The genome of Rhizobium leguminosarum has recognizable core and accessory components

Background: Rhizobium leguminosarum is an alpha-proteobacterial N-2-fixing symbiont of legumes that has been the subject of more than a thousand publications. Genes for the symbiotic interaction with plants are well studied, but the adaptations that allow survival and growth in the soil environment are poorly understood. We have sequenced the genome of R. leguminosarum biovar viciae strain 3841. Results: The 7.75 Mb genome comprises a circular chromosome and six circular plasmids, with 61% G+C overall. All three rRNA operons and 52 tRNA genes are on the chromosome; essential protein-encoding genes are largely chromosomal, but most functional classes occur on plasmids as well. Of the 7,263 protein-encoding genes, 2,056 had orthologs in each of three related genomes ( Agrobacterium tumefaciens, Sinorhizobium meliloti, and Mesorhizobium loti), and these genes were overrepresented in the chromosome and had above average G+C. Most supported the rRNA-based phylogeny, confirming A. tumefaciens to be the closest among these relatives, but 347 genes were incompatible with this phylogeny; these were scattered throughout the genome but were over-represented on the plasmids. An unexpectedly large number of genes were shared by all three rhizobia but were missing from A. tumefaciens. Conclusion: Overall, the genome can be considered to have two main components: a 'core', which is higher in G+C, is mostly chromosomal, is shared with related organisms, and has a consistent phylogeny; and an 'accessory' component, which is sporadic in distribution, lower in G+C, and located on the plasmids and chromosomal islands. The accessory genome has a different nucleotide composition from the core despite a long history of coexistence.

Characterization of an escherichia coli elaC deletion mutant

The elaC gene of Escherichia coli encodes a binuclear zinc phosphodiesterase (ZiPD). ZiPD homologs from various species act as 3' tRNA processing endoribonucleases, and although the homologous gene in Bacillus subtilis is essential for viability [EMBO J. 22 (2003) 4534], the physiological function of E. coli ZiPD has remained enigmatic. In order to investigate the function of E. coli ZiPD we generated and characterized an E. coli elaC deletion mutant. Surprisingly, the E. coli elaC deletion mutant was viable and had wild-type like growth properties. Micro array-based transcriptional analysis indicated expression of the E. coli elaC gene at basal levels during aerobic growth. The elaC gene deletion had no effect on the expression of genes coding for RNases or amino-acyl tRNA synthetases or any other gene among a total of > 1300 genes probed. 2D-PAGE analysis showed that the elaC mutation, likewise, had no effect on the proteome. These results strengthen doubts about the involvement of E. coli ZiPD in tRNA maturation and suggest functional diversity within the ZiPD/ElaCl protein family. In addition to these unexpected features of the E. coli elaC deletion mutant, a sequence comparison of ZiPD (ElaCl) proteins revealed specific regions for either enterobacterial or mammalian ZiPD (ElaCl) proteins. (C) 2004 Elsevier Inc. All rights reserved.

Variation in 16S-23S rRNA intergenic spacer regions in Photobacterium damselae: a mosaic-like structure

Phenotypically, Photobacterium damselae subsp. piscicida and P. damselae subsp. damselae are easily distinguished. However, their 16S rRNA gene sequences are identical, and attempts to discriminate these two subspecies by molecular tools are hampered by their high level of DNA-DNA similarity. The 16S-23S rRNA internal transcribed spacers (ITS) were sequenced in two strains of Photobacterium damselae subsp. piscicida and two strains of P. damselae subsp. damselae to determine the level of molecular diversity in this DNA region. A total of 17 different ITS variants, ranging from 803 to 296 bp were found, some of which were subspecies or strain specific. The largest ITS contained four tRNA genes (tDNAs) coding for tRNA(Glu(UUC)), tRNA(LyS(UUU)), tRNA(Val(UAC)), and tRNA(Ala(GGC)). Five amplicons contained tRNA(Glu(UUC)) combined with two additional tRNA genes, including tRNA(Lys(UUU)), tRNA(Val(UAC)), or tRNA(Ala(UGC)). Five amplicons contained tRNA(Ile(GAU)) and tRNA(Ala(UGC)). Two amplicons contained tRNA(Glu(UUC)) and tRNA(Val(UGC)). Two different isoacceptor tRNA(Ala) genes (GGC and UGC anticodons) were found. The five smallest amplicons contained no tRNA genes. The tRNA-gene combinations tRNA(Glu(UUC)) -tRNA(Val(UAC)) -tRNA(Ala(UGC)) and tRNA(Glu(UUC)) -tRNA(Ala(UGC)) have not been previously reported in bacterial ITS regions. The number of copies of the ribosomal operon (rrn) in the P. damselae chromosome ranged from at least 9 to 12. For ITS variants coexisting in two strains of different subspecies or in strains of the same subspecies, nucleotide substitution percentages ranged from 0 to 2%. The main source of variation between ITS variants was due to different combinations of DNA sequence blocks, constituting a mosaic-like structure.

