Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy in higher eukaryotes.

Research in autophagy continues to accelerate,(1) and as a result many new scientists are entering the field. Accordingly, it is important to establish a standard set of criteria for monitoring macroautophagy in different organisms. Recent reviews have described the range of assays that have been used for this purpose.(2,3) There are many useful and convenient methods that can be used to monitor macroautophagy in yeast, but relatively few in other model systems, and there is much confusion regarding acceptable methods to measure macroautophagy in higher eukaryotes. A key point that needs to be emphasized is that there is a difference between measurements that monitor the numbers of autophagosomes versus those that measure flux through the autophagy pathway; thus, a block in macroautophagy that results in autophagosome accumulation needs to be differentiated from fully functional autophagy that includes delivery to, and degradation within, lysosomes (in most higher eukaryotes) or the vacuole (in plants and fungi). Here, we present a set of guidelines for the selection and interpretation of the methods that can be used by investigators who are attempting to examine macroautophagy and related processes, as well as by reviewers who need to provide realistic and reasonable critiques of papers that investigate these processes. This set of guidelines is not meant to be a formulaic set of rules, because the appropriate assays depend in part on the question being asked and the system being used. In addition, we emphasize that no individual assay is guaranteed to be the most appropriate one in every situation, and we strongly recommend the use of multiple assays to verify an autophagic response.

Perception and Interpretation of Advance Warning Signs on County Roads, HR-256, 1984

This research consisted of five laboratory experiments designed to address the following two objectives in an integrated analysis: (1) To discriminate between the symbol Stop Ahead warning sign and a small set of other signs (which included the word-legend Stop Ahead sign); and (2) To analyze sign detection, recognizability, and processing characteristics by drivers. A set of 16 signs was used in each of three experiments. A tachistoscope was used to display each sign image to a respondent for a brief interval in a controlled viewing experiment. The first experiment was designed to test detection of a sign in the driver's visual field; the second experiment was designed to test the driver's ability to recognize a given sign in the visual field; and the third experiment was designed to test the speed and accuracy of a driver's response to each sign as a command to perform a driving action. A fourth experiment tested the meanings drivers associated with an eight-sign subset of the 16 signs used in the first three experiments. A fifth experiment required all persons to select which (if any) signs they considered to be appropriate for use on two scale model county road intersections. The conclusions are that word-legend Stop Ahead signs are more effective driver communication devices than symbol stop-ahead signs; that it is helpful to drivers to have a word plate supplementing the symbol sign if a symbol sign is used; and that the guidance in the Manual on Uniform Traffic Control Devices on the placement of advance warning signs should not supplant engineering judgment in providing proper sign communication at an intersection.

Addendum to Perception and Interpretation of Advance Warning Signs on County Roads, HR-256, 1985

This contract extension was granted to analyze data obtained in the original contract period at a level of detail not called for in the original contract nor permitted by the time constraints of the original contract schedule. These further analyses focused on two primary questions: I. What sources of variation can be isolated within the overall pattern of driver recognition errors reported previously for the 16 signs tested in Project HR-256? 2. Were there systematic relations among data on the placement of signs in a simulated signing exercise and data on the respondents' ability to detect the presence of a sign in a visual field or their ability to recognize quickly and correctly a sign shown them or the speed with which these same persons can respond to a sign for a driver decision?

East 1 St Street Interchange and I-35 Widening, From MP 94.3 to Oralabor Road, Polk County, Iowa, Project # IM-035-4(140)92--13-77, Environmental Assessment and Section 4(f) De Minimis Impact Finding, 2015

From Proposed Action: "The proposed action consists of reconstructing the East 1st Street/I-35 interchange with a Diverging Diamond interchange, widening I-35 from four (4) lanes to six (6) lanes, and widening East 1st Street from four (4) lanes to five (5) lanes from Delaware Avenue to Frisk Drive. The project also proposes to reconstruct the intersections of East 1st Street/Creekview Drive and East 1st Street/Frisk Drive."

Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring cell death in higher eukaryotes.

