Etiologia e perfil de sensibilidade de bactérias isoladas de ovelhas com mastite na região Nordeste do estado do Pará

Objetivou-se com este trabalho estudar a etiologia da mastite em ovelhas na região nordeste do Pará, além de estabelecer o perfil de sensibilidade das bactérias isoladas frente a antimicrobianos. Foram examinadas 176 ovelhas da raça Santa Inês, em lactação, mantidas em sistema semi-intensivo, pertencentes a sete propriedades especializadas na criação de ovinos. Foi realizado o exame clínico da glândula mamária, o exame macroscópico da secreção láctea por meio do Teste da Caneca Telada, o California Mastitis Test (CMT), o exame microbiológico do leite e o antibiograma. Das 352 metades mamárias estudadas (176 ovelhas), 21 (5,97%) apresentaram mastite clínica, 26 (7,39%) apresentaram mastite subclínica e 305 (86,64%) metades mamárias foram negativas. A maioria dos animais acometidos pela mastite estava no terço médio da lactação, com menor número de crias e maior número de lactações. Na mastite clínica (MC) as bactérias isoladas foram Staphylococcus spp. coagulase negativo (42,9%); Staphylococcus aureus (9,52%); Streptococcus spp. (4,76%) e Escherichia coli (4,76%). As associações observadas foram Staphylococcus aureus e Streptococcus spp. (4,76%); Staphylococcus spp. coagulase negativo não hemolítica, Staphylococcus spp. coagulase negativo hemolítica e Staphylococcus spp. coagulase negativo pigmento não hemolítica (4,76%). Já na mastite subclínica (MSC), as bactérias isoladas foram Staphylococcus spp. coagulase negativo (26,9%); Staphylococcus aureus (15,4%); Streptococcus spp. (7,69%); Escherichia coli (7,69%) e Citrobacter freundii (11,5%). A associação observada foi Staphylococcus spp. coagulase negativo não hemolítica e Staphylococcus spp. coagulase negativo hemolítica (3,85%). Os antimicrobianos com maior eficácia contra os agentes isolados Gram positivos foram penicilina/novobiocina (100%), cefalotina (100%) e florfenicol (100%) e contra o Citrobacter freundii foram a ampicilina (100%) e florfenicol (100%). Já em relação a Escherichia coli, 66,7% dos isolados mostraram-se resistentes à ampicilina, cefalotina, florfenicol e tetraciclina. A mastite está presente em ovelhas no estado do Pará, havendo a necessidade de estimar, em estudos futuros, as perdas econômicas causadas por essa enfermidade. O CMT apresentou resultados satisfatórios, podendo ser recomendado como teste de triagem para o diagnóstico de casos individuais de mastite subclínica em ovinos, uma vez que apresentou boa relação com o exame microbiológico. No antibiograma foi observado que a maioria dos agentes isolados apresenta-se sensível aos diferentes antimicrobianos testados, sendo os antibióticos com melhor eficiência o florfenicol e a cefoxitina.

Bactérias do grupo do Bacillus cereus em leite e estudo enterotoxigênico das cepas isoladas

Pós-graduação em Medicina Veterinária - FCAV

Detecção do operon ica da produção de biofilme, gene mecA de resistência à oxacilina e identificação de espécies de Staphylococcus spp. diretamente dos frascos de hemoculturas pela técnica de PCR multiplex

Pós-graduação em Doenças Tropicais - FMB

Produção de biofilme por bastonetes gram negativos isolados de água de hemodiálise

