Rovakaira Oy:n keskijänniteverkon kehittämissuunnitelma toimitusvarmuuskriteeristön näkökulmasta

Diplomityössä tavoitteena on etsiä teknistaloudellisimmat ratkaisut sekä tutkia niiden vaikutuksia sähkönjakeluverkoston käyttövarmuuteen ja luotettavuuteen toimitusvarmuuskriteeristön näkökulmasta. Lisäksi työssä esitetään uusi tunnusluku kriteeristön ylityksestä aiheutuvan haitan arvostukseen. Merkittävä osa Rovakaira Oy:n keskijänniteverkosta joudutaan uusimaan lähivuosikymmeninä teknistaloudellisen pitoajan täyttyessä. Verkon uusiminen antaa mahdollisuuden toteuttaa verkkoa nykyisiin vaatimuksiin paremmin sopivilla ratkaisuilla. Kehitysvaihtoehtoina vertaillaan johdon tien varteen siirtoa, maastokatkaisijoiden lisäämistä, pienitehoisten ja päättyvien haarajohtojen korvaamista 1 kV tekniikalla sekä pienoissähköaseman kannattavuutta. Työssä tarkastellaan yksityiskohtaisemmin Sodankylän käyttövarmuuden parantamista sähköasemavian aikana ja alueen kuormituksenkasvuun varautumista.

Knowledge sharing in intrafirm networks in organization

The objective of this study was research the shared knowledge and the means of sharing with the help of social network analysis. The purpose of this study was to give descriptive information to case-organization about its situational network status in different units. The premise of the study is the success of organizational competences and networks, especially when it comes to the sharing of knowledge. The research was accomplished in a TEKES –projects, Developing Network-Based Services – The Role of Competences and Networks COMNET –projects case-organization. Lappeenranta School of Business and the case-organization started the project in co-operation. The baseline for the study was organizational competencies and organizational networks as success factors, especially from the knowledge sharing’s point of view. The research was based on triangulation, which included pre-interviews, network analyses accomplished by Webropol –e-mail survey and qualitative interviews. The results indicated that regular unit meetings were experienced to be the most important method of knowledge sharing along with e-mailing, intranet and weekly bulletins. The co-operation between units was also experienced to be important when evaluating knowledge sharing and communication. The intrafirm network was experienced tight. Dispersed units and partly unclear means of information sharing were the biggest obstacles for information communication. Knowledge sharing, communication with others and trainings were seen important in the case-organization.

Finnish cleantech SMEs in China: Challenges and solutions

The rapid economic growth in China has resulted in environmental challenges ranging from air pollution to water-related issues. Thus supporting clean technology, or cleantech, that encompasses industries that focus on alternative energy, pollution and recycling, power supplies and conservation has become one of the focal points in the Chinese economic policy for the next decade. Simultaneously, the Finnish government has initiated programs to support the internationalisation of domestic cleantech companies in an attempt to spiral the industry into one of the pillars of Finnish economic growth. This study concentrates on the conjunction of these two themes and studies the challenges faced by Finnish cleantech SMEs in the Chinese market. Consequently, the study answers the following sub questions: 1. What human and financial resource-based challenges do Finnish cleantech SMEs face in the Chinese market and what are their solutions? 2. What knowledge-based challenges do Finnish cleantech SMEs face in the Chinese market and how can these difficulties be resolved? 3. What network-based challenges do Finnish cleantech SMEs face in the Chinese market, how do they relate to the resource- and knowledge-based challenges, and how can these difficulties be resolved? This qualitative study is conducted by analysing four semi structured interviews collected from four Finnish SMEs that operate in China. The findings of the study indicate that in human resources the most important challenges are related to the hiring and retaining of employees. In contrast to extant academic literature results distinguish salary and social status as the main solutions to this challenge. Regarding financial resources it is discovered that cleantech companies enjoy a benign business environment in China and benefit from the Chinese government’s support for cleantech industry. Challenges related to knowledge resources can be grouped into categories with the most interesting knowledge flows being the stream of local market knowledge into to the foreign parent company and the outward flow of manufacturing and business practice information into the target venture. The challenge related to the first flow is gathering relevant information and the main solutions are clustering at the foreign location and hiring knowledge prior to internationalisation. Regarding the second flow the main challenge is related to intellectual property rights and the most interesting solution is the purposeful transformation of explicit knowledge into tacit knowledge. Finally, it is discovered that networks, called guanxi in China, greatly affect the business processes. Within the guanxi system there is the concept of face which was found to affect employee propensity to stay as well as, as a novel academic result, employees’ knowledge sharing intention.

