Ulkoistettujen IT-palveluiden laatu eri offshoring asteissa

Suomen IT-palvelu markkinoiden voidaan kuvata olevan murroksessa. Asiakkaat ovat yhä kiinnostuneempia ulkomailla tuotetuista palveluista, mutta tietyt tekijät pitävät heidät varuillaan. Tietoa ei ole tarpeeksi sataavilla siitä, miten eri offshoring asteet vaikuttavat palvelun laatuun. Vaikka palvelun laatua ja ulkomailla tuotettuja palveluita on tutkittu paljon, usea tutkimuskysymys on edelleen vastaamatta, terminologia on epämääräistä ja tutkimustulokset ovat epäjohdonmukaisia. Tämä tutkimus keskittyy näiden kahden kentän leikkauspisteeseen. Tutkimuksen tarkoitus on oppia lisää palvelun laadusta eri offshoring asteissa ja samalla kaventaa tutkimusaukkoa. Offshoring asteet voidaan jakaa kolmeen toimitusmalliin: onshore, yhteistyö ja offshore. Tutkimus koostuu kvantitatiivisesta sekä kvalitatiivisesta vaiheesta. Ensin kerättiin numeerista aineistoa tapahtumienhallintajärjestelmästä (incident management system). Ratkaisuaikaa eri tomitusmalleissa analysoitiin Kruskal-Wallis ja Jonckheere-Terpstra testien avulla. Lisäksi palvelutasosopimuksen (SLA) noudattamista eri toimitusmalleissa tutkittiin ristiintaulukoinnilla. Kvantitatiivisen analyysin tulokset viittaavat siihen, että offshore palvelut suoriutuvat muita toimitusmalleja paremmin, kun palvelun laatua tarkastellaan nopeuden ja SLA:n näkökulmasta. Analysoitua dataa varjostavat kuitenkin useat ongelmat, jonka takia tutkimustuloksiin täytyy suhtautua varoen. Kvantitatiivisen analyysin jälkeen tutkimus siirtyi kvalitatiivisen datan keräämiseen ja analysoimiseen. Haasteteltavia oli neljä ja he tulivat erilaisista organisatorisista rooleista ja heillä oli kokemuksia erilaisista toimitusmalleista. Haastattelut kattoivat seuraavat teemat: laatu käsitteenä, laadun subjektiivisuus tai objektiivisuus, offshore toimituksiin kohdistuvat odotukset ja ennakkoluulot, Intiasta toimitettu laatu, offshore resurssien proaktiivisuus, laatuindikaattorit sekä yhteistyössä toimitettujen palveluiden vähäisyys. Useita johtopäätöksiä voidaan vetää empiirisen tutkimuksen perusteella. Ensinnäkin palvelun laatu eri toimitusmalleissa nähtiin kiistanalaisena aiheena. Toisekseen tapa jolla resurssit ja työtehtävät jaettiin yhteistyössä toimitetussa palvelussa, näytti aiheuttavan joitain ongelmia. Toisaalta kokemattomat offshore resurssit osoitettiin näihin palveluihin ja toisaalta heille annetaan vain rutiinitehtäviä. Tämä luo itseään voimistavan kierteen, joka johtaa alhaiseen motivaatioon ja omistajuuteen sekä korkeaan vaihtuvuuteen offshore resurssien keskuudessa. Tämä piirre ei kuitenkaan ole ominainen juuri yhteistyössä toimitetuille palveluille vaan perimmäinen syy piilee tavassa jakaa resurssit ja tehtävät. Lisäksi tutkimuksessa tunnistettiin, että ennakkoluulot vaikuttavat koettuun palvelun laatuun ennakoimattomalla tavalla. Tutkimus myös vahvisti, että kohdeyrityksessä on tarvetta lisäinformation keräämiselle, jotta lisäanalyysejä voidaan tehdä.