A maize bacterial artificial chromosome (BAC) library from the European flint inbred line F2

We report here the construction and characterisation of a BAC library from the maize flint inbred line F2, widely used in European maize breeding programs. The library contains 86,858 clones with an average insert size of approximately 90 kb, giving approximately 3.2-times genome coverage. High-efficiency BAC cloning was achieved through the use of a single size selection for the high-molecular-weight genomic DNA, and co-transformation of the ligation with yeast tRNA to optimise transformation efficiency. Characterisation of the library showed that less than 0.5% of the clones contained no inserts, while 5.52% of clones consisted of chloroplast DNA. The library was gridded onto 29 nylon filters in a double-spotted 8 × 8 array, and screened by hybridisation with a number of single-copy and gene-family probes. A 3-dimensional DNA pooling scheme was used to allow rapid PCR screening of the library based on primer pairs from simple sequence repeat (SSR) and expressed sequence tag (EST) markers. Positive clones were obtained in all hybridisation and PCR screens carried out so far. Six BAC clones, which hybridised to a portion of the cloned Rp1-D rust resistance gene, were further characterised and found to form contigs covering most of this complex resistance locus.

The search of a genetic basis for noise-induced hearing loss (NIHL)

Background and aim: Knowledge about the genetic factors responsible for noise-induced hearing loss (NIHL) is still limited. This study investigated whether genetic factors are associated or not to susceptibility to NIHL. Subjects and methods: The family history and genotypes were studied for candidate genes in 107 individuals with NIHL, 44 with other causes of hearing impairment and 104 controls. Mutations frequently found among deaf individuals were investigated (35delG, 167delT in GJB2, Delta(GJB6- D13S1830), Delta(GJB6- D13S1854) in GJB6 and A1555G in MT-RNR1 genes); allelic and genotypic frequencies were also determined at the SNP rs877098 in DFNB1, of deletions of GSTM1 and GSTT1 and sequence variants in both MTRNR1 and MTTS1 genes, as well as mitochondrial haplogroups. Results: When those with NIHL were compared with the control group, a significant increase was detected in the number of relatives affected by hearing impairment, of the genotype corresponding to the presence of both GSTM1 and GSTT1 enzymes and of cases with mitochondrial haplogroup L1. Conclusion: The findings suggest effects of familial history of hearing loss, of GSTT1 and GSTM1 enzymes and of mitochondrial haplogroup L1 on the risk of NIHL. This study also described novel sequence variants of MTRNR1 and MTTS1 genes.

Role of the Mitochondrial Mutations, m. 827A > G and the Novel m. 7462C > T, in the Origin of Hearing Loss

Samples from 30 deaf probands exhibiting features suggestive of syndromic mitochondrial deafness or from families with maternal transmission of deafness were selected for investigation of mutations in the mitochondrial genes MT-RNR1 and MT-TS1. Patients with mutation m. 1555A>G had been previously excluded from this sample. In the MT-RNR1 gene, five probands presented the m. 827A>G sequence variant, of uncertain pathogenicity. This change was also detected in 66 subjects of an unaffected control sample of 306 Brazilian individuals from various ethnic backgrounds. Given its high frequency, we consider it unlikely to have a pathogenic role on hereditary deafness. As to the MT-TS1 gene, one proband presented the previously known pathogenic m. 7472insC mutation and three probands presented a novel variant, m. 7462C>T, which was absent from the same control sample of 306 individuals. Because of its absence in control samples and association with a family history of hearing impairment, we suggest it might be a novel pathogenic mutation.

