Prediction of individual genetic risk to prostate cancer using a polygenic score

BACKGROUND Polygenic risk scores comprising established susceptibility variants have shown to be informative classifiers for several complex diseases including prostate cancer. For prostate cancer it is unknown if inclusion of genetic markers that have so far not been associated with prostate cancer risk at a genome-wide significant level will improve disease prediction. METHODS We built polygenic risk scores in a large training set comprising over 25,000 individuals. Initially 65 established prostate cancer susceptibility variants were selected. After LD pruning additional variants were prioritized based on their association with prostate cancer. Six-fold cross validation was performed to assess genetic risk scores and optimize the number of additional variants to be included. The final model was evaluated in an independent study population including 1,370 cases and 1,239 controls. RESULTS The polygenic risk score with 65 established susceptibility variants provided an area under the curve (AUC) of 0.67. Adding an additional 68 novel variants significantly increased the AUC to 0.68 (P = 0.0012) and the net reclassification index with 0.21 (P = 8.5E-08). All novel variants were located in genomic regions established as associated with prostate cancer risk. CONCLUSIONS Inclusion of additional genetic variants from established prostate cancer susceptibility regions improves disease prediction. Prostate 75:1467–1474, 2015. © 2015 Wiley Periodicals, Inc.

Thermodynamic Properties and Phase Diagram for the System MoO2–TiO2

The activity of molybdenum dioxide (MoO2) in the MoO2–TiO2 solid solutions was measured at 1600 K using a solid-state cell incorporating yttria-doped thoria as the electrolyte. For two compositions, the emf was also measured as a function of temperature. The cell was designed such that the emf is directly related to the activity of MoO2 in the solid solution. The results show monotonic variation of activity with composition, suggesting a complete range of solid solutions between the end members and the occurrence of MoO2 with a tetragonal structure at 1600 K. A large positive deviation from Raoult's law was found. Excess Gibbs energy of mixing is an asymmetric function of composition and can be represented by the subregular solution model of Hardy as follows.The temperature dependence of the emf for two compositions is reasonably consistent with ideal entropy of mixing. A miscibility gap is indicated at a lower temperature with the critical point characterized by Tc (K)=1560 and . Recent studies indicate that MoO2 undergoes a transition from a monoclinic to tetragonal structure at 1533 K with a transition entropy of 9.91 J·(mol·K)−1. The solid solubility of TiO2 with rutile structure in MoO2 with a monoclinic structure is negligible. These features give rise to a eutectoid reaction at 1412 K. The topology of the computed phase diagram differs significantly from that suggested by Pejryd.

On the Influence of Neighboring Conducting Objects on the Induced Currents in Simple Down Conductors Due to Nearby Lightning Strike

A lightning strike in the neighborhood can induce significant currents in tall down conductors. Though the magnitude of induced current in this case is much smaller than that encountered during a direct strike, the probability of occurrence and the frequency content is higher. In view of this, appropriate knowledge on the characteristics of such induced currents is relevant for the scrutiny of the recorded currents and in the evaluation of interference to the electrical and electronic system in the vicinity. Previously, a study was carried out on characteristics of induced currents assuming ideal conditions, that there were no influencing objects in the vicinity of the down conductor and channel. However, some influencing conducting bodies will always be present, such as trees, electricity and communication towers, buildings, and other elevated objects that can affect the induced currents in a down conductor. The present work is carried out to understand the influence of nearby conducting objects on the characteristics of induced currents due to a strike to ground in the vicinity of a tall down conductor. For the study, an electromagnetic model is employed to model the down conductor, channel, and neighboring conducting objects, and Numerical Electromagnetic Code-2 is used for numerical field computations. Neighboring objects of different heights, of different shapes, and at different locations are considered. It is found that the neighboring objects have significant influence on the magnitude and nature of induced currents in a down conductor when the height of the nearby conducting object is comparable to that of the down conductor.

An Inhibitor of Nonhomologous End-Joining Abrogates Double-Strand Break Repair and Impedes Cancer Progression

DNA Ligase IV is responsible for sealing of double-strand breaks (DSBs) during nonhomologous end-joining (NHEJ). Inhibiting Ligase IV could result in amassing of DSBs, thereby serving as a strategy toward treatment of cancer. Here, we identify a molecule, SCR7 that inhibits joining of DSBs in cell-free repair system. SCR7 blocks Ligase IV-mediated joining by interfering with its DNA binding but not that of T4 DNA Ligase or Ligase I. SCR7 inhibits NHEJ in a Ligase IV-dependent manner within cells, and activates the intrinsic apoptotic pathway. More importantly, SCR7 impedes tumor progression in mouse models and when coadministered with DSB-inducing therapeutic modalities enhances their sensitivity significantly. This inhibitor to target NHEJ offers a strategy toward the treatment of cancer and improvement of existing regimens.

