La pertinence de la Global Health pour la Suisse

L'une des premières activités du groupe spécialisé "Global Health", créé au sein de la société de discipline médicale Santé Publique Suisse, a été de formuler une définition appropriée au contexte helvétique du terme de "Global Health" (santé globale). La "Global Health est un espace destiné à la recherche, à la pratique et aux règles y afférents, qui met la priorité sur l'amélioration de la santé, en général, et sur un accès équitable à la santé pour tous, en particulier. La Global Health répond aux questions de santé transnationales et s'intéresse aux déterminants et aux possibilités de solution. Elle implique beaucoup de disciplines, tant du secteur médical que d'autres domaines, promouvant ainsi la collaboration interdisciplinaire; elle encourage la bonne gouvernance pour anticiper et s'adapter à un environnement qui change rapidement ". A l'avenir, une plateforme sera créée dans le but d'offrir un accès aux expériences internationales et de les fructifier en Suisse mais aussi de partager les expériences acquises ici localement, avec des partenaires internationaux tels que les associations européenne et mondiale de santé publique. Last but not least, le groupe spécialisé susmentionné va plaider pour une compréhension large et commune de la Global Health.

Integrated application of geochemical and geophysical methods for hydrogeological impact assessment for tunneling in fractured rock

The interaction of tunneling with groundwater is a problem both from an environmental and an engineering point of view. In fact, tunnel drilling may cause a drawdown of piezometric levels and water inflows into tunnels that may cause problems during excavation of the tunnel. While the influence of tunneling on the regional groundwater systems may be adequately predicted in porous media using analytical solutions, such an approach is difficult to apply in fractured rocks. Numerical solutions are preferable and various conceptual approaches have been proposed to describe and model groundwater flow through fractured rock masses, ranging from equivalent continuum models to discrete fracture network simulation models. However, their application needs many preliminary investigations on the behavior of the groundwater system based on hydrochemical and structural data. To study large scale flow systems in fractured rocks of mountainous terrains, a comprehensive study was conducted in southern Switzerland, using as case studies two infrastructures actually under construction: (i) the Monte Ceneri base railway tunnel (Ticino), and the (ii) San Fedele highway tunnel (Roveredo, Graubiinden). The chosen approach in this study combines the temporal and spatial variation of geochemical and geophysical measurements. About 60 localities from both surface and underlying tunnels were temporarily and spatially monitored during more than one year. At first, the project was focused on the collection of hydrochemical and structural data. A number of springs, selected in the area surrounding the infrastructures, were monitored for discharge, electric conductivity, pH, and temperature. Water samples (springs, tunnel inflows and rains) were taken for isotopic analysis; in particular the stable isotope composition (δ2Η, δ180 values) can reflect the origin of the water, because of spatial (recharge altitude, topography, etc.) and temporal (seasonal) effects on precipitation which in turn strongly influence the isotopic composition of groundwater. Tunnel inflows in the accessible parts of the tunnels were also sampled and, if possible, monitored with time. Noble-gas concentrations and their isotope ratios were used in selected locations to better understand the origin and the circulation of the groundwater. In addition, electrical resistivity and VLF-type electromagnetic surveys were performed to identify water bearing fractures and/or weathered areas that could be intersected at depth during tunnel construction. The main goal of this work was to demonstrate that these hydrogeological data and geophysical methods, combined with structural and hydrogeological information, can be successfully used in order to develop hydrogeological conceptual models of the groundwater flow in regions to be exploited for tunnels. The main results of the project are: (i) to have successfully tested the application of electrical resistivity and VLF-electromagnetic surveys to asses water-bearing zones during tunnel drilling; (ii) to have verified the usefulness of noble gas, major ion and stable isotope compositions as proxies for the detection of faults and to understand the origin of the groundwater and its flow regimes (direct rain water infiltration or groundwater of long residence time); and (iii) to have convincingly tested the combined application of a geochemical and geophysical approach to assess and predict the vulnerability of springs to tunnel drilling. - L'interférence entre eaux souterraines et des tunnels pose des problèmes environnementaux et de génie civile. En fait, la construction d'un tunnel peut faire abaisser le niveau des nappes piézométriques et faire infiltrer de l'eau dans le tunnel et ainsi créer des problème pendant l'excavation. Alors que l'influence de la construction d'un tunnel sur la circulation régionale de l'eau souterraine dans des milieux poreux peut être prédite relativement facilement par des solution analytiques de modèles, ceci devient difficile dans des milieux fissurés. Dans ce cas-là, des solutions numériques sont préférables et plusieurs approches conceptuelles ont été proposées pour décrire et modéliser la circulation d'eau souterraine à travers les roches fissurées, en allant de modèles d'équivalence continue à des modèles de simulation de réseaux de fissures discrètes. Par contre, leur application demande des investigations importantes concernant le comportement du système d'eau souterraine basées sur des données hydrochimiques et structurales. Dans le but d'étudier des grands systèmes de circulation d'eau souterraine dans une région de montagnes, une étude complète a été fait en Suisse italienne, basée sur deux grandes infrastructures actuellement en construction: (i) Le tunnel ferroviaire de base du Monte Ceneri (Tessin) et (ii) le tunnel routière de San Fedele (Roveredo, Grisons). L'approche choisie dans cette étude est la combinaison de variations temporelles et spatiales des mesures géochimiques et géophysiques. Environs 60 localités situées à la surface ainsi que dans les tunnels soujacents ont été suiviès du point de vue temporel et spatial pendant plus de un an. Dans un premier temps le projet se focalisait sur la collecte de données hydrochimiques et structurales. Un certain nombre de sources, sélectionnées dans les environs des infrastructures étudiées ont été suivies pour le débit, la conductivité électrique, le pH et la température. De l'eau (sources, infiltration d'eau de tunnel et pluie) a été échantillonnés pour des analyses isotopiques; ce sont surtout les isotopes stables (δ2Η, δ180) qui peuvent indiquer l'origine d'une eaux, à cause de la dépendance d'effets spatiaux (altitude de recharge, topographie etc.) ainsi que temporels (saisonaux) sur les précipitations météoriques , qui de suite influencent ainsi la composition isotopique de l'eau souterraine. Les infiltrations d'eau dans les tunnels dans les parties accessibles ont également été échantillonnées et si possible suivies au cours du temps. La concentration de gaz nobles et leurs rapports isotopiques ont également été utilisées pour quelques localités pour mieux comprendre l'origine et la circulation de l'eau souterraine. En plus, des campagnes de mesures de la résistivité électrique et électromagnétique de type VLF ont été menées afin d'identifier des zone de fractures ou d'altération qui pourraient interférer avec les tunnels en profondeur pendant la construction. Le but principal de cette étude était de démontrer que ces données hydrogéologiques et géophysiques peuvent être utilisées avec succès pour développer des modèles hydrogéologiques conceptionels de tunnels. Les résultats principaux de ce travail sont : i) d'avoir testé avec succès l'application de méthodes de la tomographie électrique et des campagnes de mesures électromagnétiques de type VLF afin de trouver des zones riches en eau pendant l'excavation d'un tunnel ; ii) d'avoir prouvé l'utilité des gaz nobles, des analyses ioniques et d'isotopes stables pour déterminer l'origine de l'eau infiltrée (de la pluie par le haut ou ascendant de l'eau remontant des profondeurs) et leur flux et pour déterminer la position de failles ; et iii) d'avoir testé d'une manière convainquant l'application combinée de méthodes géochimiques et géophysiques pour juger et prédire la vulnérabilité