Trisomy 16q21 -> qter: Seven-Year Follow-Up of a Girl With Unusually Long Survival

The 16q21 -> qter duplication is a chromosomal abnormality rarely found in liveborn infants, with only four published cases. We report here on the 7-year follow-up of a female patient with trisomy 16q21 -> qter due to a maternal balanced translocation t(4;16)(q35.2;q21). The patient shows severe mental retardation, congenital heart malformations, nephropathy, and other congenital anomalies. The derivative chromosome was characterized by GTG banding, fluorescent in situ hybridization (FISH) with different BAG probes and the array technique, in order to map the breakpoints. The patient has a 16q21 -> qter duplication, with a 4q35 -> qter monosomy, which we assume does not contribute to the abnormal phenotype. This is the first reported case of postnatal survival to the age of 7 years, an unusually long time in this chromosomal syndrome. (C) 2010 Wiley-Liss, Inc.

GIANT FUSIFORM ANEURYSM ARISING FROM FENESTRATED POSTERIOR CEREBRAL ARTERY AND BASILAR TIP VARIATION: CASE REPORT

OBJECTIVE: A giant fusiform aneurysm in the posterior cerebral artery (PCA) is rare, as is fenestration of the PCA and basilar apex variation. We describe the angiographic and surgical findings of a giant fusiform aneurysm in the P1-P2 PCA segment associated with PCA bilateral fenestration and superior cerebellar artery double origin. CLINICAL PRESENTATION: A 26-year-old woman presented with a 2-month history of visual blurring. Digital subtraction angiography showed a giant (2.5 cm) fusiform PCA aneurysm in the right P1-P2 segment. The 3-dimensional view showed a caudal fusion pattern from the upper portion of the basilar artery associated with a bilateral long fenestration of the P1 and P2 segments and superior cerebellar artery double origin. INTERVENTION: Surgical trapping of the right P1 -P2 segment, including the posterior communicating artery, was performed by a pretemporal approach. Angiograms performed 3 and 13 months after surgery showed complete aneurysm exclusion, and the PCA was permeated and filled the PCA territory. Clinical follow-up at 14 months showed the patient with no deficits and a return to normal life. CONCLUSION: To our knowledge, this is the first report of a giant fusiform aneurysm of the PCA associated with P1-P2 segment fenestration and other variations of the basilar apex (bilateral superior cerebellar artery duplication and caudal fusion). Comprehension of the embryology and anatomy of the PCA and its related vessels and branches is fundamental to the decision-making process for a PCA aneurysm, especially when parent vessel occlusion is planned.

High frequency of submicroscopic chromosomal imbalances in patients with syndromic craniosynostosis detected by a combined approach of microsatellite segregation analysis, multiplex ligation-dependent probe amplification and array-based comparative genome hybridisation

We present the first comprehensive study, to our knowledge, on genomic chromosomal analysis in syndromic craniosynostosis. In total, 45 patients with craniosynostotic disorders were screened with a variety of methods including conventional karyotype, microsatellite segregation analysis, subtelomeric multiplex ligation-dependent probe amplification) and whole-genome array-based comparative genome hybridisation. Causative abnormalities were present in 42.2% (19/45) of the samples, and 27.8% (10/36) of the patients with normal conventional karyotype carried submicroscopic imbalances. Our results include a wide variety of imbalances and point to novel chromosomal regions associated with craniosynostosis. The high incidence of pure duplications or trisomies suggests that these are important mechanisms in craniosynostosis, particularly in cases involving the metopic suture.

Polyploidy in atypical grade II choroid plexus papilloma of the posterior fossa

Cytogenetic studies of choroid plexus tumors, particularly for atypical choroid plexus papillomas, have been rarely described. In the present report, the cytogenetic investigation of an atypical choroid plexus papilloma occurring at the posterior fossa of a 16-year-old male is described. Comparative genome hybridization analysis demonstrated gains of genetic material from almost all chromosomes. Chromosome losses involved 19p, regional losses at chromosome X and loss of chromosome Y. The presence of polyploid cells was confirmed by fluorescence in situ hybridization analysis with probes directed to centromeric regions. Furthermore, the microscopic analysis of cultures showed nuclear buds, nucleoplasmic bridges, and micronuclei in 23% of tumor cells suggesting the presence of complex chromosomal abnormalities. Previous cytogenetic studies on choroid plexus papillomas showed either normal, hypodiploid or hyperdiploid karyotypes. To the best of our knowledge, this is the first report of polyploidy in choroid plexus papilloma of intermediate malignancy grade. Although the mechanisms beneath such genome duplication remain to be elucidated, the observed abnormal nuclear shapes indicate constant restructuring of the tumor`s genome and deserves further investigation.

