Evaluation of Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis faecal culture protocols and media

Paratuberculosis is an important enteritis of ruminants caused by Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (Map). The disease is officially considered exotic in Brazil, but recent serological surveys and the isolation of the agent suggest it may occur in our herds. The aim of this study was to evaluate three different formulations of Herrold's egg yolk agar with mycobactin J (HEYM) and four faecal culture protocols considering their ability for Map growth as well as cost and ease of application. Three formulations of HEYM were inoculated with two suspensions of Map. Spiked faeces and naturally contaminated faecal samples were treated by the four faecal culture protocols. Centrifugation protocol and HEYM recommended by OIE showed the best results on the recovery of Map.

Intestinal lesions in pigs affected with postweaning multisystemic wasting syndrome

Samples of mesenteric lymph nodes and intestines from 79 unthrifty 3- to 5-month-old postweaning pigs, confirmed as naturally affected with postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS), were studied. Pigs originated from 12 farms in southern Brazil and were selected on the basis of clinical signs and/or gross lesions suggestive of enteric disorder. Lymphohistiocytic infiltrates of varying intensity were associated with anti-porcine circovirus type 2 (anti-PCV2) immunostaining (IS) in samples of intestines and mesenteric lymph nodes from all pigs. Although most findings were similar to those described in PCV2-associated enteritis, anti-PCV2 IS in association with depletion of the goblet cell mucin stores (24 pigs), diffuse ileal villous atrophy and fusion (18 pigs), and dilatation of the lymphatic vessels (11 pigs) combined or not with lymphangitis were also observed. PCV2 antigen was immunohistochemically demonstrated in the cytoplasm and nuclei from intralesional epithelial cells, histiocytes, and endothelial-like cells in intestinal tissues. Together these findings imply an association with PCV2. The presence of co-infections by Lawsonia intracellularis, Brachyspira spp., Mycobacterium spp., Salmonella spp., rotavirus, parvovirus, coronavirus and enteric calicivirus with PCV2 in the intestinal lesions was investigated.

Rapid detection of bovine coronavirus by a semi-nested RT-PCR

Bovine coronavirus (BCoV) is a member of the group 2 of the Coronavirus (Nidovirales: Coronaviridae) and the causative agent of enteritis in both calves and adult bovine, as well as respiratory disease in calves. The present study aimed to develop a semi-nested RT-PCR for the detection of BCoV based on representative up-to-date sequences of the nucleocapsid gene, a conserved region of coronavirus genome. Three primers were designed, the first round with a 463bp and the second (semi-nested) with a 306bp predicted fragment. The analytical sensitivity was determined by 10-fold serial dilutions of the BCoV Kakegawa strain (HA titre: 256) in DEPC treated ultra-pure water, in fetal bovine serum (FBS) and in a BCoV-free fecal suspension, when positive results were found up to the 10-2, 10-3 and 10-7 dilutions, respectively, which suggests that the total amount of RNA in the sample influence the precipitation of pellets by the method of extraction used. When fecal samples was used, a large quantity of total RNA serves as carrier of BCoV RNA, demonstrating a high analytical sensitivity and lack of possible substances inhibiting the PCR. The final semi-nested RT-PCR protocol was applied to 25 fecal samples from adult cows, previously tested by a nested RT-PCR RdRp used as a reference test, resulting in 20 and 17 positives for the first and second tests, respectively, and a substantial agreement was found by kappa statistics (0.694). The high sensitivity and specificity of the new proposed method and the fact that primers were designed based on current BCoV sequences give basis to a more accurate diagnosis of BCoV-caused diseases, as well as to further insights on protocols for the detection of other Coronavirus representatives of both Animal and Public Health importance.

