Estrategias estadístico-computacionales avanzadas para análisis de expresión de proteínas/genes en cáncer. Advanced statistical and computational strategies for protein/gene expression analysis in cancer.

El objetivo de este proyecto, enmarcado en el área de metodología de análisis en bioingeniería-biotecnología aplicadas al estudio del cancer, es el análisis y caracterización a través modelos estadísticos con efectos mixtos y técnicas de aprendizaje automático, de perfiles de expresión de proteínas y genes de las vías metabolicas asociadas a progresión tumoral. Dicho estudio se llevará a cabo mediante la utilización de tecnologías de alto rendimiento. Las mismas permiten evaluar miles de genes/proteínas en forma simultánea, generando así una gran cantidad de datos de expresión. Se hipotetiza que para un análisis e interpretación de la información subyacente, caracterizada por su abundancia y complejidad, podría realizarse mediante técnicas estadístico-computacionales eficientes en el contexto de modelos mixtos y técnias de aprendizaje automático. Para que el análisis sea efectivo es necesario contemplar los efectos ocasionados por los diferentes factores experimentales ajenos al fenómeno biológico bajo estudio. Estos efectos pueden enmascarar la información subycente y así perder informacion relavante en el contexto de progresión tumoral. La identificación de estos efectos permitirá obtener, eficientemente, los perfiles de expresión molecular que podrían permitir el desarrollo de métodos de diagnóstico basados en ellos. Con este trabajo se espera poner a disposición de investigadores de nuestro medio, herramientas y procedimientos de análisis que maximicen la eficiencia en el uso de los recursos asignados a la masiva captura de datos genómicos/proteómicos que permitan extraer información biológica relevante pertinente al análisis, clasificación o predicción de cáncer, el diseño de tratamientos y terapias específicos y el mejoramiento de los métodos de detección como así tambien aportar al entendimieto de la progresión tumoral mediante análisis computacional intensivo.

Estrategias estadísticas y de aprendizaje automático en genómica y proteómica funcional.

El objetivo de este proyecto, enmarcado en el área de metodología de análisis en bioingeniería-biotecnología aplicadas al estudio del cáncer, es el análisis y caracterización a través de perfiles de expresión de proteínas y genes de las vías metabólicas asociadas a progresión tumoral. Dicho estudio se llevará a cabo mediante la utilización de tecnologías de alto rendimiento. Las mismas permiten evaluar miles de genes/proteínas en forma simultánea, generando así una gran cantidad de datos de expresión. Se hipotetiza que para un análisis e interpretación de la información subyacente, caracterizada por su abundancia y complejidad, podría realizarse mediante técnicas estadístico-computacionales eficientes en el contexto de modelos mixtos y técnicas de aprendizaje automático. Para que el análisis sea efectivo es necesario contemplar los efectos ocasionados por los diferentes factores experimentales ajenos al fenómeno biológico bajo estudio. Estos efectos pueden enmascarar la información subyacente y así perder informacion relevante en el contexto de progresión tumoral. La identificación de estos efectos permitirá obtener, eficientemente, los perfiles de expresión molecular que podrían permitir el desarrollo de métodos de diagnóstico basados en ellos. Con este trabajo se espera poner a disposición de investigadores de nuestro medio, herramientas y procedimientos de análisis que maximicen la eficiencia en el uso de los recursos asignados a la masiva captura de datos genómicos/proteómicos que permitan extraer información biológica relevante pertinente al análisis, clasificación o predicción de cáncer, el diseño de tratamientos y terapias específicos y el mejoramiento de los métodos de detección como así tambien aportar al entendimiento de la progresión tumoral mediante análisis computacional intensivo.

La protección vegetal en los cultivos. Aportes desde la fitopatología para el manejo de las enfermedades. Biología, epidemiología, manejo y control de hongos y bacterias fitopatógenas asociados a cultivos.