The accumulation of financial and social capital as a means to achieve a sustained competitive advantage for consumer co-operatives

By so far, scholars have discussed how the characteristics of consumer co-operatives (cooperative principles, values and the dual role of members as the users and owners) can potentially give them a competitive advantage over investor-owned firms (IOFs). In addition, concern for the community (as partly derived from locality and regionality) has been seen as a potential source of success for consumer co-operatives. On the other hand, the geographicbound purpose of consumer co-operation causes that consumer co-operative can be regarded as a challenging company form to manage. This is because, according to the purpose of consumer co-operation, co-operatives are obligated to 1) provide the owners with services and goods that are needed and do so at more affordable prices than their competitors do and/or 2) to operate in areas in which competitors do not want to operate (for example, because of the low profitability in certain area of business or region). Thus, consumer co-operatives have to operate very efficiently in order to execute this geographic-bound corporate purpose (e.g. they cannot withdraw from the competition during the declining stages of business). However, this efficiency cannot be achieved by any means; as the acceptance from the important regional stakeholders is the basic operational precondition and lifeline in the long run. Thereby, the central question for the survival and success of consumer co-operatives is; how should the consumer co-operatives execute its corporate purpose so it can be the best alternative to its members in the long run? This question has remained unanswered and lack empirical evidence in the previous studies on the strategic management of consumer cooperation. In more detail, scholars have not yet empirically investigated the question: How can consumer co-operatives use financial and social capital to achieve a sustained competitive advantage? It is this research gap that this doctoral dissertation aims to fulfil. This doctoral dissertation aims to answer the above questions by combining and utilizing interview data from S Group co-operatives and the central organizations in S Group´s network (overall, 33 interviews were gathered), archival material and 56 published media articles/reports. The study is based on a qualitative case study approach that is aimed at theory development, not theory verification (as the theory is considered as nascent in this field of study). Firstly, the findings of this study indicate that consumer co-operatives accumulate financial capital; 1) by making profit (to invest and grow) and 2) by utilizing a network-based organizational structure (local supply chain economies). As a result of financial capital accumulation, consumer co-operatives are able to achieve efficiency gains but also remain local. In addition, a strong financial capital base increases consumer co-operatives´ independence, competitiveness and their ability to participate in regional development (which is in accordance with their geographically bound corporate purpose). Secondly, consumer cooperatives accumulate social capital through informal networking (with important regional stakeholders), corporate social responsibility (CSR) behaviour and CSR reporting, pursuing common good, and interacting and identity sharing. As a result of social capital accumulation, consumer co-operatives are able to obtain the resources for managing; 1) institutional dependencies and 2) customer relations. By accumulating both social and financial capital through the above presented actions, consumer co-operatives are able to achieve sustained competitive advantage. Finally, this thesis provides useful ideas and new knowledge for cooperative managers concerning why and how consumer co-operatives should accumulate financial and social capital (to achieve sustained competitive advantage), while aligning with their corporate purpose.

