Comparative genomics and phylogenetics of the vertebrate CYP3 family

CYP3A verstoffwechselt mehr als 50% aller gegenwärtig in der Therapie eingesetzten Wirkstoffe, die häufig an klinisch relevanten Arzneimitttel-Wechselwirkungen beteiligt sind. Das Verständnis über die Bedeutung und die Regulation von einzelnen CYP3A Genen in der Pharmakologie und Physiologie ist unvollständig. Wir untersuchten die Evolution des CYP3 Genlokus über einen Zeitraum von 450 Millionen Jahre mittels genomischer Sequenzen von 16 Tierarten. Neue CYP3 Unterfamilien (CYP3B, C und D) entstanden über eine beschleunigte Evolution aus CYP3A Vorstufen von Clupeocephala Spezies. Ausgeprägte funktionelle Unterschiede traten zwischen CYP3A in Säugern und Clupeocephala CYP3 auf. Alle amnioten CYP3A Gene entwickelten sich aus zwei CYP3A Urgenen. Aufgrund der Entstehung von Säugern mit Plazenta ging eines von ihnen verloren während das andere eine neue genomische Umgebung infolge einer Translokation erlangte. In Primaten unterzog sich CYP3A mit mehreren Genduplikationen, Deletionen, Pseudogenisierung und Genkonversionen einer raschen evolutionären Veränderung. Die Entwicklung von CYP3A in Schmalnasenaffen (Alte Welt Affen, große Menschenaffen und Menschen) unterschieden sich wesentlich von Neue Welt Primaten (z.B. gewöhnlichen Krallenaffen) und Feuchtnasenaffen (z.B. Galago). Stellvertretend für die CYP3A Protein-codierende Sequenz entdeckten wir zwei frühe Episoden von besonders starker positiver Selektion: (1) auf CYP3A7 in der frühen hominoiden Evolution, welche im fetalen Zeitraum von einer Einschränkung der hepatischen Expression begleitet war, und (2) auf humanes CYP3A4 im Anschluss an die Teilung der Abstammungslinie in Schimpansen und Mensch. In Übereinstimmung mit diesen Befunden beeinflussen drei von vier positiv ausgewählten Aminosäuren, die in früheren biochemischen CYP3A Studien untersucht wurden, die Aktivität und Regioselektivität. Es ist somit naheliegend, dass CYP3A7 und CYP3A4 katalytische Funktionen erworben haben können, die besonders wichtig waren für die Evolution von Hominoiden und Menschen. Die Charakterisierung von CYP3A Promotoren in Primaten zeigte eine Anreicherung von ER6 Elementen in CYP3A Promotoren von Primaten und einen Trend in Richtung Erhöhung der ER6 Enstehung entlang den Abstammungslinien, die zu humanen und Schimpansen CYP3A4 führten. Die steigende Anzahl an ER6 Elementen kann durch die ausgeprägte CYP3A4 Induzierbarkeit und Expressionsvariabilität im Menschen verursacht sein.

Impact de la fabrication de charbon de bois sur la production et la disponibilité fourragère de pâturage en zone subaride, cas de la commune de Soalara-Sud, Toliara ll: Rapport final

Ce projet a pour objectif de (1) décrire la filière charbon dans un terroir de la commune de Soalara, (2) d’identifier les effets des activités de fabrication de charbon de bois sur la végétation des pâturages qui est un fourré épineux et (3) d’estimer la quantité maximale de charbon pouvant être produite sans causer sa dégradation irréversible. Pour ce faire, des enquêtes auprès de la population locale et des relevés écologiques ont été entrepris. La majorité des ménages enquêtés (>80% ; N=56) pratiquent la fabrication de charbon de bois. Environ 41 000 sacs de charbons ont été produits dans le terroir en 2009. L’impact socio-économique de la filière charbon est positif puisqu’elle génère des revenus importants pour ses agents (producteur, transporteur et collecteur). Par contre, l’impact écologique est plutôt négatif puisque les activités charbonnières contribuent à réduire la densité d’arbres et d’arbustes de la végétation des fourrés épineux et sa richesse spécifique même si elles n’affectent pas trop sa disponibilité fourragère. De plus, la quantité de charbon produite (environ 820 t en 2009) dépasse la productivité de la végétation, estimée à 218 t.an-1. Par conséquent, une dégradation du site de production actuel, se traduisant par la disparition des espèces charbonnières, arriverait dans 17 ans au plus tard, si le rythme de production actuel continue. Des mesures de réduction des pressions sur la végétation (professionnalisation des éleveurs, amélioration des rendements de carbonisation et réglementation et contrôle plus strict de la filière charbon) et d’augmentation de sa production et productivité (restauration) doivent être prises pour éviter cette dégradation irréversible qui à terme pourrait être dommageable à l’élevage de petits ruminants même si ce n’est pas encore le cas actuellement.

