Functional analysis of cancer-associated EGFR mutants using a cellular assay with YFP-tagged EGFR intracellular domain

Background: The presence of EGFR kinase domain mutations in a subset of NSCLC patients correlates with the response to treatment with the EGFR tyrosine kinase inhibitors gefitinib and erlotinib. Although most EGFR mutations detected are short deletions in exon 19 or the L858R point mutation in exon 21, more than 75 different EGFR kinase domain residues have been reported to be altered in NSCLC patients. The phenotypical consequences of different EGFR mutations may vary dramatically, but the majority of uncommon EGFR mutations have never been functionally evaluated. Results: We demonstrate that the relative kinase activity and erlotinib sensitivity of different EGFR mutants can be readily evaluated using transfection of an YFP-tagged fragment of the EGFR intracellular domain (YFP-EGFR-ICD), followed by immunofluorescence microscopy analysis. Using this assay, we show that the exon 20 insertions Ins770SVD and Ins774HV confer increased kinase activity, but no erlotinib sensitivity. We also show that, in contrast to the common L858R mutation, the uncommon exon 21 point mutations P848L and A859T appear to behave like functionally silent polymorphisms. Conclusion: The ability to rapidly obtain functional information on EGFR variants of unknown relevance using the YFP-EGFR-ICD assay might prove important in the future for the management of NSCLC patients bearing uncommon EGFR mutations. In addition, our assay may be used to determine the response of resistant EGFR mutants to novel second-generation TKIs.

Toxische Wirkung von Schadstoffen auf Fischzellen. Bestimmung von DNA-Strangbrüchen mit dem Comet-Assay

The alkaline comet assay is a method of detecting DNA strand breaks and alkali labile sites in individual cells. The method was used to detect DNA strand breaks in isolated blood cells (leukocytes) of carp (Cyprius carpio). DNA damage have been induced by exposure of the cells to sediment extract. Therefore comet assay can be applied as in vitro bioassay for investigations on toxicity of marine sediments.

Perfil imunológico e microbiológico de pacientes com periodontites crônica e agressiva

O objetivo deste estudo foi determinar os níveis de interleucina-1β (IL-1 β), IL-2, IL-4, IL-8, interferon-γ (IFN-γ) e a atividade de elastase no fluido gengival (FG) de pacientes com periodontite crônica generalizada (PCG) e periodontite agressiva generalizada (PAgG), e correlacionar com indivíduos de um grupo controle com gengivite apenas. Um objetivo secundário foi analisar o perfil microbiológico subgengival destes indivíduos. Dados clínicos transversais foram obtidos de 20 pacientes com PCG, 17 pacientes com PAgG e 10 indivíduos com gengivite. Amostras de FG foram coletadas com tiras de papel e os níveis de: IL-1β, IL-2, IL-4, IL-8 e IFN-γ foram medidos, utilizando um imunoensaio do tipo multiplex (Luminex). Atividade da elastase foi avaliada por um ensaio enzimático. Amostras de placa subgengival foram analisadas através do checkerboard DNA-DNA hybridization. As diferenças de significância entre os grupos para dados imunológicos e microbiológicos foram realizadas utilizando o teste Kruskal-Wallis, ajustando para múltiplas comparações. As médias dos parâmetros clínicos e os volumes de FG foram maiores nos pacientes com PCG e PAgG comparados ao grupo gengivite. Níveis mais elevados de IL-1β e atividade de elastase foram encontrados em sítios profundos quando comparado a sítios rasos em ambos os grupos com periodontite (p <0,05). Os dados microbiológicos apresentaram níveis significativamente mais elevados das espécies do complexo vermelho em pacientes com PCG e PAgG, quando comparados aos indivíduos com gengivite (p <0,05). Não houve diferença estatisticamente significante nos níveis de biomarcadores no FG e nos níveis de espécies bacterianas subgengivais entre pacientes com PCG e pacientes com PAgG. Sendo assim, concluímos que os dados do presente estudo não mostraram diferença estatisticamente significante nos parâmetros imunológicos e microbiológicos medidos entre indivíduos com PCG e PAgG.