载流圆锥薄壳的磁弹性应力与变形分析

在建立旋转壳体的非线性磁弹性运动方程的基础上，研究了电磁场和机械载荷联合作用下载流圆锥薄壳的磁弹性效应．通过算例，得到了载流圆锥薄壳的位移及应力与通电电流强度之间的关系，解决了圆锥薄壳顶点处的奇异性问题，给出了轴对称条件下的数值解．计算结果表明：改变通电电流强度，可以改变载流圆锥薄壳的应力与变形状态，达到控制圆锥薄壳的受力与变形的目的．

激光和电子束表面强化技术的发展及其应用

激光和电子束表面强化是当前引入注目的两种高新技术。文章系统地介绍了这两种技术的发展状况及应用，同时比较了二者的优缺点。最后对目前存在的问题及未来的发展方向作了简要的讨论。

Efecto de sistemas de labranza, rotación y control de malezas sobre la cenosis de las malezas y el crecimiento, desarrollo y rendimiento de los cultivos de maíz (Zea mays L.) y sorgo (Sorghum bicolor (L) moench)

En este trabajo se estudió el efecto de diferentes sistemas de labranza, métodos de control de malezas y rotaciones de cultivos, sobre la dinámica de la cenósis de las malezas, el crecimiento, desarrollo y rendimiento de los cultivos maíz y sorgo. El ensayo se inició en primera de 1992 en los meses de Mayo a Agosto de 1992, en el Centro Experimental "La Compañía", ubicada en el municipio de Masatepe, Carazo. El ensayo se estableció en un arreglo trifactorial en franjas con 4 repeticiones. Siendo el factor A: Labranza convencional, Labranza mínima, Labranza cero. Factor 8: Rotación maíz-frijol, rotación sorgo-soya, y el factor C: Control químico, control período crítico, control limpia periódica. Los resultados demuestran que el sistema de labranza convencional y el control químico fueron de mejor comportamiento respecto a la abundancia de las malezas para la rotación maíz-frijol, mientras que para la rotación sorgo-soya labranza cero y el control limpia periódica. Presentando menor abundancia esta rotación. Respecto a la cobertura, labranza convencional obtuvo el menor porcentaje para ambas rotaciones, igual que para la diversidad, mientras que labranza cero se destaca en ambas rotaciones para la biomasa con el menor valor. El control limpia periódica fue el de mejores resultados respecto a cobertura, biomasa y diversidad para la rotación sorgo-soya, seguido del control químico se destacan las especies Sorghum halepense y Melanthera aspera. Labranza convencional y el control químico fueron los de mejor comportamiento en el cultivo del maíz lo cual se refleja en el rendimiento. El rendimiento de materia seca se vio favorecido por cero labranza al igual que altura de plantas y número de hojas. El cultivo del sorgo obtuvo los mejores resultados bajo el sistema de labranza cero y el control período crítico.

Influencia del frijol común (Phaseolus vulgaris L.) sobre el comportamiento de la cenosis

Con el objeto de determinar el tamaño de parcela (muestra) que nos señale el mayor número de especies de malezas que compiten con los cultivos en la finca experimental “la compañía”, describir e identificar las especies de, malezas que más proliferan en dicha finca, durante la primera de 1989, se realizó un trabajo de investigación en dicho centro experimental. Se utilizó la técnica propuesta por Braum-Blanquet de "parcela mínima”. Se muestrearon parcelas de I. 3, 9, 18. 27, y 36 m2. Se determinó que el área de parcela de la muestra debe ser de 18 m2, ya que esta representa el 95%de las especies existentes en la finca. A la par se desarrollaron experimentos de campo con el propósito de determinar las asociaciones de malezas: determinar y conocer el comportamiento de las malezas en presencia y ausencia del cultivo de frijol. Para lograr este objetivo se utilizó un área de 160 m2 donde se establecieron 4 parcelas de 40 m2, estas parcelas a su vez se sub-dividieron en 12 sub-parcelas de 0.5 m2 de superficie, distribuidas al azar. El arreglo de las parcelas fue de forma intercalada. Las parcela 1 y 3 fueron sembradas con frijol y las parcelas 2 y 4 sin frijol. En las sub-parcelas 1, 2, 3 y 4 se realizaron 9 muestreos realizados semanalmente, tomando los siguientes datos, altura de planta y número de individuos. Las sub-parcelas restantes se establecieron con el propósito de evaluar el peso fresco de las malezas, para ello se procedió a cortar las malezas a partir de los 14 días después de la siembra iniciando con la sub-parcela 5, continuando 21 días después de la siembra con la sub-parcela 6 y así sucesivamente hasta finalizar con la sub-parcela 12 a los 63 días después de la siembra. Para lograr este objetivo se separaron las especies principales, a las cuales se les torno el peso por separado, el resto de las especies se pesaron por grupo, siendo estos: otras hojas ancha, otras especies y Poaceas. Los resultados obtenidos se resumen de la manera siguiente: la vegetación natural estuvo conformado por 25 especies que corresponden a 22 generas y 10 familias. Las especies dicotiledóneas representan el 64 % del total de malezas y las especies monocotiledóneas conforman el 36 %. Las especies que alcanzaron mayor abundancia en su mayoría son dicotiledóneas a excepción de S. halepense que también presento abundancia en los muestreos realizados. La especies de mayor adaptabilidad en presencia del cultivo es Melampodium divaricatum. Especies como Melampodium divaricatum; Commelina diffussa y Sorghum halepense ejercieron mayor competencia por espacio con el cultivo, en cambio el resto de especies lograron desarrollarse mejor en ausencia del cultivo. La altura de las malezas se vio influenciada por la presencia del cultivo: la mayoría de las especies crecieron mejor en ausencia del cultivo, excepto Melampodium divaricatum, y Commelina difussa. Las especies presentes obtuvieron mayor peso en ausencia del cultivo a diferencia de Melampodium divaricatum.

