Pattern of cytokine and chemokine production by THP-1 derived macrophages in response to live or heat-killed Mycobacterium bovis bacillus Calmette-Guérin Moreau strain

Tuberculosis has great public health impact with high rates of mortality and the only prophylactic measure for it is the Mycobacterium bovisbacillus Calmette-Guérin (BCG) vaccine. The present study evaluated the release of cytokines [interleukin (IL)-1, tumour necrosis factor and IL-6] and chemokines [macrophage inflammatory protein (MIP)-1α and MIP-1β] by THP-1 derived macrophages infected with BCG vaccine obtained by growing mycobacteria in Viscondessa de Moraes Institute medium medium (oral) or Sauton medium (intradermic) to compare the effects of live and heat-killed (HK) mycobacteria. Because BCG has been reported to lose viability during the lyophilisation process and during storage, we examined whether exposing BCG to different temperatures also triggers differences in the expression of some important cytokines and chemokines of the immune response. Interestingly, we observed that HK mycobacteria stimulated cytokine and chemokine production in a different pattern from that observed with live mycobacteria.

The EU ‘2020 Energy Initiative’: The post-Lisbon pattern of change in EU energy policy

El novembre de 2010, la Comissió Europea ha finalment donat a conèixer la seva "Energia 2020 Comunicació", un document estratègic en el marc més ampli del programa "Europa 2020". Una estratègia per al desenvolupament sostenible intel · ligent, i creixement inclusiu posa les bases d'un nou enfocament a la política d'energia a la UE. En el marc d'Europa 2020, la Iniciativa d'Energia recopila els resultats que ja s'han obtingut a través de la Estratègia de Lisboa 2000-2010, s'identifiquen les deficiències del passat i i introdueix nous objectius ambiciosos per a la UE en matèria de política energètica.

Early pattern recognition in severe perinatal asphyxia: a prospective MRI study.

On the basis of MRI examinations in 88 neonates and infants with perinatal asphyxia, we defined 6 different patterns on T2-weighted images: pattern A--scattered hyperintensity of both hemispheres of the telencephalon with blurred border zones between cortex and white matter, indicating diffuse brain injury; pattern B--parasagittal hyperintensity extending into the corona radiata, corresponding to the watershed zones; pattern C--hyper- and hypointense lesions in thalamus and basal ganglia, which relate to haemorrhagic necrosis or iron deposition in these areas; pattern D--periventricular hyperintensity, mainly along the lateral ventricles, i.e. periventricular leukomalacia (PVL), originating from the matrix zone; pattern E--small multifocal lesions varying from hyper--to hypointense, interpreted as necrosis and haemorrhage; pattern F--periventricular centrifugal hypointense stripes in the centrum semiovale and deep white matter of the frontal and occipital lobes. Contrast was effectively inverted on T1-weighted images. Patterns A, B and C were found in 17%, 25% and 37% of patients, and patterns D, E and F in 19%, 17% and 35%, respectively. In 49 patients a combination of patterns was observed, but 30% of the initial images were normal. At follow-up, persistent abnormalities were seen in all children with patterns A and D, but in only 52% of those with pattern C. Myelination was retarded most often in patients with diffuse brain injury and PVL (patterns A and D).

La datation des traces digitales (partie II): proposition d'une approche formelle

«Quel est l'âge de cette trace digitale?» Cette question est relativement souvent soulevée durant une investigation ou au tribunal, lorsque la personne suspectée admet avoir laissé ses traces sur une scène de crime mais prétend l'avoir fait à un autre moment que celui du crime et pour une raison innocente. La première partie de cet article mettait en évidence le manque de consensus actuel dans les réponses données à cette question par les experts du domaine, ainsi que le fait qu'aucune méthodologie n'est pour l'heure validée et acceptée par la communauté forensique. C'est pourquoi ce deuxième article propose une approche formelle et pragmatique afin d'aborder la question de la datation des traces digitales en se basant sur la recherche actuelle dans le domaine du vieillissement de composés lipidiques détectés dans les traces digitales. Cette approche permet ainsi d'identifier quel type d'information le scientifique serait capable d'apporter aux enquêteurs et/ou à la Cour lors de cas de datation des traces digitales à l'heure actuelle, dans quelles conditions, et quels sont les développements encore nécessaires.

