Comparative transcriptomics of early dipteran development

BACKGROUND: Modern sequencing technologies have massively increased the amount of data available for comparative genomics. Whole-transcriptome shotgun sequencing (RNA-seq) provides a powerful basis for comparative studies. In particular, this approach holds great promise for emerging model species in fields such as evolutionary developmental biology (evo-devo). RESULTS: We have sequenced early embryonic transcriptomes of two non-drosophilid dipteran species: the moth midge Clogmia albipunctata, and the scuttle fly Megaselia abdita. Our analysis includes a third, published, transcriptome for the hoverfly Episyrphus balteatus. These emerging models for comparative developmental studies close an important phylogenetic gap between Drosophila melanogaster and other insect model systems. In this paper, we provide a comparative analysis of early embryonic transcriptomes across species, and use our data for a phylogenomic re-evaluation of dipteran phylogenetic relationships. CONCLUSIONS: We show how comparative transcriptomics can be used to create useful resources for evo-devo, and to investigate phylogenetic relationships. Our results demonstrate that de novo assembly of short (Illumina) reads yields high-quality, high-coverage transcriptomic data sets. We use these data to investigate deep dipteran phylogenetic relationships. Our results, based on a concatenation of 160 orthologous genes, provide support for the traditional view of Clogmia being the sister group of Brachycera (Megaselia, Episyrphus, Drosophila), rather than that of Culicomorpha (which includes mosquitoes and blackflies).

TLR5 signaling stimulates the innate production of IL-17 and IL-22 by CD3(neg)CD127+ immune cells in spleen and mucosa.

In adaptive immunity, Th17 lymphocytes produce the IL-17 and IL-22 cytokines that stimulate mucosal antimicrobial defenses and tissue repair. In this study, we observed that the TLR5 agonist flagellin induced swift and transient transcription of genes encoding IL-17 and IL-22 in lymphoid, gut, and lung tissues. This innate response also temporarily enhanced the expression of genes associated with the antimicrobial Th17 signature. The source of the Th17-related cytokines was identified as novel populations of CD3(neg)CD127(+) immune cells among which CD4-expressing cells resembling lymphoid tissue inducer cells. We also demonstrated that dendritic cells are essential for expression of Th17-related cytokines and so for stimulation of innate cells. These data define that TLR-induced activation of CD3(neg)CD127(+) cells and production of Th17-related cytokines may be crucial for the early defenses against pathogen invasion of host tissues.

Zn and K influence in fruit sizes of Valencia orange

In orange commercial farms, Zn deficiencies symptoms and small fruits were observed in Corrientes, Argentine. During four years (1995 to 1998), Valencia orange (Citrus sinensis Osb.) on Rough lemon (C. jambhiri Lush.) rootstock, implanted in 1974 in sandy soil, where six treatments were tested. Treatments varied from 1 to 3 Kg KCl.tree-1.year-1 (applied in April and December) with and without Zineb 80, 0,35%. year-1, 20 L. tree-1 (13,3 g Zn.tree-1 applied in December). The experimental design was a randomized complete block with four replications, with a single tree and borders in the experimental plot. Foliar sample were taken every year in Autumn and Summer, foliar concentrations of Zn and K were determined by atomic spectrum absorption. Harvested fruits were classified into small, medium and big. Analysis of Variance, Tukey test and Pearson correlations between production and foliar concentrations were performed. Higher fertilization levels of K with Zn increased medium and big fruits production (Kg and percentage). Foliar concentrations of K and Zn were positively correlated with big and medium fruit production and negatively correlated with small one. Chemical names used: Ethilenbis-ditiocarbamate of Zn (Zineb).

Modelització i simulació de processos dinàmics en xarxes complexes adaptatives

El 1736, Leonhard Euler va ser pioner en l'estudi de la teoria de grafs, i des de llavorsmúltiples autors com Kirchoff, Seymour, etc. continuaren amb l'estudi de la teoria i topologiade grafs. La teoria de xarxes, part de la teoria de grafs, també ha estat estudiada abastament.D'altra banda, la dinàmica de xarxes fou popularitzada per Dan Gillespie el 1977, en el qual proposà un algorisme que permet la simulació discreta i estocàstica d'un sistema de partícules, el qual és la base del treball ja que serveix per dur a terme les simulacions de processos sobre les xarxes complexes. El camp de l'anàlisi de la dinàmica de xarxes, de fet, és un campemergent en l'actualitat; comprèn tant l'anàlisi estadística com la utilització de simulacions persolucionar problemes de la mateixa dinàmica.Les xarxes complexes (xarxes de característiques complexes, sovint xarxes reals) també sónobjecte d'estudi de l'actualitat, sobretot a causa de l'aparició de les xarxes socials. S'han convertiten un paradigma per l'estudi de processos dinàmics en sistemes formats per molts componentsque interactuen entre si de manera molt homogèniaL'objectiu del treball és triple:1. Estudiar i entendre els conceptes bàsics i la topologia de les xarxes complexes, així comdiferents tipus de dinàmiques de processos sobre elles.2. Programar un simulador estocàstic en llenguatge C++ capaç de generar trajectòries mitjantçant l'algorisme de Gillespie tant pel model epidèmic com pel model de dinàmicad'enllaços amb reconnexió.3. Utilitzar el simulador tant per estudiar casos que ja han estat tractats en la literatura comcasos nous que no han estat tractats i que poden ser assimilables a xarxes reals com, perexemple, xarxes socials

Nuevas aportaciones sobre el fragmento ceramico con cervidos incisos de la Cova de l"Or (Beniarres, Alacant).

