Etude épidémiologique inter-régionale suisse du risque de tumeur controlatérale du sein [Swiss interregional epidemiologic study of the risk of cancer in the contralateral breast].

This epidemiologic investigation in three Swiss regions (Geneva, St. Gall-Appenzell, Vaud) included 5,193 women diagnosed as having a first primary breast cancer. The patients were followed up for ten years (the observation totalled 24,994 women-years). Overall, these results confirmed that the relative risk of a second breast cancer was greatly increased during the first year following the primary diagnosis, but this was largely due to simultaneously discovered contralateral tumours. Beyond the first year of follow-up, the relative risk of a second tumour was lower but still significantly greater than unity. No significant diminution of the excess risk was observed in the first 10 years of follow-up. Relative risk of a second breast cancer was generally higher before age 50, independently of the latency. The relative risk of a second breast cancer differed significantly from one region to another, possibly due to specific techniques of registration.

La défense du paradis fiscal suisse avant la Seconde Guerre mondiale : une histoire internationale : analyse de la politique helvétique au sein des négociations sur la double imposition et l'évasion fiscale durant l'entre-deux-guerres

Cette thèse analyse la défense du paradis fiscal suisse dans les négociations internationales de l'entre-deux-guerres. Pour ce faire, elle s'appuie sur un très large panel de sources inédites, tirées des archives publiques suisses, britanniques, françaises, allemandes et belges, ainsi que sur une série d'archives du monde économique et d'organisations internationales. Ce travail tente, sur cette base, de retracer l'évolution des pourparlers fiscaux et d'identifier comment les dirigeants suisses sont parvenus à écarter en leur sein les premières pressions internationales qui surviennent après la Grande Guerre à l'encontre des pratiques fiscales helvétiques. Sur fond de fuites massives d'avoirs européens en direction du refuge suisse, ces démarches étrangères à l'encontre du secret bancaire sont menées aussi bien au niveau multilatéral, au sein des débats fiscaux de la Société des Nations, que sur le plan bilatéral, à l'intérieur des négociations interétatiques pour la conclusion de conventions de double imposition et d'assistance fiscale. Pourtant, les tentatives de la part des gouvernements européens d'amorcer une coopération contre l'évasion fiscale avec leur homologue suisse échouent constamment durant l'entre-deux-guerres : non seulement aucune mesure de collaboration internationale n'est adoptée par la Confédération, mais les dirigeants helvétiques parviennent encore à obtenir dans les négociations des avantages fiscaux pour les capitaux qui sont exportés depuis la Suisse ou qui transitent par son entremise. En clair, bien loin d'être amoindrie, la compétitivité fiscale du centre économique suisse sort renforcée des discussions internationales de l'entre-deux-guerres. La thèse avance à la fois des facteurs endogènes et exogènes à la politique suisse pour expliquer cette réussite a priori surprenante dans un contexte de crise financière et monétaire aiguë. A l'intérieur de la Confédération, la grande cohésion des élites suisses facilite la défense extérieure de la compétitivité fiscale. En raison de l'anémie de l'administration fiscale fédérale, du conservatisme du gouvernement ou encore de l'interpénétration du patronat industriel et bancaire helvétique, les décideurs s'accordent presque unanimement sur le primat à une protection rigoureuse du secret bancaire. En outre, corollaire de l'afflux de capitaux en Suisse, la place financière helvétique dispose de différentes armes économiques qu'elle peut faire valoir pour défendre ses intérêts face aux gouvernements étrangers. Mais c'est surtout la conjonction de trois facteurs exogènes au contexte suisse qui a favorisé la position helvétique au sein des négociations fiscales internationales. Premièrement, après la guerre, le climat anti-fiscal qui prédomine au sein d'une large frange des élites occidentales incite les gouvernements étrangers à faire preuve d'une grande tolérance à l'égard du havre fiscal suisse. Deuxièmement, en raison de leur sous-développement, les administrations fiscales européennes n'ont pas un pouvoir suffisant pour contrecarrer la politique suisse. Troisièmement, les milieux industriels et financiers étrangers tendent à appuyer les stratégies de défense du paradis fiscal suisse, soit parce qu'ils usent eux-mêmes de ses services, soit parce que, avec la pression à la baisse qu'il engendre sur les systèmes fiscaux des autres pays, l'îlot libéral helvétique participe au démantèlement de la fiscalité progressive que ces milieux appellent de leur voeu.