Application of low temperature thermochronology to understanding cooling and exhumation in the Central Swiss Alps

THESIS ABSTRACT : Low-temperature thermochronology relies on application of radioisotopic systems whose closure temperatures are below temperatures at which the dated phases are formed. In that sense, the results are interpreted as "cooling ages" in contrast to "formation ages". Owing to the low closure-temperatures, it is possible to reconstruct exhumation and cooling paths of rocks during their residence at shallow levels of the crust, i.e. within first ~10 km of depth. Processes occurring at these shallow depths such as final exhumation, faulting and relief formation are fundamental for evolution of the mountain belts. This thesis aims at reconstructing the tectono-thermal history of the Aar massif in the Central Swiss Alps by means of zircon (U-Th)/He, apatite (U-Th)/He and apatite fission track thermochronology. The strategy involved acquisition of a large number of samples from a wide range of elevations in the deeply incised Lötschen valley and a nearby NEAT tunnel. This unique location allowed to precisely constrain timing, amount and mechanisms of exhumation of the main orographic feature of the Central Alps, evaluate the role of topography on the thermochronological record and test the impact of hydrothermal activity. Samples were collected from altitudes ranging between 650 and 3930 m and were grouped into five vertical profiles on the surface and one horizontal in the tunnel. Where possible, all three radiometric systems were applied to each sample. Zircon (U-Th)/He ages range from 5.1 to 9.4 Ma and are generally positively correlated with altitude. Age-elevation plots reveal a distinct break in slope, which translates into exhumation rate increasing from ~0.4 to ~3 km/Ma at 6 Ma. This acceleration is independently confirmed by increased cooling rates on the order of 100°C/Ma constrained on the basis of age differences between the zircon (U-Th)/He and the remaining systems. Apatite fission track data also plot on a steep age-elevation curve indicating rapid exhumation until the end of the Miocene. The 6 Ma event is interpreted as reflecting tectonically driven uplift of the Aar massif. The late Miocene timing implies that the increase of precipitation in the Pliocene did not trigger rapid exhumation in the Aar massif. The Messinian salinity crisis in the Mediterranean could not directly intensify erosion of the Aar but associated erosional output from the entire Alps may have tapered the orogenic wedge and caused reactivation of thrusting in the Aar massif. The high exhumation rates in the Messinian were followed by a decrease to ~1.3 km/Ma as evidenced by ~8 km of exhumation during last 6 Ma. The slowing of exhumation is also apparent from apatite (U-Th)1He age-elevation data in the northern part of the Lötschen valley where they plot on a ~0.5km/Ma line and range from 2.4 to 6.4 Ma However, from the apatite (U-Th)/He and fission track data from the NEAT tunnel, there is an indication of a perturbation of the record. The apatite ages are youngest under the axis of the valley, in contrast to an expected pattern where they would be youngest in the deepest sections of the tunnel due to heat advection into ridges. The valley however, developed in relatively soft schists while the ridges are built of solid granitoids. In line with hydrological observations from the tunnel, we suggest that the relatively permeable rocks under the valley floor, served as conduits of geothermal fluids that caused reheating leading to partial Helium loss and fission track annealing in apatites. In consequence, apatite ages from the lowermost samples are too young and the calculated exhumation rates may underestimate true values. This study demonstrated that high-density sampling is indispensable to provide meaningful thermochronological data in the Alpine setting. The multi-system approach allows verifying plausibility of the data and highlighting sources of perturbation. RÉSUMÉ DE THÈSE : La thermochronologie de basse température dépend de l'utilisation de systèmes radiométriques dont la température de fermeture est nettement inférieure à la température de cristallisation du minéral. Les résultats obtenus sont par conséquent interprétés comme des âges de refroidissement qui diffèrent des âges de formation obtenus par le biais d'autres systèmes de datation. Grâce aux