Polymerase chain reaction for the diagnosis of bovine genital campylobacteriosis

Bovine genital campylobacteriosis is a common venereal disease of cattle; the prevalence of this disease can be underestimated mostly because of the nature of the etiological agent, the microaerobic Campylobacter fetus subspecies venerealis. The purpose of the current study was to evaluate the utilization of polymerase chain reaction (PCR) in the diagnosis of genital campylobacteriosis in samples obtained from bull prepuce aspirate, cow cervical mucus, and abomasum contents of aborted fetuses, collected into enrichment medium. Five different DNA extraction protocols were tested: thermal extraction, lysis with proteinase K, lysis with guanidine isothiocyanate, lysis with DNAzol, and lysis with hexadecyltrimethylammonium bromide (CTAB). The specificity, sensitivity, and technical application of the PCR assay were also evaluated with clinical samples and compared to bacterial isolation by standard culture. DNA extraction by the CTAB protocol provided better results in PCR, and it was able to detect 63 colony-forming units per ml of C. fetus. Out of 277 clinical samples tested, 68 (24%) were positive for Campylobacter fetus using PCR, while only 8 (2.8%) of the samples were positive by bacterial isolation in solid medium, proving the superiority of the PCR technique when compared to the standard isolation method, and providing evidence for its usefulness as a better screening test in cattle for the diagnosis of bovine genital campylobacteriosis.

Campilobacteriose genital bovina e tricomonose genital bovina: epidemiologia, diagnóstico e controle

A presente atualização trata de duas das mais importantes doenças sexualmente transmitidas de bovinos, a campilobacteriose genital bovina e a tricomonose genital bovina. São abordados aspectos relacionados à epidemiologia destas doenças, principalmente em relação a sua distribuição no Brasil. Também são revisados aspectos importantes de diagnóstico, incluindo as técnicas e interpretação dos resultados, além de medidas de controle para ambas as doenças.

Salmonella Yoruba infection in white-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus)

The aim of this study was to describe a fatal salmonellosis case in a non-human female primate (Callithrix jacchus), found in the illegal pet trade in Brazil. The marmoset was sent to the quarantine section of the Guarulhos City Zoo and died in the sequence of an episode of profuse diarrhea. Necropsy findings included mucous enteritis, and liver enlargement and necrosis. Feces and liver fragments were collected for bacteriological tests, which indicated the presence of Salmonella sp.; it was subsequently characterized as pertaining to the Yoruba serotype. The susceptibility profile demonstrated resistance to tetracycline only. The strain was positive for genes that encoded the virulence factors investigated (invA, sefC, pefA and spvC). The results indicated the risk of introduction of Salmonella pathogenic serotypes in primates in captivity.

PCR Multiplex fluorescente para detecção de bactérias em sêmen bovino

Este estudo teve como objetivo avaliar o limiar de detecção da técnica de PCR multiplex fluorescente aliada a eletroforese capilar na detecção de agentes infecciosos em amostras de sêmen experimentalmente contaminadas com concentrações decrescentes das bactérias Brucella abortus, Leptospira interrogans sorovar pomona, Campylobacter fetus e Haemophilus somnus. Amostras de sêmen bovino foram experimentalmente contaminadas com concentrações decrescentes de bactérias obtidas através de diluições seriadas na base 10 de modo a obter-se amostras contendo desde 1 vez até 10-7 bactérias/mL a partir da concentração inicial de Leptospira pomona, Brucella abortus, Campylobacter fetus e Haemophilus somnus. As diluições foram efetuadas individualmente para cada bactéria, bem como nas diferentes concentrações necessárias para a padronização do teste de multiplex PCR. As extrações de DNA de todas as soluções contendo espermatozóides e bactérias analisadas no presente estudo foram realizadas segundo protocolo descrito por Heinemann et al. (2000). Os produtos de PCR multiplex foram avaliados por eletroforese em gel de poliacrilamida 8% e separação eletroforética por sistema capilar em equipamento automático de análise de fragmentos de DNA MegaBace. Observou-se a amplificação de fragmentos de 193pb, 330pb, 400pb e 415pb a partir do DNA de B. abortus, L. pomona, H. somnus, C. fetus, respectivamente. Na análise por eletroforese capilar de produtos da PCR multiplex do DNA para detecção simultânea dos quatro patógenos observou-se a sinal de positividade até a diluição de 10-3 bactérias/mL vezes da concentração inicial da solução estoque de cada bactéria. A técnica de PCR multiplex aliada à eletroforese capilar foi usada pela primeira vez para o diagnóstico direto de quatro bactérias patogênicas no sêmen, demonstrando ser um método rápido na detecção de bactérias causadoras de doenças reprodutivas.