Quality of outsourced IT services in different degrees of offshoring

The Finnish IT service market can be described to be at a turning point. The clients are ever more interested on services delivered from offshore but certain issues keep them cautious. There is a lack of knowledge on what implications different degrees of offshoring have on service quality. Although there has been significant amount of research related to both service quality and offshoring, several questions are unanswered, terminology remains ambivalent and research findings are inconsistent. The study focuses on the interception of these two fields. The purpose of the study is to learn more about service quality in different degrees of offshoring. At the same time it aims to contribute in narrowing the research gaps. The degree of offshoring can be divided to three delivery modes: onshore, collaboration and offshore. The study takes a mixed method approach where the quantitative and qualitative phases are executed sequentially. First data was gathered from incident management system. Resolution time in different degrees of offshoring was analyzed with Kruskal-Wallis and Jonckheere-Terpstra tests. In addition, the compliance to Service Level Agreement (SLA) in different degrees of offshoring was examined with cross tabulation. The findings from the quantitative analysis suggested that the services with offshore delivery mode perform the best in terms of promptness and SLA compliance. However, several issues were found related to the data and for that reason, the findings should be considered with prudence. After the quantitative analysis, the study moved on to qualitative data collection and analysis. Four semi-structured interviews were held. The interviewees represented different organizational roles and had experiences from different delivery modes. Several themes were covered in the interviews, including: the concept of quality, the subjectivity or objectivity of service quality, expectations and prejudices towards offshore deliveries, quality produced in India, proactiveness of offshore resources, quality indicators and the scarcity of collaborative deliveries. Several conclusions can be made from the empirical research. Firstly, the quality in different delivery modes was found to be controversial topic. Secondly, in the collaborative delivery covered in the study, the way tasks and resources are allocated seem to cause issues. On the other hand inexperienced offshore resources are assigned to the delivery and on the other hand only routine tasks are assigned to the resources. This creates a self-enforcing loop that results in low motivation, low ownership and high employee turnover in offshore. Nevertheless, this issue is not characteristic only to collaborative deliveries but rather allocation of tasks and resources. Moreover, prejudices were identified to affect the perceived service quality in non-predictable way. The research also demonstrated that there is a need in focal company for further data gathering and analysis.

Kognitiivinen radio sotilaallisen maanpuolustuksen kontekstissa

Kognitiiviteknologialla on ennustettu olevan disruptiivisia vaikutuksia sodankäyntiin. Kognitiiviteknologian avulla pyritään löytämään myös ratkaisu kasvavista datansiirtovaatimuksista aiheutuvaan radiotaajuisen spektrin ahtauteen. Tämän tutkimuksen keskiössä on kognitiivinen radio. Diplomityössä ennakoidaan niitä muutoksia, joita radion kognitiiviset ominaisuudet tuovat sotilaalliseen toimintaympäristöön. Tutkimuksessa etsitään kognitiivisen radion suorituskykyyn, suorituskyvyn rakentamiseen ja käyttöön liittyviä tekijöitä, jotka ovat merkityksellisiä sotilaallisesta näkökulmasta. Radion kognitiivisuutta käsitellään kongitiivisten ominaisuuksien, kuten adaptiivisuuden tai tilannetietoisuuden, kautta. Painopisteenä on kognitiivisten ominaisuuksien keskinäinen arvottaminen, mahdollisten vaikutusten tarkastelu operatiivisessa viitekehyksessä sekä tarvittavien toimenpiteiden kartoittaminen kognitiivisen tekniikan operatiivisen käytön mahdollistamiseksi. Tutkimuksen pohjalta esitetään kognitiivisten ominaisuuksien tärkeysjärjestys suorituskyvyn ja johtamisjärjestelmien kehittämisen näkökulmista ja alustavia operatiivisia vaatimuksia kognitiiviselle radiolle sekä kuvataan spektrin hallinnan kehittämismahdollisuuksia. Operatiivisia vaikutuksia tutkitaan myös uhkalähtöisesti eli arvioimalla, miten tietty kognitiivinen ominaisuus vaikuttaisi yleisimpiin tiedonsiirtoverkkoihin kohdistuviin uhkiin. Lisäksi työssä arvioidaan kognitiivisen radion käyttöönoton esteitä Puolustusvoimissa. Tutkimuksen päämenetelmä on delfoi, jota on täydennetty asiantuntijahaastatteluin sekä -arvioin. Kognitiiviselle radiolle on useita erilaisia määritelmiä. Kaikkia kriteerejä täyttävää kognitiivista radiota ei ole vielä olemassa, vaikka kognitiivisia ominaisuuksia radioissa on ollut pitkään. Kognitiivinen radio, tai jo pelkästään ohjelmistoradio kehittyneillä kognitiivisilla ominaisuuksilla, tuo huomattavia mahdollisuuksia parantaa langattoman tiedonsiirron toimintakykyä sotilaallisessa käyttöympäristössä. Merkittävin suorituskykylisä sotilaallisessa käyttöympäristössä saadaan seuraavista kognitiivisista ominaisuuksista: 1) dynaaminen spektrin hyväksikäyttö (DSA) 2) yhteyksien adaptiivisuus ja radioresurssien hallinta (SLA ja RRM) sekä 3) älykäs verkonmuodostus (SON ja RBR). Tiedonsiirtojärjestelmien ylläpito ja rakentaminen vaativat aiempaa enemmän suunnittelua ja ammattitaitoa, mutta toisaalta loppukäyttäjän osaamistasovaatimuksia voidaan laskea sitä mukaa, kun lähestytään 0-konfiguraatiojärjestelmiä. Radioiden kognitiivisuuden myötä voidaan myös passiivisiin uhkiin, esimerkiksi elektroniseen tiedusteluun, varautua aiempaa tehokkaammin. Aktiivisiin uhkiin, kuten häirintään, kognitiiviset ominaisuudet vaikuttavat jopa toiminnan fundamentteja muuttavasti. Tiedonsiirtojärjestelmien ohjelmistopohjaisuus nostaa kyberin merkitttävyyttä arvioitaessa eri uhkien kokonaismerkityksiä. Onnistunut kyberoperaatio voi tarkoittaa koko järjestelmän lamautumista tai vakavaa tietovuotoa. Kognitiivisten ominaisuuksien liittäminen osaksi sotilasradiojärjestelmiä on haasteellista. Käyttöönoton esteitä ovat osaamisen puute, lainsäädännön ja regulaation jäykkyys, tekniikan osittainen kypsymättömyys sekä tietoturvan hallinta. Spektri on muutoksessa, mikä tulee näkymään spektrin sirpaloitumisena vuoteen 2020 mennessä. Paine taajuushallinnan muuttamisesta kognitiivitekniikkaa sallivampaan suuntaan nousee erityisesti siviilipuolen kehittyvien mobiililaitteiden datansiirtomäärien kasvaessa. Lainsäädäntö antaa viranomai-sille suuret valtuudet säädellä spektrin käyttöä poikkeusoloissa. Tämä mahdollistaa sotilaallisten järjestelmien suunnittelun ja kehittämisen taajuusriippumattomasti jo normaalioloissa. Haasteena on spektrin hallinnoinnin kehittäminen esimerkiksi ennakoitua nopeammassa tilannekehityksessä. Spektriä tulisi hallita kokonaisturvallisuuden näkökulmasta joustavasti viranomaisten yhteisillä päätöksillä. Kognitiivisen radion tulisi tulevaisuudessa voida käyttää muille järjestelmille osoitettuja taajuusresursseja taajuuksien ollessa käyttämättömänä. Kognitiivista radiota kannattaisi kehittää taajuusvapaasti. Spektri tullee olemaan tulevaisuudessa yhä ahtaampi, ja tähän haasteeseen kognitiivinen radio tarjoaa osaltaan ratkaisun.

