La notion de « qualité » des publications dans l’évaluation de la recherche et des chercheurs en sciences humaines et sociales: Le potentiel de l’Open Access pour dépasser le paradoxe des prescriptions en matière de qualité et l’ambivalence de leur perception par les chercheurs en sciences de la communication

1. Un premier apport de notre travail consiste à proposer un cadre théorique, analytique et conceptuel original, permettant d'approcher la notion de qualité des publications en SHS (sciences humaines et sociales) et en sciences de la communication de façon à la fois holistique et dynamique, en tant qu'elle fait l'objet de descriptions et de jugements multiples, émis par une diversité de parties prenantes, au sein et en dehors des milieux académiques. Pour ce faire, il s'agira de considérer la qualité dans ses différentes dimensions constitutives (approche holistique) tout en l'inscrivant dans le cadre d'évolutions tendancielles en matière de publication scientifique (approche dynamique) et en tenant compte de la qualité telle qu'elle est prescrite, souhaitée et mise en oeuvre par les différentes parties prenantes (chercheurs et entités prescriptrices, aux niveaux politique et managérial). En croisant de façon systématique ces trois approches - approche multidimensionnelle, rapport aux prescrits et aux souhaits, et étude des évolutions tendancielles -, il s’avérera possible d'évaluer l'incidence des différentes tendances en matière de publication scientifique – i.e. tendances à la massification, à l'internationalisation, à l' « exotérisation » (i.e. à l'ouverture vers le monde extérieur, au-delà des pairs), à la « gestionnarisation » (i.e. à l'usage des publications dans la gestion dela recherche et des chercheurs, en particulier en situation d'évaluation), à la commercialisation et à l' « enlignement » (i.e. à la mise en ligne, sur Internet) – ainsi que des prescriptions managériales et politiques qui les initient, les stimulent ou les prolongent à des degrés divers, sur la qualité de l'activité même de publier, et sur celle des différents types génériques et spécifiques d'objets publiés.2. En appliquant cette triple approche aux SHS et, plus particulièrement, au cas des sciences de la communication, nous montrerons comment la plupart des évolutions tendancielles qui sont discutées ici ainsi que des prescrits politiques et managériaux qui y affèrent aboutissent à valoriser principalement, en situation d'évaluation de la recherche et des chercheurs, la publication d'un grand nombre d'articles dans des revues savantes internationales de premier plan, destinés avant tout aux pairs, et à dévaloriser les publications, ouvertes à des publics plus locaux, rédigées en langue vernaculaire, ou qui se consacreraient à la résolution de problèmes de société. En particulier, à la faveur de la tendance à la « gestionnarisation » des publications, l'article de revue savante internationale de premier plan, ainsi que les citations qui lui sont faites par les seuls pairs, sont posés en indicateurs de performance de tout premier plan, « fixant » ainsi les pratiques de recherche et de publication des chercheurs. Cette « fixion » sera d'autant plus marquée que les indicateurs bibliométriques, à l'échelon national, seront intégrés à des processus de financement public de la recherche fondés sur les performances, et que, à l'échelon international, les indicateurs joueront un rôle prépondérant dans l'établissement des rankings des universités ainsi que des benchmarks des systèmes nationaux et régionaux de recherche. Pour autant, des prescriptions politiques sont également édictées, principalement au niveau européen, dans l'optique de la mise en oeuvre, au sein de l'Espace européen de la recherche et, dans une moindre mesure, de l'Espace européen de l'enseignement supérieur, d'une économie de la connaissance compétitive à l'échelon global et, plus particulièrement, d'un « mode 2 » de production des connaissances, qui insistent sur l'importance de davantage valoriser les résultats de la recherche, interdisciplinaire et coopérative, auprès de parties prenantes extra-académiques. En résulte une relation paradoxale entre la tendance à l'exotérisation de la recherche et des publications, et les prescrits de gestionnarisation des publications, ainsi qu'entre les prescriptions qui les sous-tendent respectivement.3. Or l'enquête que nous avons menée auprès des membres de trois sociétés savantes internationales en sciences de la communication montre combien les chercheurs de cette discipline ont désormais bien intégré les critères de qualité promus par les prescrits politiques et managériaux soutenant l'instauration d'une nouvelle « culture de la publication », à la croisée des tendances à la massification, à l'internationalisation et à la gestionnarisation des publications. Pour autant, des entretiens approfondis menés auprès de chercheurs