980 resultados para Data-bank


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Prepared for the ICRDB Program by the Current Cancer Research Project Analysis Center.

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Sponsored by NIH/NCI contract N01-CO-35403.

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Description based on: June 1981.

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Description based on: NCI/ICRDB/SL-332.

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The polypeptide backbones and side chains of proteins are constantly moving due to thermal motion and the kinetic energy of the atoms. The B-factors of protein crystal structures reflect the fluctuation of atoms about their average positions and provide important information about protein dynamics. Computational approaches to predict thermal motion are useful for analyzing the dynamic properties of proteins with unknown structures. In this article, we utilize a novel support vector regression (SVR) approach to predict the B-factor distribution (B-factor profile) of a protein from its sequence. We explore schemes for encoding sequences and various settings for the parameters used in SVR. Based on a large dataset of high-resolution proteins, our method predicts the B-factor distribution with a Pearson correlation coefficient (CC) of 0.53. In addition, our method predicts the B-factor profile with a CC of at least 0.56 for more than half of the proteins. Our method also performs well for classifying residues (rigid vs. flexible). For almost all predicted B-factor thresholds, prediction accuracies (percent of correctly predicted residues) are greater than 70%. These results exceed the best results of other sequence-based prediction methods. (C) 2005 Wiley-Liss, Inc.

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The presence and location of intramolecular disulphide bonds are a key determinant of the structure and function of proteins. Intramolecular disulphide bonds in proteins have previously been analyzed under the assumption that there is no clear relationship between disulphide arrangement and disulphide concentration. To investigate this, a set of sequence nonhomologous protein chains containing one or more intramolecular disulphide bonds was extracted from the Protein Data Bank, and the arrangements of the bonds, Protein Data Bank header, and Structural Characterization of Proteins fold were analyzed as a function of intramolecular, containing proteins were disulphide bond concentration. Two populations of intramolecular disulphide bond-containing identified, with a naturally occurring partition at 25 residues per bond. These populations were named intramolecular disulphide bond-rich and -poor. Benefits of partitioning were illustrated by three results: (1) rich chains most frequently contained three disulphides, explaining the plateaux in extant disulphide frequency distributions; (2) a positive relationship between median chain length and the number of disulphides, only seen when the data were partitioned-, and (3) the most common bonding pattern for chains with three disulphide bonds was based on the most common for two, only when the data were partitioned. The two populations had different headers, folds, bond arrangements, and chain lengths. Associations between IDSB concentration, IDSB bonding pattern, loop sizes, SCOP fold, and PDB header were also found. From this, we found that intramolecular disulphide bond-rich and -poor proteins follow different bonding rules, and must be considered separately to generate meaningful models of bond formation.

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In this study, we propose a novel method to predict the solvent accessible surface areas of transmembrane residues. For both transmembrane alpha-helix and beta-barrel residues, the correlation coefficients between the predicted and observed accessible surface areas are around 0.65. On the basis of predicted accessible surface areas, residues exposed to the lipid environment or buried inside a protein can be identified by using certain cutoff thresholds. We have extensively examined our approach based on different definitions of accessible surface areas and a variety of sets of control parameters. Given that experimentally determining the structures of membrane proteins is very difficult and membrane proteins are actually abundant in nature, our approach is useful for theoretically modeling membrane protein tertiary structures, particularly for modeling the assembly of transmembrane domains. This approach can be used to annotate the membrane proteins in proteomes to provide extra structural and functional information.

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Esta dissertação apresenta um estudo exploratório que tem como objetivo a avaliação da reação do mercado frente aos problemas de agência e assimetria informacional entre os acionistas majoritários-controladores e os acionistas minoritários de uma empresa brasileira de capital aberto, no tocante ao valor das suas ações negociadas na Bolsa de Valores de São Paulo. O estudo se propõe a investigar o impacto de precificação dessas ações promovendo a análise do seu comportamento frente à divulgação de notícias de crise e fraude da empresa por meio da mídia especializada. A metodologia adotada consiste na aplicação de estudo de eventos para identificação de retornos anormais da empresa desde a divulgação da primeira notícia selecionada, datada de maio de 2001, até a última notícia em outubro de 2005, utilizando-se de procedimentos estatísticos como a regressão linear e aplicação do teste t de student para estimar e comparar os resultados. Os dados foram obtidos por meio do banco de dados da Economática Ltda, conforme acesso realizado na Universidade de São Paulo. Para objeto de pesquisa foi selecionada a empresa Bombril S/A, por estar em evidências quanto a problemas de agência no âmbito do mercado nacional. Os resultados obtidos apontaram que o mercado reagiu significantemente aos anúncios dos conflitos selecionados, apresentando um valor de p-value <0,05 para os blocos de eventos, o que significa a rejeição da hipótese nula, constatando que a evidencia estatística dos dados testados comprova retornos anormais acumulados diferentes de zero. Entretanto, sugere-se novas pesquisas com outros parâmetros de eventos na busca de mais evidências sobre o efeito das informações no preço das ações.