de sources lors de la construction de tunnels. - L'interazione dei tunnel con il circuito idrico sotterraneo costituisce un problema sia dal punto di vista ambientale che ingegneristico. Lo scavo di un tunnel puô infatti causare abbassamenti dei livelli piezometrici, inoltre le venute d'acqua in galleria sono un notevole problema sia in fase costruttiva che di esercizio. Nel caso di acquiferi in materiale sciolto, l'influenza dello scavo di un tunnel sul circuito idrico sotterraneo, in genere, puô essere adeguatamente predetta attraverso l'applicazione di soluzioni analitiche; al contrario un approccio di questo tipo appare inadeguato nel caso di scavo in roccia. Per gli ammassi rocciosi fratturati sono piuttosto preferibili soluzioni numeriche e, a tal proposito, sono stati proposti diversi approcci concettuali; nella fattispecie l'ammasso roccioso puô essere modellato come un mezzo discreto ο continuo équivalente. Tuttavia, una corretta applicazione di qualsiasi modello numerico richiede necessariamente indagini preliminari sul comportamento del sistema idrico sotterraneo basate su dati idrogeochimici e geologico strutturali. Per approfondire il tema dell'idrogeologia in ammassi rocciosi fratturati tipici di ambienti montani, è stato condotto uno studio multidisciplinare nel sud della Svizzera sfruttando come casi studio due infrastrutture attualmente in costruzione: (i) il tunnel di base del Monte Ceneri (canton Ticino) e (ii) il tunnel autostradale di San Fedele (Roveredo, canton Grigioni). L'approccio di studio scelto ha cercato di integrare misure idrogeochimiche sulla qualité e quantité delle acque e indagini geofisiche. Nella fattispecie sono state campionate le acque in circa 60 punti spazialmente distribuiti sia in superficie che in sotterraneo; laddove possibile il monitoraggio si è temporalmente prolungato per più di un anno. In una prima fase, il progetto di ricerca si è concentrato sull'acquisizione dati. Diverse sorgenti, selezionate nelle aree di possibile influenza attorno allé infrastrutture esaminate, sono state monitorate per quel che concerne i parametri fisico-chimici: portata, conduttività elettrica, pH e temperatura. Campioni d'acqua sono stati prelevati mensilmente su sorgenti, venute d'acqua e precipitazioni, per analisi isotopiche; nella fattispecie, la composizione in isotopi stabili (δ2Η, δ180) tende a riflettere l'origine delle acque, in quanto, variazioni sia spaziali (altitudine di ricarica, topografia, etc.) che temporali (variazioni stagionali) della composizione isotopica delle precipitazioni influenzano anche le acque sotterranee. Laddove possibile, sono state campionate le venute d'acqua in galleria sia puntualmente che al variare del tempo. Le concentrazioni dei gas nobili disciolti nell'acqua e i loro rapporti isotopici sono stati altresi utilizzati in alcuni casi specifici per meglio spiegare l'origine delle acque e le tipologie di circuiti idrici sotterranei. Inoltre, diverse indagini geofisiche di resistività elettrica ed elettromagnetiche a bassissima frequenza (VLF) sono state condotte al fine di individuare le acque sotterranee circolanti attraverso fratture dell'ammasso roccioso. Principale obiettivo di questo lavoro è stato dimostrare come misure idrogeochimiche ed indagini geofisiche possano essere integrate alio scopo di sviluppare opportuni modelli idrogeologici concettuali utili per lo scavo di opere sotterranee. I principali risultati ottenuti al termine di questa ricerca sono stati: (i) aver testato con successo indagini geofisiche (ERT e VLF-EM) per l'individuazione di acque sotterranee circolanti attraverso fratture dell'ammasso roccioso e che possano essere causa di venute d'acqua in galleria durante lo scavo di tunnel; (ii) aver provato l'utilità di analisi su gas nobili, ioni maggiori e isotopi stabili per l'individuazione di faglie e per comprendere l'origine delle acque sotterranee (acque di recente infiltrazione ο provenienti da circolazioni profonde); (iii) aver testato in maniera convincente l'integrazione delle indagini geofisiche e di misure geochimiche per la valutazione della vulnérabilité delle sorgenti durante lo scavo di nuovi tunnel. - "La NLFA (Nouvelle Ligne Ferroviaire à travers les Alpes) axe du Saint-Gothard est le plus important projet de construction de Suisse. En bâtissant la nouvelle ligne du Saint-Gothard, la Suisse réalise un des plus grands projets de protection de l'environnement d'Europe". Cette phrase, qu'on lit comme présentation du projet Alptransit est particulièrement éloquente pour expliquer l'utilité des nouvelles lignes ferroviaires transeuropéens pour le développement durable. Toutefois, comme toutes grandes infrastructures, la construction de nouveaux tunnels ont des impacts inévitables sur l'environnement. En particulier, le possible drainage des eaux souterraines réalisées par le tunnel peut provoquer un abaissement du niveau des nappes piézométriques. De plus, l'écoulement de l'eau à l'intérieur du tunnel, conduit souvent à des problèmes d'ingénierie. Par exemple, d'importantes infiltrations d'eau dans le tunnel peuvent compliquer les phases d'excavation, provoquant un retard dans l'avancement et dans le pire des cas, peuvent mettre en danger la sécurité des travailleurs. Enfin, l'infiltration d'eau peut être un gros problème pendant le fonctionnement du tunnel. Du point de vue de la science, avoir accès à des infrastructures souterraines représente une occasion unique d'obtenir des informations géologiques en profondeur et pour échantillonner des eaux autrement inaccessibles. Dans ce travail, nous avons utilisé une approche pluridisciplinaire qui intègre des mesures d'étude hydrogéochimiques effectués sur les eaux de surface et des investigations géophysiques indirects, tels que la tomographic de résistivité électrique (TRE) et les mesures électromagnétiques de type VLF. L'étude complète a été fait en Suisse italienne, basée sur deux grandes infrastructures actuellement en construction, qui sont le tunnel ferroviaire de base du Monte Ceneri, une partie du susmentionné projet Alptransit, situé entièrement dans le canton Tessin, et le tunnel routière de San Fedele, situé a Roveredo dans le canton des Grisons. Le principal objectif était de montrer comment il était possible d'intégrer les deux approches, géophysiques et géochimiques, afin de répondre à la question de ce que pourraient être les effets possibles dû au drainage causés par les travaux souterrains. L'accès aux galeries ci-dessus a permis une validation adéquate des enquêtes menées confirmant, dans chaque cas, les hypothèses proposées. A cette fin, nous avons fait environ 50 profils géophysiques (28 imageries électrique bidimensionnels et 23 électromagnétiques) dans les zones de possible influence par le tunnel, dans le but d'identifier les fractures et les discontinuités dans lesquelles l'eau souterraine peut circuler. De plus, des eaux ont été échantillonnés dans 60 localités situées la surface ainsi que dans les tunnels subjacents, le suivi mensuelle a duré plus d'un an. Nous avons mesurés tous les principaux paramètres physiques et chimiques: débit, conductivité électrique, pH et température. De plus, des échantillons d'eaux ont été prélevés pour l'analyse mensuelle des isotopes stables de l'hydrogène et de l'oxygène (δ2Η, δ180). Avec ces analyses, ainsi que par la mesure des concentrations des gaz rares dissous dans les eaux et de leurs rapports isotopiques que nous avons effectués dans certains cas spécifiques, il était possible d'expliquer l'origine des différents eaux souterraines, les divers modes de recharge des nappes souterraines, la présence de possible phénomènes de mélange et, en général, de mieux expliquer les circulations d'eaux dans le sous-sol. Le travail, même en constituant qu'une réponse partielle à une question très complexe, a permis d'atteindre certains importants objectifs. D'abord, nous avons testé avec succès l'applicabilité des méthodes géophysiques indirectes (TRE et électromagnétiques de type VLF) pour prédire la présence d'eaux souterraines dans le sous-sol des massifs rocheux. De plus, nous avons démontré l'utilité de l'analyse des gaz rares, des isotopes stables et de l'analyses des ions majeurs pour la détection de failles et pour comprendre l'origine des eaux souterraines (eau de pluie par le haut ou eau remontant des profondeurs). En conclusion, avec cette recherche, on a montré que l'intégration des ces informations (géophysiques et géochimiques) permet le développement de modèles conceptuels appropriés, qui permettant d'expliquer comment l'eau souterraine circule. Ces modèles permettent de prévoir les infiltrations d'eau dans les tunnels et de prédire la vulnérabilité de sources et des autres ressources en eau lors de construction de tunnels.