en sciences de la communication actifs en Belgique francophone et néerlandophone n'en révèlent pas moins que ces derniers développent une attitude foncièrement ambivalente envers la culture du « publish or perish » et à l'égard de prescriptions qui sur-valorisent les revues savantes internationales de premier plan, en situation d'évaluation de la recherche et des chercheurs. D'une part, en effet, les chercheurs avec qui nous nous sommes entretenus estiment que la nouvelle culture de la publication joue un rôle bénéfique dans la professionnalisation et dans le développement d'une culture véritablement scientifique dans les sciences de la communication. Partant, la plupart d'entre eux développent des stratégies visant à aligner leurs pratiques de publication sur les prescrits. D'autre part, plusieurs répondants n'en regrettent pas moins le caractère réducteur de la survalorisation des revues savantes internationales de premier plan dans l'évaluation, et souhaitent qu'une plus grande diversité de types de publication soit prise en compte par les évaluateurs. Afin de concilier « qualité prescrite » et « qualité souhaitée » dans la qualité de leur activité effective de publication et dans celle des objets effectivement publiés (« qualité réelle »), il arrive dès lors à ces chercheurs de « bricoler » avec les prescriptions. Par ailleurs, la plupart des répondants, davantage cependant en FédérationWallonie-Bruxelles qu'en Flandre, où le financement public de la recherche est d'ores et déjà fondé en partie sur des indicateurs bibliométriques et revue-métriques, regrettent le manque d'explicite dans la formulation des prescriptions – ces dernières prenant régulièrement la forme de « scripts » plus indirects et/ou implicites, plutôt que de normes et de règles stricto sensu –, ainsi que l'absence de seuil quantitatif minimal à atteindre.4. Il nous semble par conséquent, dans une optique plus normative, que le dépôt systématique des différents types de publication produits par les chercheurs en SHS et en sciences de la communication sur des répertoires numériques institutionnels (Open Access Green) serait de nature à (contribuer à) résoudre le paradoxe des prescriptions en matière de « qualité prescrite », ainsi que l'ambivalence des perceptions des chercheurs en matière de « qualité souhaitée ». En effet, le dépôt des publications sur des répertoires institutionnels ouvre des opportunités inédites de renouveler la conversation savante qui se structure autour des objets publiés, au sein de la communauté argumentative (Kommunikationsgemeinschaft) des pairs, par le biais notamment de la revue par les pairs ouverte et grâce à la possibilité de commenter ad libitum les publications disséminées en Open Access. mais également en rendant les résultats de la recherche aisément accessibles et ré-utilisables par des parties prenantes extra-académiques. Les opportunités liées au dépôt des publications sur des répertoires Open Access (Green), en termes de qualité tant épistémique que pragmatiquede ces dernières, seront d'autant plus fécondes que le dépôt des travaux sur les répertoires institutionnels s'articulera à l'usage, par le chercheur, des instruments idoines, génériques ou dédiés, du Web participatif (Wikis, blogues, micro-blogues, réseaux sociaux, outils de partage de signets et de listes bibliographiques). Par ailleurs, les dépôts numériques fonctionnent désormais en tant qu'« outils de transparence », susceptibles de donner davantage de visibilité à des productions de recherche et des types de publication diversifiés. En situation d'évaluation de la recherche et des chercheurs, le recours aux dépôts institutionnels - pour autant qu'un mandat prescrive le dépôt de tous les travaux produits par les chercheurs de l'institution – permettrait aux évaluateurs de fonder leur jugement sur une gamme plus large et plus représentative de types de publication et de formes de communication en SHS et en sciences de la communication. De plus, grâce à la dissémination en Open Access, en conjonction avec l'usage d'une diversité d'outils du Web participatif, il devient mieux possible de soumettre les différents types de publication archivés et publiés en libre accès à des indicateurs de performance eux-mêmes diversifiés – bibliométriques, mais également « webométriques » et « altmétriques » -, fondés sur les articles plutôt que sur les revues et mieux adaptés à la diversité de leurs impacts, tant au sein qu'en dehors du cercle des pairs.5. Partant, l'Open Access (Green) nous apparaît in fine comme étant doté d'un potentiel important, en matière d'intégration de la recherche et des chercheurs en SHS et en sciences de la communication à la mise en place – au-delà d'une économie de la connaissance - d'une véritable société de la connaissance, ainsi qu'aux processus d'innovation techno-industrielle, sociale et intellectuelle qui la sous-tendent.

