矿物的微生物风化地球化学研究－－以磷矿石和方解石为例

微生物与矿物间的相互作用是自然界中广泛发生的一种地质作用，微生物直接参与了自然界的物质循环，微生物对矿物风化作用的过程和机理与矿物种类、菌种及环境条件密切相关。目前还缺乏对矿物风化微观过程及风化过程中微生物生理生化特征的研究资料，随着分子生物学理论与技术的快速发展，用地球化学结合微生物学与分子生物学的理论和方法来综合研究微生物的矿物风化过程已成为可能。从分子水平和微观作用过程研究其风化过程与机理，理解微生物与矿物界面之间的相互作用及其反馈机制，是表生作用过程中生物地球化学的重要研究内容。 选用胶质芽孢杆菌（Bacillus mucilaginosus）、黑曲霉（Aspergillus niger）和青霉（Penicillium sp.），以磷矿石和方解石为例，探讨实验条件下微生物对矿物的风化作用过程与机理。微生物对矿物风化作用具有能耗低、污染小和流程短等特点，充分利用这些特点是解决土壤中无效磷的有效利用、磷矿资源的开发以及减少环境污染等问题的有效途径，对矿产资源的可持续利用和建立健康的生态环境具有十分重要的意义。采用离子色谱、ICP-OES、XRD、TEM、EDS、2-DE、电子探针和MC-ICP-MS等分析测试手段，研究微生物对矿物的风化过程与机理，得到如下结果： (1) 在黑曲霉对磷矿石风化过程中，由黑曲霉生长引发的生物机械破坏作用和生物化学降解作用是对磷矿石风化的主要趋动力，包括菌丝生长对矿物的穿插作用以及机械剥蚀作用；此外，菌体及生物大分子形成生物膜覆盖在矿物表面形成易于发生生化降解的微环境，有机酸络合Ca生成次生矿物草酸钙促进了磷矿石的风化。磷矿石直接与菌体接触所发生的风化作用强于磷矿石装入透析袋中的间接风化作用。 (2) 在胶质芽孢杆菌对磷矿石的风化过程中，菌体及其胞外多糖类物质在矿粉表面形成生物膜、菌体生长、代谢产物及有机物的机械剥蚀破碎作用等是造成矿物风化的重要原因；磷矿石直接与菌体接触进行的风化作用强于磷矿石装入透析袋中的间接风化作用。 (3) 黑曲霉对磷矿石的风化作用强于胶质芽孢杆菌，两者对磷矿石进行风化时，生物物理风化作用是导致矿物风化的主要因素；胶质芽孢杆菌风化磷矿石的过程中没有草酸钙的产生。 (4) 胶质芽孢杆菌对磷矿石的风化过程中，菌体蛋白质的表达发生变化，蛋白质的量与质的变化与磷矿石的风化密切有关。磷矿石的加入导致菌体生理代谢途径改变以适应环境的变化，并分泌相关的蛋白质导致矿物的风化。 (5) 采用Sr同位素示踪研究黑曲霉与青霉对磷灰石和方解石混合物的风化差异。黑曲霉作用混合矿物的初期，培养液pH值相对较低，对其中方解石有风化作用；中后期由于pH值升高，对磷灰石有较强的风化作用,对磷灰石的风化是由黑曲霉产生的大分子有机物对磷灰石中Ca络合的结果。青霉与混合矿物发生相互作用时，在最初的很短时间内青霉对磷灰石有风化作用，但对方解石的风化作用却表现在整个风化作用时间段，相比而言，青霉对磷灰石的风化作用不明显。这种风化差异与真菌的生物学特性有关，并表现为微生物对矿物风化的选择性。 本项研究对进一步认识土壤植被生态系统中的磷循环规律和循环过程中微生物所起的作用，以及用微生物风化作用的方式促进磷矿资源开发利用具有重要理论和实际意义。

