A new approach for publishing workflows: abstractions, standards, and linked data

In recent years, a variety of systems have been developed that export the workflows used to analyze data and make them part of published articles. We argue that the workflows that are published in current approaches are dependent on the specific codes used for execution, the specific workflow system used, and the specific workflow catalogs where they are published. In this paper, we describe a new approach that addresses these shortcomings and makes workflows more reusable through: 1) the use of abstract workflows to complement executable workflows to make them reusable when the execution environment is different, 2) the publication of both abstract and executable workflows using standards such as the Open Provenance Model that can be imported by other workflow systems, 3) the publication of workflows as Linked Data that results in open web accessible workflow repositories. We illustrate this approach using a complex workflow that we re-created from an influential publication that describes the generation of 'drugomes'.

Documentación de estudio para sistemas audiovisuales

Este proyecto es una documentación sintetizada, para los alumnos de Grado en Imagen y Sonido, de todos los conceptos que conciernen a la asignatura Sistemas Audiovisuales. No obstante puede servir para todo aquel al que le interese la materia, sin ser necesariamente estudiante. El material se basa en la recopilación de libros de diversos autores, páginas web y catálogos de productos de empresas del sector audiovisual. Se intenta con esto incentivar en el auto-aprendizaje, proporcionando multitud de fuentes de información. El documento se ha dividido en dos bloques temáticos correspondientes a los temas: 1- Dispositivos de captación y reproducción de sonido e imagen. 2- Señales y formatos de audio y vídeo. Aunque no es tema de este proyecto pero si de la asignatura hay que nombrar el tercer bloque temático, Introducción a los sistemas de transmisión de audio y vídeo. Dado que hay suficiente documentación de estudio sobre éste se ha optado por no incluirlo. Cada bloque temático a su vez contiene cuatro unidades didácticas. Cada unidad se ha desarrollado de manera independiente a las demás, es decir, que cada unidad puede ser estudiada sin necesidad de recurrir a otras unidades para comprender la/s que interesa/n. Por otro lado hay que remarcar que todos los capítulos tienen relación entre sí. La documentación se complementa al final de cada unidad didáctica con un test de evaluación que a su vez ha sido publicado dentro del entorno de Moodle en la página correspondiente a la asignatura. Para ello se ha accedido a esta plataforma on line con el rol de editor de contenido. Para la elaboración de los cuestionarios se han tomado los conceptos clave de cada unidad didáctica, de esta manera los alumnos pueden saber si han comprendido lo que se explica en la documentación y mejorar así sus conocimientos. Para la redacción y estructuración de cada unidad didáctica, así como el documento en general, se ha cogido como referencia la Taxonomía de objetivos de la Educación o Taxonomía de Bloom. Dado que el dominio cognitivo del lector se encuadra dentro del ‘nivel de comprensión’, el documento no resulta tedioso en su estudio. No obstante introduce al alumno en los temas más importantes de la materia, proporcionando una base sólida de conocimiento en sistemas audiovisuales. Es precisamente el interés en hacer lo más accesible posible este documento lo que ha dificultado su elaboración, ya que el área de estudio es muy extensa y es difícil sintetizar sin eliminar contenido importante. No obstante para hacer más fiable el documento se ha seguido las pautas temáticas y argumentales marcadas por el Departamento Ingeniería Audiovisual y Comunicaciones de la Escuela Universitaria de Ingeniería Técnica de Telecomunicaciones de la Universidad Politécnica de Madrid verificando cada uno de los capítulos con los profesores de este departamento. Al tratarse de un proyecto con fines académicos, el texto se ha apoyado por figuras, esquemas, tablas, anexos y desarrollo de ecuaciones para hacer más comprensible lo que se expone. Algunos de estas informaciones se incluyen en inglés y no se ha creído conveniente su traducción dado que gran parte de la información que encontrará el alumno a lo largo de la carrera vendrá escrita en este idioma. Por último hay que decir al lector que es conveniente, pero no necesario, tener ciertas nociones de cálculo, álgebra, ondas y circuitos para seguir con fluidez lo que a continuación se expone. ABSTRACT. This project concerns all the concepts and topics of the subject Audiovisual Systems. It has been created for students of Sound and Image Degree, however everyone who's interested in this subject could use it even if isn’t a student. The document is divided into two main thematic sections corresponding to the topics: 1- Catchment and reproduction devices of sound and image. 2- Audio and video signals and formats. Even if this subject it isn’t mention in this project, it’s very important to quote a third important thematic of this block , such as Introduction about Transmission of Audio and Video System. Since there is enough study-documentation about this topic, it has been taken the choice to don’t integrate this chapter in this project. Every thematic block in this project is divided in chapters that have been developed in an independent way: that’s means that for each unit it is not necessary to look forward to other chapters in this project On the other hand it is necessary to emphasize that all the chapters are related one to each other. Every didactic unit and chapter ends with an evaluation test , that has been published with Moodle System using a content editor account. Those exercises will help in a easy way the student to improve his skills and his own ability. Collection of books of various authors, websites and product catalogs of audiovisual companies are used in this document and are included for stimulate the curiosity of the student. The key concepts of each unit have been used for making tests, so in this way students could be able to know if they have understood what the documentation explains and improve his skills. For writing and building each didactic unit, such as in the general document, it has been taken reference from Bloom’s Taxonomy. Since the skills and competence of the student are concentrated in the ‘comprehension level’, it will not be very complicated or hard to study. In spite of everything, all of thematic treated and discussed in documentation gives a solid knowledge of topic about audiovisual systems. The most difficult thing of realizing this document it was to take very complex topic and try to explain them as simply as possible In spite of everything for making this document as much accurated as possible it has been taken as point of reference rules established by the Department of Audiovisual Engineering & Communications of University School of Telecommunications Engineering (EUITT-UPM). This Project reach academic goal, for this reason in this document images, tables, annexes and outlines are enclosed in this document for an easier compression. At last, it’s necessary to say that each lector must have necessary a basic knowledge about arithmetic, calculus, waves and electronic circuits in the order that he could follow in a fluently way what the documentation set out.

