A population-based study of first and second-line drug-resistant tuberculosis in a high-burden area of the Mexico/United States border

The resistance of 139 Mycobacterium tuberculosis (MTB) isolates from the city of Monterrey, Northeast Mexico, to first and second-line anti-TB drugs was analysed. A total of 73 isolates were susceptible and 66 were resistant to anti-TB drugs. Monoresistance to streptomycin, isoniazid (INH) and ethambutol was observed in 29 cases. Resistance to INH was found in 52 cases and in 29 cases INH resistance was combined with resistance to two or three drugs. A total of 24 isolates were multidrug-resistant (MDR) resistant to at least INH and rifampicin and 11 MDR cases were resistant to five drugs. The proportion of MDR-TB among new TB cases in our target population was 0.72% (1/139 cases). The proportion of MDR-TB among previously treated cases was 25.18% (35/139 cases). The 13 polyresistant and 24 MDR isolates were assayed against the following seven second-line drugs: amikacin (AMK), kanamycin (KAN), capreomycin (CAP), clofazimine (CLF), ethionamide (ETH), ofloxacin (OFL) and cycloserine (CLS). Resistance to CLF, OFL or CLS was not observed. Resistance was detected to ETH (10.80%) and to AMK (2.70%), KAN (2.70%) and CAP (2.70%). One isolate of MDR with primary resistance was also resistant to three second-line drugs. Monterrey has a high prevalence of MDR-TB among previously treated cases and extensively drug-resistant-MTB strains may soon appear.

In house reverse membrane hybridisation assay versus GenoType MTBDRplus and their performance to detect mutations in the genes rpoB, katG and inhA

Drug-resistant tuberculosis (TB) threatens global TB control and is a major public health concern in several countries. We therefore developed a multiplex assay (LINE-TB/MDR) that is able to identify the most frequent mutations related to rifampicin (RMP) and isoniazid (INH) resistance. The assay is based on multiplex polymerase chain reaction, membrane hybridisation and colorimetric detection targeting of rpoB and katG genes, as well as the inhA promoter, which are all known to carry specific mutations associated with multidrug-resistant TB (MDR-TB). The assay was validated on a reference panel of 108 M. tuberculosis isolates that were characterised by the proportion method and by DNA sequencing of the targets. When comparing the performance of LINE-TB/MDR with DNA sequencing, the sensitivity, specificity and agreement were 100%, 100% and 100%, respectively, for RMP and 77.6%, 90.6% and 88.9%, respectively, for INH. Using drug sensibility testing as a reference standard, the performance of LINE-TB/MDR regarding sensitivity, specificity and agreement was 100%, 100% and 100% (95%), respectively, for RMP and 77%, 100% and 88.7% (82.2-95.1), respectively, for INH. LINE-TB/MDR was compared with GenoType MTBDRplus for 65 isolates, resulting in an agreement of 93.6% (86.7-97.5) for RIF and 87.4% (84.3-96.2) for INH. LINE-TB/MDR warrants further clinical validation and may be an affordable alternative for MDR-TB diagnosis.

The draft genome sequence of multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa strain CCBH4851, a nosocomial isolate belonging to clone SP (ST277) that is prevalent in Brazil

The high occurrence of nosocomial multidrug-resistant (MDR) microorganisms is considered a global health problem. Here, we report the draft genome sequence of a MDR Pseudomonas aeruginosa strain isolated in Brazil that belongs to the endemic clone ST277. The genome encodes important resistance determinant genes and consists of 6.7 Mb with a G+C content of 66.86% and 6,347 predicted coding regions including 60 RNAs.

Biofilm production by multiresistant Corynebacterium striatumassociated with nosocomial outbreak

Corynebacterium striatum is a potentially pathogenic microorganism that causes nosocomial outbreaks. However, little is known about its virulence factors that may contribute to healthcare-associated infections (HAIs). We investigated the biofilm production on abiotic surfaces of multidrug-resistant (MDR) and multidrug-susceptible (MDS) strains of C. striatum of pulsed-field gel electrophoresis types I-MDR, II-MDR, III-MDS and IV-MDS isolated during a nosocomial outbreak in Rio de Janeiro, Brazil. The results showed that C. striatum was able to adhere to hydrophilic and hydrophobic abiotic surfaces. The C. striatum1987/I-MDR strain, predominantly isolated from patients undergoing endotracheal intubation procedures, showed the greatest ability to adhere to all surfaces. C. striatumbound fibrinogen to its surface, which contributed to biofilm formation. Scanning electron microscopy showed the production of mature biofilms on polyurethane catheters by all pulsotypes. In conclusion, biofilm production may contribute to the establishment of HAIs caused by C. striatum.

