eMelanoBase: An online locus-specific variant database for familial melanoma

A proportion of melanoma,prone individuals in both familial and non,familial contexts has been shown to carry inactivating mutations in either CDKN2A or, rarely, CDK4. CDKN2A is a complex locus that encodes two unrelated proteins from alternately spliced transcripts that are read in different frames. The alpha transcript (exons 1a, 2, and 3) produces the p16INK4A cyclin-dependent kinase inhibitor, while the beta transcript (exons 1beta and 2) is translated as p14ARF, a stabilizing factor of p53 levels through binding to MDM2. Mutations in exon 2 can impair both polypeptides and insertions and deletions in exons 1alpha, 1beta, and 2, which can theoretically generate p16INK4A,p14ARF fusion proteins. No online database currently takes into account all the consequences of these genotypes, a situation compounded by some problematic previous annotations of CDKN2A related sequences and descriptions of their mutations. As an initiative of the international Melanoma Genetics Consortium, we have therefore established a database of germline variants observed in all loci implicated in familial melanoma susceptibility. Such a comprehensive, publicly accessible database is an essential foundation for research on melanoma susceptibility and its clinical application. Our database serves two types of data as defined by HUGO. The core dataset includes the nucleotide variants on the genomic and transcript levels, amino acid variants, and citation. The ancillary dataset includes keyword description of events at the transcription and translation levels and epidemiological data. The application that handles users' queries was designed in the model,view. controller architecture and was implemented in Java. The object-relational database schema was deduced using functional dependency analysis. We hereby present our first functional prototype of eMelanoBase. The service is accessible via the URL www.wmi.usyd.e, du.au:8080/melanoma.html.

Evidence for a QTL on chromosome 19 influencing LDL cholesterol levels in the general population

The genetic basis of cardiovascular disease (CVD) with its complex etiology is still largely elusive. Plasma levels of lipids and apolipoproteins are among the major quantitative risk factors for CVD and are well-established intermediate traits that may be more accessible to genetic dissection than clinical CVD end points. Chromosome 19 harbors multiple genes that have been suggested to play a role in lipid metabolism and previous studies indicated the presence of a quantitative trait locus (QTL) for cholesterol levels in genetic isolates. To establish the relevance of genetic variation at chromosome 19 for plasma levels of lipids and apolipoproteins in the general, out-bred Caucasian population, we performed a linkage study in four independent samples, including adolescent Dutch twins and adult Dutch, Swedish and Australian twins totaling 493 dizygotic twin pairs. The average spacing of short-tandem-repeat markers was 6 - 8 cM. In the three adult twin samples, we found consistent evidence for linkage of chromosome 19 with LDL cholesterol levels ( maximum LOD scores of 4.5, 1.7 and 2.1 in the Dutch, Swedish and Australian sample, respectively); no indication for linkage was observed in the adolescent Dutch twin sample. The QTL effects in the three adult samples were not significantly different and a simultaneous analysis of the samples increased the maximum LOD score to 5.7 at 60 cM pter. Bivariate analyses indicated that the putative LDL-C QTL also contributed to the variance in ApoB levels, consistent with the high genetic correlation between these phenotypes. Our study provides strong evidence for the presence of a QTL on chromosome 19 with a major effect on LDL-C plasma levels in outbred Caucasian populations.

Structural characterization of respiratory syncytial virus fusion inhibitor escape mutants: homology model of the F protein and a syncytium formation assay

Respiratory syncytial virus (RSV) is a ubiquitous human pathogen and the leading cause of lower respiratory tract infections in infants. Infection of cells and subsequent formation of syncytia occur through membrane fusion mediated by the RSV fusion protein (RSV-F). A novel in vitro assay of recombinant RSV-F function has been devised and used to characterize a number of escape mutants for three known inhibitors of RSV-F that have been isolated. Homology modeling of the RSV-F structure has been carried out on the basis of a chimera derived from the crystal structures of the RSV-F core and a fragment from the orthologous fusion protein from Newcastle disease virus (NDV). The structure correlates well with the appearance of RSV-F in electron micrographs, and the residues identified as contributing to specific binding sites for several monoclonal antibodies are arranged in appropriate solvent-accessible clusters. The positions of the characterized resistance mutants in the model structure identify two promising regions for the design of fusion inhibitors. (C) 2003 Elsevier Science (USA). All rights reserved.