Road to 1966 : caminos hacia "complejidad y contradicción en la arquitectura", en la cultura arquitectónica de la segunda posguerra en EE.UU

Complejidad y contradicción en la arquitectura ha resultado ser una de las referencias capitales más aludidas, citadas y reproducidas de la literatura arquitectónica de los tiempos recientes. No en vano, en la introducción de la propia obra, Vincent Scully afirmó que «probablemente es el texto más importante sobre arquitectura desde ‘Vers une Architecture’, escrito por Le Corbusier en 1923». Sin embargo, sus fuentes parece que están inexploradas o, al menos, no examinadas. Por ello, Road to 1966 se plantea como un trabajo de investigación con tres objetivos de partida fundamentales: (1) el interés en estudiar el debate arquitectónico candente, creado con las fricciones surgidas entre los protagonistas de unos años que cambiaron el estado de lo que se consideraba una obra legítima en arquitectura; (2) se pretende ampliar la cronología del desarrollo intelectual de un texto, el de Venturi, que marcó la segunda mitad del siglo xx, de manera retroactiva hasta los años de la II Guerra Mundial, cuando parece que empezaban a ser coherentes y reconocibles unas nuevas posiciones desde las que aproximarse a las cuestiones de la práctica, la teoría y la historia de la arquitectura; (3) poder ofrecer una nueva interpretación de dicho texto de Venturi, entendido no como el origen primigenio de parte de las grandes transformaciones de la arquitectura reciente (de los últimos cincuenta años), sino como el resultado necesario de esa cronología intelectual previa. La arquitectura norteamericana de estos años de posguerra ha resultado ser crucial en su posterior desarrollo, y, especialmente, en relación al libro de Venturi. De hecho, Scully en la introducción de la edición original de Complejidad y contradicción, señalaba que «el principal argumento del libro está expuesto a finales de los cincuenta». Que la arquitectura del siglo xx tiene en la Norteamérica de los años sesenta -cuando se consolida la figura de Venturi- uno de sus capítulos más decisivos, frecuentemente asumido como el paso siguiente a la importada modernidad heroica europea, hoy parece no ser discutido por casi nadie. Ahora bien: ¿qué ocurre con los años intermedios? ¿Qué acontece entre el final de la II Guerra Mundial y esos años sesenta? La posible carencia de una postura dominante y clara quizás haya sumido esta etapa en un cierto olvido o descuido por parte de historiadores y críticos. Así, este trabajo se estructura alrededor del papel que ocupa el texto venturiano, sin ser éste su único protagonista. Tomado más bien como excusa, la tesis va profundizando de manera deductiva en el conjunto de circunstancias que pudieron llevar a su autor hacia las conclusiones que desarrolló, detectando los ambientes biográficos y formativos, pensamientos compartidos e influencias epistemológicas y profesionales mutuas, que justificarían una novedosa interpretación de dicho texto como el corolario necesario de un panorama de crisis y cambios - éste sí protagonista en este trabajo-, al contrario de cómo habitualmente se ha venido entendiendo dicha obra. La investigación se centra predominantemente en el rastreo de las fuentes citadas por el propio Venturi en su libro, así como de los textos de mayor difusión (generalmente revistas profesionales no exclusivamente académicas, además de libros, catálogos de exposiciones, actas de simposios…), y no tanto en las obras construidas o proyectadas; sí, quizás, en los términos en los que dichas obras fueron publicadas, comentadas o reseñadas. Así, se ha adoptado una aproximación concebida sub specie bibliotecae, donde se han aplicado unos métodos de trabajo caracterizados por su componente cronológica, y, después, analítico-comparativa: dicho de otro modo, un método historiográfico-periodístico capaz de relacionar las historias o cursos de ciertas ideas o nociones, dentro de un contexto general más amplio en sus derivadas arquitectónicas, estéticas, socio-generacionales, culturales, filosóficas, científicas, políticas, literarias… Con ello, se pretende establecer una relectura del primer libro de Venturi y sus años de gestación desde unas nuevas concepciones, más modernas que