Phronèsis et prudence : esquisse de la science pratique dans les textes de la tradition classique

Ce mémoire porte sur les transformations du concept de prudence, de l’Antiquité grecque au XVIIe siècle. Il souligne notamment le lien qui unit les manières d’être et l’art, tant chez les Grecs qu’au début de la modernité. La phronèsis se définissait tout d’abord en relation aux autres manières de faire, dont la technè fait partie. Si Platon et Aristote les distinguent, les auteurs de la modernité assimileront ces deux manières de faire. De plus, on peut voir dans la forme du langage employé pour écrire sur la prudence un reflet de la vertu antique. Il s’agit de donner, tant par le style que par le propos, un exemple de prudence. Cette vertu, qui est d’ailleurs la première des vertus cardinales, est donc fondamentale pour comprendre le rapport entre l’éthique et l’art, de l’Antiquité au début de la modernité. Elle annonce aussi les débuts de l’esthétique moderne, en ce qu’elle donne des règles à suivre pour arriver à ses fins, qu’il s’agisse de n’importe quelle manière de faire.

Pedagogical Appropriation of Information and Communication Technologies (ICT) by West African Educators = Appropriation pédagogique des technologies de l’information et de la communication (TIC) par les éducateurs ouest-africains

Œuvre dédiée à Alioune Camara; merci au Prof. Denis Dougnon de l’Université de Bamako pour le parrainage

Phronèsis et prudence : esquisse de la science pratique dans les textes de la tradition classique

Ce mémoire porte sur les transformations du concept de prudence, de l’Antiquité grecque au XVIIe siècle. Il souligne notamment le lien qui unit les manières d’être et l’art, tant chez les Grecs qu’au début de la modernité. La phronèsis se définissait tout d’abord en relation aux autres manières de faire, dont la technè fait partie. Si Platon et Aristote les distinguent, les auteurs de la modernité assimileront ces deux manières de faire. De plus, on peut voir dans la forme du langage employé pour écrire sur la prudence un reflet de la vertu antique. Il s’agit de donner, tant par le style que par le propos, un exemple de prudence. Cette vertu, qui est d’ailleurs la première des vertus cardinales, est donc fondamentale pour comprendre le rapport entre l’éthique et l’art, de l’Antiquité au début de la modernité. Elle annonce aussi les débuts de l’esthétique moderne, en ce qu’elle donne des règles à suivre pour arriver à ses fins, qu’il s’agisse de n’importe quelle manière de faire.

Cynisme et falsification du langage : à propos de Diogène cherchant un homme

La célèbre anecdote où Diogène cherche un homme (ánthrōpon zētô) avec sa lanterne en plein jour (D.L. VI 41) a été interprétée de deux manières, selon la signification attribuée au mot ánthrōpos (« homme »). Les tenants de l’interprétation nominaliste, en lui assignant le sens d’homme en tant que concept, voient dans la quête de Diogène une attaque contre les Idées platoniciennes. Les défenseurs de l’interprétation morale confèrent plutôt au mot ánthrōpos un sens concret à valeur méliorative : Diogène chercherait en vain un homme vertueux. Après avoir montré que l’une et l’autre sont tout aussi valables, notre étude vise à dégager une voie intermédiaire qui réconcilie les deux positions grâce à une analyse du rapport entre langage et vérité chez les Cyniques que nous avons nommée « falsification du langage ».

Le fait littéraire au temps du numérique. Pour une ontologie de l’imaginaire

Souvent conçues comme le vecteur de changements majeurs, les pratiques numériques constituent une occasion de mieux comprendre le fait littéraire en faisant apparaître de manière plus explicite que jamais des aspects ontologiques qui, en tant que tels, ont une valeur atemporelle. En particulier, et c’est l’objet de cet article, le fait numérique donne l’occasion de réinvestir une problématique qui parcourt l’ensemble de la réflexion sur le statut de la littérature depuis Platon et Aristote : celle du rapport entre littérature et réalité, dont Sartre et Derrida avaient déjà œuvré à déconstruire l’opposition au XXe siècle. Selon nous, le numérique souligne l’absence de séparation entre symbolique et non-symbolique, nous empêchant de penser une rupture entre imaginaire et réel. Pour rendre compte de cette structure, nous nous appuierons sur le concept d’éditorialisation, qui vient désigner l’ensemble des dispositifs permettant la production de contenus dans l’espace numérique en tenant compte de la fusion entre espace numérique et espace non numérique. À travers des exemples littéraires – Traque Traces de Cécile Portier et Laisse venir d’Anne Savelli et Pierre Ménard – nous démontrerons comment la littérature participe aujourd’hui à l’éditorialisation du monde, enterrant ainsi définitivement le dualisme imaginaire-réel pour lui préférer une structure anamorphique.

