Polymerase chain reaction and nested-PCR approaches for detecting Cryptosporidium in water catchments of water treatment plants in Curitiba, State of Paraná, Brazil

Introduction Cryptosporidium is an important protozoan cause of waterborne disease worldwide of concern to public health authorities. To prevent outbreaks of cryptosporidiosis, the monitoring of this parasite in drinking water is necessary. In the present work, the polymerase chain reaction (PCR) and nested-PCR techniques were used to detect Cryptosporidium in raw water from catchment points of four water treatment plants (WTP) in Curitiba, Paraná, Brazil. Methods First, DNA extraction techniques were tested in samples containing decreasing amount of oocysts in reagent water, and PCR and nested-PCR with specific primers for 18SSU rDNA of Cryptosporidium were conducted to determine their sensitivity. In reagent water, a commercial extraction kit provided the best analytical sensitivity, and PCR and nested-PCR allowed the detection of five and two oocysts, respectively, with the primers XIAOR/XIAOF and XIAO1F/XIAO2R. Results In the spiking experiments, only the PCR with the primers AWA995F/AWA1206R was successful at detecting concentrations of 0.1 oocysts/mL. Two catchments samples of raw water and/or water sludge from four WTPs were contaminated with Cryptosporidium. Conclusions The application of the techniques to monitor Cryptosporidium in water and detect contamination in water catchments of WTPs in Curitiba are discussed in the present work.

Using the International Classification of Functioning, Disability and Health as a tool for analysis of the effect of physical therapy on spasticity in HAM/TSP patients

INTRODUCTION: This study aimed to evaluate spasticity in human T-lymphotropic virus type 1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis (HAM/TSP) patients before and after physical therapy using the International Classification of Functioning, Disability and Health (ICF). METHODS: Nine subjects underwent physical therapy. Spasticity was evaluated using the Modified Ashworth Scale. The obtained scores were converted into ICF body functions scores. RESULTS: The majority of subjects had a high degree of spasticity in the quadriceps muscles. According to the ICF codes, the spasticity decreased after 20 sessions of physical therapy. CONCLUSIONS: The ICF was effective in evaluating spasticity in HAM/TSP patients.

Evaluation of the World Health Organization 2009 classification of dengue severity in autopsied individuals, during the epidemics of 2011 and 2012 in Brazil

Abstract: INTRODUCTION: The dengue classification proposed by the World Health Organization (WHO) in 2009 is considered more sensitive than the classification proposed by the WHO in 1997. However, no study has assessed the ability of the WHO 2009 classification to identify dengue deaths among autopsied individuals suspected of having dengue. In the present study, we evaluated the ability of the WHO 2009 classification to identify dengue deaths among autopsied individuals suspected of having dengue in Northeast Brazil, where the disease is endemic. METHODS: This retrospective study included 121 autopsied individuals suspected of having dengue in Northeast Brazil during the epidemics of 2011 and 2012. All the autopsied individuals included in this study were confirmed to have dengue based on the findings of laboratory examinations. RESULTS: The median age of the autopsied individuals was 34 years (range, 1 month to 93 years), and 54.5% of the individuals were males. According to the WHO 1997 classification, 9.1% (11/121) of the cases were classified as dengue hemorrhagic fever (DHF) and 3.3% (4/121) as dengue shock syndrome. The remaining 87.6% (106/121) of the cases were classified as dengue with complications. According to the 2009 classification, 100% (121/121) of the cases were classified as severe dengue. The absence of plasma leakage (58.5%) and platelet counts <100,000/mm3 (47.2%) were the most frequent reasons for the inability to classify cases as DHF. CONCLUSIONS: The WHO 2009 classification is more sensitive than the WHO 1997 classification for identifying dengue deaths among autopsied individuals suspected of having dengue.