Replacement of the arginine biosynthesis operon in Xanthomonadales by ateral gene transfer

The role of lateral gene transfer (LGT) in prokaryotes has been shown to rapidly change the genome content, providing new gene tools for environmental adaptation. Features related to pathogenesis and resistance to strong selective conditions have been widely shown to be products of gene transfer between bacteria. The genomes of the gamma-proteobacteria from the genus Xanthomonas, composed mainly of phytopathogens, have potential genomic islands that may represent imprints of such evolutionary processes. In this work, the evolution of genes involved in the pathway responsible for arginine biosynthesis in Xanthomonadales was investigated, and several lines of evidence point to the foreign origin of the arg genes clustered within a potential operon. Their presence inside a potential genomic island, bordered by a tRNA gene, the unusual ranking of sequence similarity, and the atypical phylogenies indicate that the metabolic pathway for arginine biosynthesis was acquired through LGT in the Xanthomonadales group. Moreover, although homologues were also found in Bacteroidetes (Flavobacteria group), for many of the genes analyzed close homologues are detected in different life domains (Eukarya and Archaea), indicating that the source of these arg genes may have been outside the Bacteria clade. The possibility of replacement of a complete primary metabolic pathway by LGT events supports the selfish operon hypothesis and may occur only under very special environmental conditions. Such rare events reveal part of the history of these interesting mosaic Xanthomonadales genomes, disclosing the importance of gene transfer modifying primary metabolism pathways and extending the scenario for bacterial genome evolution.

"Det är mycket man inte vill minnas" : Upplevelse av kognitiv rehabilitering och livskvalitet samt innebörd av livskvalitet vid stroke

Syftet med denna kvalitativa studie var att beskriva upplevelse och innebörd av begreppen kognitiv rehabilitering och livskvalitet för personer som hade haft stroke. Studien genomfördes med hjälp av personliga intervjuer. Fem personer ingick i studien, tre män och två kvinnor, alla födda på 30-talet utom en man som föddes på 20-talet. Samtliga var gifta. Personerna rekryterades till studien via en sjuksköterska som hade kännedom om lämpliga personer som blivit utskrivna en kort tid före studiens början. Informanterna intervjuades med hjälp av en intervjuguide med utgångspunkt från två frågeområden som berörde upplevelse av kognitiv rehabilitering och upplevelse och innebörd av livskvalitet efter stroke. Analysen gjordes med hjälp av innehållsanalys. Analysen av de fem intervjuerna gav sex teman; Upplevelse av att inte någon kognitiv rehabilitering har utförts, Upplevelse av att informanten själv förväntades träna upp sina kognitiva funktioner, Strävan efter att leva som vanligt, Förändrad livskvalité, Förändrad livssyn, Betydelsen av det sociala stödet. Det framkom att ingen av informanterna upplevde att det hade genomförts någon kognitiv rehabilitering. Alla upplevde sig däremot ha fått en fullständig fysisk rehabilitering på avdelningen. Informanterna hade som mål med sin rehabilitering att klara av de vardagliga funktionerna i hemmet såsom innan stroken. En av deltagarna upplevde att det förväntades att självständigt träna upp sina kognitiva funktioner. Livskvaliteten idag var att kunna fortsätta leva som förut, vilket förhindrades av vissa inskränkningar motoriskt och kognitivt. Alla värdesatte livet högre idag och accepterade sin situation som den var. Vänskapen med andra var också en viktig del i livskvaliteten.