A phylogenetic study of canine parvovirus type 2c in midwestern Brazil

Since the late 1970s, canine parvovirus type 2 (CPV-2) has emerged as a causative agent of fatal severe acute hemorrhagic enteritis in dogs. To date, three antigenic types of CPV-2 were described worldwide (CPV-2a/b/c). This study was conducted to determine the variants of CPV-2 circulating in dogs from the Cuiabá Municipality in Midwestern Brazil. Out of 50 fecal samples, collected between 2009 and 2011, 27 tested positive for CPV-2. A 583 bp fragment of the VP2 gene was amplified by PCR, 13 representative samples were analyzed further by DNA sequencing. All strains were characterized as CPV-2c, displayed a low genetic variability although observed several amino acid substitution. These findings indicated that CPV-2c has been circulating in dogs from the Cuiabá Municipality in Midwestern Brazil.

Searching to combine technologies for safer food attainment

Campylobacteriosis is an infection frequently acquired through the consumption of animal origin products. Chicken can be considered the main responsible cause in the transmission chain of this disease. Ionizing radiation was used to verify the reduction of the microbiological load of Campylobacter jejuni present in chicken liver, which, in natura, can present contamination in up to 100% of the cases. The doses of irradiation used were: 0.20 kGy, 0.27 kGy, 0.30 kGy and 0.35 kGy. The samples of chicken liver were acquired in aviaries, local supermarkets and large chain supermarkets. The samples were analyzed for Campylobacter at FIOCRUZ. Irradiation was performed at COPPE/UFRJ, using a Gamma Cell Irradiator with a 60Co gamma source. Only the frozen sample acquired at the local supermarket did not contain the bacterium. Campylobacter sp. was present in all other samples, even when using procedures and technologies that aimed at the impediment of the presence of this bacterium in food and, consequently, at the protection of human health. On the whole, the results were satisfactory; nevertheless, it is known that the bacterial growth conditions required by this bacterium are uncommon when compared to other enteropathogenic bacteria.

Évaluation des systèmes symboliques des symptômes biomédicaux pour la création d’une interface graphique pluriculturelle de l’échelle de triage canadien

Au croisement de l’anthropologie médicale, de la communication, du design industriel et des nouvelles technologies de l’information, ce mémoire se penche sur les difficultés communicatives rencontrées par le personnel médical et les patients de provenances culturelles variées dans le milieu des urgences hospitalières à Montréal. Dans l’optique d’améliorer l’échange au poste de triage, la réflexion porte principalement sur la pertinence et les caractéristiques d’un support visuel d’appoint. Elle aborde la problématique par l’étude des concepts de perception, de compréhension, d’interprétation et de représentation graphique sous les angles théoriques de la communication visuelle (Benjamin, Berger, Dibi-Huberman), de la sémiologie du discours social (Verón) et du jeu herméneutique (Gadamer). Les systèmes symboliques de cent cinquante images, illustrant sur Internet trois symptômes propres à la gastro-entérite, ont été analysés d’après une méthodologie mixte quantitative et qualitative afin d’identifier leurs sens dénotatifs et connotatifs. Les résultats appuient le recours à des images pour contourner les barrières langagières et révèlent l’existence d’une culture médicale visuelle internationale dont le code iconographique est hybride et pluriculturel. Ces nouvelles informations indiquent des critères de performance et des hypothèses concernant les changements occasionnés par l’ajout d’un support visuel dans la dynamique communicationnelle de l’ETC. La recherche ouvre aussi une piste vers l’étude herméneutique du produit en design industriel.

Mise au point d'un modèle d'infection expérimentale d'entérite nécrotique clinique chez le poulet de chair par des facteurs prédisposants

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Caractérisation de la résistance à la bacitracine et évaluation in vitro de bactériophages envers les Clostridium perfringens aviaires

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Étude descriptive de la consommation et de la contamination bactérienne de gibier en zone urbaine au Gabon