Magnetic polarization currents in double quantum dot devices

We investigate coherent electron transport through a parallel circuit of two quantum dots (QDs), each of which has a single tunable. energy level. Electrons tunnelling via each dot from the left lead interfere with each other at the right lead. It is shown that due to the quantum interference of tunnelling electrons the double QD device is magnetically polarized by coherent circulation of electrons on the closed path through the dots and the leads. By varying the energy level of each dot one can make the magnetic states of the device be up-, non- or down-polarized. It is shown that for experimentally accessible temperatures and applied biases the magnetic polarization currents Should be sufficiently large to observe with current nanotechnology.

A poesia nos livros didáticos : contribuição para um projeto educativo emancipatório

Este estudo tem por objetivo analisar poemas transcritos em livros didáticos do Ensino Médio adotados por escolas públicas, a partir do ano 2012, o estudo que as obras fazem dos poemas, o conteúdo das obras relacionado à poesia e à literatura e o trabalho que os professores fazem com os poemas em suas aulas, para verificar o possível potencial desestabilizador desses textos, relacionado à orientação dos discentes quanto à desigualdade e à exclusão social, em consonância com a ideologia de um Projeto Educativo Emancipatório sugerido por Boaventura de Sousa Santos. A pesquisa fundamenta-se nos pressupostos do “método crítico” de Bloch e as análises efetivadas possuem aspecto quantitativo e qualitativo. As informações dos docentes foram colhidas por meio de uma entrevista semiestruturada. Foi possível identificar que os poemas, em geral, nas duas obras, ocorrem em grande quantidade, contudo, em um número reduzido, se considerados aqueles que abordam situações de desigualdade e exclusão social; que há fragilidades importantes no estudo que as obras fazem deles, como uma pobre ou inexistente exploração do sentido textual, que dificulta um trabalho educativo crítico com os alunos; que os conteúdos relacionados à poesia e à literatura estão dispostos de forma fragmentada e desarticulada nas obras, comprometendo a aquisição de um conhecimento global pelos alunos; e que há, por parte dos docentes, um significativo trabalho com poemas, em geral, e um considerável trabalho com poemas do livro didático no sentido de orientar os alunos quanto à realidade social. Concluímos, então, que, apesar das inconsistências indicadas, nos poemas e nas obras, se os professores, conforme nos orienta Dalvi, encararem o livro didático como espaço de rasura e construírem novas visões sobre os seus conteúdos, de maneira a “trapacear” a “trapaça” que ele faz, podem torná-lo mais acessível e educativo para os alunos. Afinal, temos a potência da poesia do livro didático e a possibilidade dos docentes, que sinalizam para a possível tarefa de mostrar aos discentes situações de desigualdade e exclusão do passado, com o intuito de desestabilizá-los, no presente, em consonância com a ideia do supracitado Projeto.

Chemical sterilization in in vitro propagation of Arundina bambusifolia Lindl. and Epidendrum ibaguense Kunth

There is a great demand for simpler and less costly laboratory techniques and for more accessible procedures for orchid breeders who do not have the necessary theoretical basis to use the traditional seed and clone production methods of orchids in vitro. The aim of this study was to assess the use of sodium hypochlorite (NaClO) as a decontaminant in the process of inoculating adult orchid explants of Arundina bambusifolia and Epidendrum ibaguenses. Solutions of NaClO (1.200, 2.400, 3.600, 4.800 and 6.000 mg L-1 - equivalent to 50, 100, 150, 200 and 250 mL L-1 of commercial bleach - CB) were sprayed on the explants (1.0 mL) and the culture medium (GB5), in the presence or absence of activated charcoal (2 g L-1). The explants used were nodal segments of field-grown adult plants. The procedures for inoculating the explants were conducted outside the laminar flow chamber (LFC), except for the control treatment (autoclaved medium and explant inoculation inside the LFC). The best results for fresh weight yield, height and number of shoots were obtained using NaClO in solution at 1.200 mg L-1 (equivalent to 50 mL L-1 commercial bleach) with activated charcoal in the culture medium. Fresh weight figures were 1.10 g/jar for Arundina bambusifolia and 0.16 g/jar for Epidendrum ibaguenses. Spraying the NaClO solutions controls the contamination of the culture medium already inoculated with the explants.

