Microsatellite standardization and evaluation of genotyping error in a large multi-partner research programme for conservation of Atlantic salmon (Salmo salar L.).

Microsatellite genotyping is a common DNA characterization technique in population, ecological and evolutionary genetics research. Since different alleles are sized relative to internal size-standards, different laboratories must calibrate and standardize allelic designations when exchanging data. This interchange of microsatellite data can often prove problematic. Here, 16 microsatellite loci were calibrated and standardized for the Atlantic salmon, Salmo salar, across 12 laboratories. Although inconsistencies were observed, particularly due to differences between migration of DNA fragments and actual allelic size ('size shifts'), inter-laboratory calibration was successful. Standardization also allowed an assessment of the degree and partitioning of genotyping error. Notably, the global allelic error rate was reduced from 0.05 ± 0.01 prior to calibration to 0.01 ± 0.002 post-calibration. Most errors were found to occur during analysis (i.e. when size-calling alleles; the mean proportion of all errors that were analytical errors across loci was 0.58 after calibration). No evidence was found of an association between the degree of error and allelic size range of a locus, number of alleles, nor repeat type, nor was there evidence that genotyping errors were more prevalent when a laboratory analyzed samples outside of the usual geographic area they encounter. The microsatellite calibration between laboratories presented here will be especially important for genetic assignment of marine-caught Atlantic salmon, enabling analysis of marine mortality, a major factor in the observed declines of this highly valued species.

Small animal image-guided radiotherapy: status, considerations and potential for translational impact.

Radiation biology is being transformed by the implementation of small animal image-guided precision radiotherapy into pre-clinical research programmes worldwide. We report on the current status and developments of the small animal radiotherapy field, suggest criteria for the design and execution of effective studies and contend that this powerful emerging technology, used in combination with relevant small animal models, holds much promise for translational impact in radiation oncology.

Step by step: reconstruction of terrestrial animal movement paths by dead-reckoning

BACKGROUND: Research on wild animal ecology is increasingly employing GPS telemetry in order to determine animal movement. However, GPS systems record position intermittently, providing no information on latent position or track tortuosity. High frequency GPS have high power requirements, which necessitates large batteries (often effectively precluding their use on small animals) or reduced deployment duration. Dead-reckoning is an alternative approach which has the potential to 'fill in the gaps' between less resolute forms of telemetry without incurring the power costs. However, although this method has been used in aquatic environments, no explicit demonstration of terrestrial dead-reckoning has been presented.

RESULTS: We perform a simple validation experiment to assess the rate of error accumulation in terrestrial dead-reckoning. In addition, examples of successful implementation of dead-reckoning are given using data from the domestic dog Canus lupus, horse Equus ferus, cow Bos taurus and wild badger Meles meles.

CONCLUSIONS: This study documents how terrestrial dead-reckoning can be undertaken, describing derivation of heading from tri-axial accelerometer and tri-axial magnetometer data, correction for hard and soft iron distortions on the magnetometer output, and presenting a novel correction procedure to marry dead-reckoned paths to ground-truthed positions. This study is the first explicit demonstration of terrestrial dead-reckoning, which provides a workable method of deriving the paths of animals on a step-by-step scale. The wider implications of this method for the understanding of animal movement ecology are discussed.

Projeto de conceito e estrutura de website para o combate ao abandono animal em Portugal

Trabalho de projeto apresentado à Escola Superior de Comunicação Social como parte dos requisitos para obtenção de grau de mestre em Publicidade e Marketing.

Development of human central nervous system 3D in vitro models for preclinical research

