Nested-PCR using MPB64 fragment improves the diagnosis of pleural and meningeal tuberculosis

Fluids in which Mycobacterium tuberculosis are seldom found, such as pleural and cerebrospinal liquids, are good candidates to be studied using PCR techniques. We detail our experience with a PCR assay applied to pleural and cerebrospinal fluids using the primer MPB64. Seventy three specimens were analyzed: 30 pleural fluids (PF), 26 pleural biopsies (PB) and 17 cerebrospinal fluids (CSF). The gold standard for the diagnosis of tuberculous meningitis was the positive culture for M. tuberculosis in CSF. Tuberculous pleural effusion was diagnosed when cultures of PF and/or PB were positive for M. tuberculosis, or the PB histology showed granulomas. Our results, compared to the gold standards employed, showed a sensitivity of 70%, specificity of 88%, positive predictive value of 82% and negative predictive value of 80%. The high specificity of the MPB64 fragment while still retaining a good sensitivity makes it very well suited for pleural and cerebrospinal tuberculosis diagnosis.

Monitoramento de pacientes com AIDS para o desenvolvimento de doença por citomegalovirus (CMV) usando-se PCR multiplex

O citomegalovirus é um patógeno importante em indivíduos infectados pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV). A carga viral do CMV parece ser preditora da sintomatologia das infecções citomegálicas em pacientes com a síndrome da imunodeficiência adquirida (AIDS). Um protocolo de PCR multiplex que fornece informações de quantificação de DNA amplificando somente um ou dois genes alvo do CMV foi utilizado neste trabalho. Amostras mensais de sangue foram coletadas de 270 pacientes com AIDS. Vinte pacientes tiveram positividade para dois alvos por 3 ou mais consecutivas e apresentaram doença por CMV no decorrer do estudo. Os pacientes que não apresentaram positividade ou alternância de amostras positivas somente para um gene viral não desenvolveram doença ligada ao CMV. Os resultados sugerem que a PCR multiplex é um protocolo útil para a identificação dos pacientes com alta carga viral e maior risco de desenvolvimento de doença por CMV.

Prenatal toxoplasmosis diagnosis from amniotic fluid by PCR

Toxoplasmosis is one of the most common infections all over the world. Most cases are asymptomatic, except in immunosuppressed individuals and fetuses, which can be seriously damaged. Prenatal diagnosis should be made as soon as possible since treatment of the mother can minimize fetal sequelae. Our aim in this study was to test the polymerase chain reaction technique (PCR) in 86 samples of amniotic fluid from women who seroconverted during pregnancy. DNA was amplified using external primers and, in a second step, internal primers, in a nested PCR system. Samples were also inoculated into mice and the newborn were evaluated by T. gondii serology, skull x-ray, transfontanel ultrasound, fundoscopic examination, lumbar puncture and clinical examination. PCR was positive in seven cases and negative in 79. Among PCR-positive cases, two were negative by inoculation into mice and by clinical evaluation; among PCR-negative ones, three had clinical evidence of toxoplasmosis and one was positive after inoculation into mice. PCR showed values of sensitivity = 62.5% and specificity = 97.4%; the values of inoculation into mice where 42.9% and 100%, respectively. Although PCR should not be used alone for prenatal diagnosis of congenital toxoplasmosis, it is a promising method and deserves more studies to improve its efficacy.

Jornada Científica da Embrapa Agrossilvipastoril (4. : 2015 : Sinop, MT).

A IV Jornada Científica da Embrapa Agrossilvipastoril (Jcea) teve como objetivo promover o intercâmbio de conhecimento entre pesquisadores, estudantes e estagiários, colocando em discussão temas relevantes para pesquisa e inovação. Objetivou também valorizar alunos de graduação e pós-graduação, estimulando sua adesão e consolidando sua participação no meio científico e, por fim, divulgar os resultados obtidos. A IV Jcea aconteceu no período de 18 a 20 de agosto de 2015. Foram realizadas duas palestras e seções de apresentação de trabalho em formato de pôster e oral. A programação completa segue abaixo. Como em edições anteriores, foram mantidas atividades de interesse dos participantes, como a publicação e a apresentação de trabalhos técnico-científicos. Nesta edição, foram submetidos ao todo 36 resumos, destes, foram selecionados 18 para apresentação oral. O comitê selecionou os três melhores trabalhos e estes foram premiados com uma menção honrosa. Também foram aceitos para publicação uma revisão de literatura e um relato de caso. O Núcleo de Apoio a Projetos, o Comitê de Iniciação Científica e o Núcleo de Comunicação Organizacional foram responsáveis pela organização do evento.

Semana Acadêmica - Sinop/2014, 1., 2014, Sinop, MT.

