Optimal deployment of geographically distributed workflow engines on the cloud

When orchestrating Web service workflows, the geographical placement of the orchestration engine (s) can greatly affect workflow performance. Data may have to be transferred across long geographical distances, which in turn increases execution time and degrades the overall performance of a workflow. In this paper, we present a framework that, given a DAG-based workflow specification, computes the optimal Amazon EC2 cloud regions to deploy the orchestration engines and execute a workflow. The framework incorporates a constraint model that solves the workflow deployment problem, which is generated using an automated constraint modelling system. The feasibility of the framework is evaluated by executing different sample workflows representative of scientific workloads. The experimental results indicate that the framework reduces the workflow execution time and provides a speed up of 1.3x-2.5x over centralised approaches.

Service composition for biomedical applications

A exigente inovação na área das aplicações biomédicas tem guiado a evolução das tecnologias de informação nas últimas décadas. Os desafios associados a uma gestão, integração, análise e interpretação eficientes dos dados provenientes das mais modernas tecnologias de hardware e software requerem um esforço concertado. Desde hardware para sequenciação de genes a registos electrónicos de paciente, passando por pesquisa de fármacos, a possibilidade de explorar com precisão os dados destes ambientes é vital para a compreensão da saúde humana. Esta tese engloba a discussão e o desenvolvimento de melhores estratégias informáticas para ultrapassar estes desafios, principalmente no contexto da composição de serviços, incluindo técnicas flexíveis de integração de dados, como warehousing ou federação, e técnicas avançadas de interoperabilidade, como serviços web ou LinkedData. A composição de serviços é apresentada como um ideal genérico, direcionado para a integração de dados e para a interoperabilidade de software. Relativamente a esta última, esta investigação debruçou-se sobre o campo da farmacovigilância, no contexto do projeto Europeu EU-ADR. As contribuições para este projeto, um novo standard de interoperabilidade e um motor de execução de workflows, sustentam a sucesso da EU-ADR Web Platform, uma plataforma para realizar estudos avançados de farmacovigilância. No contexto do projeto Europeu GEN2PHEN, esta investigação visou ultrapassar os desafios associados à integração de dados distribuídos e heterogéneos no campo do varíoma humano. Foi criada uma nova solução, WAVe - Web Analyses of the Variome, que fornece uma coleção rica de dados de variação genética através de uma interface Web inovadora e de uma API avançada. O desenvolvimento destas estratégias evidenciou duas oportunidades claras na área de software biomédico: melhorar o processo de implementação de software através do recurso a técnicas de desenvolvimento rápidas e aperfeiçoar a qualidade e disponibilidade dos dados através da adopção do paradigma de web semântica. A plataforma COEUS atravessa as fronteiras de integração e interoperabilidade, fornecendo metodologias para a aquisição e tradução flexíveis de dados, bem como uma camada de serviços interoperáveis para explorar semanticamente os dados agregados. Combinando as técnicas de desenvolvimento rápidas com a riqueza da perspectiva "Semantic Web in a box", a plataforma COEUS é uma aproximação pioneira, permitindo o desenvolvimento da próxima geração de aplicações biomédicas.

O novo perfil do engenheiro civil: o profissional de síntese

O Homem tem modificado consideravelmente o meio natural e transformado profundamente as paisagens primitivas. As vias de comunicação e os aglomerados populacionais constituem referências evidentes da sua presença e denotam o percurso do homem no tempo. Neste processo de mudança contínua o papel dos engenheiros foi fundamental pois a sua prática remonta às civilizações anteriores à era Cristã da qual temos o testemunho de Arquimedes (287-212 a.C.) que foi um grande cientista e engenheiro da Antiguidade. O termo engenharia em termos semânticos tem a sua origem da palavra latina ingeniatorum significando “engenhoso na arte de projectar” (Duffell, 1990). De facto a engenharia tem sido definida como uma arte que permite que os principais recursos da natureza sejam transformados, adaptados e aplicados para o uso ou conveniência do homem (The New Caxton Encyclopedia, 1986).

