Taxonomia bacteriana - aspectos atuais e perspectivas.

Métodos genotípicos. Determinação da razão de bases do DNA (% em moles de G + C); Hibridação DNA-DNA (HDD); Estudos filogenéticos com base no gene ribossomal 16S; Métodos de caracterização baseados nos polimorfismos de DNA (tipagem molecular); Métodos fenotípicos; Delineamento de uma espécie; Técnicas atuais na taxonomia bacteriana: utilização da genômica na taxonomia bacteriana; Utilização da metodologia de "Multilocus Sequence Analysis" - MLSA; Utilização da espectrometria de massa na identificação e classificação bacteriana.

Effect of fetal bovine serum on Candida glabrata cultures

Dissertação de mestrado integrado em Engenharia Biomédica (área de especialização em Engenharia Clínica)

Análise de fragmentos arqueológicos: um diálogo entre a Química, Biologia e Arqueologia

Dissertação de mestrado em Técnicas de Caracterização e Análise Química

Um estudo sobre as águas subterrâneas da região de Piracicaba

Uma opção para abastecimento de água às indústrias e populações tem sido a utilização das águas subterrâneas. Na região de Piracicaba, onde os mananciais de superfície apresentam os maiores teores de poluição do Brasil, tem-se procurado a utilização dos recursos hídricos subterrâneos. Com uma contribuição às medidas de ordem prática no estabelecimento de baterias de poços artesianos, iniciamos um estudo sistemático dessas águas visando sua utilização para o abastecimento da população, indústria e agricultura. Neste estudo foram analisadas amostras de águas subterrâneas da região de Piracicaba, colhidas em 23 poços artezianos, 3 artezianos jorrantes, 4 freáticos e 3 mananciais. Por meio da espectrometria de massa foram feitas determinações das concentrações dos isótopos D e (18)0 e estudou-se a correlação destes dados com as concentrações de D e (18)0, previamente determinadas por SALATI et alii (1972) para as águas de precipitação da mesma região e para o rio Piracicaba. Algumas análises químicas também foram efetuadas. De um exame preliminar pode deduzir-se que: a) as águas subterrâneas de vários poços de região podem ser representativas de um único aquífero, em virtude das pequenas variações apresentadas por suas concentrações isotópicas; b) a concordência entre as concentrações de D e (18)0 das águas de precipitação e subterrâneas sugere que as zonas de recarga são muito permeáveis; c) as concentrações isotópicas mais elevadas das águas do rio Piracicaba, em comparação com as das águas subterrâeas indicam ser este rio um efluente dos aquíferos da região em foco; d) de maneira geral, as águas subterrâneas, apresentam-se de qualidade imprópria para o consumo humano; e) evidenciou-se também a pequena vazão oferecida pela maioria dos poços profundos. Por ultimo, este estudo proporcionou outras informações que permitirão melhor orientação nas futuras investigações hidrogeológicas.

Exposició Materno Fetal a l’Alcohol

Estudi transversal de mares i mostres de meconi en neonats per determinar i quantificar la presència dels metabòlits directes de l’etanol (Etil Glucorònid i Etil Sulfat). Mitjançant les entrevistes clíniques a les mares i l’anàlisi del meconi utilitzant la tècnica de Cromatografia Líquida i Espectrometria de Masses es pretén establir la prevalença del consum d’alcohol durant la gestació i per tant l’exposició fetal a l’etanol. Mitjançant aquest treball també es pretén valorar la conveniència d’estandaritzar un marcador analític utilitzat com a prova d’screening neonatal per la detecció precoç de les alteracions derivades del consum d’alcohol durant l’embaràs.