Efeito do tratamento periodontal não cirúrgico em pacientes com periodontite crônica e agressiva: achados microbiológicos e imunológicos

O objetivo do presente estudo foi comparar a expressão de IL-1β, IL-4, IL-8, interferon-γ, atividade de elastase e a composição do perfil microbiano subgengival antes e depois do tratamento periodontal não cirúrgico em pacientes com doença peridontal crônica generalizada (PC) e agressiva generalizada (PA). Vinte pacientes com PC e quatorze com PA foram avaliados. Dados clínicos, fluido gengival e biofilme subgengival foram analisados na visita inicial (VI) e 3 meses (3M) após o tratamento periodontal não cirúrgico. Amostras de fluido gengival (FG) foram coletadas com tiras de papel e os níveis de: IL-1β, IL-4, IL-8 e INF-γ foram medidos, utilizando um tipo de imunoensaio multiplexado (Luminex). Atividade da elastase foi avaliada por um ensaio enzimático. Amostras de placa subgengival foram analisadas através do checkerboard DNA-DNA hybridization. Na avaliação de 3 meses após terapia periodontal foi encontrado melhora significativa para todos os parâmetros clínicos em ambos os grupos. Foram encontradas reduções significativas na atividade de elastase nos sítios rasos e profundos dos pacientes do grupo PA e nos sítios profundos do grupo PC, também foi achado um aumento significativo de INF-γ nos sítios rasos do grupo PA. Os dados microbiológicos, mostraram reduções significativas para os níveis dos membros do complexo vermelho (P. gingivalis, T. forsythia, T.denticola), e para as espécies E.nodatum e P.micra no grupo PC. No grupo PA, ocorreram reduções significativas no níveis de P. gingivalis, T. forsythia, Fusobacterium nucleatum ss polymorphum e Fusobacterium periodonticum. Quando as respostas clínica e imunológica 3M após terapia foram comparadas entre os grupos, apenas diferenças sutis foram observadas. Nenhuma diferença microbiológica foi encontrada entre os grupos após a terapia. Em conclusão, os achados suportam nossa hipótese de que as periodontites cronica e agressiva respondem de forma semelhante ao tratamento periodontal nao cirúrgico.

Avaliação de sistema de cultivo integrado, a partir da reciclagem de águas residuais submetidas a tratamento primário: pesquisa de espécies dos gêneros Salmonella, Shigella, Vibrio e Aeromonas

Para avaliar um sistema integrado de aquicultura foram realizadas análises microbiológicas da água utilizada neste sistema e determinada a incidência e resistência antimicrobiana dos enteropatógenos no ecossistema relacionado. As amostras de água testadas apresentaram 32,9% de taxas de coliformes fecais (≤1.600/100mL), de acordo com a OMS para piscicultura em águas residuais. Salmonella spp. foram detectadas em 14,5% das amostras. De um total de 33 cepas, 15,1% eram resistentes a um ou dois antimicrobianos testados e resistência a múltiplas drogas não foi observada. Aeromonas spp. foram identificadas em 91,6% das amostras. De um total de 416 cepas, resistência a uma classe de antimicrobianos foi observada em 66,3% e a multirresistência às drogas em 37,7%. Na avaliação da virulência dos isolados de Aeromonas hydrophila, 85,3% das cepas apresentaram Beta-hemólise nos três diferentes tipos de eritrócitos empregados e 99,1% nos eritrócitos de coelho e cavalo, sendo possível a caracterização através da PCR do gene aerA e lip, em 100% das amostras. Os resultados obtidos apontam para a relevância quanto às vantagens da implementação de um sistema integrado, disponibilizando alimentos com custo reduzido, porém este sistema necessita de um controle rígido e efetivo para que estes produtos não constituam veículos para a disseminação de doenças.

