A web-based overview of semiconductor photochemistry-based current commercial applications

The major current commercial applications of semiconductor photochemistry promoted on the world wide web are reviewed. The basic principles behind the different applications are discussed, including the use of semiconductor photochemistry to: photo-mineralise organics, photo-sterilise and photo-demist. The range of companies, and their products, which utilise semiconductor photochemistry are examined and typical examples listed. An analysis of the geographical distribution of current commercial activity in this area is made. The results indicate that commercial activity in this area is growing world-wide, but is especially strong in Japan. The number and geographical distribution of patents in semiconductor photocatalysis are also commented on. The trends in the numbers of US and Japanese patents over the last 6 years are discussed. (C) 2002 Elsevier Science B.V. All rights reserved.

A metapopulation model of species boundaries

The majority, if not all, species have a limited geographic range bounded by a distribution edge. Violent ecotones such as sea coasts clearly produce edges for many species; however such ecotones, while sufficient for the formation of an edge, are not always necessary. We demonstrate this by simulation in discrete time of a spatially structured finite size metapopulation subjected to a spatial gradient in per-unit-time population extinction probability together with spatially structured dispersal and recolonisation. We find that relatively sharp edges separating a homeland or main geographical range from an outland or zone of relatively sparse and ephemeral colonisation can form in gradual environmental gradients. The form and placing of the edge is an emergent property of the metapopulation dynamics. The sharpness of the edge declines with increasing dispersal distance, and is dependent on the relative scales of dispersal distance and gradient length. The space over which the edge develops is short relative to the potential species range. The edge is robust against changes in both the shape of the environmental gradient and to a lesser extent to alterations in the kind of dispersal operating. Persistence times in the absence of environmental gradients are virtually independent of the shape of the dispersal function describing migration. The common finding of bell shaped population density distributions across geographic ranges may occur without the strict necessity of a niche mediated response to a spatially autocorrelated environment.

Influência de fatores ambientais na condição corporal e produção de leite da cabra serrana – ecótipo ribatejano

A cabra Serrana destaca-se, no panorama das raças autóctones, pela sua considerável distribuição geográgica, expressão numérica e desempenho produtivo. A preservação destes recursos genéticos em sistemas produção rentáveis, requer um aprofundamento do conhecimento sobre os fatores que influenciam o seu desempenho produtivo. Observaram-se 51 animais de raça Serrana, ecótipo Ribatejano, inscritos no Registo Zootécnico, em 4ª ou 5ª lactação, provenientes de seis explorações, recolhendo-se dados realativos à idade ao parto, condição corporal e grau de parasitismo (estrongilídeos gastrintestinais, oocistos e larvas de primeiro estadio de estrongilídeos pulmonares). Utilizou-se a informação do contraste leiteiro das cabras, disponibilizada pela Associação de Criadores de Caprinos e Ovinos do Ribatejo e Oeste. A condição corporal foi analisada considerando os efeitos do criador, mês e tipo de parto, e como covariável, o efeito linear da produção de leite, eliminação parasitária e os efeitos linear e quadrático da idade ao parto. Os fatores ambientais idade ao parto, produção de leite e a eliminação de estrongilídeos gastrintestinais, influenciaram significativamente (p<0,05) a condição corporal. A condição corporal registou valores superiores em cabras com idades compreendidas entre 50 e 60 meses de vida, e foi influenciada negativamente pela elevação da produção de leite e pelo nível de estrongilídeos gastrintestinais. The Serrana stands out among autochthonous goat breeds for its wide geographical distribution, large inventory and considerable productive performances. The preservation of animal genetic resources of this kind requires a better knowledge of the factors affecting productive performance. Data has been collected on 51, 4th and 5th lactation registered Serrana goats of the Ribatejano ecotype, from six different herds. Parameters examined were age at kidding, body condition score and parasitic infection level (gastrointestinal strongyles, oocysts and first stage larvae of pulmonary strongyles). Lactation data from the official milk recording service have been supplied by the Associação de Criadores de Caprinos e Ovinos do Ribatejo e Oeste. Body condition score was analysed for the discrete effects of herd, kidding month and number of kids born per kidding, the covariant linear effects of milk yield and parasitic infection and the linear and quadratic effects of age at kidding. Age at kidding, milk yield and gastrointestinal strongyle fecal egg counts have significantly affected body condition scores (p<0,05). Body condition scores were higher for 50 to 60-month old goats, and were negatively influenced by milk yield and gastrointestinal strongyle infection level.