Las enfermedades de los cultivos son uno de los factores de mayor incidencia en el rendimiento de los cultivos, sea por las pérdidas que ocasiona como en el incremento de costos que genera su control. La estrategia de manejo de enfermedades incluye una serie de medidas entre las que se cuenta el control químico. El uso indiscriminado de esta alternativa trae aparejado serios problemáticas biológicas en los organismos involucrados y puede ser factor de riesgo de la salud pública. El conocimiento de los agentes perjudiciales de los cultivos, su forma de causar enfermedad y el manejo y control de los mismos son factores fundamentales para reducir estos riesgos. Los nuevos sistemas de producción, los cambios que se generan en el agroecosistema, la generan de nuevos ingredientes activos fungicidas y la evolución de la genética en las poblaciones perjudiciales y benéficas plantean desafíos para enfrentar y la formulación de criterios y formas de manejo actualizadas. En experimentos conducidos en laboratorio, en cámaras de crecimiento, en lotes de producción y en invernaderos, se procurará desenvolver métodos de diagnóstico, cuantificación y control de los agentes causales de las principales enfermedades de cultivos, contribuyendo a la sustentabilidad de los mismos. También serán generados momentos de transmisión de conocimientos, para poder volcar a los diferentes sectores, productores, técnicos, empresas, estado y sociedad, la información generada, como recibir de ellos sus inquietudes para generar nuevos proyectos de investigación.

DRIS na avaliação do estado nutricional do arroz irrigado por inundação

O alto custo das adubações, a importância da nutrição mineral na produtividade e o nível de tecnologia adotado nas lavouras de arroz irrigado no sul do Brasil tornam relevante a utilização de técnicas de avaliação do estado nutricional, como a diagnose foliar. Entre os métodos para diagnóstico nutricional das plantas, destaca-se o Sistema Integrado de Diagnose e Recomendação (DRIS), que utiliza o conceito do balanço de nutrientes. O objetivo deste trabalho foi estabelecer normas de referência DRIS e padrões nutricionais para a cultura do arroz irrigado por inundação. Foram utilizados resultados de análise foliar e de produtividade de 356 lavouras das diferentes regiões arrozeiras do Rio Grande do Sul na safra 2005/2006. As amostragens foram feitas no estádio de florescimento da cultura. A população de alta produtividade foi determinada pela melhor correlação entre o Índice de Balanço Nutricional (IBN) e a produtividade, sendo ela a que atingiu produtividade > 9.000 kg ha-1. O cálculo das funções e índices DRIS baseou-se no método original de Beaufils. Os resultados indicaram que: a concentração dos nutrientes mostrou relação positiva com os respectivos índices DRIS; o IBN apresentou correlação negativa com a produtividade; a determinação do ponto de equilíbrio DRIS permitiu o estabelecimento de um padrão nutricional para o arroz irrigado por inundação; e o método DRIS, utilizando normas específicas para o Rio Grande do Sul, foi eficiente no diagnóstico nutricional do arroz irrigado por inundação.

Litiasis de las glándulas salivales

La litiasis es hoy día la enfermedad más frecuente de las glándulas salivales mayores y, muy en concreto, el motivo de exéresis quirúrgica de la glándula submaxilar. Se hace una revisión de la etiopatogenia, incidencia y clínica, así como de los métodos de diagnóstico y del estado actual de su tratamiento.

Seca dos ponteiros da goiabeira causada por Erwinia psidii: níveis de incidência e aspectos epidemiológicos

Um dos fatores limitantes ao cultivo da goiabeira no Brasil é a 'seca dos ponteiros', causada por Erwinia psidii, presente nas regiões Sudeste e Centro-Oeste, onde se concentram grandes áreas produtoras. Considerando a pequena disponibilidade de informações sobre a epidemiologia e níveis de incidência dessa bacteriose, este estudo teve como objetivos: confirmar a distribuição e verificar a dispersão da seca dos ponteiros da goiabeira no Distrito Federal; investigar o efeito da temperatura sobre a multiplicação in vitro de E. psidii; desenvolver um teste de patogenicidade prático e eficiente e avaliar a sobrevivência in vitro da bactéria em diferentes substratos. A doença foi identificada em 56% das propriedades produtoras avaliadas no DF, com 81,9% de correlação entre a presença de sintomas e o diagnóstico laboratorial. A melhor faixa de temperatura para multiplicação de E. psidii foi de 24 a 33 ºC, e a bactéria permaneceu viável por até 120 dias em suspensão em água. A inoculação da bactéria em folhas ou hastes destacadas levou ao aparecimento de sintomas a partir do sétimo dia e mostrou-se eficiente como um teste rápido para se avaliar a patogenicidade de isolados.