"Visando desenvolver um espaço que possibilite a discussão e a troca de conhecimentos fundamentais na formação dos profissionais comprometidos com os problemas contemporâneos, a Universidade Federal de Mato Grosso, Campus Sinop e a Embrapa Agrossilvipastoril promovem a SEMANA ACADÊMICA ? Sinop/2014, de 13 a 16 de outubro de 2014. A Semana Acadêmica vai agregar quatro eventos paralelos "Seminário Integrador PIBID e Tutoria"; "Mostra de Ensino e Extensão"; "XXII Seminário de Iniciação Científica" e "III Jornada Científica da Embrapa Agrossilvipastoril" Em ação conjunta da UFMT, através de suas Pró-Reitorias, a saber, Pró-Reitoria de Ensino de Graduação, Pró-Reitoria de Pesquisa, Pró-Reitoria de Cultura, Extensão e Vivência, Pró-Reitoria do Campus Universitário de Sinop e da Embrapa, através de várias Unidades que desenvolvem trabalhos em Mato Grosso, a Semana Acadêmica da Universidade Federal de Mato Grosso, campus Sinop ? 2014, objetiva elevar a valorização dos acadêmicos, incentivar a divulgação de trabalhos de pesquisa, ensino e extensão, estimular as atividades de investigação, promovendo debates interdisciplinares para o desenvolvimento institucional, profissional e pessoal. A comissão organizadora espera que aproximadamente 600 trabalhos sejam apresentados, com destaque às sessões científicas, como parte do Programa Institucional de Iniciação Científica, Extensão como parte do Programa de Extensão da UFMT e de Monitoria e Tutoria como parte dos Programas de Ensino de Graduação. O evento será composto por palestras e apresentação de trabalhos de Iniciação Científica, Extensão e Graduação desenvolvidas na UFMT, Campus Sinop e pela Embrapa, consolidando assim, um espaço para divulgação e troca de experiências no Ensino, Pesquisa e Extensão.

Anticorpos contra o vírus rábico em seres humanos com atividades no Hospital Veterinário da Universidade Federal de Mato Grosso. Cuiabá, MT, Brasil

Uma caracterização do perfil sorológico de 102 indivíduos com constantes atividades no Hospital Veterinário da Universidade Federal de Mato Grosso foi realizada por meio de fichas epidemiológicas e provas sorológicas para titulação de anticorpos contra o vírus da raiva, no período de novembro de 1999 a novembro de 2000. Dessas pessoas, 27 tinham sido vacinadas em esquema de pré-exposição e 75 não tinham recebido nenhum esquema de vacinação anti-rábica. Os resultados deste estudo puderam classificar os indivíduos em diferentes grupos (G1, G2, G3 e G4). As 19 (18,6%) pessoas do grupo G1, previamente vacinadas contra raiva, apresentaram titulação abaixo de 0,5 UI/mL; no grupo G2, as 8 (7,8%) pessoas, também previamente vacinadas, apresentaram títulos superiores a 0,5UI/mL; no grupo G3, as 67 (65,6%) pessoas, não vacinadas contra o vírus rábico, apresentaram titulação abaixo de 0,5UI/mL; e finalmente no grupo G4, as 8 (7,8%) pessoas, que nunca receberam esquema vacinal, apresentaram títulos acima de 0,5UI/mL. Os resultados obtidos demonstraram que existe necessidade de avaliação epidemiológica e acompanhamento sorológico. de pessoas submetidas a vacinação anti-rábica pré-exposição em hospitais veterinários.

Inquérito epidemiológico sobre características da população canina e felina de um bairro próximo à zona rural em Cuiabá-MT, visando o controle da raiva animal

Foram avaliados os questionários respondidos por 476 alunos, com idade entre 15 e 20 anos, de uma escola do bairro Pedra 90 em Cuiabá-MT, objetivando conhecer as características da população canina e felina daquele local. Dos 476 domicílios, em 371 (78%), foram registrados 513 cães e 307 gatos. Dos 513 cães, 289 (56,3%) eram machos e 224 (43,7%) fêmeas. Dos 307 gatos, 182 (59,3%) eram machos e 125 (40,7%) fêmeas. Os proprietários de 474 (92,4%) cães e 267 (86,9%) gatos afirmaram ter vacinado seus animais contra raiva.

Recommendations for the detection of Leptospira in urine by PCR

In the present study PCR was applied to detect leptospires in human urine. Several approaches for sample processing were evaluated to optimize the detection of leptospires in urine mixed with this bacterium. Furthermore, some changes in the composition of the reaction mix were studied. No amplification was observed in acidic urine, therefore neutralization of the sample immediately after collection is strongly recommended. PBS gave better results than Tris or NaOH as neutralizing reagents. Freezing and thawing of samples before processing yielded negative results. Elimination of epithelial cells, leukocytes and crystals by centrifugation at 3,000 rpm at room temperature increased sensitivity. In addition, both the washing step after collecting leptospires by centrifugation and the inclusion of 0.1% bovine serum albumin in the reaction mix minimized the interference of other inhibitory compounds. These modifications were useful to improve the detection of Leptospira in urine by PCR.