Bursaphelenchus pinophilus Brzeski & Baujard, 1997 (Nematoda: Parasitaphelenchinae) associated with nematangia on Pityogenes bidentatus (Herbst, 1783) (Coleoptera: Scolytinae), from the Czech Republic

The occurrence of Bursaphelenchus species in the Czech Republic is poorly known, the first report of the genus being made by Kubátová et al. (2000) who reported the association of B. eremus with the hyphomycetous microfungus, Esteya vermicola, and the bark beetle, Scolytus intricatus, collected from Quercus robur, in central Bohemia. To date, four other species have been reported from the country, namely B. fungivorus (Braasch et al., 2002), B. hofmanni (see Braasch, 2001), B. mucronatus (see Braasch, 2001) and B. vallesianus (Gaar et al., 2006). More recently, a survey for Bursaphelenchus species associated with bark- and wood-boring insects in the Czech Republic identified B. pinophilus Brzeski & Baujard, 1997 from the Moravia region. Although this represents a new country record, it was also associated with nematangia on the hind wings of a new insect vector. A total of 404 bark- and wood-boring insects were collected from declining or symptomatic trees and screened for the presence of Bursaphelenchus. Bark and longhorn beetles were captured manually after debarking parts of the trunk displaying symptoms of insect attacks. Longhorn beetle larvae were also collected together with logs cut from the trunk. Logs were kept at room temperature in the laboratory until insect emergence. Each adult insect was individually dissected in water and examined for nematodes. All nematodes resembling dauer juveniles of Bursaphelenchus were collected and identified by molecular characterisation using a region of ribosomal DNA (rDNA) containing the internal transcribed spacer regions ITS1 and ITS2. ITS-RFLP analyses using five restriction enzymes (AluI, HaeIII, HinfI, MspI, RsaI) were performed to generate the species-specific profile according to Burgermeister et al. (2009). Species identification was also confirmed by morphological data after culture of the dauers on Botrytis cinerea Pers. ex Ft., growing in 5% malt extract agar. During this survey, only species belonging to the Curculionidae, subfamily Scolytinae, revealed the presence of nematodes belonging to Bursaphelenchus. Dauers of this genus were found aggregated under the elytra in nematangia formed at the root of the hind wings (Fig. 1). The dauers were identified from 12 individuals of Pityogenes bidentatus (Herbst, 1783) (Coleoptera: Scolytinae) collected under the bark of Pinus sylvestris trunks. Each insect carried ca 10-100 dauers. The ITS-RFLP patterns of the dauers so obtained confirmed the identification of B. pinophilus associated with this insect species. Bursaphelenchus pinophilus has been found mainly in Europe and has been reported from various countries such as Poland (Brzeski & Baujard, 1997), Germany (Braasch, 2001), and Portugal (Penas et al., 2007). The recent detection of this species associated with dead P. koraiensis in Korea (Han et al., 2009) expands its geographical distribution and potential importance. It has been found associated only with Pinus species, but very little is known about the insect vector. The bark beetle, Hylurgus ligniperda, was initially suggested as the insect vector by Pe-nas et al. (2006), although the nematode associated with this insect was later reclassified as B. sexdentati by morphological and molecular analysis (Penas et al., 2007). According to the literature, P. bidentatus has been cited as a vector of Ektaphelenchus sp. (Kakuliya, 1966) in Georgia, and an unidentified nematode species in Spain (Roberston et al., 2008). Interestingly, B. pinophilus was found in the nematangia formed at the root of the hind wings of P. bidentatus. Although this phenomenon is not so common in other Bursaphelenchus species, B. rufipennis has been found recently in such a structure on the hind wings of the insect Dendroctonus rufipennis (Kanzaki et al., 2008). Although other nematode species (e.g., Ektaphelenchus spp.) are frequently found associated within the same nematangia (see Kanzaki et al., 2008), in this particular case, only dauers of B. pinophilus were identified. The association between B. pinophilus and P. bidentatus represents the first report of this biological association and the association with the Scolytinae strengthens the tight and specific links between this group of Bursaphelenchus species and members of the Scolytinae (Ryss et al., 2005).

