Endosymbiosis in trypanosomatids: the genomic cooperation between bacterium and host in the synthesis of essential amino acids is heavily influenced by multiple horizontal gene transfers

Background Trypanosomatids of the genera Angomonas and Strigomonas live in a mutualistic association characterized by extensive metabolic cooperation with obligate endosymbiotic Betaproteobacteria. However, the role played by the symbiont has been more guessed by indirect means than evidenced. Symbiont-harboring trypanosomatids, in contrast to their counterparts lacking symbionts, exhibit lower nutritional requirements and are autotrophic for essential amino acids. To evidence the symbiont’s contributions to this autotrophy, entire genomes of symbionts and trypanosomatids with and without symbionts were sequenced here. Results Analyses of the essential amino acid pathways revealed that most biosynthetic routes are in the symbiont genome. By contrast, the host trypanosomatid genome contains fewer genes, about half of which originated from different bacterial groups, perhaps only one of which (ornithine cyclodeaminase, EC:4.3.1.12) derived from the symbiont. Nutritional, enzymatic, and genomic data were jointly analyzed to construct an integrated view of essential amino acid metabolism in symbiont-harboring trypanosomatids. This comprehensive analysis showed perfect concordance among all these data, and revealed that the symbiont contains genes for enzymes that complete essential biosynthetic routes for the host amino acid production, thus explaining the low requirement for these elements in symbiont-harboring trypanosomatids. Phylogenetic analyses show that the cooperation between symbionts and their hosts is complemented by multiple horizontal gene transfers, from bacterial lineages to trypanosomatids, that occurred several times in the course of their evolution. Transfers occur preferentially in parts of the pathways that are missing from other eukaryotes. Conclusion We have herein uncovered the genetic and evolutionary bases of essential amino acid biosynthesis in several trypanosomatids with and without endosymbionts, explaining and complementing decades of experimental results. We uncovered the remarkable plasticity in essential amino acid biosynthesis pathway evolution in these protozoans, demonstrating heavy influence of horizontal gene transfer events, from Bacteria to trypanosomatid nuclei, in the evolution of these pathways.

Influence of apical foramen lateral opening and file size on cemental canal instrumentation

Since instrumentation of the apical foramen has been suggested for cleaning and disinfection of the cemental canal, selection of the file size and position of the apical foramen have challenging steps. This study analyzed the influence of apical foramen lateral opening and file size can exert on cemental canal instrumentation. Thirty-four human maxillary central incisors were divided in two groups: Group 1 (n=17), without flaring, and Group 2 (n=17), with flaring with LA Axxess burs. K-files of increasing diameters were progressively inserted into the canal until binding at the apical foramen was achieved and tips were visible and bonded with ethyl cyanoacrylate adhesive. Roots/files set were cross-sectioned 5 mm from the apex. Apices were examined by scanning electron microscopy at ×140 and digital images were captured. Data were analyzed statistically by Student’s t test and Fisher’s exact test at 5% significance level. SEM micrographs showed that 19 (56%) apical foramina emerged laterally to the root apex, whereas 15 (44%) coincided with it. Significantly more difficulty to reach the apical foramen was noted in Group 2. Results suggest that the larger the foraminal file size, the more difficult the apical foramen instrumentation may be in laterally emerged cemental canals.

Influence of cervical preflaring on determination of apical file size in the palatal roots of maxillary molars

PURPOSE: The aim of this study was to investigate the influence of cervical preflaring in determining the initial apical file (IAF) in the palatal roots of maxillary molars, and to determine the morphologic shape of the canal 1 mm short of the apex. METHODS: After preparing standard access cavities the group 1 received the IAF without cervical preflaring (WCP). In groups 2 to 5, preflaring was performed with Gates-Glidden (GG), Anatomic Endodontics Technology (AET), GT Rotary Files (GT) and LA Axxes (LA), respectively. Each canal was sized using manual K-files, starting with size 08 files, and making passive movements until the WL was reached. File sizes were increased until a binding sensation was felt at the WL. The IAF area and the area of the root canal were measured to verify the percentage occupied by the IAF inside the canal in each sample by SEM. The morphologic shape of the root canal was classified as circular, oval or flattened. Statistical analysis was performed by ANOVA/Tukey test (P < 0.05). RESULTS: The decreasing percentages occupied by the IAF inside the canal were: LA>GT=AET>GG>WCP. The morphologic shape was predominantly oval. CONCLUSION: The type of cervical preflaring used interferes in the determination of IAF.