Définition d'un état zero et mise en place d'un système de suivi écologique permanent de l'arboretum de la station forestière de Mandraka

Mandraka possède de nombreux écosystèmes, dominés surtout par les forêts. Cette zone est située sur la première falaise orientale malgache et affiche des reliefs accidentés (pentes supérieures à 60%). Elle est exposée à un régime climatique à forte influence orientale se traduisant par une humidité permanente et un régime cyclonique fréquent. Les paramètres stationnels sont ainsi rudes, or ils sont écologiquement très importants car plusieurs caractéristiques physionomiques et comportementales des espèces forestières en dépendent. Cette étude s'intéresse à la station forestière de Mandraka, particulièrement à l'arboretum. Ce dernier fût créé dans les années cinquante et est actuellement géré par le Département des Eaux et Forêts. Ce site est actuellement à vocation pédagogique et écotouristique. Son état écologique est inconnu jusqu'à maintenant, et depuis sa création, aucun système n'a été mis en place pour mesurer et suivre sa viabilité. D'où, l'intitulé de ce travail de mémoire : « Définition d'un état zéro et mise en place d'un système de suivi écologique permanent de l'arboretum de la station forestière de Mandraka ». Les objectifs étant de collecter des données concernant l'état écologique actuel du site, d'identifier des indicateurs de suivi pour mesurer sa viabilité, et d'inclure un système de suivi écologique permanent dans une proposition de plan d'aménagement pour l'arboretum. Le suivi est en effet un outil très important pour l'analyse des ressources forestières. Il permet de cadrer toutes les interventions. Les diverses analyses menées lors de cette étude ont révélé une viabilité moyenne de l'arboretum. Cela est induit par une qualité de peuplement moyennement stable, une mortalité élevée (plus de 14%), et un potentiel d'avenir très faible, voire inexistant (taux de régénération à 0%). L'envahissement de la forêt artificielle par les espèces autochtones constitue la pression la plus importante de cet arboretum vu qu'il se trouve au milieu des forêts naturelles. L'analyse sylvicole effectuée sur les deux types dendrologiques révèle que les peuplements de conifères présentent des caractéristiques sylvicoles plus favorables que les feuillus. Ce niveau moyen de viabilité de l'arboretum implique ainsi la proposition d'un plan d'aménagement pour l'améliorer; le suivi est une activité primordiale, d'où la proposition d'un plan de suivi permanent pour l'arboretum. A noter que malgré la considération du critère de représentativité pour l'échantillonnage, toutes les questions ne pourront être répondues du fait que plusieurs mosaïques de peuplements artificiels de différentes espèces constituent l'arboretum, et que chacune de ces espèces plantées ont leurs propres caractéristiques. La mise en place des plots permanents d'observation ne servira ainsi que de référence (Etat zéro), mais on propose de prévoir un suivi intégral ainsi que diverses interventions pour l'arboretum en général. Ce travail constitue ainsi une base de données pour l'arboretum et pour la station forestière de Mandraka, mais il ne représente qu'une des facettes à prendre en considération dans une finalité d'amélioration de la viabilité. L'élaboration de cartes thématiques et d'évolution spatio-temporelle à l'issue de SIG (Système d'Information Géographique) permettra d'enrichir les informations établies et admettra un suivi plus précis.