Estratégias para a valorização do coberto vegetal da Ilha de Porto Santo

No presente trabalho desenvolveram-se estudos visando a valorização do coberto vegetal da Ilha de Porto Santo, através de duas metodologias de investigação complementares: a) preservação e reintrodução na Ilha de uma espécie endémica e em risco do Arquipélago da Madeira (Olea maderensis) e de uma espécie naturalizada (Olea europaea ssp. europaea var. sylvestris), recorrendo para o efeito a técnicas de biotecnologia (micropropagação); b) análise da percepção da comunidade local e visitante sobre o fenómeno da desertificação e a valorização do coberto vegetal bem como a sua aceitação relativamente à aplicação de técnicas de biotecnologia (para micropropagar e reintroduzir espécies de oliveira na Ilha) para minimização do processo de desertificação. A dissertação estrutura-se em quatro partes principais. A Parte I caracteriza a Ilha de Porto Santo em termos geográficos, geológicos, climáticos, sócio-economicos e do uso do solo. Enquadra, ainda, o problema da desertificação, através da caracterização/evolução do coberto vegetal ao longo dos anos. Finalmente apresentam-se os objectivos gerais deste estudo. A Parte II centra-se no desenvolvimento de metodologias no âmbito da biotecnologia vegetal para propagação de espécies de O. maderensis e O. europaea ssp. europaea var. sylvestris. em larga escala. Esta parte está dividida em seis capítulos. O Capítulo II.1 aborda a distribuição geográfica das espécies de oliveira e faz uma revisão bibliográfica dos aspectos mais importantes da micropropagação de oliveira (O. europaea L.), principalmente através da micropropagação por estimulação de gomos axilares. No final deste capítulo apresentam-se os objectivos específicos desta investigação. No Capítulo II.2 faz-se a caracterização genética de genótipos de O. maderensis do Arquipélago da Madeira através da análise da ploidia e do conteúdo em DNA por citometria de fluxo (FCM) e através da detecção de polimorfismos por análise de microssatélites (SSR). Nesta análise usaram-se ainda outros genótipos, nomeadamente: O. europaea ssp. europaea var. sylvestris, O. cerasiformes e O. europaea ssp. europaea var. europaea. Este estudo contribuiu para uma melhor caracterização desta espécie e permitiu a detecção de um nível de ploidia novo no género Olea (tetraploidia). O Capítulo II.3 descreve a optimização das condições de cultura in vitro (e.g. desinfecção, meio de cultura e enraizamento) para propagar e preservar a O. maderensis. Avalia-se ainda a “performance” dos rebentos in vitro (taxas de crescimento, avaliação da aparência das folhas e estudos fisiológicos), de modo a confirmar a optimização das condições de propagação. Neste capítulo define-se um meio novo (OMG) para propagação desta espécie endémica. O Capítulo II.4 descreve dois protocolos de micropropagação e aclimatização de ambas as espécies (O. maderensis e O. europaea ssp. europaea var. sylvestris) e a qualidade das plantas (“true-to-type”) é avaliada através da possível ocorrência de variabilidade genética através de FCM (ploidia) e SSRs. O Capítulo II.5 descreve um protocolo eficiente de aclimatização ao campo de O. maderensis e avalia a “performance” das plantas micropropagadas no campo através da análise de parâmetros fisiológicos durante o processo. O Capítulo II.6 apresenta os estudos em curso relativamente às plantas de O. maderensis em aclimatização no campo, bem como a introdução de plantas micropropagadas num outro local da Ilha com um maior grau de degradação dos solos. Estas estratégias estão a ser aplicadas juntamente com a DRFRAM, no âmbito de programas de florestação em curso. Finalmente é realçada a necessidade de estudos semelhantes com outras espécies nativas. Na Parte III, são apresentados os estudos sobre a percepção da comunidade local relativamente à valorização do coberto vegetal para a minimização dos processos de degradação dos solos/desertificação. A introdução faz o enquadramento teórico sobre o fenómeno da desertificação, particularmente na Ilha de Porto Santo e sobre a percepção social da desertificação. São ainda apresentados os objectivos específicos desta investigação. A metodologia adoptada recorreu à aplicação de inquéritos por questionário à população residente e aos visitantes da Ilha de Porto Santo e ainda a realização de inquéritos por entrevista a algumas entidades e especialistas. Estes estudos permitiram verificar que existe uma nítida consciência da situação de risco da ilha, das medidas tomadas e a tomar e da premência da resolução do problema. Face ao recurso de estratégias alternativas envolvendo biotecnologia, e apesar de existir algum desconhecimento, concluiu-se ainda que a população manifesta aceitação, desde que essas estratégias valorizem o coberto vegetal e, assim, ajudem a combater a degradação biofísica dos solos. Finalmente são apresentadas as conclusões e algumas recomendações. Na Parte IV apresentam-se as conclusões gerais e perspectivas futuras, onde o potencial ambiental destas oliveiras bravas micropropagadas é destacado, bem como é considerado o alargamento da aplicação destas estratégias a outras espécies indígenas em risco, nesta Ilha (e noutros locais). São ainda resumidas as principais visões da população e das entidades e dos especialistas que poderão contribuir para apoiar a elaboração de medidas de mitigação e prevenção no combate ao processo de degradação dos solos/desertificação em curso.