Cell death is essential for a plethora of physiological processes, and its deregulation characterizes numerous human diseases. Thus, the in-depth investigation of cell death and its mechanisms constitutes a formidable challenge for fundamental and applied biomedical research, and has tremendous implications for the development of novel therapeutic strategies. It is, therefore, of utmost importance to standardize the experimental procedures that identify dying and dead cells in cell cultures and/or in tissues, from model organisms and/or humans, in healthy and/or pathological scenarios. Thus far, dozens of methods have been proposed to quantify cell death-related parameters. However, no guidelines exist regarding their use and interpretation, and nobody has thoroughly annotated the experimental settings for which each of these techniques is most appropriate. Here, we provide a nonexhaustive comparison of methods to detect cell death with apoptotic or nonapoptotic morphologies, their advantages and pitfalls. These guidelines are intended for investigators who study cell death, as well as for reviewers who need to constructively critique scientific reports that deal with cellular demise. Given the difficulties in determining the exact number of cells that have passed the point-of-no-return of the signaling cascades leading to cell death, we emphasize the importance of performing multiple, methodologically unrelated assays to quantify dying and dead cells.

John Dewey i l’educació democrà tica = John Dewey and democratic education

In Dewey, philosophy and education are inseparable. It is often forgotten that Dewey’s conception of school and education has only been possible because he conceived thought in terms of lived experience, of constantly tested experience, of incessant research; in other words, of 'continuous search' of 'effective means of action'. In addition, according to Dewey, true education is an education in democracy, and that means investing in an education that deals with thought. The service to democratic progress is done precisely through an education in reasonability and taking into account the experience

Phenolic compounds from Sidastrum micranthum (A. St.-Hil.) fryxell and evaluation of acacetin and 7,4'-Di-O-methylisoscutellarein as motulator of bacterial drug resistence

From the aerial parts of Sidastrum micranthum (A. St.-Hil.) Fryxell (Malvaceae) were isolated m-methoxy-p-hydroxy-benzaldehyde, o-hydroxy-benzoic acid, acacetin, quercetin, 7,4′-Di-O-methylisoscutellarein, genkwanin and tiliroside. These compounds were identified by data analyses of spectroscopic methods. Although acacetin and 7,4′-Di-O-methylisoscutellarein did not display relevant antibacterial activity (MIC = 256 µg/mL), they modulated the activity of antibiotics, i.e. in combination with antibiotics at 64 µg/mL (¼ MIC), a two-fold reduction in the MIC was observed for norfloxacin and ethidium bromide; regarding tetracycline and erythromycin a two-fold reduction in the MIC was observed only with 7,4′-Di-O-methylisoscutellarein.

Cultural and textual properties in the translation and interpretation of allusions. An analysis of allusions in Dorothy L. Sayers’ detective novels translated into Finnish in the 1940s and the 1980s