微生物——铊相互作用的生物地球化学研究——以真菌（Fungus）为例

铊是一种有毒有害的重金属元素，已经引起了广泛的关注。本论文通过对黔西南铊矿区土壤和沉积物样品的菌株分离、铊高耐受性菌株的筛选、胞外吸附、富集、亚细胞水平区系分布、絮凝实验及ITS序列等实验研究分析，并结合铊的地球化学相关研究，较系统地阐述了真菌--铊的生物地球化学过程机理，得出以下结论： 1、与环境背景区相比，黔西南滥木厂铊矿区内的河流、土壤中铊的已有不同程度的积累，直接导致了当地微生物生物量在很大程度上的降低，微生物生物量与铊含量间有显著的负相关关系。研究区内的沉积物、土壤中的微生物区系结构和数量发生了明显变化，细菌、真菌及放线菌数量均出现显著降低，而且三大微生物对重金属污染的敏感性大小也不一样，即放线菌>细菌>真菌。从土壤样品中分离到的主要菌群仍为常见种属，如青霉属（Penicillium）、木霉属（Trichoderma）、拟青霉（Paecilomyces）等。 2、经过初筛菌株的铊耐受性实验，在1000 mg/L水平筛选得到九株高耐受性菌株。吸附实验表明：微生物菌株对铊的吸附效率在4.63～16.89%，且随着环境中铊浓度的上升而降低，这可能是因为铊浓度的升高加大了对微生物生长的抑制作用，所形成的菌丝体（或菌丝球）减少，表面积也相应减少，从而导致了吸附效率的下降。各种常量元素和铊的关系呈显著相关性，钙、钾和钠等常量元素也是微生物赖以维持生存的因子，可能由于微生物细胞对钙、钾的吸附方式与对铊的吸附方式类似。因此，随着铊处理浓度的上升，钙和钾的吸附量也随之减少，而钠则呈现相反的趋势。 3、富集实验表明，九株菌株对铊的富集量随着铊处理浓度上升而降低，其影响趋势与对生物量的影响趋势基本一致，最高可达到7189 mg/kg，最大富集系数为7.2。九株菌株对常量元素的富集与对铊的富集并无明显的相关性，但在考察铊处理浓度对常量元素的富集影响时发现，铊处理浓度的上升与对钙的富集量表现出较强的正相关；而对钾、钠、镁的富集影响并不明显。 4、亚细胞水平上的铊分布研究表明，铊的富集优先顺序为：细胞质>细胞壁>细胞器。亚细胞水平的区隔化作用是微生物对铊的主要耐受机制，细胞质是赋存铊的主要场所（53.83～79.45 %）。结合各亚细胞组分中常量元素与铊之间的相关性，并联系前人的研究，Tl+主要是通过细胞壁的Na+ -K+ ATPase和K+ -电位门通道进入细胞内的从而影响细胞的正常代谢的，而Ca2+的活化更有助于这一过程。 5、絮凝实验表明，培养三天后的发酵液对矿区废水中铊的去除率最高可达到70.49 %，最佳影响因子组合为：pH=8，温度为16℃，搅拌时间为4分钟。菌株的絮凝活性最高可达到57.32%，最佳影响因子组合为：pH=8，温度为14℃，搅拌时间为4分钟。 6、通过对九株铊高耐受性菌株的ITS序列分析及其在Gene Bank中的BLAST比对结果表明，五株菌株同属于木霉属（Trichoderma），两株菌株同属于青霉属（Penicillium）。这表明这两类真菌对铊的适应性较强，为以后寻找铊高耐受性菌株及其资源化利用提供了理论基础。

Crescimento de fungos na superfície de madeira de caixas do tipo 'K' usadas para hortaliças.

A madeira é o material mais utilizado para embalagem de hortaliças noBrasil, principalmente devido ao seu baixo custo e alta resistênciamecânica. O objetivo deste trabalho foi estimar a absorção e a perdaprogressiva de água de ripas de madeira de Pinus utilizadas namontagem de caixas do tipo "K" em três condições de umidade relativae determinar o crescimento de fungos em sua superfície. O experimentofoi conduzido no Laboratório de Pós-Colheita da Embrapa Hortaliças, emBrasília-DF, em 2003. Trinta ripas novas de madeira de Pinus (52 x 6 x0,6cm) foram pesadas individualmente, imersas em água durante 1h epesadas novamente para avaliar a absorção de água. Em outroexperimento, dez ripas foram incubadas ao acaso em cada uma das trêscâmaras úmidas (61%, 86% e 94% UR) mantidas a 25oC (±2oC). A perda progressiva de água foi avaliada por pesagens diárias das ripasindividualmente e o desenvolvimento de fungos na madeira foi avaliadocom uma escala de notas (0-3) durante oito dias. A madeira nova dePinus pode absorver até 38% de seu peso em água, e permanecerúmida durante vários dias de acordo com a condição dearmazenamento. A umidade relativa do ambiente afetou a taxa de perdade água diária da madeira, estimada em 4,7%, 2,5% e 1,0%respectivamente a 61% UR, 86% UR e 94% UR, e ao final de oito diasalcançou 37,5%, 19,9% e 7,9%, respectivamente. Os fungospredominantes foram Trichoderma harzianum e Rhizopus stolonifer, mastambém observou-se crescimento de Aspergillus sp. e Penicillium sp.