A molecular platform for the diagnosis of multidrug-resistant and pre-extensively drug-resistant tuberculosis based on single nucleotide polymorphism mutations present in Colombian isolates of Mycobacterium tuberculosis

Developing a fast, inexpensive, and specific test that reflects the mutations present in Mycobacterium tuberculosis isolates according to geographic region is the main challenge for drug-resistant tuberculosis (TB) control. The objective of this study was to develop a molecular platform to make a rapid diagnosis of multidrug-resistant (MDR) and extensively drug-resistant TB based on single nucleotide polymorphism (SNP) mutations present in therpoB, katG, inhA,ahpC, and gyrA genes from Colombian M. tuberculosis isolates. The amplification and sequencing of each target gene was performed. Capture oligonucleotides, which were tested before being used with isolates to assess the performance, were designed for wild type and mutated codons, and the platform was standardised based on the reverse hybridisation principle. This method was tested on DNA samples extracted from clinical isolates from 160 Colombian patients who were previously phenotypically and genotypically characterised as having susceptible or MDR M. tuberculosis. For our method, the kappa index of the sequencing results was 0,966, 0,825, 0,766, 0,740, and 0,625 forrpoB, katG, inhA,ahpC, and gyrA, respectively. Sensitivity and specificity were ranked between 90-100% compared with those of phenotypic drug susceptibility testing. Our assay helps to pave the way for implementation locally and for specifically adapted methods that can simultaneously detect drug resistance mutations to first and second-line drugs within a few hours.

Effects of the encapsulation of usnic acid into liposomes and interactions with antituberculous agents against multidrug-resistant tuberculosis clinical isolates

Mycobacterium tuberculosis (Mtb) has acquired resistance and consequently the antibiotic therapeutic options available against this microorganism are limited. In this scenario, the use of usnic acid (UA), a natural compound, encapsulated into liposomes is proposed as a new approach in multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB) therapy. Thus the aim of this study was to evaluate the effect of the encapsulation of UA into liposomes, as well as its combination with antituberculous agents such as rifampicin (RIF) and isoniazid (INH) against MDR-TB clinical isolates. The in vitro antimycobacterial activity of UA-loaded liposomes (UA-Lipo) against MDR-TB was assessed by the microdilution method. The in vitro interaction of UA with antituberculous agents was carried out using checkerboard method. Minimal inhibitory concentration values were 31.25 and 0.98 µg/mL for UA and UA-Lipo, respectively. The results exhibited a synergistic interaction between RIF and UA [fractional inhibitory concentration index (FICI) = 0.31] or UA-Lipo (FICI = 0.28). Regarding INH, the combination of UA or UA-Lipo revealed no marked effect (FICI = 1.30-2.50). The UA-Lipo may be used as a dosage form to improve the antimycobacterial activity of RIF, a first-line drug for the treatment of infections caused by Mtb.

Characteristics and determinants of outcome of hospital-acquired bloodstream infections in intensive care units: the EUROBACT International Cohort Study.