Evolutionary diversification in Central Brazil: where Amazonia and Cerrado meet

Apesar da fauna de mamíferos Neotropicais ser uma das mais ricas do mundo, o nosso conhecimento sobre os limites de espécies, distribuições geográficas e relações filogenéticas está ainda agora no seu início. As áreas de transição entre os dois maiores biomas da América do Sul, o Cerrado e a Amazónia, são ainda menos conhecidas. Até ao momento, escassos estudos focaram os pequenos mamíferos destas áreas. Destes estudos, apenas dois apresentam dados taxonómicos e de distribuição geográfica de uma lista de espécies reduzida e, nenhum é focado nos processos evolutivos que conduziram à diversidade destas áreas. O presente trabalho tem como objectivo aumentar o conhecimento básico sobre a diversidade do médio Rio Araguaia, na região central do Brasil, através da amostragem e análise de espécies de pequenos mamíferos, integrando um intenso trabalho de campo, de laboratório e de museu. Desta forma, um total de 22 espécies é registado para o médio Araguaia. De entre estas espécies, descreve-se uma espécie nova de Rhipidomys, regista-se uma espécie não descrita de Thrichomys e uma potencial nova forma de Oligoryzomys, e também se apresenta uma diagnose emendada do obscuro Oecomys cleberi. Para cada espécie, são também descritas as suas características morfológicas e resumem-se os seus aspectos de distribuição geográfica e história natural. Para os quatro géneros acima referidos, são apresentadas as análises filogenéticas que permitem a identificação das espécies. Adicionalmente, os princípios da filogeografia são aplicados para estudar os padrões da distribuição geográfica da diversidade genética de três roedores sigmodontíneos e seis marsupiais didelphídeos. Os resultados obtidos demonstram que o Rio Araguaia forma uma barreira geográfica para espécies especialistas em florestas não-alagáveis; por outro lado, espécies generalistas apresentam partilha de haplótipos em ambas as margens do rio. Argumentamos também que os refúgios florestais e os gradientes poderão ter tido um papel importante para moldar a estrutura genética de populações de pequenos mamíferos no Brasil central. Em suma, os resultados apresentados corroboram a proposição de que a diversidade Neotropical não poderá ser explicada através de um único modelo de especiação e que estes não são mutuamente exclusivos. O entendimento integral dos processos ecológicos e históricos que deram origem à fauna Neotropical, assim como a continuidade de estudos sistemáticos, depende da realização de novas amostragens e consequente enriquecimento dos museus com colecções apropriadas.