Computational and statistical analysis of copy number variants in normal and cancer genomes

AbstractAlthough the genomes from any two human individuals are more than 99.99% identical at the sequence level, some structural variation can be observed. Differences between genomes include single nucleotide polymorphism (SNP), inversion and copy number changes (gain or loss of DNA). The latter can range from submicroscopic events (CNVs, at least 1kb in size) to complete chromosomal aneuploidies. Small copy number variations have often no (lethal) consequences to the cell, but a few were associated to disease susceptibility and phenotypic variations. Larger re-arrangements (i.e. complete chromosome gain) are frequently associated with more severe consequences on health such as genomic disorders and cancer. High-throughput technologies like DNA microarrays enable the detection of CNVs in a genome-wide fashion. Since the initial catalogue of CNVs in the human genome in 2006, there has been tremendous interest in CNVs both in the context of population and medical genetics. Understanding CNV patterns within and between human populations is essential to elucidate their possible contribution to disease. But genome analysis is a challenging task; the technology evolves rapidly creating needs for novel, efficient and robust analytical tools which need to be compared with existing ones. Also, while the link between CNV and disease has been established, the relative CNV contribution is not fully understood and the predisposition to disease from CNVs of the general population has not been yet investigated.During my PhD thesis, I worked on several aspects related to CNVs. As l will report in chapter 3, ! was interested in computational methods to detect CNVs from the general population. I had access to the CoLaus dataset, a population-based study with more than 6,000 participants from the Lausanne area. All these individuals were analysed on SNP arrays and extensive clinical information were available. My work explored existing CNV detection methods and I developed a variety of metrics to compare their performance. Since these methods were not producing entirely satisfactory results, I implemented my own method which outperformed two existing methods. I also devised strategies to combine CNVs from different individuals into CNV regions.I was also interested in the clinical impact of CNVs in common disease (chapter 4). Through an international collaboration led by the Centre Hospitalier Universitaire Vaudois (CHUV) and the Imperial College London I was involved as a main data analyst in the investigation of a rare deletion at chromosome 16p11 detected in obese patients. Specifically, we compared 8,456 obese patients and 11,856 individuals from the general population and we found that the deletion was accounting for 0.7% of the morbid obesity cases and was absent in healthy non- obese controls. This highlights the importance of rare variants with strong impact and provides new insights in the design of clinical studies to identify the missing heritability in common disease.Furthermore, I was interested in the detection of somatic copy number alterations (SCNA) and their consequences in cancer (chapter 5). This project was a collaboration initiated by the Ludwig Institute for Cancer Research and involved other groups from the Swiss Institute of Bioinformatics, the CHUV and Universities of Lausanne and Geneva. The focus of my work was to identify genes with altered expression levels within somatic copy number alterations (SCNA) in seven metastatic melanoma ceil lines, using CGH and SNP arrays, RNA-seq, and karyotyping. Very few SCNA genes were shared by even two melanoma samples making it difficult to draw any conclusions at the individual gene level. To overcome this limitation, I used a network-guided analysis to determine whether any pathways, defined by amplified or deleted genes, were common among the samples. Six of the melanoma samples were potentially altered in four pathways and five samples harboured copy-number and expression changes in components of six pathways. In total, this approach identified 28 pathways. Validation with two external, large melanoma datasets confirmed all but three of the detected pathways and demonstrated the utility of network-guided approaches for both large and small datasets analysis.RésuméBien que le génome de deux individus soit similaire à plus de 99.99%, des différences de structure peuvent être observées. Ces différences incluent les polymorphismes simples de nucléotides, les inversions et les changements en nombre de copies (gain ou perte d'ADN). Ces derniers varient de petits événements dits sous-microscopiques (moins de 1kb en taille), appelés CNVs (copy number variants) jusqu'à des événements plus large pouvant affecter des chromosomes entiers. Les petites variations sont généralement sans conséquence pour la cellule, toutefois certaines ont été impliquées dans la prédisposition à certaines maladies, et à des variations phénotypiques dans la population générale. Les réarrangements plus grands (par exemple, une copie additionnelle d'un chromosome appelée communément trisomie) ont des répercutions plus grave pour la santé, comme par exemple dans certains syndromes génomiques et dans le cancer. Les technologies à haut-débit telle les puces à ADN permettent la détection de CNVs à l'échelle du génome humain. La cartographie en 2006 des CNV du génome humain, a suscité un fort intérêt en génétique des populations et en génétique médicale. La détection de différences au sein et entre plusieurs populations est un élément clef pour élucider la contribution possible des CNVs dans les maladies. Toutefois l'analyse du génome reste une tâche difficile, la technologie évolue très rapidement créant de nouveaux besoins pour le développement d'outils, l'amélioration des précédents, et la comparaison des différentes méthodes. De plus, si le lien entre CNV et maladie a été établit, leur contribution précise n'est pas encore comprise. De même que les études sur la prédisposition aux maladies par des CNVs détectés dans la population générale n'ont pas encore été réalisées.Pendant mon doctorat, je me suis concentré sur trois axes principaux ayant attrait aux CNV. Dans le chapitre 3, je détaille mes travaux sur les méthodes d'analyses des puces à ADN. J'ai eu accès aux données du projet CoLaus, une étude de la population de Lausanne. Dans cette étude, le génome de plus de 6000 individus a été analysé avec des puces SNP et de nombreuses informations cliniques ont été récoltées. Pendant mes