A genome-wide approach accounting for body mass index identifies genetic variants influencing fasting glycemic traits and insulin resistance.

Recent genome-wide association studies have described many loci implicated in type 2 diabetes (T2D) pathophysiology and β-cell dysfunction but have contributed little to the understanding of the genetic basis of insulin resistance. We hypothesized that genes implicated in insulin resistance pathways might be uncovered by accounting for differences in body mass index (BMI) and potential interactions between BMI and genetic variants. We applied a joint meta-analysis approach to test associations with fasting insulin and glucose on a genome-wide scale. We present six previously unknown loci associated with fasting insulin at P < 5 × 10(-8) in combined discovery and follow-up analyses of 52 studies comprising up to 96,496 non-diabetic individuals. Risk variants were associated with higher triglyceride and lower high-density lipoprotein (HDL) cholesterol levels, suggesting a role for these loci in insulin resistance pathways. The discovery of these loci will aid further characterization of the role of insulin resistance in T2D pathophysiology.

Impact of biocontrol strain Pseudomonas fluorescens CHA0 on rhizosphere bacteria isolated from barley (Hordeum vulgare L.) with special reference to Cytophaga-like bacteria.

AIMS: To assess the impact of the biocontrol strain Pseudomonas fluorescens CHA0 on a collection of barley rhizosphere bacteria using an agar plate inhibition assay and a plant microcosm, focusing on a CHA0-sensitive member of the Cytophaga-like bacteria (CLB). METHODS AND RESULTS: The effect of strain CHA0 on a collection of barley rhizosphere bacteria, in particular CLB and fluorescent pseudomonads sampled during a growth season, was assessed by a growth inhibition assay. On average, 85% of the bacteria were sensitive in the May sample, while the effect was reduced to around 68% in the July and August samples. In the May sample, around 95% of the CLB and around 45% of the fluorescent pseudomonads were sensitive to strain CHA0. The proportion of CHA0-sensitive CLB and fluorescent pseudomonad isolates decreased during the plant growth season, i.e. in the July and August samples. A particularly sensitive CLB isolate, CLB23, was selected, exposed to strain CHA0 (wild type) and its genetically modified derivatives in the rhizosphere of barley grown in gnotobiotic soil microcosms. Two dry-stress periods were imposed during the experiment. Derivatives of strain CHA0 included antibiotic or exopolysaccharide (EPS) overproducing strains and a dry-stress-sensitive mutant. Despite their inhibitory activity against CLB23 in vitro, neither wild-type strain CHA0, nor any of its derivatives, had a major effect on culturable and total cell numbers of CLB23 during the 23-day microcosm experiment. Populations of all inoculants declined during the two dry-stress periods, with soil water contents below 5% and plants reaching the wilting point, but they recovered after re-wetting the soil. Survival of the dry-stress-sensitive mutant of CHA0 was most affected by the dry periods; however, this did not result in an increased population density of CLB23. CONCLUSIONS: CLB comprise a large fraction of barley rhizosphere bacteria that are sensitive to the biocontrol pseudomonad CHA0 in vitro. However, in plant microcosm experiments with varying soil humidity conditions, CHA0 or its derivatives had no major impact on the survival of the highly sensitive CLB strain, CLB23, during two dry-stress periods and a re-wetting period; all co-existed well in the rhizosphere of barley plants. SIGNIFICANCE AND IMPACT OF THE STUDY: Results indicate a lack of interaction between the biocontrol pseudomonad CHA0 and a sensitive CLB when the complexity increases from agar plate assays to plant microcosm experiments. This suggests the occurrence of low levels of antibiotic production and/or that the two bacterial genera occupy different niches in the rhizosphere.

The chemokine receptor CXCR4 strongly promotes neuroblastoma primary tumour and metastatic growth, but not invasion.