Lumen varastointi ja hyödyntäminen tilojen jäähdytykseen, Case: Kone Oyj

Tämän diplomityön tarkoituksena on selvittää mahdollisuutta hyödyntää lunta tilojen jäähdytykseen Koneen Hyvinkään tehdasalueella. Työssä kerrotaan myös yleisesti eri jäähdytysmuodoista ja tuotantotavoista. Eri kirjallisuuslähteiden pohjalta tutkittiin erilaisia lumijäähdytysjärjestelmiä, joiden energiataseiden pohjalta tehtiin sopiva malli kohdealueelle. Mallin avulla selvitettiin lumesta hyödynnettävä jäähdytysenergian määrä. Esitetylle varastolle hahmoteltiin investointi- ja käyttökustannukset kirjallisuuslähteiden ja asiantuntijoiden avulla. Kustannuksien ja jäähdytysenergiamäärien avulla laskettiin lumijäähdytyksen tuotantokustannukset, joita verrattiin perinteiseen kompressorijäähdyttimeen. Lopuksi pohdittiin vielä takaisinmaksuaikoja lumivaraston liittyessä nykyisiin jäähdytysjärjestelmiin ja kokonaan uuteen jäähdytysverkostoon. Tuloksien mukaan lumijäähdytys ei ole taloudellisesti kannattavaa Koneen Hyvinkään tehdasalueella. Ongelmaksi muodostui investointikustannusten suuruus verrattuna saatuihin säästöihin. Ympäristöllisesti ja yrityksellisesti hanketta voidaan pitää kannattavana. Lumijäähdytyksestä voidaan saada kannattavampi suuremmilla lumimäärillä, mikä vaatisi myös suuremmat jäähdytysenergiankulutukset kuin Koneella on. Myös hyödyntämällä luonnon omia rakenteita voidaan parantaa kannattavuutta.

Readout architectures for hybrid pixel detector readout chips

The original contribution of this thesis to knowledge are novel digital readout architectures for hybrid pixel readout chips. The thesis presents asynchronous bus-based architecture, a data-node based column architecture and a network-based pixel matrix architecture for data transportation. It is shown that the data-node architecture achieves readout efficiency 99% with half the output rate as a bus-based system. The network-based solution avoids “broken” columns due to some manufacturing errors, and it distributes internal data traffic more evenly across the pixel matrix than column-based architectures. An improvement of > 10% to the efficiency is achieved with uniform and non-uniform hit occupancies. Architectural design has been done using transaction level modeling (TLM) and sequential high-level design techniques for reducing the design and simulation time. It has been possible to simulate tens of column and full chip architectures using the high-level techniques. A decrease of > 10 in run-time is observed using these techniques compared to register transfer level (RTL) design technique. Reduction of 50% for lines-of-code (LoC) for the high-level models compared to the RTL description has been achieved. Two architectures are then demonstrated in two hybrid pixel readout chips. The first chip, Timepix3 has been designed for the Medipix3 collaboration. According to the measurements, it consumes < 1 W/cm^2. It also delivers up to 40 Mhits/s/cm^2 with 10-bit time-over-threshold (ToT) and 18-bit time-of-arrival (ToA) of 1.5625 ns. The chip uses a token-arbitrated, asynchronous two-phase handshake column bus for internal data transfer. It has also been successfully used in a multi-chip particle tracking telescope. The second chip, VeloPix, is a readout chip being designed for the upgrade of Vertex Locator (VELO) of the LHCb experiment at CERN. Based on the simulations, it consumes < 1.5 W/cm^2 while delivering up to 320 Mpackets/s/cm^2, each packet containing up to 8 pixels. VeloPix uses a node-based data fabric for achieving throughput of 13.3 Mpackets/s from the column to the EoC. By combining Monte Carlo physics data with high-level simulations, it has been demonstrated that the architecture meets requirements of the VELO (260 Mpackets/s/cm^2 with efficiency of 99%).

Expression analysis of miRNA and target mRNAs in esophageal cancer

We aimed to investigate miRNAs and related mRNAs through a network-based approach in order to learn the crucial role that they play in the biological processes of esophageal cancer. Esophageal squamous-cell carcinoma (ESCC) and adenocarcinoma (EAC)-related miRNA and gene expression data were downloaded from the Gene Expression Omnibus database, and differentially expressed miRNAs and genes were selected. Target genes of differentially expressed miRNAs were predicted and their regulatory networks were constructed. Differentially expressed miRNA analysis selected four miRNAs associated with EAC and ESCC, among which hsa-miR-21 and hsa-miR-202 were shared by both diseases. hsa-miR-202 was reported for the first time to be associated with esophageal cancer in the present study. Differentially expressed miRNA target genes were mainly involved in cancer-related and signal-transduction pathways. Functional categories of these target genes were related to transcriptional regulation. The results may indicate potential target miRNAs and genes for future investigations of esophageal cancer.

