ACTIVITY: a database on DNA/RNA sites activity adapted to apply sequence-activity relationships from one system to another

ACTIVITY is a database on DNA/RNA site sequences with known activity magnitudes, measurement systems, sequence-activity relationships under fixed experimental conditions and procedures to adapt these relationships from one measurement system to another. This database deposits information on DNA/RNA affinities to proteins and cell nuclear extracts, cutting efficiencies, gene transcription activity, mRNA translation efficiencies, mutability and other biological activities of natural sites occurring within promoters, mRNA leaders, and other regulatory regions in pro- and eukaryotic genomes, their mutant forms and synthetic analogues. Since activity magnitudes are heavily system-dependent, the current version of ACTIVITY is supplemented by three novel sub-databases: (i) SYSTEM, measurement systems; (ii) KNOWLEDGE, sequence-activity relationships under fixed experimental conditions; and (iii) CROSS_TEST, procedures adapting a relationship from one measurement system to another. These databases are useful in molecular biology, pharmacogenetics, metabolic engineering, drug design and biotechnology. The databases can be queried using SRS and are available through the Web, http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/systems/Activity/.

QSAR e dinâmica molecular no estudo de sistemas biomoleculares: predição da atividade biológica de antagonistas do receptor sigma-1 e simulações de bicamadas lipídicas

Diferentes abordagens teóricas têm sido utilizadas em estudos de sistemas biomoleculares com o objetivo de contribuir com o tratamento de diversas doenças. Para a dor neuropática, por exemplo, o estudo de compostos que interagem com o receptor sigma-1 (Sig-1R) pode elucidar os principais fatores associados à atividade biológica dos mesmos. Nesse propósito, estudos de Relações Quantitativas Estrutura-Atividade (QSAR) utilizando os métodos de regressão por Mínimos Quadrados Parciais (PLS) e Rede Neural Artificial (ANN) foram aplicados a 64 antagonistas do Sig-1R pertencentes à classe de 1-arilpirazóis. Modelos PLS e ANN foram utilizados com o objetivo de descrever comportamentos lineares e não lineares, respectivamente, entre um conjunto de descritores e a atividade biológica dos compostos selecionados. O modelo PLS foi obtido com 51 compostos no conjunto treinamento e 13 compostos no conjunto teste (r² = 0,768, q² = 0,684 e r²teste = 0,785). Testes de leave-N-out, randomização da atividade biológica e detecção de outliers confirmaram a robustez e estabilidade dos modelos e mostraram que os mesmos não foram obtidos por correlações ao acaso. Modelos também foram gerados a partir da Rede Neural Artificial Perceptron de Multicamadas (MLP-ANN), sendo que a arquitetura 6-12-1, treinada com as funções de transferência tansig-tansig, apresentou a melhor resposta para a predição da atividade biológica dos compostos (r²treinamento = 0,891, r²validação = 0,852 e r²teste = 0,793). Outra abordagem foi utilizada para simular o ambiente de membranas sinápticas utilizando bicamadas lipídicas compostas por POPC, DOPE, POPS e colesterol. Os estudos de dinâmica molecular desenvolvidos mostraram que altas concentrações de colesterol induzem redução da área por lipídeo e difusão lateral e aumento na espessura da membrana e nos valores de parâmetro de ordem causados pelo ordenamento das cadeias acil dos fosfolipídeos. As bicamadas lipídicas obtidas podem ser usadas para simular interações entre lipídeos e pequenas moléculas ou proteínas contribuindo para as pesquisas associadas a doenças como Alzheimer e Parkinson. As abordagens usadas nessa tese são essenciais para o desenvolvimento de novas pesquisas em Química Medicinal Computacional.

The geometry of selected U.S. tidal inlets /

"May 1980."

Days of challenge, years of change : a technical history of the Pacific Missile Test Center.

Includes index.

Spatial variability in the nearshore wavefield /

"July 1984."

DUCK85 photopole experiment /

"November 1987."

An interpretative history of the Pacific Missile Test Center : the genesis: road to Point Mugu 1936-1946 /

Includes appendixes.

The development of a numerical solution to transport equation /

"Prepared for U.S. Army Engineer District, Mobile."

President's Private Sector Survey on Cost Control : report on federal management systems.

Mode of access: Internet.

Compendium of authenticated systems and logistics terms, definitions, and acronyms.

"AU-AFIT-LS-3-81."

Concrete, grout, and shotcrete support, and design and postshot evaluation of stem /

Project pre-DUGOUT.

"Let's go!" 10 years' retrospect of the World War; historical official statistics, copies of documents and intimate anecdotes pertaining to the 1 Division, United States Army, from June 14th, 1917, to November 11th, 1918,

Lettered on cover of this copy: Nelson M. Holderman, M.H., Captain U.S. Army, retired.

Proceedings of a seminar on Advanced Energy Sources and Conversion Techniques... 3-7 November, 1958.

"Volume I contains all unclassified papers; Volume II contains only classified material."

Upper Snake River Basin: Wyoming, Idaho, Utah, Nevada, Oregon. Public hearings. Boise, Idaho, U. S. Dept. of the Interior, Bureau of Reclamation, Region 1.

Hearings held at Idaho Falls, Idaho, Dec. 7, 1960; Twin Falls, Idaho, Dec. 8, 1960; Caldwell, Idaho, Dec. 9, 1960.

Upper Snake River Basin: Wyoming, Idaho, Utah, Nevada, Oregon. Boise, Idaho, U.S. Dept. of the Interior, Bureau of Reclamation, Region 1.

Mode of access: Internet.