Lärares syn på elevers grupparbete som en del i skolutveckling

Syftet med detta examensarbete är att belysa på vilket eller vilka sätt lärare i gymnasieskolan förknippar elevers grupparbete med skolutveckling. Vilka pedagogiska tankar ligger bakom lärares användande av grupparbete som arbetsmetod, hur ser de på att träna elever i grupparbete och hur ser de på förhållandet mellan grupparbete och skolutveckling? Undersökningen är av kvalitativ karaktär där metoden för insamling av data består av enskilda intervjuer med sju gymnasielärare som arbetar på både yrkesinriktade och studieförberedande program. Resultatet visar att lärarna som arbetar på rent yrkesinriktade program framförallt ser elevers grupparbete som en förberedelse för deras framtida yrkesliv, medan lärare på studieförberedande program tenderar att tala mer om vilken nytta grupparbete har för eleverna i skolsituationen. Vid en analys av hur lärarna ser på att träna elever i grupparbete ser man att vissa av lärarna är mer konkreta i sitt resonemang kring om och hur de arbetar med att träna eleverna i grupparbete, medan vissa är mer abstrakta i sitt resonemang. Resultatet visar slutligen att lärarna har relativt olika syn på vad skolutveckling är samt att det är inte någon självklarhet att de direkt kopplar ihop elevers grupparbete med skolutveckling.

Fysisk aktivitet för patienter med Kroniskt Obstruktiv Lungsjukdom : en systematisk litteraturstudie

Syfte: Att beskriva hur olika former av fysisk aktivitet kunde påverka patienter med sjukdomen KOL och vilka faktorer som inverkade på dessa patienters möjligheter att vara fysiskt aktiva, samt att beskriva hur sjuksköterskan genom patientutbildning kunde hjälpa patienter till ökad fysisk aktivitet. Metod: Studien har genomförts i form av en systematisk litteraturstudie. Till resultatet har använts 16 kvantitativa och en kvalitativ artikel. Resultat: Resultatet visade att träning både i grupp och individuellt förbättrade livskvalitet, fysisk förmåga och andnöd. Träning motverkade också kakexi och minskade risken för depression. Både konditionsträning och styrketräning var värdefulla träningsformer. Efter en intensivare träningsperiod var det viktigt att bibehålla resultatet, detta kunde ske genom fortsatt träning på hemorten efter rehabilitering och genom att träna regelbundet men inte lika ofta. Faktorer som kunde påverka träning positivt var tillgång till syrgas, även för patienter med saturation över 88 procent, samt ett adekvat näringsintag som var viktigt för att orka träna. Det var värdefullt för sjuksköterskan att notera graden av fysisk aktivitet i omvårdnadsplanen för varje patient, eftersom detta gav information om hur patienten mådde. Det var också viktigt att lyssna till patientens tankar, eftersom fysisk aktivitet hade olika betydelse för olika individer. Genom undervisning kunde sjuksköterskan hjälpa patienten att bli mer fysiskt aktiv. Dels genom att förklara hur den nedåtgående aktivitetsspiralen påverkar, men också genom att stärka patientens självtillit, för att våga vara fysiskt aktiv. En kombination av träning, undervisning och andningsteknik tycktes vara särskilt värdefullt för personer med diagnosen KOL

Förebygga, identifiera och åtgärda : Om elevers läs- och skrivproblematik i årskurs 1-3

Syftet med detta arbete var att belysa faktorer som förebygger svårigheter i läs- och skrivinlärning samt metoder som används för att identifiera vari svårigheterna består och åtgärder som tillämpas för att stödja elever med läs- och skrivproblematik. Den metod som tillämpats har varit en litteraturstudie samt en mindre empirisk undersökning i form av åtta intervjuer med verksamma lärare i årskurs 1-3. Resultatet visar att faktorer som förebygger läs- och skrivproblem är en riklig tal- och skriftspråklig stimulans i hem- och närmiljö samt en medvetet förebyggande metodik i skolan, med fokus på att systematiskt följa varje elevs läsutveckling. Vidare visar resultatet att de metoder som används för att upptäcka och identifiera läs- och skrivsvårigheter både består i olika former av kartläggningsmaterial och lärares kunskaps- och erfarenhetsbaserade förmåga att på daglig basis avläsa var eleverna befinner sig i inlärningsprocessen. Resultatet visar också att de åtgärder som tillämpas sker i såväl mindre elevgrupper som i enskild undervisning, så kallad en-en-pedagogik, med syfte att träna det som eleverna specifikt behöver. Den sistnämnda formen av undervisning, en-en, har i resultatet framkommit som särskilt effektiv. Det framkommer även att lärares möjligheter till kollegialitet är en essentiell fråga för en effektiv undervisning. Sammanfattningsvis konstateras att skolans primära behov är en fråga om huruvida skolan tillförs ökade resurser.  

