Methylenetetrahydrofolate reductase CpG islands: Epigenotyping

Background Determination of the differential DNA methylation patterns of methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) that are associated with differential MTHFR activity is important to understand the pathogenesis of ischemic stroke. However, to date, no data are available on the differential DNA methylation profiles of Kelantanese Malays. Therefore, we developed a rapid and efficient serial pyrosequencing assay to determine differential DNA methylation profiles of MTHFR, which help to further our understanding of the pathogenesis of ischemic stroke. The developed assay also served as the validation platform for our previous computational epigenetic research on MTHFR. Methods Polymerase chain reaction primers were designed and validated to specifically amplify the cytosine that is followed by guanine residues (CpGs) A and B regions. Prior epigenotyping on 110 Kelantanese Malays, the serial pyrosequencing assays for the CpGs A and B regions were validated using five validation controls. The mean values of the DNA methylation profiles of CpGs A and B were calculated. Results The mean DNA methylation levels for CpGs A and B were 0.984 ± 0.582 and 2.456 ± 1.406, respectively. The CpGs 8 and 20 showed the highest (5.581 ± 4.497) and the lowest (0.414 ± 2.814) levels of DNA methylation at a single-base resolution. Conclusion We have successfully developed and validated a pyrosequencing assay that is fast and can yield high-quality pyrograms for DNA methylation analysis and is therefore applicable to high throughput study. Using this newly developed pyrosequencing assay, the MTHFR DNA methylation profiles of 110 Kelantanese Malays were successfully determined. It also validated our computational epigenetic research on MTHFR.

Beyond fractional derivatives: local approximation of other convolution integrals

Dynamic systems involving convolution integrals with decaying kernels, of which fractionally damped systems form a special case, are non-local in time and hence infinite dimensional. Straightforward numerical solution of such systems up to time t needs O(t(2)) computations owing to the repeated evaluation of integrals over intervals that grow like t. Finite-dimensional and local approximations are thus desirable. We present here an approximation method which first rewrites the evolution equation as a coupled in finite-dimensional system with no convolution, and then uses Galerkin approximation with finite elements to obtain linear, finite-dimensional, constant coefficient approximations for the convolution. This paper is a broad generalization, based on a new insight, of our prior work with fractional order derivatives (Singh & Chatterjee 2006 Nonlinear Dyn. 45, 183-206). In particular, the decaying kernels we can address are now generalized to the Laplace transforms of known functions; of these, the power law kernel of fractional order differentiation is a special case. The approximation can be refined easily. The local nature of the approximation allows numerical solution up to time t with O(t) computations. Examples with several different kernels show excellent performance. A key feature of our approach is that the dynamic system in which the convolution integral appears is itself approximated using another system, as distinct from numerically approximating just the solution for the given initial values; this allows non-standard uses of the approximation, e. g. in stability analyses.

Decision-making in a death investigation: Emotions, families and the coroner

The role of the coroner in common law countries such as Australia, England, Canada and New Zealand is to preside over death investigations where there is uncertainty as to the manner of death, a need to identify the deceased, a death of unknown cause, or a violent or unnatural death. The vast majority of these deaths are not suspicious and thus require coroners to engage with grieving families who have been thrust into a legal process through the misfortune of a loved one's sudden or unexpected death. In this research, 10 experienced coroners discussed how they negotiated the grief and trauma evident in a death investigation. In doing so, they articulated two distinct ways in which legal officers engaged with emotions, which are also evident in the literature. The first engages the script of judicial dispassion, articulating a hierarchical relationship between reason and emotion, while the second introduces an ethic of care via the principles of therapeutic jurisprudence, and thus offers a challenge to the role of emotion in the personae of the professional judicial officer. By using Hochschild's work on the sociology of emotions, this article discusses the various ways in which coroners manage the emotion of a death investigation through emotion work. While emotional distance may be an understandable response by coroners to the grief and trauma experienced by families and directed at cleaner coronial decision-making, the article concludes that coroners may be better served by offering emotions such as sympathy, consideration and compassion directly to the family in those situations where families are struggling to accept, or are resistant to, coroners' decisions.