Une exposition aux viandes comporte un risque pour la santé, et les maladies transmises par ces viandes causent un fardeau important mondialement. En Afrique centrale, le gibier est une viande communément consommée en zone urbaine. L’absence d’information sur le niveau de consommation de gibier, ainsi que sur sa contamination, limite l’évaluation des risques sanitaires associés au gibier. Une étude transversale a visé la description du niveau de consommation des viandes parmi 205 ménages de Port-Gentil (Gabon), ainsi que certains déterminants de la consommation de ces viandes. Une seconde étude transversale a quantifié la contamination musculaire de gibier vendu à Port-Gentil par Salmonella, Campylobacter et Shigella. Sur une base de trois jours, 86% des ménages ont consommé de la volaille, 84% du poisson, 44% du bœuf, 25% du porc et 24% du gibier. La consommation de gibier fut plus fréquente le dimanche et parmi les ménages à revenu élevé. Le gibier fut principalement acquis en carcasse entière sans conservation particulière, mais toujours consommé bouilli. Des trois bactéries ciblées, seule Salmonella a été isolée parmi un de 128 échantillons de gibier. Ces études fournissent des informations utiles pour mieux comprendre les facteurs de risque pour la santé associés à la consommation de viandes au Gabon. Des études sur la contamination des viandes, notamment celles des carcasses de gibier, seront nécessaires pour mieux apprécier les risques spécifiques à chaque différente bactérie pathogène.

Rôle du régulateur Fur et des petits ARN non codants RfrA et RfrB dans l’homéostasie du fer et la virulence de Salmonella

La régulation de l’homéostasie du fer est cruciale chez les bactéries. Chez Salmonella, l’expression des gènes d’acquisition et du métabolisme du fer au moment approprié est importante pour sa survie et sa virulence. Cette régulation est effectuée par la protéine Fur et les petits ARN non codants RfrA et RfrB. Le rôle de ces régulateurs est d’assurer que le niveau de fer soit assez élevé pour la survie et le métabolisme de Salmonella, et assez faible pour éviter l’effet toxique du fer en présence d’oxygène. Les connaissances concernant le rôle de ces régulateurs ont été principalement obtenues par des études chez S. Typhimurium, un sérovar généraliste causant une gastro-entérite chez les humains. Très peu d’informations sont connues sur le rôle de ces régulateurs chez S. Typhi, un sérovar humain-spécifique responsable de la fièvre typhoïde. Le but de cette étude était de déterminer les rôles de Fur, RfrA et RfrB dans l’homéostasie du fer et la virulence de Salmonella, et de démontrer qu’ils ont une implication distincte chez les sérovars Typhi et Typhimurium. Premièrement, Fur, RfrA et RfrB régulent l’homéostasie du fer de Salmonella. Les résultats de cette étude ont démontré que Fur est requis pour la résistance au stress oxydatif et pour une croissance optimale dans différentes conditions in vitro. La sensibilité du mutant fur est due à l’expression des petits ARN RfrA et RfrB, et cette sensibilité est beaucoup plus importante chez S. Typhi que chez S. Typhimurium. Également, Fur inhibe la transcription des gènes codant pour les sidérophores en conditions riches en fer, tandis que les petits ARN RfrA et RfrB semblent être importants pour la production d’entérobactine et de salmochélines chez S. Typhi lors de conditions pauvres en fer. Ensuite, ces régulateurs affectent la virulence de Salmonella. Fur est important pour la motilité de Salmonella, particulièrement chez S. Typhi. Fur est nécessaire pour l’invasion des deux sérovars dans les cellules épithéliales, et pour l’entrée et la survie de S. Typhi dans les macrophages. Chez S. Typhimurium, Fur ne semble pas impliqué dans l’interaction avec les macrophages. De plus, les petits ARN RfrA et RfrB sont importants pour la multiplication intracellulaire de Salmonella dans les macrophages pour les deux sérovars. Finalement, la protéine Fur et les petits ARN RfrA et RfrB régulent l’expression de l’opéron fimbriaire tcf, absent du génome de S. Typhimurium. Un site de liaison putatif de la protéine Fur a été identifié dans la région promotrice de tcfA chez S. Typhi, mais une régulation directe n’a pas été confirmée. L’expression de tcf est induite par le fer et par Fur, et est inhibée par les petits ARN RfrA et RfrB. Ainsi, ces régulateurs affectent des gènes de virulence qui sont retrouvés spécifiquement chez S. Typhi. En somme, ce projet a permis de démontrer que les régulateurs de l’homéostasie du fer de Salmonella peuvent affecter la résistance de cette bactérie pathogène à différents stress, notamment le stress oxydatif, la croissance en conditions de carence en fer ainsi que la virulence. Ces régulateurs jouent un rôle distinct chez les sérovars Typhi et Typhimurium.