Pedagogical Appropriation of Information and Communication Technologies (ICT) by West African Educators = Appropriation pédagogique des technologies de l’information et de la communication (TIC) par les éducateurs ouest-africains

Œuvre dédiée à Alioune Camara; merci au Prof. Denis Dougnon de l’Université de Bamako pour le parrainage

Cynisme et falsification du langage : à propos de Diogène cherchant un homme

La célèbre anecdote où Diogène cherche un homme (ánthrōpon zētô) avec sa lanterne en plein jour (D.L. VI 41) a été interprétée de deux manières, selon la signification attribuée au mot ánthrōpos (« homme »). Les tenants de l’interprétation nominaliste, en lui assignant le sens d’homme en tant que concept, voient dans la quête de Diogène une attaque contre les Idées platoniciennes. Les défenseurs de l’interprétation morale confèrent plutôt au mot ánthrōpos un sens concret à valeur méliorative : Diogène chercherait en vain un homme vertueux. Après avoir montré que l’une et l’autre sont tout aussi valables, notre étude vise à dégager une voie intermédiaire qui réconcilie les deux positions grâce à une analyse du rapport entre langage et vérité chez les Cyniques que nous avons nommée « falsification du langage ».

Le fait littéraire au temps du numérique. Pour une ontologie de l’imaginaire

Souvent conçues comme le vecteur de changements majeurs, les pratiques numériques constituent une occasion de mieux comprendre le fait littéraire en faisant apparaître de manière plus explicite que jamais des aspects ontologiques qui, en tant que tels, ont une valeur atemporelle. En particulier, et c’est l’objet de cet article, le fait numérique donne l’occasion de réinvestir une problématique qui parcourt l’ensemble de la réflexion sur le statut de la littérature depuis Platon et Aristote : celle du rapport entre littérature et réalité, dont Sartre et Derrida avaient déjà œuvré à déconstruire l’opposition au XXe siècle. Selon nous, le numérique souligne l’absence de séparation entre symbolique et non-symbolique, nous empêchant de penser une rupture entre imaginaire et réel. Pour rendre compte de cette structure, nous nous appuierons sur le concept d’éditorialisation, qui vient désigner l’ensemble des dispositifs permettant la production de contenus dans l’espace numérique en tenant compte de la fusion entre espace numérique et espace non numérique. À travers des exemples littéraires – Traque Traces de Cécile Portier et Laisse venir d’Anne Savelli et Pierre Ménard – nous démontrerons comment la littérature participe aujourd’hui à l’éditorialisation du monde, enterrant ainsi définitivement le dualisme imaginaire-réel pour lui préférer une structure anamorphique.

Conception d’un outil d’aide à l’analyse des pratiques en enseignement de l’anglais langue seconde au collégial