Neurological disorders are a major concern in modern societies, with increasing prevalence mainly related with the higher life expectancy. Most of the current available therapeutic options can only control and ameliorate the patients’ symptoms, often be-coming refractory over time. Therapeutic breakthroughs and advances have been hampered by the lack of accurate central nervous system (CNS) models. The develop-ment of these models allows the study of the disease onset/progression mechanisms and the preclinical evaluation of novel therapeutics. This has traditionally relied on genetically engineered animal models that often diverge considerably from the human phenotype (developmentally, anatomically and physiologically) and 2D in vitro cell models, which fail to recapitulate the characteristics of the target tissue (cell-cell and cell-matrix interactions, cell polarity). The in vitro recapitulation of CNS phenotypic and functional features requires the implementation of advanced culture strategies that enable to mimic the in vivo struc-tural and molecular complexity. Models based on differentiation of human neural stem cells (hNSC) in 3D cultures have great potential as complementary tools in preclinical research, bridging the gap between human clinical studies and animal models. This thesis aimed at the development of novel human 3D in vitro CNS models by integrat-ing agitation-based culture systems and a wide array of characterization tools. Neural differentiation of hNSC as 3D neurospheres was explored in Chapter 2. Here, it was demonstrated that human midbrain-derived neural progenitor cells from fetal origin (hmNPC) can generate complex tissue-like structures containing functional dopaminergic neurons, as well as astrocytes and oligodendrocytes. Chapter 3 focused on the development of cellular characterization assays for cell aggregates based on light-sheet fluorescence imaging systems, which resulted in increased spatial resolu-tion both for fixed samples or live imaging. The applicability of the developed human 3D cell model for preclinical research was explored in Chapter 4, evaluating the poten-tial of a viral vector candidate for gene therapy. The efficacy and safety of helper-dependent CAV-2 (hd-CAV-2) for gene delivery in human neurons was evaluated, demonstrating increased neuronal tropism, efficient transgene expression and minimal toxicity. The potential of human 3D in vitro CNS models to mimic brain functions was further addressed in Chapter 5. Exploring the use of 13C-labeled substrates and Nucle-ar Magnetic Resonance (NMR) spectroscopy tools, neural metabolic signatures were evaluated showing lineage-specific metabolic specialization and establishment of neu-ron-astrocytic shuttles upon differentiation. Chapter 6 focused on transferring the knowledge and strategies described in the previous chapters for the implementation of a scalable and robust process for the 3D differentiation of hNSC derived from human induced pluripotent stem cells (hiPSC). Here, software-controlled perfusion stirred-tank bioreactors were used as technological system to sustain cell aggregation and dif-ferentiation. The work developed in this thesis provides practical and versatile new in vitro ap-proaches to model the human brain. Furthermore, the culture strategies described herein can be further extended to other sources of neural phenotypes, including pa-tient-derived hiPSC. The combination of this 3D culture strategy with the implemented characterization methods represents a powerful complementary tool applicable in the drug discovery, toxicology and disease modeling.

"Re-huminization": the role of human-animal similarity in predicting prejudice towards immigrants and non-human animals

Research implies that there ~ay be an association between attitudes toward margil1alized human outgroups and non-human animals. Very few studies, however, have specifically tested this relation empirically. The general purpose of the present research was to determine if such a relation exists and if perceptions of human-animal similarity avail as a common predictor of both types of attitudes. Ideological orientations associated with prejudiced attitudes (Social Dominance Orientation, Right-Wing Authoritarianism, and Universal Orientation) were also examined as individual differences in predicting perceptions of human-animal similarity. As predicted, people who endorsed prejudiced attitudes toward human outgroups (Study 1) and immigrants in particular (Studies 2 and 3), were more likely to endorse prejudiced attitudes toward non-human animals. In Study 2, perceptions that humans are superior (versus similar) to other animals directly predicted higher levels of prejudice toward non-human animals, whereas the effect of human superiority beliefs on immigrant prejudice was mediated by dehumanization. In other words, greater perceptions of humans as superior (versus similar) to other animals "allowed for" greater dehumanization of immigrants, which in turn resulted in heightened immigrant prejudice. Furthermore, people higher in Social Dominance Orientation or Right-Wing Authoritarianism were particularly likely to perceive humans as superior (versus similar) to other animals, whereas people characterized by a greater Universal Orientation were more likely to perceive humans and non-human animals as similar. Study 3 examined whether inducing perceptions of human-animal similarity through experimental manipulation would lead to more favourable attitudes toward non-human animals and immigrants. Participants were randomly assigned to read one of four 11 editorials designed to highlight either the similarities or differences between humans and other animals (i.e., animals are similar to humans; humans are similar to animals;~~nimals are inferior to humans; humans are superior to animals) or to a neutral control condition. Encouragingly, when animals were described as similar to humans, prejudice towards non-human animals and immigrants was significantly lower, and to some extent this finding was also true for people naturally high in prejudice (i.e., high in Social Dominance Orientation or Right-Wing Authoritarianism). Inducing perceptions that nonhuman animals are similar to humans was particularly effective at reducing the tendency to dehumanize immigrants ("re-humanization"), lowering feelings of personal threat regarding one's animal-nature, and at increasing inclusive intergroup representations and empathy, all of which uniquely accounted for the significant decreases in prejudiced attitudes. Implications for research, theory and prejudice interventions are considered.

