Mining biomedical information from scientific literature

The rapid evolution and proliferation of a world-wide computerized network, the Internet, resulted in an overwhelming and constantly growing amount of publicly available data and information, a fact that was also verified in biomedicine. However, the lack of structure of textual data inhibits its direct processing by computational solutions. Information extraction is the task of text mining that intends to automatically collect information from unstructured text data sources. The goal of the work described in this thesis was to build innovative solutions for biomedical information extraction from scientific literature, through the development of simple software artifacts for developers and biocurators, delivering more accurate, usable and faster results. We started by tackling named entity recognition - a crucial initial task - with the development of Gimli, a machine-learning-based solution that follows an incremental approach to optimize extracted linguistic characteristics for each concept type. Afterwards, Totum was built to harmonize concept names provided by heterogeneous systems, delivering a robust solution with improved performance results. Such approach takes advantage of heterogenous corpora to deliver cross-corpus harmonization that is not constrained to specific characteristics. Since previous solutions do not provide links to knowledge bases, Neji was built to streamline the development of complex and custom solutions for biomedical concept name recognition and normalization. This was achieved through a modular and flexible framework focused on speed and performance, integrating a large amount of processing modules optimized for the biomedical domain. To offer on-demand heterogenous biomedical concept identification, we developed BeCAS, a web application, service and widget. We also tackled relation mining by developing TrigNER, a machine-learning-based solution for biomedical event trigger recognition, which applies an automatic algorithm to obtain the best linguistic features and model parameters for each event type. Finally, in order to assist biocurators, Egas was developed to support rapid, interactive and real-time collaborative curation of biomedical documents, through manual and automatic in-line annotation of concepts and relations. Overall, the research work presented in this thesis contributed to a more accurate update of current biomedical knowledge bases, towards improved hypothesis generation and knowledge discovery.

Machine learning techniques for music information retrieval

Tese de doutoramento, Informática (Engenharia Informática), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2015

Controlo cognitivo na memória episódica : dados de adolescentes e jovens adultos

Dissertação de mestrado, Ciência Cognitiva, Universidade de Lisboa, Faculdade de Psicologia, Faculdade de Medicina, Faculdade de Ciências, Faculdade de Letras, 2014

Information search in web archives

Tese de doutoramento, Informática (Engenharia Informática), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2014

Open-domain web-based multiple document : question answering for list questions with support for temporal restrictors

Tese de doutoramento, Informática (Ciências da Computação), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2015

Reputação e recomendação como serviços para transportes públicos

Projecto Final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática e de Computadores

Criação de um microtesauro multilingue na área da enfermagem

Na sequência da experiência adquirida como profissional da Informação e Documentação, tornou-se evidente a inexistência de um Tesauro na Área da Enfermagem, o que justifica esta investigação. Para a elaboração deste trabalho, foi necessário efectuar uma ampla revisão bibliográfica no âmbito da representação e recuperação da informação, tendo sido igualmente abordada a temática das linguagens documentais, dando especial relevo à construção de Tesauros. O Microtesauro apresentado neste trabalho teve como base a análise de uma publicação periódica de referência na área da Enfermagem, designada Nursing. Trata-se de uma revista mensal, dirigida a enfermeiros, que cobre todas as áreas de conhecimento relacionadas com a Enfermagem. Da análise efectuada a este documento, foram identificadas 139 palavras-chave, candidatas a ser descritores no Tesauro. Para a construção do Tesauro foi igualmente efectuado um levantamento exaustivo de 23 tesauros nacionais e internacionais existentes em áreas afins, sendo a análise, quantificação e qualificação dos termos que constituem este Microtesauro efectuada com a colaboração de docentes da Universidade Atlântica (UATLA), especialistas na área da Saúde e particularmente na área da Enfermagem. O Microtesauro na área da Enfermagem, engloba todos os descritores e não descritores, bem como as sua relações de equivalência, hierárquicas e associativas, sendo construído em Português, Inglês e Espanhol, visto se tratarem das línguas com maior índice de utilização na biblioteca da Universidade Atlântica, UATLA, onde o instrumento é aplicado, favorecendo, deste modo, a representação da informação disponível e melhorando a sua acessibilidade. Para uma melhor compreensão do Tesauro, foi elaborado um quadro com a distribuição das áreas temáticas dos termos, bem como dos descritores e não descritores – que, agrupados em classes, correspondem a 10 áreas do saber relacionadas com a Enfermagem. Apesar da construção e elaboração de um instrumento documental desta natureza ser geralmente fruto do trabalho de uma equipa multidisciplinar, constituída por profissionais da informação e especialistas na área em estudo, este trabalho resultou de um esforço individual. O software utilizado para a construção do Microtesauro em Enfermagem foi o DocBASE, que veio agilizar a estruturação desta ferramenta documental. Devido à sua dimensão, o Microtesauro é apresentado em Apêndice no final deste trabalho. Esta formatação não retira a importância de que se reveste esta ferramenta e vai permitir, se necessário, a sua utilização independentemente do trabalho de Investigação onde agora se insere. Este trabalho pretende igualmente, ser um contributo para as Bibliotecas e Centros de Documentação que possuem documentação nesta área específica, vindo colmatar uma lacuna existente nesta área do conhecimento.