Dans cette recherche, nous nous concentrons sur l'analyse des pratiques d'enseignement en anglais langue seconde au collégial. Tout au long de sa carrière, l'enseignante ou l'enseignant expérimenté a développé un répertoire de pratiques qui lui convient. Or, le contexte d'exercice de sa profession est évolutif et complexe. Pour diverses raisons, les groupes sont moins homogènes qu'auparavant et plusieurs éléments ont maintenant un impact important sur sa tâche. Il importe donc d'être en mesure de porter un regard sur la pertinence de ses pratiques afin de tenir compte de cette réalité et ainsi apporter des modifications à son répertoire de pratiques. Les pratiques de l'enseignante ou de l'enseignant en situation d'enseignement sont en fait le reflet d'un savoir en action qu'elle ou qu'il a développé pendant sa carrière. Ce savoir, à bien des égards, s'est construit de manière intuitive en lien avec des principes inhérents à l'enseignement de l'anglais langue seconde que l'enseignante ou l'enseignant considèrent importants. Cependant, celle-ci ou celui-ci ne peut clairement expliquer ou justifier de façon appropriée les raisons qui motivent ses décisions en classe. En outre, il lui faut aussi juger de l'adéquation de ses pratiques. En fonction de la réalité mentionnée ci-haut, il devient essentiel pour l'enseignante ou l'enseignant de prendre conscience de ces raisons et d'apporter des ajustements à ses pratiques, lorsque nécessaires. Toutefois, l'enseignante ou l'enseignant expérimenté dispose de peu d'outils appropriés pour porter un regard sur la pertinence de ses pratiques et s'assurer de leur efficacité. Les outils qui existent ne s'adressent pas à elle ou à lui et ne sont pas adaptés à ses besoins. La présente recherche vise, par conséquent, à concevoir un outil, sous la forme d'une grille d'analyse, qui permettra à l'enseignante ou à l'enseignant d'anglais langue seconde expérimenté de porter un regard critique sur ses pratiques et qui sera adapté à ses besoins. La conception d'un tel outil favorisera chez l'enseignante ou l'enseignant expérimenté une meilleure prise de conscience de son savoir en action et une capacité à expliquer les raisons motivant ses décisions en situation d'enseignement en les situant par rapport à des principes reconnus. Ultimement, cette capacité aura un impact sur ses interventions et sur les apprentissages réalisés par les étudiantes et les étudiants. La recension des écrits pertinents pour l'objectif visé nous a permis de découvrir que les principes inhérents à l'enseignement de l'anglais langue seconde sont de même nature que les principes pédagogiques en enseignement en général. Par ailleurs, ces principes, qu'ils soient issus de théories de l'apprentissage, de l'enseignement ou de l'expérience de l'enseignante ou de l'enseignant, guident les interventions de l'enseignante ou de l'enseignant. Nous avons également constaté qu'une pratique efficace est une pratique qui est cohérente avec ces principes pédagogiques. Partant de ces découvertes, nous avons retenu les principes et les pratiques présents autant chez les auteurs de la recherche en pédagogie en général que chez les auteurs de la recherche en enseignement de l'anglais langue seconde afin d'élaborer le cadre de référence de cette recherche. Les principes et les pratiques se rapportant à l'expérience de l'enseignant chercheur, l'interpellant de manière significative, ont également été considérés pour élaborer le cadre de référence. Un dernier élément à considérer dans l'élaboration du cadre de référence est la démarche d'analyse réflexive, car elle permet une prise de conscience, chez l'enseignante ou l'enseignant, de ses pratiques. Étant donné l'ampleur du présent projet, nous n'avons considéré que les principes de base de cette démarche puisqu'ils conviennent parfaitement à l'objectif visé par cette recherche. Les éléments issus du cadre de référence ont servi de base pour la conception de la grille d'analyse des pratiques. Ce projet s'inscrit néanmoins dans une recherche de type développement et la production de matériel pédagogique ne peut se faire sans l'implication d'intervenants experts dans le domaine de l'enseignement de l'anglais langue seconde. À cet effet, l'enseignant chercheur s'est assuré la participation de collègues de son collège afin de valider la pertinence des pratiques et des principes, la cohérence des pratiques avec les principes, l'adaptabilité des principes et finalement les critères portant sur la facture globale du prototype de la grille d'analyse des pratiques. La richesse des réponses obtenues à l'étape de validation a contribué à améliorer la grille d'analyse des pratiques et l'enseignant chercheur a tenté, dans la mesure du possible et en respectant l'essence du cadre de référence, de considérer les nombreuses suggestions des personnes participantes. La grille d'analyse des pratiques devrait habiliter l'enseignante ou l'enseignant plus expérimenté à porter un regard critique sur ses pratiques en situation d'enseignement et à juger de leur efficacité. L'utilisation d'une telle grille pourrait également l'amener à développer une posture réflexive plus permanente.

O Jornal de Sala

Mestrado, Educação Pré-Escolar e Ensino do 1º Ciclo do Ensino Básico, 1 de Julho 2013, Universidade dos Açores (Relatório de Estágio).

Adequações curriculares: perspetivas e práticas de planeamento e intervenção

Com este artigo pretende-se sistematizar e discutir os resultados e conclusões de alguns estudos sobre adequações curriculares para dar resposta às necessidades educativas especiais, realizados no âmbito do mestrado em educação especial na Escola Superior de Educação de Lisboa. Após um breve enquadramento teórico, apresentam-se resultados e conclusões sobre as perspetivas de professores de diferentes ciclos de escolaridade em relação à gestão do currículo, às necessidades educativas especiais e à forma de definição das medidas educativas e curriculares a adotar. Confrontam-se depois estes resultados com as medidas efetivamente expressas nos documentos organizadores da intervenção com estes alunos e ainda com os resultados de observações realizadas em sala de aula. Conclui-se que um longo caminho já foi percorrido no que se refere a valores e princípios, mas que é necessário reforçar as componentes pedagógicas e didáticas do ensino destes alunos, de forma a que a inclusão não se reduza apenas a um processo de socialização e conduza a uma real aprendizagem.