Traitements antiangiogéniques des cancers métastatiques du côlon et du rectum, du sein et du poumon: bénéfices et risques [Anti-angiogenic therapies for metastatic colorectal, breast and lung cancer: benefits and risks]

Anti-angiogenic therapies have recently enriched the therapeutic armentarium against the most common cancers. Among these, bevacizumab, a monoclonal antibody against vascular endothelial growth factor, is currently used most frequently. While the addition of bevacizumab to chemotherapy improves overall survival in first and second line treatment of metastatic colorectal cancer, its effect in metastatic breast cancer is limited to improvements in tumor response and progression-free-survival. In non-small-cell lung cancer, the positive results of a first American phase III study have not been confirmed by a second European study and are subject to controversies. A summary of the data concerning anti-angiogenic therapies in these three cancers is presented including safety information.

Intégrer le genre dans la formation médicale prégraduée: peut-on transférer l'expérience néerlandaise sur sol suisse ? Etude exploratoire menée au sein de l'École de médecine de l'Université de Lausanne (FBM/UNIL) pour l'année académique 2009-2010

[Table des matières] Résumé. Zusammenfassung. 1. Introduction. 2. Intégrer le genre dans les études de médecine : la " Success Story " néerlandaise. 2.1 En amont du projet national de 2002-2005. 2.1.1 L'étude pilote menée à l'Université Radboud à la fin des années 1990. 2.2 Integrating Gender into the Core Curriculum: le déroulement du projet national (2002-2005). 3. Enseignement prégradué en médecine à Lausanne: quelle place pour le genre ? Etat des lieux pour l'année académique 2009-2010. 3.1 Inventaire: quelques fleurs dans le désert ? 3.2 La situation lausannoise à l'aune des exigences du projet néerlandais. 3.3 L'organisation de l'enseignement à l'École de médecine de Lausanne suite à la réforme des années 2000. 3.4 Le développement des études genre à l'Université de Lausanne et en Suisse: quel impact sur la médecine ? 4. Inclure le genre dans les études prégraduées de médecine : le cadre au niveau suisse. 4.1 Quelles possibilités de soutien au niveau des instruments nationaux de pilotage de la formation médicale prégraduée ? 5. Quelles possibilités de transfert ? Des questions pour l'avenir. 5.1 Comment transférer l'expérience néerlandaise? 5.2 Quelles activités pourraient être entreprises au niveau national ? 6. Annexes.

Computational and statistical analysis of copy number variants in normal and cancer genomes