Kulttuuriset ja tekstuaaliset tekijät alluusioiden kääntämisessä ja tulkinnassa. Alluusiot Dorothy L. Sayersin 1940- ja 1980-luvuilla suomennetuissa salapoliisiromaaneissa Väitöskirja käsittelee alluusioiden kääntämistä ja tulkintaa. Alluusio on intertekstuaalinen viittaus, jonka tulkitsemiseen tarvitaan implisiittistä tietoa tutuksi oletetusta viittauskohteesta. Käännösongelma alluusiosta tulee, mikäli kohdekulttuurin lukijat eivät tunne viittauskohdetta eivätkä voi päätellä alluusion merkitystä. Tutkimus pyrkii kuitenkin uuden analyysimenetelmän avulla osoittamaan, että vieraat alluusiot eivät välttämättä johda tulkintaongelmiin. Väitöskirja jakautuu kahteen osaan: analyysimenetelmän kehittämiseen (luvut 1-5) sekä tapaustutkimukseen (luvut 6-7). Kehitetyn menetelmän avulla pystytään analysoimaan aikaisempaa tarkemmin, millaisia tulkintamahdollisuuksia alluusiot tarjoavat eri lukijakunnille ja miten lähdetekstin alluusioiden kulttuuriset ja tekstuaaliset piirteet korreloivat käännösstrategioiden kanssa. Tapaustutkimus selvittää, millaisia tulkintamahdollisuuksia Dorothy L. Sayersin 1940- ja 1980-luvuilla suomennettujen salapoliisiromaanien alluusiot tarjosivat aikansa suomalaisille lukijoille. Tavoitteena on myös hahmottaa, miten suomentajien käännösratkaisut ja alluusioiden tulkintamahdollisuudet liittyvät toisaalta lähdetekstin alluusioiden piirteisiin ja toisaalta kohdekulttuurin kontekstiin. Tapaustutkimus tarjoaa näin uutta tietoa suomennoskirjallisuuden ja salapoliisiromaanien historiasta. Analyysimenetelmä määrittelee aikaisempaa alluusioita ja intertekstuaalisuutta käsitelleen tutkimuksen pohjalta ne kulttuuriset ja tekstuaaliset piirteet, jotka vaikuttavat alluusioiden kääntämiseen ja tulkintaan. Kulttuurisessa mielessä alluusio voi olla tietylle lukijakunnalle tuttu tai tuntematon. Tekstuaalisia tekijöitä ovat alluusion muodon ja tyylin tunnusmerkillisyys sekä alluusion pintamerkityksen koherenttius uudessa tekstikontekstissa, ilman tietoa viittauskohteesta. Alluusioiden tulkinnassa on perinteisesti erotettu toisaalta allusiivinen tulkintamahdollisuus, jossa alluusio on lukijoille tuttu ja yhdistettävissä viittauskohteeseensa, toisaalta kulttuuritöyssy, jonka muodostaa lukijoille tuntematon ja pintamerkitykseltään inkoherentti alluusio. Tutkimuksessa määritellään kulttuuristen ja tekstuaalisten tekijöiden perusteella lisäksi kaksi muuta mahdollisuutta. Pseudo-allusiivisessa tulkinnassa tuntematon alluusio erottuu ympäröivästä tekstikontekstista tyyliltään ja on koherentti ainakin kuvaannollisessa mielessä ilman viittauskohdettaan. Ei-allusiivisessa tulkinnassa taas vieras alluusio sulautuu kontekstiin sekä muodoltaan että merkitykseltään niin, ettei lukija edes huomaa mahdollista alluusiota. Tulkintamahdollisuuksien jakauma antaa yleiskuvan siitä, miten tietty lukijakunta pystyi tulkitsemaan tekstin alluusioita. Lisäksi analyysi tarkastelee lähdetekstin ja käännöksen välillä tulkintamahdollisuuksissa tapahtuneita muutoksia sekä niiden vaikutusta tulkinnan vaatimaan vaivannäköön (effort) ja alluusion funktioihin. Tapaustutkimus perehtyy Sayers-suomennosten kulttuurikonteksteihin tarkastelemalla salapoliisiromaanien asemaa suomalaisessa kirjallisuusjärjestelmässä, suomennoksilta odotettuja piirteitä sekä suomentajien ammattikuvaa, taustoja ja työoloja. Tulosten perusteella alluusioiden kääntäminen oli vaativa tehtävä sekä 1940- että 1980-luvun suomentajille. Lähdetekstien alluusioista 60–70 prosenttia oli todennäköisesti kohdelukijoille vieraita. Molempina aikakausina suomennoksilta odotettiin silti sekä kielellistä sujuvuutta että lähdetekstin merkitysten välittämistä. 1940-luvun suomentajien tehtävää vaikeutti lisäksi mm. se, että suomentaminen oli enimmäkseen sivutoimista ja englanti oli harvoin parhaiten hallittu vieras kieli. Nämä olosuhteet lienevät vaikuttaneet etenkin vähäarvoisena pidetyn salapoliisikirjallisuuden suomennoksiin. 1980-luvulla suomentajien aikataulut olivat realistisempia, englannin taidot parempia ja päätoiminen suomentaminen mahdollista. Myös salapoliisiromaanien arvostus oli lisääntynyt. Sekä 1940- että 1980-luvun suomennoksissa kohdelukijoille vieraitakin alluusioita oli usein säilytetty, mikäli ne olivat koherentteja ilman viittauskohdettaan. Sen sijaan vieraita ja pintamerkitykseltään epäselviä alluusioita oli muokattu tai poistettu. Kuitenkin 1980-luvun suomentajat säilyttivät lähdetekstin alluusioita useammin ja tarkemmin kuin 1940-luvun suomentajat. Varsinkin poisjättämistä esiintyi 1940-luvun suomennoksissa enemmän. Alluusioiden tulkintamahdollisuudet olivat kaikissa käännöksissä muuttuneet sikäli, että melko harvat suomennetut alluusiot olivat enää kohdelukijoiden tunnistettavissa. Toisaalta myös kulttuuritöyssyt olivat harvinaisia. Erot 1940- ja 1980-luvun suomennosten välillä näkyivätkin pseudo-allusiivisissa ja ei-allusiivisissa tulkintamahdollisuuksissa. 1980-luvun suomennoksissa vieraat alluusiot oli johdonmukaisesti säilytetty niin, että käännetyt alluusiot voitiin tulkita pseudo-alluusioiksi. Sen sijaan 1940-luvun suomennoksissa vieraita alluusioita oli usein muokattu tai jätetty pois tavalla, joka johti ei-allusiiviseen tulkintaan. Kohdelukijoiden kannalta 1980-luvun suomennettujen alluusioiden tulkitseminen lienee vaatinut jonkin verran enemmän vaivaa. Toisaalta pseudo-allusiivisten käännösten pohjalta oli useimmiten mahdollista rakentaa koherentti tulkinta, ja monesti ne jopa välittivät samankaltaisia funktioita kuin lähdetekstin alluusiot. 1940-luvun suomennosten muokkaukset ja poistot periaatteessa helpottivat tulkintaa, mutta mahdollisia kulttuuritöyssyjä esiintyi edelleen, jopa kääntäjän tekemien muutosten seurauksena. 1940-luvun suomennoksissa myös käännettyjen alluusioiden funktiot olivat muuttuneet enemmän lähdetekstin alluusioihin nähden. Kaiken kaikkiaan 1980-luvun suomennokset olivat lähempänä oman aikansa hyvän käännöksen piirteitä. Toisaalta alluusioiden muokkaaminen sai 1940-luvun suomennokset muistuttamaan enemmän perinteistä arvoituksen ratkaisuun keskittyvää salapoliisiromaania, joten tältä osin ne lienevät vastanneet kohdelukijoiden odotuksia. Kulttuurikontekstin vaikutus siis näkyi sekä käännösstrategioissa että käännettyjen alluusioiden tulkintamahdollisuuksissa. Tutkimustuloksissa korostui kuitenkin myös se, että lähdetekstin alluusion pintamerkitys saattaa vaikuttaa käännösratkaisuihin. Lisäksi käännetyt pseudo-alluusiot saattavat välittää samankaltaisia funktioita kuin lähdetekstin alluusiot. Toisin kuin yleensä on esitetty, kohdelukijoille vieraiden alluusioiden säilyttäminen saattaakin siis olla toimiva ratkaisu.