GIH:s rullskidprojekt : Lärarstudenter GIH 2008 delrapport 2: 2009

Gymnastik – och idrottshögskolan, GIH, har en lång tradition av utbildning inom skidåkning. Redan 1924 genomfördes den första fjällfärden för civila studenter i Jämtland och sedan 1926 har obligatorisk utbildning i turteknik, förlagd till fjällterräng, genomförts (Schantz & Halldén, 1988). Utförsåkning och längdåkning har också länge funnits med som inslag i vinterutbildningen. För närvarande har samtliga program vid GIH (lärarprogrammet, tränarprogrammet och hälsopedagogprogrammet) en obligatorisk vinterutbildning i fjällmiljö, omfattande omkring tre högskolepoäng (cirka två veckors heltidsstudier). Under senare år har en ökande andel av de antagna studenterna uppvisat brister vad gäller grundläggande skidfärdighet, vilket försvårat möjligheterna till breddning och fördjupning, såväl teoretiskt som praktiskt, under vinterutbildningen. De stora skillnaderna i färdighet hos studenterna innebär, förutom svårigheterna att tekniskt och didaktiskt arbeta med olika aspekter av skidåkning med heterogena grupper under en så begränsad tid, även att säkerheten under turåkningsmomentet får större fokus än vad som tidigare varit fallet. Den bristande skidåkningsfärdigheten hos vissa studenter kan bland annat få till följd att de får svårt att genomföra turåkningen. Den vanligtvis otillräckliga snötillgången i Mellansverige gör att träning på "hemmaplan" blir svår att genomföra. I syfte att söka komma till rätta med denna problematik genomfördes ett delprojekt inom ramen för det så kallade "GIH 2008-projektet". Studenter som själva ansåg sig ha en bristande skidteknik, eller betraktade sig som nybörjare i skidåkning, erbjöds delta i projektet. Utöver möjligheten att stödja studenter som saknade eller hade liten tidigare erfarenhet av skidåkning, fanns här möjlighet att prova olika metodiker för didaktiska studier. Denna åtgärd från GIH:s sida att bistå studenter som av geografiska, klimatologiska eller av andra orsaker inte haft möjlighet att tidigare skaffa sig skiderfarenhet kommer sannolikt att bli än mer betydelsefull i framtiden. Nedan presenteras data för stakmomentet och diagonalåkningen i projektet. Ett antal utrustningar, bestående av skidskor, stavar och rullskidor införskaffades och studenterna fick en möjlighet att under några veckor träna rullskidåkning Såväl kvalitativa som kvantitativa metoder användes för utvärdering av träningsprocesser. Denna utvärdering baserades på videofilmning och datorbaserad videoanalys.

Gymnasieelevers uppfattningar om algebra och problemlösning : En undersökning med utgångspunkt i elevernas kön, slutbetyg i grundskolan och val av gymnasieprogram