Päättäväiset porvarskat. Turun johtavan porvariston naisten toimijuus vuosina 1623–1670

Turun 1600-luvun johtavan porvariston naiset toimivat aktiivisesti ja päättäväisesti omiin ja perheensä etuihin liittyvissä asioissa. He jatkoivat jo keskiajalla alkanutta traditiota, jossa myös porvarisvaimojen taloudellisen toiminnan merkitys korostui. He eivät kuitenkaan olleet perheestään, suvustaan tai Turun paikallisyhteisöstä erillään olevia yksilöitä, vaan tärkeä osa niitä. Siksi heidän toimijuuttaan ei voi eikä tule erottaa aikakautensa ja yhteisönsä kontekstista. Johtavan porvariston naiset ajoivat asioitaan Turun kaupungin oikeusasteissa kaikissa kolmessa siviilisäädyssä, naimattomina tyttärinä, aviovaimoina ja leskinä, aktiivisimmat heistä elämänsä aikana yli sata kertaa. Verrattuna muihin saman ajanjakson kaupunkeihin naimattomaksi jääneet turkulaiset porvaristyttäret esiintyivät korostuneen aktiivisesti valvomassa taloudellisia etujaan. Heidän toimintansa hyväksyttiin silloin, kun se ei ylittänyt porvariyhteisön sovinnaisuuden rajoja, joita he pyrkivät koettelemaan parantaakseen talouttaan. Leskinaisten oikeustoimikelpoisuus kertoo siitä, että naisia ei pidetty vaimoinakaan lähtökohtaisesti kyvyttöminä hoitamaan perheen asioita, vaan ainoastaan velvollisina alistumaan miehensä edusmiehisyyteen ja määräysvaltaan tämän eläessä. Talouden pää oli yleensä mies ja hänen velvollisuutenaan oli ajaa perheensä asioita. Siksi aviovaimot esiintyvät oikeudessa siviilisäädyistä harvimmin. Leskillä oli puolestaan oikeus hoitaa itse omaisuuttaan. Tämä tarkoitti myös velvollisuutta valvoa lasten perintöä. Turun johtava porvaristo koostui joistakin kymmenistä perheistä, joista suurin osa oli 1600-loppupuolelle tultaessa muodostanut avioliittojen kautta laajan sukulaisverkoston. Tätä verkostoa ei olisi voinut syntyä ilman porvarisnaisia, joiden avioliitot mahdollistivat omaisuuden siirtämisen uusille yrittäjille. Vaikka sukulaisuussuhteet olivat tärkeitä kaupankäynnissä, kokivat naiset ne myös uhkaksi itselleen. Sukulaismiehet pyrkivät usein saamaan naisten omaisuutta käyttöönsä vetoamalla näiden heikkoon kykyyn hallita omaisuutta. Porvarisnaiset kuitenkin puolustautuivat tällaisissa tilanteissa voimakkaasti ja hakivat turvaa porvariyhteisöä edustaneelta raadilta. He osasivat vedota asemaansa yhteisön jäseninä ja saivat yleensä raadin ja porvariyhteisön tuen. Aviomiehen kuoltua porvarisnaisen oli päätettävä, jatkoiko hän miehensä liiketoimintaa vai hankkiko hän elantonsa jollain muulla tavalla. Monet lesket järjestelivät taloudellisia asioitaan heti miehensä kuoltua ja jäivät sitten elämään esimerkiksi kaupunkitalonsa, maatilojensa ja pääomansa turvin. Osa naisista jatkoi yrittäjyyttä pienimuotoisesti esimerkiksi lainaamalla rahaa korkoa vastaan tai panemalla olutta. Muutamat johtavan porvariston naiset jatkoivat kuitenkin laajaa taloudellista toimintaa vuosikausia. Heidän menestyksensä osoittaa, että he olivat saaneet jo kotonaan perusteellisen koulutuksen porvarisammattiin. He olivat myös toimineet miehensä kumppaneina yrityksen toiminnassa, joten heillä oli hyvät edellytykset itsenäiseen asioiden hoitamiseen. Saamansa koulutuksen turvin porvarisnaiset siirsivät osaamisensa myös lapsilleen.