Estudo das características da memória autobiográfica em idosos com e sem sintomatologia depressiva

Como objetivo neste estudo procurámos compreender numa população de idosos, com e sem sintomatologia depressiva, as características das memórias autobiográficas (MA’s), nomeadamente o seu padrão de evocação ao longo da vida, o grau de abstração das MA’s evocadas, o efeito de congruência do humor e a superioridade dos tempos de resposta na evocação de MA’s. A amostra do estudo foi selecionada através de um método não-probabilístico por conveniência, sendo constituída por 33 participantes posteriormente agrupados de acordo com a gravidade da sintomatologia depressiva (16 participantes sem diagnóstico de sintomatologia depressiva (SD) e 17 com depressão (CD) com idades entre os 65 e os 93 anos e ausência de alterações cognitivas). Foram aplicados a subescala de Depressão do Questionário Symptoms Check List (SCL-90) (Derogatis & Cleary, 1977, traduzido e adaptado por Baptista, 1993; Pereira, 2011) e o Teste de Memória Autobiográfica (TMA) (Williams & Broadbent, 1986, traduzido por Bobrowicz-Campos, Pinho & Matos, 2010). Os resultados evidenciaram diferenças quantitativas na evocação de MA’s ao longo do ciclo de vida dos indivíduos confirmando resultados prévios. Verificou-se também que os indivíduos sem depressão evocam mais MA’s específicas comparativamente aos sujeitos com depressão, embora a diferença não seja estatisticamente significativa. Observou-se que o grupo CD apresentou uma maior frequência de evocação de associados semânticos/não respostas a palavras-pista positivas comparativamente ao grupo SD, corroborando a existência de um efeito de congruência do humor. Por fim, registaram-se menores tempos de resposta até à evocação de MA, independentemente da valência da palavra-pista, com o aumento da depressão, contrariando a ideia de lentificação cognitiva no processamento de informação. As conclusões deste estudo incentivam a continuação da compreensão da influência da depressão em idosos e incitam a implementação de estratégias psicológicas e estruturas de apoio a este grupo etário.

Ficção e encenação : o desenho como narrativa visual

Tese de doutoramento, Belas-Artes (Ciências da Arte), Universidade de Lisboa, Faculdade de Belas-Artes, 2014

Automatic deployment of interoperable legacy code services

The Grid Execution Management for Legacy Code Architecture (GEMLCA) enables exposing legacy applications as Grid services without re-engineering the code, or even requiring access to the source files. The integration of current GT3 and GT4 based GEMLCA implementations with the P-GRADE Grid portal allows the creation, execution and visualisation of complex Grid workflows composed of legacy and nonlegacy components. However, the deployment of legacy codes and mapping their execution to Grid resources is currently done manually. This paper outlines how GEMLCA can be extended with automatic service deployment, brokering, and information system support. A conceptual architecture for an Automatic Deployment Service (ADS) and for an x-Service Interoperability Layer (XSILA) are introduced explaining how these mechanisms support desired features in future releases of GEMLCA.

WS-PGRADE/gUSE in European Projects

Besides core project partners, the SCI-BUS project also supported several external user communities in developing and setting up customized science gateways. The focus was on large communities typically represented by other European research projects. However, smaller local efforts with the potential of generalizing the solution to wider communities were also supported. This chapter gives an overview of support activities related to user communities external to the SCI-BUS project. A generic overview of such activities is provided followed by the detailed description of three gateways developed in collaboration with European projects: the agINFRA Science Gateway for Workflows for agricultural research, the VERCE Science Gateway for seismology, and the DRIHM Science Gateway for weather research and forecasting.

Sharing science gateway artefacts through repositories

Researchers want to run scientific experiments focusing on their disciplines. They do not want to know how and where the experiments are executed. Science gateways hide details by coordinating the execution of experiments using different infrastructures and workflow systems. ER-flow/SHIWA and SCI-BUS project developed repositories to share artefacts such as applications, portlets, workflows, etc. inside and among research communities. Sharing artefacts in re-positories enable gateway developers to reuse them when building a new gateway and/or creating a new application.

Enabling Scientific Workflow Sharing through Coarse-Grained Interoperability

E-scientists want to run their scientific experiments on Distributed Computing Infrastructures (DCI) to be able to access large pools of resources and services. To run experiments on these infrastructures requires specific expertise that e-scientists may not have. Workflows can hide resources and services as a virtualization layer providing a user interface that e-scientists can use. There are many workflow systems used by research communities but they are not interoperable. To learn a workflow system and create workflows in this workflow system may require significant efforts from e-scientists. Considering these efforts it is not reasonable to expect that research communities will learn new workflow systems if they want to run workflows developed in other workflow systems. The solution is to create workflow interoperability solutions to allow workflow sharing. The FP7 Sharing Interoperable Workflow for Large-Scale Scientific Simulation on Available DCIs (SHIWA) project developed two interoperability solutions to support workflow sharing: Coarse-Grained Interoperability (CGI) and Fine-Grained Interoperability (FGI). The project created the SHIWA Simulation Platform (SSP) to implement the Coarse-Grained Interoperability approach as a production-level service for research communities. The paper describes the CGI approach and how it enables sharing and combining existing workflows into complex applications and run them on Distributed Computing Infrastructures. The paper also outlines the architecture, components and usage scenarios of the simulation platform.