Controlo e Aquisição de Dados no aparelho Posch ToF-SIMS

A espectrometria de massa de iões secundários por tempo-de-voo, ToF-SIMS, é umas das mais importantes e versáteis técnicas de análise de superfícies. As suas características únicas tais como excelente resolução em massa, alta sensibilidade, elevada resolução lateral e em profundidade e ausência de limite da massa superior, justificam a sua adopção como técnica favorita em campos tão diversos como a análise de metais, semicondutores, isoladores e compostos orgânicos. A técnica SIMS com feixe primário duplo (dual beam SIMS) é uma técnica extremamente poderosa para uma variedade de aplicações de análise em profundidade. A utilização de feixes de iões separados para a erosão e análise de uma amostra permite a variação independente de diferentes parâmetros experimentais. Desenvolveram-se duas aplicações em LabVIEWTM que permitem efectuar análises de superfícies com as técnicas SIMS estático, SIMS Imagem e dual beam SIMS. As aplicações desenvolvidas permitiram optimizar o controlo do espectrómetro de massa do tipo ToF-SIMS do laboratório de ciências de superfície do Grupo de Ciências de Superfície e Tecnologia de Vácuo do CEFITEC, a conversão e aquisição de dados e a sua representação e armazenamento. O trabalho efectuado constitui uma grande inovação no sistema de aquisição de dados e no controlo do espectrómetro de ToF-SIMS. As versões actuais das aplicações desenvolvidas estão aptas a responder, com fiabilidade, às necessidades do utilizador.

Lipídios em sedimentos arqueológicos: resultados preliminares do sítio arqueológico Rio do Meio, Ilha de Santa Catarina (SC)

Este trabalho foi realizado com o objetivo de avaliar a distribuição de lipídios em sedimentos arqueológicos do sítio Rio do Meio, Ilha de Santa Catarina. Nos extratos totais de lipídios, analisados por cromatografia gasosa e espectrometria de massas (CG e CG-EM), predominaram os compostos ácidos e álcoois saturados. Foram detectados pelo menos dois tipos de matéria orgânica: uma antiga e outra comparativamente recente. Na primeira, o extrato total de lipídios foi dominado por ácidos graxos de cadeias curtas (< Ac20:0), com menor percentagem de ácidos e álcoois de cadeias longas (> Ac20:0 e Al20:0). Em contraste, na deposição classificada como recente, foram identificados em maiores teores os ácidos e álcoois de cadeias longas (> Ac20:0 e Al20:0). Neste estudo, foi possível observar a incorporação de material orgânico procedente de fontes de origem vegetal, bacteriana e, possivelmente, animal (gorduras) nos sedimentos arqueológicos analisados.

Doses e fontes de nitrogênio na produtividade do eucalipto e nas frações da matéria orgânica em solo da região do cerrado de Minas Gerais

Apesar da grande quantidade de N acumulada em plantações de eucalipto de alta produtividade, o aumento em volume do tronco em resposta à aplicação de N não tem sido expressivo nem consistente. O objetivo deste trabalho foi verificar o efeito de doses e fontes de N sobre o crescimento e o acúmulo de N em plantas de eucalipto, na serapilheira, além do impacto nas frações da matéria orgânica do solo (MOS). O experimento foi instalado em campo, no município de Itamarandiba-MG, em blocos ao acaso com três repetições, consistindo da aplicação em cobertura de doses (0, 60, 120 e 240 kg ha-1) e fontes de N distintas (sulfato de amônio e nitrato de amônio) em clone de eucalipto (AEC1528®). O efeito dos tratamentos sobre o crescimento e acúmulo de N nas plantas foi avaliado aos 30 meses de idade, abatendo-se árvores com DAP médio e separando-as em lenho, casca, galhos e folhas, para determinação da produção de matéria seca e dos teores e conteúdos de nutrientes das plantas. Amostras de solo e de serapilheira foram coletadas para análises de nutrientes. Os teores de C e N total da matéria orgânica particulada (MOP) e da matéria orgânica associada à fração mineral (MOAM) foram determinados por espectrometria de massa de razão isotópica, após separação física da MOS. As análises estatísticas consistiram de análise de variância e de regressão. A aplicação de adubos nitrogenados promoveu aumento no crescimento volumétrico do tronco e na matéria seca da parte aérea. A dose de N como sulfato de amônio para obter 90 % da produção máxima foi de 74 kg ha-1, a qual resultou em incremento de 42,3 % no volume de tronco em relação à testemunha sem adubação nitrogenada. Na dose de 120 kg ha-1 de N, não houve diferença de resposta à aplicação de sulfato de amônio e nitrato de amônio. Não foram detectadas alterações nos estoques de C e N da MOS com a adubação nitrogenada. No entanto, houve aumento da absorção de Ca, Mg e S. A taxa de recuperação aparente de N no campo foi maior na dose de 120 kg ha-1 de N, atingindo 34,4 %.