travaux, j'ai utilisé et comparé plusieurs méthodes de détection des CNVs. Les résultats n'étant pas complètement satisfaisant, j'ai implémenté ma propre méthode qui donne de meilleures performances que deux des trois autres méthodes utilisées. Je me suis aussi intéressé aux stratégies pour combiner les CNVs de différents individus en régions.Je me suis aussi intéressé à l'impact clinique des CNVs dans le cas des maladies génétiques communes (chapitre 4). Ce projet fut possible grâce à une étroite collaboration avec le Centre Hospitalier Universitaire Vaudois (CHUV) et l'Impérial College à Londres. Dans ce projet, j'ai été l'un des analystes principaux et j'ai travaillé sur l'impact clinique d'une délétion rare du chromosome 16p11 présente chez des patients atteints d'obésité. Dans cette collaboration multidisciplinaire, nous avons comparés 8'456 patients atteint d'obésité et 11 '856 individus de la population générale. Nous avons trouvés que la délétion était impliquée dans 0.7% des cas d'obésité morbide et était absente chez les contrôles sains (non-atteint d'obésité). Notre étude illustre l'importance des CNVs rares qui peuvent avoir un impact clinique très important. De plus, ceci permet d'envisager une alternative aux études d'associations pour améliorer notre compréhension de l'étiologie des maladies génétiques communes.Egalement, j'ai travaillé sur la détection d'altérations somatiques en nombres de copies (SCNA) et de leurs conséquences pour le cancer (chapitre 5). Ce projet fut une collaboration initiée par l'Institut Ludwig de Recherche contre le Cancer et impliquant l'Institut Suisse de Bioinformatique, le CHUV et les Universités de Lausanne et Genève. Je me suis concentré sur l'identification de gènes affectés par des SCNAs et avec une sur- ou sous-expression dans des lignées cellulaires dérivées de mélanomes métastatiques. Les données utilisées ont été générées par des puces ADN (CGH et SNP) et du séquençage à haut débit du transcriptome. Mes recherches ont montrées que peu de gènes sont récurrents entre les mélanomes, ce qui rend difficile l'interprétation des résultats. Pour contourner ces limitations, j'ai utilisé une analyse de réseaux pour définir si des réseaux de signalisations enrichis en gènes amplifiés ou perdus, étaient communs aux différents échantillons. En fait, parmi les 28 réseaux détectés, quatre réseaux sont potentiellement dérégulés chez six mélanomes, et six réseaux supplémentaires sont affectés chez cinq mélanomes. La validation de ces résultats avec deux larges jeux de données publiques, a confirmée tous ces réseaux sauf trois. Ceci démontre l'utilité de cette approche pour l'analyse de petits et de larges jeux de données.Résumé grand publicL'avènement de la biologie moléculaire, en particulier ces dix dernières années, a révolutionné la recherche en génétique médicale. Grâce à la disponibilité du génome humain de référence dès 2001, de nouvelles technologies telles que les puces à ADN sont apparues et ont permis d'étudier le génome dans son ensemble avec une résolution dite sous-microscopique jusque-là impossible par les techniques traditionnelles de cytogénétique. Un des exemples les plus importants est l'étude des variations structurales du génome, en particulier l'étude du nombre de copies des gènes. Il était établi dès 1959 avec l'identification de la trisomie 21 par le professeur Jérôme Lejeune que le gain d'un chromosome supplémentaire était à l'origine de syndrome génétique avec des répercussions graves pour la santé du patient. Ces observations ont également été réalisées en oncologie sur les cellules cancéreuses qui accumulent fréquemment des aberrations en nombre de copies (telles que la perte ou le gain d'un ou plusieurs chromosomes). Dès 2004, plusieurs groupes de recherches ont répertorié des changements en nombre de copies dans des individus provenant de la population générale (c'est-à-dire sans symptômes cliniques visibles). En 2006, le Dr. Richard Redon a établi la première carte de variation en nombre de copies dans la population générale. Ces découvertes ont démontrées que les variations dans le génome était fréquentes et que la plupart d'entre elles étaient bénignes, c'est-à-dire sans conséquence clinique pour la santé de l'individu. Ceci a suscité un très grand intérêt pour comprendre les variations naturelles entre individus mais aussi pour mieux appréhender la prédisposition génétique à certaines maladies.Lors de ma thèse, j'ai développé de nouveaux outils informatiques pour l'analyse de puces à ADN dans le but de cartographier ces variations à l'échelle génomique. J'ai utilisé ces outils pour établir les variations dans la population suisse et je me suis consacré par la suite à l'étude de facteurs pouvant expliquer la prédisposition aux maladies telles que l'obésité. Cette étude en collaboration avec le Centre Hospitalier Universitaire Vaudois a permis l'identification d'une délétion sur le chromosome 16 expliquant 0.7% des cas d'obésité morbide. Cette étude a plusieurs répercussions. Tout d'abord elle permet d'effectuer le diagnostique chez les enfants à naître afin de déterminer leur prédisposition à l'obésité. Ensuite ce locus implique une vingtaine de gènes. Ceci permet de formuler de nouvelles hypothèses de travail et d'orienter la recherche afin d'améliorer notre compréhension de la maladie et l'espoir de découvrir un nouveau traitement Enfin notre étude fournit une alternative aux études d'association génétique qui n'ont eu jusqu'à présent qu'un succès mitigé.Dans la dernière partie de ma thèse, je me suis intéressé à l'analyse des aberrations en nombre de copies dans le cancer. Mon choix s'est porté sur l'étude de mélanomes, impliqués dans le cancer de la peau. Le mélanome est une tumeur très agressive, elle est responsable de 80% des décès des cancers de la peau et est souvent résistante aux traitements utilisés en oncologie (chimiothérapie, radiothérapie). Dans le cadre d'une collaboration entre l'Institut Ludwig de Recherche contre le Cancer, l'Institut Suisse de Bioinformatique, le CHUV et les universités de Lausanne et Genève, nous avons séquencés l'exome (les gènes) et le transcriptome (l'expression des gènes) de sept mélanomes métastatiques, effectués des analyses du nombre de copies par des puces à ADN et des caryotypes. Mes travaux ont permis le développement de nouvelles méthodes d'analyses adaptées au cancer, d'établir la liste des réseaux de signalisation cellulaire affectés de façon récurrente chez le mélanome et d'identifier deux cibles thérapeutiques potentielles jusqu'alors ignorées dans les cancers de la peau.