Veículo ZEV (sem emissões)

A crescente dependência energética do Petr óleo e o impacto ambiental daí resultante, tanto como as excessivas autonomias e desempenho dos veículos perante as nossas necessidades, leva a que Portugal, a Europa, o Mundo, necessitem de apostar em inovar e alterar costumes, de forma a que o nosso planeta se mantenha sustentável e de maneira a aumentar a qualidade de vida de todos nós. As emissões proveniente dos veículos representam uma excessiva parcela na poluição atmosférica causada pela queima dos derivados do petróleo. Uma das soluções mais viáveis para a redução de emissões, passaria pela implementação de leis que fomentassem a compra dos veículos ZEV. Este trabalho pretende provar a inviabilidade do uso contínuo de combustíveis fósseis, destaca as principais características dos veículos eléctricos e os benefícios destes quando comparados com os veículos convencionais, descreve as características dos veículos eléctricos comercializados em Portugal e apresenta a sugestão, com base no estudo elaborado, de um veículo ZEV que se adapte às necessidades do cidadão europeu.

Development of metabolic labeling strategies to study changes in protein expression

Résumé : Les progrès techniques de la spectrométrie de masse (MS) ont contribué au récent développement de la protéomique. Cette technique peut actuellement détecter, identifier et quantifier des milliers de protéines. Toutefois, elle n'est pas encore assez puissante pour fournir une analyse complète des modifications du protéome corrélées à des phénomènes biologiques. Notre objectif était le développement d'une nouvelle stratégie pour la détection spécifique et la quantification des variations du protéome, basée sur la mesure de la synthèse des protéines plutôt que sur celle de la quantité de protéines totale. Pour cela, nous volions associer le marquage pulsé des protéines par des isotopes stables avec une méthode d'acquisition MS basée sur le balayage des ions précurseurs (precursor ion scan, ou PIS), afin de détecter spécifiquement les protéines ayant intégré les isotopes et d'estimer leur abondance par rapport aux protéines non marquées. Une telle approche peut identifier les protéines avec les plus hauts taux de synthèse dans une période de temps donnée, y compris les protéines dont l'expression augmente spécifiquement suite à un événement précis. Nous avons tout d'abord testé différents acides aminés marqués en combinaison avec des méthodes PIS spécifiques. Ces essais ont permis la détection spécifique des protéines marquées. Cependant, en raison des limitations instrumentales du spectromètre de masse utilisé pour les méthodes PIS, la sensibilité de cette approche s'est révélée être inférieure à une analyse non ciblée réalisée sur un instrument plus récent (Chapitre 2.1). Toutefois, pour l'analyse différentielle de deux milieux de culture conditionnés par des cellules cancéreuses humaines, nous avons utilisé le marquage métabolique pour distinguer les protéines d'origine cellulaire des protéines non marquées du sérum présentes dans les milieux de culture (Chapitre 2.2). Parallèlement, nous avons développé une nouvelle méthode de quantification nommée IBIS, qui utilise des paires d'isotopes stables d'acides aminés capables de produire des ions spécifiques qui peuvent être utilisés pour la quantification relative. La méthode IBIS a été appliquée à l'analyse de deux lignées cellulaires cancéreuses complètement marquées, mais de manière différenciée, par des paires d'acides aminés (Chapitre 2.3). Ensuite, conformément à l'objectif initial de cette thèse, nous avons utilisé une variante pulsée de l'IBIS pour détecter des modifications du protéome dans des cellules HeLa infectée par le virus humain Herpes Simplex-1 (Chapitre 2.4). Ce virus réprime la synthèse des protéines des cellules hôtes afin d'exploiter leur mécanisme de traduction pour la production massive de virions. Comme prévu, de hauts taux de synthèse ont été mesurés pour les protéines virales détectées, attestant de leur haut niveau d'expression. Nous avons de plus identifié un certain nombre de protéines humaines dont le rapport de synthèse et de dégradation (S/D) a été modifié par l'infection virale, ce qui peut donner des indications sur les stratégies utilisées par les virus pour détourner la machinerie cellulaire. En conclusion, nous avons montré dans ce travail que le marquage métabolique peut être employé de façon non conventionnelle pour étudier des dimensions peu explorées en protéomique. Summary : In recent years major technical advancements greatly supported the development of mass spectrometry (MS)-based proteomics. Currently, this technique can efficiently detect, identify and quantify thousands of proteins. However, it is not yet sufficiently powerful to provide a comprehensive analysis of the proteome changes correlated with biological phenomena. The aim of our project was the development of ~a new strategy for the specific detection and quantification of proteomé variations based on measurements of protein synthesis rather than total protein amounts. The rationale for this approach was that changes in protein synthesis more closely reflect dynamic cellular responses than changes in total protein concentrations. Our starting idea was to couple "pulsed" stable-isotope labeling of proteins with a specific MS acquisition method based on precursor ion scan (PIS), to specifically detect proteins that incorporated the label and to simultaneously estimate their abundance, relative to the unlabeled protein isoform. Such approach could highlight proteins with the highest synthesis rate in a given time frame, including proteins specifically up-regulated by a given biological stimulus. As a first step, we tested different isotope-labeled amino acids in combination with dedicated PIS methods and showed that this leads to specific detection of labeled proteins. Sensitivity, however, turned out to be lower than an untargeted analysis run on a more recent instrument, due to MS hardware limitations (Chapter 2.1). We next used metabolic labeling to distinguish the proteins of cellular origin from a high background of unlabeled (serum) proteins, for the differential analysis of two serum-containing culture media conditioned by labeled human cancer cells (Chapter 2.2). As a parallel project we developed a new quantification method (named ISIS), which uses pairs of stable-isotope labeled amino acids able to produce specific reporter ions, which can be used for relative quantification. The ISIS method was applied to the analysis of two fully, yet differentially labeled cancer cell lines, as described in Chapter 2.3. Next, in line with the original purpose of this thesis, we used a "pulsed" variant of ISIS to detect proteome changes in HeLa cells after the infection with human Herpes Simplex Virus-1 (Chapter 2.4). This virus is known to repress the synthesis of host cell proteins to exploit the translation machinery for the massive production of virions. As expected, high synthesis rates were measured for the detected viral proteins, confirming their up-regulation. Moreover, we identified a number of human proteins whose synthesis/degradation ratio (S/D) was affected by the viral infection and which could provide clues on the strategies used by the virus to hijack the cellular machinery. Overall, in this work, we showed that metabolic labeling can be employed in alternative ways to investigate poorly explored dimensions in proteomics.