Sincronizzazione e condivisione di file system tra sistemi operativi

La necessità di sincronizzare i propri dati si presenta in una moltitudine di situazioni, infatti il numero di dispositivi informatici a nostra disposizione è in continua crescita e, all' aumentare del loro numero, cresce l' esigenza di mantenere aggiornate le multiple copie dei dati in essi memorizzati. Vi sono diversi fattori che complicano tale situazione, tra questi la varietà sempre maggiore dei sistemi operativi utilizzati nei diversi dispositivi, si parla di Microsoft Windows, delle tante distribuzioni Linux, di Mac OS X, di Solaris o di altri sistemi operativi UNIX, senza contare i sistemi operativi più orientati al settore mobile come Android. Ogni sistema operativo ha inoltre un modo particolare di gestire i dati, si pensi alla differente gestione dei permessi dei file o alla sensibilità alle maiuscole. Bisogna anche considerare che se gli aggiornamenti dei dati avvenissero soltanto su di uno di questi dispositivi sarebbe richiesta una semplice copia dei dati aggiornati sugli altri dispositivi, ma che non è sempre possibile utilizzare tale approccio. Infatti i dati vengono spesso aggiornati in maniera indipendente in più di un dispositivo, magari nello stesso momento, è pertanto necessario che le applicazioni che si occupano di sincronizzare tali dati riconoscano le situazioni di conflitto, nelle quali gli stessi dati sono stati aggiornati in più di una copia ed in maniera differente, e permettano di risolverle, uniformando lo stato delle repliche. Considerando l' importanza e il valore che possono avere i dati, sia a livello lavorativo che personale, è necessario che tali applicazioni possano garantirne la sicurezza, evitando in ogni caso un loro danneggiamento, perchè sempre più spesso il valore di un dispositivo dipende più dai dati in esso contenuti che dal costo dello hardware. In questa tesi verranno illustrate alcune idee alternative su come possa aver luogo la condivisione e la sincronizzazione di dati tra sistemi operativi diversi, sia nel caso in cui siano installati nello stesso dispositivo che tra dispositivi differenti. La prima parte della tesi descriverà nel dettaglio l' applicativo Unison. Tale applicazione, consente di mantenere sincronizzate tra di loro repliche dei dati, memorizzate in diversi dispositivi che possono anche eseguire sistemi operativi differenti. Unison funziona a livello utente, analizzando separatamente lo stato delle repliche al momento dell' esecuzione, senza cioè mantenere traccia delle operazioni che sono state effettuate sui dati per modificarli dal loro stato precedente a quello attuale. Unison permette la sincronizzazione anche quando i dati siano stati modificati in maniera indipendente su più di un dispositivo, occupandosi di risolvere gli eventuali conflitti che possono verificarsi rispettando la volontà dell' utente. Verranno messe in evidenza le strategie utilizzate dai suoi ideatori per garantire la sicurezza dei dati ad esso affidati e come queste abbiano effetto nelle più diverse condizioni. Verrà poi fornita un' analisi dettagiata di come possa essere utilizzata l' applicazione, fornendo una descrizione accurata delle funzionalità e vari esempi per renderne più chiaro il funzionamento. Nella seconda parte della tesi si descriverà invece come condividere file system tra sistemi operativi diversi all' interno della stessa macchina, si tratta di un approccio diametralmente opposto al precedente, in cui al posto di avere una singola copia dei dati, si manteneva una replica per ogni dispositivo coinvolto. Concentrando l' attenzione sui sistemi operativi Linux e Microsoft Windows verranno descritti approfonditamente gli strumenti utilizzati e illustrate le caratteristiche tecniche sottostanti.