Compound Charcot-Marie-Tooth disease may determine unusual and milder phenotypes

Compound forms of Charcot-Marie-Tooth (CMT) disease have been recently associated with unusually severe neuropathies, an observation that prompted the proposition that the additive effects of two mutations should be searched in patients whose clinical severity falls outside the common CMT phenotypes. In this report, we present a father and a daughter with a very mild and unusual disease that segregates with two mutations in PMP22 gene, the 17p11.2-p12 duplication and a Ser72Leu point mutation. We propose that the deleterious effects of each mutation are partially compensated by the functional effect of the other.

DAF yields a cloned marker linked to the soybean (Glycine max) supernodulation nts-1 locus

We report a further characterization of the genomic region containing the soybean supernodulation gene NTS-1. We performed a search for new markers linked to NTS-1 by combining DNA amplification fingerprinting (DAF) and bulked segregant analysis (BSA). The search resulted in one cloned polymorphism (B44-456) linked in trans, 8.5cM from the locus. Southern hybridization showed duplication of the B44-456 sequence in the soybean genome. Additionally, a DNA database search revealed one Arabidopsis thaliana genomic clone from chromosome I possessing 62% homology to the B44-456 marker. A relatively low number of polymorphisms were identified by several PCR marker technologies for this soybean genomic region, providing an additional support for its highly conserved and/or duplicated organization.

The gene encoding the immunoregulatory signaling molecule CMRF-35A localized to human chromosome 17 in close proximity to other members of the CMRF-35 family

The immunoregulatory signaling (IRS) family includes several molecules, which play major roles in the regulation of the immune response. The CMRF-35A and CMRF-35H molecules are two new members of the IRS family of molecules, that are found on a wide variety of haemopoietic lineages. The extracellular functional interactions of these molecules is presently unknown, although CMRF-35H on initiate an inhibitory signal and is internalized when cross-linked. In this paper, we described the gene structure for the CMRF-35A gene and its localization to human chromosome 17. The gene consists of four exons spanning approximately 4.5 kb. Exon 1 encodes the 5' untranslated region and leader sequence, exon 2 encodes the immunoglobulin (Ig)-like domain, exon 3 encodes the membrane proximal region and exon 4 encodes the transmembrane region, the cytoplasmic tail and the 3' untranslated region. A region in the 5' flanking sequence of the CMRF-35A gene, that promoted expression of a reporter gene was identified. The genes for the CMRF-35A and CMRF-35H molecules are closely linked on chromosome 17. Similarity between the Ig-like exons and the preceding intron of the two genes suggests exon duplication was involved in their evolution. We also identified a further member of the CMRF-35 family, the CMRF-35J pseudogene. This gene appears to have arisen by gene duplication of the CMRF-35A gene. These three loci-the CMRF-35A, CMRF-35J and CMRF-35H genes-form a new complex of IRS genes on chromosome 17.

Evolution and developmental expression of nuclear receptor genes in the ascidian Herdmania

Nuclear receptors are a superfamily of metazoan transcription factors that have been shown to be involved in a wide range of developmental and physiological processes. A PCR-based survey of genomic DNA and developmental cDNAs from the ascidian Herdmania identifies eight members of this multigene family. Sequence comparisons and phylogenetic analyses reveal that these ascidian nuclear receptors are representative of five of the six previously defined nuclear receptor subfamilies and are apparent homologues of retinoic acid [NR1B], retinoid X [NR2B], peroxisome proliferator-activated [NR1C], estrogen related [NR3B], neuron-derived orphan (NOR) [NR4A3], nuclear orphan [NR4A], TR2 orphan [NR2C1] and COUP orphan [NR2F3] receptors. Phylogenetic analyses that include the ascidian genes produce topologically distinct trees that suggest a redefinition of some nuclear receptor subfamilies. These trees also suggest that extensive gene duplication occurred after the vertebrates split from invertebrate chordates. These ascidian nuclear receptor genes are expressed differentially during embryogenesis and metamorphosis.