Syftet med den här uppsatsen är att undersöka elevers uppfattningar om algebra och problemlösning samt granska hur dessa uppfattningar påverkas beroende på elevernas val av gymnasieprogram, kön och slutbetyg i grundskolan. Syftet är vidare att ta reda på vilka eventuella hinder och svårigheter eleverna själva uppfattar då de använder algebra för att lösa matematiska problem. Som metod för att söka svar på syfte och frågeställningar har valts att genomföra en enkätundersökning med elever som går första året på gymnasiet och som läser antingen naturvetenskapsprogrammet eller bygg- och anläggningsprogrammet. Enkätundersökningen består av två delar, en del som undersöker elevers uppfattningar om matematik i allmänhet och algebra och problemlösning i synnerhet, samt en del som försöker reda ut vilka svårigheter eleverna uppfattar då de ska lösa matematiska problem med algebra. Svaren sammanställs genom en analys av vilka eventuella skillnader och likheter som finns beroende på elevernas val av gymnasieprogram, kön och betyg i grundskolan. Resultatet visar på att elever på naturvetenskapsprogrammet som hade MVG i betyg i grundskolan har en mer positiv inställning till algebra och problemlösning i jämförelse med elever från bygg- och anläggningsprogrammet som fått G i betyg. Vad gäller elevernas kön finns det inte några indikationer på att denna faktor har någon större påverkan på deras uppfattningar. Resultatet kan vara en indikation på att elevernas uppfattningar främst påverkas av deras förståelse för det algebraiska tankesättet. Det eleverna upplever som svårast när de ska lösa problem med hjälp av algebra är att översätta den skrivna texten till en algebraisk framställning. När eleverna löser matematiska problem indikerar även resultatet att de till stor del styrs av sina förväntningar och förutfattade föreställningar om uppgiften. Resultatet ger en indikation om att eleverna behöver arbeta mer med problemlösning i olika former för att genom det kunna träna upp sin resonemangsförmåga och sin förmåga att behärska alla de tre faserna, översättning, omskrivning och tolkning, i den algebraiska cykeln.

Coachande ledarskap : En utvärdering av genomförd ledarutveckling inom Borlängekommun

This is a thesis in Personal- och Arbetslivsprogrammet at Dalarna University with thepurpose of evaluating an education initiative in Borlänge kommun. The educationCoaching Leadership is an initiative for the managers in the organization to exercisegood leadership and the education also serves as an incentive for managers. Eightbusiness managers and one from the HR staff have completed the training. Out of thetotal 9 participants in the training, six of them took part in this evaluation. Based on thethesis aim and questions we wanted to explore participants' attitudes to the education,and what skills and abilities they have acquired on the basis of educational goals andcontent. To obtain results, a semi-structured interview methodology was used, this inorder to get answers to predefined questions while the participants would have theopportunity to give an as broad picture as possible.The result of this evaluation demonstrates that the participants are in favor of trainingand they've got the tools, knowledge and ability to apply coaching in their job role,which was included in the educational goals. For the CL-education to promote theorganization's development potential, the participants mentions that it takes time totrain and that employees must have the knowledge of the organization's educationaldirection.

Barnmorskors strategier för att främja fysisk aktivitet under graviditeten : En Kvalitativ Intervjustudie

Fysisk aktivitet är viktigt för att främja hälsa och förebygga ohälsa och bör även rekommenderas till kvinnor under graviditeten. Barnmorskan har en central roll i det hälsofrämjande arbetet då hon ibland är den enda hälso- och sjukvårdspersonal som träffar kvinnan under graviditeten. Det finns rekommendationer för hur mycket den gravida kvinnan bör träna men studier visar att det är få som följer dessa. Barnmorskan upplever det svårt att ge råd och det finns ett behov av att hitta strategier som kan användas i arbetet med att främja fysisk aktivitet. Syftet med denna studie var att beskriva barnmorskors strategier för att främja fysisk aktivitet under graviditeten. Studien utfördes enligt kvalitativ metod där semistrukturerade intervjuer användes för insamling av data som sedan analyserades utifrån tematisk analys. I studien framkom ett flertal olika strategier som barnmorskorna använde för att främja fysisk aktivitet under graviditeten; Att ge råd, Att motivera, Att söka stöd i omgivningen, Att individualisera, Att vårda relationen och Att utveckla. Studien visade också att barnmorskorna upplevde arbetet med att främja fysisk aktivitet som viktigt men svårt. Författarna anser att strategierna är användbara, inte bara av barnmorskan utan även av annan personal inom hälso- och sjukvården som arbetar med att främja fysisk aktivitet under graviditeten.