Manifestações extrapulmonares da paracoccidioidomicose

Neste trabalho os autores realizam um estudo revisional e iconográfico de pacientes portadores da paracoccidioidomicose disseminada, apresentando os principais achados radiográficos no sistema nervoso central, glândulas adrenais, sistema osteoarticular, ganglionar e trato digestivo destes pacientes. Os métodos de diagnóstico por imagem têm permitido uma abordagem mais precisa destes pacientes e se mostrado cada vez mais sensíveis na detecção de lesões, mesmo em pacientes assintomáticos. Na maioria dos casos essas alterações são inespecíficas, podendo simular tanto lesões neoplásicas como infecciosas crônicas, sendo muitas vezes indistinguíveis da tuberculose. Apesar destas alterações serem incaracterísticas e do diagnóstico de certeza da paracoccidioidomicose só ocorrer após a confirmação micológica ou histológica do fungo, é possivel sugerir um diagnóstico preciso quando os achados de imagem forem analisados em um contexto clínico e epidemiológico pertinente.

Avaliação por imagem das lesões da placa de crescimento

As estruturas responsáveis pelo crescimento do osso incluem a fise (também chamada placa de crescimento) e as epífises. Afecções que acometem pacientes com o esqueleto imaturo, ou seja, com a placa de crescimento ainda aberta, podem interferir no crescimento ósseo, resultando em complicações como parada do crescimento, encurtamento dos membros ou deformidades angulares. Condições traumáticas que resultam muitas vezes em fraturas epifisárias são a causa mais comum das lesões da placa de crescimento. A avaliação cuidadosa desses pacientes pelos métodos de diagnóstico por imagem atualmente disponíveis, sobretudo a radiografia, a tomografia computadorizada e a ressonância magnética, permite o reconhecimento precoce do comprometimento das estruturas relacionadas ao crescimento ósseo, além de tratamento adequado, diminuindo a possibilidade do desenvolvimento de tais complicações.

Ressonância magnética na avaliação das reações periosteais

O objetivo deste ensaio iconográfico é estimular a avaliação cuidadosa das reações periosteais nas imagens de ressonância magnética. A abordagem inicial das lesões ósseas é realizada por meio das radiografias simples e pela avaliação destas se faz a classificação das reações periosteais em subtipos clássicos. Embora a ressonância magnética seja considerada o padrão ouro para o estadiamento regional das neoplasias ósseas, seu uso no estudo das reações periosteais relacionadas às lesões ósseas focais tem sido relativamente pouco enfatizado. A revisão da literatura evidencia um modelo experimental animal de osteomielite que sugere que a ressonância magnética seja superior às outras técnicas de imagem na identificação precoce das reações periosteais. Outro estudo encontrado na literatura sugere boa correlação entre as radiografias simples e as imagens de ressonância magnética na identificação e na classificação das reações periosteais no osteossarcoma. Neste ensaio foram ilustrados casos de reações periosteais observadas pela ressonância magnética, correlacionado-as com as radiografias convencionais ou com outros métodos de diagnóstico por imagem.

Cisto multilocular renal

O cisto multilocular renal é uma tumoração rara, de etiopatogenia discutida, que apresenta um aspecto macroscópico característico (parecendo favos de mel) mas histologia variável, o que ocasionou uma vasta sinonímia para esta afecção. Com os modernos métodos de diagnóstico por imagem, estes tumores podem ser suspeitados no pré-operatório, mas antes eram rotulados como provável nefroblastoma (Tumor de Wilms). Os autores descrevem as características de cinco casos observados nos Serviços de Cirurgia Pediátrica dos Hospitais Getúlio Vargas e da Lagoa, do Rio de Janeiro, e no Hospital Universitário de João Pessoa (Paraíba). Em todos, o sintoma predominante era uma massa abdominal, mas em um havia também hipertensão arterial. Todos os pacientes foram submetidos a nefrectomia e tiveram boa evolução pós-operatória. Apesar de pouco freqüente, o cisto multilocular renal deve ser lembrado no diagnóstico de qualquer massa renal em crianças, especialmente naquelas com menos de dois anos de idade, devido ao prognóstico favorável em comparação com o do tumor de Wilms. No adulto, o diagnóstico diferencial é feito principalmente com o adenocarcinoma cístico.