Tesauro e terminologia : uma inter-relação lógica

Estudo compreendido como uma inter-relação lógica entre tesauros e Terminologia, mais especificamente nos princípios da Teoria Comunicativa da Terminologia — TCT. Analisa um tesauro do ponto de vista da sua organização estrutural. Estuda os descritores verificando sua representatividade como um elemento de representação e recuperação das informações de uma área de especialidade. Sinaliza para uma nova abordagem em relação ao tratamento dos descritores aproximando-os a uma unidade lexical terminológica. Tem como pressuposto de trabalho que a relação que se estabelece entre um sistema de recuperação da informação — SRI e os usuários do sistema é uma relação de comunicação. Apresenta algumas considerações e recomendações.

Sistema de informações para gestão ambiental

This Research Report presents the Environmental Management Information System, which has been planned for CEAMA - Center for Management and Environment. The System consists in the framework of data bases in the environment field, and the logic for information treatment. It has been developed to support current and future requirements of Center for Management and Environment in Escola de Administração de Empresas de São Paulo, Fundação Getulio Vargas (EAESP/FGV). The System was developed for Windows/Access environment and consists of a Main Data Base and a Thematic Data Base. The Main Data Base can store libraries, NGOs, Environmental Impact Reports, technical reports, companies and many other items. The Thematic one can contain several subjects related with environment, specifying the place or access form in which the data can be obtained. The Report also describes several environmental information systems, as a result of a survey that has been done as a part of the research project.

O usuário e os sistemas de informatização: a utilização do sistema de controle de operações da delegacia legal pelos policiais civis do Estado do Rio De Janeiro.

Organizar racionalmente as informações e sistematizá-las tem sido essencial para o sucesso de diversas empresas. Quando estudamos as instituições destinadas à segurança pública percebemos que o uso de tecnologia e de sistemas de informação são comuns nos exemplos bem sucedidos de combate às práticas criminosas. O Programa Delegacia Legal, inaugurado no Estado do Rio de Janeiro em 1999, acompanha essa tendência e tem como um dos seus pilares a importância ao tratamento da informação. Os policiais que fazem os registros das ocorrências nas delegacias utilizando-se do Sistema de informação (SCO) têm então um papel fundamental porque através desses registros são investigadas as infrações, assim como é alimentado um banco de dados mais completo para ser aliado na elaboração de estatísticas e na aplicação de ações estratégicas. Considerando que esse tipo de registro, utilizando sistemas de informação, alterou a rotina institucional, o presente estudo verifica se existe ou não resistência ao uso do Sistema – SCO, fazendo uma abordagem sobre o sistema de informação, o Programa Delegacia Legal, a cultura organizacional e a opinião dos policiais.

Fatores determinantes de sucesso na adoção de softwares livres em empresas privadas: algumas evidências empíricas

Nowadays, the free software has been presented as an alternative to the acquisition structure of proprietors¿ software licenses, being adopted by a large number of companies. This study presents the analysis, through a case study, of a project of proprietors¿ software migration for free platforms. The main purpose was to identify decisive factors of success in the adoption of free softwares for private companies. For this, was used the single case methodology of study, presented by Yin (2005). The theoretical referential approaches issues related to the definitions and the historic of the free software, the resistance to information systems and the change resistance. The idea is to look for the fundamentals to support the researchers understanding of the situations observed in the field. The data found at this research was analyzed using a meta-frame, which has as the main point the Unified Theory of Acceptance and Use of Information Technology, developed by Venkatesh et al. (2003). Also, to complete this meta-frame, were used the Technology Acceptance Model, proposed by Davis (1989), and Interaction¿s Model of system and context of Use, developed by Markus (1983). The researche¿s result has been gotten by the analysis of documentation, interviews, questionnaires, direct observation and participant observation, that made possible the obtaining of valuable group of data on the researched subject. The result of this research allow the establishment of subsidies for the planning and development of project of proprietors¿ softwares migration for free softwares.