Persistent left superior vena cava in cardiac congenital surgery

La persistance d'une veine cave supérieure gauche (VCSG) est une entité relativement fréquente dans le cadre des malformations cardiaques congénitales. Le but de cette étude est d'analyser à quel moment le diagnostic de la persistance de la VCSG est effectué, à quel moment le diagnostic des éventuelles anomalies du sinus coronarien associées est effectué, et de l'impact global de la persistance d'une VCSG sur la mortalité et la morbidité des patients après chirurgie cardiaque pour une malformation cardiaque congénitale. Analyse rétrospective d'une cohorte d'enfants ayant subi une chirurgie cardiaque avec circulation extracorporelle pour une malformation cardiaque congénitale. Trois-cent septante et un patients ont été inclus dans l'étude avec un âge médian de 2.75 ans (IQR 0.65-6.63). Parmi eux, 47 patients présentaient une persistance de la VCSG (12.7%), et cette persistance de la VCSG a été identifiée par échocardiographie dans le cadre du bilan préopératoire chez 39 patients (83%). Trois patients (6.4%) présentant une persistance de la VCSG, ont développé après chirurgie cardiaque, une obstruction significative de la voie d'entrée du ventricule gauche qui a aboutit à un débit cardiaque anormal ou à une hypertension pulmonaire secondaire. Chez huit patients (17%), la persistance de la VCSG, était associée à un défaut partiel ou total de fermeture du sinus coronarien et dans deux cas (4%) à une atrésie de l'ostium du sinus coronarien. La durée de la ventilation mécanique était plus courte de façon significative dans le groupe contrôle (1.2 vs. 3.0 jours, p = 0.004), tandis que la durée de séjour aux soins intensifs ne différait pas. La mortalité était significativement moins élevée dans le groupe contrôle que dans le groupe de patient avec persistance de la VCSG (2.5 vs. 10.6 %, p = 0.004). Les résultats de cette étude montrent que la persistance de la VCSG en association avec une malformation cardiaque congénitale augmente le risque de mortalité chez les enfants qui subissent une chirurgie cardiaque avec circulation extracorporelle. La mise en évidence d'une persistance de la VCSG et des anomalies associées, s'impose pour éviter des complications pendant et après une chirurgie cardiaque.

Bonnes pratiques de promotion de la santé des personnes âgées : développement des théories d'action des interventions = Best Practice Gesundheitsförderung im Alter (BPGF) : Entwicklung von Wirkungsmodellen.

Le projet "Bonnes pratiques de promotion de la santé des personnes âgées" vise à définir des recommandations pour promouvoir la santé des personnes âgées dans les différents cantons suisses adhérents au projet. Cinq instituts suisses ont ainsi été mandatés à produire un rapport faisant état de la situation relative à cinq domaines :- mesures visant à stimuler l'activité physique;- prévention des chutes;- participation du corps médical (médecins de famille);- conseils en matière de santé, manifestations, cours;- accès aux groupes-cibles et outils de recrutement.Dans le but de définir les bases pour une évaluation future des interventions recommandées, le présent rapport, sollicité par Promotion Santé Suisse, détaille le travail effectué avec les équipes responsables de chaque domaine pour élaborer une série de trois synthèses de leur travail, à savoir :- une analyse de la situation en question (problèmes constatés);- une théorie d'action définissant les objectifs intermédiaires et finaux à atteindre à partir des recommandations faites dans leur domaine;- une liste des indicateurs associés aux objectifs prioritaires.Ces synthèses ont été réalisées à l'aide du modèle de catégorisation des résultats de promotion de la santé et de la prévention (SMOC) un outil développé conjointement par les Instituts universitaires de médecine sociale et préventive de Berne et de Lausanne, en collaboration avec Promotion Santé Suisse. Les théories d'action ainsi élaborées ont ensuite été intégrées dans une théorie d'action globale correspondant à l'ensemble du projet " Bonnes pratiques de promotion de la santé des personnes âgées ". [P. 5]

Interventions hybrides et malformations cardiaques congénitales [Hybrid procedures in congenital heart disease]

La complexité croissante de la prise en charge des malformations cardiaques congénitales impose des interventions chirurgicales et des cathétérismes cardiaques interventionnels fréquents. Chacune de ces techniques a ces limitations propres. Les interventions hybrides associent les avantages de la chirurgie cardiaque et du cathétérisme interventionnel. Dans notre expérience, les thérapies hybrides permettent de diminuer le temps de circulation extracorporelle, de diminuer la morbidité des interventions chirurgicales, de raccourcir le séjour du patient aux soins intensifs. Pour certaines malformations cardiaques congénitales complexes pour lesquelles il n'existe pas de chirurgie ou de thérapie interventionnelle idéale, les interventions hybrides sont en train de s'imposer comme la prise en charge incontournable. Increasing complexity in management of congenital heart disease imposes more frequent surgeries and interventions. Each technique has its own limitations, which could impair the anticipated result. Hybrid procedures join the advantages of cardiac surgery and interventions, creating a synergy in the management of these patients with cardiac anomalies. In our experience, hybrid procedures shorten cardiopulmonary bypass, reduce morbidity of surgery and reduce duration of stay in the intensive care unit. For some complex congenital heart diseases for which there are no ideal surgical or interventional options, hybrid procedures are becoming increasingly important in their management. Finally hybrid procedures allow surgeons and cardiologist to achieve complex procedures that could not be possible in another way

Support informatique à l'enseignement prégradué de la dermatologie CD-Rom : ''Le petit Rouvé : atlas de dermatologie''

Résumé L'arrivée en force de l'imagerie numérique de bonne qualité à un prix abordable m'a fait réfléchir à la meilleure manière de l'intégrer dans la pratique courante de l'enseignement de la dermatologie, spécialité très visuelle. Comment mettre à profit la richesse des images et les nombreuses possibilités pédagogiques que l'informatique offre. J'ai étudié quelques produits existant sur le marché; je constate que les possibilités offertes par l'informatique restent souvent sous exploitées. Les réalisations manquent de liens hypertextes et la facilité d'accès aux images que permet l'informatique n'est pas appliquée. Les images sont trop souvent présentées avec une légende trop brève, ne soulignant pas les points importants pour le diagnostic. Certains outils ne proposent même pas de diagnostics différentiels. Ma réflexion me pousse à croire que l'apprentissage doit se faire par l'image. L'étudiant doit y apprendre les bases du diagnostic morphologique, trouver ce qui lui permet de poser le diagnostic. Compte tenu de mes observations, j'ai développé à Lausanne mon propre atlas interactif de diagnostics différentiels, basé sur la comparaison d'images. Mon projet n'a donc pas pour but de remplacer un livre ou un atlas, mais je souhaite compléter les moyens d'apprentissage basés sur l'image. Sa particularité tient dans la manière dont on a sélectionné les diagnostics différentiels; mon critère principal n'a pas été un choix théorique, mais la ressemblance entre deux images de ma bibliothèque. Cette manière de procéder m'a forcé à résoudre quelques questions fondamentales à propos des diagnostics différentiels. J'ai prêté une attention particulière à ce que l'utilisateur replace aisément les 850 images dans une structure que j'ai voulue claire. Cela m'a poussé à réfléchir sur la manière dont on aborde la dermatologie: par localisation, d'après les lésions, selon l'âge ou d'après des critères de physiopathologie ? Chaque image est accessible par la table des matières originale, soit par un module de recherche multicritère. Mon produit est personnalisable grâce à la présence de plusieurs outils. "Le Petit Rouvé", première version, est maintenant disponible pour une phase de test. Dans un second temps, l'atlas sera distribué aux étudiants de 4ème et 6ème année de la Faculté de médecine de Lausanne pour la rentrée de 2004-2005.

