Functional analysis of human POT1 and RPA : insights into the role of single stranded DNA binding proteins at telomeres

Abstract Telomeres, the natural ends of chromosomes, need to be protected from chromosome end fusions, aberrant homologous recombination and degradation. In humans, chromosome ends are specified through arrays of tandemly repeated 5'-TTAGGG-3' hexamers, ending in a 3' overhang. A complex formed by the six proteins TRF1, TRF2, hRap1, TIN2, TPP1 and POT1 specifically assocìates with and protects telomeres. Telomeres are maintained by semiconservative DNA replication and by a specialized reverse transcriptase, telomerase, that carries an RNA subunit which templates new telomeric repeat synthesis. The telomeric single stranded (ss) DNA binding protein POT1 protects the telomeric 3' overhang and modulates telomerase-mediated telomere elongation. It is possible that POT1 also influences DNA synthesis during semiconservative DNA replication, which is initiated by the DNA polymerase alpha-primase complex. The heterotrimeric ss DNA-binding protein RPA plays essential roles during DNA replication. RPA binds to ss DNA with high affinity in order to stabilize ss DNA and facilitate nascent strand synthesis at the replication fork. Here we investigate how the two proteins RPA and POT1 contribute to telomere maintenance by regulating semi-conservative DNA replication and telomerase. Using chromatin immunoprecipitation experiments, we show that RPA associates with telomeres during S-phase. Analysis of telomere structure in cells shRNA-depleted for RPA and POT1 reveals that loss of RPA and POT1 causes exposure of single-stranded DNA at telomeres, suggestive of incomplete DNA replication. Biochemical experiments using purified recombinant POT1 and RPA show that saturating telomeric oligonucleotides with POT1 or RPA reduces the primase activity of the DNA polymerase alpha-primase complex and the overall activity of telomerase. POT1 and RPA also increase the primer extension by DNA polymerase alpha-primase complex and the processivity of telomerase under certain conditions, although POT1 increases the activities to a greater extent than RPA. We propose that POT1 is required for proper replication of the lagging strand of telomeres and that some phenotypes observed in POT1-depleted cells may stern from incomplete DNA replication rather than de-protection of the single-stranded overhang. Résumé Les télomères, les extrémités normales des chromosomes linéaires, doivent être protégés des fusions chromosomiques, d'événements de recombinaison homologue aberrants et de phénomènes de dégradation. Chez l'Homme, les extrémités des chromosomes sont constitués d'ADN double brin répétitif de séquence 5'-TTAGGG-3', d'une extension simple brin 3' sortante et d'un complexe protéique formé des six facteurs TRF1, TRF2, hRap1, TIN2, TPP1 et POT1 qui, s'associant à cette séquence, protègent l'ADN télomèrique. Les télomères sont maintenus par la télomérase, une transcriptase inverse capable d'allonger l'extension 3' sortante télomérique. POT1 lie l'ADN simple brin télomérique et module l'élongation des télomères par la télomérase. POT1 pourrait en théorie également influencer la réplication semi-conservative de l'ADN. L'ADN-polymérase Pal alpha-primase amorce et initie la synthèse d'ADN. Pendant la réplication, l'ADN simple brin est stabilisé par RPA, un complexe hétérotrimèrique qui lie l'ADN simple brin. RPA facilite la synthèse du brin naissant à la fourche de réplication. Ici nous avons étudié comment ces deux protéines qui lient l'ADN simple brin, RPA et POT1, régulent la réplication des télomères par la télomérase et la machinerie classique de réplication de l'ADN. Par immunoprécipitation de chromatine (ChIP), nous montrons que RPA est localisé aux télomères lors de la phase S du cycle cellulaire. De plus, l'analyse de la structure des télomeres indique que !a perte de RPA ou de POT1 conduit à l'apparition d'ADN simple brin télomérique, suggérant une réplication incomplète de l'ADN télomérique in vivo. Par une approche complémentaire biochimique utilisant les protéines POT1 et RPA recombinantes purifiées, nous montrons également que la liaison de POT1 ou de RPA à des oligonucléotides télomériques bloque l'activité primase du complexe polymérase alpha/primase et réduit l'activité télomérase sur ces substrats. En revanche, leur liaison augmente l'activité ADN-polymérase du complexe polymérase alpha/primase, ainsi que fa processivité de la télomérase dans certaines conditions, POT1 étant le plus efficace des deux facteurs. Nous proposons que POT1 est nécessaire à la réplication du brin retardé au niveau des télomères, ce qui suggère que certains phénotypes des cellules déplétés en POT1 puissent résulter d'une réplication incomplète de l'ADN télémétrique plutôt que d'une déprotection de l'extrémité sortante des télomères.

Protection of pancreatic beta-cells by high density lipoproteins

SUMMARYThe incidence of type 2 diabetes (T2D) is increasing worldwide and is linked to the enhancement of obesity. The principal cause of T2D development is insulin resistance, which lead to the increase of insulin production by the pancreatic beta-cells. In a pathological environment, namely dyslipidaemia, hyperglycaemia and inflammation, beta-cell compensation will fail in more vulnerable cells and diabetes will occur. High Density Lipoproteins (HDLs), commonly named "good cholesterol" are known to be atheroprotective. Low levels of HDLs are associated with increased prevalence of cardiovascular disease but are also an independent risk factor for the development of T2D. HDLs were demonstrated to protect pancreatic beta-cells against several stresses. However the molecular mechanisms of the protection are unknown and the objectives of this work were to try to elucidate the way how HDLs protect. The first approach was a broad screening of genes regulated by the stress and HDLs. A microarray analysis was performed on beta-cells stressed by serum deprivation and rescued by HDLs. Among the genes regulated, we focused on 4E-BP1, a cap-dependent translational inhibitor. In addition, HDLs were also found to protect against several other stresses.Endoplasmic reticulum (ER) stress is a mechanism that may play a role in the onset of T2D. The unfolded protein response (UPR) is a physiological process that aims at maintaining ER homeostasis in conditions where the protein folding and secretion is perturbed. Specific signalling pathways are involved in the increase of folding, export and degradation capacity of the ER. However, in case where the stress is prolonged, this mechanism turns to be pathological, by inducing cell death effector pathways, leading to beta-cell apoptosis. In our study, we discovered that HDLs were protective against ER stress induced by drugs and physiological stresses such as saturated free fatty acids. HDLs protected beta-cells by promoting ER homeostasis via the improvement of the folding and trafficking od proteins from the ER to the Golgi apparatus.Altogether our results suggest that HDLs are important for beta-cell function and survival, by protecting them from several stresses and acting on ER homeostasis. This suggests that attempt in keeping normal HDLs levels or function in patients is crucial to lessen the development of T2D.RÉSUMÉL'incidence du diabète de type 2 est en constante augmentation et est fortement liée à l'accroissement du taux d'obésité. La cause principale du diabète de type 2 est la résistance à l'insuline, qui entraîne une surproduction d'insuline par les cellules bêta pancréatiques. Dans un environnement pathologique associé à l'obésité (dyslipidémie, hyperglycémie et inflammation), les cellules bêta les plus vulnérables ne sont plus capables de compenser en augmentant leur production d'insuline, dysfonctionnent, ce qui conduit à leur mort par apoptose. Les lipoprotéines de hautes densités (HDLs), communément appelées (( bon cholestérol », sont connues pour leurs propriétés protectrices contre l'athérosclérose. Des niveaux bas de HDLs sanguins sont associés au risque de développer un diabète de type 2. Les HDLs ont également montré des propriétés protectrices contre divers stresses dans la cellule bêta. Cependant, les mécanismes de protection restent encore inconnus et l'objectif de ce travail a été d'investiguer les mécanismes moléculaires de protection des HDLs. La première approche choisie a été une étude du profil d'expression génique par puce à ADN afin d'identifier les gènes régulés par le stress et les HDLs. Parmi les gènes régulés, notre intérêt s'est porté sur 4E-BP1, un inhibiteur de la traduction coiffe- dépendante, dont l'induction par le stress était corrélée avec une augmentation de l'apoptose. Suite à cette étude, les HDLs ont également montrés un rôle protecteur contre d'autres stresses. Il s'agit particulièrement du stress du réticulum endoplasmique (RE), qui est un mécanisme qui semble jouer un rôle clé dans le développement du diabète. L'UPR (« Unfolded Protein Response ») est un processus physiologique tendant à maintenir l'homéostasie du réticulum endoplasmique, organelle prépondérante pour la fonction des cellules sécrétrices, notamment lorsqu'elle est soumise à des conditions extrêmes telles que des perturbations de la conformation tertiaire des protéines ou de la sécrétion. Dans ces cas, des voies de signalisation moléculaires sont activées, ce qui mène à l'exportation des protéines mal repliées, à leur dégradation et à l'augmentation de l'expression de chaperonnes capables d'améliorer le repliement des protéines mal formées. Toutefois, en cas de stress persistant, ce mécanisme de protection s'avère être pathologique. En induisant des voies de signalisation effectrices de l'apoptose, il conduit finalement au développement du diabète. Dans cette étude, nous avons démontré que les HDLs étaient capables de protéger la cellule bêta contre le stress du RE induits par des inhibiteurs (thapsigargine, tunicamycine) ou des stresses physiologiques tels que les acides gras libres. Les HDLs ont la capacité d'améliorer l'homéostasie du RE, notamment en favorisant le repliement et le transfert des protéines du RE à l'appareil de Golgi.En résumé, ces données suggèrent que les HDLs sont bénéfiques pour la survie des cellules bêta soumises à des stresses impliqués dans le développement du diabète, notamment en restaurant l'homéostasie du RE. Ces résultats conduisent à soutenir que le maintien des taux de cholestérol joue un rôle important dans la limitation de l'incidence du diabète.