Salamandra salamandra (Amphibia: Caudata: Salamandridae) in Portugal: not all black and yellow

The fire salamander complex is quite diverse in the Iberian Peninsula where nine subspecies of Salamandra salamandra are currently recognized. Here, we analysed the geographical distribution of the subspecies S. s. gallaica and S. s. crespoi using partial sequences of the mitochondrial cytochrome b gene of 168 individuals from 12 locations in Portugal. Our results support the existence of a deep lineage divergence between the two subspecies, with non-overlapping geographical distributions except in two contact zones: one in Sesimbra on the western coast, and another in Alcoutim on the southeastern border with Spain. Moreover, S. s. crespoi displays signs of gene flow among the sampled locations whereas S. s. gallaica shows evidence of some restriction to gene flow. Present-day genetic make-up of S. s. gallaica and S. s. crespoi is a result of past historical events, fine-tuned by contemporary Iberian geoclimate. Humid mountain areas were found to harbour increased genetic diversity possibly acting as past refugia during drier interglacial periods. To analyse wider geographical patterns and lineage splitting events within S. salamandra we performed a Bayesian dating analysis completing our data set with previously published sequences. The observed divergences were associated to successive biogeographic scenarios, and to other Iberian species showing similar trends.

Ecological niche modeling, cytogenetics and phylogeography of the genera Geomalacus and Letourneuxia (Gastropoda, Pulmonata) from the Iberian-Moroccan region

First described more that 150 years ago, the systematics of the genera Geomalacus and Letourneuxia (Arionidae, Gastropoda, Pulmonata) is still challenging. The taxonomic classification of arionid species is based on extremely labile characters such as body size or color that depends both on diet and environment, as well as age. Moreover, there is little information on the genetic diversity and population structure of the Iberian slugs that could provide extra clues to disentangle their problematic classification. The present work uses different analytical tools such as habitat suitability (Ecological Niche Modeling - ENM), cytogenetic analysis and phylogeography to establish the geographical distribution and evolutionary history of these pulmonate slugs. The potential distribution of the four Geomalacus species was modeled using ENM, which allowed the identification of new locations for G. malagensis, including a first report in Portugal. Also, it was predicted a much wider distribution for G. malagensis and G. oliveirae than previously known. Classical cytogenetic analyses were assayed with reproductive and a novel use of somatic tissues (mouth and tentacles) returning the number of chromosomes for the four Geomalacus species and L. numidica (n = 31, 2n = 62) and the respective karyotypes. G. malagensis and L. numidica present similar chromosome morphologies and karyotypic formulae, being more similar to each other than the Geomalacus among themselves. We further reconstructed the phylogeny of the genera Geomalacus and Letourneuxia using partial sequences of the mitochondrial cytochrome oxidase subunit I (COI) and the nuclear ribosomal small subunit (18S rRNA), and applied an independent evolutionary rate method, the indicator vectors correlation, to evaluate the existence of cryptic diversity within species. The five nominal species of Geomalacus and Letourneuxia comprise 14 well-supported cryptic lineages. Letourneuxia numidica was retrieved as a sister group of G. malagensis. G. oliveirae is paraphyletic with respect to G. anguiformis. According to our dating estimates, the most recent common ancestor of Geomalacus dates back to the Middle Miocene (end of the Serravallian stage). The major lineage splitting events within Geomalacus occurred during the dry periods of the Zanclean stage (5.3-3.6 million years) and some lineages were confined to more humid mountain areas of the Iberian Peninsula, which lead to a highly geographically structured mitochondrial genetic diversity. The major findings of this are the following: (1) provides updated species distribution maps for the Iberian Geomalacus expanding the known geographic distribution of the concerned species, (2) unravels the cryptic diversity within the genera Geomalacus and Letourneuxia, (3) Geomalacus oliveirae is paraphyletic with G. anguiformis and (4) Letourneuxia numidica is sister group of G. malagensis.

Phylogeography and hybridisation in the european polecat : (mustela putorius)

Tese de doutoramento, Biologia (Biologia da Conservação), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2014

Avaliação do estatuto de conservação da flora endémica de Cabo Verde

Tese de mestrado. Biologia (Ecologia e Gestão Ambiental). Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2014

Desigualdades na diabetes mellitus e hipertensão arterial: um estudo ao nível de freguesia