The functional fit between collaborative software and work systems:Qualification of work system needs to software functionality

The study develops an approach that tries to validate software functionality to work systems needs in SMEs. The formulated approach is constructed by using a SAAS based software i.e., work collaboration service (WCS), and SMEs as the elements of study. Where the WCS’s functionality is qualified to the collaboration needs that exist in operational and project work within SMEs. For this research constructivist approach and case study method is selected because the nature of the current study requires an in depth study of the work collaboration service as well as a detailed study of the work systems within different enterprises. Four different companies are selected in which fourteen interviews are conducted to gather data pertaining. The work systems method and framework are used as a central part of the approach to collect, analyze and interpret the enterprises work systems model and the underlying collaboration needs on operational and project work. On the other hand, the functional model of the WCS and its functionality is determined from functional model analysis, software testing, documentation and meetings with the service vendor. The enterprise work system model and the WCS model are compared to reveal how work progression differs between the two and make visible unaddressed stages of work progression. The WCS functionality is compared to work systems collaboration needs to ascertain if the service will suffice the needs of the project and operational work under study. The unaddressed needs provide opportunities to improve the functionality of the service for better conformity to the needs of enterprise and work. The results revealed that the functional models actually differed in how operational and project work progressed within the stages. WCS shared similar stages of work progression apart from the stages of identification and acceptance, and progress and completion stages were only partially addressed. Conclusion is that the identified unaddressed needs such as, single point of reference, SLA and OLA inclusion etc., should be implemented or improved within the WCS at appropriate stages of work to gain better compliance of the service to the needs of the enterprise an work itself. The developed approach can hence be used to carry out similar analysis for the conformance of pre-built software functionality to work system needs with SMEs.

Collaborative learning in a Japanese as a foreign language classroom /

This study examined the influence of training on Asian learners' beliefs, interaction, and attitudes during collaborative learning (CL) and explored the processes of their CL in pairs. The literature contains few studies on the effect of collaborative training in language learning. In addition, it shows gaps between SLA theory and practice resulting from learners' cultural differences. Although second/subsequent language acquisition (SLA) theory assumes that CL contributes to language learning, implementing CL in a multicultural classroom is often considered to be unsuccessful by teachers. The research questions designed to address this gap explore: (a) the extent to which tra~ng affects Asian learners' attitudes towards and interaction during CL; (b) how Asian learners accomplish collaborative tasks in pairs. In the quasi-experimental research design, the learners in the treatment group received special training in CL for 5 weeks while the learners in the comparison group did not receive similar training. Data were collected from 45 McMaster University students through pre- and posttests, pre- and postintervention questionnaires, student information, and informal classroom observations. To detennine the influence of training, the frequency of communication units (c-units), Language Related Episodes (LREs), Collaborative Dialogue (CD) from audio-taped data, and the fmal draft scores were compared between pre- and posttests. The learners' pre- and postintervention questionnaires were also compared. Transcripts from audio-taped data, students' information, their responses and comments from questionnaires, and informal observations served to investigate the processes of Asian learners' CL. Overall, this study found that training had significant influence on the frequency of c-units and CD, and considerable impact on the draft scores, although little influence on the frequency of LREs was observed. The results from the questionnaires in the treatment group showed positive changes in the learners' beliefs on pair work after training. On the other hand, analyses of the transcription data showed that the learners did not conduct enough discussion for a resolution of problems with peers. In conclusion, results suggested the need for teacher intervention, a longer period of collaborative training, and an implementation of self-evaluation into the course grade to encourage the learners to succeed in collaborative learning.