On the effect of matrix cracks in composite helicopter rotor blade

This paper investigates the feasibility of an on-line damage detection capability for helicopter main rotor blades made of composite material. Damage modeled in the composite is matrix cracking. A box-beam with stiffness properties similar to a hingeless rotor blade is designed using genetic algorithm for the typical [+/-theta(m)/90(n)](s) family of composites. The effect of matrix cracks is included in an analytical model of composite box-beam. An aeroelastic analysis of the helicopter rotor based on finite elements in space and time is used to study the effects of matrix cracking in the rotor blade in forward flight. For global fault detection, rotating frequencies, tip bending and torsion response, and blade root loads are studied. It is observed that the effect of matrix cracking on lag bending and elastic twist deflection at the blade tip and blade root yawing moment is significant and these parameters can be monitored for online health monitoring. For implementation of local fault detection technique, the effect on axial and shear strain, for matrix cracks in the whole blade as well as matrix cracks occurring locally is studied. It is observed that using strain measurement along the blade it is possible to locate the matrix cracks as well as to predict density of matrix cracks. (C) 2004 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Italian ja Veneton läänin kolmas sektori. Maaraportti maaseutualueiden palvelutuotannon haasteista ja hyvistä käytännöistä.

Tiivistelmä Maaraportin tavoitteena on luoda yleiskatsaus Italian kolmanteen sektoriin ja tutkimus kohdistuu erityisesti Pohjois-Italiassa sijaitsevan Veneton läänin kolmannen sektorin palvelutuotantoon. Raportissa tarkastellaan erityisesti kolmannen sektorin ja julkisen palvelutuotantosektorin sekä julkishallinnon toiminnallisia suhteita. Kolmannen sektorin mahdollisuuksia vastata maaseutualueiden palvelujen tarjonnan haasteisiin on pyritty analysoimaan. Italia on julkishallinnon ja kolmannen sektorin palvelutuotannon kannalta tarkasteltuna nykytilanteessa mielenkiintoinen testilaboratorio koko Euroopan mittakaavassa johtuen maan historiallisista, kulttuuri-sista, kieli- ja maantieteellisistä sekä itse väestöpohjan tarjoamista haasteista. Italiasta ei voida puhua yhden homogeenisen valtiokäsitteen alla, koska maa toimii kulttuurisista perinteistään johtuen kolmella eri nopeudella. Itse valtio käsitettäkin tulkitaan Italiassa monin eri tavoin pohjautuen ”valtiona” nähdyn organisaation käytännön funktioon sitoutuneena alueellisiin ja kulttuurisiin tekijöihin. Teollinen, dynaaminen yritysten varakas Pohjois-Italia henkilöityneenä Milanoon, hallinnon ja kulttuurin leimaama Keski-Italia kiteytyneenä ikuiseen kaupunkiin Roomaan ja Napolin alapuolinen Etelä-Italia, joka painii ”järjestelmässä sisällä olevan järjestelmänsä” kanssa eivät ole koskaan muodos-taneet oikeasti yhtenäistä Italian valtiota. Italiassa erillisinä itsehallinnollisina alueina toimivat lääneiksi luettavat Sisilia, Trentino Alto-Adige, Val di Aosta, Sardegna ja Friuli-Venezia Giulia, mikä lisää hallinnollista kirjavuutta. Viimeisten vuosien aikana Italian julkishallinto on ollut jatkuvassa transitiotilassa yrittäessään kohdata uudistumisen vaateita globalisoituvassa maailmassa. Italiassa on meneillään hidas siirtyminen liittovaltiomaiseen järjestelmään ja jopa syvempään paikallisuuteen. Massiivinen ja raskas julkishallintokoneisto neljällä eri tasolla (valtio - lääninhallinnolliset alueet - vahvat maakunnat - kunnat) on erittäin hankalasti