Liquid chromatography - Mass spectrometry

In this article, selected examples of applications of liquid chromatography coupled to mass spectrometry are given. The examples include the analysis of i) impurities in manufactured, pharmaceutical or synthesis products, ii) polyphenols in natural products, and iii) phytohormones in plant extracts. Finally, examples of applications of molecular characterization via flow injection analysis by electron spray ionization mass spectrometry (ESI-MS) are also given.

Ação e caracterização química de óleos essenciais no manejo da antracnose do maracujá

Objetivou-se avaliar dois métodos de inoculação de Colletotrichum gloeosporioides em maracujá, testar a patogenicidade de diferentes isolados, o efeito fungitóxico e a composição química dos óleos essenciais das espécies medicinais alecrim-pimenta (Lippia sidoides Cham.), capim-santo [Cymbopogon citratus (D. C.) Stapf.], alfavaca-cravo (Ocimum gratissimum L.), no controle da antracnose [Colletotrichum gloeosporioides (Penz.)], associado ao estádio de maturação de frutos de maracujazeiro-amarelo. Avaliaram-se três experimentos, onde se testou a patogenicidade de seis isolados do fungo em delineamento inteiramente casualizado, com seis repetições, outro com o mesmo delineamento em esquema fatorial 2x2 (suspensão de conídios e disco de micélio) e frutos (verdes e maduros), com seis repetições. No tratamento com frutos, utilizou-se o delineamento inteiramente casualizado, em esquema fatorial 5x3+1, sendo cinco concentrações (0; 2; 4; 6 e 8µL mL-1) e três espécies medicinais, mais o tebuconazol, com cinco repetições. Fez-se a caracterização química dos óleos por cromatografia gasosa, com espectrometria de massas. Todos os isolados foram patogênicos. Os frutos maduros apresentaram maior diâmetro das lesões, quando inoculados com suspensão de conídios. O óleo de C. citratus proporcionou o menor diâmetro das lesões nos frutos, até a concentração de 6 µL mL-1. Na concentração de 8 µL mL-1, todos os óleos inibiram o desenvolvimento do fungo. O timol (30,24%), o citral (77,74%) e o eugenol (92,89%) foram componentes majoritários em L. sidoides, C. citratus e O. gratissimum, respectivamente.

Identification of new transformation products during enzymatic treatment of tetracycline and erythromycin antibiotics at laboratory scale by an on-line turbulent flow liquid-chromatography coupled to a high resolution mass spectrometer LTQ-Orbitrap

This work describes the formation of transformation products (TPs) by the enzymatic degradation at laboratory scale of two highly consumed antibiotics: tetracycline (Tc) and erythromycin (ERY). The analysis of the samples was carried out by a fast and simple method based on the novel configuration of the on-line turbulent flow system coupled to a hybrid linear ion trap – high resolution mass spectrometer. The method was optimized and validated for the complete analysis of ERY, Tc and their transformation products within 10 min without any other sample manipulation. Furthermore, the applicability of the on-line procedure was evaluated for 25 additional antibiotics, covering a wide range of chemical classes in different environmental waters with satisfactory quality parameters. Degradation rates obtained for Tc by laccase enzyme and ERY by EreB esterase enzyme without the presence of mediators were ∼78% and ∼50%, respectively. Concerning the identification of TPs, three suspected compounds for Tc and five of ERY have been proposed. In the case of Tc, the tentative molecular formulas with errors mass within 2 ppm have been based on the hypothesis of dehydroxylation, (bi)demethylation and oxidation of the rings A and C as major reactions. In contrast, the major TP detected for ERY has been identified as the “dehydration ERY-A”, with the same molecular formula of its parent compound. In addition, the evaluation of the antibiotic activity of the samples along the enzymatic treatments showed a decrease around 100% in both cases