Informática em saúde e fatores críticos de sucesso: um estudo no INCOR

A evolução da Informática tem sido uma constante nas últimas décadas. No entanto, observa-se que o avanço da Informática no Setor Saúde não tem acontecido com a mesma velocidade e eficácia que em outros setores mais dinâmicos na adoção da Tecnologia da Informação (TI). Em parte isso se deve às particularidades do Setor Saúde e à falta de uma linguagem compartilhada com os profissionais de Informática que facilite a compreensão das reais demandas que precedem adequação dos investimentos na área. A metodologia dos Fatores Críticos de Sucesso (FCS) é aqui documentada e aplicada num estudo de caso do Instituto do Coração (InCor), instituição de reconhecida excelência em assistência, ensino e pesquisa em saúde. A metodologia dos FCS demonstrou-se um instrumento poderoso para a identificação dos aspectos cruciais para o sucesso dos indivíduos e das organizações, capaz de proporcionar uma visão clara das áreas estudadas, exprimindo, dessa forma, as demandas por Sistemas de Informação (SI), orientando prioridades para a área de Informática e possibilitando o uso inteligente dos recursos disponíveis. Sob a ótica das disciplinas de Administração de Empresas (AE), caracterizando as peculiaridades do Setor Saúde referentes aos SI e aos TI, foi desenvolvida aqui uma ampla revisão bibliográfica e aplicada na pesquisa a metodologia dos.FCS como forma de auxiliar a identificação e a priorização de necessidades organizacionais, visando sempre alavancar o uso criativo da Informática em Saúde.

Competitividade e gestão de sistemas de informações: um estudo de caso de instituições de ensino superior

O projeto procura demonstrar a relação íntima entre a Competitividade das organizações e a Gestão de Sistemas de Informações. Inicialmente estuda os aspectos ambientais que cercam a existência das organizações procurando caracterizar a tecnologia como elo fundamental no processo evolutivo das sociedades dentro do processo civilizatório. Desloca no tempo os conceitos estudados e discutidos na introdução, e centra-o ao longo das últimas décadas, destacando os fenômenos Tecno- Econômico-Socio-Culturais responsáveis por alterações nas práticas de negócios, indicando os movimentos e tendências que. apontam para um Panorama Global de Competitividade crescente. Nesse sentido desenvolve uma proposta de Modelo Organizacional de natureza sistêmica, no qual infere a importância dos Sistemas e Tecnologia da Informação, que respondam adequadamente à um contexto de rápidas mudanças. Em seguida através de uma abordagem sistêmica desenvolve um estudo sobre o Sistema de Informações, a Gestão de Sistemas de Informações e sua relação com a Competitividade das Organizações. De acordo com o desenho dos cenários mais atualizados no ambiente empresarial faz um estudo de caso da influência da gestão de sistemas de informações sobre a competitividade de organizações do conhecimento mais especificamente das Instituições de Ensino Superior

Uso da web pelos bancos: comércio eletrônico nos serviços bancários

O comércio eletrônico é uma força que promete mudar definitivamente o cenário das empresas e seu relacionamento com clientes, fornecedores e parceiros. De olho no crescimento explosivo da Internet e da Web, as empresas estão aprendendo a utilizar o comércio eletrônico em seus processos de negócio tanto quanto nas suas estratégias de integração interna e externa. Os bancos têm, desde há muito, estado entre as empresas que mais investem em tecnologia de informação para apoiar os seus processos de negócio, buscar a eficiência empresarial e aumentar a qualidade dos seus serviços. Tendo suas origens na convergência tecnológica entre a computação e a telecomunicação, o comércio eletrônico abre um leque de oportunidades aos bancos que há muito buscam alternativas para oferecer aos seus clientes a possibilidade de operar serviços bancários remotamente, sem a necessidade de deslocamento até Uma agência. Mas a importância da evolução do comércio eletrônico para os bancos é ainda maior se for considerado que não há comércio sem pagamento e os bancos são os principais responsáveis pela manutenção de um sistema de pagamento confiável e versátil. Portanto, a crescente utilização da Web e da Internet pelos bancos implica também na consolidação do comércio eletrônico, tanto pela sua importância no controle dos meios de pagamento quanto na confiabilidade que transmitem aos usuários dos sistemas eletrônicos de transferência de valor. Este trabalho tem como objetivo estabelecer critérios para avaliar a evolução do comércio eletrônico nos serviços bancários e a difusão do uso da Web entre os bancos. A partir da observação de que os bancos podem utilizar a Web para divulgar informação, distribuir produtos e serviços e melhorar o relacionamento com os clientes, foram realizadas pesquisas através de análises em Web sites, questionários e entrevistas, para caracterizar o ritmo, a direção, os determinantes e as implicações da evolução do uso da Web entre os bancos.

Análise de interdependência dos habilitadores tecnológicos, empresariais e humanos no desenvolvimento de base de dados pessoal

Trata do uso dos dados pessoais integrado aos serviços digitais (e-services), criando um ambiente único para gerenciamento e uso destes, denominado de solução de base de dados pessoal. Além de descrever e caracterizar o ambiente e os componentes desta nova solução, são discutidas ações e desenvolvimentos requeridos para os seus principais habilitadores: humanos, tecnológicos e empresariais