From War Pigs to Unsung Heroes: The Criticism and Justification of War in Metal Lyrics

Tässä tutkimuksessa käsitellään heavy metal -kappaleiden sanoitusten sisältöä. Tutkimusmateriaaliin on valittu yksi teema, sota, jonka avulla avataan sanoitusten sisältöä ja merkitystä. Metallimusiikki alakulttuurina on tyylillisesti ja temaattisesti spesifi, ja sillä on omat musiikilliset tavoitteensa. Tässä tutkimuksessa tarkastellaan erityisesti sitä miten sotaa kritisoidaan tai perustellaan heavy rock -sanoituksissa. Tutkimusmateriaalini koostuu 29 englanninkielisen kappaleen sanoituksesta vuosilta 1970–2012. Edustettuina on useita ajanjaksoja sekä maita. Yhdistävänä tekijänä on englannin kielen lisäksi se, että kaikki sanoitukset käsittelevät modernia länsimaista sodankäyntiä. Tekstit valittiin sen perusteella, että niissä ilmeni positiivinen tai negatiivinen näkökulma sotaan. Tutkimus nojaa Theo van Leeuwenin legitimaatioteoriaan, joka puolestaan pohjautuu diskurssianalyysiin. Legitimaatioteoria käsittää neljä strategiaa, jotka voivat joko kritisoida tai perustella sosiaalisia käytänteitä. Ne ovat auktoriteetteihin vetoaminen, moraalinen arviointi, järkeistäminen ja mytopoeesi. Yksi tavoitteistani tutkimuksessani on selvittää legitimaatioteorian toimivuutta omassa materiaalissani. Käytän metodina lähilukua, joka mahdollistaa niiden sanojen ja ilmaisujen identifioimisen, jotka ovat näkökulmaltaan joko positiivisesti tai negatiivisesti sotaan suhtautuvia. Analyysini kannalta tärkeitä ovat sekä kieli- että kulttuurikonteksti, sillä ne määrittelevät sanojen merkityksen. Analyysin perusteella kävi ilmi, että esimerkit jakautuivat eri strategioiden välille hyvin epätasaisesti. Auktoriteetteihin vetoamisen strategiasta löytyi vain yksi esimerkki, kun taas moraalisen arvioinnin esimerkkejä oli neljätoista. Lisäksi kaikkia legitimaatioteorian alaryhmiä ei löytynyt materiaalista ollenkaan. Osalla alaryhmistä oli useita esiintymiä, mutta osalla vain yksi. Esimerkkien epätasaista jakautumista selittää mm. se, että tutkimuksen materiaalin kannalta kaikki alakategoriat eivät ole relevantteja. Jotta tutkimustuloksista saataisiin edustavampi, laajempi otanta olisi tarpeen. Legitimaatioteorian soveltuvuutta sanoituksien yhteydessä tulisi tutkia laajemmin.