températures de refroidissement basses, il est aisé de reconstruire les chemins de refroidissement et d'exhumation des roches lors de leur résidence dans la croute superficielle (jusqu'à 10 km). Les processus qui entrent en jeu à ces faibles profondeurs tels que l'exhumation finale, la fracturation et le faillage ainsi que la formation du relief sont fondamentaux dans l'évolution des chaînes de montagne. Ces dernières années, il est devenu clair que l'enregistrement thermochronologique dans les orogènes peut être influencé par le relief et réinitialisé par l'advection de la chaleur liée à la circulation de fluides géothermaux après le refroidissement initial. L'objectif de cette thèse est de reconstruire l'histoire tectono-thermique du massif de l'Aar dans les Alpes suisses Centrales à l'aide de trois thermochronomètres; (U-Th)/He sur zircon, (U-Th)/He sur apatite et les traces de fission sur apatite. Afin d'atteindre cet objectif, nous avons récolté un grand nombre d'échantillons provenant de différentes altitudes dans la vallée fortement incisée de Lötschental ainsi que du tunnel de NEAT. Cette stratégie d'échantillonnage nous a permis de contraindre de manière précise la chronologie, les quantités et les mécanismes d'exhumation de cette zone des Alpes Centrales, d'évaluer le rôle de la topographie sur l'enregistrement thermochronologique et de tester l'impact de l'hydrothermalisme sur les géochronomètres. Les échantillons ont été prélevés à des altitudes comprises entre 650 et 3930m selon 5 profils verticaux en surface et un dans le tunnel. Quand cela à été possible, les trois systèmes radiométriques ont été appliqués aux échantillons. Les âges (U-Th)\He obtenus sur zircons sont compris entre 5.l et 9.4 Ma et sont corrélés de manière positive avec l'altitude. Les graphiques représentant l'âge et l'élévation montrent une nette rupture de la pente qui traduisent un accroissement de la vitesse d'exhumation de 0.4 à 3 km\Ma il y a 6 Ma. Cette accélération de l'exhumation est confirmée par les vitesses de refroidissement de l'ordre de 100°C\Ma obtenus à partir des différents âges sur zircons et à partir des autres systèmes géochronologiques. Les données obtenues par traces de fission sur apatite nous indiquent également une exhumation rapide jusqu'à la fin du Miocène. Nous interprétons cet évènement à 6 Ma comme étant lié à l'uplift tectonique du massif de l'Aar. Le fait que cet évènement soit tardi-miocène implique qu'une augmentation des précipitations au Pliocène n'a pas engendré cette exhumation rapide du massif de l'Aar. La crise Messinienne de la mer méditerranée n'a pas pu avoir une incidence directe sur l'érosion du massif de l'Aar mais l'érosion associée à ce phénomène à pu réduire le coin orogénique alpin et causer la réactivation des chevauchements du massif de l'Aar. L'exhumation rapide Miocène a été suivie pas une diminution des taux d'exhumation lors des derniers 6 Ma (jusqu'à 1.3 km\Ma). Cependant, les âges (U-Th)\He sur apatite ainsi que les traces de fission sur apatite des échantillons du tunnel enregistrent une perturbation de l'enregistrement décrit ci-dessus. Les âges obtenus sur les apatites sont sensiblement plus jeunes sous l'axe de la vallée en comparaison du profil d'âges attendus. En effet, on attendrait des âges plus jeunes sous les parties les plus profondes du tunnel à cause de l'advection de la chaleur dans les flancs de la vallée. La vallée est creusée dans des schistes alors que les flancs de celle-ci sont constitués de granitoïdes plus durs. En accord avec les observations hydrologiques du tunnel, nous suggérons que la perméabilité élevée des roches sous l'axe de la vallée à permi l'infiltration de fluides géothermaux qui a généré un réchauffement des roches. Ce réchauffement aurait donc induit une perte d'Hélium et un recuit des traces de fission dans les apatites. Ceci résulterait en un rajeunissement des âges apatite et en une sous-estimation des vitesses d'exhumation sous l'axe de la vallée. Cette étude à servi à démontrer la nécessité d'un échantillonnage fin et précis afin d'apporter des données thermochronologiques de qualité dans le contexte alpin. Cette approche multi-système nous a permi de contrôler la pertinence des données acquises ainsi que d'identifier les sources possibles d'erreurs lors d'études thermochronologiques. RÉSUMÉ LARGE PUBLIC Lors d'une orogenèse, les roches subissent un cycle comprenant une subduction, de