La coloración rojiza de la superficie externa del fragmento cerámico con decoración de cervidos incisos de la Cova de l"Or se ha interpretado tradicionalmente como evidencia de la aplicación de la técnica de la almagra. Sin embargo, el análisis elemental del fragmento y la comparación de los resultados con los obtenidos a partir de otro fragmento con decoración a la almagra del mismo yacimiento, permite cuestionar la utilización de dicha técnica en el primero de ellos. Así mismo, la búsqueda de paralelos para los motivos esquemáticos incisos del vaso, tanto entre las decoraciones cerámicas como en arte parietal, nos lleva a sugerir que más que ciervos pudiera tratarse de representaciones de ciervas.

Single cell tuning of Myc expression by antigen receptor signal strength and interleukin-2 in T lymphocytes.

Myc controls the metabolic reprogramming that supports effector T cell differentiation. The expression of Myc is regulated by the T cell antigen receptor (TCR) and pro-inflammatory cytokines such as interleukin-2 (IL-2). We now show that the TCR is a digital switch for Myc mRNA and protein expression that allows the strength of the antigen stimulus to determine the frequency of T cells that express Myc. IL-2 signalling strength also directs Myc expression but in an analogue process that fine-tunes Myc quantity in individual cells via post-transcriptional control of Myc protein. Fine-tuning Myc matters and is possible as Myc protein has a very short half-life in T cells due to its constant phosphorylation by glycogen synthase kinase 3 (GSK3) and subsequent proteasomal degradation. We show that Myc only accumulates in T cells exhibiting high levels of amino acid uptake allowing T cells to match Myc expression to biosynthetic demands. The combination of digital and analogue processes allows tight control of Myc expression at the population and single cell level during immune responses.

Verifique sus conocimientos sobre medicina nuclear (2): tomografía por emisión de positrones (PET) y PET con tomografía computerizada (PET-TC)

La presente entrega de la serie de Nursing sobre las pruebas complementarias está dedicada a la tomografía por emisión de positrones o PET, acrónimo de positron emission tomography. La PET es una técnica de diagnóstico por la imagen de medicina nuclear en la cual se administra al paciente un radiofármaco emisor de positrones. Este radiofármaco se incorpora a los tejidos adecuados siguiendo una vía metabólica determinada. La radiactividad emitida por esos tejidos del paciente es detectable por los equipos PET y se obtienen imágenes que proporcionan una información funcional in vivo. El radiofármaco PET más habitual es un análogo de la glucosa que se llama F-18-fluordesoxiglucosa, conocido como FDG, el cual permite estudiar la actividad metabólica. La incorporación de la tomografía computarizada (TC) en el mismo equipo híbrido PET-TC permite obtener además la información anatómica del paciente. En el presente artículo se describen los fundamentos físicos y fisiológicos básicos de las exploraciones PET-TC con FDG en oncología, así como los procedimientos de enfermería necesarios para el cuidado del paciente y la correcta obtención de las imágenes.

Verifique sus conocimientos sobre medicina nuclear (2): tomografía por emisión de positrones (PET) y PET con tomografía computerizada (PET-TC)

La presente entrega de la serie de Nursing sobre las pruebas complementarias está dedicada a la tomografía por emisión de positrones o PET, acrónimo de positron emission tomography. La PET es una técnica de diagnóstico por la imagen de medicina nuclear en la cual se administra al paciente un radiofármaco emisor de positrones. Este radiofármaco se incorpora a los tejidos adecuados siguiendo una vía metabólica determinada. La radiactividad emitida por esos tejidos del paciente es detectable por los equipos PET y se obtienen imágenes que proporcionan una información funcional in vivo. El radiofármaco PET más habitual es un análogo de la glucosa que se llama F-18-fluordesoxiglucosa, conocido como FDG, el cual permite estudiar la actividad metabólica. La incorporación de la tomografía computarizada (TC) en el mismo equipo híbrido PET-TC permite obtener además la información anatómica del paciente. En el presente artículo se describen los fundamentos físicos y fisiológicos básicos de las exploraciones PET-TC con FDG en oncología, así como los procedimientos de enfermería necesarios para el cuidado del paciente y la correcta obtención de las imágenes.

Multilevel control of arabidopsis 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase by protein phosphatase 2A

Plants synthesize a myriad of isoprenoid products that are required both for essential constitutive processes and for adaptive responses to the environment. The enzyme 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA reductase (HMGR) catalyzes a key regulatory step of the mevalonate pathway for isoprenoid biosynthesis and is modulated by many endogenous and external stimuli. In spite of that, no protein factor interacting with and regulating plant HMGR in vivo has been described so far. Here, we report the identification of two B99 regulatory subunits of protein phosphatase 2A (PP2A), designated B99a and B99b, that interact with HMGR1S and HMGR1L, the major isoforms of Arabidopsis thaliana HMGR. B99a and B99b are Ca2+ binding proteins of the EF-hand type. We show that HMGR transcript, protein, and activity levels are modulated by PP2A in Arabidopsis. When seedlings are transferred to salt-containing medium, B99a and PP2A mediate the decrease and subsequent increase of HMGR activity, which results from a steady rise of HMGR1-encoding transcript levels and an initial sharper reduction of HMGR protein level. In unchallenged plants, PP2A is a posttranslational negative regulator of HMGR activity with the participation of B99b. Our data indicate that PP2A exerts multilevel control on HMGR through the fivemember B99 protein family during normal development and in response to a variety of stress conditions.