Les contributions d'entretien entre époux divorcés de 1907 à nos jours : influence réciproque du droit du mariage, du droit du divorce et du principe d'égalité

INTRODUCTION De nos jours, le divorce est devenu un événement courant de la vie conjugale. Un des sujets qui restent au coeur de la polémique dans le domaine du droit du divorce depuis toujours, est celui de la contribution d'entretien après divorce. En effet, il s'agit de savoir dans quelles circonstances l'ancien conjoint (épouse ou époux) peut prétendre au maintien de l'entretien auquel il avait droit durant le beau et bon temps du mariage de la part de son ex-partenaire. Pour se convaincre de la complexité des problèmes que la dissolution de l'union conjugale peut créer, il suffit de parcourir la masse des décisions des différents tribunaux en la matière. Quant à l'actualité de la question, on peut simplement observer le nombre de divorces qui va croissant chaque année. Le demandeur peut être aussi bien l'ex-épouse que l'ex-époux ; c'est cette constatation qui a fondé notre démarche et qui est le fil conducteur de ce travail. Mais, alors qu'initialement nous nous demandions si un homme pouvait réellement être dans la situation de l'époux demandeur, notre réflexion s'est peu à peu orientée dans une direction différente et une autre question s'est profilée : qu'en est-il dans les faits de l'égalité acceptée juridiquement et intégrée dans les textes de loi ? La présente thèse examine l'évolution opérée parallèlement dans trois domaines qui s'influencent réciproquement : le droit du mariage, le droit du divorce et le principe constitutionnel de l'égalité. En effet, la révision constitutionnelle qui a abouti à l'adoption en 1981 du principe explicite de l'égalité entre homme et femme, a conduit à certaines modifications législatives. C'est ainsi que ce principe constitutionnel a été, par exemple, concrétisé dans le domaine du droit du mariage en 1984. Il a, par la même occasion, contribué au bouleversement du petit monde traditionnel familial et du système légal qui le soutenait. Nous avons donc analysé les conséquences que cette réforme législative a entraînées au sein du couple, et plus précisément, lors de sa désunion. Le présent travail consacre une partie à chacune des étapes qui a permis de faire évoluer ce domaine du droit si controversé qu'est la contribution d'entretien après divorce. Ainsi, la première partie montre l'influence de la situation de la femme sur les règles régissant le mariage en 1984 : alors que son statut était imprégné des principes patriarcaux justifiant, en 1907, une distribution législative traditionnelle des rôles au sein de l'union conjugale, la femme a, en 1984, été placée devant le même rôle que son mari. Ce titre premier s'intéresse donc à la réforme du droit du mariage entrée en vigueur en 1988 et qui va servir de cadre au bouleversement ultérieur qu'est la révision du droit du divorce. Dans la deuxième partie, nous avons étudié le droit du divorce tel qu'il ressortait du Code civil adopté en 1907 jusqu'à sa révision en 1998. Notre étude a donc porté sur les conditions essentielles que le Code d'Eugen Huber imposait pour obtenir une prestation lors de la dissolution des liens du mariage, ainsi que sur l'articulation entre les deux dispositions clés dans ce domaine : les articles 151 et 152 CC 1907. Cette analyse est divisée en deux sous-chapitres qui illustrent l'influence de la révision du droit du mariage de 1984 sur le droit du divorce de 1907. Le premier sous-chapitre examine ainsi les règles régissant la dissolution de l'union conjugale au regard du droit du mariage de 1907 jusqu'à sa révision entrée en vigueur en 1988; le second sous-chapitre porte sur ces mêmes règles de 1988 à 2000 (date de l'entrée en vigueur du nouveau droit du divorce) mais sous un nouvel éclairage, puisque le nouveau droit du mariage et ses nouveaux principes s'appliquent en marge du droit du divorce de 1907. La question se pose de savoir quelle a été l'influence réelle de la réforme de 1984, elle-même marquée par la modification constitutionnelle de 1981, sur le droit du divorce qui date, lui, de 1907 et qui a alors été adopté dans un contexte différent et baigné d'anciens principes traditionnels. En effet, qu'en est-il du droit aux prestations des articles 151 et 152 CC 1907 justifiées par le modèle traditionnel de répartition des tâches, dans un système basé sur la libre attribution des rôles au sein du couple ? Quelles sont les conséquences juridiques de l'indifférenciation des rôles masculin et féminin au sein de l'entité familiale ? Enfin, la troisième partie est consacrée à l'étude du nouveau droit du divorce de 1998, entré en vigueur en l'an 2000. Cette réforme suit l'évolution qui a eu lieu dans le domaine du droit de la famille ; elle a été en quelque sorte imposée par les différents développements législatifs de notre société. Nous nous trouvons ainsi face à de nouvelles interrogations : qu'en est-il des traditions familiales actuelles dans la pratique ? Qu'en est-il de l'évolution du principe constitutionnel de l'égalité et de son application dans les nouveaux droits du mariage et du divorce sous l'angle des contributions d'entretien ?

Biosphere/lithosphere interface : microbially-mediated CaCO3 precipitation in hypersaline and freshwater environments

Abstract: Microbial mats very efficiently cycle elements, such as C, 0, N, S and H, which makes them key players of redox processes at the biosphere-lithosphere interface. They are characterized by high metabolic activities and high turnover rates (production and consumption) of biomass, which mainly consists of cell material and of extracellular organic matter (EOM). The EOM forms a matrix, embedding the microbial cells and fulfilling various functions within the microbial mat, including: mat attachment to surfaces; creation of micro-domains within the mat; physical stabilization under hy- drodynamic stress and the protection of the cells in multiple other stress conditions. EOM mainly consists of polysaccharides, amino acids, and a variety of chemical func-tional groups {e.g., -C00H, - SH -OH). These groups strongly bind cations such as Ca2+ and Mg2+ and thus exert a strong control on carbonate mineral formation within the microbial mat. A feedback mechanism between community metabolisms, their prod¬ucts, and the surrounding physicochemical microenvironment thus influences the de¬gree of carbonate saturation favoring either carbonate precipitation or dissolution. We investigated the driving forces and mechanisms of microbialite formation in the Sari ne River, FR, Switzerland, the hypersaline lake, Big Pond, Bahamas and in labo¬ratory experiments. The two fundamentally different natural systems allowed us to compare the geochemical conditions and microbial metabolisms, necessary for car¬bonate formation in microbial mats. Although carbonates are oversaturated in both environments, precipitation does not occur on physicochemical substrates (i.e. out¬side the microbial mats). In the Sarine a high crystal nucleation threshold exceeds the carbonate saturation, despite the high carbonate alkalinity in the water column. Cyanobacterial photosynthesis strongly locally enhances the carbonate alkalinity, whereas the EOM attract and immobilize calcium, which increases the saturation state and finally leads to carbonate precipitation within the EOM (in this case the cyanobacterial sheath) as nucleation template. In Big Pond, the presence of calcium- chelating anions (i.e. sulfate) and EOM, as well as the presence of magnesium, lowers the calcium activity in the water column and mat, and thus inhibits carbonate pre¬cipitation. Coupled with other heterotrophic metabolisms, sulfate reduction uses the EOM as carbon source, degrading it. The resulting EOM consumption creates alkalin¬ity, releases calcium and consumes sulfate in mat-micro domains, which leads to the formation of carbonate layers at the top of the microbial mat. Résumé: Interface biosphère/lithosphère: médiation microbienne de la précipitation de CaC03 dans des environnements en eaux douces et hypersalines Les tapis microbiens engendrent une circulation très efficace des éléments, tels que C, 0, N, S et H, ce qui en fait des acteurs clé pour les processus d'oxydoréduction à l'inter¬face biosphère-lithosphère. Ils sont caractérisés par des taux élevés d'activité méta¬bolique, ainsi que par la production et la consommation de biomasse, principalement constituée de cellules microbiennes et de matière organique extracellulaire (MOE). Dans un tapis microbien, les cellules microbiennes sont enveloppées par une matrice de MOE qui a différentes fonctions dont l'attachement du tapis aux surfaces, la créa¬tion de micro-domaines dans le tapis, la stabilisation physique en situation de stress hydrodynamique, et la protection des cellules dans de multiples autres conditions de stress. La MOE se compose principalement de polysaccharides, d'acides aminés, et d'une variété de groupes fonctionnels chimiques (par exemple, COOH, -SH et -OH). Ces groupes se lient fortement aux cations, tels que Ca2+ et Mg2+, et exercent ainsi un contrôle fort sur la formation de CaC03 dans le tapis microbien. Un mécanisme de rétroaction, entre les métabolismes de la communauté microbienne, leurs produits, et le microenvironnement physico-chimique, influence le degré de saturation de car¬bonate, favorisant soit leur précipitation, soit leur dissolution. Nous avons étudié le moteur et les mécanismes de minéralisation dans des tapis de la Sarine, FR, Suisse et du lac hypersalin, Big Pond, aux Bahamas, ainsi que durant des expériences en laboratoire. Les deux systèmes naturels, fondamentalement dif¬férents, nous ont permis de comparer les conditions géochimiques et les métabolis¬mes nécessaires à la formation des carbonates dans des tapis microbiens. Bien que les carbonates soient sursaturés dans les deux environnements, la précipitation ne se produit pas sur des substrats physico-chimiques (en dehors du tapis microbien). Dans la Sarine, malgré un taux d'alcalinité élevé, les valeurs de seuil pour la nucléa- tion de carbonates sont plus hautes que la saturation du carbonate. La photosynthèse cyanobactérienne augmente localement l'alcalinité, alors que la MOE attire et immo¬bilise le calcium, ce qui augmente l'état de saturation et conduit finalement à la pré¬cipitation des carbonates, en utilisant la MOE comme substrat de nucléation. À Big Pond, la présence de chélateurs de calcium, notamment les anions (p.ex. le sulfate) et la MOE, ainsi que la présence de magnésium, réduit l'activité du calcium et inhibe en conséquence la précipitation des carbonates. Couplée avec d'autres métabolismes hétérotrophes, la réduction des sulfates utilise la MOE comme source de carbone, en la dégradant. Cette consommation de MOE crée l'alcalinité, consomme des sulfates et libère du calcium dans des micro-domaines, conduisant à la formation de couches de carbonates dans le haut du tapis microbien.

