Use of reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) in molecular screening of Newcastle disease virus in poultry and free-living bird populations

The aim of this study was to evaluate a simple molecular method of reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) to differentiate Newcastle disease virus strains according to their pathogenicity, in order to use it in molecular screening of Newcastle disease virus in poultry and free-living bird populations. Specific primers were developed to differentiate LaSota-LS-(vaccine strain) and Sao Joao do Meriti-SJM-strain (highly pathogenic strain). Chickens and pigeons were experimentally vaccinated/infected for an in vivo study to determine virus shedding in feces. Validation of sensitivity and specificity of the primers (SJM and LS) by experimental models used in the present study and results obtained in the molecular analysis of the primers by BLAST made it possible to generalize results. The development of primers that differentiate the level of pathogenicity of NDV stains is very important, mainly in countries where real-time RT-PCR is still not used as a routine test. These primers were able to determine the presence of the agent and to differentiate it according to its pathogenicity. © 2012 Springer Science+Business Media B.V.

PRP8 intein in cryptic species of Histoplasma capsulatum: Evolution and phylogeny

The PRP8 intein is the most widespread intein among the Kingdom Fungi. This genetic element occurs within the prp8 gene, and is transcribed and translated simultaneously with the gene. After translation, the intein excises itself from the Prp8 protein by an autocatalytic splicing reaction, subsequently joining the N and C terminals of the host protein, which retains its functional conformation. Besides the splicing domain, some PRP8 inteins also have a homing endonuclease (HE) domain which, if functional, makes the intein a mobile element capable of becoming fixed in a population. This work aimed to study (1) The occurrence of this intein in Histoplasma capsulatum isolates (n=. 99) belonging to different cryptic species collected in diverse geographical locations, and (2) The functionality of the endonuclease domains of H. capsulatum PRP8 inteins and their phylogenetic relationship among the cryptic species. Our results suggest that the PRP8 intein is fixed in H. capsulatum populations and that an admixture or a probable ancestral polymorphism of the PRP8 intein sequences is responsible for the apparent paraphyletic pattern of the LAmA clade which, in the intein phylogeny, also encompasses sequences from LAmB isolates. The PRP8 intein sequences clearly separate the different cryptic species, and may serve as an additional molecular typing tool, as previously proposed for other fungi genus, such as Cryptococcus and Paracoccidioides. © 2013 Elsevier B.V.

Analysis of inteins in the Candida parapsilosis complex for simple and accurate species identification

Inteins are coding sequences that are transcribed and translated with flanking sequences and then are excised by an autocatalytic process. There are two types of inteins in fungi, mini-inteins and full-length inteins, both of which present a splicing domain containing well-conserved amino acid sequences. Full-length inteins also present a homing endonuclease domain that makes the intein a mobile genetic element. These parasitic genetic elements are located in highly conserved genes and may allow for the differentiation of closely related species of the Candida parapsilosis (psilosis) complex. The correct identification of the three psilosis complex species C. parapsilosis, Candida metapsilosis, and Candida orthopsilosis is very important in the clinical setting for improving antifungal therapy and patient care. In this work, we analyzed inteins that are present in the vacuolar ATPase gene VMA and in the threonyl-tRNA synthetase gene ThrRS in 85 strains of the Candida psilosis complex (46 C. parapsilosis, 17 C. metapsilosis, and 22 C. orthopsilosis). Here, we describe an accessible and accurate technique based on a single PCR that is able to differentiate the psilosis complex based on the VMA intein. Although the ThrRS intein does not distinguish the three species of the psilosis complex by PCR product size, it can differentiate them by sequencing and phylogenetic analysis. Furthermore, this intein is unusually present as both mini- and full-length forms in C. orthopsilosis. Additional population studies should be performed to address whether this represents a common intraspecific variability or the presence of subspecies within C. orthopsilosis. Copyright © 2013, American Society for Microbiology. All Rights Reserved.

Caracterização do modelo B6D2F1 para obesidade, diabetes e síndrome metabólica e sua potencialidade para terapia celular em lesão aguda

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Análise filogenética de Brachyplatytoma platynemum (Siluriformes: Pimelodidae)

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Ocorrência de anticorpos e caracterização genotípica de isolados de Toxoplasma gondii em pombos (Zenaida auriculata) de vida livre capturados em Londrina, Paraná

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Antifúngicos naturais e sintéticos: estudo dos mecanismos de ação em sistema de infecção in vitro empregando cepas de Cryptococcus

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Estudo microbiológico: amostragem de Cryptococcus sp em São José do Rio Preto/SP

Pós-graduação em Microbiologia - IBILCE

Desenvolvimento e aplicação de métodos sorológicos e moleculares para o diagnóstico da doença de Newcastle em pombos comuns (Columba livia)