Identification of metabolites and thermal transformation products of quinolones in raw cow milk by liquid chromatography coupled to high resolution mass spectrometry

The presence of residues of antibiotics, metabolites, and thermal transformation products (TPs), produced during thermal treatment to eliminate pathogenic microorganisms in milk, could represent a risk for people. Cow"s milk samples spiked with enrofloxacin (ENR), ciprofloxacin (CIP), difloxacin (DIF), and sarafloxacin (SAR) and milk samples from cows medicated with ENR were submitted to several thermal treatments. The milk samples were analyzed by liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS) to find and identify TPs and metabolites. In this work, 27 TPs of 4 quinolones and 24 metabolites of ENR were found. Some of these compounds had been reported previously, but others were characterized for the first time, including lactose-conjugated CIP, the formamidation reaction for CIP and SAR, and hydroxylation or ketone formation to produce three different isomers for all quinolones studied.

Identification of metabolites and thermal transformation products of quinolones in raw cow milk by liquid chromatography coupled to high resolution mass spectrometry.

The presence of residues of antibiotics, metabolites, and thermal transformation products (TPs), produced during thermal treatment to eliminate pathogenic microorganisms in milk, could represent a risk for people. Cow"s milk samples spiked with enrofloxacin (ENR), ciprofloxacin (CIP), difloxacin (DIF), and sarafloxacin (SAR) and milk samples from cows medicated with ENR were submitted to several thermal treatments. The milk samples were analyzed by liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS) to find and identify TPs and metabolites. In this work, 27 TPs of 4 quinolones and 24 metabolites of ENR were found. Some of these compounds had been reported previously, but others were characterized for the first time, including lactose-conjugated CIP, the formamidation reaction for CIP and SAR, and hydroxylation or ketone formation to produce three different isomers for all quinolones studied.

Alterações no metabolismo da cana-de-açúcar em função da aplicação de maturadores

O objetivo deste trabalho foi avaliar as alterações nos níveis de ácido chiquímico e ácido salicílico em plantas de cana-de-açúcar submetidas à aplicação de maturadores. Aplicou-se glyphosate nas doses de 400 e 200 mL ha-1 e na dose de 150 mL ha-1 em mistura com sulfumeturon-methyl a 12 e 20 g ha-1 e sulfumeturon-methyl a 20 g ha-1. As avaliações foram realizadas aos 15 e 30 dias após a aplicação (DAA) e aos 30, 60, 90, 120 e 150 dias após a colheita da cana-de-açúcar. Os teores de ácido chiquímico e salicílico nas plantas de canade-açúcar foram determinados por cromatografia líquida e espectrometria de massas. Os resultados mostraram que as doses de glyphosate correlacionaram-se diretamente com as concentrações de ácido chiquímico na planta, sendo superiores à da testemunha. Aos 30 DAA, houve aumento na concentração de ácido salicílico em todos os tratamentos estudados, revelando um processo de senescência da planta. Maiores doses de glyphosate promoveram aumento na concentração de ácido chiquímico e ácido salicílico antes da colheita da canade-açúcar. No período de crescimento da planta, aumentos nos teores dos ácidos chiquímico e salicílico revelaram dependência da aplicação dos produtos e também dos fatores abióticos e bióticos a que a cultura foi exposta.