Câncer gástrico precoce: revisão de 47 casos do instituto nacional de câncer nos últimos cinco anos

OBJETIVO: O presente estudo visa estudar as características dos tumores gástricos precoces diagnosticados em um grande centro de referência no tratamento do câncer gástrico em nosso país, o Instituto Nacional de Câncer. MÉTODO: Analisamos retrospectivamente os casos de câncer gástrico precoce da Seção de Cirurgia Abdominopélvica do Hospital do Câncer I no período de 1995 a 1999. Resgatamos 47 prontuários de pacientes portadores de câncer gástrico precoce, dos 296 pacientes submetidos à ressecção gástrica neste período. RESULTADOS: Em nosso hospital a incidência corresponde a cerca de 15,8% dos pacientes submetidos a gastrectomias por câncer gástrico. Constatamos uma incidência de 1,1:1 com relação ao sexo F/M e com morbidade de 19,1% e mortalidade de 4,2%. Houve uma predominância do tipo IIc + III e com 27,6% de positividade para o Helicobacter pylori. CONCLUSÃO: O câncer gástrico precoce representa o melhor estágio para a ressecção nos tumores do estômago, porém, infelizmente, ainda é pouco diagnosticado em nosso meio, apesar dos avanços nos métodos de diagnóstico.

Fenilcetonúria materna: relato de caso

A fenilcetonúria materna é uma aminoacidopatia caracterizada por níveis elevados de fenilalanina plasmática na gestante, o que pode provocar anormalidades no desenvolvimento do feto, condição que se denomina síndrome de fenilcetonúria materna. Deve ser diagnosticada laboratorialmente, uma vez que as manifestações clínicas são inespecíficas. Relatamos um caso de paciente secundigesta, com antecedente pessoal de retardo do desenvolvimento cognitivo, sem antecedentes patológicos obstétricos, com diagnóstico laboratorial de hiperfenilalaninemia na atual gestação, sendo tratada com dieta específica. O recém-nato, nascido a termo, não apresentou alterações físicas ou defeitos congênitos confirmados. A gestação anterior, na qual não houve diagnóstico e controle da fenilcetonúria, resultou em criança com séria deficiência psicomotora confirmada, além de microcefalia e distúrbios auditivos e da fala. Com o conhecimento dos efeitos da hiperfenilalaninemia materna sobre o feto, tornam-se essenciais o diagnóstico e a instituição precoce do tratamento durante a gravidez em pacientes com suspeita clínica de fenilcetonúria. No caso aqui descrito, houve benefícios materno-fetais do tratamento dietoterápico oferecido, reforçando a importância da identificação de mulheres fenilcetonúricas em idade reprodutiva.

Polioencefalomalacia em ruminantes

Polioencefalomalacia (PEM) de ruminantes é uma doença complexa. O termo indica um diagnóstico morfológico em que necrose neuronal grave resulta em amolecimento da substância cinzenta do cérebro. Interpretada no início como uma doença única, causada por deficiência de tiamina, acredita-se hoje que várias causas e diferentes mecanismos patogênicos, ou um único mecanismo patogênico disparado por diferentes agentes, sejam responsáveis pelo aparecimento da doença. Neste artigo, as possíveis causas e a patogênese de PEM em ruminantes são criticamente revisadas e discutidas. Também são revisadas a epidemiologia, os sinais clínicos, os achados macro e microscópicos e os métodos de diagnóstico, tratamento e controle.