Pós-graduação em Microbiologia Agropecuária - FCAV

Vila da Barca, das palafitas ao conjunto habitacional: análise sobre a (im)permanência dos moradores na área

Este trabalho apresenta uma reflexão sobre a atual orientação da política habitacional brasileira de intervir em áreas de assentamentos precários, sem a remoção dos moradores, de modo a garantir sua permanência nos locais infraestruturados. O eixo da investigação gira em torno da seguinte questão: em que medida a atual orientação da política habitacional brasileira de intervir em áreas de assentamentos precários, sem a remoção da população, garante efetivamente a permanência dos moradores nos referidos locais, particularmente no Projeto de Urbanização e Habitação da Vila da Barca. O estudo apóia-se em referenciais teóricos sobre a produção da cidade capitalista e a desigualdade de apropriação do solo urbano, processos estes que impactam diretamente na constituição dos assentamentos precários como espaço de moradia para as frações da classe trabalhadora brasileira, que não conseguem acessar o mercado privado da habitação, dado os mecanismos de formação de preços da terra urbanizada. A pesquisa foi desenvolvida com base no método dialético, tendo como procedimento metodológico o levantamento bibliográfico, documental e de campo, sendo entrevistados 35 moradores que foram remanejados pelo projeto urbanístico da Vila da Barca. Os resultados apontam que as formas precárias de moradia popular constituídas em áreas insalubres e inadequadas, como os cortiços, as favelas, e, no caso de Belém, as baixadas, historicamente, foram removidas de forma repressiva pelo poder público. Entende-se que os projetos urbanísticos padronizados desenvolvidos na atualidade e voltados para o atendimento da necessidade de moradia dos trabalhadores, ainda que apresentem em sua configuração o tema da permanência, preservam os interesses da produção da cidade capitalista e evidenciam a lógica de segregação sócio-espacial, pois não imprimem mudanças substantivas na realidade das famílias. Além disso, ao contrário do que é propagado pelo discurso estatal, a pesquisa realizada na Vila da Barca, demonstra que tais projetos não conseguem garantir a fixação dos moradores nos locais de intervenção, uma vez que desarticulam as estratégias de sobrevivência das famílias, que sem condições financeiras e impossibilitadas de arcarem com os custos da nova moradia (taxas de serviços urbanos), tendem a vender os imóveis que lhes foram destinados, reproduzindo em outros assentamentos precários as condições anteriores de vida. Desta forma, o Projeto da Vila da Barca, concebido para resolver a situação de moradia das famílias da área, gerou graves consequências para as mesmas, em especial, a desestruturação das atividades ocupacionais, demonstrando os limites da intervenção estatal de acordo com a lógica de produção da cidade capitalista.

Estratégias de modelagem de Go/No-go e verificação de sua necessidade para ocorrência de simetria em macacos-prego (Cebus apella)

A aprendizagem de relações condicionais bidirecionais (simetria) tem sido raramente demonstrada em não-humanos. Recentemente três estudos apresentaram dados positivos de repertórios comportamentais de simetria em pombos. Estes estudos apontaram como possíveis variáveis determinantes da emergência de simetria: 1) O treino misto de relações arbitrárias e de identidade simultaneamente e com um mesmo conjunto de estímulos; 2) O sujeito não ter sido exposto a treino prévio de qualquer tipo de relação com os mesmos estímulos; e 3) A utilização do procedimento de discriminação condicional sucessiva (Go/No-go). O presente estudo buscou averiguar a necessidade do uso de Go/No-go, aplicando as demais variáveis (treino misto e não exposição prévia), para a obtenção da emergência de simetria. Este estudo avaliou em dois macacos-prego (Cebus apella) a aprendizagem de relações arbitrárias e de identidade de estímulos apresentados na mesma sessão experimental e a emergência de simetria, utilizando dois procedimentos. Um sujeito (M18) foi treinado em tarefa de Go/Nogo com tentativas mistas de relações arbitrárias e relações de identidade, com o mesmo conjunto de estímulos. O sujeito passou por dois treinos Go/No-go que não foram bem sucedidos em estabelecer controle condicional. Um outro sujeito (M27) foi treinado em uma tarefa de emparelhamento ao modelo com atraso zero com tentativas mistas de relações de identidade e arbitrárias, com mesmo conjunto de estímulos. Esse segundo procedimento buscou averiguar a necessidade do uso do procedimento Go/No-go para a obtenção da emergência de simetria. As sessões de treino eram compostas por oito tentativas de identidade (quatro relações) e oito tentativas de relações arbitrárias (duas relações), apresentadas em seqüência randômica. Todas as tentativas tinham três escolhas entre as comparações. Posteriormente, M27 foi submetido a três testes (todos com reforço programado para todas as tentativas). O treino de linha de base mista (identidade e arbitrária) ocorreu em 14 sessões. O primeiro teste foi de simetria, em uma sessão de oito tentativas para cada uma das quatro relações de identidade, duas arbitrárias e duas de teste, totalizando 64 tentativas, cujo critério de desempenho era acertar sete das oito tentativas de cada relação. M27 teve 2 erros em uma das relações de identidade e acertou todas as demais, inclusive as de simetria. Para averiguar se havia uma coerência do controle de estímulos, foi feito o segundo teste no qual as respostas de escolha entre as comparações não podiam mais ser condicionais ao modelo, uma vez que se utilizou um mesmo estímulo novo no lugar dos modelos para todas as tentativas, tanto de linha de base quanto de teste. M27 cometeu três erros ao todo. Esse resultado pode indicar que havia uma relação de controle, não prevista: como dois pares de estímulos se alternavam na função S- em todas as tentativas, M27 pode ter aprendido a rejeitar esses dois pares de estímulos independente do modelo apresentado. De modo a averiguar se de fato não havia controle por seleção de acordo com o modelo, foi feito um teste apenas com duas comparações com as mesmas outras configurações do primeiro teste. M27 errou seis das 32 tentativas de linha de base de identidade, seis das 16 arbitrárias e seis das 16 de simetria. Os acertos foram, portanto, acima da linha do acaso, o que confirma parcialmente a hipótese acima e pode indicar a presença de um controle misto condicional e discriminativo entre os estímulos de comparação.