The microbiological quality of water: the nature of the problem

Improvements in methods for the detection and enumeration of microbes in water, particularly the application of techniques of molecular biology, have highlighted shortcomings in the ”standard methods” for assessing water quality. Higher expectations from the consumer and increased publicity associated with pollution incidents can lead to an uncoupling of the cycle which links methodological development with standard-setting and legislation. The new methodology has also highlighted problems within the water cycle, related to the introduction, growth and metabolism of microbes. A greater understanding of the true diversity of the microbial community and the ability to transmit genetic information within aquatic systems ensures that the subject of this symposium and volume provides an ideal forum to discuss the problems encountered by both researcher and practitioner.

Prediction of Multi-Target Networks of Neuroprotective Compounds with Entropy Indices and Synthesis, Assay, and Theoretical Study of New Asymmetric 1,2-Rasagiline Carbamates

In a multi-target complex network, the links (L-ij) represent the interactions between the drug (d(i)) and the target (t(j)), characterized by different experimental measures (K-i, K-m, IC50, etc.) obtained in pharmacological assays under diverse boundary conditions (c(j)). In this work, we handle Shannon entropy measures for developing a model encompassing a multi-target network of neuroprotective/neurotoxic compounds reported in the CHEMBL database. The model predicts correctly >8300 experimental outcomes with Accuracy, Specificity, and Sensitivity above 80%-90% on training and external validation series. Indeed, the model can calculate different outcomes for >30 experimental measures in >400 different experimental protocolsin relation with >150 molecular and cellular targets on 11 different organisms (including human). Hereafter, we reported by the first time the synthesis, characterization, and experimental assays of a new series of chiral 1,2-rasagiline carbamate derivatives not reported in previous works. The experimental tests included: (1) assay in absence of neurotoxic agents; (2) in the presence of glutamate; and (3) in the presence of H2O2. Lastly, we used the new Assessing Links with Moving Averages (ALMA)-entropy model to predict possible outcomes for the new compounds in a high number of pharmacological tests not carried out experimentally.

Development, validation, and utilization of a competitive enzyme-linked immunosorbent assay for the detection of antibodies against Brucella species in marine mammals

A competitive enzyme-linked immunosorbent assay (cELISA) was developed by using a whole-cell antigen from a marine Brucella sp. isolated from a harbor seal (Phoca vitulina). The assay was designed to screen sera from multiple marine mammal species for the presence of antibodies against marine-origin Brucella. Based on comparisons with culture-confirmed cases, specificity and sensitivity for cetacean samples tested were 73% and 100%, respectively. For pinniped samples, specificity and sensitivity values were 77% and 67%, respectively. Hawaiian monk seal (Monachus schauinslandi; n = 28) and bottlenose dolphin (Tursiops truncatus; n = 48) serum samples were tested, and the results were compared with several other assays designed to detect Brucella abortus antibodies. The comparison testing revealed the marine-origin cELISA to be more sensitive than the B. abortus tests by the detection of additional positive serum samples. The newly developed cELISA is an effective serologic method for detection of the presence of antibodies against marine-origin Brucella sp. in marine mammals.

PCR-based assay for detection of four coral pathogens

Several microorganisms have been identified as pathogenic agents responsible for various outbreaks of coral disease. Little has been learned about the exclusivity of a pathogen to given disease signs. Most pathogens have only been implicated within a subset of corals, leaving gaps in our knowledge of the host range and geographic extent of a given pathogen. PCR-based assays provide a rapid and inexpensive route for detection of pathogens. Pathogen-specific 16S rDNA primer sets were designed to target four identified coral pathogens: Aurantimonas coralicida, Serratia marcescens, Vibrio shilonii, and Vibrio coralliilyticus. Assays detected the presence of targets at concentrations of less than one cell per microliter. The assay was applied to 142 coral samples from the Florida Keys, Puerto Rico, and U.S. Virgin Islands as an in situ specificity test. Assays displayed a high-level of specificity, seemingly limited only by the resolution of the 16S rDNA.