Dermatophyte identification in skin and hair samples using a simple and reliable nested polymerase chain reaction assay.

BACKGROUND: Dermatophyte identification in tinea capitis is essential for choosing the appropriate treatment and in tinea infections to identify the possible source. The failure of fungi to grow in cultures frequently occurs, especially in cases of previous antifungal therapy. OBJECTIVES: To develop a rapid polymerase chain reaction (PCR) sequencing assay for dermatophyte identification in tinea capitis and tinea corporis. MATERIAL AND METHODS: Fungal DNA was extracted from hair and skin samples that were confirmed to be positive by direct mycological examination. Dermatophytes were identified by the sequence of a 28S ribosomal DNA subunit amplicon generated by nested PCR. RESULTS: Nested PCR was found to be necessary to obtain amplicons in substantial amounts for dermatophyte identification by sequencing. The results agreed with those of classical mycological identification in 14 of 23, 6 of 10, and 20 of 23 cases of tinea capitis, tinea corporis and tinea pedis, respectively, from which a dermatophyte was obtained in culture. In seven of the 56 cases, another dermatophyte was identified, revealing previous misidentification. A dermatophyte was identified in 12 of 18, three of five, and four of nine cases of tinea capitis, tinea corporis and tinea pedis, respectively, in cases in which no dermatophyte grew in culture. CONCLUSIONS: Although the gold standard dermatophyte identification from clinical samples remains fungal cultures, the assay developed in the present study is especially suitable for tinea capitis. Improved sensitivity for the identification of dermatophyte species was obtained as it is possible to identify the dermatophyte when the fungus fails to grow in cultures.

Relación de la susceptibilidad genética y de las características anatomopatológicas del cáncer de próstata con los polimorfismos de nucleótido simple

Actualmente no se disponen de marcadores biológicos específicos para la cáncer de próstata produciéndose en muchas ocasiones biopsias prostáticas innecesarias o un sobretratamientos para cánceres indolentes. Existen cada vez más un número mayor de publicaciones sobre cómo los polimorfismos de nucleótido simple (SNP) se relacionan con la susceptibilidad al cáncer de próstata o predecir con mayor precisión qué grado de agresividad adquiere la enfermedad. Se presenta una revisión bibliográfica de las investigaciones publicadas en PubMed desde el año 2000 hasta el 2012 que ponen de manifiesto la relación de los SNP con el riesgo a padecer cáncer de próstata y con sus características anatomopatológicas.

Trypanosoma evansi is alike to Trypanosoma brucei brucei in the subcellular localisation of glycolytic enzymes

Trypanosoma evansi, which causes surra, is descended from Trypanosoma brucei brucei, which causes nagana. Although both parasites are presumed to be metabolically similar, insufficient knowledge of T. evansiprecludes a full comparison. Herein, we provide the first report on the subcellular localisation of the glycolytic enzymes in T. evansi, which is a alike to that of the bloodstream form (BSF) of T. b.brucei: (i) fructose-bisphosphate aldolase, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), hexokinase, phosphofructokinase, glucose-6-phosphate isomerase, phosphoglycerate kinase, triosephosphate isomerase (glycolytic enzymes) and glycerol-3-phosphate dehydrogenase (a glycolysis-auxiliary enzyme) in glycosomes, (ii) enolase, phosphoglycerate mutase, pyruvate kinase (glycolytic enzymes) and a GAPDH isoenzyme in the cytosol, (iii) malate dehydrogenase in cytosol and (iv) glucose-6-phosphate dehydrogenase in both glycosomes and the cytosol. Specific enzymatic activities also suggest that T. evansiis alike to the BSF of T. b. bruceiin glycolytic flux, which is much faster than the pentose phosphate pathway flux, and in the involvement of cytosolic GAPDH in the NAD+/NADH balance. These similarities were expected based on the close phylogenetic relationship of both parasites.

Genetic diversity and host plant preferences revealed by simple sequence repeat and mitochondrial markers in a population of the arbuscular mycorrhizal fungus Glomus intraradices.

Arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) are important symbionts of plants that improve plant nutrient acquisition and promote plant diversity. Although within-species genetic differences among AMF have been shown to differentially affect plant growth, very little is actually known about the degree of genetic diversity in AMF populations. This is largely because of difficulties in isolation and cultivation of the fungi in a clean system allowing reliable genotyping to be performed. A population of the arbuscular mycorrhizal fungus Glomus intraradices growing in an in vitro cultivation system was studied using newly developed simple sequence repeat (SSR), nuclear gene intron and mitochondrial ribosomal gene intron markers. The markers revealed a strong differentiation at the nuclear and mitochondrial level among isolates. Genotypes were nonrandomly distributed among four plots showing genetic subdivisions in the field. Meanwhile, identical genotypes were found in geographically distant locations. AMF genotypes showed significant preferences to different host plant species (Glycine max, Helianthus annuus and Allium porrum) used before the fungal in vitro culture establishment. Host plants in a field could provide a heterogeneous environment favouring certain genotypes. Such preferences may partly explain within-population patterns of genetic diversity.

H-2Kd-restricted antigenic peptides share a simple binding motif.

We have defined structural features that are apparently important for the binding of four different, unrelated antigenic epitopes to the same major histocompatibility complex (MHC) class I molecule, H-2Kd. The four epitopes are recognized in the form of synthetic peptides by cytotoxic T lymphocytes of the appropriate specificity. By analysis of the relative potency of truncated peptides, we demonstrated that for each of the four epitopes, optimal antigenic activity was present in a peptide of 9 or 10 amino acid residues. A comparison of the relative competitor activity of the different-length peptides in a functional competition assay, as well as in a direct binding assay based on photoaffinity labeling of the Kd molecule, indicated that the enhanced potency of the peptides upon reduction in length was most likely due to a higher affinity of the shorter peptides for the Kd molecule. A remarkably simple motif that appears to be important for the specific binding of Kd-restricted peptides was identified by the analysis of peptides containing amino acid substitutions or deletions. The motif consists of two elements, a Tyr in the second position relative to the NH2 terminus and a hydrophobic residue with a large aliphatic side chain (Leu, Ile, or Val) at the COOH-terminal end of the optimal 9- or 10-mer peptides. We demonstrated that a simple peptide analogue (AYP6L) that incorporates the motif can effectively and specifically interact with the Kd molecule. Moreover, all of the additional Kd-restricted epitopes defined thus far in the literature contain the motif, and it may thus be useful for the prediction of new epitopes recognized by T cells in the context of this MHC class I molecule.

La prise en compte de la masse successorale étrangère en droit successoral suisse : étude de droit suisse et de droit comparé

