Toward interoperable bioscience data.

To make full use of research data, the bioscience community needs to adopt technologies and reward mechanisms that support interoperability and promote the growth of an open 'data commoning' culture. Here we describe the prerequisites for data commoning and present an established and growing ecosystem of solutions using the shared 'Investigation-Study-Assay' framework to support that vision.

RDF i Web Semàntica

En aquest treball s'explica el concepte de Web Semàntica, junt amb la seva estructura i els diferents termes relacionats amb aquesta idea. A més, es fa especial atenció al paper dels sistemes gestors de bases de dades en aquest camp, tenint en compte sobretot el nivell de compatibilitat que ofereixen aquests per a tracta dades en notació RDF, basada en el llenguatge XML.

What should a virtual University Library environment look like?

Over the past year, the Open University of Catalonia library has been designing its new website with this question in mind. Our main concern has been how to integrate the library in the student day to day study routine to not to be only a satellite tool. We present the design of the website that, in a virtual library like ours, it is not only a website but the whole library itself. The central point of the web is my library, a space that associates the library resources with the student's curriculum and their course subjects. There the students can save the resources as favourites, comment or share them. They have also access to all the services the library offers them. The resources are imported from multiple tools such as Millennium, SFX, Metalib and Dspace to the Drupal CMS. Then the resources' metadata can be enriched with other contextual information from other sources, for example the course subjects. And finally they can be exported in standard, open data formats making them available for linked data applications.

NRS State Data Quality Standards Checklist, 2002

The NRS state data quality standards identify the policies, processes and materials that states and local programs should have in place to collect valid and reliable data for the National Reporting System (NRS). The Division of Adult Education (DAEL) within the Office of Vocational and Adult Education developed the standards to define the characteristics of high quality state and local data collection systems for the NRS. The standards provide an organized way for DAEL to understand the quality of NRS data collection within the states and also provide guidance to states on how to improve their systems. States are to complete this checklist, which incorporates the standards, with their annual NRS data submission to rate their level of implementation of the standards. The accompanying policy document describes DAEL’s requirements for state conformance to the standards and explains the use of the information from this checklist.

Iowa STORET Data Retrieval, 2002

Part of Iowa's Water Ambient monitoring Program, produced by the Iowa Department of Natural Resources.

The State Data Center of Iowa and the Iowa Commission on the Status of African-Americans in Iowa: 2008

To recall and celebrate the positive contributions to our nation made by people of African descent, American historian Carter G. Woodson established Black History Week beginning on Feb. 12, 1926. In 1976, as part of the nation’s bicentennial, the week was expanded into Black History Month. This report gives data information about African-Americans in Iowa.

Welcome to Data Download, Iowa Department of Corrections, March 2008

Data Download is a new DOC newsletter that each month will show how we are using data to help measure what we are doing, and to better inform decisions that we make.

Improved Employment Data for Transportation Planning, 1998

Transportation planners typically use census data or small sample surveys to help estimate work trips in metropolitan areas. Census data are cheap to use but are only collected every 10 years and may not provide the answers that a planner is seeking. On the other hand, small sample survey data are fresh but can be very expensive to collect. This project involved using database and geographic information systems (GIS) technology to relate several administrative data sources that are not usually employed by transportation planners. These data sources included data collected by state agencies for unemployment insurance purposes and for drivers licensing. Together, these data sources could allow better estimates of the following information for a metropolitan area or planning region: · Locations of employers (work sites); · Locations of employees; · Travel flows between employees’ homes and their work locations. The required new employment database was created for a large, multi-county region in central Iowa. When evaluated against the estimates of a metropolitan planning organization, the new database did allow for a one to four percent improvement in estimates over the traditional approach. While this does not sound highly significant, the approach using improved employment data to synthesize home-based work (HBW) trip tables was particularly beneficial in improving estimated traffic on high-capacity routes. These are precisely the routes that transportation planners are most interested in modeling accurately. Therefore, the concept of using improved employment data for transportation planning was considered valuable and worthy of follow-up research.

Svenska.yle.fi ja avoin data

Esitys Kirjastoverkkopäivillä 25.10.2012 Helsingissä

Open knowledge in science and elsewhere

Presentation at the Nordic Perspectives on Open Access and Open Science seminar, Helsinki, October 15, 2013