la déformation, du métamorphisme et, finalement, un retour à la surface (ou exhumation). L'exhumation résulte de la déformation au sein de la zone de collision, menant à un raccourcissement et un apaissessement de l'édifice rocheux, qui se traduit par une remontée des roches, création d'une topographie et érosion. Puisque l'érosion agit comme un racloir sur la partie supérieure de l'édifice, des tentatives de corrélation entre les épisodes d'exhumation rapide et les périodes d'érosion intensive, dues aux changements climatiques, ont été effectuées. La connaissance de la chronologie et du lieu précis est d'une importance capitale pour une quelconque reconstruction de l'évolution d'une chaîne de montagne. Ces critères sont donnés par un retraçage des changements de la température de la roche en fonction du temps, nous donnant le taux de refroidissement. L'instant auquel les roches ont refroidit, passant une certaine température, est contraint par l'application de techniques de datation par radiométrie. Ces méthodes reposent sur la désintégration des isotopes radiogéniques, tels que l'uranium et le potassium, tous deux abondants dans les roches de la croûte terrestre. Les produits de cette désintégration ne sont pas retenus dans les minéraux hôtes jusqu'au moment du refroidissement de la roche sous une température appelée 'de fermeture' , spécifique à chaque système de datation. Par exemple, la désintégration radioactive des atomes d'uranium et de thorium produit des atomes d'hélium qui s'échappent d'un cristal de zircon à des températures supérieures à 200°C. En mesurant la teneur en uranium-parent, l'hélium accumulé et en connaissant le taux de désintégration, il est possible de calculer à quel moment la roche échantillonnée est passée sous la température de 200°C. Si le gradient géothermal est connu, les températures de fermeture peuvent être converties en profondeurs actuelles (p. ex. 200°C ≈ 7km), et le taux de refroidissement en taux d'exhumation. De plus, en datant par système radiométrique des échantillons espacés verticalement, il est possible de contraindre directement le taux d'exhumation de la section échantillonnée en observant les différences d'âges entre des échantillons voisins. Dans les Alpes suisses, le massif de l'Aar forme une structure orographique majeure. Avec des altitudes supérieures à 4000m et un relief spectaculaire de plus de 2000m, le massif domine la partie centrale de la chaîne de montagne. Les roches aujourd'hui exposées à la surface ont été enfouies à plus de 10 km de profond il y a 20 Ma, mais la topographie actuelle du massif de l'Aar semble surtout s'être développée par un soulèvement actif depuis quelques millions d'années, c'est-à-dire depuis le Néogène supérieur. Cette période comprend un changement climatique soudain ayant touché l'Europe il y a environ 5 Ma et qui a occasionné de fortes précipitations, entraînant certainement une augmentation de l'érosion et accélérant l'exhumation des Alpes. Dans cette étude, nous avons employé le système de datation (U-TH)/He sur zircon, dont la température de fermeture de 200°C est suffisamment basse pour caractériser l'exhumation du Néogène sup. /Pliocène. Les échantillons proviennent du Lötschental et du tunnel ferroviaire le plus profond du monde (NEAT) situé dans la partie ouest du massif de l'Aar. Considérés dans l'ensemble, ces échantillons se répartissent sur un dénivelé de 3000m et des âges de 5.1 à 9.4 Ma. Les échantillons d'altitude supérieure (et donc plus vieux) documentent un taux d'exhumation de 0.4 km/Ma jusqu'à il y a 6 Ma, alors que les échantillons situés les plus bas ont des âges similaires allant de 6 à 5.4 Ma, donnant un taux jusqu'à 3km /Ma. Ces données montrent une accélération dramatique de l'exhumation du massif de l'Aar il y a 6 Ma. L'exhumation miocène sup. du massif prédate donc le changement climatique Pliocène. Cependant, lors de la crise de salinité d'il y a 6-5.3 Ma (Messinien), le niveau de la mer Méditerranée est descendu de 3km. Un tel abaissement de la surface d'érosion peut avoir accéléré l'exhumation des Alpes, mais le bassin sud alpin était trop loin du massif de l'Aar pour influencer son érosion. Nous arrivons à la conclusion que la datation (U-Th)/He permet de contraindre précisément la chronologie et l'exhumation du massif de l'Aar. Concernant la dualité tectonique-érosion, nous suggérons que, dans le cas du massif de l'Aar, la tectonique prédomine.

