the females still in the herd during the analysis was 26.42%. Heritability estimates were 0.27 for DMY and 0.38 for AFC. The genetic variance ratio estimated with the random regression model for CI ranged around 0.10. Increased inbreeding caused poorer performance in DMY, AFC, and CI. However, some of the cows with the highest milk yield were among the highly inbred animals in this subpopulation. Individual increase in inbreeding used as a covariate in the statistical models accounted for inbreeding depression while avoiding overestimation that may result when fitting inbreeding coefficients.

Human-animal interaction, stress, and embryo production in Bos indicus embryo donors under tropical conditions

This study investigated the effect of human-animal interaction (HAI) and the stress response on the quality of embryo production in superovulated Nelore (Bos indicus) cattle, under tropical conditions. Thirty-two females underwent a superovulation protocol for 5 days. Cortisol concentrations were determined in blood plasma collected on days 0, 4, and 5. Artificial insemination was performed on days 4 and 5, and nonsurgical embryo flushing on day 11. Embryo production and viability were determined. Human stimulation, animal behaviors, accidents, and handling time were recorded to assess HAI. Cattle age was negatively correlated with accidents, frequency of aversive behaviors, and negative stimuli by stockperson during transit through corral compartments to receive superovulation treatments. The factor analysis revealed two distinct groups. The first group was called stressed and had higher cortisol concentration than the nonstressed group, 16.0 +/- 2.1 and 12.5 +/- 1.0 ng/mL, respectively. Comparisons between these groups showed that the frequency of voice emissions by the stockperson and the number of accidents were higher in the stressed group, and also, the mean handling time was longer in the stressed group than for the nonstressed. As a result, viability rate of the embryos was 19% lower in the stressed group (P < 0.05). This indicates that intensive negative HAI is likely related to stress, which affects embryo production in a superovulation program.

JEduc : reflexão sobre a linguagem java na educação

Neste estudo são discutidos alguns aspectos relacionados à escolha da primeira linguagem de programação em currículos de ciência da computação, com interesse especial em Pascal e Java. A primeira linguagem é amplamente adotada para ensinar programação aos novatos, enquanto a segunda está ganhando popularidade como uma linguagem moderna e abrangente, que pode ser usada em muitas disicplinas ao longo de um curso degraduação em computação como ferramenta para ensinar desde recursos básicos de programação até tópicos mais avançados. Embora vários problemas quanto ao ensino de Java, com a primeira linguagem de programação, possam ser apontadas, consideramosque Java é uma boa escolha, visto que (a) oferece apoio a importantes questões conceituais e tecnológicos e, (b) é possível contornar algumas complexidades da linguagem e da plataforma Java para torná-las mais adequadas à alunos iniciantes. Além disso, considerando a grande popularidade de Pascal nos currículos de cursos de computação, uma eventual adoção de Java conduz à outro problema: a falta de professores aptos a lecionar programação orientada a objetos. Sugerimos que este problema de migração de Pascal para Java seja enfrentado através de smplificação do ambiente de desenvolvimento de programas, uso de um pacote com classes que facilitam a entrada e saída, e o desenvolvimento de um catálogo comparativo de programas implementados em ambas as linguagens. Neste estudo também é apresentado o JEduc, um IDE muito simples com o objetivo de dar suporte ao ensino da linguagem de programação orientada a objetos Java aos novatos. Oferece componentes desenvolvidos em Java que integram edição, compilação e execução de programas Java. Além das funcionalidades comuns a um IDE, JEduc foi desenvolvido para gir como uma ferramente pedagógica: simplifica a maioria das mensagens do compilador e erros da JRE, permite a inserção de esqueletos de comandos, e incorpora pacotes especiais para esconder alguns detalhes sintáticos e semânticos indesejáveis.