Analyzing and Modeling Medical Data on Distributed Computing Infrastructures

Researchers want to analyse Health Care data which may requires large pools of compute and data resources. To have them they need access to Distributed Computing Infrastructures (DCI). To use them it requires expertise which researchers may not have. Workflows can hide infrastructures. There are many workflow systems but they are not interoperable. To learn a workflow system and create workflows in a workflow system may require significant effort. Considering these efforts it is not reasonable to expect that researchers will learn new workflow systems if they want to run workflows of other workflow systems. As a result, the lack of interoperability prevents workflow sharing and a vast amount of research efforts is wasted. The FP7 Sharing Interoperable Workflow for Large-Scale Scientific Simulation on Available DCIs (SHIWA) project developed the Coarse-Grained Interoperability (CGI) to enable workflow sharing. The project created the SHIWA Simulation Platform (SSP) to support CGI as a production-level service. The paper describes how the CGI approach can be used for analysis and simulation in Health Care.

Verbos prefixados alemães e a sua tradução para português

Este artigo analisa os verbos prefixados alemães e a sua tradução para português através da análise contrastiva do conto Mein Onkel Fred, de Heinrich Böll, e a sua respectiva tradução para português. Começa-se por um enquadramento teórico onde se revê a formação dos verbos prefixados alemães nos seus aspectos morfo-estruturais e léxico-semânticos, seguindo-se uma análise contrastiva da Derivação Prefixal na Língua Portuguesa com a Derivação Prefixal em Língua Alemã, acompanhada por um levantamento dos Verbos Prefixados e Tipos Tradutivos, nomeadamente, das Formações Prefixais, Simplizia e Paráfrases. Por último, ilustram-se estes tipos tradutivos através da análise de verbos prefixados alemães e respectivas traduções para a língua portuguesa com base no conto já referenciado anteriormente.

Informal learning recognition through a cloud ecosystem

Learning and teaching processes, like all human activities, can be mediated through the use of tools. Information and communication technologies are now widespread within education. Their use in the daily life of teachers and learners affords engagement with educational activities at any place and time and not necessarily linked to an institution or a certificate. In the absence of formal certification, learning under these circumstances is known as informal learning. Despite the lack of certification, learning with technology in this way presents opportunities to gather information about and present new ways of exploiting an individual’s learning. Cloud technologies provide ways to achieve this through new architectures, methodologies, and workflows that facilitate semantic tagging, recognition, and acknowledgment of informal learning activities. The transparency and accessibility of cloud services mean that institutions and learners can exploit existing knowledge to their mutual benefit. The TRAILER project facilitates this aim by providing a technological framework using cloud services, a workflow, and a methodology. The services facilitate the exchange of information and knowledge associated with informal learning activities ranging from the use of social software through widgets, computer gaming, and remote laboratory experiments. Data from these activities are shared among institutions, learners, and workers. The project demonstrates the possibility of gathering information related to informal learning activities independently of the context or tools used to carry them out.

UAV - based imagery processing using structure from motion and remote sensing technology

With the recent advances in technology and miniaturization of devices such as GPS or IMU, Unmanned Aerial Vehicles became a feasible platform for a Remote Sensing applications. The use of UAVs compared to the conventional aerial platforms provides a set of advantages such as higher spatial resolution of the derived products. UAV - based imagery obtained by a user grade cameras introduces a set of problems which have to be solved, e. g. rotational or angular differences or unknown or insufficiently precise IO and EO camera parameters. In this work, UAV - based imagery of RGB and CIR type was processed using two different workflows based on PhotoScan and VisualSfM software solutions resulting in the DSM and orthophoto products. Feature detection and matching parameters influence on the result quality as well as a processing time was examined and the optimal parameter setup was presented. Products of the both workflows were compared in terms of a quality and a spatial accuracy. Both workflows were compared by presenting the processing times and quality of the results. Finally, the obtained products were used in order to demonstrate vegetation classification. Contribution of the IHS transformations was examined with respect to the classification accuracy.