AbstractAlthough the genomes from any two human individuals are more than 99.99% identical at the sequence level, some structural variation can be observed. Differences between genomes include single nucleotide polymorphism (SNP), inversion and copy number changes (gain or loss of DNA). The latter can range from submicroscopic events (CNVs, at least 1kb in size) to complete chromosomal aneuploidies. Small copy number variations have often no (lethal) consequences to the cell, but a few were associated to disease susceptibility and phenotypic variations. Larger re-arrangements (i.e. complete chromosome gain) are frequently associated with more severe consequences on health such as genomic disorders and cancer. High-throughput technologies like DNA microarrays enable the detection of CNVs in a genome-wide fashion. Since the initial catalogue of CNVs in the human genome in 2006, there has been tremendous interest in CNVs both in the context of population and medical genetics. Understanding CNV patterns within and between human populations is essential to elucidate their possible contribution to disease. But genome analysis is a challenging task; the technology evolves rapidly creating needs for novel, efficient and robust analytical tools which need to be compared with existing ones. Also, while the link between CNV and disease has been established, the relative CNV contribution is not fully understood and the predisposition to disease from CNVs of the general population has not been yet investigated.During my PhD thesis, I worked on several aspects related to CNVs. As l will report in chapter 3, ! was interested in computational methods to detect CNVs from the general population. I had access to the CoLaus dataset, a population-based study with more than 6,000 participants from the Lausanne area. All these individuals were analysed on SNP arrays and extensive clinical information were available. My work explored existing CNV detection methods and I developed a variety of metrics to compare their performance. Since these methods were not producing entirely satisfactory results, I implemented my own method which outperformed two existing methods. I also devised strategies to combine CNVs from different individuals into CNV regions.I was also interested in the clinical impact of CNVs in common disease (chapter 4). Through an international collaboration led by the Centre Hospitalier Universitaire Vaudois (CHUV) and the Imperial College London I was involved as a main data analyst in the investigation of a rare deletion at chromosome 16p11 detected in obese patients. Specifically, we compared 8,456 obese patients and 11,856 individuals from the general population and we found that the deletion was accounting for 0.7% of the morbid obesity cases and was absent in healthy non- obese controls. This highlights the importance of rare variants with strong impact and provides new insights in the design of clinical studies to identify the missing heritability in common disease.Furthermore, I was interested in the detection of somatic copy number alterations (SCNA) and their consequences in cancer (chapter 5). This project was a collaboration initiated by the Ludwig Institute for Cancer Research and involved other groups from the Swiss Institute of Bioinformatics, the CHUV and Universities of Lausanne and Geneva. The focus of my work was to identify genes with altered expression levels within somatic copy number alterations (SCNA) in seven metastatic melanoma ceil lines, using CGH and SNP arrays, RNA-seq, and karyotyping. Very few SCNA genes were shared by even two melanoma samples making it difficult to draw any conclusions at the individual gene level. To overcome this limitation, I used a network-guided analysis to determine whether any pathways, defined by amplified or deleted genes, were common among the samples. Six of the melanoma samples were potentially altered in four pathways and five samples harboured copy-number and expression changes in components of six pathways. In total, this approach identified 28 pathways. Validation with two external, large melanoma datasets confirmed all but three of the detected pathways and demonstrated the utility of network-guided approaches for both large and small datasets analysis.RésuméBien que le génome de deux individus soit similaire à plus de 99.99%, des différences de structure peuvent être observées. Ces différences incluent les polymorphismes simples de nucléotides, les inversions et les changements en nombre de copies (gain ou perte d'ADN). Ces derniers varient de petits événements dits sous-microscopiques (moins de 1kb en taille), appelés CNVs (copy number variants) jusqu'à des événements plus large pouvant affecter des chromosomes entiers. Les petites variations sont généralement sans conséquence pour la cellule, toutefois certaines ont été impliquées dans la prédisposition à certaines maladies, et à des variations phénotypiques dans la population générale. Les réarrangements plus grands (par exemple, une copie additionnelle d'un chromosome appelée communément trisomie) ont des répercutions plus grave pour la santé, comme par exemple dans certains syndromes génomiques et dans le cancer. Les technologies à haut-débit telle les puces à ADN permettent la détection de CNVs à l'échelle du génome humain. La cartographie en 2006 des CNV du génome humain, a suscité un fort intérêt en génétique des populations et en génétique médicale. La détection de différences au sein et entre plusieurs populations est un élément clef pour élucider la contribution possible des CNVs dans les maladies. Toutefois l'analyse du génome reste une tâche difficile, la technologie évolue très rapidement créant de nouveaux besoins pour le développement d'outils, l'amélioration des précédents, et la comparaison des différentes méthodes. De plus, si le lien entre CNV et maladie a été établit, leur contribution précise n'est pas encore comprise. De même que les études sur la prédisposition aux maladies par des CNVs détectés dans la population générale n'ont pas encore été réalisées.Pendant mon doctorat, je me suis concentré sur trois axes principaux ayant attrait aux CNV. Dans le chapitre 3, je détaille mes travaux sur les méthodes d'analyses des puces à ADN. J'ai eu accès aux données du projet CoLaus, une étude de la population de Lausanne. Dans cette étude, le génome de plus de 6000 individus a été analysé avec des puces SNP et de nombreuses informations cliniques ont été récoltées. Pendant mes travaux, j'ai utilisé et comparé plusieurs méthodes