No Brasil, 90% de pacientes com insuficiência renal crônica ou aguda dependem dos procedimentos de hemodiálise para remover produtos de degradação metabólica, excesso de água e de sais minerais do organismo, a fim de restaurar o equilíbrio ácido-base e eletrolítico. Entretanto, o processo de osmose reversa, que visa remover todos os íons da água, também remove o cloro, que exerce efeito bacteriostático sob diversas bactérias autóctones, que passam a se multiplicar na água. Entre os principais grupos dessas bactérias, estão os bastonetes Gram negativos não fermentadores (BGN) e os mais frequentemente associados a bacteremias, em pacientes de hemodiálise são Pseudomonas aeruginosa, Stenotrophomonas maltophilia e Burkholderia cepacia. Essas bactérias podem produzir biofilmes, o que torna sua eliminação do encanamento quase impossível. Assim, o objetivo do trabalho foi a análise de água e do dialisato, da Unidade de Hemodiálise de um Hospital Universitário, na pesquisa dos três BGNs citados. Também foram utilizadas 42 cepas previamente isoladas do mesmo local. Entre as 67 amostras de água, foram isoladas 8 cepas de Pseudomonas aeruginosa e as 50 cepas foram submetidas à pesquisa do gene rpoS, um dos responsáveis pela produção de biofilme. Esse gene foi observado em 20 (40%) cepas, sendo 16 (80%) P. aeruginosa, seguida por 3 (15%) cepas de S. maltophilia e 1 (5%) de B. cepacia. Essas cepas foram submetidas à produção de biofilme a 35ºC (temperatura ótima de crescimento) e a 20ºC (temperatura média da água no encanamento da Unidade de Hemodiálise), em aço inoxidável (material de muitos instrumentos cirúrgicos), PVC (matéria prima da tubulação) e plástico de poliestireno (capacidade de produção de biofilmes em diferentes materiais). Em poliestireno, somente 1 (5%) cepa de P. aeruginosa produziu biofilme a 35ºC e a 20ºC, 2 (10%) cepas foram... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Isolamento de cepas bacterianas degradadoras de hidrocarbonetos aromáticos

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Obtenção de consórcio de bactérias fotoheterotróficas geradoras de H2 visando sua produção em reator anaeróbio em batelada

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Identificação taxonômica e análise conexionista de bactérias heterotróficas e fatores abióticos de ambientes lóticos sob influência de efluentes do refino no petróleo

This study used a multi-analytical approach based on traditional microbiological methods for cultivation and isolation of heterotrophic bacteria in the laboratory associated with the molecular identification of the isolates and physicochemical analysis of environmental samples. The model chosen for data integration was supported by knowledge from computational neuroscience, and composed by three modules: (i) microbiological parameters, contemplating taxonomic data obtained from the partial sequencing of the 16S rRNA gene from 80 colonies of heterotrophic bacteria isolated by plating method in PCA media. For bacterial colonies isolation were used water samples from Atibaia and Jaguarí rivers collected at the site of water captation for use in effluent treatment, upstream from the entrance of treated effluent from the Paulínia refinery (REPLAN/Petrobras) located in the Paulínia-SP municipality, from the output of the biological treatment plant with stabilization pond and from the raw refinery wastewater; (ii) chemical parameters, ending measures of dissolved oxygen (DO), chemical oxygen demand (COD), biochemical oxygen demand (BOD), chloride, acidity CaCO3, alkalinity, ammonia, nitrite, nitrate, dissolved ions, sulfides, oils and greases; and (iii) physical parameters, comprising the pH determination, conductivity, temperature, transparency, settleable solids, suspended and soluble solids, volatile material, remaining fixing material (RFM), apparent color and turbidity. The results revealed interesting theoretical relationships involving two families of bacteria (Carnobacteriaceae and Aeromonadaceae). Carnobacteriaceae revealed positive theoretical relationships with COD, BOD, nitrate, chloride, temperature, conductivity and apparent color and negative theoretical relationships with the OD. Positive theoretical relationships were shown between Aeromonadaceae and OD and nitrate, while this bacterial family showed negative theoretical...

Identificação taxonômica e análise conexionista de bactérias heterotróficas e fatores abióticos de ambientes lóticos sob influência de efluentes do refino no petróleo

This study used a multi-analytical approach based on traditional microbiological methods for cultivation and isolation of heterotrophic bacteria in the laboratory associated with the molecular identification of the isolates and physicochemical analysis of environmental samples. The model chosen for data integration was supported by knowledge from computational neuroscience, and composed by three modules: (i) microbiological parameters, contemplating taxonomic data obtained from the partial sequencing of the 16S rRNA gene from 80 colonies of heterotrophic bacteria isolated by plating method in PCA media. For bacterial colonies isolation were used water samples from Atibaia and Jaguarí rivers collected at the site of water captation for use in effluent treatment, upstream from the entrance of treated effluent from the Paulínia refinery (REPLAN/Petrobras) located in the Paulínia-SP municipality, from the output of the biological treatment plant with stabilization pond and from the raw refinery wastewater; (ii) chemical parameters, ending measures of dissolved oxygen (DO), chemical oxygen demand (COD), biochemical oxygen demand (BOD), chloride, acidity CaCO3, alkalinity, ammonia, nitrite, nitrate, dissolved ions, sulfides, oils and greases; and (iii) physical parameters, comprising the pH determination, conductivity, temperature, transparency, settleable solids, suspended and soluble solids, volatile material, remaining fixing material (RFM), apparent color and turbidity. The results revealed interesting theoretical relationships involving two families of bacteria (Carnobacteriaceae and Aeromonadaceae). Carnobacteriaceae revealed positive theoretical relationships with COD, BOD, nitrate, chloride, temperature, conductivity and apparent color and negative theoretical relationships with the OD. Positive theoretical relationships were shown between Aeromonadaceae and OD and nitrate, while this bacterial family showed negative theoretical...