postmodern(ist)as, proponiendo una posible evolución en la arquitectura más reciente cuyas raíces, a fin de cuentas, tendrían su origen en la Norteamérica de 1946 a 1966. ABSTRACT Complexity and Contradiction in Architecture has proved to be one of the capital, alluded references cited and reproduced in the architectural literature of the recent times. Not surprisingly, in the Introduction to the book, Vincent Scully wrote that "yet it is probably the most important writing on the making of architecture since Le Corbusier´s ‘Vers une Architecture’, of 1923". However, its sources seem to be unexplored or at least not examined. Therefore, Road to 1966 is presented as a research with three fundamental starting objectives: (1) first, the interest in studying the burning architectural debate, created within the arising frictions among the protagonists of the years that changed the status of what was considered a legitimate work in architecture; (2) second, it seeks to extend the chronology of the intellectual background of the book written by Venturi, which marked the second half of the twentieth century, in a retroactive manner to the years of the World War II, when it seems that some new positions from which to approach the issues of practice, theory and history of architecture began to be consistent and recognizable; (3) lastly, to offer a new interpretation of Venturi’s text, now understood not as the primal source of the great transformations of the recent architecture (of the last fifty years), but as the necessary result of that background intellectual chronology. The American architecture of these post-war years has proved to be crucial in its later stages, and especially in relation to the book of Robert Venturi. In fact, Scully in the Introduction to the first edition of Complexity and Contradiction, noted that "the major argument of this book was laid out in the late fifties". The fact that the architecture of the twentieth century –when the leading figure of Venturi was consolidated- has in the North America of the sixties one of its most decisive chapters, (often assumed as the next step to the imported European heroic modernism) today seems to be discussed by almost anyone. Now, what about the intervening years? What happens between the end of the World War II and the sixties? The potential lack of a clear dominant position of this stage may have plunged it into oblivion or oversight by historians and critics. Thus, this research is structured around the role that occupies Venturi’s work, whereas this is not its only subject. Rather taken as an excuse, the thesis deepens deductively in the set of circumstances that could lead its author to the conclusions he developed in 1966, detecting biographical and academic environments, shared thoughts and epistemological and mutual professional influences, that would justify a new interpretation of this book as a necessary corollary of an outlook of crisis and change (this major and center subject in this dissertation), contrary to what has been commonly understood upon this work. The research focuses predominantly on tracing the sources cited by Venturi himself in his book, as well as other texts of wider dissemination and outreach (usually professional journals not exclusively academic, as well as books, catalogs of exhibitions, symposia proceedings...), and not so much in the buildings or unbuilt projects; but also, perhaps, it is focused in the terms in which these works were published, commented or reviewed. Hence an approach conceived sub specie bibliotecae has been adopted, with working methods characterized by their chronological component, and then the analytical-comparative one: in other words, a historiographicaljournalistic method able to relate stories or courses of certain ideas or notions, within a broader general context in its architectural, aesthetic, sociological-generational, cultural, philosophical, scientific, political, literary... sides. This approach intends to establish a re-reading of Venturi’s first book and its years of gestation, from some new understandings, more modern than postmodern(ist), proposing a possible evolution of the latest architecture whose roots, after all, would have their origin in the North America of 1946-1966.

