Étude des systèmes complexes - Des réseaux au connectome du cerveau

La connectomique est l’étude des cartes de connectivité du cerveau (animal ou humain), qu’on nomme connectomes. À l’aide des outils développés par la science des réseaux complexes, la connectomique tente de décrire la complexité fonctionnelle et structurelle du cerveau. L’organisation des connexions du connectome, particulièrement la hiérarchie sous-jacente, joue un rôle majeur. Jusqu’à présent, les modèles hiérarchiques utilisés en connectomique sont pauvres en propriétés émergentes et présentent des structures régulières. Or, la complexité et la richesse hiérarchique du connectome et de réseaux réels ne sont pas saisies par ces modèles. Nous introduisons un nouveau modèle de croissance de réseaux hiérarchiques basé sur l’attachement préférentiel (HPA - Hierarchical preferential attachment). La calibration du modèle sur les propriétés structurelles de réseaux hiérarchiques réels permet de reproduire plusieurs propriétés émergentes telles que la navigabilité, la fractalité et l’agrégation. Le modèle permet entre autres de contrôler la structure hiérarchique et apporte un support supplémentaire quant à l’influence de la structure sur les propriétés émergentes. Puisque le cerveau est continuellement en activité, nous nous intéressons également aux propriétés dynamiques sur des structures hiérarchiques produites par HPA. L’existence d’états dynamiques d’activité soutenue, analogues à l’état minimal de l’activité cérébrale, est étudiée en imposant une dynamique neuronale binaire. Bien que l’organisation hiérarchique favorise la présence d’un état d’activité minimal, l’activité persistante émerge du contrôle de la propagation par la structure du réseau.

Analyse transcriptomique de l'interaction tripartite "Pseudozyma flocculosa-Blumeria graminis f.sp. hordei-Hordeum vulgare"

Afin d’améliorer nos pratiques agricoles dans le contexte d’une agriculture durable, plusieurs agents de lutte biologique (ALB) ont été développés, testés et sont maintenant utilisés dans le monde pour combattre les pertes de rendements causées par les maladies. Blumeria graminis f. sp. hordei ( Bgh) est l’agent pathogène responsable du blanc de l’orge et peut réduire les rendements de cette culture jusqu’à 40%. Un champignon épiphyte, Pseudozyma flocculosa, a été découvert et identifié en 1987 en association étroite avec le blanc du trèfle. Les chercheurs ont alors remarqué que ce champignon exhibait une forte activité antagoniste contre le blanc en détruisant les structures de l’agent pathogène. Suite à d’autres travaux, il est apparu que ce comportement antagoniste était dirigé contre tous les membres des Erysiphales et semblait lié à la synthèse d’un glycolipide antifongique soit la flocculosine. Toutefois, on n’est toujours pas parvenus à associer l’efficacité de l’ALB avec la production de ce glycolipide. Ces observations suggèrent que d’autres facteurs seraient impliqués lorsque les deux protagonistes, l’ALB et le blanc, sont en contact. L’objectif principal de ce projet était donc de chercher d’autres mécanismes moléculaires pouvant expliquer l’interaction P. flocculosa-blanc et orge, en faisant une analyse transcriptomique complète des trois protagonistes en même temps. L’interaction tripartite a été échantillonnée à différents temps suivant l’inoculation de P. flocculosa sur des feuilles d’orge présentant déjà une intensité de blanc d’environ 50%. Les échantillons de feuilles prélevés ont ensuite été utilisés pour l’extraction de l’ARN qui ont été ensuite transformés en ADNc pour la préparation des librairies. Cinq répliquats ont été effectués pour chaque temps et le tout a été séquencé à l’aide de séquençage par synthèse Illumina HiSeq. Les séquences obtenues (reads) ont ensuite été analysées à l’aide du logiciel CLC Genomics Workbench. Brièvement, les séquences obtenues ont été cartographiées sur les trois génomes de référence. Suite à la cartographie, les analyses d’expression ont été conduites et les gènes exprimés de façon différentielle ont été recherchés. Cette étape a été conduite en portant une attention particulière aux gènes codant pour un groupe de protéines appelées CSEP pour “candidate secreted effector proteins” qui seraient possiblement impliquées dans l’interaction tripartite. Parmi les protéines exprimées de façon différentielle en présence du blanc ou en absence de ce dernier, nous avons pu constater que certaines CSEP étaient fortement exprimées en présence du blanc. Ces résultats sont prometteurs et nous offrent une piste certaine pour l’élucidation des mécanismes impliqués dans cette interaction tripartite.