"Everyone Loves Marineland!" (?): Entertainment Animal Advocacy, Praxis, and Resisting Corporate Repression

Following allegations and graphic evidence of animal cruelty and neglect documented by ex-employee whistleblowers of Marineland Canada to the Toronto Star newspaper in late 2012, the ethics surrounding animal captivity have been increasingly contested in regional public discourse. Animal advocates in the Niagara region and beyond have been compelled to demand change at the infamous local captive animal park— whether it be welfare-oriented reform, or radical animal liberation. With this as a backdrop, this research explores the ideologies, experiences, and strategic tactics of anti-Marineland animal advocates; the sociopolitical issues surrounding the largely unexamined but serious issue of imprisoned animals as entertainers; and the ensuing governmental and corporatist attempts to squash dissent of anti-Marineland critics. Situated within a Critical Animal Studies theoretical paradigm as well as a flourishing global anti-captivity critique inspired by the film Blackfish, this project employs semi-structured interviews and participant observation methodologies to analyze advocates' views on captivity under capitalism and the effectiveness of their praxes. Finally, this research illuminates the nuances of the conventionally-upheld dualistic theoretical debate of animal welfare versus animal rights within zoo and aquaria entertainment contexts through an exploratory examination of advocates' complex ideological views.

Legal aspects of animal-human combinations in Canada

This article examines the current legal regime applicable to animal-human combinations under the Assisted Human Reproduction Act (Canada). The Act prohibits as criminal offences the use of non-human reproductive material in humans, the use in humans of human reproductive material previously transplanted into a non-human life form, the creation of chimeras made from human embryos, and the creation for reproductive purposes of human/non-human hybrids. Additional animal-human combinations, such as transgenic life forms, may be regulated pursuant to section 11 of the Act in the future. The underlying concerns of the Act in establishing this regime appear to be the protection of human health and safety, human dignity and individuality, and the human genome. The Act seems calibrated to prohibit the creation of animal-human combinations that are currently unsafe and scientifically and ethically problematic, while leaving open the possibility of regulating other such combinations with more immediate scientific potential, although these also raise ethical questions. Currently, certain differences subsist in Canada between what is permissible for researchers and institutions funded by federal agencies and those in privately funded research. The development of the regulatory framework under the Act will reveal how freedom of research will be balanced against the need for scientifically valid and ethically justifiable research, and whether these differences will continue to apply.

Caractérisation d'un modèle animal de douleur articulaire associée à l'arthrose du genou chez le rat Sprague-Dawley

La douleur articulaire associée à l’arthrose est un problème clinique majeur, spécialement chez les personnes âgées. L’intensité de la douleur est souvent amplifiée lors de mouvement de l’articulation et principalement lors du soutien de la charge corporelle sur le membre lésé. Malheureusement, les traitements pharmacologiques proposés sont trop souvent associés à des effets secondaires néfastes et à une inefficacité pour le soulagement de la douleur à long terme. Divers modèles murins sont utilisés en laboratoire de recherche pour des études précliniques de molécules aux propriétés analgésiques. Une évaluation comparative de la réponse comportementale douloureuse des animaux d’un modèle d’instabilité articulaire induit par le sectionnement du ligament croisé antérieur accompagné d’une méniscectomie partielle (le modèle ACLT+pMMx) et d’un modèle de dégénérescence articulaire induite par le monoiodoacetate (le modèle MIA) a permis de sélectionner un modèle approprié pour la continuité du projet. Les deux modèles ont démontré des lésions tissulaires, mais le modèle MIA a démontré une réponse douloureuse plus prononcée que le modèle ACLT+pMMx. Par l’analyse de la démarche, le modèle MIA a démontré une boiterie claire dans le patron de la démarche des animaux qui est associée à une lésion unilatérale. Le modèle MIA a donc été choisi pour la suite du projet. La problématique principale dans la recherche sur la douleur associée à l’arthrose est une compréhension incomplète des mécanismes de douleur responsables de l’induction et du maintien de l’état de douleur. Il devient donc nécessaire d’améliorer nos connaissances de ces mécanismes en effectuant une caractérisation plus approfondie des modèles animaux employés pour l’évaluation de stratégies pharmacologiques analgésiantes. Afin de bien comprendre le modèle MIA, une caractérisation des événements moléculaires centraux lors de la progression du processus dégénératif des structures articulaires de ce modèle s’est effectuée aux jours 3, 7, 14, 21 et 28 post injection. Des mécanismes hétérogènes qui modulent l’information nociceptive en fonction de la progression temporelle de la pathologie ont été observés. Les changements du contenu i spinal des neuropeptides sélectionnés (substance P, CGRP, dynorphine A et Big dynorphine) ont débuté sept jours suivant l’injection de MIA. L’observation histologique a démontré que les dommages structuraux les plus importants surviennent entre les jours 14 et 21. C’est entre les jours 7 et 21 que les lésions démontrent le plus de similarités à la pathologie humaine. Cela suggère que lors d’une évaluation préclinique d’un traitement pharmacologique pour pallier la douleur articulaire utilisant le modèle MIA, l’étude doit tenir compte de ces événements afin de maximiser l’évaluation de son efficacité. Puisque les traitements pharmacologiques conventionnels proposés pour le soulagement de la douleur ne font pas l’unanimité en terme d’efficacité, d’effets non désirés et de coûts monétaires parfois onéreux, les molécules de dérivés de plante deviennent une alternative intéressante. L’eugénol, le principal constituant de l’huile de clou de girofle, a été administré oralement pour une période de 28 jours chez des rats ayant reçu l’injection intra-articulaire de MIA afin d’évaluer son efficacité pour le traitement de la douleur articulaire. L’eugénol à une dose de 40 mg/kg s’est révélé efficace pour l’amélioration du patron de la démarche des animaux ainsi que pour la diminution de l’allodynie mécanique secondaire. De plus, les concentrations spinales de neuropeptides pronocicepteurs ont diminué chez les animaux traités. Par une évaluation histopathologique, l’eugénol n’a démontré aucune évidence d’effets toxiques suite à une administration per os quotidienne pour une période prolongée. Ces résultats suggèrent le potentiel thérapeutique complémentaire de la molécule d’eugénol pour le traitement de la douleur articulaire.