Photodynamic therapy : a pathway for enhanced delivery of liposomal doxorubicin to tumors

Abstract Part I : Background : Isolated lung perfusion (ILP) was designed for the treatment of loco-regional malignancies of the lung. In contrast to intravenous (IV) drug application, ILP allows for a selective administration of cytostatic agents such as doxorubicin to the lung while sparing non-affected tissues. However, the clinical results with ILP were disappointing. Doxorubicinbased ILP on sarcoma rodent lungs suggested high overall doxorubicin concentrations within the perfused lung but a poor penetration of the cytostatic agent into tumors. The same holds true for liposomal-encapsulated macromolecular doxorubicin (LiporubicinTM) In specific conditions, low-dose photodynamic therapy (PDT) can enhance the distribution of macromolecules across the endothelial bamer in solid tumors. It was recently postulated that tumor neovessels were more responsive to PDT than the normal vasculature. We therefore hypothesized that Visudyne®-mediated PDT could selectively increase liposomal doxorubicin (LiporubicinTM) uptake in sarcoma tumors to rodent lungs during intravenous (IV) drug administration and isolated lung perfusion (ILP). Material and Methods : A sarcoma tumor was generated in the left lung of Fisher rats by subpleural injection of a sarcoma cell ,suspension via thoracotomy. Ten days later, LiporubicinTM is administered IV or by single pass antegrade ILP, with or without Visudyne® -mediated low-dose PDT pre-treatment of the sarcoma bearing lung. The drug concentration and distribution were assessed separately in tumors and lung tissues by high pressure liquid chromatography (HPLC) and fluorescence microscopy (FNI~, respectively. Results : PDT pretreatment before IV LiporubicinTM administration resulted in a significantly higher tumor drug uptake and tumor to lung drug ratio compared to IV drug injection alone without affecting the blood flow and drug distribution in the lung. PDT pre-treatment before LiporubicinTM-based ILP also resulted in a higher tumor drug uptake and a higher tumor to lung drug ratio compared to ILP alone, however, these differences were not significant due to a heterogeneous blood flow drug distribution during ILP which was further accentuated by PDT. Conclusions : Low-dose Visudyne®-mediated PDT pre-treatment has the potential to selectively enhance liposomal encapsulated doxorubicin uptake in tumors but not in normal lung tissue after IV drug application in a rat model of sarcoma tumors to the lung which opens new perspectives for the treatment of superficially spreading chemoresistant tumors of the chest cavity such as mesothelioma or malignant effusion. However, the impact of PDT on macromolecular drug uptake during ILP is limited since its therapeutic advantage is circumvented by ILP-induced heterogeneicity of blood flow and drug distribution Abstract Part II Background : Photodynamic therapy (PDT) with Visudyne® acts by direct cellular phototoxicity and/or by an indirect vascular-mediated effect. Here, we demonstrate that the vessel integrity interruption by PDT can promote the extravasation of a macromolecular agent in normal tissue. To obtain extravasation in normal tissue PDT conditions were one order of magnitude more intensive than the ones in tissue containing neovessels reported in the literature. Material and Methods : Fluorescein isothiocyanate dextran (FITC-D, 2000kDa), a macromolecular agent, was intravenously injected 10 minutes before (LKO group, n=14) or 2 hours (LK2 group, n=16) after Visudyne® mediated PDT in nude mice bearing a dorsal skin fold chamber. Control animals had no PDT (CTRL group, n=8). The extravasation of FITC-D from