Création d'une norme provinciale pour la collecte des matières résiduelles et intégration à un SIG web

La prolifération des matières résiduelles est l'un des problèmes environnementaux que rencontre le Québec. Ainsi beaucoup d’initiatives et de politiques ont vu le jour pour faire face a la problématique de matières résiduelles. Cependant, toutes ces actions n’ont pas permis aux municipalités, ni aux populations d’être à l’abri de la prolifération des matières résiduelles dans la province du Québec. Ainsi, il est difficile d’atteindre les objectifs fixés à chaque période. Dans un esprit d’agir ensemble pour diminuer les déchets, le Gouvernement confie aux municipalités la responsabilité d’élaborer leur propre plan de gestion des matières résiduelles en tenant compte de leur contexte à savoir : mode de gestion et de traitement, le type de matières récupérés et leur outil de planification. Ce dernier permet aux populations d’avoir des informations sur la date, l’horaire et le type de matières collectées. Pour améliorer la diffusion des informations de collecte dans les municipalités, nous avons choisi de réaliser un prototype de système d’information géographique web (SIG web) pour mieux planifier la collecte des matières résiduelles. Notre étude consiste a concevoir un modèle conceptuel de données de norme québécoise portant sur la collecte des matières résiduelles, spécifiquement de créer une base de données spatialisée, et intégrer les données de collecte des matières résiduelles sur un SIG web.

Stratégie d'élaboration d'un plan de conservation des milieux humides de la MRC des Pays-d'en-Haut

La municipalité régionale de comté des Pays-d'en-Haut, située dans les Laurentides possède, sur son territoire, de nombreux milieux humides. Ils subissent une forte pression anthropique due au développement domiciliaire et à la croissance démographique dans la région, ayant pour conséquence la perte continue de superficie de milieux humides. Les biens et services écologiques qu’ils procurent à la société, qu’ils soient d’ordre économique, écologique, culturel ou social, sont autant d’arguments ayant poussé la municipalité régionale de comté des Pays-d'en-Haut à mieux connaitre et protéger ces milieux sensibles. Dans l’optique de réaliser une meilleure gestion du territoire, en dotant toutes ses municipalités d’un outil d’information et d’aide à la décision fiable et à jour, répondant de manière adéquate aux besoins des gestionnaires du territoire impliqués dans l’aménagement, la protection et la mise en valeur des espaces naturels, la municipalité régionale de comté des Pays-d'en-Haut veut réaliser un plan de conservation des milieux humides sur l’ensemble de son territoire. Un tel plan permet non seulement de favoriser l’intégration des milieux humides d’intérêt à la planification territoriale, mais peut également faciliter la préparation des demandes d’autorisations exigées par le Ministère du Développement durable, de l’Environnement et de la Lutte contre les changements climatiques, en vertu de la Loi sur la qualité de l’environnement et de la Loi concernant des mesures de compensation pour la réalisation de projets affectant un milieu humide ou hydrique. Afin de rédiger ce plan de conservation, plusieurs étapes sont nécessaires. Premièrement, des campagnes d’inventaire et de caractérisation ont eu lieu lors des dernières années. Deuxièmement, une cartographie détaillée des milieux humides a été réalisée. L’étape suivante consistait à développer une manière d’évaluer la valeur des écosystèmes humides dans le but de les prioriser. La démarche méthodologique d’évaluation des milieux humides représente le cœur d’un plan de conservation. Il fallait qu’elle se base sur des critères fiables et quantifiables. Un des objectifs principaux de cet essai était de proposer une méthodologie en se basant sur des sources scientifiques reconnues et crédibles. Aussi, la méthodologie proposée repose sur l’évaluation des valeurs écologique, économique et socioculturelle par la prise en compte des biens et services écosystémiques. L’autre objectif de l’essai était de mieux comprendre et apprivoiser les aspects législatifs relatifs à la protection des milieux humides. Une revue des lois et règlements fédéraux, provinciaux et municipaux a été faite. Un examen de la doctrine juridique est venu compléter l’analyse. Finalement, des constats sur la démarche et sur les aspects juridiques ont été faits, et des recommandations ont été formulées afin que la municipalité régionale de comté des Pays-d'en-Haut et les municipalités poursuivent leur démarche visant la protection et la conservation des milieux humides.