Metabolic profiling and classification of propolis samples from Southern Brazil: an NMR-based platform coupled with machine learning

The chemical composition of propolis is affected by environmental factors and harvest season, making it difficult to standardize its extracts for medicinal usage. By detecting a typical chemical profile associated with propolis from a specific production region or season, certain types of propolis may be used to obtain a specific pharmacological activity. In this study, propolis from three agroecological regions (plain, plateau, and highlands) from southern Brazil, collected over the four seasons of 2010, were investigated through a novel NMR-based metabolomics data analysis workflow. Chemometrics and machine learning algorithms (PLS-DA and RF), including methods to estimate variable importance in classification, were used in this study. The machine learning and feature selection methods permitted construction of models for propolis sample classification with high accuracy (>75%, reaching 90% in the best case), better discriminating samples regarding their collection seasons comparatively to the harvest regions. PLS-DA and RF allowed the identification of biomarkers for sample discrimination, expanding the set of discriminating features and adding relevant information for the identification of the class-determining metabolites. The NMR-based metabolomics analytical platform, coupled to bioinformatic tools, allowed characterization and classification of Brazilian propolis samples regarding the metabolite signature of important compounds, i.e., chemical fingerprint, harvest seasons, and production regions.

Land cover classification of Lago Grande de Curuai floodplain (Amazon, Brazil) using multi-sensor and image fusion techniques

Given the limitations of different types of remote sensing images, automated land-cover classifications of the Amazon várzea may yield poor accuracy indexes. One way to improve accuracy is through the combination of images from different sensors, by either image fusion or multi-sensor classifications. Therefore, the objective of this study was to determine which classification method is more efficient in improving land cover classification accuracies for the Amazon várzea and similar wetland environments - (a) synthetically fused optical and SAR images or (b) multi-sensor classification of paired SAR and optical images. Land cover classifications based on images from a single sensor (Landsat TM or Radarsat-2) are compared with multi-sensor and image fusion classifications. Object-based image analyses (OBIA) and the J.48 data-mining algorithm were used for automated classification, and classification accuracies were assessed using the kappa index of agreement and the recently proposed allocation and quantity disagreement measures. Overall, optical-based classifications had better accuracy than SAR-based classifications. Once both datasets were combined using the multi-sensor approach, there was a 2% decrease in allocation disagreement, as the method was able to overcome part of the limitations present in both images. Accuracy decreased when image fusion methods were used, however. We therefore concluded that the multi-sensor classification method is more appropriate for classifying land cover in the Amazon várzea.

The efficient use of water in the context of climate change

Dissertação de mestrado integrado em Engenharia Civil

Utilización de biomarcadores para la evaluación integrada de la calidad del agua de la cuenca del río Suquía.Utilization of biomarkers for the integrated evaluation of water quality of the Suquía River Basin.

En los últimos años el grupo de investigación ha caracterizado la calidad de los cuerpos de agua, detectando gradientes de calidad ambiental que se manifiestan por la aparición de tóxicos que generan cambios en la calidad del agua, sedimento y especialmente en la biota. El presente proyecto propone una evaluación integrada de la contaminación de los recursos hídricos abarcando el estudio de las causas de la contaminación y las respuestas biológicas que se producen ante dichas alteraciones. Por ello nuestro objetivo principal es evaluar la contaminación de los recursos acuáticos a través del desarrollo y aplicación de diversas herramientas. El enfoque multidisciplinario del mismo permitirá integrar los análisis de las diferentes áreas de estudio, con el fin de brindarán soluciones al problema generalizado de la contaminación acuática. El fin último es alcanzar una mejor valoración de los cambios temporales y espaciales en la calidad de las cuencas hídricas. Se propone analizar la presencia y concentración de tóxicos en agua, suelo, sedimento y biota conjuntamente con la evaluación de los efectos sobre los organismos a diferentes niveles de organización, lo que permitirá determinar y seleccionar los indicadores más eficientes de la contaminación ambiental. Se desarrollarán biomarcadores moleculares basados en expresión genética en la biota acuática y biomarcadores morfológicos, histológicos y bioquímicos. Además se evaluará el efecto del estrés tóxico sobre los hábitos natatorios de peces utilizando un software recientemente desarrollado por el grupo. También se intensificará la búsqueda de biomarcadores específicos de disrupción endocrina en peces tales como aromatasa, vitelogenina, parámetros estáticos y dinámicos de espermatozoides y comportamiento de cortejo y cópula. Así, el plan propuesto brindará un conjunto de herramientas, con diverso grado de complejidad, para ser usadas en la correcta evaluación del impacto ambiental de las actividades humanas. El grupo de trabajo pretende realizar una fuerte contribución a los conocimientos de base para crear conciencia sobre el problema de las diferentes cuencas en estudio, a fin de llevar a cabo un control sostenido de la calidad de los recursos acuáticos.

