Interaction of Co, Mn, Mg and AI with d(GCGTACGC): a spectroscopic study

Spectroscopic study on the interactions of trace elements Co, Mn, Mg and Al with d(GCGTACGC) indicated the following: Al and Mg did not alter T-m values. Mn enhanced T-m at lower concentration and decreased it at higher concentrations. Interestingly Co at higher concentration elevated the T-m. These studies also showed lower concentrations of Mn displaced EtBr, whereas Al could displace it at higher ionic strength. Mg and Co displaced EtBr fluorescence at moderate concentrations. The binding constant values and CD spectra clearly indicated strong binding of these elements to DNA.

Structure of the Monosodium Salt of D-Glucose 6-Hydrogenphosphate

Na+.C6HI209 P-, Mr=282.1, monoclinic, e2~, a=5-762(1), b=7.163(2), c=12.313(1)A, fl= 99.97 (1) °, U= 500.5 A 3, Z= 2, D m = 1.86, D x = 1.87 Mg m -s, Cu Ka, 2 = 1.5418 A, /a = 3-3 mm -1, F(000) = 292, T= 300 K, final R for 922 observed reflections is 0-042. The phosphate ester bond, P-O(6), is 1.575 (5)A, slightly shorter than the P~O bond in monopotassium phosphoenolpyruvate [1.612 (6) A] [Hosur & Viswamitra (1981). Acta Cryst. B37, 839-843]. The pyranose sugar ring takes a 4C 1 chair conformation. The conformation about the exocyclic C(5)-C(6) bond is gauche-trans. The endocyclic C-O bonds in the glucose ring are nearly equal with C(5)-O(5) = 1.435 (8) and C(1)-O(5) = 1.436 (9) A. The sodium ion has seven near neighbours within a distance of 2.9 A. The crystal structure is stabilized by hydrogen bonds between the O atoms of symmetryrelated molecules.

Crystalline A-DNA: The X-Ray Analysis of the Fragment d(G-G-T-A-T-A-C-C)

An A-DNA type double helical conformation was observed in the single crystal X-ray structure of the octamer d(G-G-T-A-T-A-C-C), 1, and its 5-bromouracil-containing analogue, 2. The structure of the isomorphous crystals (space group P61) was solved by a search technique based on packing criteria and R-factor calculations, with use of only low order data. At the present stage of refinement the R factors are 31 % for 1 and 28 % for 2 at a resolution of 2.25 A (0.225 nm). The molecules interact through their minor grooves by hydrogen bonding and base to sugar van der Waals contacts. The stable A conformation observed in the crystal may have some structural relevance to promoter regions where the T-A-T-A sequence is frequently found.

Fluorescence-polarization studies on binding of 4-methylumbelliferyl beta-D-galactopyranoside to Ricinus communis (castor-bean) agglutinin

The binding of Ricinus communis (castor-bean) agglutinin 1 to saccharides was studied by equilibrium dialysis and fluorescence polarization by using the fluorescently labelled sugar 4-methylumbelliferyl beta-D-galactopyranoside. No appreciable change in ligand fluorescence of 4-methylumbelliferyl beta-D-galactopyranoside was considerably polarized on its binding to the lectin. The association constants obtained by Scatchard analysis of equilibrium-dialysis and fluorescence-polarization data do not differ much from each other, and at 25 degrees C, Ka = 2.4 (+/- 0.2) X 10(4)M-1. These values agree reasonably well with that reported in the literature for Ricinus agglutinin 1. The number of binding sites obtained by the different experimental procedures is 1.94 +/- 0.1 per molecule of 120 000 daltons and is equal to the reported value of 2. The consistency in the values of Ka and number of binding sites indicate the absence of additional subsites on Ricinus agglutinin 1 for its specific sugars. In addition, the excellent agreement between the binding parameters obtained by equilibrium dialysis and fluorescence polarization indicate the potential of ligand-fluorescence-polarization measurements in the investigation of lectin-sugar interactions.