Bases génétiques de la différenciation adaptative en milieu anthropisé chez Macoma balthica, un bivalve marin à fort flux génique

Dans un contexte environnemental anthropisé, fragmenté et soumis à un changement climatique rapide, l’appréhension des processus d'adaptation locale des organismes marins par l'étude de zones de contact entre taxa proches constitue une approche privilégiée. Dans ces zones, des génotypes hybrides persistent malgré un état de maladaptation liée à des incompatibilités génétiques endogènes et/ou des barrières exogènes. L'histoire biogéographique complexe de la telline baltique Macoma balthica fait émerger quatre zones hybrides européennes, dont l'une, localisée autour de la Pointe Finistère (France), est le résultat d’un contact entre deux stocks génétiques ayant divergé en allopatrie. Ces divergences sont susceptibles de rompre la coadaptation entre génomes nucléaire et mitochondrial en raison de l'émergence d'incompatibilités mitonucléaires (MNIs). Ainsi, les sous-unités protéiques des cinq complexes de la chaine OXPHO sont codées à la fois par des gènes nucléaires et mitochondriaux, et une coévolution intergénomique étroite est requise pour maintenir la production énergétique cellulaire. De précédentes données de transcriptomique dévoilent de probables MNIs chez M. balthica au niveau des complexes respiratoires I et V, Afin d’apporter des éléments de compréhension aux mécanismes de maintien des zones hybrides dans un contexte de pression anthropique, le présent travail se propose de tester l'hypothèse de putatives MNIs dans cette zone de contact. Pour cela, (i) six mitogénomes correspondant à cinq lignées haplotypiques divergentes en Europe ont été séquencés et l'architecture génomique a été étudiée conjointement à une cartographie des mutations des 13 gènes mitochondriaux, (ii) le niveau de transcription de 5 gènes nucléaires et 8 gènes mitochondriaux (complexe I à V) des individus hybrides a été comparé à celui des lignées parentales après détermination du statut d'hybridation de chaque individu (six populations françaises). A défaut d'apporter des éléments de réponses concrets quant à l'existence de MNIs chez M. balthica, et ses répercussions évolutives en terme de dépression d'hybridation, ce travail constitue un tremplin vers une étude approfondie de la zone hybride française en développant de nouveaux outils moléculaires, et de solides techniques expérimentales pour la conduite de futurs croisements artificiels.

Proposition d'une boîte à outils générique pour la facilitation du développement d'applications cartographiques multiplateformes

Alors que la cartographie en ligne fait désormais partie du quotidien d'un nombre grandissant de personnes, le développement des ACM (Applications Cartographiques Multiplateformes) reste à ce jour une tâche complexe pour les géomaticiens. L'abondance et la l'hétérogénéité des outils disponibles à cet effet alourdit considérablement le démarrage d'un nouveau projet et peut entraîner des choix hâtifs, parfois néfastes pour la qualité des ACM. Dans le but d'éliminer ce problème, cet essai met en place une évaluation de différents outils et propose, à la manière d'une boîte à outils générique, la meilleure combinaison répondant aux besoins des géomaticiens d'aujourd'hui.

Governmentality and exclusion in post-disaster spaces : conducting the conduct of the survivors of Typhoon Sendong in Cagayan de Oro, Philippines

Lorsque les aléas naturels se déroulent en catastrophes, les réponses des religieux, de l’Etat, et d’autres acteurs puissants dans une société révèlent à la fois les relations complexes entre ces parties et leur pouvoir dans la production des espaces auxquelles les survivants accèdent. La réponse en cas de catastrophe comprend la création d’espaces post-catastrophes, tels que des centres d’évacuation, des logements de transition et des sites de réinstallation permanente, qui ciblent spécifiquement un sous-ensemble particulier de survivants, et visent à les aider à survivre, à faire face, et à se remettre de la catastrophe. Les acteurs puissants dans une société dirigent les processus de secours, de récupération et de reconstruction sont des acteurs puissants qui cherchent à problématiser et à rendre un problème technique dans des termes qu’ils sont idéalement placés pour aborder à travers une variété d'interventions. Ce projet de recherche vise à répondre à la question: où les survivants d'une catastrophe reconstruisent-ils leurs vies et leurs moyens de subsistance? Il enquête sur un cas spécifique de la migration environnementale dans laquelle des dizaines de milliers d'habitants ont été déplacés de façon permanente et temporaire de leurs résidences habituelles après le typhon Sendong à Cagayan de Oro, Philippines en 2011. La recherche est basée sur des entretiens avec les acteurs puissants et les survivants, des vidéos participatives réalisées par des survivants pauvres urbains, et des activités de cartographie. L’étude se fonde sur la théorie féministe, les études de migration, les études dans la gouvernementalité, la recherche sur les changements de l’environnement planétaire, et les études régionales afin de situer les diverses expériences de la migration dans un contexte géographique et historique. Cette thèse propose une topographie critique dans laquelle les processus et les pratiques de production d’espaces post-catastrophe sont exposés. Parce que l’espace est nécessairement malléable, fluide, et relationnelle en raison de l'évolution constante des activités, des conflits, et des expériences qui se déroulent dans le paysage, une analyse de l'espace doit être formulée en termes de relations sociales qui se produisent dans et au-delà de ses frontières poreuses. En conséquence, cette étude explore comment les relations sociales entre les survivants et les acteurs puissants sont liées à l’exclusion, la gouvernementalité, la mobilité, et la production des espaces, des lieux et des territoires. Il constate que, si les trajectoires de migration de la plupart des survivants ont été confinés à l'intérieur des limites de la ville, les expériences de ces survivants et leur utilisation des espaces urbains sont très différentes. Ces différences peuvent être expliquées par des structures politiques, économiques, et sociales, et par les différences religieuses, économiques, et de genre. En outre, il fait valoir que les espaces post-catastrophe doivent être considérés comme des «espaces d’exclusion» où les fiduciaires exercent une rationalité gouvernementale. C’est-à-dire, les espaces post-catastrophe prétendument inclusives servent à marginaliser davantage les populations vulnérables. Ces espaces offrent aussi des occasions pour les acteurs puissants dans la société philippine d'effectuer des interventions gouvernementales dans lesquelles certaines personnes et les paysages sont simplifiées, rendues lisibles, et améliorés.