Poéticas y políticas de los cuerpos juveniles. Tres estudios en caso en Córdoba. The poetics and politics of youths' bodies.Three cases studies.

¿Qué formas adquieren los cuerpos de los jóvenes bajo las actuales condiciones de producción? ¿Cuáles son sus poéticas? ¿Qué relaciones de fuerza se realizan en estas formas? ¿Cómo se inscriben en los cuerpos las relaciones de dominación, el "ethos" y la cosmovisión de un grupo social? Estas son algunas de las cuestiones que orientan el presente proyecto, interesado en explorar y describir sistemáticamente los procesos sociales del devenir "joven" en Córdoba. La investigación aborda algunas de las problemáticas propias de los jóvenes en tanto grupo social heterogéneo y diferenciado a partir del análisis de las prácticas de producción, consumo, interpretación y circulación de bienes culturales asociados con la diversión y el tiempo libre. Los tres objetos empíricos, localizados en la ciudad de Córdoba, son:o las salidas nocturnas de jóvenes estudiantes universitarios o la formación y el entrenamiento de los bailarines clásicos en el Teatro del Libertador Gral. San Martín. o las prácticas de entretenimiento y socialización lúdica entre los jóvenes de la comunidad de sordos de Córdoba.La hipótesis central de la investigación sostiene que la música y el baile tienen la capacidad de producir las identidades que nombran. Esta producción de cuerpos y subjetividades se realizaría en las performances sociales ("las salidas nocturnas" y "fiestas de la comunidad sorda") y las performances artísticas (clases, ensayos y funciones de ballet) donde se da la interacción entre las identidades actuadas por los sujetos y las ofrecidas por las diferentes músicas, bailes y movimientos corporales. En este sentido, proponemos que las performances articulan una particular identidad cuando quienes la protagonizan experimentan que la música y el baile se "ajusta" a la trama argumental que organiza sus narrativas identitarias.ObjetivosGENERAL:o Describir, de modo denso, las prácticas y representaciones implicadas en el proceso de materialización de los cuerpos y relacionarlas con los procesos de subjetivación y formación de identidades juveniles. ESPECÍFICOS.o Explorar la relación entre las diversas formas de consumo cultural en la formación de un estilo de vida y en la formación de identidades colectivas. o Describir los procesos de entrenamiento de los bailarines de música clásica.o Analizar los procesos de comunicación no verbal entre jóvenes de la comunidad sorda.Materiales y métodos.Para realizar esta investigación se construirá por medio de técnicas cuali y cuantitativas un corpus heterogéneo de materiales textuales, gráficos y audiovisuales, así como de entrevistas en profundidad, de experiencias etnográficas de observación participante y de investigación cuantitativa. Dicho corpus recibirá un tratamiento diferencial según el soporte y género, pero en todos los casos trabajando desde una matriz de análisis que considere los procesos de construcción de sentido y las relaciones entre cuerpo, subjetividad e identidad. En el análisis de los datos se pondrán en juego herramientas conceptuales tomadas de la Antropología Simbólica, la Antropología de la Danza, el Análisis del Discurso, la Sociología del Arte y los Estudios de la Performance. Resultados esperados.Se espera elaborar indicadores para medir la producción, circulación y consumo de bienes simbólicos. El desenvolvimiento del proyecto permitirá también la formación de recursos humanos en investigación y se contempla presentaciones a reuniones científicas, publicación en revistas nacionales e internacionales y la elaboración de dos libros. Por último se implementarán actividades de capacitación y asesoramiento para instituciones relacionados con los jóvenes. Importancia del ProyectoLos resultados de la investigación permitirán una interpretación más comprehensiva de los sentidos que poseen para jóvenes cordobeses problemáticas sociales como las adicciones, el alcoholismo, la salud sexual y reproductiva, las prácticas discriminatorias o los usos de las nuevas tecnologías.