Aportes del Aprendizaje Basado en Problemas (ABP) en la enseñanza de la Fisiología Animal en un programa de Zootecnia

En partant de quelques difficultés observées autour des aspects de la conceptualisation technoscientifique et de l’intégration de la de la théorie et la pratique dans l’apprentissage de la physiologie animale chez les étudiants du programme de Zootechnie de l’Université Nationale de Colombie, siège Medellín, cette recherche propose une stratégie didactique s’appuyant sur la méthode de l’Apprentissage Basé sur les Problèmes (ABP), appliquée spécifiquement aux sujets de thermorégulation et stress physiologique des animaux domestiques. Dans cette étude de cas on a travaillé avec un échantillon de huit étudiants à qui on a présenté dès la première session un problème didactique pour être résolu à travers le cours. Afin d’évaluer le processus on a réalisé trois enquêtes nommées Épreuves de Niveau de Formulation (NF) réalisées à différents moments de l’essai : l’une avant de commencer avec le sujet (NF 1), l’autre après la troisième classe théorique donnée et avant de faire la pratique sur le terrain (NF 2), et l’autre à la fin du processus (NF 3). Finalement on a réalisé des entretiens individuels avec chaque étudiant afin de connaître sa perception concernant la méthode. L’information obtenue a été soumise à une analyse qualitative et par des correspondances, par le biais du programme QDA Miner à travers de la révision et codification des textes provenants des enquêtes et de l’entretien individuel, complétés à leur tour par des observations sur le terrain, en analysant le changement conceptuel, la relation théorie-pratique et les correspondances entre les variables et les catégories établies. Parmi les principaux résultats obtenus on souligne le fait qu’après avoir appliqué l’ABP dans ce cours de Physiologie Animale le changement conceptuel a été favorisé et le problème formulé a servi comme connecteur entre la théorie et la pratique. En outre, on a observé la fusion des connaissances préalables avec les nouveaux acquis, l’apprentissage significatif, l’amélioration du niveau de formulation et l’augmentation de la scientificité des définitions; également il a mené à la solution viii de problèmes et à surmonter les obstacles épistémologiques comme la pluridisciplinarité et la non-linéarité. Il reste comme recommandation celle d’évaluer cette méthode dans d’autres sujets de la Physiologie Animale, dans d’autres sciences, dans des échantillons d’une taille majeure, ainsi comme approcher le sujet de l’évaluation appliquée directement à cette méthode.