Atlas de Paris. Les métamorphoses d’une ville intense.

2 ème édition

HYSCORES : Cartographies hyperspectrales appliquées aux écosystèmes coralliens et à leur état de santé.

En 2013, les résultats des travaux menés dans le cadre des projets "Spectrhabent-OI" (2009-2012), étendus au projet "Bioindication" (2012-2013) ont permis d'illustrer le potentiel important représenté par les nouvelles techniques d'imagerie aérienne hyperspectrale appliquées sur les plateformes récifales de l'île de La Réunion. L'objectif principal du projet HYSCORES (2015-2016) est de consolider ces premiers résultats dans une perspective de mise en œuvre opérationnelle de ces nouvelles méthodes dans le cadre de la DCE (directive-cadre européenne sur l’eau (2000/60/CE)). Pour cela 3 axes de recherche sont proposés : 1) l’étude et l'évaluation de la pertinence de l'indicateur VCH (vitalité corallienne hyperspectrale) proposé en 2012 ; 2) la capacité de l'indicateur à mettre en évidence une évolution de l'état global entre 2009 et 2015 ; 3) mieux cerner et quantifier les moyens et les ressources nécessaires à la mise en œuvre de ces nouvelles techniques en routine. Le projet s'appuie pour cela sur une nouvelle campagne d'acquisition de données brutes hyperspectrales réalisée en 2015 et couvrant les 4 principaux récifs frangeants de La Réunion. Ce rapport final présente le projet et ses objectifs dans leur globalité. Il détaille l'ensemble des méthodologies mises en œuvre dans le cadre des traitements numériques et décrit les résultats produits. Il s'attache également à l'analyse des résultats de la campagne 2015 HYSCORES en regard des résultats antérieurs (Spectrhabent-OI / BioIndication). A travers une analyse diachronique il confirme et illustre l'intérêt de ces nouvelles techniques pour évaluer les changements (gains et pertes) tant pour la Vitalité Corallienne Hyperspectrale (VCH) que pour le recouvrement corallien en général. Ce travail ouvre également sur de nouvelles perspectives en termes d'Indices (types coralliens par exemple) susceptibles de venir compléter la VCH dans le cadre de l'évaluation de l'Etat des plateformes récifales. L'ensemble des données et des résultats produits sont diffusés librement à travers les portails Sextant océan Indien et Archimer.

Recensement cartographique des anciens cours d’eau de l’île de Montréal et tracé des creux et des crêtes

Pdf en couleur au format 119 x 84 cm, échelle 1:10.000 et 1:50.000

Carte des creux et crêtes et des voiries de l’île de Montréal

Pdf en couleur au format 252 x 119 cm, échelle 1:20.000

Carte des creux et crêtes et de l'altimétrie de l’île de Montréal

Pdf en couleur au format 252 x 119 cm, échelle 1:20.000

Recensement cartographique des anciens cours d’eau de l’île de Montréal et tracé des creux et des crêtes

Pdf en couleur au format 119 x 84 cm, échelle 1:10.000 et 1:50.000

Carte des creux et crêtes et des voiries de l’île de Montréal

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Carte des creux et crêtes et de l'altimétrie de l’île de Montréal

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