PURPOSE: The recent increase in drug-resistant micro-organisms complicates the management of hospital-acquired bloodstream infections (HA-BSIs). We investigated the epidemiology of HA-BSI and evaluated the impact of drug resistance on outcomes of critically ill patients, controlling for patient characteristics and infection management. METHODS: A prospective, multicentre non-representative cohort study was conducted in 162 intensive care units (ICUs) in 24 countries. RESULTS: We included 1,156 patients [mean ± standard deviation (SD) age, 59.5 ± 17.7 years; 65 % males; mean ± SD Simplified Acute Physiology Score (SAPS) II score, 50 ± 17] with HA-BSIs, of which 76 % were ICU-acquired. Median time to diagnosis was 14 [interquartile range (IQR), 7-26] days after hospital admission. Polymicrobial infections accounted for 12 % of cases. Among monomicrobial infections, 58.3 % were gram-negative, 32.8 % gram-positive, 7.8 % fungal and 1.2 % due to strict anaerobes. Overall, 629 (47.8 %) isolates were multidrug-resistant (MDR), including 270 (20.5 %) extensively resistant (XDR), and 5 (0.4 %) pan-drug-resistant (PDR). Micro-organism distribution and MDR occurrence varied significantly (p < 0.001) by country. The 28-day all-cause fatality rate was 36 %. In the multivariable model including micro-organism, patient and centre variables, independent predictors of 28-day mortality included MDR isolate [odds ratio (OR), 1.49; 95 % confidence interval (95 %CI), 1.07-2.06], uncontrolled infection source (OR, 5.86; 95 %CI, 2.5-13.9) and timing to adequate treatment (before day 6 since blood culture collection versus never, OR, 0.38; 95 %CI, 0.23-0.63; since day 6 versus never, OR, 0.20; 95 %CI, 0.08-0.47). CONCLUSIONS: MDR and XDR bacteria (especially gram-negative) are common in HA-BSIs in critically ill patients and are associated with increased 28-day mortality. Intensified efforts to prevent HA-BSIs and to optimize their management through adequate source control and antibiotic therapy are needed to improve outcomes.

Overcoming the heterologous bias: an in vivo functional analysis of multidrug efflux transporter, CgCdr1p in matched pair clinical isolates of Candida glabrata.

We have taken advantage of the natural milieu of matched pair of azole sensitive (AS) and azole resistant (AR) clinical isolates of Candida glabrata for expressing its major ABC multidrug transporter, CgCdr1p for structure and functional analysis. This was accomplished by tagging a green fluorescent protein (GFP) downstream of ORF of CgCDR1 and integrating the resultant fusion protein at its native chromosomal locus in AS and AR backgrounds. The characterization confirmed that in comparison to AS isolate, CgCdr1p-GFP was over-expressed in AR isolates due to its hyperactive native promoter and the GFP tag did not affect its functionality in either construct. We observed that in addition to Rhodamine 6 G (R6G) and Fluconazole (FLC), a recently identified fluorescent substrate of multidrug transporters Nile Red (NR) could also be expelled by CgCdr1p. Competition assays with these substrates revealed the presence of overlapping multiple drug binding sites in CgCdr1p. Point mutations employing site directed mutagenesis confirmed that the role played by unique amino acid residues critical to ATP catalysis and localization of ABC drug transporter proteins are well conserved in C. glabrata as in other yeasts. This study demonstrates a first in vivo novel system where over-expression of GFP tagged MDR transporter protein can be driven by its own hyperactive promoter of AR isolates. Taken together, this in vivo system can be exploited for the structure and functional analysis of CgCdr1p and similar proteins wherein the artefactual concerns encountered in using heterologous systems are totally excluded.

Colchões do tipo caixa de ovo: um reservatório de Staphylococcus aureus resistente à meticilina?

O estudo teve como objetivo avaliar as condições microbiológicas de colchões caixa de ovo em uso hospitalar com a finalidade de identificar a presença de Staphylococcus aureus e seu fenótipo de resistência à meticilina (MRSA). Coletaram-se as amostras microbiológicas nos colchões por meio de placas de contato PetrifilmTM em posições pré-estabelecidas. Totalizou-se 180 placas coletadas em 15 colchões, das quais 139 (72,2%) foram positivas para Staphylococcus aureus. Desse total, 77 (55,4%) e 62 (44,6%) corresponderam respectivamente à coleta antes e após a lavagem dos colchões. Evidenciou-se redução significante (p=0,023) das Unidades Formadoras de Colônias (UFC), entretanto com relação ao perfil de resistência foi identificado 8 (53,3%) colchões com MRSA. Diante dos resultados, pode-se inferir sobre o risco destes colchões atuarem como reservatórios secundários na cadeia de infecção, especialmente no que se refere à presença de MRSA.