Introduction : A l'heure de la mondialisation, bon nombre de relations juridiques connaissent des imbrications internationales, raison pour laquelle l'importance du droit international privé s'en trouve accrue. L'extension de l'Union européenne témoigne actuellement de la mobilité grandissante des personnes. Par le biais des accords bilatéraux, la Suisse est, dans certains domaines, directement concernée par cet espace communautaire et la règlementation européenne y relative. Nous pensons notamment aux accords de Schengen en vertu desquels la Suisse se trouve confrontée à un flux migratoire sensiblement plus important que par le passé. Sur le plan patrimonial, la principale conséquence de cette mobilité est celle de la dispersion du patrimoine des personnes sur le territoire de plusieurs Etats. En effet, la libre circulation des personnes et les facilités d'établissement dans les Etats occidentaux conduisent bon nombre d'individus à quitter leur Etat d'origine pour aller travailler et se domicilier dans un autre Etat. Ce simple cheminement a alors souvent pour effet de répartir le patrimoine du migrant entre son Etat d'origine et son Etat de domicile. Plus généralement, la liberté économique, produit essentiel du capitalisme, permet à une personne, tout en restant domiciliée dans son Etat d'origine, de placer une partie de ses biens dans un autre Etat que son Etat de domicile. Si l'existence d'un patrimoine éparpillé est certes une problématique relativement complexe du vivant de la personne, notamment en matière de droit fiscal, la transmission dudit patrimoine en matière successorale constitue un véritable casse-tête en droit civil. La présente thèse de doctorat a donc pour objet général l'observation et l'analyse du règlement des successions internationales supposant l'application du droit suisse et/ou la compétence des autorités suisses. A la lecture du livre troisième du Code civil suisse (article 457-640 CC), le règlement de la succession d'un défunt est un processus parfaitement réglé qui, s'il soulève encore un certain nombre de questions subtiles à l'instar de tous les domaines du droit, ne pose pas de problèmes fondamentaux auxquels le praticien pourrait se heurter. Selon l'art. 538 CC, la succession d'une personne s'ouvre à son dernier domicile, ce qui laisse penser que le droit successoral matériel suisse s'applique à quiconque est domicilié en Suisse. Toutefois, le droit successoral matériel prévu dans le Code civil suisse concerne avant tout les successions dites nationales, à savoir les successions de personnes décédées en étant domiciliées en Suisse et dont l'ensemble du patrimoine est situé en Suisse. Il n'est ainsi nullement fait mention d'une éventuelle prise en compte des facteurs tels que la nationalité du défunt ou le lieu de situation des biens extants. Pourtant, bien avant l'adoption du Code civil suisse, le législateur suisse a pris en compte les facteurs susmentionnés en adoptant des législations propres au droit des conflits de lois. L'actuelle réglementation suisse du droit des conflits est contenue dans la Loi fédérale du 18 décembre 1987 sur le droit international privé, dans laquelle les successions internationales font l'objet des articles 86 à 96 LDIP. Dès lors, malgré l'art. 538 CC et l'interprétation du champ d'application des art. 457-640 CC qui en découle, force est d'admettre que, au regard des art. 90 et 91 LDIP, le champ d'application du droit matériel successoral suisse ne dépend pas toujours du domicile du défunt en Suisse. Au contraire, celui-ci peut aussi résulter de la nationalité suisse du défunt ainsi que d'autres critères utilisés par le droit international privé d'un Etat étranger. Ainsi, il ressort des dispositions de la LDIP que les critères de rattachement ne sont pas immuables, en ce sens que le défunt étranger, domicilié en Suisse, peut choisir son droit national pour le règlement de sa succession et que le défunt suisse, domicilié à l'étranger, peut choisir le droit suisse pour le règlement d'une partie ou de la totalité de sa succession. Dès lors, au décès d'une personne, le premier réflexe du juriste suisse doit être de déterminer - la localisation du dernier domicile du défunt ; - la nationalité du défunt ; - la localisation des biens successoraux. Lorsque l'un de ces éléments se rattache à un Etat étranger, le juriste suisse est amené à constater' le caractère international de la succession. Si les critères de rattachement du droit des conflits de chaque Etat partie à la succession coïncident, la succession internationale peut être réglée sous l'empire d'une seule et même loi, ne soulevant ainsi pas plus de problèmes que le règlement d'une succession nationale. A l'inverse, si les critères de rattachement du droit des conflits de chaque Etat partie à la succession ne s'accordent pas, la succession internationale peut faire l'objet d'une scission successorale, selon laquelle le règlement de la succession d'une personne est soumis à une pluralité d'ordres juridiques. La survenance d'une scission successorale aboutit donc à la coexistence de plusieurs masses successorales chacune régie par un ordre juridique différent. Si ce phénomène a pour effet de mettre en échec les principes d'unité et d'universalité de la succession au profit d'un règlement constellé de la succession entre plusieurs ordres juridiques nationaux, la question se pose de savoir comment harmoniser le règlement de ces différentes masses. Pour répondre à cette interrogation, nous allons effectuer, dans un premier temps, un large tour d'horizon du droit successoral matériel suisse avant d'étudier les art. 86-96 LDIP et les règles de conflits y relatives. Dans un second temps, nous allons confronter les règles de conflit successorales suisses avec les règles de conflit successorales allemande, autrichienne, italienne, française, anglaise et liechtensteinoise afin de constater quelles peuvent être les conséquences de la scission successorale sur les expectatives des héritiers et sur les droits des créanciers. Ces constatations nous amèneront notamment à définir la nature des droits successoraux des héritiers, le rattachement des dettes successorales, ainsi que l'étendue de la responsabilité des héritiers pour le passif successoral. Finalement, nous allons nous efforcer d'imaginer un système de droit matériel suisse pour harmoniser le règlement d'une succession faisant l'objet d'une scission. En effet, après un important travail de droit comparé, nous constaterons que certains ordres juridiques prévoient des règles de droit matériel ou des règles de conflit unilatérales permettant de corriger certains effets provoqués par une scission successorale. L'intitulé de cette étude révèle donc sans équivoque notre volonté de trouver un système permettant d'appréhender les effets de la scission successorale par le biais d'une prise en compte des biens extants dévolus sous l'empire d'une loi étrangère dans le cadre du règlement de la succession en Suisse. Pareille prise en compte étant dictée, à notre sens, par le principe de droit successoral matériel suisse qu'est le principe de l'universalité de la succession.

