Mimicking the behaviour of idiotypic AIS robot controllers using probabilistic systems

Previous work has shown that robot navigation systems that employ an architecture based upon the idiotypic network theory of the immune system have an advantage over control techniques that rely on reinforcement learning only. This is thought to be a result of intelligent behaviour selection on the part of the idiotypic robot. In this paper an attempt is made to imitate idiotypic dynamics by creating controllers that use reinforcement with a number of different probabilistic schemes to select robot behaviour. The aims are to show that the idiotypic system is not merely performing some kind of periodic random behaviour selection, and to try to gain further insight into the processes that govern the idiotypic mechanism. Trials are carried out using simulated Pioneer robots that undertake navigation exercises. Results show that a scheme that boosts the probability of selecting highly-ranked alternative behaviours to 50% during stall conditions comes closest to achieving the properties of the idiotypic system, but remains unable to match it in terms of all round performance.

ArrayMining: a modular web-application for microarray analysis combining ensemble and consensus methods with cross-study normalization

Background: Statistical analysis of DNA microarray data provides a valuable diagnostic tool for the investigation of genetic components of diseases. To take advantage of the multitude of available data sets and analysis methods, it is desirable to combine both different algorithms and data from different studies. Applying ensemble learning, consensus clustering and cross-study normalization methods for this purpose in an almost fully automated process and linking different analysis modules together under a single interface would simplify many microarray analysis tasks. Results: We present ArrayMining.net, a web-application for microarray analysis that provides easy access to a wide choice of feature selection, clustering, prediction, gene set analysis and cross-study normalization methods. In contrast to other microarray-related web-tools, multiple algorithms and data sets for an analysis task can be combined using ensemble feature selection, ensemble prediction, consensus clustering and cross-platform data integration. By interlinking different analysis tools in a modular fashion, new exploratory routes become available, e.g. ensemble sample classification using features obtained from a gene set analysis and data from multiple studies. The analysis is further simplified by automatic parameter selection mechanisms and linkage to web tools and databases for functional annotation and literature mining. Conclusion: ArrayMining.net is a free web-application for microarray analysis combining a broad choice of algorithms based on ensemble and consensus methods, using automatic parameter selection and integration with annotation databases.

Refugios de fuego de Austrocedrus chilensis y su función en la expansión del bosque sobre el matorral en el noroeste de la Patagonia

El fuego modula la dinámica de la vegetación, favoreciendo distintas estrategias de persistencia y recolonización. Especies de reproducción obligada por semilla dependen de características ambientales para persistir, como de refugios los cuales tienen atributos biofísicos que disminuyen la severidad del fuego, permitiendo su supervivencia y dispersión post-fuego. Mientras que hay especies que mediante órganos de reserva pueden persistir y rebrotar. El objetivo de esta tesis es desarrollar y validar un modelo conceptual de dinámica sucesional entre comunidades vegetales de distinta historia de vida en paisajes propensos al fuego. En el noroeste de Patagonia, matorrales rebrotantes y bosques de Austrocedrus chilensis (ciprés) responden diferencialmente al fuego generando un ciclo sucesional. Estudié características de remanentes de ciprés, su potencial de dispersión hacia la matriz y las interacciones entre rebrotantes y ciprés en el tiempo. Encontré que los remanentes de ciprés ocurren en refugios donde la alta relación roca/vegetación disminuiría la severidad del fuego. Los cipreses revelaron mayor crecimiento en refugios que en la matriz, aunque exhibieron severas reducciones durante años secos. Este compromiso entre supervivencia al fuego y vulnerabilidad a la sequía implicaría que la funcionalidad de los refugios podría reducirse ante incrementos en la severidad de estos eventos. La dispersión de semillas de ciprés desde refugios presentó un kernel de cola gorda, indicando posibilidad de dispersión a largas distancias y rápida expansión. Aunque el establecimiento de plántulas de ciprés incrementó ante la presencia de rebrotantes, el posterior crecimiento del ciprés estuvo suprimido por al menos 15 años hasta que superaron la competencia de las rebrotantes. Los refugios de fuego son clave para la persistencia y recolonización del ciprés, pero la competencia con las rebrotantes en la matriz estaría enlenteciendo el proceso sucesional, lo que podría aumentar la probabilidad de incendio y modificar el curso sucesional hacia un estadio dominado por rebrotantes.

Perfil epidemiológico y análisis de la formulación antibiótica en pacientes con infección urinaria nosocomial en la Fundación Cardioinfantil en el año 2014

Introducción: La IVU es muy frecuenten en la (FCI - IC), Alrededor el 60% de los pacientes con diagnóstico de IVU nosocomial corresponden a gérmenes resistente, Desde el año 2010 el CLSI disminuyó los puntos de corte de sensibilidad en las enterobacteriaceae y removió la necesidad de tamizaje y confirmación de (BLEE), en el presente trabajo se pretende determinar el perfil epidemiológico de la formulación antibiótica en pacientes con IVU nosocomial. Diseño: Se realizó un estudio observacional analítico de corte transversal. Métodos: Se realizó un análisis univariado, bivariado y multivariado. El análisis bivariado y multivariado se realizó para determinar la medida de asociación teniendo en cuenta la formulación de Carbapenemico la variable dependiente, evaluándose mediante chi cuadrado. Resultados: Se revisaron 131 urocultivos, se incluyeron 116. Los aislamientos microbiológicos más frecuentemente encontrados fueron E. Coli y K. Pneumoniae, el 43.4% de los aislamientos, presentaron expresión de BLEE, 90% de los aislamientos fueron sensibles a Cefepime. La mayoría de los modelos obtenidos mostraron una fuerte asociación entre el reporte de BLEE en antibiograma con la formulación de carbapenémicos como terapia final OR 33,12 IC 95% (2,90 – 337,4). Conclusión: La epidemiologia de la IVU nosocomial en la FCI-IC no difiere de las referencias internacionales, no hay adherencia a las guías de manejo intrahospitalario y el reporte de la palabra BLEE en el antibiograma predice la formulación de antibiótico carbapenémico por el médico que lee el urocultivo