CleanEx: a database of heterogeneous gene expression data based on a consistent gene nomenclature and linked to an improved annotation system

Résumé: L'automatisation du séquençage et de l'annotation des génomes, ainsi que l'application à large échelle de méthodes de mesure de l'expression génique, génèrent une quantité phénoménale de données pour des organismes modèles tels que l'homme ou la souris. Dans ce déluge de données, il devient très difficile d'obtenir des informations spécifiques à un organisme ou à un gène, et une telle recherche aboutit fréquemment à des réponses fragmentées, voir incomplètes. La création d'une base de données capable de gérer et d'intégrer aussi bien les données génomiques que les données transcriptomiques peut grandement améliorer la vitesse de recherche ainsi que la qualité des résultats obtenus, en permettant une comparaison directe de mesures d'expression des gènes provenant d'expériences réalisées grâce à des techniques différentes. L'objectif principal de ce projet, appelé CleanEx, est de fournir un accès direct aux données d'expression publiques par le biais de noms de gènes officiels, et de représenter des données d'expression produites selon des protocoles différents de manière à faciliter une analyse générale et une comparaison entre plusieurs jeux de données. Une mise à jour cohérente et régulière de la nomenclature des gènes est assurée en associant chaque expérience d'expression de gène à un identificateur permanent de la séquence-cible, donnant une description physique de la population d'ARN visée par l'expérience. Ces identificateurs sont ensuite associés à intervalles réguliers aux catalogues, en constante évolution, des gènes d'organismes modèles. Cette procédure automatique de traçage se fonde en partie sur des ressources externes d'information génomique, telles que UniGene et RefSeq. La partie centrale de CleanEx consiste en un index de gènes établi de manière hebdomadaire et qui contient les liens à toutes les données publiques d'expression déjà incorporées au système. En outre, la base de données des séquences-cible fournit un lien sur le gène correspondant ainsi qu'un contrôle de qualité de ce lien pour différents types de ressources expérimentales, telles que des clones ou des sondes Affymetrix. Le système de recherche en ligne de CleanEx offre un accès aux entrées individuelles ainsi qu'à des outils d'analyse croisée de jeux de donnnées. Ces outils se sont avérés très efficaces dans le cadre de la comparaison de l'expression de gènes, ainsi que, dans une certaine mesure, dans la détection d'une variation de cette expression liée au phénomène d'épissage alternatif. Les fichiers et les outils de CleanEx sont accessibles en ligne (http://www.cleanex.isb-sib.ch/). Abstract: The automatic genome sequencing and annotation, as well as the large-scale gene expression measurements methods, generate a massive amount of data for model organisms. Searching for genespecific or organism-specific information througout all the different databases has become a very difficult task, and often results in fragmented and unrelated answers. The generation of a database which will federate and integrate genomic and transcriptomic data together will greatly improve the search speed as well as the quality of the results by allowing a direct comparison of expression results obtained by different techniques. The main goal of this project, called the CleanEx database, is thus to provide access to public gene expression data via unique gene names and to represent heterogeneous expression data produced by different technologies in a way that facilitates joint analysis and crossdataset comparisons. A consistent and uptodate gene nomenclature is achieved by associating each single gene expression experiment with a permanent target identifier consisting of a physical description of the targeted RNA population or the hybridization reagent used. These targets are then mapped at regular intervals to the growing and evolving catalogues of genes from model organisms, such as human and mouse. The completely automatic mapping procedure relies partly on external genome information resources such as UniGene and RefSeq. The central part of CleanEx is a weekly built gene index containing crossreferences to all public expression data already incorporated into the system. In addition, the expression target database of CleanEx provides gene mapping and quality control information for various types of experimental resources, such as cDNA clones or Affymetrix probe sets. The Affymetrix mapping files are accessible as text files, for further use in external applications, and as individual entries, via the webbased interfaces . The CleanEx webbased query interfaces offer access to individual entries via text string searches or quantitative expression criteria, as well as crossdataset analysis tools, and crosschip gene comparison. These tools have proven to be very efficient in expression data comparison and even, to a certain extent, in detection of differentially expressed splice variants. The CleanEx flat files and tools are available online at: http://www.cleanex.isbsib. ch/.

L'assistance au suicide en Suisse dans le contexte de polypathologie invalidante irréversible [Assisted suicide in Switzerland in the context of irreversible illness].

La prise en charge des personnes en fin de vie s'est beaucoup développée en Suisse au cours des dernières décennies, et assure, grâce aux soins gériatriques et palliatifs, dans une grande majorité des cas, une fin de vie digne aux patients. Il arrive toutefois que des malades, motivés notamment par une grande lassitude, aient recours à une association telle qu'EXIT pour les accompagner dans leur désir de mettre fin à leurs jours, même s'ils ne sont pas atteints d'une maladie mettant leur vie en danger. Nous avons étudié ce phénomène chez les 21 personnes, qui ont mis fin à leurs jours avec l'aide de l'association EXIT, sur une période de cinq ans (2001-2005) ; les souffrances physiques de ces malades étaient représentées essentiellement par des douleurs importantes, une asthénie, des troubles respiratoires, neurologiques ou digestifs. A cela, s'ajoutaient les difficultés psychologiques liées à la perte d'autonomie, la solitude, l'angoisse et le sentiment de perte de dignité. Malgré l'absence de maladie mortelle en soi, nous avons pu observer que les critères exigés par l'association EXIT pour envisager un accompagnement étaient respectés dans tous les cas.

Patients' preferences on information and involvement in decision-making in gastrointestinal surgery