de détection des CNVs. Les résultats n'étant pas complètement satisfaisant, j'ai implémenté ma propre méthode qui donne de meilleures performances que deux des trois autres méthodes utilisées. Je me suis aussi intéressé aux stratégies pour combiner les CNVs de différents individus en régions.Je me suis aussi intéressé à l'impact clinique des CNVs dans le cas des maladies génétiques communes (chapitre 4). Ce projet fut possible grâce à une étroite collaboration avec le Centre Hospitalier Universitaire Vaudois (CHUV) et l'Impérial College à Londres. Dans ce projet, j'ai été l'un des analystes principaux et j'ai travaillé sur l'impact clinique d'une délétion rare du chromosome 16p11 présente chez des patients atteints d'obésité. Dans cette collaboration multidisciplinaire, nous avons comparés 8'456 patients atteint d'obésité et 11 '856 individus de la population générale. Nous avons trouvés que la délétion était impliquée dans 0.7% des cas d'obésité morbide et était absente chez les contrôles sains (non-atteint d'obésité). Notre étude illustre l'importance des CNVs rares qui peuvent avoir un impact clinique très important. De plus, ceci permet d'envisager une alternative aux études d'associations pour améliorer notre compréhension de l'étiologie des maladies génétiques communes.Egalement, j'ai travaillé sur la détection d'altérations somatiques en nombres de copies (SCNA) et de leurs conséquences pour le cancer (chapitre 5). Ce projet fut une collaboration initiée par l'Institut Ludwig de Recherche contre le Cancer et impliquant l'Institut Suisse de Bioinformatique, le CHUV et les Universités de Lausanne et Genève. Je me suis concentré sur l'identification de gènes affectés par des SCNAs et avec une sur- ou sous-expression dans des lignées cellulaires dérivées de mélanomes métastatiques. Les données utilisées ont été générées par des puces ADN (CGH et SNP) et du séquençage à haut débit du transcriptome. Mes recherches ont montrées que peu de gènes sont récurrents entre les mélanomes, ce qui rend difficile l'interprétation des résultats. Pour contourner ces limitations, j'ai utilisé une analyse de réseaux pour définir si des réseaux de signalisations enrichis en gènes amplifiés ou perdus, étaient communs aux différents échantillons. En fait, parmi les 28 réseaux détectés, quatre réseaux sont potentiellement dérégulés chez six mélanomes, et six réseaux supplémentaires sont affectés chez cinq mélanomes. La validation de ces résultats avec deux larges jeux de données publiques, a confirmée tous ces réseaux sauf trois. Ceci démontre l'utilité de cette approche pour l'analyse de petits et de larges jeux de données.Résumé grand publicL'avènement de la biologie moléculaire, en particulier ces dix dernières années, a révolutionné la recherche en génétique médicale. Grâce à la disponibilité du génome humain de référence dès 2001, de nouvelles technologies telles que les puces à ADN sont apparues et ont permis d'étudier le génome dans son ensemble avec une résolution dite sous-microscopique jusque-là impossible par les techniques traditionnelles de cytogénétique. Un des exemples les plus importants est l'étude des variations structurales du génome, en particulier l'étude du nombre de copies des gènes. Il était établi dès 1959 avec l'identification de la trisomie 21 par le professeur Jérôme Lejeune que le gain d'un chromosome supplémentaire était à l'origine de syndrome génétique avec des répercussions graves pour la santé du patient. Ces observations ont également été réalisées en oncologie sur les cellules cancéreuses qui accumulent fréquemment des aberrations en nombre de copies (telles que la perte ou le gain d'un ou plusieurs chromosomes). Dès 2004, plusieurs groupes de recherches ont répertorié des changements en nombre de copies dans des individus provenant de la population générale (c'est-à-dire sans symptômes cliniques visibles). En 2006, le Dr. Richard Redon a établi la première carte de variation en nombre de copies dans la population générale. Ces découvertes ont démontrées que les variations dans le génome était fréquentes et que la plupart d'entre elles étaient bénignes, c'est-à-dire sans conséquence clinique pour la santé de l'individu. Ceci a suscité un très grand intérêt pour comprendre les variations naturelles entre individus mais aussi pour mieux appréhender la prédisposition génétique à certaines maladies.Lors de ma thèse, j'ai développé de nouveaux outils informatiques pour l'analyse de puces à ADN dans le but de cartographier ces variations à l'échelle génomique. J'ai utilisé ces outils pour établir les variations dans la population suisse et je me suis consacré par la suite à l'étude de facteurs pouvant expliquer la prédisposition aux maladies telles que l'obésité. Cette étude en collaboration avec le Centre Hospitalier Universitaire Vaudois a permis l'identification d'une délétion sur le chromosome 16 expliquant 0.7% des cas d'obésité morbide. Cette étude a plusieurs répercussions. Tout d'abord elle permet d'effectuer le diagnostique chez les enfants à naître afin de déterminer leur prédisposition à l'obésité. Ensuite ce locus implique une vingtaine de gènes. Ceci permet de formuler de nouvelles hypothèses de travail et d'orienter la recherche afin d'améliorer notre compréhension de la maladie et l'espoir de découvrir un nouveau traitement Enfin notre étude fournit une alternative aux études d'association génétique qui n'ont eu jusqu'à présent qu'un succès mitigé.Dans la dernière partie de ma thèse, je me suis intéressé à l'analyse des aberrations en nombre de copies dans le cancer. Mon choix s'est porté sur l'étude de mélanomes, impliqués dans le cancer de la peau. Le mélanome est une tumeur très agressive, elle est responsable de 80% des décès des cancers de la peau et est souvent résistante aux traitements utilisés en oncologie (chimiothérapie, radiothérapie). Dans le cadre d'une collaboration entre l'Institut Ludwig de Recherche contre le Cancer, l'Institut Suisse de Bioinformatique, le CHUV et les universités de Lausanne et Genève, nous avons séquencés l'exome (les gènes) et le transcriptome (l'expression des gènes) de sept mélanomes métastatiques, effectués des analyses du nombre de copies par des puces à ADN et des caryotypes. Mes travaux ont permis le développement de nouvelles méthodes d'analyses adaptées au cancer, d'établir la liste des réseaux de signalisation cellulaire affectés de façon récurrente chez le mélanome et d'identifier deux cibles thérapeutiques potentielles jusqu'alors ignorées dans les cancers de la peau.