Eine SPARQL-Schnittstelle für OData-Services

Enterprise-Resource-Planning-Systeme (ERP-Systeme) bilden für die meisten mittleren und großen Unternehmen einen essentiellen Bestandteil ihrer IT-Landschaft zur Verwaltung von Geschäftsdaten und Geschäftsprozessen. Geschäftsdaten werden in ERP-Systemen in Form von Geschäftsobjekten abgebildet. Ein Geschäftsobjekt kann mehrere Attribute enthalten und über Assoziationen zu anderen Geschäftsobjekten einen Geschäftsobjektgraphen aufspannen. Existierende Schnittstellen ermöglichen die Abfrage von Geschäftsobjekten, insbesondere mit Hinblick auf deren Attribute. Die Abfrage mit Bezug auf ihre Position innerhalb des Geschäftsobjektgraphen ist jedoch über diese Schnittstellen häufig nur sehr schwierig zu realisieren. Zur Vereinfachung solcher Anfragen können semantische Technologien, wie RDF und die graphbasierte Abfragesprache SPARQL, verwendet werden. SPARQL ermöglicht eine wesentlich kompaktere und intuitivere Formulierung von Anfragen gegen Geschäftsobjektgraphen, als es mittels der existierenden Schnittstellen möglich ist. Die Motivation für diese Arbeit ist die Vereinfachung bestimmter Anfragen gegen das im Rahmen dieser Arbeit betrachtete SAP ERP-System unter Verwendung von SPARQL. Zur Speicherung von Geschäftsobjekten kommen in ERP-Systemen typischerweise relationale Datenbanken zum Einsatz. Die Bereitstellung von SPARQL-Endpunkten auf Basis von relationalen Datenbanken ist ein seit längerem untersuchtes Gebiet. Es existieren verschiedene Ansätze und Tools, welche die Anfrage mittels SPARQL erlauben. Aufgrund der Komplexität, der Größe und der Änderungshäufigkeit des ERP-Datenbankschemas können solche Ansätze, die direkt auf dem Datenbankschema aufsetzen, nicht verwendet werden. Ein praktikablerer Ansatz besteht darin, den SPARQL-Endpunkt auf Basis existierender Schnittstellen zu realisieren. Diese sind weniger komplex als das Datenbankschema, da sie die direkte Abfrage von Geschäftsobjekten ermöglichen. Dadurch wird die Definition des Mappings erheblich vereinfacht. Das ERP-System bietet mehrere Schnittstellen an, die sich hinsichtlich des Aufbaus, der Zielsetzung und der verwendeten Technologie unterscheiden. Unter anderem wird eine auf OData basierende Schnittstelle zur Verfügung gestellt. OData ist ein REST-basiertes Protokoll zur Abfrage und Manipulation von Daten. Von den bereitgestellten Schnittstellen weist das OData-Interface gegenüber den anderen Schnittstellen verschiedene Vorteile bei Realisierung eines SPARQL-Endpunktes auf. Es definiert eine Abfragesprache und einen Link-Adressierungsmechanismus, mit dem die zur Beantwortung einer Anfrage benötigten Service-Aufrufe und die zu übertragende Datenmenge erheblich reduziert werden können. Das Ziel dieser Arbeit besteht in der Entwicklung eines Verfahrens zur Realisierung eines SPARQL-Endpunktes auf Basis von OData-Services. Dazu wird zunächst eine Architektur vorgestellt, die als Grundlage für die Implementierung eines entsprechenden Systems dienen kann. Ausgehend von dieser Architektur, werden die durch den aktuellen Forschungsstand noch nicht abgedeckten Bereiche ermittelt. Nach bestem Wissen ist diese Arbeit die erste, welche die Abfrage von OData-Schnittstellen mittels SPARQL untersucht. Dabei wird als Teil dieser Arbeit ein neuartiges Konzept zur semantischen Beschreibung von OData-Services vorgestellt. Dieses ermöglicht die Definition von Abbildungen der von den Services bereitgestellten Daten auf RDF-Graphen. Aufbauend auf den Konzepten zur semantischen Beschreibung wird eine Evaluierungssemantik erarbeitet, welche die Auflösung von Ausdrücken der SPARQL-Algebra gegen semantisch annotierte OData-Services definiert. Dabei werden die Daten aller OData-Services ermittelt, die zur vollständigen Abarbeitung einer Anfrage benötigt werden. Zur Abfrage der relevanten Daten wurden Konzepte zur Erzeugung der entsprechenden OData-URIs entwickelt. Das vorgestellte Verfahren wurde prototypisch implementiert und anhand zweier Anwendungsfälle für die im betrachteten Szenario maßgeblichen Servicemengen evaluiert. Mit den vorgestellten Konzepten besteht nicht nur die Möglichkeit, einen SPARQL-Endpunkt für ein ERP-System zu realisieren, vielmehr kann jede Datenquelle, die eine OData-Schnittstelle anbietet, mittels SPARQL angefragt werden. Dadurch werden große Datenmengen, die bisher für die Verarbeitung mittels semantischer Technologien nicht zugänglich waren, für die Integration mit dem Semantic Web verfügbar gemacht. Insbesondere können auch Datenquellen, deren Integration miteinander bisher nicht oder nur schwierig möglich war, über Systeme zur föderierten Abfrage miteinander integriert werden.

Compositional data analysis: where we are and where should we be heading?

We take stock of the present position of compositional data analysis, of what has been achieved in the last 20 years, and then make suggestions as to what may be sensible avenues of future research. We take an uncompromisingly applied mathematical view, that the challenge of solving practical problems should motivate our theoretical research; and that any new theory should be thoroughly investigated to see if it may provide answers to previously abandoned practical considerations. Indeed a main theme of this lecture will be to demonstrate this applied mathematical approach by a number of challenging examples

Compositional Data in Biomedical Research

Modern methods of compositional data analysis are not well known in biomedical research. Moreover, there appear to be few mathematical and statistical researchers working on compositional biomedical problems. Like the earth and environmental sciences, biomedicine has many problems in which the relevant scienti c information is encoded in the relative abundance of key species or categories. I introduce three problems in cancer research in which analysis of compositions plays an important role. The problems involve 1) the classi cation of serum proteomic pro les for early detection of lung cancer, 2) inference of the relative amounts of di erent tissue types in a diagnostic tumor biopsy, and 3) the subcellular localization of the BRCA1 protein, and it's role in breast cancer patient prognosis. For each of these problems I outline a partial solution. However, none of these problems is \solved". I attempt to identify areas in which additional statistical development is needed with the hope of encouraging more compositional data analysts to become involved in biomedical research

Info2009 Group Coursework - Team EJZ

Info2009 Coursework by Team EJZ

INFO2009 Group 6 - Data Security & the Data Protection Act

Content related to the second INFO2009 assignment for Group 6's radio interview on data security and the DPA