Left-handed helices for DNA: studies on poly[d(I-C)]

Earlier, we showed that, for the D form (n = 8 and h = 3.03 A, where n is number of nucleotide units per turn and h is height per nucleotide unit) of poly[d(A-T)], both right- and left-handed double helical models are stereochemically satisfactory and give good agreement with the observed fiber diffraction data. It was also noted that the conformations of the right- and left-handed D-DNA models are very similar to those of the right- and left-handed B-DNA models. This observation was consistent with the D leads to B transition in the solid phase. As a continuation of our earlier studies, we have carried out similar experiments with poly[d(I-C)]. We could obtain a crystalline D-form pattern (n = 8, h = 3.13 A) of the fiber at 75% relative humidity (r.h.); the hydrated (r.h. approximately equal to 95%) form of the same fiber gave the classical B-form pattern (n = 10, h = 3.40 A). In the present report, we show that both right- and left-handed double-helical models are consistent with the fiber diffraction data of poly[d(I-C)] in the D-form. Theoretical energy calculations also suggest that the right- and left-handed B- and D-DNA models are almost equally stable. Hence, we conclude that the right- and left-handed double-helical models of poly[d(I-C)] in a given form (B or D) are equally likely and that the fiber diffraction data do not permit discrimination.

L'ecfrasis nel Piacere di Gabriele D'Annunzio

Tutkielman aiheena on ekfrasis Gabriele D'Annunzion romaanissa Il Piacere (1889). Lähtökohtana on selvittää, millaisissa muodoissa ekfrasis esiintyy romaanissa sekä miten ekfrasis vaikuttaa teoksen tulkintatradition esille tuomaan tematiikkaan. Pyrkimyksenä on myös selkeyttää ekfrasiksen käsitettä, jonka ongelmana ovat sanaan eri aikakausina liitetyt eri merkitykset. Tärkeimpiä lähdeteoksia ovat James A.W. Heffernanin Museum of Words (1993) ja W.J.T. Mitchellin Picture Theory (1994), Marinella Cantelmon Il Piacere dei leggitori: D'Annunzio e la comunicazione letteraria (1996) sekä John Hollanderin artikkeli "The Poetics of Ekphrasis" (1988). Tutkielman avainkäsitteenä on Heffernanin määritelmä, jonka mukaan ekfrasis on sanallinen esitys kuvallisesta esityksestä. Määritelmää sovellettaessa on otettu huomioon representaatiokäsityksen avautuminen, jolloin vastaanottaja, ympäristö etc. ovat osa esitystä. Korpuksen muodostavat tapahtumaympäristöä, taideteoksia, esineistöä ja henkilöhahmoja kuvaavat ekfrastiset katkelmat. Luokittelussa toimivat alakäsitteinä Valerie Robillardin kuvaileva, attributiivinen ja assosiatiivinen ekfrasis sekä Tamar Yacobin ekfrastinen vertaus. Analyysi osoittaa, että kuvaileva ekfrasis on yleisin, mutta vain kuvitteellisten teosten yhteydessä. Katkelmissa on näkyvissä ekfrasikselle luonteenomainen kerronnallinen impulssi. Ekfrasis osallistuu tunnetun ja uuden elementin vuoropuheluun ankkuroimalla kuvitteelliset taideteokset lukijalle tuttuun ympäristöön, jolloin myös uusi tulee toden kaltaiseksi. Attributiivinen ekfrasis takaa välittömän tunnistettavuuden. Henkilöhahmot, erityisesti keskeiset naishahmot, on määritelty ekfrastisten vertausten kautta. Ekfrasis ilmentää osaltaan naishahmojen vaihdettavuuden tematiikkaa. Kyseessä on myös toiseuden haltuunotto. Kuvallisen viittaussuhteen ansiosta ekfrasis toimii tehokeinona. Tekstuaalisena strategiana ekfrasis luo siteitä tapahtumien välille ja rytmittää teoksen vaiheita. Ekfrastiset katkelmat tarjoavat myös väylän vaihtoehtoiselle tulkinnalle haastamalla tekstin totuuskäsityksen. Kuvallinen ja sanallinen esitys tuovat tekstiin omat merkityksensä, jolloin merkityskenttä laajenee. Il Piacere on intertekstuaalinen kollaasi, jossa kokonaiskuva muodostuu eri elementtien vuorovaikutuksesta. D'Annunzion mielestä kauneus on taiteen ensisijainen tarkoitus, ja ekfrasis retorisena keinona on osa pyrkimystä tavoittaa täydellinen muoto.