Zygosity Diagnosis in the Absence of Genotypic Data: An Approach Using Latent Class Analysis

For zygosity diagnosis in the absence of genotypic data, or in the recruitment phase of a twin study where only single twins from same-sex pairs are being screened, or to provide a test for sample duplication leading to the false identification of a dizygotic pair as monozygotic, the appropriate analysis of respondents' answers to questions about zygosity is critical. Using data from a young adult Australian twin cohort (N = 2094 complete pairs and 519 singleton twins from same-sex pairs with complete responses to all zygosity items), we show that application of latent class analysis (LCA), fitting a 2-class model, yields results that show good concordance with traditional methods of zygosity diagnosis, but with certain important advantages. These include the ability, in many cases, to assign zygosity with specified probability on the basis of responses of a single informant (advantageous when one zygosity type is being oversampled); and the ability to quantify the probability of misassignment of zygosity, allowing prioritization of cases for genotyping as well as identification of cases of probable laboratory error. Out of 242 twins (from 121 like-sex pairs) where genotypic data were available for zygosity confirmation, only a single case was identified of incorrect zygosity assignment by the latent class algorithm. Zygosity assignment for that single case was identified by the LCA as uncertain (probability of being a monozygotic twin only 76%), and the co-twin's responses clearly identified the pair as dizygotic (probability of being dizygotic 100%). In the absence of genotypic data, or as a safeguard against sample duplication, application of LCA for zygosity assignment or confirmation is strongly recommended.

The highly rearranged mitochondrial genome of the plague thrips, Thrips imaginis (Insecta : thysanoptera): Convergence of two novel gene boundaries and an extraordinary arrangement of rRNA genes

To help understand the mechanisms of gene rearrangement in the mitochondrial (mt) genomes of hemipteroid insects, we sequenced the mt genome of the plague thrips, Thrips imaginis (Thysanoptera). This genome is circular, 15,407 by long, and has many unusual features, including (1) rRNA genes inverted and distant from one another, (2) an extra gene for tRNA-Ser, (3) a tRNA-Val lacking a D-arm, (4) two pseudo-tRNA genes, (5) duplicate control regions, and (6) translocations and/or inversions of 24 of the 37 genes. The mechanism of rRNA gene transcription in T. imaginis may be different from that of other arthropods since the two rRNA genes have inverted and are distant from one another. Further, the rRNA genes are not adjacent or even close to either of the two control regions. Tandem duplication and deletion is a plausible model for the evolution of duplicate control regions and for the gene translocations, but intramitochondrial recombination may account for the gene inversions in T. imaginis. All the 18 genes between control regions #1 and #2 have translocated and/or inverted, whereas only six of the 20 genes outside this region have translocated and/or inverted. Moreover, the extra tRNA gene and the two pseudo-tRNA genes are either in this region or immediately adjacent to one of the control regions. These observations suggest that tandem duplication and deletion may be facilitated by the duplicate control regions and may have occurred a number of times in the lineage leading to T. imaginis. T. imaginis shares two novel gene boundaries with a lepidopsocid species from another order of hemipteroid insects, the Psocoptera. The evidence available suggests that these shared gene boundaries evolved by convergence and thus are not informative for the interordinal phylogeny of hemipteroid insects. We discuss the potential of hemipteroid insects as a model system for studies of the evolution of animal rut genomes and outline some fundamental questions that may be addressed with this system.