Autocrine loop in the purinergic control of airway surface liquid volume : monitoring with a novel side-view imaging technique

La Fibrose Kystique (FK) est une maladie dégénérative qui entraine une dégénération des poumons dû au problème de clairance mucociliaire (CMC). Le volume de surface liquide (SL) couvrant les cellules pulmonaires est essentiel à la clairance de mucus et au combat contre les infections. Les nucléotides extracellulaires jouent un rôle important dans la CMC des voies aériennes, en modifiant le volume de la SL pulmonaire. Cependant, les mécanismes du relâchement de l’ATP et de leurs déplacements à travers la SL, restent inconnus. Des études ultérieures démontrent que l’exocytose d’ATP mécano-sensible et Ca2+-dépendant, dans les cellules A549, est amplifié par les actions synergétiques autocrine/paracrine des cellules avoisinantes. Nous avions comme but de confirmer la présence de la boucle purinergique dans plusieurs modèles de cellules épithéliales et de développer un système nous permettant d’observer directement la SL. Nous avons démontrés que la boucle purinergique est fonctionnelle dans les modèles de cellules épithéliales examinés, mis appart les cellules Calu-3. L’utilisation de modulateur de la signalisation purinergique nous a permis d’observer que le relâchement d’ATP ainsi que l’augmentation du [Ca2+]i suivant un stress hypotonique, sont modulés par le biais de cette boucle purinergique et des récepteurs P2Y. De plus, nous avons développé un système de microscopie qui permet d’observer les changements de volume de SL en temps réel. Notre système permet de contrôler la température et l’humidité de l’environnement où se trouvent les cellules, reproduisant l’environnement pulmonaire humain. Nous avons démontré que notre système peut identifier même les petits changements de volume de SL.

Significations et perceptions en architecture dans l’œuvre de Christian Norberg-Schulz