Contexte et but de l'étude: La relation médecin-patient a subi d'importants changements et l'actuelle émancipation des patients a conduit à un véritable partenariat dans la prise de décisions thérapeutiques. Notre étude a pour but de déterminer les préférences des patients pour différents aspects de la prise de décisions au cours d'un traitement et de ses potentielles complications, de même que la quantité et le type d'information souhaitée avant une intervention chirurgicale digestive. Patients et méthodes : Il s'agit d'une étude prospective non-randomisée basée sur un questionnaire donné lors de la consultation préopératoire à 254 patients consécutifs prévus pour une chirurgie gastro-intestinale élective. Résultats : Pour les potentielles complications chirurgicales et la possibilité d'un séjour aux soins intensifs, 64% des patients souhaitent participer activement aux décisions médicales, et respectivement 89% et 60% des patients aimeraient discuter d'une éventuelle réanimation cardio-pulmonaire et de limitations au traitement. Respectivement 73%, 77% et 47% des patients ont souhaité une information très détaillée, une infoimation pour une possible hospitalisation en soins intensifs ou une éventuelle réanimation cardiaque. Les patients âgés ou avec un niveau de formation bas étaient significativement moins intéressés à une prise de décision partagée (p=0.003 et 0.015) et à une information complète (p=0.03 et 0.05), De plus, l'implication des familles dans les prises de décision n'était favorisée que si le patient est en coma (74%), et significativement moins importante chez les personnes âgées et de sexe masculin (p=0.04 et 0.03 respectivement). Ni le type de chirurgie prévue (majeure ou mineure) ni la sévérité de la pathologie (cancer ou non) ne furent des facteurs statistiquement significatifs pour un désir plus élevé de partager la prise de décision, pour plus d'information ou pour impliquer d'avantage la famille. Conclusions : Notre étude démontre que la majorité des patients chirurgicaux souhaitent recevoir une information préopératoire complète concernant leur maladie et le traitement planifié. Ils considèrent également comme crucial d'être impliqués dans les prises de décisions thérapeutiques pour le traitement et pour les possibles complications. Le rôle de la famille est limité aux situations ou le patient n'est plus en mesure de participer aux décisions.

Le pouvoir de la biodiversité : néolibéralisation de la nature dans les pays émergents

Depuis vingt ans, la communauté internationale promeut le développement de contrats d'accès aux ressources génétiques afin d'assurer une exploitation durable et équitable de la biodiversité. On constate cependant que les impacts de telles politiques sont limités, en termes de conservation de la nature comme de justice environnementale ou de retombées financières pour les populations locales. Leur influence sur les agendas et les positionnements des gouvernements des pays émergents et de certains scientifiques est en revanche manifeste. Une grande partie de ces derniers a en effet été convertie aux instruments économiques de mise en valeur de la biodiversité : filières de produits naturels, projets d'écotourisme, paiements pour services environnementaux... Les formes de savoirs et de pouvoirs construits sur la biodiversité et les services écosystémiques témoignent de ce ralliement. Le pari de cet ouvrage est ainsi d'analyser le « pouvoir de la biodiversité » en termes d'économie politique, à partir de l'examen des régimes de propriété industrielle sur le vivant dans trois pays émergents - le Vietnam, le Brésil et le Mexique - et d'études de cas sur la mobilisation des savoirs de communautés autochtones et locales dans ces pays. Les notions de biodiversité et de services écosystémiques et leur diffusion ne seraient-elles pas avant tout les marqueurs d'une néolibéralisation des politiques de conservation de la nature ?

The predictive value of preoperative B-type natriuretic peptide in children undergoing cardiac surgery

Introduction: B-type natriuretic peptide (BNP) is a biomarker of myocardial stress. In children, the value of preoperative BNP on postoperative outcome is unclear. The aim of this study was to determine the predictive value of preoperative NT-proBNP on postoperative outcome in children after congenital heart surgery. Results: Ninety-seven patients were included in the study with a median age of 3.3 years [0.7-5.2]. Preoperative median NT-proBNP was 412 pg/ml [164-1309]. NT-proBNP was above the P95 reference value for age in 56 patients (58%). Preoperative NT-proBNP was significantly higher in patients who had mechanical ventilation duration of more than 2 days (1156 pg/ml [281-1951] vs. 267 pg/ml [136-790], p=0.003) and who stayed more than 6 days in the pediatric intensive care unit (727 pg/ml [203-1951] vs. 256 pg/ml [136-790], p=0.007). However, preoperative NT-proBNP was not significantly higher in patients with an increased inotropic score, a prolonged cardiopulmonary bypass time or an increased surgical risk category. Conclusions: An elevated preoperative NT-proBNP reflects hemodynamic status and cardiac dysfunction, and therefore is a valuable adjunct in predicting a complicated postoperative course. ___________________________________ Introduction: Le peptide natriurétique type B (BNP) est un marqueur reflétant le stress myocardique. Dans la population pédiatrique, la signification des valeurs préopératoire de BNP, en particulier sur l'évolution postopératoire, n'est pas clairement établie. Le but de l'étude est de déterminer la valeur prédictive de la partie NT sérique du BNP (NT-proBNP) sur l'évolution post opératoire d'enfants porteur d'une cardiopathie congénitale et ayant eu une chirurgie cardiaque. Résultats: Nonante-sept enfants ont été inclus dans l'étude, avec un âge médian de 3.3 ans [0.7-5.2]. La valeur médiane du NT-proBNP préopératoire était de 412 pg/ml [164-1309]. Le NT-proBNP préopératoire était supérieur au P95 des valeurs de référence pour l'âge chez 56 patients (58%). Le NT-proBNP préopératoire était significativement plus élevé chez les patients ayant eu plus de deux jours de ventilation mécanique dans la période postopératoire (1156 pg/ml [281-1951] vs. 267 pg/ml [136-790], p=0.003) et ayant été hospitalisés plus de 6 jours dans l'unité de soins intensifs pédiatrique (727 pg/ml [203-1951] vs. 256 pg/ml [136-790], p=0.007). Par contre, le NT-proBNP préopératoire n'était pas significativement plus élevé chez les patients ayant eu un score d'inotrope élevé pendant leur hospitalisation aux soins intensifs, un temps de circulation extracorporelle prolongé ou ayant subi une chirurgie avec un risque chirurgical élevé. Conclusions: Un NT-proBNP sérique élevé en préopératoire reflète l'importance du stress myocardique induit par l'hémodynamique et la dysfonction myocardique, il est un marqueur qui permet d'améliorer l'identification des patients à risque d'avoir une évolution post opératoire compliquée.

Status epilepticus: impact of therapeutic coma on outcome

L'état de mal épileptique (EME) est la plus fréquente urgence neurologique après les accidents vasculaires cérébraux, avec des hauts taux de morbidité et mortalité (Coeytaux et al., 2000). Son traitement est basé sur une approche en trois étapes (Meiekord et al., 2010). Dans ce contexte, un EME ne répondant pas aux benzodiazépines (1er ligne de traitement) suivi par des médicaments antiépileptiques (2ème ligne de traitement) est appelé EME réfractaire. Pour cette condition, représentant entre le 23% et le 43% des EME (Novy et al., 201O; Holtkamp et al., 2005), les actuelles recommandations préconisent un traitement par coma pharmacologique (3ème ligne de traitement), malgré un faible niveau d'évidence (Rossetti et al., 2011). En effet, l'impact du coma pharmacologique sur l'issue clinique n'a pas encore été clairement établi. Récemment, deux études américaines (Kowalski et al., 2012; Hocker et al., 2013) et une étude suisse (Sutter et al., 2014), ont montré un effet potentiellement délétère de ce type de traitement. Cependant, ces études étaient limitées à des patients hospitalisés aux soins intensifs et les analyses n'étaient pas ajustées pour tous les facteurs pronostiques connus. Le but de notre travail, publié dans Critical Gare Medicine (Marchi et al., 2015), était d'évaluer l'impact spécifique du coma pharmacologique sur le pronostic des patients avec EME, sans limitations aux soins intensifs et avec un·ajustement plus attentif concernant les autres facteurs pronostiques. En utilisant notre registre prospectif des patients avec EME traités aux Centre Hospitalier Universitaire Vaudois, nous avons comparé l'issue clinique à la sortie de l'hôpital des patients traités avec ou sans coma pharmacologique (467 épisodes au total). Ensuite, nous avons utilisé une régression logistique multinomiale pour ajuster les résultats par les autres facteur pronostiques connus (âge, absence de crises épileptiques précédentes, étiologie potentiellement fatale, gravité clinique de l'EME, comorbidités). Nous · avons pu mettre ainsi en évidence que le traitement avec coma pharmacologique est associé avec une mauvaise issue clinique après un EME. De plus, nous avons pu po_ur la première fois montrer que cet effet est d'autant plus important chez les patients avec un EME de type partiel complexe au moment du traitement. Nos résultats suggèrent que l'utilisation du coma pharmacologique ne doit pas être indiscriminée dans l'EME réfractaire et qu'une évaluation de la situation clinique de base permet une optimisation son emploi.