Des masques cultuels au masque muséifié : leurs usages et représentations à travers l'itinéraire d'un chercheur

INTRODUCTION «Des masques cultuels au masque muséifié :leurs usages et représentations à travers l'itinéraire d'un chercheur» est le résultat de l'analyse de ma propre expérience des masques utilisés dans le cadre des cérémonies religieuses au village puis dans les manifestations ludiques et scientifiques (festivals et expositions). Cette expérience, je l'ai vécue de manière concrète durant mon enfance dans mon milieu d'origine, au village de Moundasso, département de Dédougou (Burkina Faso), en pays bwa, puis au cours de ma formation d'historien à l'Université de Ouagadougou et de mes premières recherches anthropologiques. J'ai donc d'abord vécu les cérémonies de masques de manière intime dans mon entourage familial au village. Je me suis ensuite engagé dans une recherche ethnologique comparant les masques du pays bwa avec ceux d'Appenzell, en Suisse alémanique, découverts par le hasard d'une carte postale reçue au Burkina par un ami genevois. La surprise provoquée par les ressemblances qui me sautaient aux yeux m'a conduit à entreprendre le voyage vers ces Préalpes lointaines, à me lancer dans ma première exposition à Genève, à faire voyager celle-ci en la ramenant au pays bwa et en utilisant le résultat de mes interrogations pour une mise en valeur des masques aussi bien dans le cadre de mon village d'origine qu'en dehors de celui-ci, dans un festival biennal organisé à Dédougou, puis dans d'autres musées au Burkina Faso et en Europe. La conjugaison de cette double expérience des masques cultuels et profanes m'a amené à vouloir confronter les différents enjeux impliqués :affirmation des identités locales, régionales, nationales, appropriation des patrimoines culturels des peuples dans le cadre des collections et des musées internationaux, réappropriation de ces patrimoines par les acteurs autochtones. Le masque, considéré par de nombreux chercheurs en sciences humaines comme un phénomène social universel, se trouve aujourd'hui au carrefour de multiples intérêts identitaires, patrimoniaux, économiques, religieux, profanes, esthétiques, scientifiques. Au fur et à mesure de la progression de mon travail, il m'a amené au coeur des problématiques qui agitent une anthropologie des objets, et des cultures qui les portent, aujourd'hui en pleine crise. C'est à débroussailler ces problèmes que la présente recherche doit être utile. 1. Problématique et hypothèse Mon approche part de l'hypothèse suivante ainsi résumée :les intérêts multiples portés aux masques participent à la transformation rapide de leurs fonctions coutumières, à leur passage du domaine religieux au domaine profane. Les nouvelles fonctions des masques de mon village et de ma région sont liées à différents facteurs interdépendants, parmi lesquels mon propre rôle m'apparaît comme non négligeable. En effet, mon statut d'acteur du village et ma position de chercheur en anthropologie me permettent, d'une part, de rendre compte des multiples enjeux du masque à partir de plusieurs points de vue, de la plus grande proximité jusqu'à la distance exigée par la discipline anthropologique; ils m'amènent d'autre part à agir avec les masques dans deux registres différents, en jouant moi-même un rôle essentiel dans les changements des pratiques en cours, comme dans le questionnement anthropologique lui-même.

Unfolding nature "in silico" : overcoming practical and metodological limitations of species distribution models

Abstract : The existence of a causal relationship between the spatial distribution of living organisms and their environment, in particular climate, has been long recognized and is the central principle of biogeography. In turn, this recognition has led scientists to the idea of using the climatic, topographic, edaphic and biotic characteristics of the environment to predict its potential suitability for a given species or biological community. In this thesis, my objective is to contribute to the development of methodological improvements in the field of species distribution modeling. More precisely, the objectives are to propose solutions to overcome limitations of species distribution models when applied to conservation biology issues, or when .used as an assessment tool of the potential impacts of global change. The first objective of my thesis is to contribute to evidence the potential of species distribution models for conservation-related applications. I present a methodology to generate pseudo-absences in order to overcome the frequent lack of reliable absence data. I also demonstrate, both theoretically (simulation-based) and practically (field-based), how species distribution models can be successfully used to model and sample rare species. Overall, the results of this first part of the thesis demonstrate the strong potential of species distribution models as a tool for practical applications in conservation biology. The second objective this thesis is to contribute to improve .projections of potential climate change impacts on species distributions, and in particular for mountain flora. I develop and a dynamic model, MIGCLIM, that allows the implementation of dispersal limitations into classic species distribution models and present an application of this model to two virtual species. Given that accounting for dispersal limitations requires information on seed dispersal, distances, a general methodology to classify species into broad dispersal types is also developed. Finally, the M~GCLIM model is applied to a large number of species in a study area of the western Swiss Alps. Overall, the results indicate that while dispersal limitations can have an important impact on the outcome of future projections of species distributions under climate change scenarios, estimating species threat levels (e.g. species extinction rates) for a mountainous areas of limited size (i.e. regional scale) can also be successfully achieved when considering dispersal as unlimited (i.e. ignoring dispersal limitations, which is easier from a practical point of view). Finally, I present the largest fine scale assessment of potential climate change impacts on mountain vegetation that has been carried-out to date. This assessment involves vegetation from 12 study areas distributed across all major western and central European mountain ranges. The results highlight that some mountain ranges (the Pyrenees and the Austrian Alps) are expected to be more affected by climate change than others (Norway and the Scottish Highlands). The results I obtain in this study also indicate that the threat levels projected by fine scale models are less severe than those derived from coarse scale models. This result suggests that some species could persist in small refugias that are not detected by coarse scale models. Résumé : L'existence d'une relation causale entre la répartition des espèces animales et végétales et leur environnement, en particulier le climat, a été mis en évidence depuis longtemps et est un des principes centraux en biogéographie. Ce lien a naturellement conduit à l'idée d'utiliser les caractéristiques climatiques, topographiques, édaphiques et biotiques de l'environnement afin d'en prédire la qualité pour une espèce ou une communauté. Dans ce travail de thèse, mon objectif est de contribuer au développement d'améliorations méthodologiques dans le domaine de la modélisation de la distribution d'espèces dans le paysage. Plus précisément, les objectifs sont de proposer des solutions afin de surmonter certaines limitations des modèles de distribution d'espèces dans des applications pratiques de biologie de la conservation ou dans leur utilisation pour évaluer l'impact potentiel des changements climatiques sur l'environnement. Le premier objectif majeur de mon travail est de contribuer à démontrer le potentiel des modèles de distribution d'espèces pour des applications pratiques en biologie de la conservation. Je propose une méthode pour générer des pseudo-absences qui permet de surmonter le problème récurent du manque de données d'absences fiables. Je démontre aussi, de manière théorique (par simulation) et pratique (par échantillonnage de terrain), comment les modèles de distribution d'espèces peuvent être utilisés pour modéliser et améliorer l'échantillonnage des espèces rares. Ces résultats démontrent le potentiel des modèles de distribution d'espèces comme outils pour des applications de biologie de la conservation. Le deuxième objectif majeur de ce travail est de contribuer à améliorer les projections d'impacts potentiels des changements climatiques sur la flore, en particulier dans les zones de montagnes. Je développe un modèle dynamique de distribution appelé MigClim qui permet de tenir compte des limitations de dispersion dans les projections futures de distribution potentielle d'espèces, et teste son application sur deux espèces virtuelles. Vu que le fait de prendre en compte les limitations dues à la dispersion demande des données supplémentaires importantes (p.ex. la distance de dispersion des graines), ce travail propose aussi une méthode de classification simplifiée des espèces végétales dans de grands "types de disperseurs", ce qui permet ainsi de d'obtenir de bonnes approximations de distances de dispersions pour un grand nombre d'espèces. Finalement, j'applique aussi le modèle MIGCLIM à un grand nombre d'espèces de plantes dans une zone d'études des pré-Alpes vaudoises. Les résultats montrent que les limitations de dispersion peuvent avoir un impact considérable sur la distribution potentielle d'espèces prédites sous des scénarios de changements climatiques. Cependant, quand les modèles sont utilisés pour évaluer les taux d'extinction d'espèces dans des zones de montages de taille limitée (évaluation régionale), il est aussi possible d'obtenir de bonnes approximations en considérant la dispersion des espèces comme illimitée, ce qui est nettement plus simple d'un point dé vue pratique. Pour terminer je présente la plus grande évaluation à fine échelle d'impact potentiel des changements climatiques sur la flore des montagnes conduite à ce jour. Cette évaluation englobe 12 zones d'études réparties sur toutes les chaines de montages principales d'Europe occidentale et centrale. Les résultats montrent que certaines chaines de montagnes (les Pyrénées et les Alpes Autrichiennes) sont projetées comme plus sensibles aux changements climatiques que d'autres (les Alpes Scandinaves et les Highlands d'Ecosse). Les résultats obtenus montrent aussi que les modèles à échelle fine projettent des impacts de changement climatiques (p. ex. taux d'extinction d'espèces) moins sévères que les modèles à échelle large. Cela laisse supposer que les modèles a échelle fine sont capables de modéliser des micro-niches climatiques non-détectées par les modèles à échelle large.