Fast left ventricle tracking in CMR images using localized anatomical affine optical flow

In daily cardiology practice, assessment of left ventricular (LV) global function using non-invasive imaging remains central for the diagnosis and follow-up of patients with cardiovascular diseases. Despite the different methodologies currently accessible for LV segmentation in cardiac magnetic resonance (CMR) images, a fast and complete LV delineation is still limitedly available for routine use. In this study, a localized anatomically constrained affine optical flow method is proposed for fast and automatic LV tracking throughout the full cardiac cycle in short-axis CMR images. Starting from an automatically delineated LV in the end-diastolic frame, the endocardial and epicardial boundaries are propagated by estimating the motion between adjacent cardiac phases using optical flow. In order to reduce the computational burden, the motion is only estimated in an anatomical region of interest around the tracked boundaries and subsequently integrated into a local affine motion model. Such localized estimation enables to capture complex motion patterns, while still being spatially consistent. The method was validated on 45 CMR datasets taken from the 2009 MICCAI LV segmentation challenge. The proposed approach proved to be robust and efficient, with an average distance error of 2.1 mm and a correlation with reference ejection fraction of 0.98 (1.9 ± 4.5%). Moreover, it showed to be fast, taking 5 seconds for the tracking of a full 4D dataset (30 ms per image). Overall, a novel fast, robust and accurate LV tracking methodology was proposed, enabling accurate assessment of relevant global function cardiac indices, such as volumes and ejection fraction.

Impacto da integração dos veículos eléctricos nos edifícios multi-habitacionais, nas redes de distribuição de baixa tensão e no diagrama de carga nacional

Associado à escassez dos combustíveis fósseis e ao desejado controlo de emissões nocivas para a atmosfera, assistimos no mundo ao desenvolvimento do um novo paradigma — a mobilidade eléctrica. Apesar das variações de maior ou menor arbítrio político dos governos, do excelente ou débil desenvolvimento tecnológico, relacionados com os veículos eléctricos, estamos perante um caminho, no que diz respeito à mobilidade eléctrica, que já não deve ser encarado como uma moda mas como uma orientação para o futuro da mobilidade. Portugal tendo dado mostras que pretende estar na dianteira deste desafio, necessita equacionar e compreender em que condições existirá uma infra-estrutura nacional capaz de fazer o veículo eléctrico vingar. Assim, neste trabalho, analisa-se o impacto da mobilidade eléctrica em algumas dessas infra-estruturas, nomeadamente nos edifícios multi-habitacionais e redes de distribuição em baixa tensão. São criados neste âmbito, quatro perfis de carregamento dos EVs nomeadamente: nas horas de chegada a casa; nas horas de vazio com início programado pelo condutor; nas horas de vazio controlado por operador de rede (“Smart Grid”); e um cenário que contempla a utilização do V2G. Com a obrigação legal de nos novos edifícios serem instaladas tomadas para veículos eléctricos, é estudado, com os cenários anteriores a possibilidade de continuar a conceber as instalações eléctricas, sem alterar algumas das disposições legais, ao abrigo dos regulamentos existentes. É também estudado, com os cenários criados e com a previsão da venda de veículos eléctricos até 2020, o impacto deste novo consumo no diagrama de carga do Sistema Eléctrico Nacional. Mostra-se assim que a introdução de sistemas inteligentes de distribuição de energia [Smartgrid e vehicle to grid” (V2G)] deverá ser encarada como a solução que por excelência contribuirá para um aproveitamento das infra-estruturas existentes e simultaneamente um uso acessível para os veículos eléctricos.