Place du pathologiste dans la prise en charge néoadjuvante des cancers du sein [Neoadjuvant treatment of breast cancer: implications for the pathologist].

These past few years, neoadjuvant strategy has taken an increasing place in the management of breast cancer patients. This strategy is mainly indicated to obtain a tumour bulk regression allowing a breast conserving surgery in patients that otherwise would have undergone mastectomy. Of note, development of new chemotherapy agents and targeted therapies has critically helped in the progress of neoadjuvant strategy as it is currently associated with better pathological response rates. In this context, the pathologist is at the crossroad of this multidisciplinary process. First, he provides on the initial core needle biopsy the tumour pathological characteristics that are critical for the choice of treatment strategy, i.e. histological type, histological grade, proliferative activity (mitotic count and Ki67/MIB1 index labeling), hormone receptor status (oestrogen receptor and progesterone receptor) and HER2 status. Secondly, the pathologist evaluates the pathological response and the status of surgical margins with regards to the residual tumour on the surgical specimen after neoadjuvant treatment. These parameters are important for the management of the patient, since it has been shown that complete pathological response is associated with improved disease free survival. Several grading systems are used to assess the pathological response in breast and axillary lymph nodes. The most frequently used in France are currently the systems described by Sataloff et al. and Chevallier et al. In this review, we detail the different steps involving the pathologist in neoadjuvant setting, with special regards to the quality process and future perspectives such as emerging predictive biomarkers.