Avaliação da qualidade de vida em crianças e adolescentes com câncer

Trata-se de um estudo sobre avaliação da qualidade de vida de crianças e adolescentes com câncer que objetivou-se a produção de duas propostas de artigo. A primeira proposta de artigo teve como objetivo conhecer as médias dos escores geral ou por dimensões encontrados nos estudos realizados os quais utilizaram o Pediatric Quality of Life Inventory 3.0 Cancer Module. Aplicou-se a estratégia de busca nas bases Scopus, Web of Science, Bireme, PsycoInfo e a EBSCO host. Encontrou-se 210 resumos e títulos, excluiu-se 189 por duplicidade e por não atender aos critérios de inclusão. Analisou-se e elegeu-se 21 para compor o estudo. Todos os artigos publicados na língua inglesa, em sua maioria na América (47,6%) e no período de 2011 a 2013 (61,9%), utilizaram-se do questionário para a coleta de dados tanto para criança e adolescentes quanto para seus pais na maioria dos artigos (61,9%). A variação dos escores por dimensões e geral provavelmente esteve relacionada com a seleção dos grupos de comparação pois, pode-se perceber a diversidade dos critérios de inclusão e das variáveis para a análise em cada estudo. Concluiu-se que as médias dos escores por dimensões e geral não alcançaram valores abaixo de 30 e os maiores escores por dimensões estão acima de 80. Sugere-se que a dimensão ansiedade frente ao tratamento, no relato das crianças, pode ter obtido os maiores escores dentro de cada estudo. A segunda proposta de artigo objetivou-se avaliar a qualidade de vida de crianças e adolescentes com câncer em tratamento ou em acompanhamento e verificar associações com as variáveis socioeconômicas e clínicas. Realizou-se um estudo transversal com 98 crianças e adolescentes com diagnóstico de câncer de uma unidade de referência em oncologia pediátrica no estado do Espírito Santo - Brasil. Aplicou-se o questionário PedsQLTM e coletou-se informações sociodemográficas e clínicas. A amostra caracterizou-se com predominância do sexo masculino, de faixa etária de 08 a 12 anos, de classe econômica C e com diagnóstico de leucemia. Houve associação entre a faixa etária nas médias escores de 5 das 8 dimensões da avaliação da qualidade de vida. Não houveram diferenças estatisticamente significante em nenhuma das dimensões nem no escore total da qualidade de vida com as variáveis sexo da criança e adolescente, tipo de tumor, classe econômica e a escolaridade da mãe. Concluiu-se que faixa etária, o status do tratamento e frequentar a escola são fatores que modificam a avaliação qualidade de vida no relato das crianças e adolescentes, aumentando ou diminuindo as dificuldades frente ao tratamento e a doença.

Ethical dilemmas in scientific publication: pitfalls and solutions for editors

Editors of scientific journals need to be conversant with the mechanisms by which scientific misconduct is amplified by publication practices. This paper provides definitions, ways to document the extent of the problem, and examples of editorial attempts to counter fraud. Fabrication, falsification, duplication, ghost authorship, gift authorship, lack of ethics approval, non-disclosure, 'salami' publication, conflicts of interest, auto-citation, duplicate submission, duplicate publications, and plagiarism are common problems. Editorial misconduct includes failure to observe due process, undue delay in reaching decisions and communicating these to authors, inappropriate review procedures, and confounding a journal's content with its advertising or promotional potential. Editors also can be admonished by their peers for failure to investigate suspected misconduct, failure to retract when indicated, and failure to abide voluntarily by the six main sources of relevant international guidelines on research, its reporting and editorial practice. Editors are in a good position to promulgate reasonable standards of practice, and can start by using consensus guidelines on publication ethics to state explicitly how their journals function. Reviewers, editors, authors and readers all then have a better chance to understand, and abide by, the rules of publishing.

Constraint solving over multi-valued logics - application to digital circuits

Due to usage conditions, hazardous environments or intentional causes, physical and virtual systems are subject to faults in their components, which may affect their overall behaviour. In a ‘black-box’ agent modelled by a set of propositional logic rules, in which just a subset of components is externally visible, such faults may only be recognised by examining some output function of the agent. A (fault-free) model of the agent’s system provides the expected output given some input. If the real output differs from that predicted output, then the system is faulty. However, some faults may only become apparent in the system output when appropriate inputs are given. A number of problems regarding both testing and diagnosis thus arise, such as testing a fault, testing the whole system, finding possible faults and differentiating them to locate the correct one. The corresponding optimisation problems of finding solutions that require minimum resources are also very relevant in industry, as is minimal diagnosis. In this dissertation we use a well established set of benchmark circuits to address such diagnostic related problems and propose and develop models with different logics that we formalise and generalise as much as possible. We also prove that all techniques generalise to agents and to multiple faults. The developed multi-valued logics extend the usual Boolean logic (suitable for faultfree models) by encoding values with some dependency (usually on faults). Such logics thus allow modelling an arbitrary number of diagnostic theories. Each problem is subsequently solved with CLP solvers that we implement and discuss, together with a new efficient search technique that we present. We compare our results with other approaches such as SAT (that require substantial duplication of circuits), showing the effectiveness of constraints over multi-valued logics, and also the adequacy of a general set constraint solver (with special inferences over set functions such as cardinality) on other problems. In addition, for an optimisation problem, we integrate local search with a constructive approach (branch-and-bound) using a variety of logics to improve an existing efficient tool based on SAT and ILP.