Tratamento quimico de grãos de sorgo úmidos visando o controle de fungos de armazenamento.

2000

Patologia de sementes: ilustração das estruturas dos principais fungos em soja.

Material necessário para o Blotter Test; Procedimentos; Alternaria sp.; Aspergillus sp.; Cercospora kikuchii; Cercospora sojina; Chaetomium sp.; Colletotrichum truncatum; Curvularia sp.; Diaporthe sp.; Fusarium sp.; Glomerella glycines; Helminthosporium sp.; Macrophomina phaseolina; Myrothecium sp.; Nematospora corylli; Penicillium sp.; Peronospora manshurica; Pestalotia sp.; Phomopsis sp.; Rhizoctonia solani; Rosellinea sp.; Septoria glycines; Trichothecium roseum.

Identificação dos principais fungos das sementes de trigo.

Procedimento para identificação dos fungos das sementes de trigo; Descrição diagnostica dos principais fungos das sementes de trigo; Sclerotium Tode; Rhizoctonia DC; Chaetomium Kunze; Pleospora Rabenh; Sporobolomyces Kluy. & Niel; Rhodotorula Harrison; Phoma Sacc.; Septoria tritici Rob; Stagonospora nodorum (Berk.) Cas. & Germ.; Stagonospora avenae (Frank) Bisset f. sp. triticae; Colletotrichum graminicola (Ces.) Wilson; Fusarium tricinctum (Corda) Sacc; Fusarium moniliforme Sheldon; Fusarium avenaceum (Fr.) Sacc; Fusarium acuminatum Ell. & Kellerm; Fusarium equiseti (Corda) Sacc.; Fusarium graminearum Schw.; Mucor Micheli; Rhizopus Ehrenb; Aspergillus Link.; Penicillium Link.; Alternaria Nees; Epicoccum Link; Cladosporium Link; Nigrospora Zimm; Curvularia Boedijn; Drechslera tritici-repentis (Died.) Drech; Bipolaris sorokiniana (Sacc. in Sorok.) Shoem; Chave sistemática dos principais fungos de sementes de trigo; Ilustrações dos principais fungos encontrados em sementes de trigo.

Doenças de soja: diagnose, epidemiologia e controle.

Página modelo; Simbologia empregada; Doenças causadas por fungos; Míldio da soja (Peronospora manshurica); Oídio da soja (Microsphaera diffusa); Ferrugem asiática (Phakopsora pachyrhizi); Mancha parda da folha (Septoria glycines); Mancha alvo (Corynespora cassiicola); Mancha olho-de-rã (Cercospora sojina); Mancha púrpura (Cercospora kikuchi); Seca da haste e da vagem (Phomopsis spp.); Antracnose (Colletotrichum truncatum); Cancro da haste (Phomopsis phaseoli f. sp. meridionalis); Podridão parda da haste (Phialophora gregata); Podridão vermelha da raiz (Fusarium solani); Mofo branco da haste (Sclerotinia sclerotiorum); Murcha de esclerotium (Sclerotium rolfsii); Podridão da raiz e da haste (Phytophthora megasperma f. sp. glycinea); Mela da folha (Rhizoctonia solani); Tombamento (Rhizoctonia solani); Morte em reboleira (Rhizoctonia solani); Roseliniose (Dematophora necatrix); Podridão negra da raiz (Macrophomina phaseolina); Doenças causadas por nematóides; Nematóide de cisto (Heterodera glycines); Nematóide de galha (Meloidogyne incognita); Doenças causadas por vírus; Mosaico comum da soja; Queima do broto; Doenças causadas por bactérias; Pústula bacteriana (Xanthomonas axonopodis pv. glycines); Fogo selvagem (Pseudomonas syringae pv. tabaci); Crestamento bacteriano (Pseudomonas savastonoi pv. glycinea); Microorganismos que frequentemente causam a morte das sementes a campo; Aspergillus spp.; Penicillium spp.; Bacillus subtilis; Créditos fotográficos; Estádios vegetativos da planta de soja; Estádios reprodutivos da planta de soja.