Lire l'oral : pour une typologie linguistique des représentations écrites de l'oralité (le cas du français)

Cette thèse propose de passer en revue les modalités de la représentation écrite de l'oralité en français. La pratique littéraire constitue le matériau et l'horizon de la théorisation. La problématique - comment l'écrit représente-t-il l'oral ? - est d'abord située et reformulée dans le cadre de la linguistique de la parole (I). Les rapports entre oralité et scripturalité sont ensuite étudiés sous trois angles. L'angle biotechnologique compare la matérialité et l'affordance des signaux graphiques et des signaux acoustiques (II 1). L'examen sémiotique reconnaît dans le français écrit un système dit phonographique dont la fonction est de représenter l'expression des signes du français oral. Sont analysées alors les relations entre les systèmes de signes impliqués, la diversité des actualisations possibles du système phonographique (effets d'écoute), ainsi que diverses sémiotiques analogiques (II 2). On étudie ensuite le rôle de la prosodie dans la lecture. La position adoptée est la suivante : bien qu'elle soit facultative dans l'activité de lecture, la prosodie est spécialement sollicitée par des écrits qu'on peut caractériser linguistiquement. L'interprétation prosodique apporte à ces écrits un surcroît de signification en même temps qu'il produit un mode spécifique de représentation de l'oral appelé effet prosodique (II 3). L'angle sémantique est esquissé finalement : il conduit à dégager deux modalités de représentation supplémentaire. Pour la première, l'oral se situe sur le plan sémantico-référentiel de l'expression écrite (écrire à propos d'oral) ; pour la seconde, l'oral est un extérieur discursif modalisant le dire écrit : l'écrit est reconnu comme énoncé à la manière de l'oral (effet de style oral). - This PhD thesis attempts to review the modalities of orality in written representation. Literary writings act as the material for theorization. First of all, the thesis statement - how does writing represent oral - is situated and then, reformulated within the frame of linguistique de la parole (the linguistic field of speech) (I). The connections between orality and writing are then studied under three angles. The biotechnological angle compares the materiality and the affordance of graphic signs and acoustic signals (II 1). A semiotic examination acknowledges, in French, a phonographical system whose function is to represent the expression of French oral signs. Thus, the relationships between the systems of implicated signs, the diversity of possible actualisations of the phonographic system (voice effects), as well as various analogical semiotics are analysed (II 2). Furthermore, the role of prosody is studied within reading. The stand taken is the following : even though it is optional during a reading activity, prosody is especially sought-after by linguistically characterised writings. The prosodie interpretation brings to these writings a surge of signification while producing a specific mode of oral representation called the prosodie effects (II 3). The semantic angle is finally drawn : it leads to two additional modalities of representation. For the first part, speech is located on the semantic and referential plan of the written expression (writing about speech); as for the second part, spoken language is a discursive exteriority : writing is recognised as an oral-like utterance {oral-like effect).

Paroxysmal Extreme Pain Disorder (PEPD): clinical and genetic investigation

Objectifs 1) Caractériser une famille avec PEPD aux plans clinique, généalogique et génétique. 2) Identifier la cause génétique de la maladie dans cette famille, et en démontrer la pathogénicité. Introduction Le "Paroxysmal Extreme Pain Disorder " (PEPD) est une maladie génétique de transmission autosomique dominante caractérisée par des douleurs paroxystiques rectales, oculaires, maxillaires ou dans les membres inférieurs, qui peuvent être accompagnées d'un érythème. Les épisodes sont déclenchés par le contact cutané, les traumatismes mineurs et l'exposition au chaud. Leur intensité est telle qu'elle en est invalidante. PEPD est causé par des mutations du gène SCN9A, qui code pour la sous-unité alpha du canal sodique Nav1.7. Ce canal est distribué dans des cellules nerveuses périphériques appelées "nocicepteurs" qui sont impliquées dans la transmission du signal lié à la douleur. Méthode et Résultats Résultats Cliniques La partie clinique s'est déroulée à l'aide d'interviews structurées par visite directe, entretiens téléphoniques ou par correspondance. L'anamnèse, les données généalogiques et l'examen clinique ont été étudiés de façon extensive et tabulée. Résultats Génétiques Suite à l'identification de la mutation, un génotypage a été effectué à l'aide de techniques standards, afin de démontrer la co-ségrégation de la mutation avec la maladie. En outre, un groupe contrôle de 92 sujets suisses sans maladie connue ont été génotypés pour exclure la possibilité d'un polymorphisme rare. Grâce aux techniques de PCR et de séquençage, nous avons pu démontrer la présence d'une nouvelle mutation hétérozygote dans l'exon 27 du gène SCN9A, ce dernier étant impliqué dans plusieurs maladies dont PEPD. Cette mutation est codante, et conduit à un changement d'acide aminé dans le canal sodique Nav1.7 (mutation p.L1612P). Conclusions L'étude démontre la présence d'une nouvelle mutation du gène SCN9A permettant d'expliquer les symptômes décrits dans la famille investiguée. En effet, le groupe contrôle et tous les individus non symptomatiques de la famille n'ont pas la mutation, ce qui soutient fortement sa pathogénicité. En outre, il s'agit d'une mutation codante non-synonyme, localisée à proximité d'autres mutations causales précédemment étudiées au plan électrophysiologique.

Incidence et pronostic des métastases ganglionnaires dans les sarcomes des membres

Introduction : Bien que rares chez l'adulte, les sarcomes des tissus mous restent une maladie au pronostic très sombre. En effet, leur survie globale à 5 ans est de 50 % chez la femme et de 41 % chez l'homme. De plus, ils sont particulièrement difficiles à traiter, en raison de leur agressivité, de leur résistance face aux chimiothérapies et à la radiothérapie et d'autre part leur localisation conduit souvent à des opérations mutilantes. Pour les sarcomes des membres, il existe une opération appelée perfusion isolée du membre (ILP). Cela consiste à réaliser une chimiothérapie par voie intra-artérielle, en isolant le membre qui est perfusé par une solution Melphalan et de Tumor Necrosis Factor α à l'aide d'une circulation extra-corporelle pour son oxygénation. Ce type de traitement est à visée palliative, évitant une amputation du membre atteint. Pour accéder aux vaisseaux permettant la canulation de la pompe, un curage ganglionnaire est généralement effectué. Patients et méthode : Pour cette étude rétrospective, nous avons analysé la base de données des 278 ILP réalisées au Centre Hospitalier Universitaire Vaudois (CHUV) à Lausanne depuis mai 1988. Nous avons extrait et analysé de cette étude rétrospective 57 ILP réalisées pour des sarcomes. L'étude porte sur 52 patients traités entre le 19 février 1992 et le 14 décembre 2011, après avoir exclu les patients n'ayant pas bénéficié d'un curage ganglionnaire et la seconde ILP pour 4 patients qui en ont eu 2. Pour chacun de ces patients, les protocoles opératoires, les rapports d'examens radiologiques ainsi que les rapports de pathologies ont été revus et analysés. Nous avons également effectué une revue de la littérature sur PubMed. Résultats : Il y avait 28 hommes (53.8%) et 24 femmes (46.2 %). L'âge moyen au moment de l'ILP était de 56,7 ans (écart-type 16,8). Seul 3 patients sur les 52 avaient des métastases à distance au moment du diagnostic. Le curage ganglionnaire radical a montré que 13 patients (25 %) avaient une atteinte des ganglions lymphatiques (N+). Parmi les types histologiques qui ont présenté au moins une métastase ganglionnaire, on retrouve 2 léomyosarcomes, 2 sarcomes indifférenciés (anciennement MFH), 3 sarcomes épithélioïdes, 4 angiosarcomes et 2 synoviosarcomes. Pour les patients N0, la survie globale moyenne estimée par la méthode de Kaplan et Meier a été de 95,98 mois (CI 95% 66,72-125,23 mois). Pour les patients N1 la survie globale moyenne a chuté à 28,72 mois (CI 95% 6,48-50,97). Le test du Log Rank donne un Chi2 de 9,659 (P=0,002). La moyenne de survie sans maladie a été de 38,03 mois pour le groupe (N0) et de 10,87 mois pour le groupe N1, (CI 95 % 25,75-50,3 et 1,87-19,88 respectivement) et une valeur de P= 0.006. Nous n'avons pas mis en évidence de différence de survie statistiquement significative (P=0.946) entre les types ou les grades histologiques, en raison de la taille du collectif. Conclusion : Bien que rares, les métastases ganglionnaires des sarcomes des membres ont un impact négatif sur la survie à long terme du patient. Les résultats obtenus montrent qu'un curage peut participer au traitement régional et confirme la nécessité de pratiquer systématiquement une lymphadénectomie radicale en vue d'offrir les meilleures chances de survie au patient. Il faudrait donc se poser la question si la présence de métastases ganglionnaires ne devrait pas modifier la prise en charge pour tendre vers un traitement plus agressif chez de tels patients. Ce qui n'est pas le cas à l'heure actuelle.