Développement de l’activité rythmique chez l’embryon du poisson-zébré

Les circuits neuronaux peuvent générer une panoplie de rythmes. Nous pouvons séparer les mécanismes de création de ces rythmes en deux grands types. Le premier consiste de circuits contrôlés par des cellules « pacemakers », ayant une activité rythmique intrinsèque, comme dans le ganglion stomatogastique des crustacés. Le deuxième consiste de circuits multi-neuronaux connectés par un réseau synaptique qui permet une activité rythmique sans la présence de neurones pacemakers, tel que démontré pour les circuits de la nage chez plusieurs vertébrés. Malgré nos connaissances des mécanismes de rhythmogénèse chez les vertébrés adultes, les mécanismes de la création et la maturation de ces circuits locomoteurs chez les embryons restent encore inconnus. Nous avons étudié cette question à l’aide du poisson-zébré où les embryons débutent leur activité motrice par des contractions spontanées alternantes à 17 heures post-fertilisation (hpf). Des études ont démontré que cette activité spontanée n’est pas sensible aux antagonistes de la transmission synaptique chimique et ne requiert pas le rhombencéphale. Après 28 hpf, les embryons commencent à nager et se propulser en réponse au toucher. Des études antérieures on démontré que l’apparition de la nage nécessite le rhombencéphale et la transmission synaptique chimique. Cette thèse explore la possibilité que ces changements comportementaux représentent la progression d’un circuit contrôle par un pacemaker à un circuit ou le rythme provient d’un circuit distribué. En mesurant le groupement des contractions de l’activité spontanée, plutôt que la fréquence moyenne, nous avons découvert une nouvelle forme d’activité spontanée qui débute à 22 hpf. Cette activité consiste de deux contractions alternantes à succession très rapide. Contrairement à l’activité spontanée présente dès 17 hpf cette nouvelle forme d’activité requiert le rhombencéphale et la transmission synaptique chimique, comme démontré pour la nage qui apparait à 28 hpf. Cette forme de comportement intermédiaire représente potentiellement une étape transitoire lors de la maturation des circuits moteurs.

Genome wide search for genetic determinants of habitual alcohol, tobacco and coffee use, obesity-related traits, response to mental and physical stress and hemodynamic traits

Les habitudes de consommation de substances psychoactives, le stress, l’obésité et les traits cardiovasculaires associés seraient en partie reliés aux mêmes facteurs génétiques. Afin d’explorer cette hypothèse, nous avons effectué, chez 119 familles multi-générationnelles québécoises de la région du Saguenay-Lac-St-Jean, des études d’association et de liaison pangénomiques pour les composantes génétiques : de la consommation usuelle d’alcool, de tabac et de café, de la réponse au stress physique et psychologique, des traits anthropométriques reliés à l’obésité, ainsi que des mesures du rythme cardiaque (RC) et de la pression artérielle (PA). 58000 SNPs et 437 marqueurs microsatellites ont été utilisés et l’annotation fonctionnelle des gènes candidats identifiés a ensuite été réalisée. Nous avons détecté des corrélations phénotypiques significatives entre les substances psychoactives, le stress, l’obésité et les traits hémodynamiques. Par exemple, les consommateurs d’alcool et de tabac ont montré un RC significativement diminué en réponse au stress psychologique. De plus, les consommateurs de tabac avaient des PA plus basses que les non-consommateurs. Aussi, les hypertendus présentaient des RC et PA systoliques accrus en réponse au stress psychologique et un indice de masse corporelle (IMC) élevé, comparativement aux normotendus. D’autre part, l’utilisation de tabac augmenterait les taux corporels d’épinéphrine, et des niveaux élevés d’épinéphrine ont été associés à des IMC diminués. Ainsi, en accord avec les corrélations inter-phénotypiques, nous avons identifié plusieurs gènes associés/liés à la consommation de substances psychoactives, à la réponse au stress physique et psychologique, aux traits reliés à l’obésité et aux traits hémodynamiques incluant CAMK4, CNTN4, DLG2, DAG1, FHIT, GRID2, ITPR2, NOVA1, NRG3 et PRKCE. Ces gènes codent pour des protéines constituant un réseau d’interactions, impliquées dans la plasticité synaptique, et hautement exprimées dans le cerveau et ses tissus associés. De plus, l’analyse des sentiers de signalisation pour les gènes identifiés (P = 0,03) a révélé une induction de mécanismes de Potentialisation à Long Terme. Les variations des traits étudiés seraient en grande partie liées au sexe et au statut d’hypertension. Pour la consommation de tabac, nous avons noté que le degré et le sens des corrélations avec l’obésité, les traits hémodynamiques et le stress sont spécifiques au sexe et à la pression artérielle. Par exemple, si des variations ont été détectées entre les hommes fumeurs et non-fumeurs (anciens et jamais), aucune différence n’a été observée chez les femmes. Nous avons aussi identifié de nombreux traits reliés à l’obésité dont la corrélation avec la consommation de tabac apparaît essentiellement plus liée à des facteurs génétiques qu’au fait de fumer en lui-même. Pour le sexe et l’hypertension, des différences dans l’héritabilité de nombreux traits ont également été observées. En effet, des analyses génétiques sur des sous-groupes spécifiques ont révélé des gènes additionnels partageant des fonctions synaptiques : CAMK4, CNTN5, DNM3, KCNAB1 (spécifique à l’hypertension), CNTN4, DNM3, FHIT, ITPR1 and NRXN3 (spécifique au sexe). Ces gènes codent pour des protéines interagissant avec les protéines de gènes détectés dans l’analyse générale. De plus, pour les gènes des sous-groupes, les résultats des analyses des sentiers de signalisation et des profils d’expression des gènes ont montré des caractéristiques similaires à celles de l’analyse générale. La convergence substantielle entre les déterminants génétiques des substances psychoactives, du stress, de l’obésité et des traits hémodynamiques soutiennent la notion selon laquelle les variations génétiques des voies de plasticité synaptique constitueraient une interface commune avec les différences génétiques liées au sexe et à l’hypertension. Nous pensons, également, que la plasticité synaptique interviendrait dans de nombreux phénotypes complexes influencés par le mode de vie. En définitive, ces résultats indiquent que des approches basées sur des sous-groupes et des réseaux amélioreraient la compréhension de la nature polygénique des phénotypes complexes, et des processus moléculaires communs qui les définissent.