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Reciprocidade indivíduo-organização e afetividade são dois fenômenos presentes na vida organizacional e que se tornaram tópicos de pesquisa no campo de estudos do comportamento organizacional. Esse estudo teve como objetivo reforçar as evidências empíricas acerca das relações entre cognições de troca indivíduo-organização e afetividade no contexto de trabalho. Para tanto, foram submetidas à teste empírico cinco hipóteses inspiradas em um estudo inédito desenvolvido por Siqueira (2002b). Contou-se com a utilização de um questionário composto por cinco escalas validadas, referentes as variáveis do estudo, que avaliaram percepção de suporte organizacional (PSO), percepção de reciprocidade organizacional (PRO), comprometimento organizacional normativo (CON), satisfação no trabalho (STR) e comprometimento organizacional afetivo (COA). Participaram 275 profissionais, sendo 183 pertencentes ao setor administrativo e 92 ao setor administrativo-acadêmico de uma Instituição de Ensino Superior, situada na região do Grande ABCD Paulista e com inserção no estado de São Paulo. OS participantes do estudo tinham idade média de 32 anos, sendo a maioria (58,2%) do sexo feminino, com escolaridade em nível superior (39,6%) e tempo médio de trabalho na organização de quatro anos. Os dados coletados foram organizados em um banco de dados eletrônico para tratamento estatístico, quando se utilizou o aplicativo SPSS (Statistical Package for the Social Scienses). Foram realizadas análises descritivas das variáveis e análises de correlação e de regressão múltipla para os testes das cinco hipóteses. Todas as hipóteses foram confirmadas. Conclui-se então, que o presente estudo reforça as proposições de Siqueira (2002b) acerca da pertinência de se considerar os três conceitos analisados (PSO, PRO E CON) como integrantes do esquema mental de reciprocidade. Ainda, os resultados do estudo reafirmam as evidências acerca da capacidade preditiva do EMR sobre satisfação no trabalho e comprometimento organizacional afetivo. Por fim, a análise dos dados aponta percepção de suporte organizacional como sendo o componente cognitivo do EMR com maior poder de influência sobre satisfação no trabalho e comprometimento organizacional afetivo. Portanto, cognições acerca das relações de troca social com organizações antecedem satisfação e comprometimento afetivo que, por sua vez, são importantes fatores a favor da organização, contribuindo para sua efetividade.

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Sucesso profissional está relacionado à satisfação do indivíduo com a sua carreira em longo prazo. Essa satisfação deriva de aspectos intrínsecos e extrínsecos, referentes a uma dimensão objetiva - aspectos mais visíveis do sucesso na carreira - que inclui: salários, progressão profissional, status e oportunidades de desenvolvimento de carreira, como promoção; e outra subjetiva, que se refere à interpretação pessoal do que seja sucesso, em especial na carreira: satisfação com o trabalho, orgulho, sentimentos de autorrealização, dentre outros. A percepção do sucesso com a carreira pode estar associada a características individuais como, por exemplo, a resiliência, que representa o processo dinâmico de adaptação positiva frente às adversidades. Na literatura, não foram localizados estudos que relacionem ambas as variáveis, isto é, sobre o quanto a resiliência pessoal pode contribuir para a percepção de sucesso na carreira. A fim de investigar essa influência, esta pesquisa tem como objetivo principal identificar se resiliência pessoal de administradores prediz sua percepção de sucesso na carreira. Participaram 137 administradores, formados em diversas instituições, sendo 56,1% do sexo feminino e 43,7% do sexo masculino, com idade média de 33 anos, divididos entre casados ou solteiros (44,5% para ambos). Os dados foram coletados por meio de um questionário sociodemográfico, baseado na Escala de Percepção de Sucesso na Carreira e da Connor-Davidson Resilience Scale (CD-RISC). As respostas compuseram um banco eletrônico de dados e foram analisados por meio do Statistical Package for the Social Sciences (SPSS). Resultados de análises de regressão hierárquica revelaram que resiliência prediz 5,5% da percepção do sucesso na carreira objetiva e 9% da percepção de sucesso na carreira subjetiva. Ao acrescentar a interação entre idade e tempo de trabalho, o poder de predição de ambos os modelos, tanto para sucesso objetivo, quanto para o subjetivo, elevou-se substancialmente, chegando ao dobro. Resiliência contribui para que os participantes percebam sucesso na carreira em ambas as dimensões, objetiva e subjetiva, e a predição é potencializada pela interação entre idade e tempo de trabalho. Os achados deste estudo confirmaram a hipótese levantada. O estudo trouxe contribuições para a área, mas também foram reconhecidas limitações, em função das quais foi proposta uma agenda de pesquisa para estudos futuros.