Le processus de travail d'une correspondante: une étude observationnelle

Pro gradu -tutkielman aiheena on kirjeenvaihtajan työprosessi. Tutkielma kuuluu kääntämisen sosiologian piiriin. Tutkimuksen kohteena oli Helsingin Sanomien Pariisin-kirjeenvaihtaja Minna Nalbantoglu, jonka työskentelyä tutkielman tekijä havainnoi Pariisissa viiden päivän ajan syyskuussa 2006. Tutkimuksen päämetodina oli tapaustutkimus, jonka lisäksi tutkimuksessa käytettiin metodina haastattelua ja havainnointia sekä dokumenttien, tallenteiden ja työnäytteiden analysointia. Tutkimuksen aineisto muodostui havaintomuistiinpanoista, kirjeenvaihtajan haastattelusta, ääneenajatteluprotokollista, haastattelunauhoista, kirjeenvaihtajan tuottamista artikkeleista, kirjeenvaihtajan käyttämistä lähteistä ja juttupäiväkirjoista. Tutkielman tarkoituksena oli muodostaa kokonaiskuva kirjeenvaihtajan työprosessista. Tavoitteena oli vastata seuraavin kysymyksiin: 1) Miten ja millä kriteereillä kirjeenvaihtaja valitsee Helsingin Sanomien lukijoille välitettävät uutiset? 2) Miten uutinen tuotetaan? 3) Minkälaista kääntämistä tai käännöseditointia (transediting) kirjeenvaihtajan työssä esiintyy? Tutkimustulokset on analysoitu viiden käsitteen avulla, jotka ovat uutiskriteerit, uutisen tuottamisprosessi, kääntäminen, käännöseditointi ja portinvartiointi (gatekeeping). Ensimmäiseen tutkimuskysymykseen vastattiin analysoimalla kirjeenvaihtajan tutkimusviikon aikana tuottamia artikkeleita Johan Galtungin ja Mari Holmboe Rugen (1965) klassisten uutiskriteerien avulla, joita täydennettiin Judy McGregorin (2002) päivitetyillä uutiskriteereillä. Toiseen tutkimuskysymykseen vastattiin kuvailemalla uutisten tuottamisprosessia. Samalla selvitettiin, mitä lähteitä kirjeenvaihtaja oli käyttänyt jutuissansa. Kolmatta tutkimuskysymystä varten artikkelit analysoitiin Teun A. van Dijkin (1988) uutisen tuottamisprosessin tutkimista varten kehittämällä mallilla. Van Dijkin mallin avulla määriteltiin, mikä tekstinkäsittelystrategia on kääntämistä ja mitkä käännöseditointia. Analyysin perusteella todettiin, että tekstin tuottamisprosessissa esiintyy myös uuden tekstin luomista ja tuotantoa yksikielisen materiaalin pohjalta. Kääntäminen ja käännöseditointi (Karen Stetting 1989) -käsitteitä pohdittiin ennen analyysia työn teoriaosuudessa. Uutisaiheiden analyysin perusteella todettiin, että mitä enemmän tapahtuma täyttää uutiskriteereitä, sitä todennäköisemmin se valitaan uutiseksi. Niin ikään mitä enemmän tapahtuma täyttää McGregorin päivittämiä uutiskriteereitä, sitä todennäköisemmin se valitaan uutiseksi. Analysoitujen uutisten määrä oli kuitenkin pieni, eikä tuloksia voida pitää kuin suuntaa-antavina. Artikkeleiden lähteenä oli käytetty lähinnä haastatteluita, lehtiartikkeleita ja uutistoimistojen sähkeitä. Muiden lähteiden käyttö oli satunnaista. Lähteiden ja käännösstrategioiden välillä ei havaittu korrelaatiota. Eniten käytetty tekstinkäsittelystrategia oli tiivistäminen. Käännöseditoinnin osuus oli yli puolet artikkeleiden tekstistä (keskiarvo 62 %) ja kääntämisen osuus vain kahdeksan prosenttia. Tutkimuksen perusteella käännöseditointi-käsitteen käyttö on perusteltua puhuttaessa kyseisen kirjeenvaihtajan työstä. Tutkimuksen perusteella on kehitetty uusi portinvartiointimalli, joka pohjautuu van Dijkin uutisen tuottamisprosessimalliin. Mallin avulla voidaan analysoida uutisen tuottamisprosessia ja päätellä, minkä verran kääntämistä ja käännöseditointia työssä esiintyy. Mallia ehdotetaan sovellettavaksi paitsi muiden kirjeenvaihtajien niin myös monikielisen materiaalin parissa työskentelevien toimittajien työn sekä uutiskääntämisen analysointiin.