blood vessels in striated muscle tissue was observed in both groups in real-time for up to 2500 seconds after injection. We also monitored PDT-induced leukocyte rolling in-vivo and assessed, by histology, the corresponding inflammatory reaction score in the dorsal skin fold chambers. Results : In all animals, at the applied PDT conditions, FITC-D extravasation was significantly enhanced in the PDT treated areas as compared to the surrounding non-treated areas (p<0.0001). There was no FITC-D leakage in the control animals. Animals from the LKO group had significantly less FITC-D extravasation than those from the LK2 group (p = 0.0002). In the LKO group FITC-D leakage correlated significantly with the inflammation (p < 0.001). Conclusions: At the selected conditions, Visudyne-mediated PDT promotes vascular leakage and FITC-D extravasation into the interstitial space of normal tissue. The intensity of vascular leakage depends on the time interval between PDT and FITC-D injection. This concept could be used to locally modulate the delivery of macromolecules in vivo. Résumé : La perfusion cytostatique isolée du poumon permet une administration sélective des agents cytostatiques sans implication de la circulation systémique avec une forte accumulation au niveau du poumon mais une faible pénétration dans les tumeurs. La thérapie photodynamique (PDT) qui consiste en l'application d'un sensibilisateur activé par lumière laser non- thermique d'une longueur d'onde définie permet dans certaines conditions, une augmentation de la pénétration des agents cytostatiques macromoléculaires à travers la barrière endothéliale tumorale. Nous avons exploré cet avantage thérapeutique de la PDT dans un modèle expérimental afin d'augmenter d'une manière sélective la pénétration tumorale de la doxorubicin pegylée, liposomal- encapsulée macromoléculaire (Liporubicin). Une tumeur sarcomateuse a été générée au niveau du poumon de rongeur suivie d'administration de Liporubicin, soit par voie intraveineuse soit par perfusion isolée du poumon (ILP). Une partie des animaux ont reçus un prétraitement de la tumeur et du poumon sous jacent par PDT avec Visudyne comme photosensibilisateur. Les résultats ont démontrés que la PDT permet, sous certaines conditions, une augmentation sélective de Liporubicin dans les tumeurs mais pas dans le parenchyme pulmonaire sous jacent. Après administration intraveineuse de Liporubicin et prétraitement par PDT, l'accumulation dans les tumeurs était significative par rapport au poumon, et aux tumeurs sans PDT. Le même phénomène est observé après ILP du poumon. Cependant, les différences avec ou sans PDT n'étaient pas significatives lié à und distribution hétérogène de Liporubicin dans le poumon perfusé après ILP. Dans une deuxième partie de l'expérimentation, nous avons exploré la microscopie intra-vitale pour déterminer l'extravasion des substances macromoléculaires (FITS) à travers la barrière endothéliale avec ou sans Visudyne-PDT au niveau des chambres dorsales des souris nues. Les résultats montrent qu'après PDT, l'extravasion de FITS a été augmentée de manière significative par rapport au tissu non traité. L'intensité de l'extravasion de FITS dépendait également de l'intervalle entre PDT et injection de FITS. En conclusion, les expérimentations montrent que la PDT est capable, sous certaines conditions, d'augmenter de manière significative l'extravasion des macromolécules à travers la barrière endothéliale et leur accumulation dans des tumeurs mais pas dans le parenchyme pulmonaire. Ces résultats permettent une nouvelle perspective de traitement pour des tumeurs superficielles intrathoraciques chimio-résistent comme l'épanchement pleural malin ou le mésothéliome pleural.