L’architecture au sens strict, qui renvoie à la construction, n’est pas indépendante des déterminations mentales, des images et des valeurs esthétiques, comme références, amenées par divers champs d’intérêt au problème du sens. Elle est, de par ce fait, un objet d’interprétation. Ce qu’on appelle communément « signification architecturale », est un univers vaste dans lequel sont constellées des constructions hypothétiques. En ce qui nous concerne, il s’agit non seulement de mouler la signification architecturale selon un cadre et des matières spécifiques de référence, mais aussi, de voir de près la relation de cette question avec l’attitude de perception de l’homme. Dans l’étude de la signification architecturale, on ne peut donc se détacher du problème de la perception. Au fond, notre travail montrera leur interaction, les moyens de sa mise en œuvre et ce qui est en jeu selon les pratiques théoriques qui la commandent. En posant la question de l’origine de l’acte de perception, qui n’est ni un simple acte de voir, ni un acte contemplatif, mais une forme d’interaction active avec la forme architecturale ou la forme d’art en général, on trouve dans les écrits de l’historien Christian Norberg-Schulz deux types de travaux, et donc deux types de réponses dont nous pouvons d’emblée souligner le caractère antinomique l’une par rapport à l’autre. C’est qu’il traite, dans le premier livre qu’il a écrit, Intentions in architecture (1962), connu dans sa version française sous le titre Système logique de l’architecture (1974, ci-après SLA), de l’expression architecturale et des modes de vie en société comme un continuum, défendant ainsi une approche culturelle de la question en jeu : la signification architecturale et ses temporalités. SLA désigne et représente un système théorique influencé, à bien des égards, par les travaux de l’épistémologie de Jean Piaget et par les contributions de la sémiotique au développement de l’étude de la signification architecturale. Le second type de réponse sur l’origine de l’acte de perception que formule Norberg-Schulz, basé sur sur les réflexions du philosophe Martin Heidegger, se rapporte à un terrain d’étude qui se situe à la dérive de la revendication du fondement social et culturel du langage architectural. Il lie, plus précisément, l’étude de la signification à l’étude de l’être. Reconnaissant ainsi la primauté, voire la prééminence, d’une recherche ontologique, qui consiste à soutenir les questionnements sur l’être en tant qu’être, il devrait amener avec régularité, à partir de son livre Existence, Space and Architecture (1971), des questions sur le fondement universel et historique de l’expression architecturale. Aux deux mouvements théoriques caractéristiques de ses écrits correspond le mouvement que prend la construction de notre thèse que nous séparons en deux parties. La première partie sera ainsi consacrée à l’étude de SLA avec l’objectif de déceler les ambiguïtés qui entourent le cadre de son élaboration et à montrer les types de legs que son auteur laisse à la théorie architecturale. Notre étude va montrer l’aspect controversé de ce livre, lié aux influences qu’exerce la pragmatique sur l’étude de la signification. Il s’agit dans cette première partie de présenter les modèles théoriques dont il débat et de les mettre en relation avec les différentes échelles qui y sont proposées pour l’étude du langage architectural, notamment avec l’échelle sociale. Celle-ci implique l’étude de la fonctionnalité de l’architecture et des moyens de recherche sur la typologie de la forme architecturale et sur sa schématisation. Notre approche critique de cet ouvrage prend le point de vue de la recherche historique chez Manfredo Tafuri. La seconde partie de notre thèse porte, elle, sur les fondements de l’intérêt chez Norberg-Schulz à partager avec Heidegger la question de l’Être qui contribuent à fonder une forme d’investigation existentielle sur la signification architecturale et du problème de la perception . L’éclairage de ces fondements exige, toutefois, de montrer l’enracinement de la question de l’Être dans l’essence de la pratique herméneutique chez Heidegger, mais aussi chez H. G. Gadamer, dont se réclame aussi directement Norberg-Schulz, et de dévoiler, par conséquent, la primauté établie de l’image comme champ permettant d’instaurer la question de l’Être au sein de la recherche architecturale. Sa recherche conséquente sur des valeurs esthétiques transculturelles a ainsi permis de réduire les échelles d’étude de la signification à l’unique échelle d’étude de l’Être. C’est en empruntant cette direction que Norberg-Schulz constitue, au fond, suivant Heidegger, une approche qui a pour tâche d’aborder l’« habiter » et le « bâtir » à titre de solutions au problème existentiel de l’Être. Notre étude révèle, cependant, une interaction entre la question de l’Être et la critique de la technique moderne par laquelle l’architecture est directement concernée, centrée sur son attrait le plus marquant : la reproductibilité des formes. Entre les écrits de Norberg-Schulz et les analyses spécifiques de Heidegger sur le problème de l’art, il existe un contexte de rupture avec le langage de la théorie qu’il s’agit pour nous de dégager et de ramener aux exigences du travail herméneutique, une approche que nous avons nous-même adoptée. Notre méthode est donc essentiellement qualitative. Elle s’inspire notamment des méthodes d’interprétation, de là aussi notre recours à un corpus constitué des travaux de Gilles Deleuze et de Jacques Derrida ainsi qu’à d’autres travaux associés à ce type d’analyse. Notre recherche demeure cependant attentive à des questions d’ordre épistémologique concernant la relation entre la discipline architecturale et les sciences qui se prêtent à l’étude du langage architectural. Notre thèse propose non seulement une compréhension approfondie des réflexions de Norberg-Schulz, mais aussi une démonstration de l’incompatibilité de la phénoménologie de Heidegger et des sciences du langage, notamment la sémiotique.

Développement de modèles C. elegans de Sclérose Latérale Amyotrophique

Les gènes TDP-43 (TAR DNA Binding Protein 43) et FUS/TLS (Fused in Sarcoma/Translocated in Liposarcoma) sont actuellement à l’étude quant à leurs rôles biologiques dans le développement de diverses neuropathies telles que la Sclérose Latérale Amyotrophique (SLA). Étant donné que TDP-43 et FUS sont conservés au cours de l’évolution, nous avons utilisé l’organisme modèle C. elegans afin d’étudier leurs fonctions biologiques. Dans ce mémoire, nous démontrons que TDP-1 fonctionne dans la voie de signalisation Insuline/IGF pour réguler la longévité et la réponse au stress oxydatif. Nous avons développé des lignées C. elegans transgéniques mutantes TDP-43 et FUS qui présentent certains aspects de la SLA tels que la dégénérescence des motoneurones et la paralysie adulte. La protéotoxicité causée par ces mutations de TDP- 43 et FUS associées à la SLA, induit l’expression de TDP-1. À l’inverse, la délétion de tdp-1 endogène protège contre la protéotoxicité des mutants TDP-43 et FUS chez C. elegans. Ces résultats suggèrent qu’une induction chronique de TDP-1/TDP-43 sauvage propagerait la protéotoxicité liée à la protéine mutante. Nous avons aussi entrepris un criblage moléculaire pilote afin d’isoler des suppresseurs de toxicité neuronale des modèles transgéniques mutants TDP-43 et FUS. Nous avons ainsi identifié le bleu de méthylène et le salubrinal comme suppresseurs potentiels de toxicité liée à TDP-43 et FUS via réduction de la réponse au stress du réticulum endoplasmique (RE). Nos résultats indiquent que l’homéostasie de repliement des protéines dans le RE représente une cible pour le développement de thérapies pour les maladies neurodégénératives.