L'interdiction de discrimination en raison de la nationalité au sens de l'Accord sur la libre circulation des personnes

Introduction : 6 décembre 1992: le peuple suisse rejette l'Accord sur l'Espace économique européen (EEE). Le Conseil fédéral décide alors de privilégier la voie bilatérale pour réglementer ses relations avec l'Union européenne (UE). Près de sept ans plus tard, le 21 juin 1999, un premier paquet de sept accords bilatéraux sont signés à Luxembourg. L'Accord sur la libre circulation des personnes (ALCP ou Accord) en constitue certainement « la partie la plus importante ». L'ALCP a pour objectif de garantir la libre circulation des travailleurs salariés, des travailleurs indépendants ainsi que de certaines catégories de non-actifs, et de faciliter la prestation de services sur le territoire des parties contractantes. Or la réalisation de ces objectifs dépend directement de la mise en oeuvre de l'interdiction de discrimination en raison de la nationalité. Au coeur même du principe de libre circulation, l'interdiction de discrimination en raison de la nationalité constitue, sans aucun doute, la clé de voûte de l'Accords. Partant de ce constat, il conviendra d'étudier dans un premier temps le principe de libre circulation (Partie I), puis de nous pencher dans un second temps sur l'interdiction de discrimination en raison de la nationalité (Partie II). La première partie de notre étude (consacrée à la libre circulation des personnes en vertu de l'ALCP) débutera par un survol des dispositions essentielles à l'appréhension d'un droit fondamental à la libre circulation, ainsi que par une présentation succincte du régime communautaire de libre circulation. Après avoir rappelé les étapes du cheminement ayant conduit à l'adoption de l'ALCP, et après avoir défini les différentes sources régissant la libre circulation entre la Suisse et les Etats membres de l'UE, nous analyserons ensuite l'ALCP lui-même, en procédant à la détermination de son champ d'application ainsi qu'à l'examen des principes généraux qui le régissent. Cet examen nous amènera alors à déterminer le rôle que devrait jouer la jurisprudence de la Cour de justice des Communautés européennes (CJCE) dans le cadre de l'Accord. Fort de cette analyse, nous conclurons cette première partie par une présentation du régime de libre circulation tel qu'institué par l'ALCP, sans oublier bien sûr d'évoquer, finalement, la portée du concept d'entrave et de la notion de citoyenneté européenne dans le cadre de ce régime. La seconde partie de notre étude (consacrée à l'interdiction de discrimination en raison de la nationalité selon l'ALCP) identifiera, à titre liminaire, les différentes dispositions de l'Accord visant à prohiber les discriminations en raison de la nationalité. Ces dispositions mises en lumière, nous détaillerons alors les étapes de l'examen permettant de relever la présence d'une discrimination en raison de la nationalité, en nous appuyant sur la jurisprudence de la Cour de justice et celle du Tribunal fédéral d'une part, et sur la doctrine développée en matière d'interdiction de discrimination d'autre part. Dans la foulée, nous pourrons ainsi présenter les différentes formes que peut revêtir une discrimination. Nous examinerons, en particulier, le régime prévu par la jurisprudence de la Cour de justice et celle du Tribunal fédéral en matière de discriminations à rebours présentant un élément transfrontalier. Suite de quoi nous serons en mesure - après examen des jurisprudences allemande et autrichienne relatives aux situations internes de discriminations à rebours - de procéder à une appréciation critique de la solution adoptée par le Tribunal fédéral en pareilles situations. A la suite de ces deux chapitres portant sur la notion et sur les formes de discriminations, il y aura lieu de définir le champ d'application matériel et personnel des différentes dispositions de l'Accord visant à interdire les discriminations en raison de la nationalité. Lors de la définition du champ d'application personnel en particulier, il conviendra, en premier lieu, d'identifier les personnes susceptibles d'invoquer ces différentes dispositions (les bénéficiaires). Cet examen débutera par l'identification des conditions générales communes à l'ensemble des dispositions étudiées. Il se poursuivra par l'analyse des conditions spécifiques de chaque norme, et se terminera par une présentation du régime particulier réservé aux membres de la famille et aux travailleurs détachés. En second lieu, il s'agira de déterminer les sujets de droit à l'encontre desquels ces dispositions sont opposables (les destinataires). Plus précisément, il s'agira d'examiner dans quelle mesure les particuliers, en sus des Etats, peuvent être destinataires des différentes obligations de l'ALCP en matière de libre circulation et d'interdiction de discrimination. Les champs d'application ayant été définis, il nous restera alors à examiner les différentes dispositions de l'Accord susceptibles de limiter la portée du principe de non-discrimination. Pour ce faire, nous analyserons en détail l'article 5 Annexe I-ALCP qui permet de limiter les droits consacrés par l'Accord pour des raisons d'ordre public, de sécurité publique ou de santé publique. Nous nous pencherons aussi sur les limitations liées à l'exercice de la puissance publique, consacrées par les articles 10, 16 et 22 al. 1 Annexe I-ALCP. Après un passage en revue des dernières dispositions de l'Accord prévoyant des limitations, nous examinerons ensuite dans quelle mesure certains principes non expressément prévus par l'Accord sont également susceptibles de justifier une différence de traitement en raison de la nationalité. Nous conclurons cette étude en analysant les implications juridiques d'une violation de l'interdiction de discrimination, ceci non seulement dans les relations liant l'Etat à un particulier, mais aussi dans celles liant deux particuliers entre eux. Dans le premier cas de figure nous verrons qu'il y a lieu de différencier l'analyse en fonction du type d'acte en question - les implications d'une violation n'étant pas les mêmes selon que l'on se trouve en présence d'une norme, d'une décision ou d'un contrat (de droit administratif ou de droit privé) présentant un caractère discriminatoire. Dans le second cas de figure, il s'agira cette fois-ci de distinguer les implications des conditions discriminatoires en fonction des différentes phases d'une relation contractuelle - aux stades de la conclusion d'un contrat, de son exécution et de sa résiliation.