Anais...

Estatuto Social. Programação. Resumos: Roadmapping da comercialização de inoculantes no Brasil: novas estratégias, articulações e demandas da ANPII. Evaluación de la sobrevida bacteriana en un pre-inoculante para soja. Utilização de um inoculante padrão como referência para a determinação de qualidade de produtos comerciais. Comparação e adequação de metodologias para controle de qualidade de inoculantes comerciais para leguminosas. Avaliação da produtividade da cultura do milho com diferentes doses de fósforo e inoculação com Penicillium bilaiae. Testes de eficiência agronômica da tecnologia de co-inoculação de rizóbios e azospirillum em soja e feijoeiro. Eficiência simbiótica de estirpes isoladas de áreas cultivadas com soja em Roraima. Interação entre cultivares de arroz irrigado com bactérias diazotrófricas associativas. A construção de uma rede de promoção do benefício da FBN através dos inoculantes: uma proposta metodológica em busca de uma Agricultura de Baixo Carbono. Efeitos da fertilização nas características de promoção de crescimento vegetal: direcionando a prospecção de inoculantes. Potencial de expansão da FBN para a produção de grãos no Brasil pela agricultura familiar. Promoção do crescimento inicial do milho estimulado por Bacillus sp. Validação e demandas de estirpes de rizóbio para a inoculação de espécies arbóreas, adubos verdes e forrageiras visando metas do programa ABC e novo código florestal. Tecnologia de bioprocessos aplicada ao desenvolvimento de inoculantes e novos insumos biológicos. A construção de uma rede de promoção do benefício da FBN através dos inoculantes: uma proposta metodológica em busca de uma Agricultura de Baixo Carbono. A pesquisa em Fixação Biológica do Nitrogênio na Embrapa Soja: passado, presente e perspectivas futuras. Embrapa Cerrados: 37 anos de contribuições para o avanço da FBN no Brasil. Especificidade de rizóbios em ervilha. Ata técnica da assembleia geral ordinária da XVI RELARE. Ata da eleição da diretoria da RELARE para o biênio 2012-2014. Relação de participantes da XVI RELARE.

Identificação dos principais fungos das sementes de trigo.

Procedimento para identificação dos fungos das sementes de trigo; Descrição diagnostica dos principais fungos das sementes de trigo; Sclerotium Tode; Rhizoctonia DC; Chaetomium Kunze; Pleospora Rabenh; Sporobolomyces Kluy. & Niel; Rhodotorula Harrison; Phoma Sacc.; Septoria tritici Rob; Stagonospora nodorum (Berk.) Cas. & Germ.; Stagonospora avenae (Frank) Bisset f. sp. triticae; Colletotrichum graminicola (Ces.) Wilson; Fusarium tricinctum (Corda) Sacc; Fusarium moniliforme Sheldon; Fusarium avenaceum (Fr.) Sacc; Fusarium acuminatum Ell. & Kellerm; Fusarium equiseti (Corda) Sacc.; Fusarium graminearum Schw.; Mucor Micheli; Rhizopus Ehrenb; Aspergillus Link.; Penicillium Link.; Alternaria Nees; Epicoccum Link; Cladosporium Link; Nigrospora Zimm; Curvularia Boedijn; Drechslera tritici-repentis (Died.) Drech; Bipolaris sorokiniana (Sacc. in Sorok.) Shoem; Chave sistemática dos principais fungos de sementes de trigo; Ilustrações dos principais fungos encontrados em sementes de trigo.

Doenças de soja: diagnose, epidemiologia e controle.