El habla de la comunidad cubana en Montreal

Ce travail contient une première caractérisation générale du discours de la communauté cubaine à Montréal, avec une attention particulière sur deux aspects: le comportement de certains traits qui caractérisent l'espagnol de Cuba chez les locuteurs migrants, et les possibles variations produites par le contact linguistique. Pour ce faire, nous utilisons les données d'un corpus élaboré par la chercheuse à partir de conversations semi-dirigées enregistrées (registre colloquial) avec 19 Cubains: dix hommes et neuf femmes vivant à Montréal. L'analyse des données nous permet de vérifier que les traits caractéristiques étudiés se sont conservés dans le discours des Cubains résidants dans la ville, mais quelques variations se sont produites, provoquées par le contact avec les langues dominantes (français-espagnol, et moins en anglais-espagnol) et d'autres variétés de l'espagnol, ainsi qu’avec une réalité socio-économique, politique et culturelle très différente de celle d’origine. Les variations morphosyntaxiques ont été détectées principalement dans les mots invariables (prépositions). Au niveau lexico-sémantique, nous avons trouvé essentiellement des emprunts lexicaux. Il existe également des prêts sémantiques, des calques et des changements de fréquence de certains mots. Concernant le niveau pragmatique, nous avons remarqué un ralentissement du rythme dans les conversations de l'échantillon qui pourrait être dû à la situation du bilinguisme fonctionnel. En résumé, le discours des Cubains participants dans cette étude montre quelques-uns des traits caractéristiques à toute situation de contact de langues, mais aussi des particularités relatives aux caractéristiques de la communauté étudiée (les attitudes linguistiques, par exemple), à la distance typologique entre les langues impliquées (espagnol et français) et au contraste entre les sociétés d’origine et d’accueil, entre autres.

Bereitstellung von Früherkennungsinformationen für Unternehmen - Entwicklung und Einsatz eines Softwareinstrumentes

Die Unternehmensumwelt wird zunehmend von dynamischen Veränderungen und Turbulenzen geprägt. Globalisierung der Märkte und schneller wechselnde Umfeldveränderungen zwingen die Unternehmen dazu, ihr strategisches Verhalten ständig an neue Bedingungen anzupassen. Ein vorausschauendes Denken und Handeln wird immer notwendiger, da in vielen Branchen Produkte und Dienstleistungen in wesentlich kürzeren Zeitabständen als bisher durch Neue ersetzt werden. Um das unternehmerische Umfeld im Blick zu haben und über Pläne, Leistungen und Kompetenzen der Konkurrenten und Kunden über Marktveränderungen und technische Neuerungen etc. aktuell und vorausschauend informiert zu sein, wird ein intelligentes, systematisches Vorgehen bei der Informationsversorgung mit Umfeldinformationen benötigt. Die Dissertation befasst sich mit der Entwicklung, Implementierung und Untersuchung eines Softwareinstrumentes und systematischen Arbeitsprozesses, um die Versorgung von Managern und Mitarbeitern mit Umfeldinformationen (externen Informationen) zu verbessern um aufkommende Chancen und/oder Risiken frühzeitig zu erkennen. Der Schwerpunkt der Arbeit bezieht sich hauptsächlich auf die Phase der Informationsbereitstellung (Beschaffung, Verarbeitung und Präsentation) und dem Abruf der Umfeldinformationen durch die Manager und Mitarbeiter. Das entwickelte Softwareinstrument und die Arbeitsabläufe werden in drei Untersuchungsfirmen implementiert und evaluiert. Über eine schriftliche Befragung soll der Zustand vor Einführung des Softwareinstrumentes und Arbeitsabläufen und ein Jahr danach erfasst werden. Zur Ergänzung der Ergebnisse der schriftlichen Erhebung werden zusätzlich leitfadengestützte Einzelinterviews durchgeführt werden. Spezielle Auswertungen der Systemzugriffe sollen Aufschluss über den Nutzungsumfang und -häufigkeit im Zeitablauf geben. Über eine sukzessive Optimierung der Software und Arbeitsabläufe werden abschließend ein überarbeitetes Softwareinstrument sowie angepasste Arbeitsabläufe und ein Einführungsverfahren vorgestellt.