The evolution of inter-genomic variation in arbuscular mycorrhizal fungi

Contexte: Les champignons mycorhiziens à arbuscules (AMF) établissent des relations symbiotiques avec la plupart des plantes grâce à leurs réseaux d’hyphes qui s’associent avec les racines de leurs hôtes. De précédentes études ont révélé des niveaux de variation génétique extrêmes pour des loci spécifiques permettant de supposer que les AMF peuvent contenir des milliers de noyaux génétiquement divergents dans un même cytoplasme. Si aucun processus de reproduction sexuée n’a jusqu’ici été observé chez ces mycorhizes, on constate cependant que des niveaux élevés de variation génétique peuvent être maintenus à la fois par l’échange de noyaux entre hyphes et par des processus fréquents de recombinaison entre noyaux. Les AMF se propagent par l’intermédiaire de spores qui contiennent chacune un échantillon d’une population initiale de noyaux hétérogènes, directement hérités du mycélium parent. À notre connaissance les AMF sont les seuls organismes qui ne passent jamais par un stade mononucléaire, ce qui permet aux noyaux de diverger génétiquement dans un même cytoplasme. Ces aspects singuliers de la biologie des AMF rendent l’estimation de leur diversité génétique problématique. Ceci constitue un défi majeur pour les écologistes sur le terrain mais également pour les biologistes moléculaires dans leur laboratoire. Au-delà même des problématiques de diversité spécifique, l’amplitude du polymorphisme entre noyaux mycorhiziens est mal connue. Le travail proposé dans ce manuscrit de thèse explore donc les différents aspects de l’architecture génomique singulière des AMF. Résultats L’ampleur du polymorphisme intra-isolat a été déjà observée pour la grande sous-unité d’ARN ribosomal de l’isolat Glomus irregulare DAOM-197198 (précédemment identifié comme G. intraradices) et pour le gène de la polymerase1-like (PLS) de Glomus etunicatum isolat NPI. Dans un premier temps, nous avons pu confirmer ces résultats et nous avons également pu constater que ces variations étaient transcrites. Nous avons ensuite pu mettre en évidence la présence d’un goulot d’étranglement génétique au moment de la sporulation pour le locus PLS chez l’espèce G. etunicatum illustrant les importants effets d’échantillonnage qui se produisaient entre chaque génération de spore. Enfin, nous avons estimé la différentiation génétique des AMF en utilisant à la fois les réseaux de gènes appliqués aux données de séquençage haut-débit ainsi que cinq nouveaux marqueurs génomiques en copie unique. Ces analyses révèlent que la différenciation génomique est présente de manière systématique dans deux espèces (G. irregulare et G. diaphanum). Conclusions Les résultats de cette thèse fournissent des preuves supplémentaires en faveur du scénario d’une différenciation génomique entre noyaux au sein du même isolat mycorhizien. Ainsi, au moins trois membres du genre Glomus, G. irregulare, G. diaphanum and G. etunicatum, apparaissent comme des organismes dont l’organisation des génomes ne peut pas être décrit d’après un modèle Mendélien strict, ce qui corrobore l’hypothèse que les noyaux mycorhiziens génétiquement différenciés forment un pangenome.