Mildio da soja (Peronospera manshurica); Oidio da soja (Microsphaera diffusa); Mancha parda da folha (Septoria glycines); Mancha alvo (Corynespora cassiicola); Mancha de alternaria (Alternaria spp.); Mancha olho-de-rã (Cercospora sojina); Mancha purpura (Cercospora kikuchii); Seca da haste e da vagem (Phomopsis spp.); Antracnose (Colletotrichum truncatum); Cancro da haste (Phomopsis phaseoli f. sp. meridionalis); Podridão parda da haste (Phialophora gregata); Podridão vermelha da raiz (Fusarium solani); Mofo branco da haste (Sclerotinia sclerotiorum); Murcha de esclerotium (Sclerotium rolfsii); Podridão da raiz e da haste (Phytophthora megasperma f. sp. glycinea); Mela da folha (Rhizoctonia solani); Tombamento (Rhizoctonia solani); Morte em reboleira (Rhizoctonia solani); Roseliniose (Dematophora necatrix); Podridão negra da raiz (Macrophomina phaseolina); Nematoide de cisto (Heterodera glycines); Nematoide de galha (Meloidogyne incognita); Mosaico comum da soja; Queima do broto; Pustula bacteriana (Xanthomonas campestris pv. glycines); Fogo selvagem (Pseudomonas syringae pv. tabaci); Crestamento bacteriano (Pseudomonas syringae pv. glycinea); Aspergillus spp.; Penicillium spp.; Bacillus subtilis; Créditos fotográficos; Estádios vegetativos da planta de soja; Estádios produtivos da planta de soja.

Anais...

Situação atual do marco regulatório sobre o acesso ao patrimônio genético frente às atividades de pesquisa e desenvolvimento de produtos biológicos. Principais atividades da coordenação de fertilizantes, inoculantes e corretivos no biênio 2012-2014. Resultados das análises da fiscalização de produtos inoculantes para leguminosas nos anos de 2012-2013 e estabelecimento de um ensaio interlaboratorial. Perspectivas de uso de inoculantes microbianos no Brasil: a visão da ANPII. A rede ?FBN_ABC?: compromisso com a promoção dos benefícios da Fixação Biológica do Nitrogênio ( FBN) através dos inoculantes. Método alternativo para contagem e viabilidade celular para inoculantes: novo horizonte baseado em citometria de fluxo. Alternativa metodológica para contagem de Azospirillum em inoculantes. Sugestão para alterações nos meios de cultura e análises de Azospirillum nas instruções normativas Nº 30 e Nº 13 do MAPA. Análise de nodulação de soja e uso de um inoculante padrão em casa de vegetação para determinar a qualidade de produtos comerciais. Eficiência simbiótica de estirpes de Bradyrhizobium para a produção de mudas de Centrolobium paraense. Avaliação da eficiência agronômica de novas estirpes de rizóbio para a cultura do feijoeiro. Caracterização e avaliação agronômica de novos isolados de rizóbio obtidos de nódulos de genótipos silvestes de feijoeiro-comum. Resposta do feijoeiro irrigado à inoculação em fazendas do GTEC-feijão em Unaí-MG: safras 2012 e 2013. Recomendação de nova estirpe de Rhizobium para feijão-comum. Sobrevida en semillas de soja de esporas de Penicillium bilaiae. Uso y sistema de aplicación de promotores del crecimiento em semilla de soja. Novas tecnologias na cultura da soja: métodos de inoculação, densidades de plantas e novas estirpes de Bradyrhizobium. Relato dos resultados de ensaios de adubação nitrogenada na cultura da soja pelo CESB (Comitê Estratégico Soja Brasil). Resposta do amendoinzeiro à inoculação. Efeito de biofertilizante na promoção de crescimento e aumento de produtividade de arroz. Alterações de germinação e vigor de sementes da cultivar de arroz BRS pampa tratadas com indutores de crescimento. Promoção do crescimento de milho por novas estirpes de bactérias associativas: resultados de ensaios em rede conduzidos pelo instituto nacional de ciência e tecnologia da Fixação Biológica do Nitrogênio (INCT-FBN) Metodologias de inoculação de Azospirillum brasilense na cultura de milho. O conteúdo de exopolissacarídeos e polihidroxibutirato influenciam a sobrevivência de Azospirillum brasilense e o desenvolvimento de raízes de plântulas de milho. Reclassificação de espécies de estirpes autorizadas para as culturas da soja e do feijoeiro e revelações obtidas no sequenciamento dos seus genomas. Coinoculaçâo da soja e do feijoeiro com rizóbios e Azospirillum brasilense. Validação de estirpes de rizóbio para a inoculação de espécies arbóreas, adubos verdes e forrageiras visando metas do programa ABC e do novo código florestal. Evaluación de un inoculante formulado con cepas de Bacillus amyloliquefaciens para el control biológico de hongos fitopatógenos. Relação de membros credenciados na Relare. Ata técnica da assembleia geral ordinária da XVII Relare. Ata da eleição da diretoria da Relare para o biênio 2014 ? 2016. Relação dos participantes da XVII Relare.