RESUMO - Introdução: A diabetes mellitus e a hipertensão arterial são problemas de saúde de elevada prevalência em Portugal. A sua distribuição geográfica e social é pouco conhecida, comprometendo o desenho e implementação de políticas de saúde. Assim, este estudo teve como objetivo avaliar a existência das desigualdades socioeconómicas na prevalência de diabetes mellitus tipo 2 e de hipertensão arterial, na população residente na região Norte de Portugal, no ano de 2013. Métodos: Foi realizado um estudo ecológico que analisou as 2028 freguesias da região Norte. Os dados foram obtidos através do Sistema de Informação das Administrações Regionais de Saúde e do Censos 2011. A associação entre os indicadores socioeconómicos e a prevalência destas doenças foi medida através da diferença de prevalências, do risco atribuível populacional, do índice relativo de desigualdades e pelo coeficiente de regressão. Resultados: A prevalência de diabetes mellitus tipo 2 e hipertensão arterial foi de 6,16% e 19,35%, respetivamente, e apresentou uma distribuição heterogénea entre freguesias (variando entre 0%-23,7% para a diabetes e 2,8%-66,7% para a hipertensão). A prevalência de ambas as doenças estava significativamente associada com o baixo nível educacional, baixa atividade em sector terciário, desemprego e baixo rendimento (com diferença de prevalências entre decis opostos de até 1,3% na diabetes e até 5,3% na hipertensão). Os determinantes socioeconómicos foram responsáveis até 20% da prevalência destas doenças na população. Conclusão: Estes resultados demonstram a existência de uma distribuição socioeconómica e geográfica heterogéneas e a necessidade de criação de políticas de saúde que atuem nas freguesias menos favorecidas.

Invertebrados marinos bentónicos del litoral de la Región Áncash, Perú

Mediante buceo y exploraciones al intermareal y submareal de la región Áncash (9°58’08’’S 78°38’34’’W y 10°34’06’’S 77°54’30’’W) entre el 2003 y el 2010 se colectaron, identificaron y fotografiaron 135 especies de invertebrados que corresponden a los grupos Cnidaria (6 especies), Annelida (11 especies), Brachiopoda (1 especie), Mollusca (70 especies), Arthropoda (34 especies), Echinodermata (10 especies), Sipunculida (1 especie) y Chordata (2 especies). Del total de especies, se considera que Sipunculus (Austrosiphon) mundanus representa un nuevo registro para el Perú, que cuatro ampliaron su distribución hacia el norte y nueve hacia el sur. Cada especie se ubica taxonómicamente y se proporciona información de nombre común, diagnosis, hábitat, profundidad, aspectos bioecológicos, distribución geográfica, localidades en la región Áncash, otras localidades en el Perú, comentarios y referencias.

Genetic variability in Larus argentatus and Sterna hirundo

Blood serum and egg-white protein samples from individuals representing seven colonies of Larusargentatus, and four colonies of Sterna hirundo were electrophoretically analysed to determine levels of genetic variability and to assess the utility of polymorphic loci as genetic markers. Variability occurred at five co-dominant autosomal loci. S. hirundo protein polymorphism occurred at the Est-5 and the Oest-l loci, while nineteen loci were monomorphic. L. argentatus samples were monomorphic at seventeen loci and polymorphic at the Ldh-A and the Alb loci. Intergeneric differences existed at the Oalb and the Ldh-A loci. Although LDH-A100 from both species possessed identical electrophoretLc mobilities, the intergeneric differences were expressed as a difference in enzyme the'ITIlostabilities. Geographical distribution of alleles and genetic divergence estimates suggest ~ hirundo population panmixis,at least at the sampled locations. The h argentatus gene pool appears relatively heterogeneous with a discreet Atlantic Coast population and a Great Lakes demic population. These observed population structures may be maintained by the relative amount of gene flow occurring within and among populations. Mass ringing data coupled to reproductive success information and analysis of dispersal trends appear to validate this assumption. Similar results may be generated by either selection or both small organism and low locus sample sizes. To clarify these results and to detect the major factor(s) affecting the surveyed portions of the genome, larger sample sizes in conjunction with precise eco-demographic data are required.