Pollution stress on aquatic microbial communities

Thousands of chemical compounds enter the natural environment but many have unknown effects and consequences, in particular at low concentrations. This thesis work contributes to our understanding of pollution effects by using bacteria as test organisms. Bacteria are important for this question because some of them degrade and transform pollutants into less harmful compounds, but secondly because they themselves can be inhibited in their reproduction by exposure to toxic compounds. When inhibitory effects occur this may change the composition of the microbial com¬munity in the long run, leading to altered or diminished ecosystem services by those communities. As a result chemicals of anthropogenic origin may accumulate and per¬sist in the environment, and finally, affect higher organisms as well. In addition to acquiring basic understanding of pollutant effects at low concentrations on bacterial communities an applied goal of this thesis work was to develop bacteria-based tests to screen new organic chemicals for toxicity and biodégradation. In the first part of this work we developed a flow cytometry-based assay on SYT09 plus ethidium-bromide or propidium-iodide stained cells of Pseudomonas ûuorescens exposed or not to a variety of pollutants under oligotrophic growth conditions. Flow cytometry (FC) allows fast and accurate counting of bacterial cells under simul¬taneous assessment of their physiological state, in particular in combination with different fluorescent dyes. Here we employed FC and fluorescent dyes to monitor the effect that pollutants may exert on Pseudomonas ûuorescens SV3. First we designed an oligotrophic growth test, which enabled us to follow population growth at low densities (104 - 10 7 cells per ml) using 0.1 mM sodium acetate as carbon source. Cells in the oligotrophic milieu were then exposed or not to a variety of common pollutants, such as 2-chlorobiphenyl (2CBP), naphthalene (NAH), 4-chlorophenol (4CP), tetradecane (TD), mercury chloride (HgCl2) or benzene, in different dosages. Exposed culture samples were stained with SYT09 (green fluorescent dye binding nucleic acids, generally staining all cells) in combination with propidium iodide (PI) or ethidium bromide (EB), both dyes being membrane integrity indicators. We ob- served that most of the tested compounds decreased population growth in a dosage- dependent manner. SYT09/PI or SYT09/EB staining then revealed that chemical exposure led to arisal of subpopulations of live and injured or dead cells. By modeling population growth on the total cell numbers in population or only the subpopulation of live cells we inferred that even in stressed populations live cells multiply at rates no different to unexposed controls. The net decrease in population growth would thus be a consequence of more and more cells being not able to multiply at all, rather than all cells multiplying at slower rates. In addition, the proportion of injured cells correlated to the compound dosage. We concluded that the oligotrophic test may be useful to asses toxicity of unknown chemicals on a variety of model bacteria. Mul¬tiple tests can be run in parallel and effects are rapidly measured within a period of 8 hours. Interestingly, in the same exposure tests with P. fluorescens SV3 we observed that some chemicals which did not lead to a reduction of net population growth rates did cause measurable effects on live cells. This was mainly observed in cells within the live subpopulation as an increase of the EB fluorescence signal. We showed that SYT09/EB is a more useful combination of dyes than SYT09/PI because PI fluorescence tend to increase only when cells are effectively dead, but not so much in live cells (less then twofold). In contrast, EB geometric mean fluorescence in live cells increased up to eightfold after exposure to toxic compounds. All compounds even at the lowest concentration caused a measurable increase in EB geometric mean fluorescence especially after 2 h incubation time. This effect was found to be transient for cells exposed to 2CBP and 4CP, but chronic for cells incubated with TD and NAH (ultimately leading to cell death). In order to understand the mechanism underlying the observed effects we used known membrane or energy uncouplers. The pattern of EB signal increase in chemical-exposed populations resembled mostly that of EDTA, although EB fluorescence in EDTA-treated or pasteurized cells was even higher than after exposure to the four test chemicals. We conclude that the ability of cells to efflux EB under equilibrium conditions is an appropriate measure for the potential of a chemical to exert toxicity. Since most bacterial species possess efflux systems for EB that all require cellular energy, our test should be more widely relevant to infer toxicity effects of chemical exposure on the physiological status of the bacterial cell. To better understand the effect of toxicant exposure on efflux defense systems, we studied 2-hydroxybiphenyl toxicity to Pseudomonas azeiaica HBP1. We showed that 2-HBP exerts toxicity even to P. azelaica HBP1, but only at concentrations higher than 0.5 mM. Above this concentration transient loss of membrane polarization and integrity occurred, which we conclude from staining of growing cells with fluorescent dyes. Cells finally recover and resume growth on 2HBP. The high resistance of P. azelaica HBP1 to 2-HBP was found to be the result of an efficient MexABOprM- type efflux pump system counteracting passive influx of this compound into the membrane and cellular interior. Mutants with disrupted mexA, mexB and oprM genes did no longer grow on 2-HBP at concentrations above 100 μΜ, whereas below this concentration we found 2-HBP-concentration dependent decrease of growth rate. The MexAB-OprM system in P. azeiaica HBP1 is indeed an efflux pump for ethidium bromide as well. By introducing gfp reporter fusions responsive to intracellular 2- HBP concentrations into HBP1 wild-type or the mutants we demonstrated that 2HBP enters into the cells in a similar way. In contrast, the reporter system in the wild-type cells does not react to 2-HBP at an outside concentration of 2.4 μΜ, whereas in mutant cells it does. This suggests that wild-type cells pump 2-HBP to the outside very effectively preventing accumulation of 2-HBP. 2HBP metabolism, therefore, is not efficient enough to lower the intracellular concentration and prevent toxicity. We conclude that P. azelaica HBP1 resistance to 2-HBP is mainly due to an efficient efflux system and that 2HBP in high concentrations exerts narcotic effects on the bacterial membrane. In the part of this thesis, we investigated the possibilities of bacteria to degrade pollutants at low concentrations (1 mg per L and below). As test components we used 2-hydroxybiphenyl, antibiotics and a variety of fragrances, many of which are known to be difficult to biodegrade. By using accurate counting of low numbers of bacterial cells we could demonstrate that specific growth on these compounds is possible. We demonstrated the accuracy of FC counting at low cell numbers (down to 103 bacterial cells per ml). Then we tested whether bacterial population growth could be specifically monitored at the expense of low substrate concentrations, us¬ing P. azelaica HBP1. A perfect relationship was found between growth rate, yield and 2-HBP concentrations in the range of 0.1 up to 5 mg per L. Mixing P. azelaica within sludge, however, suggested that growth yields in a mixed community can be much lower than in pure culture, perhaps because of loss of metabolic intermediates. We then isolated new strains from activated sludge using 2-HBP or antibiotics (Nal, AMP, SMX) at low concentrations (0.1-1 mg per L) as sole carbon and energy sub¬strate and PAO microdishes. The purified strains were then examined for growth on their respective substrate, which interestingly, showed that all strains can not with¬stand higher than 1 or 10 mg per L concentrations of target substrate. Thus, bacteria must exist that contribute to compound degradation at low pollutant concentrations but are inhibited at higher concentrations. Finally we tested whether specific biomass growth (in number of cells) at the expense of pollutants can also be detected with communities as starting material. Hereto, we focused on a number of fragrance chemicals and measured community biomass increase by flow cytometry cell counting on two distinct starter communities: (i) diluted Lake Geneva water, and dilute activated sludge from a wastewater treatment plant. We observed that most of the test compounds indeed resulted in significant biomass increase in the starter community compared to a no-carbon added control, but activated sludge and lake Geneva water strongly differed (almost mutually ex¬clusive) in their capacity to degrade the test chemicals. In two cases for activated sludge the same type of microbial community developed upon compound exposure, as concluded from transcription fragment length polymorphism analysis on community purified and PCR amplified 16S rRNA gene fragments. To properly test compound biodegradability it is thus important to use starter communities of different origin. We conclude that FC counting can be a valuable tool to screen chemicals for their biodegradability and toxicity. - Des milliers de produits chimiques sont libérés dans l'environnement mais beaucoup ont des effets inconnus, en particulier à basses concentrations. Ce travail de thèse contribue à notre comprehension des effets de la pollution en utilisant des bacteries comme des organismes-tests. Les bacteries sont importantes pour etudier cette ques¬tion car certaines d'entre elles peuvent degrader ou transformer les polluants, mais également parce qu'elles-mmes peuvent tre inhibees dans leur reproduction après avoit ete exposees à ces composes toxiques. Quand des effets inhibiteurs ont lieu, la composition de la communauté microbienne peut tre changee à long terme, ce qui mène à une reduction du service d'ecosystème offert par ces communautés. En consequence, après leur liberation dans l'environnement, les produits chimiques d'origine anthropogenique peuvent soit s'y accumuler et per¬sister, exerant ainsi des effets encore inconnus sur les organismes vivants. En plus d'acquérir des connaissances de base sur