Génération de lignées de poissons zébrés exprimant le gène muté TARDBP

La sclérose latérale amyotrophique (SLA) est une maladie neurodégénérative due à une dégénérescence des motoneurones. Plus de 40 mutations du gène TARDBP ont été identifiées chez des patients SLA. Les défauts biochimiques de ces mutations étant encore inconnus, les modèles animaux sont présentement la seule mesure possible d’un phénotype. Pour étudier les conséquences physiopathologiques d’une de ces mutations, nous avons développé deux lignées transgéniques de poisson zébré, exprimant le gène humain TARDBP soit de type sauvage, soit avec la mutation G348C liée à la SLA, sous le contrôle d’un promoteur de choc thermique. Ces lignées ont été étudiées sur trois générations, après avoir établi un protocole de choc thermique induisant une expression ubiquitaire du transgène. Les embryons transgéniques de la génération F2 de la lignée exprimant la mutation développent un phénotype moteur suite à un choc thermique de 38.5°C pendant 30 minutes lorsque les embryons sont à 18 heures post-fertilisation. 60% des embryons ont une réponse anormale au toucher. De plus, une réduction de 28% de la longueur de pré-branchement des axones des motoneurones est observée. Ces résultats indiquent que notre lignée exprimant la protéine mutante TDP-43 est un modèle génétique de la SLA prometteur, qui ouvre des perspectives pour la compréhension de la physiopathologie de la maladie et la découverte de molécules thérapeutiques.

Genetics of amyotrophic lateral sclerosis

La sclérose latérale amyotrophique (SLA) est la maladie des neurones moteurs la plus fréquente, affectant 4-6 individus par 100,000 habitants à l’échelle mondiale. La maladie se caractérise par une faiblesse et une atrophie musculaire suite à la dégénérescence des neurones du cortex moteur, tronc cérébral et moelle épinière. Les personnes atteintes développent les premiers symptômes à l’âge adulte et la maladie progresse sur une période de trois à cinq ans. Il a été répertorié qu’environ 10% des patients ont une histoire familiale de SLA; 90% des gens affectés le sont donc de façon sporadique. La découverte il y a 19 ans de mutations dans le gène zinc/copper superoxide dismutase (SOD1), présentes dans 15-20% des cas familiaux de SLA et environ 2% du total des individus affectés, a été l’événement déclencheur pour la découverte de variations génétiques responsables de la maladie. La recherche sur la génétique de la SLA a connu une progression rapide ces quatre dernières années avec l’identification de mutations dans de nouveaux gènes. Toutefois, même si certains de ces gènes ont été démontrés comme réellement liés à la maladie, la contribution d’autres gènes demeure incertaine puisque les résultats publiés de ceux-ci n’ont pas, à ce jour, été répliqués. Une portion substantielle de cas reste cependant à être génétiquement expliquée, et aucun traitement à ce jour n’a été démontré comme étant efficace pour remédier, atténuer ou prévenir la maladie. Le but du projet de recherche de doctorat était d’identifier de nouveaux gènes mutés dans la SLA, tout en évaluant la contribution de gènes nouvellement identifiés chez une importante cohorte multiethnique de cas familiaux et sporadiques. Les résultats présentés sont organisés en trois sections différentes. Dans un premier temps, la contribution de mutations présentes dans le gène FUS est évaluée chez les patients familiaux, sporadiques et juvéniles de SLA. Précisément, de nouvelles mutations sont rapportées et la proportion de mutations retrouvées chez les cas familiaux et sporadiques de SLA est évaluée. De plus, une nouvelle mutation est rapportée dans un cas juvénile de SLA; cette étude de cas est discutée. Dans un deuxième temps, de nouvelles avenues génétiques sont explorées concernant le gène SOD1. En effet, une nouvelle mutation complexe est rapportée chez une famille française de SLA. De plus, la possibilité qu’une mutation présente dans un autre gène impliqué dans la SLA ait un impact sur l’épissage du gène SOD1 est évaluée. Finalement, la dernière section explique la contribution de nouveaux gènes candidats chez les patients atteints de SLA. Spécifiquement, le rôle des gènes OPTN, SIGMAR1 et SORT1 dans le phénotype de SLA est évalué. Il est souhaité que nos résultats combinés avec les récents développements en génétique et biologie moléculaire permettent une meilleure compréhension du mécanisme pathologique responsable de cette terrible maladie tout en guidant le déploiement de thérapies suite à l’identification des cibles appropriées.