Distribuição do vírus rábico no sistema nervoso central em ruminantes naturalmente infectados

Com o objetivo de identificar a distribuição das lesões do vírus rábico no sistema nervoso central de casos espontâneos de raiva em ruminantes e comparar as técnicas de imunofluorescência direta (IFD), inoculação em camundongos (ICC) e presença de corpúsculos de Negri para o diagnóstico da doença foram analisados materiais proveniente de 48 casos de raiva, incluindo amostras de córtex frontal, temporal, parietal e occipital, hipocampo, tálamo, colículo rostral e caudal, cerebelo, ponte, medula oblonga, núcleo da base e porções da medula cervical, torácica e lombar. De 48 amostras analisadas, todas foram positivas na IFD e na ICC e em 30 (62,5%) foram encontrados corpúsculo de Negri (CN). No entanto, houve diferenças importantes no resultados dos três testes nas diferentes regiões do SNC avaliadas. Nos cortes de córtex cerebral, em 38 bovinos, a presença de corpúsculos de inclusão foi baixa (11%-37%) assim como a positividade para IFD e ICC (60-80%). Pelo contrário, todas as amostras de ponte, tálamo e medula testados foram positivas para IFD e ICC. Em outras regiões do tronco encefálico e também no cerebelo a positividade para ICC e IFD foi de 60% a 96,7%. No cerebelo foi encontrada a maior frequência (88,2%) de corpúsculos de inclusão. Em oito ovinos as provas de ICC e IFD foram positivas em todos os cortes e foram observados corpúsculos de inclusão em três animais. Foram analisados somente dois casos de caprinos encontrando-se corpúsculos de inclusão em um e ambos foram positivos para IFD e ICC. Os resultados obtidos nesse trabalho sugerem que a conduta recomendada pelo Manual Técnico de Controle da Raiva dos Herbívoros (MTCRH) permite o diagnóstico de raiva associando o estudo histológico aos testes de IFD e ICC que incluem cerebelo, tálamo e tronco encefálico que apresentam alta positividade para as provas de IFD e ICC. No entanto, a melhor conduta é a de incluir metade do encéfalo cortado longitudinalmente e amostras de medula. Isto permite examinar por IFD e ICC uma ou mais regiões onde essas provas apresentam maior positividade e, posteriormente, se essas provas fossem negativas, retornar ao material original e examinar outras regiões. Por outro lado, a coleta de amostras dos locais recomendados pela MTCRH, assim com a coleta de metade do encéfalo, podem prejudicar o diagnóstico de outras doenças para o qual é necessário o estudo de todo o encéfalo após a fixação em formaldeído, para constatar a simetria e a distribuição das lesões. Nestes casos, com base nos resultados obtidos neste trabalho, pode ser recomendado para diagnóstico laboratorial de raiva o envio exclusivo de porções da medula cervical, dorsal e lombar, já que as três porções apresentaram 100% de positividade nas provas de IFD e ICC. Além disso, o estudo histológico de todas as porções do cérebro incluídas neste trabalho permitirá complementar o diagnóstico.

Contribuição do contraste negativo na artrografia tomográfica do joelho normal de cães

A ruptura do ligamento cruzado cranial é uma das causas mais comuns de claudicação do membro pélvico de cães. A radiografia e a ultrassonografia são métodos de diagnóstico frequentemente utilizados na rotina clínica de pequenos animais, porém a tomografia computadorizada é uma modalidade de imagem ainda pouco estudada para avaliar a articulação do joelho de cães. O presente trabalho teve por objetivo avaliar a contribuição do contraste negativo na artrografia tomográfica do joelho normal de cães, para visibilizar as estruturas intra-articulares e padronizar o uso desse contraste na articulação. Foram utilizados 24 membros pélvicos de cães de raças variadas, selecionados pela ausência de histórico de doença articular prévia do joelho e por apresentarem exames radiográficos, ultrassonográficos e macroscópicos normais. O experimento foi delineado em dois grupos, sendo o grupo I constituído de animais com peso até 20 kg e grupo II acima de 20 kg. Foram feitos cortes tomográficos com o membro flexionado e estendido. A quantidade média de ar empregada para a distensão da cápsula articular foi de 49 ml para o Grupo I e de 81 ml para o Grupo II. Utilizou-se um tubo de látex na porção distal à articulação do joelho para reduzir o escape de ar pelo tendão extensor digital profundo, que possui comunicação intra-articular. Foi possível visibilizar pela imagem tomográfica, em todas as articulações, as seguintes estruturas: ligamento cruzado cranial e caudal, meniscos medial e lateral, ligamento patelar, ligamentos colaterais e cápsula articular. Desta forma, o contraste negativo se mostrou uma alternativa eficaz para auxiliar a identificação das estruturas anatômicas do joelho na artrografia tomográfica.