Condução de experimentos de injeção de falhas em banco de dados distribuídos

O presente trabalho realiza uma validação experimental, através da técnica de injeção de falhas por software, de sistemas de informações que utilizam gerenciadores de banco de dados distribuídos comerciais. Estes experimentos visam a obtenção de medidas da dependabilidade do SGBD utilizado, levantamento do custo de seus mecanismos de tolerância a falhas e a real aplicabilidade de SGBDs comerciais em sistemas de missão crítica. Procurou-se avaliar e validar as ferramentas de injeção de falhas utilizadas, no caso específico deste trabalho a ComFIRM e o FIDe. Inicialmente são introduzidos e reforçados os conceitos básicos sobre o tema, que serão utilizados no decorrer do trabalho. Em seguida são apresentadas algumas ferramentas de injeção de falhas em sistemas distribuídos, bem como os modelos de falhas em banco de dados distribuídos. São analisados alguns estudos de aplicação de ferramentas de injeção de falhas em bancos de dados distribuídos. Concluída a revisão bibliográfica é apresentado o modelo de software e hardware que foi implementado, destacando o gerador de cargas de trabalho GerPro-TPC e o gerenciador de injeções e resultados GIR. O GerPro-TPC segue as especificações TPC-c para a simulação de um ambiente transacional comercial padrão e o GIR realiza a integração das ferramentas de injeção de falhas utilizadas, bem como a elaboração do cenário de falhas a injetar e a coleta dos resultados das falhas injetadas. Finalmente são descritos os experimentos realizados sobre o SGBD PROGRESS. São realizados 361 testes de injeções de falhas com aproximadamente 43.000 falhas injetadas em experimentos distintos. Utiliza-se dois modelos de falhas: um focado em falhas de comunicação e outro em falhas de hardware. Os erros resultantes das falhas injetadas foram classificados em erros ignorados/mascarados, erros leves, erros graves e erros catastróficos. Dos modelos de falhas utilizados as que mais comprometeram a dependabilidade do SGBD foram as falhas de hardware. As falhas de comunicação somente comprometeram a disponibilidade do sistema alvo.

A fast method using a new hydrophilic–lipophilic balanced sorbent in combination with ultra-high performance liquid chromatography for quantification of significant bioactive metabolites in wines

This manuscript describes the development and validation of an ultra-fast, efficient, and high throughput analytical method based on ultra-high performance liquid chromatography (UHPLC) equipped with a photodiode array (PDA) detection system, for the simultaneous analysis of fifteen bioactive metabolites: gallic acid, protocatechuic acid, (−)-catechin, gentisic acid, (−)-epicatechin, syringic acid, p-coumaric acid, ferulic acid, m-coumaric acid, rutin, trans-resveratrol, myricetin, quercetin, cinnamic acid and kaempferol, in wines. A 50-mm column packed with 1.7-μm particles operating at elevated pressure (UHPLC strategy) was selected to attain ultra-fast analysis and highly efficient separations. In order to reduce the complexity of wine extract and improve the recovery efficiency, a reverse-phase solid-phase extraction (SPE) procedure using as sorbent a new macroporous copolymer made from a balanced ratio of two monomers, the lipophilic divinylbenzene and the hydrophilic N-vinylpyrrolidone (Oasis™ HLB), was performed prior to UHPLC–PDA analysis. The calibration curves of bioactive metabolites showed good linearity within the established range. Limits of detection (LOD) and quantification (LOQ) ranged from 0.006 μg mL−1 to 0.58 μg mL−1, and from 0.019 μg mL−1 to 1.94 μg mL−1, for gallic and gentisic acids, respectively. The average recoveries ± SD for the three levels of concentration tested (n = 9) in red and white wines were, respectively, 89 ± 3% and 90 ± 2%. The repeatability expressed as relative standard deviation (RSD) was below 10% for all the metabolites assayed. The validated method was then applied to red and white wines from different geographical origins (Azores, Canary and Madeira Islands). The most abundant component in the analysed red wines was (−)-epicatechin followed by (−)-catechin and rutin, whereas in white wines syringic and p-coumaric acids were found the major phenolic metabolites. The method was completely validated, providing a sensitive analysis for bioactive phenolic metabolites detection and showing satisfactory data for all the parameters tested. Moreover, was revealed as an ultra-fast approach allowing the separation of the fifteen bioactive metabolites investigated with high resolution power within 5 min.