modernisoitavissa, mutta poliittinen tahtotila on vaihtumassa klassista vahvaa keskushallintoa kannattavasta ajattelutavasta hyväksymään federalistisia, alueellisia hallintoratkaisuja. Italiassa on herätty havaitsemaan, että ongelmien ratkaisu täytyy viedä itse alueille ja niiden ihmisille, koska unilateraalinen keskushallinnointitapa ei enää vastaa monikerroksisiin, moniulotteisiin alueellisiin haasteisiin. Jokaisella alueella on erilaiset lähtökohdat ongelmien ratkaisuihin myös globalisoitumisen asettamissa yhteisissä haasteissa. Kolmannen sektorin asema arvostettuna italialaisten kansalaispalvelujen täydentäjänä ja tuottajana alkaa olla nykypäivää. Kolmannen sektorin elintärkeä osuus uusien palvelutarpeiden tunnistamisessa on jo yleisesti tunnustettu tosiasia Italiassa. Vapaaehtoisjärjestöt toimivat eturivissä kansalaisten arkipäivässä ja pystyvät näin kanavoimaan ensimmäisinä sosiaalista kehityskulkua ja kohottamaan esiin erilaisia marginaalistenkin ryhmien tarpeita sekä vastaamaan niihin. Kolmas sektori laajentaa, tuottaa ja paikkaa paikallista julkista palvelutuotantoa. Ratkaiseva askel lainsäädännölliseltä kannalta on ollut rahoitusvirtojen ohjaaminen kolmannen sektorin ns. ONLUS-organisaatioille ja ONLUS-statuksen perustaminen vuonna 1997. Italiassa on 60 231.214 asukasta (31.7.2009) ja se on hallinnollisesti jakaantuneena 8 100 kuntaan. Suomessa vastaavat luvut ovat 5 350 712 asukasta ja 348 kuntaa (11/2009). Maantieteelliseltä kooltaan Italia ei eroa 301 338 km2:n pinta-alallaan paljonkaan Suomesta (338 424 km2). Väestömäärän erojen vuoksi Italiassa on keskimäärin 199,9 asukasta neliökilometrillä ja Suomessa 17,1. Maiden välinen suora vertailu ei ollut mittakaavaerojen vuoksi järkevää. Kuntien hallinnollinen rooli on Italiassa painotukseltaan erilainen kuin Suomessa. Suomessa kuntien vastuulla oleva sosiaali-, terveydenhuolto- ja koulutoimi eivät ole samassa laajuudessa italialaisten kuntien vastuulla vaan näiden toimialojen vastuulliset tahot ovat läänit terveydenhoitopiireineen sekä maakuntahallinto koulupiirien osalta. Italialaisten kuntien vastuualueet voivat myös vaihdella mittavasti perustuslaissa määriteltyjen perustoimien lisäksi. Tutkimuksen kohteeksi on rajattu Koillis-Italiassa sijaitseva Veneton läänin alue, koska se on väkimäärältään lähes yhtä suuri kuin Suomi, 4 893 309 asukasta (31.3.2009). Kuntien lukumäärä on huimaava 581 kpl. Veneto on maantieteelliseltä alueeltaan pieni ja harvaan asuttua maaseutua on pinta-alasta melko niukasti. Pohjoisen osan vuoristoalueet karuine olosuhteineen muodostavat palvelutuotannollisesti haas-teellisen ympäristön, joka on verrattavissa suomalaisten maaseutualueiden tilanteeseen. Venetossa on omaksuttu Italian mittakaavassa innovatiivisia ratkaisuja julkishallinnon palvelutuotannon ja kolmannen sektorin toiminnan osalta. Veneton alue on luokiteltu maailman pienyritysintensiivisimmäksi alueeksi, mikä heijastuu myös alueen palvelutuotantoratkaisuissa. Raportti esittelee ensin Italian hallintoa, keskushallinnon, paikallishallinnon ja tutkimuksen asettelulle olennaisten kolmannen sektorin toimijoiden osalta. Tämä on välttämätöntä, sillä kolmannen sektorin toiminta on Italiassa hyvin pitkälle lainsäädännöllä ohjattua ja rajattua. Kolmannen sektorin käsitteistöä, toimijoita, järjestäytymistä ja sen toimintaa säätelevää lainsäädäntöä esitellään tarkemmin. Veneton läänin osalta kolmanteen sektoriin perehdytään sekä hallinnon että toimijakentän näkökulmia tulkiten. Raportin lopussa esitellään kolmannen sektorin palvelutuotantoon ja hallinnointiin liittyviä case-esimerkkitapauksia.