les effets des polluants à basses concentra¬tions sur les communautés microbiennes, un but applique de cette thèse était de développer des tests bases sur les bacteries afin d'identifier de nouveau composes pour leur toxicité ou leur biodégradation. Dans la première partie de ce travail, nous avons developpe un test base sur la cytometrie de flux (FC) sur des cellules de Pseudomonas fluorescens colorees par du bromure d'ethidium ou de l'iodure de propidium et exposees ou non à une palette de polluants sous des conditions de croissance oligotrophique. La cytometrie de flux est une technique qui connaît de nombreuses applications dans la microbiologie environ¬nementale. Cela est principalement du au fait qu'elle permet un comptage rapide et precis ainsi que l'évaluation de l'état physiologique, en particulier lorsqu'elle est combinée h des colorations fluorescentes. Ici, nous avons utilise la technique FC et des colorants fluorescents afin de mesurer l'effet que peuvent exercer certains pollu¬ants sur Pseudomonas ûuorescens SV3 . D'abord nous avons conu des tests oligo- trophiques qui nous permettent de suivre la croissance complète de cellules en culture h des densites faibles (104 -10 7 cellules par ml), sur de l'acetate de sodium à 0.1 mM, en presence ou absence de produits chimiques (2-chlorobiphenyl (2CBP), naphthalène (NAH), 4-chlorophenol (4CP), tetradecane (TD), chlorure de mercure(II) (HgCl2)) à différentes concentrations. Afin de montrer le devenir des bacteries tant au niveau de la cellule individuelle que celui de la population globale, après exposition à des series de composes chimiques, nous avons compte les cellules colorees avec du SYT09 (col¬orant fluorescent vert des acides nucléiques pour la discrimination des cellules par rapport au bruit de fond) en combinaison avec l'iodure de propidium (PI) ou le bromure d'ethidium (EB), indicateurs de l'intégrité de la membrane cellulaire avec FC. Nous avons observe que de nombreux composes testes avaient un effet sur la croissance bacterienne, resultant en une baisse du taux de reproduction de la pop¬ulation. En outre, la double coloration que nous avons utilisee dans cette etude SYT09/PI ou SYT09/EB a montre que les produits chimiques testes induisaient une reponse heterogène des cellules dans la population, divisant celle-ci en sous- populations "saine", "endommagee" ou "morte". Les nombres de cellules à partir du comptage et de la proportion de celles "saines" et "endommagees/mortes" ont ensuite ete utilises pour modeliser la croissance de P. ûuorescens SV3 exposee aux produits chimiques. La reduction nette dans la croissance de population est une consequence du fait que de plus en plus de cellules sont incapables de se reproduire, plutt que du fait d'une croissance plus lente de l'ensemble de la population. De plus, la proportion de cellules endommagees est correllee au dosage du compose chimique. Les résultats obtenus nous ont permis de conclure que le test oligotrophique que nous avons developpe peut tre utilise pour l'évaluation de la toxicité de produits chimiques sur différents modèles bacteriens. Des tests multiples peuvent tre lances en parallèle et les effets sont mesures en l'espace de huit heures. Par ailleurs, nous en déduisons que les produits chimiques exercént un effet sur la croissance des cellules de P. ûuorescens SV3, qui est heterogène parmi les cellules dans la population et depend du produit chimique. Il est intéressant de noter que dans les mmes tests d'exposition avec P. ûuorescens SV3, nous avons observe que certains composes qui n'ont pas conduit à une reduction du taux de la croissance nette de la population, ont cause des effets mesurables sur les cellule saines. Ceci a ete essentiellement observe dans la portion "saine" des cellules en tant qu'augmentation du signal de la fluorescence de 1ΈΒ. D'abord nous avons montre que SYT09/EB était une com¬binaison de colorants plus utile que celle de SYT09/PI parce que la fluorescence du PI a tendance à augmenter uniquement lorsque les cellules sont effectivement mortes, et non pas dans les cellules saines (moins de deux fois plus). Par opposi¬tion, la fluorescence moyenne de l'EB dans les cellules saines augmente jusqu'à huit fois plus après exposition aux composes toxiques. Tous les composes, mme aux plus basses concentrations, induisent une augmentation mesurable de la fluorescence moy¬enne de 1ΈΒ, plus particulièrement après deux heures d'incubation. Cet effet s'est revele tre transitoire pour les cellules exposees aux 2CNP et 4CP, mais est chro¬nique pour les cellules incubees avec le TD et le NAH (entranant la mort cellulaire). Afin de comprendre les mécanismes qui sous-tendent les effets observes, nous avons utilise des decoupleurs d'energie ou de membrane. L'augmentation du signal EB dans les populations causee par des produits chimiques ressemblait à celle exerce par le chelateur des ions divalents EDTA. Cependant, les intensités du signal EB des cellules exposees aux produits chimiques testees n'ont jamais atteint les valeurs des cellules traitees avec l'EDTA ou pasteurises. Nous en concluons que le test oli- gotrophique utilisant la coloration (SYT09/)EB des cellules exposees ou non à un produit chimique est utile afin d'evaluer l'effet toxique exerce par les polluants sur la physiologie bacterienne. Afin de mieux comprendre la reaction d'un système de defense par pompe à efflux après exposition à une toxine, nous avons étudié la toxicité du 2-hydroxybiphenyl (2-HBP) sur Pseudomonas azeiaica HBP1. Nous avons montre que le 2-HBP exerce une toxicité mme sur HBP1, mais uniquement à des concentrations supérieures à 0.5 mM. Au-dessus de cette concentration, des pertes transitoires d'intégrité et de polarization membranaire ont lieu, comme cela nous a ete montre par coloration des cellules en croissance. Les cellules sont finalement capables de se rétablir et de reprendre leur croissance sur 2-HBP. La forte resistance de P. azeiaica HBP1 h 2-HBP physiologie bacterienne s'est revele tre le résultat d'un système de pompe h efflux de type MexABOprM qui contre-balance l'influx passif de ce compose h travers la membrane. Nous avons montre, en construisant des mutants avec des insertions dans les gènes mexA, mexB and oprM et des fusions avec le gène rapporteur gfp, que l'altération de n'importe quelle partie du système d'efflux conduisait à accroître l'accumulation de 2-HBP dans la cellule, en comparaison avec la souche sauvage HBP1, provoquant une diminution de la resistance au 2-HBP ainsi qu'une baisse du taux de reproduction des cellules. Des systèmes d'efflux similaires sont répandus chez de nombreuses espèces bactériennes. Ils seraient responsables de la resistance aux produits chimiques tels que les colorants fluorescents (bromure d'ethidium) et des antibiotiques. Nous concluons que la resistance de P. azelaica HBP1 à 2-HBP est principalement due à un système d'efflux efficace et que 2-HBP, à des concentrations elevees, exerce un effet deletère sur la membrane bacterienne. En se basant sur le comptage des cellules avec la FC, nous avons developpe ensuite une methode pour evaluer la biodegradabilite de polluants tels que le 2-HBP ainsi que les antibiotiques (acide nalidixique (Nal), ampicilline (AMP) ou sulfamethoxazole (SMX)) à de faibles concentrations lmg par L et moins), par le suivi de la croissance spécifique sur le compose de cultures microbiennes pures et mixtes. En utilisant un comptage precis de faibles quantités de cellules nous avons pu demontrer que la croissance spécifique sur ces composes est possible. Nous avons pu illustrer la precision du comptage par cytometrie de flux à faible quantité de cellules (jusqu'à 10 3 cellules par ml). Ensuite, nous avons teste s'il était possible de suivre dynamiquement la croissance de la population de cellules sur faibles concentrations de substrats, en utilisant P. azelaica HBP1. Une relation parfaite a ete trouvee entre le taux de croissance, le rendement et les concentrations de 2-HBP (entre 0.1 et 5 mg par L). En mélangeant HBP1 à de la boue active, nous avons pu montrer que le rendement en communauté mixtes pouvait tre bien inférieur qu'en culture pure. Ceci étant peut tre le résultat d'une perte d'intermédiaires métaboliques. Nous avons ensuite isole de nouvelles souches à partir de la boue active en utilisant le 2-HBP ou des antibiotiques (Nal, AMP, SMX) h basses concentrations (0.1-1 mg par L) comme seules sources de carbone et d'energie. En combinaison avec ceci, nous avons également utilise des microplaques PAO. Les souches purifiees ont ensuite ete examinees pour leurs croissances sur leurs substrats respectifs. De faon intéressante, toutes ces souches ont montre qu'elles ne pouvaient pas survivre à des concentrations de substrats supérieures à 1 ou 10 mg par L. Ainsi, il existe des bacteries qui contribuent à la degradation de composes à basses concentrations de polluant mais sont inhibes lorsque ces concentrations deviennent plus hautes. Finalement, nous avons cherche à savoir s'il est possible de detecter une croissance spécifique à une biomasse au depend d'un polluant, en partant d'une communauté microbienne. Ainsi, nous nous sommes concentre sur certains composes et avons mesure l'augmentation de la biomasse d'une communauté grce à la cytometrie de flux. Nous avons compte deux communautés de depart distinctes: (i) une dilution d'eau du Lac Léman, et une dilution de boue active d'une station d'épuration. Nous avons observe que la plupart des composes testes ont entrane une augmentation de la biomasse de depart par rapport au control sans addition de source de carbone. Néanmoins, les échantillons du lac Léman et de la station d'épuration différaient largement (s'excluant mutuellement l'un l'autre) dans leur capacité à degrader les composes chimiques. Dans deux cas provenant de la station d'épuration, le mme type de communauté microbienne s'est developpe après exposition aux composes, comme l'a démontré l'analyse TRFLP sur les fragments d'ARN 16S purifie de la communauté et amplifie par PCR. Afin de tester correctement la biodegradabilite d'un compose, il est donc important d'utiliser des communautés de depart de différentes origines Nous en concluons que le comptage par cytometrie de flux peut tre un outil de grande utilité pour mettre en valeur la biodegradabillite et la toxicité des composes chimiques.