Aspectos da qualidade de vida de pacientes com coinfecção HIV/tuberculose

Investigar a qualidade de vida de pacientes com coinfecção HIV/ tuberculose e apreender as mudanças impostas para viver simultaneamente com estas doenças transmissíveis. Métodos: Pesquisa com abordagem qualiquantitativa, realizada em ambulatório especializado em Fortaleza, Brasil, entre 2009 e 2010, com 34 coinfectados. Para coleta de dados foi utilizada uma escala de qualidade de vida, denominada HAT-QoL que possui 42 itens e questões abertas para possibilitar perceber as mudanças em face das doenças. Resultados: A maioria dos participantes tinha tuberculose na forma pulmonar, eram homens, com pouca escolaridade. A qualidade de vida mostrou-se prejudicada nos domínios relacionados às questões econômicas, sexuais e de sigilo. Ainda, foi evidenciado, que a coinfecção impõe mudanças no cotidiano que corroboram e ampliam o comprometimento da qualidade de vida. Conclusão: Vivenciar a coinfecção, mesmo com terapêutica adequada, produz alterações na vida dos infectados, cujas repercussões podem ser amenizadas com intervenções que promovam a saúde

Digestibilidade Aparente da Proteína Bruta e dos Componentes da Parede Celular de uma Ração Completa, com Bovinos de Diferentes Grupos Genéticos

Avaliaram-se os coeficientes de digestibilidade do extrato etéreo (EE), proteína bruta (PB), fibra em detergente neutro (FDN), fibra em detergente ácido (FDA), hemicelulose (HCEL) e celulose (CEL) de uma ração completa, composta por 44,3% de feno de braquiária, 55% de concentrado e 0,7% de mistura mineral, fornecida a bovinos de diferentes grupos genéticos (Gir, Nelore, Guzerá, Santa Gertrudis e Caracu), pelas metodologias de coleta total de fezes e com indicador interno (lignina em detergente ácido - LDA), em delineamento inteiramente casualizado, com três repetições por grupo genético, com análise de variância individual dentro de cada metodologia e uma análise de correlação entre as metodologias. Não houve diferença entre grupos genéticos para a digestibilidade de EE, PB, FDN, FDA, HCEL e CEL, pelas metodologias de coleta total de fezes e com LDA, com médias de 44,28 e 40,38%; 52,46 e 49,51%; 57,04 e 54,25%; 37,71 e 34,04%; 71,66 e 69,68%; e 48,27 e 45,20%, respectivamente. As digestibilidades da PB, FDA e CEL não mostraram correlação. A LDA foi eficiente na estimativa da digestibilidades e os nutrientes foram utilizados de forma semelhante pelos diferentes grupos genéticos.

Digestibilidade aparente da matéria seca, matéria orgânica e energia bruta e nutrientes digestíveis totais de uma ração completa para bovinos de diferentes grupos genéticos

Avaliou-se a digestibilidade da matéria seca (DMS), matéria orgânica (DMO) e energia bruta (DEB) e os nutrientes digestíveis totais (NDT) de uma ração completa, composta por 44,3% de feno de capim-braquiaria, 55% de concentrado e 0,7% de mistura mineral, fornecida a bovinos de diferentes grupos genéticos (Gir, Nelore, Guzerá, Santa Gertrudis e Caracu), pelas metodologias de coleta total de fezes e com indicador interno (lignina em detergente ácido -- LDA), em delineamento inteiramente casualizado, com três repetições por grupo genético, com análise de variância individual dentro de cada metodologia e uma análise de correlação entre as metodologias. As correlações foram médias ( 0,47 a 0,51) e significativas (P<0,0602; P<0,0697; P<0,0747; P<0,0522), respectivamente, para DMS, DMO, DEB e para NDT. A recuperação do indicador (95,06%) foi semelhante entre os grupos genéticos. Não houve diferença entre grupos genéticos para DMS, DMO, DEB e nos valores de NDT pelas metodologias de coleita total de fezes e com LDA, com médias de 53,31 e 50,33; 55,16 e 52,25; 52,22 e 49,20; e 53,39 e 50,61%, respectivamente. Assim, a LDA foi eficiente na estimativa da digestibilidade, em função de sua adequada recuperação. Os nutrientes foram utilizados de forma semelhante pelos grupos genéticos.