Detecção de Enterococcus resistentes a vancomicina em criações comerciais de ovinos e caprinos das regiões centro-leste e nordeste do Estado de São Paulo

As exigências das condições higiênico-sanitárias na produção de animais de interesse zootécnico vêm aumentando progressivamente dada à necessidade de aliar-se produtividade a produtos de alta qualidade para atender a mercados consumidores cada vez mais exigentes. Nesse sentido, a utilização de antimicrobianos, tanto na profilaxia como na terapêutica, permanece como estratégia de controle para vários microrganismos patogênicos, de importância não apenas para a produção animal como também para a saúde humana, ainda que restrições ao uso indiscriminado desses produtos têm se intensificado. Não obstante, o uso excessivo desses produtos está associado à seleção de microrganismos resistentes nas áreas de produção. Por outro lado, investigações sobre circulação de cepas resistentes em rebanhos animais, até então restritas a populações humanas, ainda permanecem limitadas no Brasil. Bactérias do gênero Enterococcus, integrantes usuais da microbiota gastrointestinal animal e humana, são indicadoras ambientais de contaminação fecal e tem-se tornado objeto de preocupação em saúde pública e veterinária dada a ocorrência de cepas resistentes à vancomicina (VRE). O presente trabalho teve como objetivo isolar, quantificar e caracterizar VRE presentes em amostras fecais de ovinos oriundos de pequenas propriedades das regiões centro-leste e nordeste do estado de São Paulo. Para tanto, 132 amostras fecais foram coletadas diretamente do reto dos animais ou do piso das instalações. As amostras foram semeadas em ágar m-Enterococcus e subcultivadas em Ágar Bile Esculina acrescido de 6 µg/mL de vancomicina (ABEV), para confirmação de Enterococcus spp e detecção de cepas resistentes. Procedeu-se igualmente a observação da morfologia, características tintoriais, bioquímicas e moleculares. O número máximo de Enterococcus spp. encontrado foi de 2,6 × 105 e 1,70 × 105 UFC/g de fezes do ambiente e dos animais, respectivamente. Na caracterização bioquímica espécies mais prevalentes foram: Enterococcus faecalis e Vagococcus fluvialis. No ABEV, houve crescimento de colônias VRE em 33 das 84 amostras de ovinos-caprinos e em 21 das 48 amostras ambientais, representando, respectivamente 46,7% e 29,3% das amostras analisadas. A análise por multiplex PCR das 54 cepas VRE obtidas indicaram que 23 (43%), 22 (41%), 2 (3,5%) e 2 (3,5%) foram positivas, respectivamente, para os genes vanC2/C3, vanC1, vanA e vanB, sendo que para 5,3% dos isolados nenhum produto foi amplificado, sugerindo a possível ocorrência de genes dos demais grupos van conhecidos entre os isolados. Os resultados obtidos indicam, de forma inédita no país, a circulação de VRE em propriedades produtoras de ovinos e caprinos, sem ocorrência de manifestações clínicas aparentes nos animais, porém com possíveis riscos à saúde dos produtores e profissionais envolvidos, bem como a eventuais consumidores.