Rates and pattern of evolution among Cretaceous radiolarians: relations with global paleoceanographic events

We present a new approach for analyzing the turnover rates of Cretaceous radiolarians recorded in pelagic sequences of western Tethys, The analysis of major extinction-radiation events and the fluctuation of diversity are compared with major paleoceanographic events and variation of diversity in dinoflagellates, calcareous nannoplankton and ammonites. There is an extraordinary correlation between biotic changes and sea level changes, temperatures, O, C and Sr isotopes, phosphorus accumulation rates and anoxic episodes. This reveals a predominantly abiotic control on the evolution of radiolarians. The rate of turnover and the diversity through time of two major orders of radiolarians (nassellarians and spumellarians) exhibits (1) the quasi-parallelism of their diversity curves, excluding a direct competition between them, (2) greater resistance of spumellarians to extinction during the early stage of extinction intervals and (3) a stronger post-extinction recovery of nassellarians. Evolutionary rates of radiolarians can be a good means of monitoring global environmental changes and allowing us to understand more clearly the relationship between plankton evolution, climate and pale oceanographic processes.

Micropapillary pattern in lung adenocarcinoma: aspect on 18F-fluorodeoxyglucose positron emission tomography/computed tomography imaging.

We diagnosed a non-small cell lung carcinoma in a 49-year-old female patient with the histopathological diagnosis of stage IIIB mixed bronchioloalveolar and papillary adenocarcinoma with extensive micropapillary feature, which was not visualized on the preoperative multimodality imaging with positron emission tomography (PET) and computed tomography (CT). The micropapillary component characterized by a unique growth pattern with particular morphological features can be observed in all subtypes of lung adenocarcinoma. Micropapillary component is increasingly recognized as a distinct entity associated with higher aggressiveness. Even the most modern multimodality PET/CT imaging technology may fail to adequately visualize this important component with highly relevant prognostic implications. Thus, the pathologist needs to consciously look for a micropapillary component in the surgical specimen or in preoperative biopsies or cytology. This may have potential future treatment implications, as adjuvant or neoadjuvant chemotherapy may be of relevance, even in the early stages of the disease.

Bristle pattern formation in the thorax formation of Drosophila: a systems level approach