Otimização do Funcionamento da ETAR das Termas de S. Vicente, Penafiel

A água é um recurso natural único, escasso e essencial a todos os seres vivos, o que a torna um bem de extrema importância. Nos dias de hoje, o desperdício deste bem, aliado ao aumento da sua procura, tornou-se um problema devido à decrescente disponibilidade de água doce no nosso planeta. Todas as águas que rejeitamos depois da sua utilização para diversos fins, designadas de águas residuais, necessitam de tratamento antes de serem devolvidas ao meio ambiente. O seu tratamento é realizado numa Estação de Tratamento de Águas Residuais (ETAR) e o processo de tratamento depende das suas características. A ETAR das Termas de S. Vicente, em Penafiel, trabalha no seu limite de capacidade, apresenta uma sobrecarga hidráulica gerada por uma afluência de águas pluviais e o processamento das lamas geradas não permite uma secagem tão completa como seria desejável. Assim, este trabalho teve como objetivo o estudo do funcionamento desta ETAR com a finalidade de propor soluções que o possam otimizar. As soluções propostas para otimizar o funcionamento da ETAR em estudo são: i) a substituição de grades de limpeza manual por grades de limpeza automática de forma a reduzir a necessidade da intervenção do operador ao nível da remoção e condicionamento dos gradados; ii) a construção de um desarenador arejado que além de remover areias de diâmetro superior a 0,2 mm promove também a remoção de gorduras, protegendo desta forma os equipamentos a jusante da abrasão/desgaste prematuros e reduzindo a formação de depósitos nas tubagens; iii) a construção de um tanque de equalização de forma a garantir uma distribuição mais uniforme dos caudais e da carga poluente; iv) a substituição do enchimento do leito percolador por um meio de suporte plástico que permite atingir melhores eficiências de remoção neste tratamento biológico; v) a alteração do agente de desinfeção para radiação ultravioleta, evitando a adição de produtos químicos na água residual e possível formação de subprodutos prejudiciais ao ambiente, como ocorreria no caso da cloragem; e vi) a substituição da desidratação de lamas em leitos de secagem por filtros de banda, que é um processo mais rápido, que ocupa menos espaço e permite atingir elevadas eficiências de remoção de humidade. Para cada uma das sugestões são apresentadas as correspondentes especificações técnicas e dimensionamento. As sugestões de melhoria apresentadas neste trabalho constituem uma alternativa mais económica do que a ampliação da ETAR, que genericamente corresponde à duplicação da linha de tratamento atual. Devido à menor complexidade em termos de construção, estas sugestões podem vir a ser implementadas num futuro próximo, prolongando assim um pouco mais a vida útil da ETAR atual.

Impacto das medidas de conservação de energia em projeto na redução da intensidade de utilização de matérias-primas na construção de um edifício

