Targeting DNA repeat sequences with Py-Im polyamides

Hairpin pyrrole-imdazole polyamides are cell-permeable, sequence-programmable oligomers that bind in the minor groove of DNA. This thesis describes studies of Py-Im polyamides targeted to biologically important DNA repeat sequences for the purpose of modulating disease states. Design of a hairpin polyamide that binds the CG dyad, a site of DNA methylation that can become dysregulated in cancer, is described. We report the synthesis of a DNA methylation antagonist, its sequence specificity and affinity informed by Bind-n-Seq and iteratively designed, which improves inhibitory activity in a cell-free assay by 1000-fold to low nanomolar IC50. Additionally, a hairpin polyamide targeted to the telomeric sequence is found to trigger a slow necrotic-type cell death with the release of inflammatory molecules in a model of B cell lymphoma. The effects of the polyamide are unique in this class of oligomers; its effects are characterized and a functional assay of phagocytosis by macrophages is described. Additionally, hairpin polyamides targeted to pathologically expanded CTG•CAG triplet repeat DNA sequences, the molecular cause of myotonic dystrophy type 1, are synthesized and assessed for toxicity. Lastly, ChIP-seq of Hypoxia-Inducible Factor is performed under hypoxia-induced conditions. The study results show that ChIP-seq can be employed to understand the genome-wide perturbation of Hypoxia-Inducible Factor occupancy by a Py-Im polyamide.

Gramáticas pós-NGB: do discurso oficial a outros discursos (im)possíveis

A implementação da Nomenclatura Gramatical Brasileira (NGB) em 1959 e a assunção da Linguística no Brasil na década de 60 são acontecimentos que provocaram profundas mudanças no fazer gramatical. A NGB, enquanto acontecimento discursivo, ao evidenciar determinados termos e silenciar outros, reestrutura a memória do discurso gramatical brasileiro, regulando a relação do sujeito com o dizível e instaurando uma nova formação discursiva dominante, a qual se sobrepôs às formações discursivas anteriores. No presente trabalho, partimos do pressuposto de que, apesar do efeito da censura imposta pela terminologia oficial, o discurso gramatical produzido após a sua instituição é constitutivamente da ordem do heterogêneo. Assim sendo, com base no aporte teórico da Análise de Discurso de Pêcheux e Orlandi e nos estudos do projeto História das Ideias Linguísticas, investigamos o funcionamento do discurso legitimado pela NGB nas gramáticas cuja publicação a sucederam, mais especificamente em sete gramáticas publicadas entre 1959 e 1969. Interessa-nos, portanto, com vistas a depreender a forma como se materializa a tensão entre os sentidos oficiais e os sentidos censurados, desnaturalizar o processo de (re)significação dos termos acolhidos pela NGB, depreendendo, assim, como os sentidos silenciados se fizeram significar na materialidade linguística das gramáticas