Demokrati eller byråkrati? En politologisk-organisatorisk undersökning av samhällets styrning

Undersökningens problem gäller underordning. Syftet med undersökningen är att på basen av teori skapa en helhetssyn som man kan stödja sig på när val mellan underordning och icke-underordning görs i planering av organisationsregler. Problemställningen grundar sig på forskarens vardagserfarenheter av beslutsfattande i grupp. Om en av gruppens medlemmar kan underordna de andra har han en möjlighet att styra kommunikationen och på det sättet påverka den kunskap, som gruppen förfogar över då gemensamma beslut fattas. Bristfällig kunskap kan möjligen leda till, att man inte finner den lösning, som skulle vara bäst ur helhetens synvinkel. Underordning tillskrivs varierande betydelse i olika organisationer beroende på grupperingsprinciperna. I organisationer där medlemskapet i princip är ärvt, är en minimering av subordinationsförhållandena ett värde i sig medlemmarna emellan. Dylika organisationer är familjen och territoriellt bildade samhälleliga organisationer. Samhällets organisationsregler, sådana som de kan läsas och tolkas i statsförfattningsteori och i författningen, är föremål för granskning. Granskningen sker med hjälp av två idealtyper, som avbildar två ytterligheter, den ena ett samhälle, där underordningen är minimal, den andra ett samhälle, där underordningen är maximal. Den förstnämnda idealtypen benämns demokrati. Egenskaper som givits den är symmetriska relationer aktörerna emellan, dvs. kommunikationen är dubbelriktad och rollutbytet fritt. Den andra idealtypen benämns byråkrati. Den karakteriseras av osymmetriska relationer aktörerna emellan, dvs. kommunikationen är enkelriktad och mellan samhällsmedlemmarna finns en rollfördelning. Idealtypernas egenskaper vidareutvecklas genom deduktion. Som hjälpmedel i en sociologisk konstruktion används två- och treaktörsmodeller. Enhällighet och lösning av konflikter genom lottdragning är demokratiska beslutsregler. En byråkratisk regel är majoritetsbeslut. Enligt politologisk granskning är grundmodellen för reglerna i ett demokratiskt samhälle en överenskommelse om ett monogamt äktenskap. Grundmodellen för byråkrati är promiskuitet, ur vilken man inte kan härleda någon annan organisationsprincip för styrning av samhället än styrning genom maktgrupper. Den organisationsteoretiska utvecklingen sker genom en konstruktion av motsatta regler för en byråkratisk förvaltningsorganisation, nämligen regler för en debyråkratisk förvaltningsorganisation. I den systemteoretiska granskningen konstateras att författningen måste utarbetas med utgångspunkt i att samhället är ett slutet system i förhållande till omgivande samhällen. Utvecklandet av samhällelig organisationsteori sker med hjälp av deduktion, där man som hjälpmedel använder en fyraktörsmodell. Modellen avbildar att möte vid vilket två ordföranden, som kontrollerar varandra, och två medlemmar deltar. Med hjälp av modellen klassificeras de samhälleliga relationerna i tre olika dimensioner. Den vertikala dimensionen avbildar relationerna medborgare och statsorgan emellan. Av de horisontala dimensionerna avbildar den ena relationerna statsorganen emellan och den andra avbildar relationerna medborgare emellan. Med hjälp av teori analyseras antikens, liberalismens och socialismens samhällsstyre med tanke på symmetrin i styrningsprinciperna. Teorin kompletteras genom en definition av hierarkiska idealtyper: i den symmetriska idealtypen är medborgarnas deltagande i beslutsfattandet maximalt och i den osymmetriska minimalt. På basen av detta bildas idealtyper för en symmetrisk resp. osymmetrisk författning. Med hjälp av teori utförs en granskning av Finlands författning. I en analys av den historiska utveckling som Finlands författningsteori har genomgått konstateras att stamsamhällets styrning, som grundade sig på gemenskap, har övergått i en individualistisk, mekanisk styrning inom nationalstatens ramar där mat tyr sig till omröstningar och till representationsprincipen. Relationerna statsorganen emellan har utvecklats genom experimentering i många olika faser. Den territoriella organisationen har ägnats mindre uppmärksamhet. Som slutsats av analysen utvecklas en organisationsprincip för reglerad osymmetri. En analys av grundlagen pekar på möjligheter till dess demokratisering eller byråkratisering. På basen av en analys av grundlagsändringarna åren 1972 och 1981 kommer man enligt den metod som har använts i undersökningen till en slutsats om att dessa lagändringar innebär en byråkratisering. Möjligheter till demokratisering belyses med ett exempel.

Simultaneous measurement of aerodynamic and heat transfer data for large angle blunt cones in hypersonic shock tunnel

Aerodynamic forces and fore-body convective surface heat transfer rates over a 60 degrees apex-angle blunt cone have been simultaneously measured at a nominal Mach number of 5.75 in the hypersonic shock tunnel HST2. An aluminum model incorporating a three-component accelerometer-based balance system for measuring the aerodynamic forces and an array of platinum thin-film gauges deposited on thermally insulating backing material flush mounted on the model surface is used for convective surface heat transfer measurement in the investigations. The measured value of the drag coefficient varies by about +/-6% from the theoretically estimated value based on the modified Newtonian theory, while the axi-symmetric Navier-Stokes computations overpredict the drag coefficient by about 9%. The normalized values of measured heat transfer rates at 0 degrees angle of attack are about 11% higher than the theoretically estimated values. The aerodynamic and the heat transfer data presented here are very valuable for the validation of CFD codes used for the numerical computation of How fields around hypersonic vehicles.