Hemoculturas positivas num serviço de pediatria: 2003-2012

Introdução: Em situações clínicas selecionadas é aconselhada investigação complementar da criança com febre, nomeadamente realização de hemocultura. Objetivos: Analisar as hemoculturas positivas por bactérias patogénicas num serviço de pediatria, nomeadamente agentes mais frequentes, sua evolução, respetivos antibiogramas e correlação com dados clínicos. Material e Métodos: Estudo retrospetivo de dados micro- biológicos das bactérias patogénicas isoladas em hemoculturas e dados clínicos de crianças com idade entre um mês e 17 anos, admitidas num serviço de pediatria, entre 2003 e 2012. Resultados: No período estudado, a percentagem anual de hemoculturas positivas por bactérias potencialmente patogénicas variou entre 0,8% e 2,9%. No total isolaram-se 158 bactérias patogénicas, sendo mais frequentes: Staphylococcus aureus (29,1%), Streptococcus pneumoniae (27,8%), Escherichia coli (10,1%), Enterococcus faecalis (8,2%), Neisseria meningitidis (5,7%) e Streptococcus pyogenes (5,7%). Nenhuma Neisseria meningitidis foi resistente à resistente à ampicilina, 9% dos Streptococcus pneumoniae tiveram resistência intermédia à penicilina, 8,7% dos Staphylococcus aureus tiveram resistência à meticilina e 6,3% das Escherichia coli tinham resistência à amoxicilina/ácido clavulânico. Sessenta e sete porcento das hemoculturas positivas por bactérias patogénicas correspondiam a crianças com idade inferior a 36 meses. Os diagnósticos mais relevantes foram: bacteriémia oculta, pneumonia, sépsis, meningite e pielonefrite. Ocorreu um óbito devido a choque sético (Streptococcus pneumoniae). Conclusão: Nos 10 anos analisados, as bactérias mais frequentes foram: Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae e Escherichia coli. Verificou-se diminuição da incidência da Neisseria meningitidis após 2005 e do Streptococcus pneumoniae após 2007. As suscetibilidades das diferentes bactérias patogénicas aos antimicrobianos mantiveram-se estáveis. Enfatiza-se a importância epidemiológica e clínica da monitorização de dados microbiológicos.

Avaliação do potencial de formigas (Hymenoptera: formicidae) como vetores mecânicos de bactérias do gêneroSstaphylococcus no ambiente hospitalar.

In a hospital environment, these bacteria can be spread by insects such as ants, which are characterized by high adaptability to the urban environment. Staphylococcus is a leading cause of hospital infection. In Europe, Latin America, USA and Canada, the group of coagulase negative staphylococci (CoNS) is the second leading cause of these infections, according to SENTRY (antimicrobial surveillance program- EUA). In this study, we investigated the potential of ants (Hymenoptera: Formicidae) as vehicle mechanics of Staphylococcus bacteria in a public hospital, in Natal-RN. The ants were collected, day and night, from June 2007 to may 2008, in the following sectors: hospitals, laundry, kitchen, blood bank. The ants were identified according to the identification key of Bolton, 1997. For the analysis of staphylococci, the ants were incubated in broth Tryptic Soy Broth (TSB) for 24 hours at 35 º C and then incubated on Mannitol Salt Agar. The typical colonies of staphylococci incubated for 24 hours at 35 ° C in Tryptic Soy Agar for the characterization tests (Gram stain, catalase, susceptibility to bacitracin and free coagulase). The identification of CoNS was performed through biochemical tests: susceptibility to novobiocin, growth under anaerobic conditions, presence of urease, the ornithine decarboxylation and acid production from the sugars mannose, maltose, trehalose, mannitol and xylose. The antimicrobial susceptibility examined by disk-diffusion technique. The technique of Polymerase Chain Reaction was used to confirm the presence of mecA gene and the ability to produce biofilm was verified by testing in vitro using polystyrene inert surface, in samples of resistant staphylococci. Among 440 ants, 85 (19.1%) were carrying coagulase-negative staphylococci (CoNS) of the species Staphylococcus saprophyticus (17), Staphylococcus epidermidis (15), Staphylococcus xylosus (13), Staphylococcus hominis hominis (10), Staphylococcus lugdunensis (10), Staphylococcus warneri (6), Staphylococcus cohnii urealyticum (5), Staphylococcus haemolyticus (3), Staphylococcus simulans (3), Staphylococcus cohnii cohnii (2), and Staphylococcus capitis (1). No Staphylococcus aureus was found. Among the isolates, 30.58% showed resistance to erythromycin. Two samples of CoNS (2.35%), obtained from the ant Tapinoma melanocephalum collected in the post-surgical female ward, S. Hominis hominis and S. lugdunensis harbored the mecA gene and were resistant to multiple antibiotics, and the specie S. hominis hominis even showed to be a biofilm producer. This study proves that ants act as carriers of multidrug-resistant coagulase-negative Staphylococci and biofilm producers and points to the risk of the spreading of pathogenic microorganisms by this insect in the hospital environment

Cough-generated aerosols of Pseudomonas aeruginosa and other Gram Negative Bacteria from cystic fibrosis patients.