Principe de finalité, protection des renseignements personnels et secteur public : étude sur la gouvernance des structures en réseau

Thèse réalisée en cotutelle avec l'Université de Montréal et l'Université Panthéon-Assas Paris II

La génomique évolutive mitochondriale révèle des échanges génétiques et la ségrégation chez les Gloméromycètes

Les champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA) sont des organismes microscopiques du sol qui jouent un rôle crucial dans les écosystèmes naturels et que l’on retrouve dans tous les habitats de la planète. Ils vivent en relation symbiotique avec la vaste majorité des plantes terrestres. Ils sont des biotrophes obligatoires, c'est-à-dire qu'ils ne peuvent croître qu'en présence d'une plante hôte. Cette symbiose permet entre autres à la plante d'acquérir des nutriments supplémentaires, en particulier du phosphore et du nitrate. Malgré le fait que cette symbiose apporte des services importants aux écosystèmes, la richesse des espèces, la structure des communautés, ainsi que la diversité fonctionnelle des CMA sont mal connues et l'approfondissement des connaissances dans ces domaines dépend d’outils de diagnostic moléculaire. Cependant, la présence de polymorphisme nucléaire intra-isolat combiné à un manque de données génomiques dans différents groupes phylogénétique de ces champignons complique le développement de marqueurs moléculaires et la détermination de l'affiliation évolutive à hauts niveaux de résolution (c.a.d. entre espèces génétiquement similaires et/ou isolats de la même espèce). . Pour ces raisons, il semble une bonne alternative d’utiliser un système génétique différent en ciblant le génome mitochondrial, qui a été démontré homogène au sein d'un même isolat de CMA. Cependant, étant donné le mode de vie particulier de ces organismes, une meilleure compréhension des processus évolutifs mitochondriaux est nécessaire afin de valoriser l'utilisation de tels marqueurs dans des études de diversité et en génétique des populations. En ce sens, mon projet de doctorat consistait à investiguerétudier: i) les vecteurs de divergences inter-isolats et -espèces génétiquement rapprochéesphylogénétiquement apparentées, ii) la plasticité des génomes mitochondriaux, iii) l'héritabilité mitochondriale et les mécanismes potentiels de ségrégation, ainsi que iv) la diversité mitochondriale intra-isolat in situ. À l'aide de la génomique mitochondriale comparative, en utilisant le séquençage nouvelle génération, on a démontré la présence de variation génétique substantielle inter-isolats et -espèces, engendrées par l'invasion d'éléments mobiles dans les génomes mitochondriaux des CMA, donnant lieu à une évolution moléculaire rapide des régions intergéniques. Cette variation permettait de développer des marqueurs spécifiques à des isolats de la même espèce. Ensuite, à l'aide d'une approche analytique par réseaux de gènes sur des éléments mobiles, on a été en mesure de démontrer des évènements de recombinaisons homologues entre des haplotypes mitochondriaux distincts, menant à des réarrangements génomiques. Cela a permis d'ouvrir les perspectives sur la dynamique mitochondriale et l'hétéroplasmie dans un même isolatsuggère une coexistence de différents haplotypes mitochondriaux dans les populations naturelles et que les cultures monosporales pourraient induirent une sous-estimation de la diversité allélique mitochondriale. Cette apparente contradiction avec l'homogénéité mitochondriale intra-isolat généralement observée, a amené à investiguer étudier les échanges génétiques à l'aide de croisements d'isolats génétiquement distincts. Malgré l'observation de quelques spores filles hétéroplasmiques, l'homoplasmie était le statut par défaut dans toutes les cultures monosporales, avec un biais en faveur de l'un des haplotypes parentaux. Ces résultats suggèrent que la ségrégation opère durant la formation de la spore et/ou le développement de la coloniedu mycélium. De plus, ils supportent la présence d'une machinerie protéique de ségrégation mitochondriale chez les CMAAMF, où l'ensemble des gènes impliqués dans ce mécanisme ont été retrouvé et sont orthologues aux autres champignons. Finalement, on est revenue aux sources avecon a étudié le polymorphisme mitochondrial intra-isolat à l'aide d'une approche conventionnelle de PCR en utilisant une Taq polymérase de haute fidélité, suivie de clonage et de séquençage Sanger, sur deux isolats de R. irregularis. Cela a permis l'observation d'hétéroplasmie in situ, ainsi que la co-expression de variantes de variantes de protéines'ARNm dans une souche in vitro. Les résultats suggèrent que d'autres études basées sur le séquençage nouvelle génération aurait potentiellement ignorée cette variation, offrant ainsi plusieurs nouveaux arguments permettant de considérer les CMA comme des organismes possédant une population de génomes mitochondriaux et nucléaires distincts.