Frequency-Dependent Viscosity of Membrane Solutions

It is shown that dilute suspensions of membranes have strongly frequency-dependent viscosities. This behaviour should be seen in a variety of measurements such as capillary flow, mechanical impedance and ultrasound damping.

The determinants of sexually transmitted infections among reproductive age women in St. Petersburg, Estonia and Finland

OBJECTIVES: Sexually transmitted infections' (STIs) rate vary in St. Petersburg, Estonia and Finland; the aim was to compare the determinants of self-reported sexually transmitted infections in these areas. METHODS: Data from four population-based questionnaire surveys were used (Finland in 1992 and 1999; St. Petersburg in 2003; Estonia in 2004). With the exception of the 1992 Finnish survey (interview) all were postal surveys, with 1,070 respondents in Finland (78 and 52% response rates), 1,147 (68%) in St. Petersburg, and 5,190 (54%) in Estonia. RESULTS: Risky sexual behaviours were equally common in the three areas and the determinants were the same. Women with an STIs history more often had had their first sexual intercourse when aged under 18, had not used condom during first intercourse, had a high number of lifetime or previous year sexual partners. However, marital status and education were not similar determinants. Cohabiting and well-educated women in Finland were more likely to have STIs while in other areas the associations found were not statistically significant. CONCLUSIONS: Risky behaviour predicts STIs, but does not explain the varying rates of STIs between areas.

Organometallic derivatives of diphosphazanes. 2. Seven-coordinated Group 6 metal tricarbonyl complexes of diphosphazane ligands. X-ray crystal structure of [WI2(CO)3{P(OPh)2}2NPh]

The reactions of the complexes [MI2(CO)3-(NCMe)2] (M = Mo, W) with the diphosphazane ligands RN{P(OPh)2}2 (R = Me, Ph) in CH2Cl2 at room temperature afford new seven-coordinated complexes of the type [MI2(CO)3{P(OPh)2}2NR]. The molybdenum complexes are sensitive to air oxidation even in the solid state, whereas the tungsten complexes are more stable in the solid state and in solution. The structure of the tungsten complex [WI2(CO)3{P(OPh)2}2NPh] has been determined by single-crystal X-ray diffraction. It crystallizes in the orthorhombic system with the space group Pna 2(1), a = 19.372 (2) angstrom, b = 11.511 (1) angstrom, c = 15.581 (1) angstrom, and Z = 4. Full-matrix least-squares refinement with 3548 reflections (I > 2.5-sigma-(I)) led to final R and R(w) values of 0.036 and 0.034, respectively. The complex adopts a slightly distorted pentagonal-bypyramidal geometry rarely observed for such a type of complexes; two phosphorus atoms of the diphosphazane ligand, two iodine atoms, and a carbonyl group occupy the equatorial plane, and the other two carbonyl groups, the apical positions.

Impedance parameters and the state-of-charge. III. Zinc-manganese dioxide and magnesium-manganese dioxide dry batteries

The problem of non-destructive determination of the state-of-charge of zinc- and magnesium-manganese dioxide dry batteries is examined experimentally from the viewpoint of internal impedance and open-circuit voltage at equilibrium. It is shown that the impedance is mainly charge-transfer controlled at relatively high states-of-charge and progressively changes over to diffusion control as the state-of-charge decreases in the case of zinc-manganese dioxide dry batteries. On the other hand, the impedance is mainly diffusion controlled for undischarged batteries but becomes charge-transfer controlled as soon as there is some discharge in the case of magnesium-manganese dioxide batteries. It is concluded that the determination of state-of-charge is not possible for both types of batteries by the measurement of impedance parameters due to film-induced fluctuations of these parameters. The measurement of open-circuit voltage at equilibrium can be used as a state-of-charge indicator for Zn-MnO2 batteries but not for Mg-MnO2 batteries.

On some results of A. E. Livingston and coefficient problems for concave univalent functions

We consider functions that map the open unit disc conformally onto the complement of a bounded convex set. We call these functions concave univalent functions. In 1994, Livingston presented a characterization for these functions. In this paper, we observe that there is a minor flaw with this characterization. We obtain certain sharp estimates and the exact set of variability involving Laurent and Taylor coefficients for concave functions. We also present the exact set of variability of the linear combination of certain successive Taylor coefficients of concave functions.