Effect of the acupoints ST-36 (Zusanli) and SP-6 (Sanyinjiao) on intestinal myoelectric activity of Wistar rats

Despite its ancient use as a therapeutic tool to treat several ailments, acupuncture still faces the challenge of scrutiny by Western science both in terms of its efficacy and in terms of the characterization of its effects and mechanisms of actions underlying these effects. We investigated under well-controlled and carefully characterized conditions the influence of electrical stimulation of acupuncture points ST-36 (Zusanli) and SP-6 (Sanyinjiao) on the myoelectric activity of the small intestine of 38 adult male Wistar rats. Electrical recordings obtained by means of four electrodes chronically implanted in the small intestine were used to assess the effects of acupuncture (electroacupuncture stimulation set at 2 Hz, intermittent stimulation, 1 V, for 30 min). Immobilization of the animals was associated with a consistent decrease (-8 ± 7%) in the myoelectric activity of the small intestine as measured by means of the root mean square. Conversely, acupuncture was able to significantly increase (overshoot) this activity compared to baseline (+44 ± 7%). In contrast, immobilized animals subjected to sham acupuncture had only modest (nonsignificant) increases in myoelectric activity (+9 ± 6%). Using carefully controlled conditions we confirmed previous noncontrolled studies on the ability of acupuncture to alter intestinal motility. The characterization of the topographic and temporal profiles of the effects observed here represents a basis for future dissection of the physiological and pharmacological systems underlying these effects.

Managing open access workflows at the University of St Andrews: challenges and Pathfinder solutions

Presentation of Janet Aucock, at the FinELib Consortium Seminar (Aineistopäivä), April 16, 2015 in Helsinki.

Clinical utility of standard base excess in the diagnosis and interpretation of metabolic acidosis in critically ill patients

The aims of this study were to determine whether standard base excess (SBE) is a useful diagnostic tool for metabolic acidosis, whether metabolic acidosis is clinically relevant in daily evaluation of critically ill patients, and to identify the most robust acid-base determinants of SBE. Thirty-one critically ill patients were enrolled. Arterial blood samples were drawn at admission and 24 h later. SBE, as calculated by Van Slyke's (SBE VS) or Wooten's (SBE W) equations, accurately diagnosed metabolic acidosis (AUC = 0.867, 95%CI = 0.690-1.043 and AUC = 0.817, 95%CI = 0.634-0.999, respectively). SBE VS was weakly correlated with total SOFA (r = -0.454, P < 0.001) and was similar to SBE W (r = -0.482, P < 0.001). All acid-base variables were categorized as SBE VS <-2 mEq/L or SBE VS <-5 mEq/L. SBE VS <-2 mEq/L was better able to identify strong ion gap acidosis than SBE VS <-5 mEq/L; there were no significant differences regarding other variables. To demonstrate unmeasured anions, anion gap (AG) corrected for albumin (AG A) was superior to AG corrected for albumin and phosphate (AG A+P) when strong ion gap was used as the standard method. Mathematical modeling showed that albumin level, apparent strong ion difference, AG A, and lactate concentration explained SBE VS variations with an R² = 0.954. SBE VS with a cut-off value of <-2 mEq/L was the best tool to diagnose clinically relevant metabolic acidosis. To analyze the components of SBE VS shifts at the bedside, AG A, apparent strong ion difference, albumin level, and lactate concentration are easily measurable variables that best represent the partitioning of acid-base derangements.

Opening truth to imagination : the pragmatism of John Dewey and Richard Rorty

This study explores in a comparative way the works of two American pragmatist philosophers-John Dewey and Richard Rorty. I have provided a reading of their broader works in order to offer what I hope is a successful sympathetic comparison where very few exist. Dewey is often viewed as the central hero in the classical American pragmatic tradition, while Rorty, a contemporary pragmatist, is viewed as some sort of postmodern villain. I show that the different approaches by the two philosophers-Dewey's experiential focus versus Rorty's linguistic focus-exist along a common pragmatic continuum, and that much of the critical scholarship that pits the two pragmatists against each other has actually created an unwarranted dualism between experience and language. I accomplish this task by following the critical movement by each of the pragmatists through their respective reworking of traditional absolutist truth conceptions toward a more aesthetical, imaginative position. I also show how this shift or "turning" represents an important aspect of the American philosophical tradition-its aesthetic axis. I finally indicate a role for liberal education (focusing on higher nonvocational education) in accommodating this turning, a turning that in the end is necessitated by democracy's future trajectory