Dalla Francia all'Italia: impegno politico, inchiesta e transfers culturali alle origini della sociologia del lavoro in Italia

Sociology of work in Italy revived at the end of WWII, after thirty years of forced oblivion. This thesis examines the history of discipline by considering three paths that it followed from its revival up to its institutionalization: the influence of the productivity drive, the role of trade unions and the activity of early young researchers. European Productivity Agency's Italian office Comitato Nazionale per la Produttività propagandised studies on management and on the effects of the industrialization on work and society. Academicians, technicians, psychologists who worked for CNP started rethinking sociology of work, but the managerial use of sociology was unacceptable for both trade unions and young researchers. So “free union” CISL created a School in Florence with an eager attention to social sciences as a medium to become a new model union, while Marxist CGIL, despite its ideological aversion to sociology, finally accepted the social sciences lexicon in order to explain the work changes and to resist against the employers' association offensive. On the other hand, political and social engagement led a first generation of sociologists to study social phenomenon in the recently industrialized Italy by using the sociological analysis. Finally, the thesis investigate the cultural transfers from France, whose industrial sociology (sociologie du travail) was considered as a reference in continental Europe. Nearby the wide importance of French sociologie, financially aided by planning institutions in order to employ it in the industrial reconstruction, other minor experiences such as the social surveys accomplished by worker-priests in the suburbs of industrial cities and the heterodox Marxism of the review “Socialisme ou Barbarie” influenced Italian sociology of work.

Indagini forensi in tema di scambio di file pedopornografici mediante software di file sharing a mezzo peer-to-peer

La prova informatica richiede l’adozione di precauzioni come in un qualsiasi altro accertamento scientifico. Si fornisce una panoramica sugli aspetti metodologici e applicativi dell’informatica forense alla luce del recente standard ISO/IEC 27037:2012 in tema di trattamento del reperto informatico nelle fasi di identificazione, raccolta, acquisizione e conservazione del dato digitale. Tali metodologie si attengono scrupolosamente alle esigenze di integrità e autenticità richieste dalle norme in materia di informatica forense, in particolare della Legge 48/2008 di ratifica della Convenzione di Budapest sul Cybercrime. In merito al reato di pedopornografia si offre una rassegna della normativa comunitaria e nazionale, ponendo l’enfasi sugli aspetti rilevanti ai fini dell’analisi forense. Rilevato che il file sharing su reti peer-to-peer è il canale sul quale maggiormente si concentra lo scambio di materiale illecito, si fornisce una panoramica dei protocolli e dei sistemi maggiormente diffusi, ponendo enfasi sulla rete eDonkey e il software eMule che trovano ampia diffusione tra gli utenti italiani. Si accenna alle problematiche che si incontrano nelle attività di indagine e di repressione del fenomeno, di competenza delle forze di polizia, per poi concentrarsi e fornire il contributo rilevante in tema di analisi forensi di sistemi informatici sequestrati a soggetti indagati (o imputati) di reato di pedopornografia: la progettazione e l’implementazione di eMuleForensic consente di svolgere in maniera estremamente precisa e rapida le operazioni di analisi degli eventi che si verificano utilizzando il software di file sharing eMule; il software è disponibile sia in rete all’url http://www.emuleforensic.com, sia come tool all’interno della distribuzione forense DEFT. Infine si fornisce una proposta di protocollo operativo per l’analisi forense di sistemi informatici coinvolti in indagini forensi di pedopornografia.

FS.js, una libreria file system per Node.js e HTML5

La tesi illustra le funzionalita e l'architettura di Node.js elencando e analizzando le caratteristiche che lo rendono un framework vincente nella sfida che il web attuale pone. La tesi comprende l'analisi e la descrizione del lavoro svolto per creare una libreria HTTP/ File system, integrata nel sistema di sviluppo cloud proprietario: Instant Developer , funzionante sia su Node.JS che sui browser che supportano appieno le nuove API File system di HTML 5. Particolare attenzione viene riservata per la descrizione della struttura della libreria, pensata per permettere all'utente dell'IDE di utilizzarla indifferentemente su server/browser senza preoccuparsi di chiamare metodi diversi. Fs.js permette di operare con file/cartelle, richieste HTTP in modo semplificato rispetto alle API Ufficiali dei rispettivi ambienti.