Differentiation of Candida species obtained from nosocomial candidemia using RAPD-PCR technique

Thirteen strains of the genus Candida were isolated from catheter, urine and surgical wounds from individual patients of the Santa Casa de Misericórdia, Belo Horizonte, MG, Brazil. Ten strains were characterized as Candida albicans, two as Candida glabrata, and one as Candida parapsilosis. Isolates were evaluated for molecular relatedness by random amplified polymorphic DNA technique using 15 primers. The analysis of the genomic DNA obtained revealed a low intraspecific polymorphism and did not allow for the differentiation between strains of the same species obtained from distinct clinical sources (catheter, urine and surgical wounds). The RAPD profiles generated were able to differentiate among the species of Candida albicans, Candida parapsilosis and Candida glabrata strains isolated in this study.

Assessment of chemiluminescence and PCR effectiveness in relation to conventional serological tests for the diagnosis of Chagas' disease

While testing 414 sera for the diagnosis of Chagas' disease, the conventional reactions of indirect hemagglutination, indirect immunofluorescence and the immunosorbent assay showed a sensitivity of 95.7%, 100% and 98.2% and a specificity of 98%, 98% and 96.4%, respectively, and an excellent association using Fisher's exact test. Chemiluminescence presented 100% sensitivity and 89.6% specificity, while PCR showed 100% specificity and 1.2% sensitivity. It is believed that the three conventional serological reactions are still adequate for diagnosing Chagas' disease.

Carga proviral do HTLV-1 e HTLV-2: um método simples através da PCR quantitativa em tempo real

Os vírus linfotrópicos de células T humanas, quando integrados ao genoma da célula hospedeira, provírus, têm como marcador de replicação seu DNA proviral. A carga proviral parece ser um importante fator no desenvolvimento de patologias associadas a estes retrovírus. Neste estudo foi desenvolvida uma metodologia para quantificação absoluta da carga proviral dos HTLV-1 e HTLV-2 através da PCR em tempo real. Cinqüenta e três amostras de doadores de sangue com teste de ELISA reagente foram submetidas à metodologia, que utilizou o sistema TaqMan® para três seqüências alvo: HTLV-1, HTLV-2 e albumina. A quantificação proviral absoluta foi determinada através da proporção relativa entre o genoma do HTLV e o genoma da célula hospedeira, levando em consideração o número de leucócitos. O método apresentado é sensível (215 cópias/mL), prático e simples para quantificação proviral, além de eficiente e adequado para confirmação e discriminação da infecção pelos tipos virais.

Nested-PCR do gene que codifica o antígeno b aplicada ao diagnóstico da tuberculose pulmonar

A reação em cadeia da polimerase usada para amplificação de uma seqüência interna de um fragmento previamente amplificado (nested-PCR) foi investigada como uma alternativa complementar a pesquisa de bacilos álcool ácido resistentes e a cultura do Mycobacterium tuberculosis em meio de Lowenstein-Jensen. Foram investigadas 144 amostras de escarro de pacientes suspeitos de tuberculose encaminhados ao Laboratório de Tuberculose do Instituto Evandro Chagas em Belém, no período de junho de 2002 a dezembro de 2003. Das 144 amostras, 121 foram caracterizadas como tuberculose, 119 foram positivas na cultura, 95 na baciloscopia e 128 na nested-PCR. A sensibilidade da nested-PCR foi 96% (116/121), enquanto a especificidade foi 48% (11/23). A nested-PCR poderá ser uma ferramenta complementar para o diagnóstico da tuberculose, pois apresenta sensibilidade equivalente à cultura, no entanto, necessita de maiores avaliações visando minimizar o número de resultados falso-positivos.

Detection of human herpesvirus-7 by qualitative nested-PCR: comparison between healthy individuals and liver transplant recipients

Diagnosis of human herpesvirus-7 active infection in transplant patients has proved difficult, because this virus is ubiquitous and can cause persistent infections in the host. The significance of viral DNA detected in leukocytes by PCR is unclear and cross-reaction in serological tests may occur. This study aimed to evaluate nested-PCR to detect human herpesvirus-7 active infection in liver transplant recipients compared to healthy individuals. human herpesvirus-7 nested-PCR was performed on leukocytes and sera of 53 healthy volunteers and sera of 29 liver transplant recipients. In healthy volunteers, human herpesvirus-7 was detected in 28.3% of leukocytes and 0% of serum. human herpesvirus-7 was detected in sera of 48.2% of the liver transplant recipients. Nested-PCR on DNA extracted from leukocytes detected latent infection and the study suggests that nested-PCR performed on serum could be useful to detect human herpesvirus-7 active infection in liver transplant recipients.