Graphic medicine from library to classroom

Introduction. Graphic medicine is defined as the use of comics in health sciences education and patient care. Graphic stories about personal experiences of illness from patients and their families can be used to illustrate distress, empathy and collaboration between family members and health professionals and thus give students a broader experience of disease. We present a collection of graphic novels and outline collaboration with professors from various faculties in order to use comics as teaching material in health sciences. Method. The university has health sciences faculties of Nursing, Medicine, Pharmacy, Dentistry, Veterinary Medicine and schools of Public Health, Optometry and Kinesiology. The Health Library is offering its patrons a collection of 40 comics mainly on the theme of patient and family illness experience. An ongoing survey gathers feedback from users; results will help us promote the collection. A librarian is working with professors from the facultiesof Nursing, Medicine and Pharmacy in order to integrate comics’ excerpts into e-learning modules for three health and social services interprofessional courses reaching more than 1000 students annually. Other courses teaching empathy and partnership with patients will be identified and professors will be approached to raise awareness of the collection’s potential as teaching material. Results. The collection has been available to patrons since October 2012. Survey responses collected so far are very positive and titles are regularly borrowed. The collection has been added as suggested reading in a physiotherapy course outline. Discussion. The comics’ collection is already widely used by our patrons. Steps are being taken to integrate the collection into more health sciences courses and thus define graphic medicine as teaching material in health sciences education at the university.

Étude de la dynamique des interactions des constituants du complexe de biosynthèse et d’insertion de la sélénocystéine dans la traduction des sélénoprotéines in vivo

Les sélénoprotéines sont des protéines auxquelles des sélénocystéines, soit le 21e acide aminé, sont incorporées durant leur traduction. Plus précisément, la sélénocystéine (Sec) est un dérivé métabolique de la sérine, mais structurellement équivalent à une cystéine dont on a remplacé l'atome de soufre par du sélénium. Elle se distingue des autres acides aminés puisqu’elle possède sa propre synthétase qui sert à convertir la sérine en Sec alors que le résidu est déjà fixé à l’ARNt. La position d’une Sec sur l’ARNm est indiquée par le codon UGA étant habituellement un signal STOP introduisant le concept de recoding. Grâce à une machinerie métabolique spécifique à l'ARNtSec et à la présence d’un SecIS (Selenocystein Insertion Sequence) sur l’ARNm, ce codon permet la présence d'une Sec dans la protéine. Il est connu que la synthèse débute avec l’acétylation de l’ARNt[Ser]Sec par la seryl-ARNt synthétase (SerRS) afin de donner la seryl-ARNt[Ser]Sec. Cette dernière est subséquemment phosphorylée par l’O-phosphoséryl-ARNt[Ser]Sec kinase (PSTK) qui donnera l’O-phosphoséryl-ARNt[Ser]Sec. Par la suite, un complexe de plusieurs protéines et cofacteurs, agissant comme machinerie pour l’incorporation des Sec durant la traduction, s’associe avec l’ARNt[Ser]Sec puis l’ARNm et, finalement, les composantes du ribosome. Parmi ces protéines, SepSecS catalyse l’étape finale de la synthèse des Sec en convertissant le O-phosphoseryl-ARNt[Ser]Sec en selenocysteinyl-ARNt[Ser]Sec utilisant le sélénophosphate comme source de sélénium. Des études récentes montrent que l’association avec SECp43 serait nécessaire pour que SepSecS joue son rôle et soit ségrégée au noyau pour s’associer à la machinerie de biosynthèse des sélénoprotéines, soit le complexe moléculaire qui reconnaît le codon UGA. Parmi les protéines de la machinerie de biosynthèse des sélénoprotéines que nous avons analysées, il y a eEFSec, RPL30, SPS2, SPS1, SBP2 et NSEP1. Nos résultats d’analyse de la dynamique de l’interaction entre les constituants de la machinerie de biosynthèse et d’incorporation des Sec, confirment plusieurs données de la littérature, mais remettent en question le modèle jusqu’à maintenant établi. Une meilleure compréhension de la dynamique des interactions entre ses constituants et la régulation de cette dynamique permet d’émettre des hypothèses quant au rôle de la machinerie de biosynthèse des sélénoprotéines et de l’importance de sa complexité. Nous avons analysé les interactions in vivo dans des cellules HEK293T au moyen de la technique de Protein-Fragment Complementation Assay (PCA) en couplant, par un clonage moléculaire, les gènes de chacune des protéines d’intérêt avec des fragments des gènes de la protéine luciférase (hRluc). Nous avons ainsi réalisé une fusion en N-terminal et en C-terminal des fragments de luciférase pour chacune des protéines d’intérêt. Puis, nous avons analysé la dynamique des interactions avec les composantes de la machinerie de biosynthèse des Sec. D’autres travaux seront essentiels afin de bâtir sur les résultats présentés dans cette recherche.