Épidémiologie du syndrome reproducteur et respiratoire porcin dans deux régions de densités porcines différentes au Québec

Le virus du syndrome reproducteur et respiratoire porcin (SRRP) est actuellement l’une des principales menaces pour la santé des troupeaux porcins. Les multiples voies de transmission complexifient l’épidémiologie de l’infection et en font une maladie particulièrement difficile à contrôler. L’objectif général de ce projet de recherche était de déterminer les facteurs associés au statut SRRP des sites de production afin de mieux comprendre l’épidémiologie de cette maladie au sein de deux régions du Québec ayant des densités porcines différentes. Les stratégies d’introduction des cochettes de remplacement ont d’abord été examinées. Des lacunes importantes ont été identifiées représentant un risque potentiel pour l’introduction du virus ou pour la recirculation d’une souche endémique au sein d’un troupeau reproducteur. Ainsi, appliquée à titre de stratégie de contrôle, l’acclimatation s’est révélée particulièrement problématique. Les principes de base étaient peu respectés, pouvant donc avoir un impact négatif considérable sur la circulation virale au sein du troupeau et potentiellement sur le voisinage immédiat. La fréquence de plusieurs mesures de biosécurité externe a ensuite été évaluée, permettant d’identifier certains problèmes dont ceux touchant principalement les mesures d’hygiène relatives au protocole d’entrée. Des différences de fréquence entre les régions et les types de production ont également été notées, ce qui peut orienter les interventions de rehaussement. Une classification multivariée a permis de grouper les sites en différents patrons de biosécurité pour constituer par le fait même un index de biosécurité. Cette étape a permis d’évaluer l’association entre certaines caractéristiques de l’élevage et le niveau de biosécurité indiqué par l’index. La distribution géographique des patrons au sein des deux régions, couplée à la détection d’agrégats spatiaux de sites ayant un patron similaire, a également permis de cibler davantage les interventions en fonction de la localisation des sites. Suite à l’investigation du statut SRRP des sites, une prévalence apparente très élevée a été obtenue pour les deux régions, complexifiant le contrôle de la maladie. L’étude de facteurs de risque dans la région de densité modérée a mis en évidence quatre facteurs associés au statut SRRP positif des sites, soit un inventaire important, la proximité du site porcin immédiat, l’absence de douche ainsi que le libre accès au site par l’équarrisseur. Une action préventive intégrant des mesures de biosécurité spécifiques peut donc être entreprise directement à la ferme au regard des deux derniers facteurs. Le fait d’utiliser un index de biosécurité plutôt que des mesures de biosécurité spécifiques a également été évalué. Les résultats ne supportent pas l’index global dans l’évaluation de l’association entre la biosécurité et le statut SRRP des sites de production. Finalement, la corrélation entre les distances génétique, euclidienne et temporelle des souches de SRRP, considérant également l’appartenance au même ou à des propriétaires différents, a été évaluée au sein de la région de haute densité. Une corrélation positive entre la distance génétique et euclidienne observée jusqu’à 5 km a souligné l’importance de la propagation régionale impliquant les aérosols, les insectes, d’autres espèces animales ou les objets inanimés. De plus, les souches génétiquement similaires appartenaient davantage à des sites ayant le même propriétaire, ce qui sous-tend des mécanismes de transmission impliquant une source commune d’animaux, d’employés, d’équipement, voire de véhicules.

Systématique et biogéographie du groupe Caesalpinia (famille Leguminosae)