Evaluación de dieciséis genotipos de frijol común de calor negro (Phaseolus vulgaris L), en época de postrera, El Sapote, San Ramón, Matagalpa, 2002

El presente trabajo se realizó durante el período de postrera (Septiembre-Diciembredel 2002), en El Sapote, municipio de San Ramón, Matagalpa. Trata sobre la evaluación de rendimiento y adaptabilidad de 16 genotipos de frijol común(Phaseolus vulgaris L.) de grano negro. El diseño utilizado consistió en un bloque completo al azar (BCA) con cuatro repeticiones. Para el análisis de las variables cuantitativas se realizó el análisis de varianza y separación de medias por Tukey con significancia (Alpha) de acuerdo a los resultados de la probabilidad obtenida con el ANDEVA. De igual manera, se realizó correlación de Pearson a las variabes relacionadas para determinar su interacción. Los resultados obtenidos indican que los materiales que presentaron mayores rendimientos fueron MN13337-26 y B 2067 con 1533.2 y 1437.6 kg/ha respectivamente. Los genotipos con mayor precocidad respecto a días a floración fueron BRUNCA y MN 13337-26 con 31 días; para madurez fisiológica el genotipo más precoz fue B 2059 con 63 días después de la siembra. La mayoría de los materiales mostraron hábito de crecimiento II a excepción de MN 13074-4, MN 13071-56, B 2056 y Negro INIFAP. Los días de cosecha oscilan entre 68 y 77, siendo B 2059 el primer genotipo cosechado. De manera general, los genotipos presentaron buena adaptabilidad vegetativa. En relación a la incidencia de Mancha Angular(Isariopsis griseola Sacc), los genotipos resistentes fueron Negro INIFAP y B 2067. En la correlación realizada a las distintas variables, se presentó una correlación alta y significativa entre el número de plantas cosechadas y números de vainas por plantas con el rendimiento final obtenido para cada uno de los genotipos.

A surface acoustic wave-based immunosensing device using a nanocrystalline ZnO film on Si

The novelty of this study resides in the fabrication of a bio-sensing device, based on the surface acoustic wave (SAW) on a nanocrystalline ZnO film. The ZnO film was deposited using an rf magnetron sputtering at room temperature on silicon. The deposited films showed the c-axisoriented crystallite with grain size of ∼40 nm. The immunosensing device was fabricated using photolithographic protocols on the film. As a model biomolecular recognition and immunosensing, biospecific interaction between a 6-(2,4-dinitrophenyl) aminohexanoic acid (DNP) antigen and its antibody was employed, demonstrating the shifts of resonant frequencies on SAW immunosensing device. The device exhibited a linearity as a function of the antibody concentration in the range of 20∼20,000 ng/ml. © 2009 American Scientific Publishers. All rights reserved.

Suspended multiwalled carbon nanotubes as self-aligned evaporation masks

We describe the nanofabrication study of self-aligned electrodes on suspended multiwalled carbon nanotube structures. When metal is deposited on a suspended multiwalled carbon nanotube structure, the nanotube acts as an evaporation mask, resulting in the formation of discontinuous electrodes. The metal deposits on the nanotubes are removed with lift-off. Using Al sacrificial layers, it was possible to fabricate self-aligned contact electrodes and control electrodes nanometers from the suspended carbon nanotubes with a single lithography step. It was also shown that the fabrication technique may also be used to form nano-gapped contact electrodes. The technique should prove useful for the fabrication of nano-electromechanical systems.

双原子分子晶体体系振动弛豫的温度效应

本文用分子动力学模拟方法计算同核双原子分子晶体的振动弛豫速率。结果显示出,这种弛豫的速率是极其迅速的,且弛豫时间T_υ与体系的平均动能E的关系是1nT_V=a+bE~(0.8).