Neuroblastoma (NB) is a heterogeneous, and particularly malignant childhood neoplasm in its higher stages, with a propensity to form metastasis in selected organs, in particular liver and bone marrow, and for which there is still no efficient treatment available beyond surgery. Recent evidence indicates that the CXCR4/CXCL12 chemokine/receptor axis may be involved in promoting NB invasion and metastasis. In this study, we explored the potential role of CXCR4 in the malignant behaviour of NB, using a combination of in vitro functional analyses and in vivo growth and metastasis assessment in an orthotopic NB mouse model. We show here that CXCR4 overexpression in non-metastatic CXCR4-negative NB cells IGR-NB8 and in moderately metastatic, CXCR4 expressing NB cells IGR-N91, strongly increased tumour growth of primary tumours and liver metastases, without altering the frequency or the pattern of metastasis. Moreover shRNA-mediated knock-down experiments confirmed our observations by showing that silencing CXCR4 in NB cells impairs in vitro and almost abrogates in vivo growth. High levels of CXCL12 were detected in the mouse adrenal gland (the primary tumour site), and in the liver suggesting a paracrine effect of host-derived CXCL12 on NB growth. In conclusion, this study reveals a yet unreported NB-specific predominant growth and survival-promoting role of CXCR4, which warrants a critical reconsideration of the role of CXCR4 in the malignant behaviour of NB and other cancers.

Nutrient leaching potential following application of papermill lime-sludge to an acidic clay soil

This experiment was carried out under greenhouse conditions with soil pots during 210 days, to evaluate the effect of calcitic papermill lime-sludge application (at the rates 0, 773, 1.547, and 2.320 mg kg-1 or respective equivalents to control, 2, 4, and 6 t ha-1), on chemical composition of soil leachate and its effects on eucalypt growth and yield. Highest soil leachate pH, SO4, and Na concentrations occurred in the 4 and 6 t ha-1 treatments. Soil leachate nitrate concentrations decreased with increasing lime-sludge rate. Soil leachate phosphate remained low (below the detection limit) in all treatments until 120 days, while the concentration increased in the lime-sludge treatments at 210 days (last sampling) in about 600 mg L-1. Lime-sludge decreased leachate Mg concentration, but had no significant effect among rates. Soil leachate Ca, K, B, Cu, Fe, and Zn did not change significantly for any lime-sludge application rates. The maximum NO3, Ca, Mg, K, and Na concentrations in the soil leachate occurred at 60 days after lime-sludge application (leaching equivalent to 1 pore volume), but for pH and SO4, the maximum occurred at 210 days (leaching equivalent to 4 pore volumes). Lime-sludge application decreased the concentration of exchangeable Al in the soil. Plant diameter growth and dry matter yield were increased with increasing lime-sludge rate. Beneficial effects on mineral nutrition (P, K, Ca, B, and Zn) of eucalypts were also obtained by the application of 4 and 6 t ha-1 of lime-sludge.

Crescimento de plantas de cajueiro anão precoce influenciado pela compactação e temperatura do solo

Atribui-se ao uso de práticas culturais inadequadas uma das causas da redução drástica dos níveis de produtividade e produção da cultura do caju no nordeste brasileiro. A eliminação periódica da cobertura vegetal e o tráfego de máquinas e implementos condicionam temperaturas e densidade de solo que podem comprometer o crescimento e desenvolvimento das plantas, o que é mais preocupante ainda, considerando a textura arenosa dos solos cultivados e as condições climáticas da região. A partir destas constatações, desenvolveu-se o presente trabalho, com vistas em fornecer indicativos capazes de permitir uma avaliação dos efeitos das condições de solo e clima, objetivando identificar o comportamento de plantas de cajueiro anão precoce, submetidas a diferentes níveis de compactação e temperatura de solo, como meio de testar a hipótese de que níveis crescentes destes fatores podem reduzir seu crescimento. O presente trabalho foi desenvolvido em condições controladas, utilizando colunas de solo em tubos de PVC, nas quais se adicionou o Argissolo Vermelho-Amarelo eutrófico típico. Submeteram-se estas colunas a dois níveis de temperatura do solo, um com as colunas de solo isoladas com folhas de isopor pintadas na cor alumínio (tratamento isolado-TI), e o outro, com colunas não isoladas, mas com os tubos de PVC pintados na cor preta, para maior absorção de luz (tratamento não isolado-TNI). Os níveis de densidade a que foram ajustadas as camadas compactadas da coluna de solo foram 1,2; 1,3; 1,4; 1,5; 1,6 e 1,7 Mg m-3, sendo o restante da coluna a 1,3 Mg m-3. Os tratamentos foram distribuídos em delineamento inteiramente casualizado, com arranjo fatorial 6 x 2 (seis níveis de compactação e dois níveis de temperatura), com três repetições. Após o período de 12 meses de cultivo das plantas, a parte aérea foi colhida, determinando-se matéria seca da parte aérea, altura da planta, diâmetro do caule e número de ramificações da parte aérea. Os anéis da coluna de solo foram separados e as raízes foram coletadas, determinando-se, por meio do número de pixels, a área radicular, o comprimento de raízes e a densidade radicular. O aumento da temperatura e da densidade do solo reduziu o crescimento, afetando tanto a parte aérea quanto o sistema radicular das plantas de cajueiro.