O papel da fibronectina na segmentação da mesoderme no embrião de galinha

Durante o desenvolvimento embrionário dos Vertebrados a mesoderme presomítica (MPS) é progressivamente dividida em segmentos, denominados os sómitos. No embrião de galinha, os sómitos formam-se com uma periodicidade de 90 minutos e pensa-se que essa periodicidade seja regulada por genes de expressão cíclica envolvidos nas vias Notch e Wnt e a sua resposta a gradientes de FGF/Wnt e ácido retinóico. Porém, a reorganização celular durante a somitogénese envolve também moléculas de adesão e de matriz extracelular com particular destaque para a fibronectina (FN). Além de estar associada a dinâmicas celulares subjacentes a segmentação morfológica, dados preliminares indicaram que possa também ter um envolvimento na segmentação molecular. Sendo assim, o objectivo deste trabalho de pesquisa foi de verificar o papel da FN na segmentação no embrião de galinha. Através de aplicação de inibidores de fibrilogénese de FN e de sinalização Notch em sistemas de culturas de explantes e de MPS isoladas seguido de uma marcação da expressão génica, foram revelados que a matriz de FN é necessária para a segmentação tanto a nível morfológico como a nível de expressão génica segmentar (de delta1 e de meso1). Adicionalmente foi observado que os efeitos da inibição da fibrilogénese da FN produzem um fenótipo semelhante a inibição da sinalização Notch. Foi constatado que a sinalização Notch activa a expressão de meso1 que regula a segmentação e que tanto a ausência de sinalização Notch como a ausência de uma matriz de FN provocam, na expressão génica segmentar, efeitos de perturbação muito parecidos. Finalmente foi observado que a segmentação molecular parece não apenas ser resultado de sinalização intrínseca à MPS, mas é também influenciada pela ectoderme, comprovada pela existência de regulação da FN exógena sobre a segmentação molecular na parte rostral da MPS e sobre a expressão de delta1 na sua região caudal.

LISTA DE VARIEDADES HORTÍCOLAS RECOMENDADAS EM CABO VERDE

O consumidor cabo-verdiano vem pouco a pouco mudando o seu hábito alimentar, valorizando mais as hortaliças . Sendo estes, considerados produtos ligados à qualidade de vida, o INIDA vem trabalhando em programas de Investigação Aplicada que contribuem, não só para o aumento da produção, mas também para a diversificação de espécies e variedades hortícolas. A diversidade de hortaliças hoje presentes nos mercados locais proporcionou uma transformação na dieta alimentar dos consumidores, aumentando a sua demanda. Mas nem sempre foi assim. A maior oferta e a melhor qualidade das hortaliças são resultados de inovações tecnológicas geradas pela pesquisa nas últimas duas décadas. O INIDA é a autoridade nacional competente responsável pela elaboração e actualização periódica da lista de variedades . Anualmente são realizados vários ensaios específicos, afim de estudar a adaptação de variedades às condições agro climáticas do país, em diferentes épocas do ano e de preferência em diferentes condições agro climáticas. As variedades são aprovadas para difusão e comercialização, após terem sido submetidas a ensaios e comprovarem a sua distinção de acordo com os critérios definidos, tais como: produtividade, homogeneidade, tolerância a doenças e pragas mais importantes, e qualidade do fruto (calibre, sabor, firmeza). Após a conclusão dos ensaios, a proposta da lista actualizada é submetida à apreciação da Direcção Geral de Agricultura e Pecuária (DGASP), cabendo-lhe assegurar a sua difusão junto a outros serviços do MDR, particularmente o Serviço de Extensão Rural, as Delegações regionais do MDR e as Empresas Nacionais que comercializam sementes, visando satisfazer a demanda do seu potencial utilizador, isto é, os empreendedores rurais. No seu todo, a lista abarca 125 variedades de 38 espécies hortícolas, raízes & tubérculos e espécies utilizadas como condimentos que são recomendadas pelo seu bom desempenho nas condições agro climáticas de Cabo verde. As diversas espécies de hortaliças, raízes & tubérculos e condimentos podem apresentar diferentes exigências de clima, assim, aspectos como microclimas regionais e características das variedades devem ser ponderados. A lista dá indicações de natureza geral sobre a época mais adequada de sementeira/plantação, rendimentos mínimo e máximo, ciclo vegetativo e algumas características das variedades. Estas informações, se forem bem utilizadas, permitem ao empreendedor rural produzir e comercializar no tempo certo, tendo em conta que as hortaliças são alimentos muito perecíveis. A lista representa um guia para os empreendedores rurais, indicandoos que o cultivo de hortaliças tem um grande mercado consumidor, com uma forte tendência de crescimento. É importante destacar que, sendo o mercado interno muito dinâmico, o seu acompanhamento é fundamental para ter mais oportunidades de êxito no sector do agro negócio.