Base-base interactions in nucleic acids containing A-T base pairs: Structure of poly[d(A-T)]

The Watson-Crick type of base pairing is considered to be mandatory for the formation of duplex DNA. However, conformational calculations carried out in our laboratory, have shown that some combinations of backbone torsion angles and sugar pucker lead to duplexes with Hoogsteen type of base pairing also. Here we present the results of energy calculations performed on A-T containing doublet sequences in the D-form with both Hoogsteen and Watson-Crick type of base pairing and the 3 viable models for the A-T containing polynucleotide duplex poly[d(A-T)].

Nés sous de bons auspices? Etude qualitative de facteurs contribuant à l'acquisition du bilinguisme par les enfants d'un couple mixte

Pro gradu- tutkielmassani tarkastelen suomi-ranska kaksikielisyyden kehittymistä perheissä, joissa vanhemmilla on eri äidinkieli. Työni tavoitteena on ollut tutkia kuinka eri ympäristötekijät vaikuttavat kaksikielisyyden omaksumiseen ja miten perheiden erilainen panostus vähemmistökielen, ts. kielen joka ei esiinny ympäristössä, oppimiseen näkyy saavutetuissa tuloksissa. Tutkimukseeni osallistui 13 perhettä, joilla on 10-12 vuotiaita, ranskaa ja suomea päivittäin käyttäviä lapsia. Lapsia oli yhteensä 18. Voidakseni tarkastella myös kieliympäristön vaikutusta oppimiseen valittiin perheistä kuusi Suomesta ja seitsemän Ranskasta sekä Sveitsin ranskankieliseltä alueelta. Tutkimusmenetelmiini kuului vanhempien haastattelu perheen sosiolingvististen tekijöiden selville saamiseksi ja lasten kanssa keskustelu suullisen kielitaidon arvioimiseksi. Pääpaino kielitaidon arvioinnissa oli kuitenkin kirjallisella tekstillä, jonka lapset tuottivat molemmilla kielillä tekstittömän kirjan kuvien perusteella. Teksteistä suoritettiin virheanalyysit, joissa eri virheet jaettiin ortografisiin, semanttisiin ja kieliopillisiin virheisiin. Jokaiselle lapselle lasketiin myös keskiarvo, joka osoitti kuinka monta sanaa tekstissä oli jokaista virhettä kohti. Näiden keskiarvojen pohjalta tutkittiin yhteneväisyyksiä virhemäärien sekä perheiden sosiolingvististen tekijöiden kesken. Yhteenvedossa verrattiin myös tuloksia teoriaosassa esitettyihin kielitieteilijöiden tarjoamiin periaatteisiin. Tutkielman perusteella voidaan todeta, että ympäristön vaikutus näytetään usein aliarvioitaneen kaksikielisyyttä koskevissa teoksissa. Hyvään kielitaitoon vähemmistökielessä tarvitaan enemmän kuin yksi kieli - yksi henkilö menetelmä, jossa vanhemmat puhuvat lapselle omaa äidinkieltään. Hyviksi vahvistuskeinoiksi havaittiin varsinkin kaksikielinen koulu sekä useat vierailut toisen vanhemman kotimaahan. Varsinkin perheen nuorimpien lasten vähemmistökielen oppimiseen tulisi panostaa sillä näillä on syntymästään asti mahdollisuus käyttää enemmistökieltä myös vanhempien sisarusten kanssa. Kieliympäristön vaikutuksesta havaittiin, että Suomessa asuvat lapset hallitsivat yleisesti ottaen paremmin vähemmistökielensä kuin Ranskassa asuvat. Tähän pidettiin syynä ranskalais-suomalaisen koulun positiivista vaikutusta kielen oppimiselle sekä ranskankielen arvostettua asemaa Suomessa. Avainsanat: Kaksikielisyys, kieltenoppiminen, bilinguisme, acquisition des langues, couple mixte