Qualidade da matéria orgânica e estoques de carbono e nitrogênio em Latossolo tratado com biossólido e cultivado com eucalipto

O objetivo deste estudo foi determinar o efeito da aplicação de doses de um biossólido alcalino nos estoques de C e N, bem como na qualidade da matéria orgânica (MO) de um Latossolo Vermelho-Amarelo distrófico cultivado com eucalipto, após cinco anos da aplicação do resíduo. O trabalho foi desenvolvido em área pertencente à Estação Experimental da ESALQ/USP, no município de Itatinga, Estado de São Paulo. Em março de 1998, após corte de uma plantação de Eucalyptus grandis com sete anos de idade e novo plantio, com a mesma espécie, no sistema de cultivo mínimo, foi iniciado o experimento. Quatro meses depois, foi aplicado o biossólido digerido anaeróbio, com umidade original, sobre a superfície do solo, nas entrelinhas da cultura e sem posterior incorporação. Cinco tratamentos foram avaliados: (a) controle; (b) fertilização mineral com N, P, K, B e Zn (Fert. Mineral); (c) 10 t ha-1 de biossólido + K (10 t ha-1 + K); (d) 20 t ha-1 de biossólido + K (20 t ha-1 + K); e (e) 40 t ha-1 de biossólido + K (40 t ha-1 + K). Amostras de solo das camadas de 0-5, 5-10, 10-20, 20-30 e 30-60 cm foram coletadas em setembro de 2003, cerca de cinco anos após a aplicação do resíduo. Para todas as profundidades foram determinados os teores totais de C e N e a densidade do solo. Nas amostras coletadas até 20 cm de profundidade, foram feitas também determinações de pH, frações de carbono orgânico (CO) por graus de oxidação, teores de açúcares solúveis, proteína bruta, lipídeos, hemicelulose, celulose e lignina, CTC potencial (a pH 7,0) e CTC efetiva (ao pH natural). Após cinco anos da aplicação do biossólido, não foram observadas diferenças entre os tratamentos, para os teores totais e estoques de C e N, densidade e frações do CO. Os estoques médios de C foram iguais a 26,52; 7,96; 10,31; 12,88; e 31,19 t ha-1; e de N iguais a 0,97; 0,39; 0,99; 0,63; e 0,34 t ha-1, respectivamente, para as camadas de 0-5, 5-10, 10-20, 20-30 e 30-60 cm. Cerca de 50 % do total de CO esteve presente no compartimento denominado lábil, comportamento típico de áreas com espécies e, ou, manejo que favorecem o retorno de resíduos vegetais ao solo. Dos compostos orgânicos determinados, somente a lignina mostrou alteração de acordo com os tratamentos. Os tratamentos 40 t ha-1 + K e Fert. Mineral apresentaram a MO do solo na camada de 0-5 cm mais enriquecida com lignina, em comparação aos demais, sendo esse efeito atribuído à maior deposição de folhas nesses dois tratamentos e à natureza recalcitrante da lignina. Os resultados de CTC não evidenciaram efeitos dos tratamentos na qualidade da MO, pelo menos no que se refere a esta propriedade. A CTC (pH natural) mostrou-se mais dependente dos valores de pH do solo do que dos teores de C.