Caracterización de la calidad del agua y de la ictiofauna de tres embalses de la cuenca del Rio Tercero (Córdoba, Argentina). Characterization of water quality and ichthyofauna in three reservoirs in Río Tercero basin (Córdoba, Argentina).

Los embalses constituyen reservorios de agua artificiales que se forman para brindar múltiples propósitos. La generación de energía, la provisión de agua para consumo y riego, la atenuación de crecientes y los usos recreacionales, figuran como los más destacados. La calidad del agua y el grado de eutrofización, condicionan la realización de diferentes usos con consecuencias directas e indirectas para la Salud Pública y el recurso íctico. La eutrofización es precisamente uno de los problemas más recurrentes en los embalses de la provincia de Córdoba. Las hipótesis son: 1-El incremento en la concentración de nutrientes, principalmente fósforo y nitrógeno, favorecen la producción de florecimientos algales, con consecuencias negativas sobre la sociedad y el ambiente; 2 - El estrés ambiental producto del grado de eutrofización de los embalses aumenta la susceptibilidad de Odontesthes bonariensis, situación que contribuye al desarrollo de parásitos y a la disminución de su condición corporal. Los objetivos generales del proyecto son: a) Evaluar la variabilidad temporal y espacial de la calidad del agua de tres embalses de la cuenca del río Tercero; b) Estudiar diferentes características biológicas de la ictiofauna presente. Los reservorios a estudiar son Arroyo Corto (64,57W, 32,22S; 357 ha), Río Tercero (64,38W, 32,17S; 4600 ha) y Piedras Moras (64,28W, 32,18S; 830 ha). La superficie, cantidad de tributarios y características limnológicas que presentan estos embalses son contrastantes. Se determinará de manera estacional y en diferentes sitios de muestreo de cada embalse la calidad del agua para distintos usos, a través de análisis físico-químicos y biológicos según metodología estándar, realizando mediciones in situ y en laboratorio. Se evaluará el grado de eutrofia de los reservorios a través de la concentración de nutrientes, clorofila-a y transparencia de agua. Para evaluar la distribución espacial de clorofila-a se integraran SIG-sensores remotos y se determinarán modelos geoestadísticos para predecir florecimientos algales su composición y su relación con riesgos potenciales para la salud y el recurso íctico. Se determinará la diversidad y riqueza de la ictiofauna y la abundancia poblacional (captura por unidad de esfuerzo), la condición corporal, el crecimiento y el estado sanitario del pejerrey O. bonariensis. Para ello se utilizaran artes de pesca pasivos (red de enmalle, trasmallo), activos (red de arrastre) y aparejos de pesca (espineles). Por último, se determinará la abundancia y distribución de Limnoperma fortunei en el embalse Río Tercero. Los resultados obtenidos permitirán evaluar la calidad del agua, el estado trófico y prevenir los riesgos para la salud pública y animal en una de las cuencas de alto impacto antrópico del país. Por su parte, se obtendrán datos sobre distribución, ecología y condición de la ictiofauna, permitiendo el uso sustentable del recurso pesquero. Se obtendrán herramientas que facilitarán la gestión sistémica y la toma de decisiones en el manejo del recurso agua, su saneamiento y la determinación de áreas críticas de riesgo.

Structure and classification of zoophytes. By James D. Dana.

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