Lista de Variedades Hortícolas Recomendadas em Cabo Verde

O consumidor cabo-verdiano vem pouco a pouco mudando o seu hábito alimentar, valorizando mais as hortaliças . Sendo estes, considerados produtos ligados à qualidade de vida, o INIDA vem trabalhando em programas de Investigação Aplicada que contribuem, não só para o aumento da produção, mas também para a diversificação de espécies e variedades hortícolas. A diversidade de hortaliças hoje presentes nos mercados locais proporcionou uma transformação na dieta alimentar dos consumidores, aumentando a sua demanda. Mas nem sempre foi assim. A maior oferta e a melhor qualidade das hortaliças são resultados de inovações tecnológicas geradas pela pesquisa nas últimas duas décadas. O INIDA é a autoridade nacional competente responsável pela elaboração e actualização periódica da lista de variedades . Anualmente são realizados vários ensaios específicos, afim de estudar aadaptação de variedades às condições agro climáticas do país, em diferentes épocas do ano e de preferência em diferentes condições agroclimáticas. As variedades são aprovadas para difusão e comercialização, após terem sido submetidas a ensaios e comprovarem a sua distinção de acordo com os critérios definidos, tais como: produtividade, homogeneidade, tolerância a doenças e pragas mais importantes, e qualidade do fruto (calibre, sabor, firmeza). Após a conclusão dos ensaios, a proposta da lista actualizada é submetida à apreciação da Direcção Geral de Agricultura e Pecuária (DGASP), cabendo-lhe assegurar a sua difusão junto a outros serviços doMDR, particularmente o Serviço de Extensão Rural, as Delegações regionais do MDR e as Empresas Nacionais que comercializam sementes, visando satisfazer a demanda do seu potencial utilizador, isto é, os empreendedores rurais. No seu todo, a lista abarca 125 variedades de 38 espécies hortícolas, raízes & tubérculos e espécies utilizadas como condimentos que são recomendadas pelo seu bom desempenho nas condições agro climáticas de Cabo verde. As diversas espécies de hortaliças, raízes & tubérculos e condimentos podem apresentar diferentes exigências de clima, assim, aspectos como microclimas regionais e características das variedades devem ser ponderados. A lista dá indicações de natureza geral sobre a época mais adequada de sementeira/plantação, rendimentos mínimo e máximo, ciclo vegetativo e algumas características das variedades. Estas informações, se forem bem utilizadas, permitem ao empreendedor rural produzir e comercializar no tempo certo, tendo em conta que as hortaliças são alimentos muito perecíveis. A lista representa um guia para os empreendedores rurais, indicandoos que o cultivo de hortaliças tem um grande mercado consumidor, com uma forte tendência de crescimento. É importante destacar que, sendo o mercado interno muito dinâmico, o seu acompanhamento é fundamental para ter mais oportunidades de êxito no sector do agro negócio.