Background: Pseudomonas aeruginosa is the most common bacterial pathogen in cystic fibrosis (CF) patients. Current infection control guidelines aim to prevent transmission via contact and respiratory droplet routes and do not consider the possibility of airborne transmission. We hypothesized that with coughing, CF subjects produce viable, respirable bacterial aerosols. Methods: Cross-sectional study of 15 children and 13 adults with CF, 26 chronically infected with P. aeruginosa. A cough aerosol sampling system enabled fractioning of respiratory particles of different size, and culture of viable Gram negative non-fermentative bacteria. We collected cough aerosols during 5 minutes voluntary coughing and during a sputum induction procedure when tolerated. Standardized quantitative culture and genotyping techniques were used. Results: P. aeruginosa was isolated in cough aerosols of 25 (89%) subjects of whom 22 produced sputum samples. P. aeruginosa from sputum and paired cough aerosols were indistinguishable by molecular typing. In 4 cases the same genotype was isolated from ambient room air. Approximately 70% of viable aerosols collected during voluntary coughing were of particles ≤ 3.3 microns aerodynamic diameter. P. aeruginosa, Burkholderia cenocepacia Stenotrophomonas maltophilia and Achromobacter xylosoxidans were cultivated from respiratory particles in this size range. Positive room air samples were associated with high total counts in cough aerosols (P=0.003). The magnitude of cough aerosols were associated with higher FEV1 (r=0.45, P=0.02) and higher quantitative sputum culture results (r=0.58, P=0.008). Conclusion: During coughing, CF patients produce viable aerosols of P. aeruginosa and other Gram negative bacteria of respirable size range, suggesting the potential for airborne transmission.

Word Segmentation for Chinese Wikipedia Using N-Gram Mutual Information

In this paper, we propose an unsupervised segmentation approach, named "n-gram mutual information", or NGMI, which is used to segment Chinese documents into n-character words or phrases, using language statistics drawn from the Chinese Wikipedia corpus. The approach alleviates the tremendous effort that is required in preparing and maintaining the manually segmented Chinese text for training purposes, and manually maintaining ever expanding lexicons. Previously, mutual information was used to achieve automated segmentation into 2-character words. The NGMI approach extends the approach to handle longer n-character words. Experiments with heterogeneous documents from the Chinese Wikipedia collection show good results.

Renal bioenergetics during early gram-negative mammalian sepsis and angiotensin II infusion

Purpose: To measure renal adenosine triphosphate (ATP) (bioenergetics) during hypotensive sepsis with or without angiotensin II (Ang II) infusion. Methods: In anaesthetised sheep implanted with a renal artery flow probe and a magnetic resonance coil around one kidney, we induced hypotensive sepsis with intravenous Escherichia coli injection. We measured mean arterial pressure (MAP), heart rate, renal blood flow RBF and renal ATP levels using magnetic resonance spectroscopy. After 2 h of sepsis, we randomly assigned sheep to receive an infusion of Ang II or vehicle intravenously and studied the effect of treatment on the same variables. Results: After E. coli administration, the experimental animals developed hypotensive sepsis (MAP from 92 ± 9 at baseline to 58 ± 4 mmHg at 4 h). Initially, RBF increased, then, after 4 h, it decreased below control levels (from 175 ± 28 at baseline to 138 ± 27 mL/min). Despite decreased RBF and hypotension, renal ATP was unchanged (total ATP to inorganic phosphate ratio from 0.69 ± 0.02 to 0.70 ± 0.02). Ang II infusion restored MAP but caused significant renal vasoconstriction. However, it induced no changes in renal ATP (total ATP to inorganic phosphate ratio from 0.79 ± 0.03 to 0.80 ± 0.02). Conclusions:During early hypotensive experimental Gram-negative sepsis, there was no evidence of renal bioenergetic failure despite decreased RBF. In this setting, the addition of a powerful renal vasoconstrictor does not lead to deterioration in renal bioenergetics.

Enhanced n-gram extraction using relevance feature discovery

Guaranteeing the quality of extracted features that describe relevant knowledge to users or topics is a challenge because of the large number of extracted features. Most popular existing term-based feature selection methods suffer from noisy feature extraction, which is irrelevant to the user needs (noisy). One popular method is to extract phrases or n-grams to describe the relevant knowledge. However, extracted n-grams and phrases usually contain a lot of noise. This paper proposes a method for reducing the noise in n-grams. The method first extracts more specific features (terms) to remove noisy features. The method then uses an extended random set to accurately weight n-grams based on their distribution in the documents and their terms distribution in n-grams. The proposed approach not only reduces the number of extracted n-grams but also improves the performance. The experimental results on Reuters Corpus Volume 1 (RCV1) data collection and TREC topics show that the proposed method significantly outperforms the state-of-art methods underpinned by Okapi BM25, tf*idf and Rocchio.