Influence de TDP-43 sur la régulation de hnRNP A1 : un impact potentiel sur la sclérose latérale amyotrophique

La SLA est une maladie neurodégénérative fatale se déclenchant tardivement. Elle est caractérisée par la perte des neurones moteurs supérieurs et inférieurs. Jusqu’à présent, aucun traitement ne permet de ralentir ou de guérir la maladie de façon robuste. De récentes découvertes portant sur TDP-43 et hnRNP A1 y ont identifié des mutations reliées à des cas de SLA. Comme les deux possèdent de multiples fonctions dans le métabolisme de l’ARN, l’impact de ces mutations devient difficile à définir. Notre hypothèse est que TDP-43 régule hnRNP A1 et que les mutations causant la SLA dérégulent ce mécanisme, aboutissant ainsi à un impact majeur sur la vulnérabilité des neurones moteurs. Nos résultats démontrent que TDP-43 lie l’ARNm de hnRNP A1, mais n’affecte pas sa stabilité. En revanche, TDP-43 réprime l’expression de hnRNP A1. Ce mécanisme pourrait être appliqué in vivo où le ratio protéique hnRNP A1B/A1 augmente chez les souris âgées et davantage chez les TDP-43A315T dans la région cervicale et lombaire de la moelle épinière. Cette différence n’est pas causée par un défaut de l’épissage alternatif. Aussi, la mutation TDP-43A315T serait davantage responsable de cette différence que la surexpression de TDP-43 (résultats obtenus en culture). L’impact d’une telle augmentation sur la cellule pourrait être la formation d’agrégats puisque la forme hnRNP A1B possède quatre domaines de fibrillation de plus que hnRNP A1. Nos résultats pourraient donc fournir un mécanisme potentiel de la formation d’inclusions cytoplasmiques reconnues comme étant une des caractéristiques pathologiques principales de la SLA.

Modèle de confiance et ontologie probabiliste pilotés par réseaux bayésiens pour la gestion des accords de services dans l’environnement de services infonuagiques

L’infonuage est un nouveau paradigme de services informatiques disponibles à la demande qui a connu une croissance fulgurante au cours de ces dix dernières années. Le fournisseur du modèle de déploiement public des services infonuagiques décrit le service à fournir, le prix, les pénalités en cas de violation des spécifications à travers un document. Ce document s’appelle le contrat de niveau de service (SLA). La signature de ce contrat par le client et le fournisseur scelle la garantie de la qualité de service à recevoir. Ceci impose au fournisseur de gérer efficacement ses ressources afin de respecter ses engagements. Malheureusement, la violation des spécifications du SLA se révèle courante, généralement en raison de l’incertitude sur le comportement du client qui peut produire un nombre variable de requêtes vu que les ressources lui semblent illimitées. Ce comportement peut, dans un premier temps, avoir un impact direct sur la disponibilité du service. Dans un second temps, des violations à répétition risquent d'influer sur le niveau de confiance du fournisseur et sur sa réputation à respecter ses engagements. Pour faire face à ces problèmes, nous avons proposé un cadre d’applications piloté par réseau bayésien qui permet, premièrement, de classifier les fournisseurs dans un répertoire en fonction de leur niveau de confiance. Celui-ci peut être géré par une entité tierce. Un client va choisir un fournisseur dans ce répertoire avant de commencer à négocier le SLA. Deuxièmement, nous avons développé une ontologie probabiliste basée sur un réseau bayésien à entités multiples pouvant tenir compte de l’incertitude et anticiper les violations par inférence. Cette ontologie permet de faire des prédictions afin de prévenir des violations en se basant sur les données historiques comme base de connaissances. Les résultats obtenus montrent l’efficacité de l’ontologie probabiliste pour la prédiction de violation dans l’ensemble des paramètres SLA appliqués dans un environnement infonuagique.

TDP-43 régule la dynamique et la fonction des Granules de Stress via G3BP1

Les Granule de Stress (GS) sont des inclusions cytoplasmiques contenant des protéines et des ARNm qui s’assemblent en réponse à l’exposition à un stress. Leur formation fait partie intégrante de la réponse cellulaire au stress et est considérée comme une étape déterminante pour la résistance au stress et la survie cellulaire. Actuellement, les GS sont reliés à divers pathologies allant des infections virales aux maladies neurovégétatives. L’une d’entre elle, la Sclérose Latérale Amyotrophique (SLA) est particulièrement agressive, caractérisée par une perte des neurones moteurs aboutissant à la paralysie et à la mort du patient en cinq ans en moyenne. Les mécanismes de déclenchement de la pathologie restent encore à déterminer. TDP-43 (TAR DNA binding protein 43) et FUS (Fused in liposarcoma) sont deux protéines reliées à la pathologie qui présentent des similarités de structure et de fonction, suggérant un mécanisme commun de toxicité. TDP-43 et FUS sont toutes les deux recrutées au niveau des GS en condition de stress. Nous avons démontré pour la première fois que la fonction des GS est de protéger les ARNm de la dégradation induite par l’exposition au stress. Cette fonction n’était que suspectée jusqu’alors. De plus nous avons mis en évidence que G3BP1 (Ras GTPase-activating protein-binding protein 1) est l’effectrice de cette fonction via son implication dans la dynamique de formation des GS. TDP-43 étant un régulateur de G3BP1, nous prouvons ainsi que la perte de fonction de TDP-43/G3BP1 aboutit à un défaut de réponse au stress aboutissant à une vulnérabilisation cellulaire. Le mécanisme de toxicité emprunter par FUS diffère de celui de TDP-43 et ne semble pas passer par une perte de fonction dans le cadre de la réponse au stress.