L'insatisfaction des besoins en soins de support chez les patients atteints d'un cancer du poumon en fonction du genre, de l'âge et du tabagisme : étude descriptive corrélationnelle transversale

Les patients atteints d'un cancer du poumon souffrent de différents troubles physiques et psychosociaux sévères causés par la maladie et son traitement. Ces troubles engendrent plusieurs besoins en soins de support chez les patients. Afin de satisfaire leurs besoins et de leur offrir la meilleure qualité de soins possible, l'identification des besoins en soins de support des patients devient primordiale. But : Le but de l'étude est, dans un premier temps, d'identifier et de décrire les besoins insatisfaits en soins de support pour les patients souffrant d'un cancer du poumon pendant la phase de chimiothérapie dans un Centre Hospitalier Universitaire en Suisse (CHU). Dans un second temps, le but de l'étude est également d'explorer l'éventuelle existence de différences quant au degré d'insatisfaction, tel qu'exprimé par les patients, notamment en fonction de l'âge, du genre et du tabagisme des patients. Cadre théorique : La présente étude se base sur la théorie du déficit d'auto-soin de Dorothea Orem. Méthode : Le travail de recherche s'est basé sur un devis descriptif corrélationnel transversal. L'échantillon, composé de 26 patients atteints d'un cancer du poumon, a été recruté selon la méthode non probabiliste accidentelle dans le service d'oncologie ambulatoire du CHU. Le recueil des données a été effectué à travers deux questionnaires auto-administrés aux patients (Supportive Care Needs Survey Short Form 34 et un questionnaire socio-démographique). Les données médicales ont été recueillies par l'étudiant chercheur à travers la consultation des dossiers médicaux. Résultats : Les résultats montrent que les besoins les plus insatisfaits chez les patients se regroupent surtout autour des besoins liés aux aspects psychologiques et physiques/vie quotidienne. Les patients expriment aussi un degré d'insatisfaction par rapport aux besoins en information ainsi qu'aux soins et au soutien prodigués par les soignants. Les deux besoins le plus fréquemment (65,38 %) exprimés comme insatisfaits par les patients ont été : « être informé de ce que vous pouvez faire vous-même pour aller mieux » et « l'incertitude face à l'avenir ». Les différences des degrés d'insatisfaction, tel qu'exprimés par les patients, en fonction de l'âge, du genre du tabagisme ont permis de poser des hypothèses quant aux relations entre ces variables et le degré d'insatisfaction : les femmes seraient plus insatisfaites de toutes les dimensions liées aux besoins en soins de support ; les patients d'âge égal ou supérieur à 65 ans seraient plus insatisfaits quant aux besoins physiques/vie quotidienne, psychologiques et de soutien; les patients d'âge inférieur à 65 ans seraient plus insatisfaits quant aux besoins liés à la sexualité; les non-fumeurs avant le diagnostic seraient plus insatisfaits quant aux besoins physiques/vie quotidienne, d'information et sexuels ; les patients qui arrêtent de fumer après le diagnostic seraient plus insatisfaits quant aux besoins physique/vie quotidienne, psychologique et de soutien. Conclusion : Cette étude met en évidence le fait que, pendant la phase de chimiothérapie, les patients atteints d'un cancer du poumon expriment de l'insatisfaction par rapport à plusieurs besoins en soins de support. Afin d'améliorer la qualité des soins et de mieux répondre aux besoins des patients, les infirmières et les équipes interdisciplinaires présentes au sein des services d'oncologie du CHU sont appelés à prendre en considération l'insatisfaction exprimée par les patients.