Extraction of hemoglobin with calixarenes and biocatalysis in organic media of the complex with pseudoactivity of peroxidase

The present work involves the use of p-tert-butylcalix[4,6,8]arene carboxylic acid derivatives ((t)Butyl[4,6,8]CH2COOH) for selective extraction of hemoglobin. All three calixarenes extracted hemoglobin into the organic phase, exhibiting extraction parameters higher than 0.90. Evaluation of the solvent accessible positively charged amino acid side chains of hemoglobin (PDB entry 1XZ2) revealed that there are 8 arginine, 44 lysine and 30 histidine residues on the protein surface which may be involved in the interactions with the calixarene molecules. The hemoglobin-(t)Butyl[6]CH2COOH complex had pseudoperoxidase activity which catalysed the oxidation of syringaldazine in the presence of hydrogen peroxide in organic medium containing chloroform. The effect of pH, protein and substrate concentrations on biocatalysis was investigated using the hemoglobin-(t)Butyl[6]CH2COOH complex. This complex exhibited the highest specific activity of 9.92 x 10(-2) U mg protein(-1) at an initial pH of 7.5 in organic medium. Apparent kinetic parameters (V'(max), K'(m), k'(cat) and k'(cat)/K'(m)) for the pseudoperoxidase activity were determined in organic media for different pH values from a Michaelis-Menten plot. Furthermore, the stability of the protein-calixarene complex was investigated for different initial pH values and half-life (t(1/2)) values were obtained in the range of 1.96 and 2.64 days. Hemoglobin-calixarene complex present in organic medium was recovered in fresh aqueous solutions at alkaline pH, with a recovery of pseudoperoxidase activity of over 100%. These results strongly suggest that the use of calixarene derivatives is an alternative technique for protein extraction and solubilisation in organic media for biocatalysis.

Porto: cidade amiga da pessoa idosa, um estudo centrado na visão de prestadores de serviços a pessoas idosas

Este estudo tem por base um projecto desenvolvido pela Organização Mundial de Saúde, denominado Cidade Amiga das Pessoas Idosas. Este surgiu da necessidade em proporcionar ferramentas que promovam uma orientação de esforços e políticas no sentido de criar condições que promovam um envelhecimento activo, através da promoção da saúde, segurança e participação em actividades significativas, adaptando para isso serviços e estruturas de modo a que sejam acessíveis e inclusos, adequados às diversas capacidades e necessidades das pessoas idosas. É um estudo de natureza qualitativa e de carácter exploratório, que pretende verificar se a cidade do Porto possui características amigas das pessoas idosas na perspectiva de prestadores de serviços a pessoas idosas residentes nas Freguesias de Aldoar, Foz do Douro, Massarelos, Nevogilde, Lordelo do Ouro e Ramalde. Para tal foram realizados 3 focus groups com 21 participantes no total, resultantes de uma amostragem por conveniência. De entre oito categorias definidas a priori, os espaços exteriores e edifícios, respeito e inclusão social, transportes e apoio da comunidade e serviços de saúde, foram as que tiveram um maior enfoque de características negativas, sobressaindo as dificuldades financeiras como uma barreira à participação, o aumento de casos de solidão e o insuficiente apoio domiciliário. Já a participação social destacou-se pelas várias características amigas mencionadas, salientando-se a grande oferta de actividades e adequação das mesmas às características e motivações das pessoas idosas.

Porto: cidade amiga das pessoas idosas: um estudo centrado na visão de prestadores de serviços a pessoas idosas das freguesias de Cedofeita, Paranhos, St. Ildefonso, Bonfim e Campanhã