Caracterização morfológica e fenotípica de leveduras do gênero Cryptococcus com ênfase na pesquisa de Cryptococcus neoormans isoladas de amostras de água de mar e areia de três ambientes costeiros do estado de São Paulo: Canal de São Sebastião, Baixada Santista e Ubatuba

The yeast Cryptococcus neoformans is the etiologic agent of cryptococcosis, an infectious cosmopolitan disease that affects humans. Although rare, this disease is potentially fatal, especially for immunocompromised hosts. This pathogen is frequently isolated from excrements of pigeons and parrots, with many environmental sources such as birds, pigeon droppings, eucalyptus leaves, decaying trees, towers, churches and places of storage of grain (the port area). The isolation of this microorganism has been obtained also from the aquatic environment. The identification of environmental sources is needed to protect human health, especially susceptible populations such as immunocompromised. Therefore, this study investigated the presence of Cryptococcus neoformans in yeast isolates obtained from samples of sea water and sand from three regions of São Paulo: São Sebastião Channel, Santos and Ubatuba. Isolates were analyzed according to micro-and macroscopic characteristics and biochemical tests: microculture, urease, ink nankin, auxanograma, zymogram and phenol. We analyzed 199 isolates, 175 of which had features suggestive for Cryptococcus spp. in microculture. All these 175 isolates were sown in the Christensen urea middle to verify the production of urease and submitted to the technique nankin ink to visualize the capsule. Of these, only 24 were selected for the next test that was the auxanograma (assimilation of carbohydrate and nitrogen). Of the 24, 10 were tested in zymograms (fermented sugar), from which 5 were selected for the phenoloxidase test in medium containing dopamine. None of the 5 isolates tested had black or brown color characteristic of Cryptococcus neoformans. According to these tests, we arrived at 5 isolates identified to the genus Cryptococcus, but not the neoformans specie

Detecção e caracterização de Escherichia coli potencialmente patogênicas em aves selvagens e pombos-domésticos na cidade de Jaboticabal-SP

Pós-graduação em Microbiologia Agropecuária - FCAV

Ecologia do movimento e dinâmica espaço-temporal da onça-pintada (Panthera onca) no Pantanal sul do Brasil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Review of issues concerning the use of reproductive inhibitors, with particular emphasis on resolving human-wildlife conflicts in North America

This manuscript provides an overview of past wildlife contraception efforts and discusses the current state of research. Two fertility control agents, an avian reproductive inhibitor containing the active ingredient nicarbazin and an immunocontraceptive vaccine, have received regulatory approval with the Environmental Protection Agency and are commercially available in the USA. OvoControl G Contraceptive Bait for Canada Geese and Ovo Control for pigeons are delivered as oral baits. An injectable immunocontraceptive vaccine (GonaCon Immunocontraceptive Vaccine) was registered with the Environmental Protection Agency for use in female white-tailed deer in September 2009. An injectable product (GonaCon Immunocontraceptive Vaccine) is registered for use in female white-tailed deer. Both products are labeled for use in urban/suburban areas where these species are overabundant. Several other compounds are currently being tested for use in wildlife in the USA, Europe, Australia and New Zealand that could have promise in the future. The development and use of reproductive inhibitors for resolving human–wildlife conflicts will depend on a number of factors, including meeting the requirements of regulatory agencies for use in the environment and on the biological and economical feasibility of their use. Use will also be dependent on health and safety issues and on public acceptance of the techniques.