The Macrocirculation and Microcirculation of Hypertension.

Changes in vascular structure that accompany hypertension may contribute to hypertensive end-organ damage. Both the macrovascular and microvascular levels should be considered, as interactions between them are believed to be critically important. Regarding the macrocirculation, the article first reviews basic concepts of vascular biomechanics, such as arterial compliance, arterial distensibility, and stress-strain relationships of arterial wall material, and then reviews how hypertension affects the properties of conduit arteries, particularly examining evidence that it accelerates the progressive stiffening that normally occurs with advancing age. High arterial stiffness may increase central systolic and pulse pressure by two different mechanisms: 1) Abnormally high pulse wave velocity may cause pressure waves reflected in the periphery to reach the central aorta in systole, thus augmenting systolic pressure; 2) In the elderly, the interaction of the forward pressure wave with high arterial stiffness is mostly responsible for abnormally high pulse pressure. At the microvascular level, hypertensive disease is characterized by inward eutrophic or hypertrophic arteriolar remodeling and capillary rarefaction. These abnormalities may depend in part on the abnormal transmission of highly pulsatile blood pressure into microvascular networks, especially in highly perfused organs with low vascular resistance, such as the kidney, heart, and brain, where it contributes to hypertensive end-organ damage.

Increased carotid intima-media thickness in the absence of atherosclerotic plaques in an adult population with Fabry disease.

AIM: Fabry disease is considered primarily as a progressive small vessel disease, with ischaemic degenerative lesions involving the kidneys, brain and heart. Macrovascular involvement in male patients includes an accelerated wall hypertrophy of the radial artery and a thickening of the intima-media of the common carotid artery. The aim of this study is to evaluate the prevalence and severity of carotid artery atherosclerosis in hemizygous and heterozygous patients with Fabry disease, compared with a matched control population. METHODS: The common carotid artery intima-media thickness (IMT) of 53 patients with Fabry disease (24 men, 29 women) was measured by high-definition ultrasonography, and the presence or absence of atherosclerotic plaques reported. Results were compared with those of 120 age-matched healthy individuals (83 men, 37 women). RESULTS: The common carotid artery IMT was increased to the same extent in male and female patients with Fabry disease (706+/-211 microm and 749+/-395 microm, respectively) compared with that of the control population (614+/-113 microm). In the Fabry population, IMT did not correlate with either systolic blood pressure or with renal function (plasma creatinine). In the control population, only systolic blood pressure was positively and significantly correlated with IMT. Atherosclerotic plaques in the common carotid artery were not observed in any patient with Fabry disease, whereas 34% of the control population had carotid artery plaques, as evidenced by focal non-homogeneous intima-media thickening greater than 1.2 mm. CONCLUSION: This study presents evidence of a major increase in common carotid artery IMT, both in hemizygous and heterozygous patients with Fabry disease, in the absence of focal atherosclerotic plaques. These results suggest that the conduit arteries may be protected from atherosclerosis in Fabry disease.

Prescriptions de protection incendie en Suisse : étude de leur domaine d'application et de leur respect par l'investigation d'incendies

Avant - Propos Le feu et la protection incendie Quel que soit l'usage d'un bâtiment, chaque étape de la construction est soumise à l'application de normes. Certaines, utilisées par les architectes et les ingénieurs, concernent le gros oeuvre ; en simplifiant leur rôle, elles assurent la solidité et la stabilité de l'immeuble. Si celui-ci est ouvert au public, des aménagements particuliers concernant la sécurité des personnes sont imposés. D'autres comme les prescriptions sur les installations électriques intérieures, précisent la manière de construire une alimentation, le type de matériel utilisable en fonction du courant et de la tension, les sécurités destinées à éviter toute détérioration des circuits et tout risque d'électrocution, etc. Enfin, les prescriptions en matière de protection incendie jouent évidemment un rôle préventif et, dans le domaine judiciaire, servent de références pour qualifier une éventuelle infraction ; elles évitent qu'une source de chaleur installée dans un bâtiment - tel qu'un appareil de chauffage ou des plaques de cuisson - ou susceptible d'apparaître consécutivement à l'usure d'un matériau ou à son vieillissement - disparition d'un isolant thermique, défaut d'étanchéité d'un conduit transportant les gaz chauds de combustion, par exemple - ne communiquent une partie de l'énergie calorifique dégagée à un combustible et ne l'enflamme. Le concept de protection incendie implique d'exposer et de développer les principales notions relatives à l'inflammation d'un matériau, à sa combustion ainsi qu'au transport de l'énergie calorifique. Fréquemment, le milieu dans lequel le générateur de chaleur est installé joue un rôle dans la phase d'allumage de l'incendie. Il est évident que les prescriptions de protection incendie s'appliquent à chaque élément de construction et, par conséquent, doivent être respectées par toute personne participant à la réalisation d'un ouvrage : le chauffagiste, l'électricien, l'installateur sanitaire, le constructeur de cuisine, mais également le maçon qui construit la cheminée, le peintre et le décorateur qui posent des revêtements ou des garnitures inflammables, le menuisier qui utilise le bois pour dissimuler des conduites de fumée, etc. Dès lors, tout sinistre, hormis celui qui est perpétré délibérément, ne peut s'expliquer que par : - le non-respect ou le défaut d'application d'une prescription de protection incendie; - une lacune de la norme qui ignore une source d'échauffement et/ou un mode de transfert de l'énergie calorifique. Le but premier de ce travail consiste à : - analyser les sinistres survenus durant les années 1999 à 2005 dans plusieurs cantons suisses qui ont fait l'objet d'une investigation de la part d'un service technique de la police ou d'un expert ; - examiner les éléments retenus pour expliquer la cause de l'incendie à la norme afin de répondre à la question : « l'application d'une ou de plusieurs directives lors de l'installation ou de l'utilisation du générateur d'énergie calorifique aurait-elle évité à ce dernier de communiquer une partie de la chaleur dégagée à un combustible et à l'enflammer ? » Le second objectif visé est d'apporter une solution à la question précédente : - si la norme existe, c'est un défaut d'installation ou d'utilisation de la source de chaleur qui est à l'origine de l'incendie. Il importe donc de connaître la raison pour laquelle la prescription a été ignorée ou appliquée de manière erronée ou lacunaire; - si la norme n'existe pas, ce sont les prescriptions en matière de protection incendie qui doivent être complétées. Le chapitre suivant abordera ces thèmes en proposant divers postulats destinés à évaluer l'efficacité actuelle du concept de protection incendie en Suisse.

Comparaison des réponses hémodynamiques d'un repas modérément salé et d'un repas riche en sel : une hypothèse pour expliquer l'hypertrophie ventriculaire gauche des régimes hypersodés

De nombreuses études cliniques ont révélé une corrélation étroite entre un régime alimentaire riche en sel et le développement d'une hypertrophie ventriculaire gauche. Cette association a été classiquement attribuée aux effets hypertensifs à long terme d'une alimentation riche en sel. Toutefois, les études épidémiologiques ont également démontré que l'hypertrophie ventriculaire gauche peut survenir indépendamment de changements de pression artérielle.¦L'ingestion de sel n'étant pas distribuée de manière homogène durant la journée mais ayant lieu principalement durant les repas, nous émettons l'hypothèse que chaque repas riche en sel induit une augmentation aiguë de la pression artérielle, des pressions de remplissage cardiaque, du volume d'éjection systolique et du débit cardiaque. L'augmentation résultante du travail cardiaque pourrait ainsi à la longue entraîner une hypertrophie cardiaque.¦Pour tester si un repas riche en sel conduit à des modifications hémodynamiques favorisant l'hypertrophie cardiaque, nous avons comparé chez la même personne jeune et en bonne santé la réponse hémodynamique à un repas modérément salé (45 mmol) à celle d'un repas riche en sel (165 mmol de sodium). Les repas ont été pris de manière randomisée à 7 jours d'intervalle. Divers paramètres hémodynamiques ont été mesurés en continu avant et jusqu'à 140 minutes après chaque repas. Nos résultats montrent que les augmentations post-prandiales du volume d'éjection systolique et du travail cardiaque ont été plus prononcées après un repas à haute teneur en sel par rapport à un repas modérément salé.¦Nous spéculons que des apports chroniques en sel induisent des charges hémodynamiques répétées. Etant donné que la concentration plasmatique de sodium, qui est augmentée après un repas salé, est également capable de stimuler la croissance des myocytes cardiaques, il est possible que la combinaison sur des mois ou des années de pics hypernatrémiques post-prandiaux et de charges cardiaques soit responsable de l'hypertrophie cardiaque souvent observée avec une alimentation riche en sel.¦-¦Many clinical studies have shown a close correlation between a chronic high salt diet and the development of left ventricular hypertrophy. This association has been classically attributed to the long-term hypertensive effects of a high salt diet. However, epidemiological studies have also shown that left ventricular hypertrophy may occur independently of changes in arterial pressure.¦Since salt ingestion during a high salt diet is not distributed evenly over a 24-hr period, but occurs essentially during meal periods, we speculate that each acute salt load could lead to greater acute increases in blood pressure, heart filling pressure, stroke volume and cardiac output, putting an additional work load on the heart, promoting in the long run cardiac hypertrophy.¦To test whether a high salt meal leads to hemodynamic changes that may favor cardiac hypertrophy, we compared in the same healthy young individual the response to a moderately salted meal (45 mmol) and to a high-salt meal (165 mmol sodium), given in a random order on separate days, on various cardiovascular parameters that were continuously monitored before and up to 140 minutes after the meal. Our results show that the post-prandial increases in stroke volume, and cardiac work were more pronounced after a high-salt meal than after a low-salt meal.¦We speculate that repetitive salt loads associated with a high salt diet may lead to repetitive hemodynamic loads. Since plasma sodium concentration, which is increased after a salty meal, is also capable to stimulate myocyte growth, it is possible that the combination of post-prandial hypernatremic peaks and of cardiac loads may be responsible, when repeated many times over period of months, of the cardiac hypertrophy often seen with a high salt diet.