O presente trabalho pretende mostrar que a aplicação de medidas de conservação de energia (MCE) pode representar uma redução da intensidade de utilização de matérias-primas na construção de um edifício. Mais concretamente, pode representar uma redução da utilização de materiais e equipamentos, e como consequência, uma redução no esforço económico ao primeiro investimento. Podendo posteriormente representar uma redução na utilização de energia durante o período de funcionamento do edifício. A aplicação de MCE no sector da construção tem vindo a ser uma prática corrente nos novos edifícios e edifícios sujeitos a grandes intervenções de reabilitação. Esta prática deve-se à obrigatoriedade de cumprimento de requisitos regulamentares aplicados à otimização do desempenho energético dos edifícios e dos seus sistemas técnicos, nomeadamente, o RCCTE e o RSECE, entretanto revogados pelo REH e pelo RECS, respetivamente. A implementação de MCE apresenta, na maioria dos casos, benefícios económicos para o promotor do edifício, uma vez que se traduz muitas vezes, na otimização do dimensionamento dos sistemas de Aquecimento, Ventilação e Ar Condicionado (AVAC). Esta otimização permite reduzir os custos associados ao primeiro investimento, bem como na utilização de energia por parte do utilizador, logo na redução dos custos de exploração. No entanto, a falta de quantificação dos impactos do dimensionamento dos sistemas AVAC, da redução de utilização de energia e da análise do custo-benefício da sua aplicação pode condicionar o interesse na sua implementação. Neste contexto, surge a presente dissertação, por iniciativa do Instituto Soldadura e Qualidade (ISQ), aplicado a um caso prático de um edifício já construído e propriedade daquela empresa. Com este trabalho pretende-se avaliar o contributo efetivo das MCE implementadas na fase de projeto e na fase de construção, quer na otimização da dimensão de sistemas e equipamentos AVAC, por via da redução das necessidades energéticas, quer na redução de utilização de energia, permitindo, de seguida, uma avaliação custo-benefício.Na base do caso de estudo está o ECOTERMOLAB, o edifício acima referido, adquirido pelo ISQ para instalação de um laboratório de formação, investigação e desenvolvimento na área da energia. Após aquisição pelo ISQ, o edifício sofreu várias alterações/beneficiações, entre as quais a implementação de MCE, tais como, a aplicação de isolamento térmico na envolvente opaca (paredes, pavimentos e coberturas), duplicação dos vãos envidraçados simples, conferindo-lhes melhores caraterísticas térmicas, e pela aplicação de proteções solar. Foram ainda adotadas MCE aos sistemas AVAC, designadamente, pela adoção de recuperadores de calor nas Unidades de Tratamento de Ar Novo (UTAN’s) e de variadores de velocidade nas bombas de circulação de água e nos ventiladores de ar das UTAN’s. Pretendia o ISQ concluir se a aplicação de todas as MCE contribuiu de forma efetiva para o dimensionamento de sistemas e equipamentos AVAC de menor capacidade e, consequentemente, numa redução de utilização de energia. Em sequência, pretendia avaliar a viabilidade económica da aplicação de todas as MCE, estimando o sobrecusto inicial e o tempo necessário para o retorno financeiro daquele investimento. Para alcançar os objetivos propostos, procedeu-se à simulação energética dinâmica do ECOTERMOLAB, utilizando o programa EnergyPlus. Primeiro foi simulada uma situação base do edifício, sem quaisquer MCE. Posteriormente foi caraterizada cada uma das situações de aplicação das MCE, com o objetivo de avaliar o respetivo impacto individual na utilização de energia pelos sistemas AVAC. Por último foram assumidas todas as soluções em conjunto para avaliar o impacto final de todas as MCE na utilização de energia dos sistemas AVAC, bem como no seu dimensionamento. Das simulações dinâmicas foram obtidos os valores das necessidades de aquecimento e arrefecimento, de energia utilizada pelos sistemas AVAC e de caudais de água aquecida e arrefecida circulada. Com estes valores foi feita uma estimativa de dimensionamento dos equipamentos e componentes AVAC para as situações da aplicação de todas as MCE no ECOTERMOLAB e a sua ausência. A partir da diferença dos custos de aquisição dos respetivos equipamentos e dos valores de poupança em energia foi realizado o estudo da viabilidade económica da implementação das MCE neste edifício. Este estudo permitiu concluir que a aplicação das MCE no ECOTERMOLAB levou à redução da dimensão na generalidade dos equipamentos e componentes AVAC. Permitiu, ainda, concluir que houve uma diminuição de utilização de energia por parte destes sistemas e equipamentos para o aquecimento e arrefecimento. Conclui-se ainda que o período de retorno (Payback) do sobrecusto inicial, estimado em 37.822€ é de, aproximadamente, onze anos e meio, para um valor atual líquido (VAL) de 8.061€ e à taxa interna de rentabilidade (TIR) de 7,03%.