“Green preservatives” – combating fungi in the food industry by applying antifungal lactic acid bacteria

Fungal spoilage is the most common type of microbial spoilage in food leading to significant economical and health problems throughout the world. Fermentation by lactic acid bacteria (LAB) is one of the oldest and most economical methods of producing and preserving food. Thus, LAB can be seen as an interesting tool in the development of novel bio-preservatives for food industry. The overall objective of this study was to demonstrate, that LAB can be used as a natural way to improve the shelf-life and safety of a wide range of food products. In the first part of the thesis, 116 LAB isolates were screened for their antifungal activity against four Aspergillus and Penicillium spp. commonly found in food. Approximately 83% of them showed antifungal activity, but only 1% showed a broad range antifungal activity against all tested fungi. The second approach was to apply LAB antifungal strains in production of food products with extended shelf-life. L. reuteri R29 strain was identified as having strong antifungal activity in vitro, as well as in sourdough bread against Aspergillus niger, Fusarium culmorum and Penicillium expansum. The ability of the strain to produce bread of good quality was also determined using standard baking tests. Another strain, L. amylovorus DSM19280, was also identified as having strong antifungal activity in vitro and in vivo. The strain was used as an adjunct culture in a Cheddar cheese model system and demonstrated the inhibition of P. expansum. Significantly, its presence had no detectable negative impact on cheese quality as determined by analysis of moisture, salt, pH, and primary and secondary proteolysis. L. brevis PS1 a further strain identified during the screening as very antifungal, showed activity in vitro against common Fusarium spp. and was used in the production of a novel functional wortbased alcohol-free beverage. Challenge tests performed with F. culmorum confirmed the effectiveness of the antifungal strain in vivo. The shelf-life of the beverage was extended significantly when compared to not inoculated wort sample. A range of antifungal compounds were identified for the 4 LAB strains, namely L. reuteri ee1p, L. reuteri R29, L. brevis PS1 and L. amylovorous DSM20531. The identification of the compounds was based on liquid chromatography interfaced to the mass spectrometer and PDA detector

Food preservation using antifungal lactic acid bacteria

Fungal spoilage of food and feed prevails as a major problem for the food industry. The use antifungal-producing lactic acid bacteria (LAB) may represent a safer, natural alternative to the use of chemical preservatives in foods. A large scale screen was undertaken to identify a variety of LAB with antifungal properties from plant, animal and human sources. A total of 6,720 LAB colonies were isolated and screened for antifungal activity against the indicator Penicillium expansum. 94 broad-spectrum producers were identified through 16S rRNA sequencing with the majority of the population comprising Lactobacillus plantarum isolates. Six broad-spectrum isolates were consequently characterised. Pedicococcus pentosaceous 54 displayed potent anti-mould capabilities in pear, plum and grape models and may represent an ideal candidate for use in the beverage industry. Two antifungal Lb. plantarum isolates were assessed for their technological robustness and potential as biopreservatives in refrigerated foods. Lb. plantarum 16 and 62 displayed high levels of tolerance to freeze-drying, low temperature exposure and high salt concentrations. Both lactobacilli were introduced as supplements into orange juice to retard the growth of the spoilage yeast Rhodotorula mucilaginosa. Furthermore the isolates were applied as adjuncts in yoghurt production to successfully reduce yeast growth. Lb. plantarum 16 proved to be the optimal inhibitor of yeast growth in both food matrices. To date there is limited information available describing the mechanisms behind fungal inhibition by LAB. The effects of concentrated cell-free supernatant (cCFS), derived from Lb. plantarum 16, on the growth of two food-associated moulds was assessed microscopically. cCFS completely inhibited spore, germ tube and hyphal development. A transcriptomic approach was undertaken to determine the impact of antifungal activity on Aspergillus fumigatus Af293. A variety of genes, most notably those involved in cellular metabolism, were found to have their transcription modulated in response to cCFS which is indicative of global cellular shutdown. This study provides the first insights into the molecular targets of antifungal compounds produced by LAB. The genome sequence of the steep water isolate Lb. plantarum 16 was determined. The complete genome of Lb. plantarum16 consists of a single circular chromosome of 3,044,738 base pairs with an average G+C content of 44.74 % in addition to eight plasmids. The genome represents the smallest of this species to date while harbouring the largest plasmid complement. Some features of particular interest include the presence of two prophages, an interrupted plantaricin cluster and a chromosomal and plasmid encoded polysaccharide cluster. The sequence presented here provides a suitable platform for future studies elucidating the mechanisms governing antifungal production.