Digestão total e parcial de alguns componentes de dietas contendo diferentes níveis de casca de soja e Fontes de nitrogênio, em bovinos

Este experimento foi realizado para avaliar o efeito de dois níveis de casca de soja (CS) e de três fontes de nitrogênio sobre a digestão total e parcial aparentes no rúmen e nos intestinos. Seis novilhos Holandês x Zebu com idade média de 12 meses e 229 kg de PV foram fistulados no rúmen e no abomaso e distribuídos em quadrado latino 6x6 e alimentados individualmente ad libitum. O consumo e as digestibilidades totais e parciais dos nutrientes foram avaliados. Não houve efeito da fonte de proteína sobre o consumo, quantidades de matéria seca (MS), matéria orgânica (MO), proteína bruta (PB), fibra em detergente neutro (FDN) e da fibra em detergente ácido (FDA) no rúmen, no abomaso e nas fezes e sobre os coeficientes de digestibilidades destes componentes. O aumento, porém, do nível de casca de soja elevou os coeficientes de digestibilidade de todos os componentes estudados nos locais do trato digestivo, com exceção nos intestinos, onde o nível de casca de soja não afetou a digestão da PB, FDN e da FDA. Os resultados indicam que a casca de soja pode substituir tanto o milho como, parcialmente, a fração volumosa nas rações de ruminantes. A farinha de subproduto avícola e a amiréia podem substituir o farelo de soja nas rações de bovinos sem reflexos negativos sobre a digestão de seus componentes nutritivos.

Efeitos ambientais e genéticos sobre peso, perímetro escrotal e escores de avaliação visual à desmama em bovinos da raça Canchim

Os efeitos de ano e época de nascimento, propriedade, sexo do bezerro, regime alimentar, idade do bezerro e idade da vaca ao parto, os efeitos aditivos direto e materno da raça Charolesa e o efeito de heterose materna entre as raças Charolesa e zebu foram avaliados pelo método dos quadrados míninos sobre características de importância econômica, como peso, perímetro escrotal e escores visuais de conformação frigorífica, de umbigo e de pelame à desmama em bovinos da raça Canchim. Utilizaram-se dados de 12.334 animais Canchim nascidos de 1999 a 2005. O ano e a época de nascimento, a propriedade, o regime alimentar e a idade da vaca ao parto (linear e quadrático) tiveram efeitos significativos sobre todas as características estudadas. Houve efeitos do sexo sobre o peso do bezerro à desmama e o escore de umbigo; da idade do bezerro sobre peso, perímetro escrotal e escores de conformação frigorífica e de pelame; e das proporções de Charolês no bezerro e na mãe sobre o peso, a conformação frigorífica e a qualidade de pelagem; e da heterozigose materna sobre peso, perímetro escrotal e escores de conformação frigorífica e de umbigo. Os efeitos aditivos diretos da raça Charolesa como desvio do zebu foram negativos sobre peso, conformação frigorífica e qualidade da pelagem à demama, enquanto os efeitos aditivos maternos foram positivos. Os efeitos heteróticos maternos foram positivos sobre peso, perímetro escrotal e escores de conformação frigorífica e de umbigo. em geral, essas fontes de variação devem ser consideradas nas estimativas de parâmetros genéticos e nas avaliações genéticas dos animais Canchim para as características estudadas.