Analysis and interpretation of cost data in randomised controlled trials: review of published studies

Objective To review critically the statistical methods used for health economic evaluations in randomised controlled trials where an estimate of cost is available for each patient in the study.

Human Immunodeficiency Virus Reverse Transcriptase and Protease Sequence Database: an expanded data model integrating natural language text and sequence analysis programs

The HIV Reverse Transcriptase and Protease Sequence Database is an on-line relational database that catalogs evolutionary and drug-related sequence variation in the human immunodeficiency virus (HIV) reverse transcriptase (RT) and protease enzymes, the molecular targets of anti-HIV therapy (http://hivdb.stanford.edu). The database contains a compilation of nearly all published HIV RT and protease sequences, including submissions from International Collaboration databases and sequences published in journal articles. Sequences are linked to data about the source of the sequence sample and the antiretroviral drug treatment history of the individual from whom the isolate was obtained. During the past year 3500 sequences have been added and the data model has been expanded to include drug susceptibility data on sequenced isolates. Database content has also been integrated with didactic text and the output of two sequence analysis programs.

Computation of Surface Electrical Potentials of Plant Cell Membranes : Correspondence to Published Zeta Potentials from Diverse Plant Sources

A Gouy-Chapman-Stern model has been developed for the computation of surface electrical potential (ψ0) of plant cell membranes in response to ionic solutes. The present model is a modification of an earlier version developed to compute the sorption of ions by wheat (Triticum aestivum L. cv Scout 66) root plasma membranes. A single set of model parameters generates values for ψ0 that correlate highly with published ζ potentials of protoplasts and plasma membrane vesicles from diverse plant sources. The model assumes ion binding to a negatively charged site (R− = 0.3074 μmol m−2) and to a neutral site (P0 = 2.4 μmol m−2) according to the reactions R− + IΖ ⇌ RIΖ−1 and P0 + IΖ ⇌ PIΖ, where IΖ represents an ion of charge Ζ. Binding constants for the negative site are 21,500 m−1 for H+, 20,000 m−1 for Al3+, 2,200 m−1 for La3+, 30 m−1 for Ca2+ and Mg2+, and 1 m−1 for Na+ and K+. Binding constants for the neutral site are 1/180 the value for binding to the negative site. Ion activities at the membrane surface, computed on the basis of ψ0, appear to determine many aspects of plant-mineral interactions, including mineral nutrition and the induction and alleviation of mineral toxicities, according to previous and ongoing studies. A computer program with instructions for the computation of ψ0, ion binding, ion concentrations, and ion activities at membrane surfaces may be requested from the authors.