Homologues of the maize rust resistance gene Rp1-D are genetically associated with a major rust resistance QTL in sorghum

As part of a comparative mapping study between sugarcane and sorghum, a sugarcane cDNA clone with homology to the maize Rp1-D rust resistance gene was mapped in sorghum. The cDNA probe hybridised to multiple loci, including one on sorghum linkage group (LG) E in a region where a major rust resistance QTL had been previously mapped. Partial sorghum Rp1-D homologues were isolated from genomic DNA of rust-resistant and -susceptible progeny selected from a sorghum mapping population. Sequencing of the Rp1-D homologues revealed five discrete sequence classes: three from resistant progeny and two from susceptible progeny. PCR primers specific to each sequence class were used to amplify products from the progeny and confirmed that the five sequence classes mapped to the same locus on LG E. Cluster analysis of these sorghum sequences and available sugarcane, maize and sorghum Rp1-D homologue sequences showed that the maize Rp1-D sequence and the partial sugarcane Rp1-D homologue were clustered with one of the sorghum resistant progeny sequence classes, while previously published sorghum Rp1-D homologue sequences clustered with the susceptible progeny sequence classes. Full-length sequence information was obtained for one member of a resistant progeny sequence class ( Rp1-SO) and compared with the maize Rp1-D sequence and a previously identified sorghum Rp1 homologue ( Rph1-2). There was considerable similarity between the two sorghum sequences and less similarity between the sorghum and maize sequences. These results suggest a conservation of function and gene sequence homology at the Rp1 loci of maize and sorghum and provide a basis for convenient PCR-based screening tools for putative rust resistance alleles in sorghum.

Inverse Correlation between Vitamin D and C-Reactive Protein in Newborns

Some studies suggested that adequate vitamin D might reduce inflammation in adults. However, little is known about this association in early life. We aimed to determine the relationship between cord blood 25-hydroxyvitamin D (25(OH)D) and C-reactive protein (CRP) in neonates. Cord blood levels of 25(OH)D and CRP were measured in 1491 neonates in Hefei, China. Potential confounders including maternal sociodemographic characteristics, perinatal health status, lifestyle, and birth outcomes were prospectively collected. The average values of cord blood 25(OH)D and CRP were 39.43 nmol/L (SD = 20.35) and 6.71 mg/L (SD = 3.07), respectively. Stratified by 25(OH)D levels, per 10 nmol/L increase in 25(OH)D, CRP decreased by 1.42 mg/L (95% CI: 0.90, 1.95) among neonates with 25(OH)D <25.0 nmol/L, and decreased by 0.49 mg/L (95% CI: 0.17, 0.80) among neonates with 25(OH)D between 25.0 nmol/L and 49.9 nmol/L, after adjusting for potential confounders. However, no significant association between 25(OH)D and CRP was observed among neonates with 25(OH)D ≥50 nmol/L. Cord blood 25(OH)D and CRP levels showed a significant seasonal trend with lower 25(OH)D and higher CRP during winter-spring than summer-autumn. Stratified by season, a significant linear association of 25(OH)D with CRP was observed in neonates born in winter-spring (adjusted β = −0.11, 95% CI: −0.13, −0.10), but not summer-autumn. Among neonates born in winter-spring, neonates with 25(OH)D <25 nmol/L had higher risk of CRP ≥10 mg/L (adjusted OR = 3.06, 95% CI: 2.00, 4.69), compared to neonates with 25(OH)D ≥25 nmol/L. Neonates with vitamin D deficiency had higher risk of exposure to elevated inflammation at birth.