English Channel towed sledge seabed images. Phase 2: Analysis of selected tow images

During the 1970s and 1980s, the late Dr Norman Holme undertook extensive towed sledge surveys in the English Channel and some in the Irish Sea. Only a minority of the resulting images were analysed and reported before his death in 1989 but logbooks, video and film material has been archived in the National Marine Biological Library (NMBL) in Plymouth. A study was therefore commissioned by the Joint Nature Conservation Committee and as a part of the Mapping European Seabed Habitats (MESH) project to identify the value of the material archived and the procedure and cost to undertake further work (Phase 1 of the study reported here: Oakley & Hiscock, 2005). Some image analysis was undertaken as a part of Phase 1. Phase 2 (this report) was to further analyse selected images. Having determined in Phase 1 that only the 35 mm photographic transparencies provided sufficient clarity to identify species and biotopes, the tows selected for analysis were ones where 35mm images had been taken. The tows selected for analysis of images were mainly in the vicinity of Plymouth and especially along the area between Rame Head and the region of the Eddystone. The 35 mm films were viewed under a binocular microscope and the taxa that could be recognised recorded in note form. Twenty-five images were selected for inclusion in the report. Almost all of the images were of level sediment seabed. Where rocks were included, it was usually unplanned and the sled was hauled before being caught or damaged. The main biotopes or biotope complexes identified were: SS.SMU.CSaMu. Circalittoral sandy mud. Extensively present between the shore and the Eddystone Reef complex and at depths of about 48 to 52 m. At one site offshore of Plymouth Sound, the turret shell Turritella communis was abundant. In some areas, this biotope had dense anemones, Mesacmaea mitchelli and (more rarely) Cerianthus lloydii. Queen scallops, Aequipecten opercularis and king scallops, Pecten maximus, were sometimes present in small numbers. Hard substratum species such as hydroids, dead mens fingers Alcyonium digitatum and the cup coral Caryophyllia smithii occurred in a few places, probably attached to shells or stones beneath the surface. South of the spoil ground off Hilsea Point at 57m depth, the sediment was muddier but is still assigned to this biotope complex. It is notable that three small sea pens, most likely Virgularia mirabilis, were seen here. SS.SMx.CMx. Circalittoral mixed sediment. Further offshore but at about the same depth as SS.SMU.CSaMu occurred, coarse gravel with some silt was present. The sediment was characterised must conspicuously by small queen scallops, Aequipecten opercularis. Peculiarly, there were ‘bundles’ of the branching bryozoan Cellaria sp. – a species normally found attached to rock. It could not be seen whether these bundles of Cellaria had been brought-together by terebellid worms but it is notable that Cellaria is recorded in historical surveys. As with many other sediments, there were occasional brittle stars, Ophiocomina nigra and Ophiura ophiura. Where sediments were muddy, the burrowing anemone Mesacmaea mitchelli was common. Where pebbles or cobbles occurred, there were attached species such as Alcyonium digitatum, Caryophyllia smithii and the fleshy bryozoan Alcyonidium diaphanum. Undescribed biotope. Although most likely a part of SS.SMx.CMx, the biotope visually dominated by a terebellid worm believed to be Thelepus cincinnatua, is worth special attention as it may be an undescribed biotope. The biotope occurred about 22 nautical miles south of the latitude of the Eddystone and in depths in excess of 70 m. SS.SCS.CCS.Blan. Branchiostoma lanceolatum in circalittoral coarse sand with shell gravel at about 48m depth and less. This habitat was the ‘classic’ ‘Eddystone Shell Gravel’ which is sampled for Branchiostoma lanceolatum. However, no Branchiostoma lanceolatum could be seen. The gravel was almost entirely bare of epibiota. There were occasional rock outcrops or cobbles which had epibiota including encrusting calcareous algae, the sea fan Eunicella verrucosa, cup corals, Caryophyllia smithii, hydroids and a sea urchin Echinus esculentus. The variety of species visible on the surface is small and therefore identification to biotope not usually possible. Historical records from sampling surveys that used grabs and dredges at the end of the 19th century and early 20th century suggest similar species present then. Illustrations of some of the infaunal communities from work in the 1920’s is included in this report to provide a context to the epifaunal photographs.