Methodological keys for the acquisition and long-term use of photographic collections representing elements of Heritage

Contributed to: Fusion of Cultures. XXXVIII Annual Conference on Computer Applications and Quantitative Methods in Archaeology – CAA2010 (Granada, Spain, Apr 6-9, 2010)

Dynamics of pneumococcal nasopharyngeal carriage in healthy children attending a day care center in northern Spain. Influence of detection techniques on the results

8 p.

Paraiso dos contemplativos, opusculo devotissimo, e utilissimo para as almas que aspirão a perfeição espiritual, e vida contemplativa : composto pelo V. Padre Fr. Batholomeu de Salucio, religioso da Serafica Familia dos Observantes Reformados : traduzido de italiano, e ilustrado com anotações pelo Padre Manoel Bernardes, da Congregação do Oratorio da cidade de Lisboa : offerecido a V. Santissima senhora nossa, concebida nos resplendores da Divina Graça sem sombra de culpa original

Bartholomeu de Salucio nasceu na Itália em 1558, não se sabe exatamente onde. Viveu em Roma, onde morreu em 1617. Frei franciscano foi orador e místico. Escreveu muitas obras espirituais tais como, As Sete Trombetas, As Invenções do Amor Divino, e O Namorado de Jesus, que foram traduzidas para o francês pelo Padre Carlos Jouya e impressas em Rouen, no ano de 1623. O Paraiso dos Contemplativos... é um dialogo entre um filho espiritual e o seu Diretor, com perguntas e respostas, orações e exclamações. É como uma história de peregrinação do espírito em busca da perfeição. As doutrinas são mostradas nas figuras do diálogo. O tradutor Manuel Bernardes fez anotações para ilustrar as metáforas que pudessem parecer obscuras e para confirmar' as doutrinas que pudessem parecer novas. Segundo Inocêncio, "parece que o coletor do pseudo-catálogo da Academia ignorou a existência da edição de 1739, aliás, não deixaria de citá-la de preferência à de 1761, que é a indicada no catálogo.

Chronica do muito alto, e muito esclarecido principe D. Sancho I, segundo rei de Portugal composta por Ruy de Pina, fidalgo da Casa Real, e Chornista mór do reyno, fielmente Copiada de seu Original, Que Se Conserva no Archivo Real da Torre do Tombo; offerecida a magestade sempre augusta delrey d. João V., Nosso Senhor por Miguel Lopes Ferreyra

Rui de Pina nasceu na cidade de Guarda, provavelmente em 1440, e morreu em Lisboa, por volta de 1522. Ocupou vários cargos de importância e destaque, entre eles os de cronista-mor do reino e de guarda-mor da Torre do Tombo. Como cronista-mor de Portugal, escreveu as biografias de Sancho I, Afonso II, Sancho II, Afonso II, D. Dinis, Afonso IV, Afonso V e D. João II. A descoberta , recentemente, de duas cópias de uma obra quatrocentista contendo as histórias dos sete primeiros reis de Portugal, isto é, de Sancho I a Afonso IV, indica que as Chronicas destes reis escritas por Rui de Pina não passavam de uma refundição daquelas. Como historiador, o autor tem despertado opiniões polêmicas: uns o acusam de mal-informado e desonesto ; outros valorizam a sua capacidade de compreender os eventos de seu tempo, ainda que sob uma visão absolutista. Trata-se de uma “esplêndida edição , adornada de escudos alegóricos com armas reais portuguesas no centro – que encabeçam as dedicatórias -, de artísticas letras iniciais, vinhetas, cabeções e florões decorativos, tudo aberto em chapa de madeira. Os frontispícios das crônicas são impressos em linhas alternadas, em preto e vermelho, e ornados de escudos das armas de Portugal”, conforme esclarece o Catálogo da livraria do Conde Ameal.

Chronica do muito alto, e muito esclarecido Principe D. Affonso Henriques Primeiro Rey de Portugal composta por Duarte Galvão, Fidalgo da Casa Real, e Chronista Mor do Reyno, Fielmente Copiada do seu Original, Que Se Conserva no Archivo Real da Torre do Tombo; offerecida a magestade sempre augusta delrey D. João V. nosso senhor por Miguel Lopes Ferreyra

Duarte Galvão nasceu em Évora, por volta de 1445, e morreu na Ilha de Camarão, em 1517. Alguns biógrafos atribuem-lhe o cargo de cronista-mor do reino, nomeado por D. Afonso V. Foi secretário de D. João II e embaixador de D. Manuel I junto ao Papa Alexandre VI, ao Imperador Maximiliano I, e ao Rei Luís XII, de França. Embora preparada na segunda metade do século XV, Chronica del muito alto... conservou-se em forma de manuscrito até 1726, quando foi impressa pela primeira vez. Pertence à Chronica geral del reyno e foi elaborada por ordem de D. Manuel, para completar a sequencia das crônicas reais. O exemplar que a Biblioteca da Câmara possui traz os capítulos XXI e XXII, XXIII e XXIV, cortados pela Inquisição, na edição de 1726. É considerado, por isso, não só um exemplar raro, mas raríssimo, a julgar pelo testemunho do Cavalheiro Francisco Xavier de Oliveira, que afirma, em artigo publicado no “Popular”, impresso em Londres, no ano de 1825, haver apenas dois exemplares desta edição em que figuram os citados capítulos.