La protection de l'animal en droit constitutionnel

L'étude porte sur une norme juridique déterminée, identifiée par sa valeur ­ constitutionnelle ­ et par son objet ­ qui est de protéger l'animal pour lui-même. La recherche a été conduite sans délimitation a priori du champ des pays étudiés. Il n'y a pas eu à proprement parler de choix des pays puisque tous ont été intégrés à la présente étude, sans critère d'exclusion ou de discrimination (tel que le niveau de développement ou le type de système juridique dont ils relèvent). Les Constitutions actuellement en vigueur de tous les Etats unitaires ou fédéraux ont été passées au crible de l'analyse. En revanche, les Constitutions des entités fédérées n'ont pas fait l'objet d'une analyse systématique mais seulement d'une étude sélective. L'objectif de la recherche était de réaliser une étude générale en apportant des réponses aux interrogations suivantes : quelles sont les normes constitutionnelles de protection de l'animal ? Pourquoi et comment ont-elles été adoptées ? Quelle est leur portée dans les ordres juridiques concernés ? De cette recherche ressortent principalement trois enseignements. Premièrement, le phénomène de la consécration de normes constitutionnelles de protection de l'animal est récent et en plein développement. Deuxièmement, ces normes présentent des formulations différentes et procèdent de deux considérations distinctes : le respect de l'animal en Inde, la prise en compte de sa sensibilité dans les autres pays (essentiellement les pays occidentaux). Troisièmement, ces normes revêtent le plus souvent la nature d'objectif constitutionnel, ce qui leur permet de justifier au nom du respect, du bien-être ou de la protection de l'animal les limitations apportées aux droits constitutionnels, notamment la liberté du commerce, la liberté artistique et la liberté de la recherche.

A la rencontre de l'animal sauvage : dynamiques, usages et enjeux du récréotourisme faunique

Historiquement, les animaux sauvages ont toujours représenté une ressource pour les hommes, assurant la sécurité alimentaire des sociétés locales et traditionnelles. L’exploitation touristique de la faune implique dès lors une évolution dans les modes de vie, la culture et les identités locales. L’objectif de cette recherche doctorale est d’analyser le récréotourisme faunique. Les activités récréotouristiques autour de la faune sauvage traduisent une requalification de la ressource faune, ce qui a des impacts à la fois sur les espaces humains et non humains, les jeux de construction territoriale et sur les rapports développés à la faune sauvage. Ce travail analyse les rapports que les sociétés entretiennent avec la faune sauvage à travers les activités récréotouristiques de chasse et de vision. Ces deux formes de tourisme sont généralement opposées car le tourisme de vision est présenté comme un usage non-consomptif de la ressource alors que le tourisme de chasse est reconnu comme un usage consomptif de la ressource. Dépassant certaines idées reçues sur les pratiques de la chasse et une approche manichéenne entre ces différentes activités, il convient d’interroger les distinctions et / ou le rapport dialogique entre ces pratiques. Afin de conduire cette recherche, le choix d’une analyse comparative a été retenu, laquelle se propose de mettre en perspective différentes études de cas en France et au Canada. Ce travail comparatif permet de mieux comprendre les enjeux touristiques et territoriaux associés à la gestion de la faune sauvage et de penser la transférabilité des processus observés entre différents terrains d’études. D’un point de vue méthodologique, ce travail doctoral nous a conduite à définir un cadre analytique organisé autour de quatre entrées croisant des (i) aspects conceptuels, (ii) l’analyse d’archives, (iii) des méthodes d’observation ainsi que (iv) des outils d’analyse des rapports homme / faune via l’analyse de discours des populations touristiques. La première partie de ce travail présente le contexte théorique de l’étude et la démarche systémique de cette recherche (chapitre 1, 2 et 3). En termes de résultat, ces présupposés méthodologiques et théoriques nous ont permis d’analyser comment les dynamiques du récréotourisme faunique agissent, réagissent et rétroagissent sur l’ensemble du système territorial. Ainsi, la deuxième partie interroge l’organisation socio-spatiale des activités récréotouristiques de chasse et de vision (chapitre 4 et 5). Ces différentes formes de tourisme sont analysées en prenant en compte l’implantation de ces activités au sein des territoires, les attentes touristiques de la part des visiteurs, et les effets des différentes pratiques sur les populations fauniques. La troisième et dernière partie s’intéresse à l’évolution des rapports hommes / faune sauvage dans le temps et l’espace au regard des activités récréotouristiques développées. Le chapitre 6 s’intéresse aux rapports dialectiques entre processus de patrimonialisation et les usages acceptés ou non de la ressource faunique, alors que le chapitre 7 propose une réflexion sur les rapports hommes / animaux à l’échelle de l’individu en interrogeant l’éthique de chacun dans ses usages, ses comportements et ses pratiques développés autour de la faune sauvage.