Relatório de Estimativa da Produção Agro - Pecuário - 2013

Este relatório apresenta a estimativa da produção agropecuária relativamente ao ano 2013. São apresentadas as estimativas de produção de (i) Hortícolas; (ii) Raízes e Tubérculos; (iii) Frutas; (iv) Culturas de Renda; (v) Culturas de Sequeiro; (vi) Produtos Pecuários; e (vii) Produtos Silvícolas. Tem havido grande aumento na produção de hortícolas ao longo dos últimos anos graças às tecnologias mais produtivas, introduzidas na horticultura, nomeadamente: a adopção massiva de novas tecnologias de rega, a ampla utilização de sementes híbridas, o aumento do número de estufas e sistemas hidropónicos instalados, entre outras. Estas tecnologias, conjuntamente com o aumento na disponibilidade de água, têm contribuído para o aumento da produção e para o abastecimento do mercado de forma mais regular, com produtos mais diversificados e de maior qualidade. As estimativas de produção referentes aos últimos 5 anos apontam para uma média à volta de 47.000 toneladas de hortícolas produzidas anualmente, sendo a produção de 2013 estimada em 51.265 toneladas, correspondendo a um aumento de 5% relativamente à produção estimada para 2012. A produção de raízes e tubérculos tem também aumentado consideravelmente. A produção de 2013 é estimada em 27.163 toneladas, equivalente a um aumento de cerca de 25% relativamente ao ano anterior. Refira-se que a importação de raízes e tubérculos nos últimos 5 anos, que se restringe quase que exclusivamente à batata comum, tem registado uma tendência decrescente. Segundo os dados divulgados pelo INE, de 2009 a 2013 a importação de batata comum (fresca) desceu de 9.032 toneladas, em 2009, para 5.238 toneladas, em 2013, ou seja uma diminuição de 42%. Outro dado digno de destaque é a descida contínua no preço médio anual tanto da mandioca como da batata-doce, no mercado nacional, nos últimos 5 anos, embora este último tenha aumentado ligeiramente em 2013.A produção de frutas em 2013 foi estimada à volta de 17.000 toneladas, correspondendo a um aumento de cerca de 4% em relação ao ano precedente. A introdução das culturas de banana “in vitro” a partir de 2009, a introdução de novas tecnologias de rega, novas variedades de papaia e manga bem como o aumento da área cultivada destas frutas em pomar, e o número de plantas fixadas de outras espécies fruteiras, apontam para um acréscimo significativo da produção frutícola nos últimos anos. As intervenções levadas a cabo neste subsector ao longo dos anos têm sido refletidas claramente nas quantidades disponíveis no mercado bem como na baixa dos preços que se tem verificado, principalmente no que diz respeito à banana e à papaia, embora esta última tenha registado uma ligeira subida no preço médio em 2013 (1,27%). Não se faz importação de banana desde 2009, inclusive; a importação de papaia, embora apresentando algumas oscilações, baixou consideravelmente no período 2009 a 2011, voltando porém a subir em 2012 e novamente em 2013, de forma acentuada; a importação de manga também apresenta flutuações, tendo aumentado em 2012 e em 2013. Contudo, as quantidades importadas de papaia e manga são muito reduzidas (48 toneladas e 44 toneladas, respetivamente, em 2013), representando apenas uma ínfima percentagem da oferta total destas frutas ao nível nacional (apenas 1,4% e 2%, respectivamente). Dos contactos que a DSEGI fez as empresas importadoras de manga e papaia obtivemos informação que as mesmas, estão localizadas nas ilhas do Sal e da Boa Vista e, que a quantidade importada se justifica pelo facto, de não existir uma rede de transportes permanente, capaz de dar resposta as necessidades das ilhas turísticas, no que respeita ao escoamento dos produtos, das ilhas de maior produção para as de fraca produção. Entretanto, graças às melhorias registadas na produção hortofrutícola, tem-se verificado que a produção nacional vem conquistando paulatinamente o mercado turístico, tendo as vendas aos hotéis aumentado cerca de dez vezes mais, no período de 2010 a 2013, passando de 57 toneladas para 608 toneladas. Outros produtos como ovos e queijos vêm igualmente conquistando esse mercado, não obstante os problemas de transporte inter-ilhas que continuam constituindo um entrave no escoamento dos produtos agrícolas entre as ilhas. No que toca às culturas de renda, as estimativas da produção anual de uvas apontam para sucessivos aumentos, tendo atingido 346 toneladas em 2013, na maioria destinada à produção de vinhos. A produção de café sofreu uma diminuição em 2013, à volta de 30%, relacionada com a problemática da safra/contrassafra. A produção estimada de cana-de-açúcar manteve-se estável em 28.375 toneladas. Os produtos tradicionais de sequeiro, milho e feijões, dependentes da aleatoriedade das chuvas, sofreram um ligeiro decréscimo em 3013, respetivamente 3,6% e 0,1%. Os produtos pecuários cujas estimativas de produção baseiam-se em dados que carecem de atualização (dados sobre o número de efectivos que remontam ao RGA 2004, e coeficientes zootécnicos provenientes do Plano Director da Pecuária), apresentam ligeiros aumentos na produção estimada para 2013, com excepção da produção de ovos em que os dados fornecidos pelos produtores indicam uma ligeira diminuição à volta de 3% (alguns produtores justificam a diminuição da produção pela falta de transportes inter-ilhas). A seguir se apresenta um resumo dos resultados da estimativa de produção 2013.