Towards multilingual domain module acquisition

Máster y Doctorado en Sistemas Informáticos Avanzados, Informatika Fakultatea - Facultad de Informática

PAnalyzer: A software tool for protein inference in shotgun proteomics

Background Protein inference from peptide identifications in shotgun proteomics must deal with ambiguities that arise due to the presence of peptides shared between different proteins, which is common in higher eukaryotes. Recently data independent acquisition (DIA) approaches have emerged as an alternative to the traditional data dependent acquisition (DDA) in shotgun proteomics experiments. MSE is the term used to name one of the DIA approaches used in QTOF instruments. MSE data require specialized software to process acquired spectra and to perform peptide and protein identifications. However the software available at the moment does not group the identified proteins in a transparent way by taking into account peptide evidence categories. Furthermore the inspection, comparison and report of the obtained results require tedious manual intervention. Here we report a software tool to address these limitations for MSE data. Results In this paper we present PAnalyzer, a software tool focused on the protein inference process of shotgun proteomics. Our approach considers all the identified proteins and groups them when necessary indicating their confidence using different evidence categories. PAnalyzer can read protein identification files in the XML output format of the ProteinLynx Global Server (PLGS) software provided by Waters Corporation for their MSE data, and also in the mzIdentML format recently standardized by HUPO-PSI. Multiple files can also be read simultaneously and are considered as technical replicates. Results are saved to CSV, HTML and mzIdentML (in the case of a single mzIdentML input file) files. An MSE analysis of a real sample is presented to compare the results of PAnalyzer and ProteinLynx Global Server. Conclusions We present a software tool to deal with the ambiguities that arise in the protein inference process. Key contributions are support for MSE data analysis by ProteinLynx Global Server and technical replicates integration. PAnalyzer is an easy to use multiplatform and free software tool.

Comments on hydrographic and topographic LIDAR acquisition and merging with multibeam sounding data acquired in the Olympic Coast National Marine Sanctuary

In April 2005, a SHOALS 1000T LIDAR system was used as an efficient alternative for safely acquiring data to describe the existing conditions of nearshore bathymetry and the intertidal zone over an approximately 40.7 km2 (11.8 nm2) portion of hazardous coastline within the Olympic Coast National Marine Sanctuary (OCNMS). Data were logged from 1,593 km (860 nm) of track lines in just over 21 hours of flight time. Several islands and offshore rocks were also surveyed, and over 24,000 geo-referenced digital still photos were captured to assist with data cleaning and QA/QC. The 1 kHz bathymetry laser obtained a maximum water depth of 22.2 meters. Floating kelp beds, breaking surf lines and turbid water were all challenges to the survey. Although sea state was favorable for this time of the year, recent heavy rainfall and a persistent low-lying layer of fog reduced acquisition productivity. The existence of a completed VDatum model covering this same geographic region permitted the LIDAR data to be vertically transformed and merged with existing shallow water multibeam data and referenced to the mean lower low water (MLLW) tidal datum. Analysis of a multibeam bathymetry-LIDAR difference surface containing over 44,000 samples indicated surface deviations from –24.3 to 8.48 meters, with a mean difference of –0.967 meters, and standard deviation of 1.762 meters. Errors in data cleaning and false detections due to interference from surf, kelp, and turbidity likely account for the larger surface separations, while the remaining general surface difference trend could partially be attributed to a more dense data set, and shoal-biased cleaning, binning and gridding associated with the multibeam data for maintaining conservative least depths important for charting dangers to navigation. (PDF contains 27 pages.)

SNP Discovery in European Anchovy (Engraulis encrasicolus, L) by High-Throughput Transcriptome and Genome Sequencing

12 p.

Instrucção para os viajantes e empregados nas colonias sôbre a maneira de colher, conservar, e remetter os objectos de historia natural /arranjada pela Administração do R. Museu de Historia Natural de Paris ; traduzida por Ordem de Sua Magestade Fidelissima, expedida pelo Excellentissimo Ministro e Secretario de Estado dos Negocios do Reino do original francez impresso em 1818 ; augmentada, em notas, de muitas das instruções aos correpondentes da Academia R. das Sciencias de Lisboa, impressas em 1781 e precedida de algumas reflexões sôbre a historia natural do Brazil, e estabelecimento do museu e jardim Botanico em a Côrte do Rio de Janeiro

Referência: Bibliografia da Impressão Regia do Rio de Janeiro / Ana Maria de Almeida Camargo, Rubens Borba de Moraes, 1993. v. 1, p. 220

Recreações do homem sensivel, ou, collecção de exemplos verdadeiros, e patheticos, nos quaes se dá hum curso de moral pratica conforme ás maximas da sãa filosofia, e da religião, para as pessoas de todos os estados... : dedicada á serenissima Senhora Infanta D. Carlota Joaquina, com permissão de S. Alteza / traduzida do original francez de Monsieur Arnaud por Antonio de Moraes Silva

A indicação de responsabilidade aparece abreviada no v.1, mas por extenso nos demais vs.

NOAA/MLML Radiometric Data Acquisition and Processing

This report is a detailed description of data processing of NOAA/MLML spectroradiometry data. It introduces the MLML_DBASE programs, describes the assembly of diverse data fues, and describes general algorithms and how individual routines are used. Definitions of data structures are presented in Appendices. [PDF contains 48 pages]