Cartographie et analyse des données disponibles pour estimer le nombre de préservatifs écoulés sur le marché suisse en une année

L'Office fédéral de la santé publique (OFSP) a mandaté la Fédération romande des consommateurs (FRC) et l'Institut universitaire de médecine sociale et préventive (IUMSP) pour réaliser une cartographie du marché des préservatifs et analyser les données disponibles pour estimer le nombre de préservatifs écoulés sur le marché suisse en une année. Les données disponibles identifiées sont les suivantes : 1. Données Verein : l'Association pour le label de qualité des préservatifs possède des données sur le nombre de préservatifs testés chaque année pour l'obtention du label OK. Ces données constituent une estimation du nombre de préservatifs ayant suivi la procédure de certification du label OK. Ces dernières années, des entreprises auraient renoncé à leur collaboration avec l'association pour le label de qualité, ce qui réduit la fiabilité de cette méthode pour suivre l'évolution du marché des préservatifs en Suisse. 2. Données douanes : l'Administration fédérale des douanes établit une statistique du commerce extérieur et met à disposition une base de données qui donne accès aux données statistiques d'importation et d'exportation de préservatifs. Etant donné que cette statistique se base sur les données indiquées par les importateurs et les exportateurs, des erreurs de déclaration peuvent être commises. 3. Données IUMSP : entre 1986 et 2011, l'IUMSP a reçu des producteurs/importateurs des données de mises sur le marché de préservatifs. Ces données, fiables car provenant directement des producteurs/importateurs, ne sont malheureusement plus complètes depuis 2012, en raison d'une difficulté croissante à obtenir de telles informations. 4. Données Nielsen et IMS Health : Nielsen et IMS HEalth sont des entreprises privées qui recensent les données de vente des préservatifs en Suisse réalisées dans les commerces de détail, ainsi que dans les drogueries et pharmacies. Ces données constituent des données de vente réelles obtenues grâce à l'enregistrement des mouvements de la marchandise lors du passage en caisse dans les magasins. La couverture des points de vente est élevée (près de 80% pour les données Nielsen) et stable dans le temps.

Conséquences du stress en période périnatale sur la réponse émotionnelle chez l'enfant prématuré

Problématique: Les naissances prématurées sont des situations cliniques à risque pour l'enfant. Celui-ci arrive au monde avec une capacité amoindrie à être autonome, que ce soit, par exemple, au niveau respiratoire ou de la régulation thermique. Lors de leur séjour aux soins intensifs, les enfants prématurés subissent des interventions qui peuvent être douloureuses, ils sont souvent manipulés et exposés à des bruits et des lumières intenses; ceci peut induire un stress important pour l'enfant qui est déjà vulnérable du fait de sa prématurité. Lorsque confronté à une situation stressante, l'organisme humain réagit par l'activation de l'axe hypothalamo-hypophysio-surrénalien (HHS). Une des hormones principales sécrétées par l'axe HHS est le cortisol. Plusieurs études suggèrent que le cortisol, lorsque sécrété en quantités importantes, risque d'altérer la matière grise, en induisant une diminution de volume, notamment celui de l'hippocampe (Plotsky & Meaney, 1993; Sapolsky, 2000; McEwen, 1994; 2000; Sandman et al., 1994; Meaney et al., 1991;1996). Ces altérations auraient comme effet un dérèglement de l'axe HHS (Heim & Nemeroff, 1999) avec comme conséquence une variation de la réponse au stress mais aussi de la mémoire et de la régulation émotionnelle (Stam et al., 2000 et Siegel, 1998). Objectifs: Nous allons nous intéresser aux grands prématurés nés à moins de 32 semaines de gestations selon leur exposition à des interventions stressantes et douloureuses ou des complications postnatales. Nous allons étudier l'impact qu'un stress modéré ou sévère sur un prématuré a sur la réponse de l'axe HHS et sur sa régulation émotionnelle lorsque celui-ci est confronté à des situations de stress modéré ultérieurement, plus précisément à six mois d'age corrigé. Méthodologie: Dans le cadre de l'étude «Stress néonatal et réactivité au stress ultérieur: effets préventifs d'une intervention précoce» (SNF 3200 BO-104230) menée au SUPEA en collaboration avec le service de néonatologie du DMCP, le Lab-TAB (Laboratory Temperament Assessment Battery, prelocomotor version 3.1, Goldsmith & Rothbart, 1999) a été utilisé comme outil pour analyser le tempérament d'un enfant par l'analyse de ses réactions émotionnelles à certaines situations. L'enfant, qui était filmé, a été confronté à des mises en scène conçues pour susciter diverses émotions comme la peur, la colère, la frustration, la curiosité ou le plaisir. Un système de codage dérivé de celui du Lab-TAB sera utilisé par deux codeurs différents pour analyser les réactions émotionnelles des enfants. Les taux de cortisol sécrétés ont été mesurés dans la salive de l'enfant. La mesure du cortisol libre dans la salive montre une bonne corrélation avec le cortisol plasmatique ; plusieurs prélèvements de salive ont été faits avant, pendant et après la situation de stress. Les situations filmées n'ont pas encore été codés, ni les taux analysés par l'équipe de la SUPEA. Nous allons observer 40 vidéos, 20 d'enfants nés prématurément et 20 d'enfants nés à terme comme groupe contrôle, et examiner la réponse endocrinienne au stress ainsi que leur régulation émotionnelle au niveau de leur comportement comme l'excitation, les pleurs, l'évitement... Hypothèse : L'intensité de l'exposition au stress postnatal chez l'enfant prématuré induirait des variations de la réponse de l'axe HHS mais aussi de la régulation émotionnelle. Il n'est pas clair selon la littérature actuelle si les variations des réponses de l'axe HHS dues à l'exposition à un stress précoce vont dans les sens de l'hypo- ou l'hyperréactivité, et si cette réponse corrèle avec la régulation émotionnelle au niveau des comportements. C'est ce que l'analyse des données nous permettra de déterminer.