X-ray Studies on Crystalline Complexes Involving Amino Acids and Peptides. XIII. Effect of Chirality on Molecular Aggregation: The Crystal Structures of L-Arginine D-Aspartate and L-Arginine D-Glutamate Trihydrate

The crystal structures of (1) L-arginine D-asparate, C6HIsN40~.C4H6NO4 [triclinic, P1, a=5.239(1), b=9.544(1), c=14.064(2)A, a=85"58(1), /3=88.73 (1), ~/=84.35 (1) °, Z=2] and (2) L-arginine D-glutamate trihydrate, C6H15N40~-.CsHsNO4.3H20 [monoclinic, P2~, a=9.968(2), b=4.652(1), c=19.930 (2) A, fl = 101.20 (1) °, Z = 2] have been determined using direct methods. They have been refined to R =0.042 and 0.048 for 2829 and 2035 unique reflections respectively [I>2cr(I)]. The conformations of the two arginine molecules in the aspartate complex are different from those observed so far in the crystal structures of arginine, its salts and complexes. In both complexes, the molecules are organized into double layers stacked along the longest axis. The core of each double layer consists of two parallel sheets made up of main-chain atoms, each involving both types of molecules. The hydrogen bonds within each sheet and those that interconnect the two sheets give rise to EL-, DD- and DE-type head-to-tail sequences. Adjacent double layers in (1) are held together by side-chain-side-chain interactions whereas those in (2) are interconnected through an extensive network of water molecules which interact with sidechain guanidyl and carboxylate groups. The aggregation pattern observed in the two LD complexes is fundamentally different from that found in the corresponding EL complexes.

Variability in odour reception in the peripheral sensory system of Helicoverpa armigera (Hübner) (Lepidoptera: Noctuidae)

Mixtures of single odours were used to explore the receptor response profile across individual antennae of Helicoverpa armigera (Hübner) (Lepidoptera: Noctuidae). Seven odours were tested including floral and green-leaf volatiles: phenyl acetaldehyde, benzaldehyde, b-caryophyllene, limonene, a-pinene, 1-hexanol, 3Z-hexenyl acetate. Electroantennograms of responses to paired mixtures of odours showed that there was considerable variation in receptor tuning across the receptor field between individuals. Data from some moth antennae showed no additivity, which indicated a restricted receptor profile. Results from other moth antennae to the same odour mixtures showed a range of partial additivity. This indicated that a wider array of receptor types was present in these moths, with a greater percentage of the receptors tuned exclusively to each odour. Peripheral receptor fields show variation in the spectrum of response within a population (of moths) when exposed to high doses of plant volatiles. This may be related to recorded variation in host choice within moth populations as reported by other authors.

Host recognition by a polyphagous lepidopteran (Helicoverpa armigera): Primary host plants, host produced volatiles and neurosensory stimulation

An important question in the host-finding behaviour of a polyphagous insect is whether the insect recognizes a suite or template of chemicals that are common to many plants? To answer this question, headspace volatiles of a subset of commonly used host plants (pigeon pea, tobacco, cotton and bean) and nonhost plants (lantana and oleander) of Helicoverpa armigera Hübner (Lepidoptera: Noctuidae) are screened by gas chromatography (GC) linked to a mated female H. armigera electroantennograph (EAG). In the present study, pigeon pea is postulated to be a primary host plant of the insect, for comparison of the EAG responses across the test plants. EAG responses for pigeon pea volatiles are also compared between females of different physiological status (virgin and mated females) and the sexes. Eight electrophysiologically active compounds in pigeon pea headspace are identified in relatively high concentrations using GC linked to mass spectrometry (GC-MS). These comprised three green leaf volatiles [(2E)-hexenal, (3Z)-hexenylacetate and (3Z)-hexenyl-2-methylbutyrate] and five monoterpenes (α-pinene, β-myrcene, limonene, E-β-ocimene and linalool). Other tested host plants have a smaller subset of these electrophysiologically active compounds and even the nonhost plants contain some of these compounds, all at relatively lower concentrations than pigeon pea. The physiological status or sex of the moths has no effect on the responses for these identified compounds. The present study demonstrates how some host plants can be primary targets for moths that are searching for hosts whereas the other host plants are incidental or secondary targets.