Peter Pan contre le héros victorien : la poétique du recyclage dans le Cycle de Kraven de Xavier Mauméjean

Le Cycle de Kraven de Xavier Mauméjean met en place un réseau référentiel qui repose sur le recyclage systématique d’éléments historiques et littéraires. Afin de bien saisir le fonctionnement de ce cycle narratif, il importe de se pencher sur cette dynamique référentielle exacerbée relevant d’une poétique du recyclage (au sens de réutilisation) qui se manifeste par l’emprunt de nombreux référents historiques et littéraires, que le récit modifie à divers degrés. Au moyen de la notion de recyclage, des travaux sur la récupération de l’Histoire par l’uchronie et d’études sur le steampunk, esthétique dont relève le Cycle de Kraven, ce mémoire examine les effets de ce recyclage sur le fonctionnement du récit, mais aussi sur le lecteur. En effet, par un imposant mélange de références authentiques et fictives, le Cycle de Kraven cherche à mystifier le lecteur qui se trouve au centre d’un fourmillement intertextuel brouillant les frontières entre Histoire et fiction. Une réflexion sur le paratexte vient compléter l’analyse du Cycle de Kraven, puisque préface, notes en bas de page, liste de livres et bon de commande contribuent grandement à la création d’un effet de mystification.

Development of Hierarchical Clustering Techniques for Gridded Data from Mixed Data Sequences

Knowledge discovery in databases is the non-trivial process of identifying valid, novel potentially useful and ultimately understandable patterns from data. The term Data mining refers to the process which does the exploratory analysis on the data and builds some model on the data. To infer patterns from data, data mining involves different approaches like association rule mining, classification techniques or clustering techniques. Among the many data mining techniques, clustering plays a major role, since it helps to group the related data for assessing properties and drawing conclusions. Most of the clustering algorithms act on a dataset with uniform format, since the similarity or dissimilarity between the data points is a significant factor in finding out the clusters. If a dataset consists of mixed attributes, i.e. a combination of numerical and categorical variables, a preferred approach is to convert different formats into a uniform format. The research study explores the various techniques to convert the mixed data sets to a numerical equivalent, so as to make it equipped for applying the statistical and similar algorithms. The results of clustering mixed category data after conversion to numeric data type have been demonstrated using a crime data set. The thesis also proposes an extension to the well known algorithm for handling mixed data types, to deal with data sets having only categorical data. The proposed conversion has been validated on a data set corresponding to breast cancer. Moreover, another issue with the clustering process is the visualization of output. Different geometric techniques like scatter plot, or projection plots are available, but none of the techniques display the result projecting the whole database but rather demonstrate attribute-pair wise analysis