Parmi les lignées des Caesalpinioideae (dans la famille des Leguminosae), l’un des groupes importants au sein duquel les relations phylogénétiques demeurent nébuleuses est le « groupe Caesalpinia », un clade de plus de 205 espèces, réparties présentement entre 14 à 21 genres. La complexité taxonomique du groupe Caesalpinia provient du fait qu’on n’arrive pas à résoudre les questions de délimitations génériques de Caesalpinia sensu lato (s.l.), un regroupement de 150 espèces qui sont provisoirement classées en huit genres. Afin d’arriver à une classification générique stable, des analyses phylogénétiques de cinq loci chloroplastiques et de la région nucléaire ITS ont été effectuées sur une matrice comportant un échantillonnage taxonomique du groupe sans précédent (~84% des espèces du groupe) et couvrant la quasi-totalité de la variation morphologique et géographique du groupe Caesalpinia. Ces analyses ont permis de déterminer que plusieurs genres du groupe Caesalpinia, tels que présentement définis, sont polyphylétiques ou paraphylétiques. Nous considérons que 26 clades bien résolus représentent des genres, et une nouvelle classification générique du groupe Caesalpinia est proposée : elle inclut une clé des genres, une description des 26 genres et des espèces acceptées au sein de ces groupes. Cette nouvelle classification maintient l’inclusion de douze genres (Balsamocarpon, Cordeauxia, Guilandina, Haematoxylum, Hoffmanseggia, Lophocarpinia, Mezoneuron, Pomaria, Pterolobium, Stenodrepanum, Stuhlmannia, Zuccagnia) et en abolit deux (Stahlia et Poincianella). Elle propose aussi de réinstaurer deux genres (Biancaea et Denisophytum), de reconnaître cinq nouveaux genres (Arquita, Gelrebia, Hererolandia, Hultholia et Paubrasilia), et d’amender la description de sept genres (Caesalpinia, Cenostigma, Coulteria, Erythrostemon, Libidibia, Moullava, Tara). Les résultats indiquent qu’il y aurait possiblement aussi une 27e lignée qui correspondrait au genre Ticanto, mais un échantillonage taxonomique plus important serait nécéssaire pour éclaircir ce problème. Les espèces du groupe Caesalpinia ont une répartition pantropicale qui correspond presque parfaitement aux aires du biome succulent, mais se retrouvent aussi dans les déserts, les prairies, les savanes et les forêts tropicales humides. À l’échelle planétaire, le biome succulent consiste en une série d’habitats arides ou semi-arides hautement fragmentés et caractérisés par l’absence de feu, et abrite souvent des espèces végétales grasses, comme les Cactacées dans les néo-tropiques et les Euphorbiacées en Afrique. L’histoire biogéographique du groupe Caesalpinia a été reconstruite afin de mieux comprendre l’évolution de la flore au sein de ce biome succulent. Ce portrait biogéographique a été obtenu grâce à des analyses de datations moléculaires et des changements de taux de diversification, à une reconstruction des aires ancestrales utilisant le modèle de dispersion-extinction-cladogenèse, et à la reconstruction de l’évolution des biomes et du port des plantes sur la phylogénie du groupe Caesalpinia. Ces analyses démontrent que les disjonctions trans-continentales entre espèces sœurs qui appartiennent au même biome sont plus fréquentes que le nombre total de changements de biomes à travers la phylogénie, suggérant qu’il y a une forte conservation de niches, et qu’il est plus facile de bouger que de changer et d’évoluer au sein d’un biome différent. Par ailleurs, contrairement à nos hypothèses initiales, aucun changement de taux de diversification n’est détecté dans la phylogénie, même lorsque les espèces évoluent dans des biomes différents ou qu’il y a changement de port de la plante, et qu’elle se transforme, par exemple, en liane ou herbacée. Nous suggérons que même lorsqu’ils habitent des biomes très différents, tels que les savanes ou les forêts tropicales humides, les membres du groupe Caesalpinia se retrouvent néanmoins dans des conditions écologiques locales qui rappellent celles du biome succulent. Finalement, bien que la diversité des espèces du biome succulent ne se compare pas à celle retrouvée dans les forêts tropicales humides, ce milieu se distingue par un haut taux d’espèces endémiques, réparties dans des aires disjointes. Cette diversité spécifique est probablement sous-estimée et mérite d’être évaluée attentivement, comme en témoigne la découverte de plusieurs nouvelles espèces d’arbres et arbustes de légumineuses dans la dernière décennie. Le dernier objectif de cette thèse consiste à examiner les limites au niveau spécifique du complexe C. trichocarpa, un arbuste des Andes ayant une population disjointe au Pérou qui représente potentiellement une nouvelle espèce. Des analyses morphologiques et moléculaires sur les populations présentes à travers les Andes permettent de conclure que les populations au Pérou représentent une nouvelle espèce, qui est génétiquement distincte et comporte des caractéristiques morphologiques subtiles permettant de la distinguer des populations retrouvées en Argentine et en Bolivie. Nous décrivons cette nouvelle espèce, Arquita grandiflora, dans le cadre d’une révision taxonomique du genre Arquita, un clade de cinq espèces retrouvées exclusivement dans les vallées andines.