Comprehensive analysis of Arabidopsis expression level polymorphisms with simple inheritance.

In Arabidopsis thaliana, gene expression level polymorphisms (ELPs) between natural accessions that exhibit simple, single locus inheritance are promising quantitative trait locus (QTL) candidates to explain phenotypic variability. It is assumed that such ELPs overwhelmingly represent regulatory element polymorphisms. However, comprehensive genome-wide analyses linking expression level, regulatory sequence and gene structure variation are missing, preventing definite verification of this assumption. Here, we analyzed ELPs observed between the Eil-0 and Lc-0 accessions. Compared with non-variable controls, 5' regulatory sequence variation in the corresponding genes is indeed increased. However, approximately 42% of all the ELP genes also carry major transcription unit deletions in one parent as revealed by genome tiling arrays, representing a >4-fold enrichment over controls. Within the subset of ELPs with simple inheritance, this proportion is even higher and deletions are generally more severe. Similar results were obtained from analyses of the Bay-0 and Sha accessions, using alternative technical approaches. Collectively, our results suggest that drastic structural changes are a major cause for ELPs with simple inheritance, corroborating experimentally observed indel preponderance in cloned Arabidopsis QTL.

Indoor localisation with Android devices

This project analyses WiFiSLAM, an indoor positioning system for mobile phones that tries to estimate the position by analysing WiFi signals.

Simple finite field nuclear relaxation method for calculating vibrational contribution to degenerate four-wave mixing

A simple extended finite field nuclear relaxation procedure for calculating vibrational contributions to degenerate four-wave mixing (also known as the intensity-dependent refractive index) is presented. As a by-product one also obtains the static vibrationally averaged linear polarizability, as well as the first and second hyperpolarizability. The methodology is validated by illustrative calculations on the water molecule. Further possible extensions are suggested

Simple finite field method for calculation of static and dynamic vibrational hyperpolarizabilities: curvature contributions

In the static field limit, the vibrational hyperpolarizability consists of two contributions due to: (1) the shift in the equilibrium geometry (known as nuclear relaxation), and (2) the change in the shape of the potential energy surface (known as curvature). Simple finite field methods have previously been developed for evaluating these static field contributions and also for determining the effect of nuclear relaxation on dynamic vibrational hyperpolarizabilities in the infinite frequency approximation. In this paper the finite field approach is extended to include, within the infinite frequency approximation, the effect of curvature on the major dynamic nonlinear optical processes

In vivo localisation of radiolabelled monoclonal antibody in human gliomas.

F(ab')2-fragments of the anti-melanoma monoclonal antibody MeI-14 were labelled with 123I for external scanning and with 125I for tissue measurement of radioactivity and injected intravenously into patients scheduled for surgical resection of a glioma. The paired-label study was performed by injecting simultaneously 131I-labelled control (F(ab')2-fragments. The patients were scanned by computerised tomoscintigraphy. After surgery, the activities of 125I and 131I were counted in tumour and normal tissues. The results indicate that there was a low but definite uptake of the antibody in the tumour due to its specificity. The external detection was difficult because of accumulation of antibody fragments in the skull.