Étude de l'impact de deux traitements, dont un sans antibiotiques, sur la santé digestive et les populations de Clostridium perfringens dans des élevages de poulets de chair.

Le problème grandissant de l’antibiorésistance remet en question plusieurs pratiques reliées à l’utilisation des antibiotiques, dont l’usage à grande échelle pour des fins de promotion de la croissance chez les animaux de consommation. Depuis 2006, le retrait des antibiotiques dans les élevages de poulets de chair en Europe a été associé à la résurgence d’entérite nécrotique, une maladie intestinale causée par la bactérie Clostridium perfringens. Alors que la pathogénie de la maladie semblait bien comprise, le retrait des antibiotiques a montré que peu de solutions de remplacement sont disponibles afin de prévenir cette maladie. Très peu d’études se sont intéressées à mieux caractériser la dynamique des populations de C. perfringens dans les élevages avicoles et l’effet que pouvait avoir le retrait des antibiotiques sur l’évolution de ces populations. La présente étude a évalué l’impact du remplacement des antibiotiques promoteurs de croissance et des anticoccidiens pendant une période de 14 mois, dans huit élevages commerciaux de poulets de chair au Québec. Un protocole d’élevage alternatif, combinant des stratégies telles que des produits à base d’huiles essentielles, des acides organiques et inorganique, une vaccination contre la coccidiose ainsi qu’une amélioration des conditions de démarrage des poussins, a été utilisé en remplacement des antimicrobiens. Les performances zootechniques, la santé digestive ainsi que l’occurrence d’entérite nécrotique pour les lots de poulets soumis au protocole d’élevage alternatif ont été comparées avec celles de lots de poulets de chair recevant une ration conventionnelle. Des analyses moléculaires basées sur la PCR et le PFGE ont été utilisées afin de documenter l’impact de la mise en place du protocole d’élevage alternatif sur les populations de C. perfringens. Les résultats obtenus montrent qu’aucune différence entre les groupes soumis aux deux types de protocoles n'est observée en ce qui a trait à la viabilité en élevage, à l'âge d'abattage et aux taux de condamnations à l'abattoir. Toutefois, les lots soumis au traitement alternatif ont eu des performances moindres pour le poids moyen à l'abattage, le gain moyen quotidien et la conversion alimentaire. Un peu plus de 27% des lots soumis au protocole alternatif ont connu un épisode d’entérite nécrotique clinique. Les analyses ont aussi montré que l’un ou l’autre des protocoles ne semble pas exercer d’influence particulière sur la dynamique temporelle des populations de C. perfringens. Pour les lots soumis au protocole d’élevage alternatif, une forte diversité génétique pour C. perfringens a été liée à un risque augmenté de vivre un épisode d’entérite nécrotique. À l’opposé, les lots alternatifs ayant vécu des épisodes récurrents de la maladie ont montré une diminution significative de la diversité génétique, ainsi qu’une augmentation marquée du nombre de souches de C. perfringens transportant plusieurs gènes de virulence. La présente étude a permis de mieux documenter, d’un point de vue économique et scientifique, la production de poulets de chair élevés sans antibiotiques ni anticoccidiens au Québec. Cette étude est la seule du genre s’étant intéressée à la caractérisation et à la comparaison dans le temps des flores de C. perfringens retrouvées dans les deux types d’élevages. Elle a révélé que la production à grande échelle de poulets de chair élevés sans antibiotiques ni anticoccidiens est possible au Québec, mais que celle-ci présente des impacts sur les performances zootechniques des oiseaux, sur leur santé digestive et sur la dynamique des populations de C. perfringens. Mots-clés : poulets de chair, antibiotiques, huiles essentielles, acides organiques, vaccination coccidiose, performances zootechniques, santé digestive, entérite nécrotique, Clostridium perfringens, dynamique populationnelle