A fundamental question in developmental biology is how tissues are patterned to give rise to differentiated body structures with distinct morphologies. The Drosophila wing disc offers an accessible model to understand epithelial spatial patterning. It has been studied extensively using genetic and molecular approaches. Bristle patterns on the thorax, which arise from the medial part of the wing disc, are a classical model of pattern formation, dependent on a pre-pattern of trans-activators and –repressors. Despite of decades of molecular studies, we still only know a subset of the factors that determine the pre-pattern. We are applying a novel and interdisciplinary approach to predict regulatory interactions in this system. It is based on the description of expression patterns by simple logical relations (addition, subtraction, intersection and union) between simple shapes (graphical primitives). Similarities and relations between primitives have been shown to be predictive of regulatory relationships between the corresponding regulatory factors in other Systems, such as the Drosophila egg. Furthermore, they provide the basis for dynamical models of the bristle-patterning network, which enable us to make even more detailed predictions on gene regulation and expression dynamics. We have obtained a data-set of wing disc expression patterns which we are now processing to obtain average expression patterns for each gene. Through triangulation of the images we can transform the expression patterns into vectors which can easily be analysed by Standard clustering methods. These analyses will allow us to identify primitives and regulatory interactions. We expect to identify new regulatory interactions and to understand the basic Dynamics of the regulatory network responsible for thorax patterning. These results will provide us with a better understanding of the rules governing gene regulatory networks in general, and provide the basis for future studies of the evolution of the thorax-patterning network in particular.

Détection et exploitation de traces de produits stupéfiants. Partie II : Les billets de banque.

"Argent et stupéfiants, stupéfiants et argent" : c'est un binôme bien implanté dans l'imaginaire commun. La production, le transport et la vente de stupéfiants constituent l'un des principaux trafics illicites au niveau international et permettent, à travers le blanchiment de l'argent qui en est issu, de financer beaucoup d'activités illégales. Dans ce cadre, le monde judiciaire montre un intérêt tout particulier à pouvoir démontrer que des sommes d'argent ont été en contact avec des produits stupéfiants et donc de les relier à leur trafic. C'est dans cette optique que l'analyse des contaminations en produits stupéfiants que l'on retrouve sur les billets de banque constitue un outil intéressant. Il s'agit de pouvoir établir que des billets en circulation présentent peu de traces de stupéfiants alors que les billets saisis dans le cadre de la répression du trafic illicite de stupéfiants en présentent en quantité plus importante. Les résultats de cette étude confirment qu'il est possible de mettre en évidence une différence significative entre la population des billets en circulation et la population des billets saisis tant pour les francs suisses que pour les euros. La méthodologie développée pour déterminer si un lot de billets est relié au trafic de produits stupéfiants est ainsi validée et constitue une contribution nouvelle dans la lutte contre le trafic des stupéfiants.

A multicase study for the evaluation of a pattern-based visual design process for collaborative learning

Collage is a pattern-based visual design authoring tool for the creation of collaborative learning scripts computationally modelled with IMS Learning Design (LD). The pattern-based visual approach aims to provide teachers with design ideas that are based on broadly accepted practices. Besides, it seeks hiding the LD notation so that teachers can easily create their own designs. The use of visual representations supports both the understanding of the design ideas and the usability of the authoring tool. This paper presents a multicase study comprising three different cases that evaluate the approach from different perspectives. The first case includes workshops where teachers use Collage. A second case implies the design of a scenario proposed by a third-party using related approaches. The third case analyzes a situation where students follow a design created with Collage. The cross-case analysis provides a global understanding of the possibilities and limitations of the pattern-based visual design approach.

From a pattern-language to a pattern ontology approach for CSCL script design

Collaborative activities, in which students actively interact with each other, have proved to provide significant learning benefits. In Computer-Supported Collaborative Learning (CSCL), these collaborative activities are assisted by technologies. However, the use of computers does not guarantee collaboration, as free collaboration does not necessary lead to fruitful learning. Therefore, practitioners need to design CSCL scripts that structure the collaborative settings so that they promote learning. However, not all teachers have the technical and pedagogical background needed to design such scripts. With the aim of assisting teachers in designing effective CSCL scripts, we propose a model to support the selection of reusable good practices (formulated as patterns) so that they can be used as a starting point for their own designs. This model is based on a pattern ontology that computationally represents the knowledge captured on a pattern language for the design of CSCL scripts. A preliminary evaluation of the proposed approach is provided with two examples based on a set of meaningful interrelated patters computationally represented with the pattern ontology, and a paper prototyping experience carried out with two teaches. The results offer interesting insights towards the implementation of the pattern ontology in software tools.