O envelhecimento da população é um fenómeno das sociedades contemporâneas simultâneo à crescente modificação do meio urbano. De modo a responder a estas alterações a Organização Mundial de Saúde (OMS) lançou o projeto Cidade Amiga das Pessoas Idosas que preconiza a adaptação das estruturas e serviços para que estes sejam acessíveis e promovam a inclusão dos cidadãos idosos. A presente investigação, de natureza qualitativa e exploratória, tem como objetivo verificar se a cidade do Porto possui características de uma cidade amiga das pessoas idosas através da visão de prestadores de serviços a pessoas idosas das freguesias de Paranhos, Cedofeita, St. Ildefonso, Bonfim e Campanhã. Pretende, assim, ser um contributo para o desenvolvimento do projeto Cidade Amiga das Pessoas Idosas na cidade portuense. Para tal, realizam-se 3 focus groups com prestadores de serviços selecionados a partir de uma amostragem por conveniência, onde se utiliza um guião de entrevista semi-estruturado com as seguintes categorias: espaços exteriores e edifícios, transportes, habitação, participação social, respeito e inclusão social, participação cívica e emprego, comunicação e informação e apoio comunitário e serviços de saúde. É possível verificar que os participantes partilham, de forma geral, uma imagem positiva da cidade do Porto, contudo, têm tendência a iniciar o discurso pelas características negativas da cidade. Colaboram também com sugestões de melhoria para a cidade. Pela perspetiva dos participantes é possível verificar que aspetos relacionados com espaços exteriores e edifícios, respeito e inclusão social e apoio comunitário e serviços de saúde se destacam pela negativa, enquanto aspetos intimos à participação social das pessoas idosas bem como, à comunicação e informação na cidade do Porto são na generalidade elogiados. Desta forma, indicam como positivo o aparecimento de novas iniciativas como as Universidades Seniores ou o projeto “Afetos” desenvolvido pela Misericórdia; as ofertas dirigidas à população sénior desenvolvidas pelas Juntas de Freguesia e a presença de jornais de distribuição gratuita, em espaços públicos. Por oposição, identificam como pouco amigo das pessoas idosas os passeios pouco largos, com obstáculos e pouco cuidados; a falta de casas de banho públicas; o desinvestimento em atividades intergeracionais e a carência de lares públicos na cidade.

O empreendedorismo como fator dinamizador da competitividade regional: o papel do financiamento

Dissertação de Mestrado em Finanças Empresariais

Adaptive tool for automatic data collection of real electricity markets

The study of electricity markets operation has been gaining an increasing importance in last years, as result of the new challenges that the electricity markets restructuring produced. This restructuring increased the competitiveness of the market, but with it its complexity. The growing complexity and unpredictability of the market’s evolution consequently increases the decision making difficulty. Therefore, the intervenient entities are forced to rethink their behaviour and market strategies. Currently, lots of information concerning electricity markets is available. These data, concerning innumerous regards of electricity markets operation, is accessible free of charge, and it is essential for understanding and suitably modelling electricity markets. This paper proposes a tool which is able to handle, store and dynamically update data. The development of the proposed tool is expected to be of great importance to improve the comprehension of electricity markets and the interactions among the involved entities.

Molecular imprinted nanoelectrodes for ultra sensitive detection of ovarian cancer marker

The relentless discovery of cancer biomarkers demands improved methods for their detection. In this work, we developed protein imprinted polymer on three-dimensional gold nanoelectrode ensemble (GNEE) to detect epithelial ovarian cancer antigen-125 (CA 125), a protein biomarker associated with ovarian cancer. CA 125 is the standard tumor marker used to follow women during or after treatment for epithelial ovarian cancer. The template protein CA 125 was initially incorporated into the thin-film coating and, upon extraction of protein from the accessible surfaces on the thin film, imprints for CA 125 were formed. The fabrication and analysis of the CA 125 imprinted GNEE was done by using cyclic voltammetry (CV), differential pulse voltammetry (DPV) and electrochemical impedance spectroscopy (EIS) techniques. The surfaces of the very thin, protein imprinted sites on GNEE are utilized for immunospecific capture of CA 125 molecules, and the mass of bound on the electrode surface can be detected as a reduction in the faradic current from the redox marker. Under optimal conditions, the developed sensor showed good increments at the studied concentration range of 0.5–400 U mL−1. The lowest detection limit was found to be 0.5 U mL−1. Spiked human blood serum and unknown real serum samples were analyzed. The presence of non-specific proteins in the serum did not significantly affect the sensitivity of our assay. Molecular imprinting using synthetic polymers and nanomaterials provides an alternative approach to the trace detection of biomarker proteins.

Os suportes de expressão como veículos promotores de aprendizagens no Ensino Pré-Escolar e no 1.º ciclo do Ensino Básico

Mestrado (PES II), Educação Pré-Escolar e Ensino do 1.º Ciclo do Ensino Básico, 26 de Junho de 2014, Universidade dos Açores.