Indiscernibilidade e identidade em química: aspectos filosóficos e formais

Neste artigo tratamos, de um ponto de vista formal e filosófico, com alguns conceitos que fazem parte da química usual. As teorias da química, e seus conceitos, normalmente são apresentadas de um ponto de vista informal (não axiomatizada), e isso pode trazer dificuldades filosóficas (embora a química propriamente - bem como também as outras disciplinas da ciência aplicada - pareçam não sofrer qualquer restrição quanto a isso). Aqui estaremos ocupados em um aspecto parti-cu-lar, que diz respeito à indiscernibilidade de alguns objetos básicos da química, tais como átomos, moléculas, bem como de seus componentes. Começamos com uma visão geral da identidade destes compostos e seus componentes a partir de uma perspectiva filosófica e, em seguida, mostramos em que sentido o conceito de identidade dos compostos químicos é problemático em relação ao conceito correspondente de identidade na lógica e matemática clássicas (que, como em geral é suposto, estão 'alicerçando' as teorias químicas). Argumentamos que, por um lado, a química parece supor que esses objetos básicos precisam ser 'idênticos' (indistinguíveis) uns aos outros (como enfatizado há muito tempo por John Dalton, como veremos.) Por outro lado, do ponto de vista formal, se a lógica subjacente à teoria atômica for a lógica clássica (que também é pano de fundo da matemática padrão), coisas idênticas devem ser a mesma coisa e logo 'colapsar' em apenas uma (e este não é o caso em química, uma vez que temos uma enorme quantidade de átomos e moléculas semelhantes, mas não apenas um). Esta aparente contradição pode ser tratada de várias perspectivas e, aqui, propomos o uso de uma teoria de conjuntos não-clássica (a saber, a teoria de quase-conjuntos) para alicerçar uma formulação axiomática de certas teoria químicas, mostrando como essa diferente base matemática pode nos levar a uma visão que está mais perto da química em si. Como esta teoria não é conhecida em geral, uma breve revisão se faz necessária. Por último, mostramos como podemos construir modelos matemáticos para átomos e moléculas utilizando esta teoria de conjuntos alternativa evitando, assim, o problema lógico acima mencionado, e discutimos um pouco da abordagem mereológica dos compostos químicos a partir dessa perspectiva quase-conjuntista.

Methods for construction and analysis of computational models in systems biology : applications to the modelling of the heat shock response and the self-assembly of intermediate filaments

Systems biology is a new, emerging and rapidly developing, multidisciplinary research field that aims to study biochemical and biological systems from a holistic perspective, with the goal of providing a comprehensive, system- level understanding of cellular behaviour. In this way, it addresses one of the greatest challenges faced by contemporary biology, which is to compre- hend the function of complex biological systems. Systems biology combines various methods that originate from scientific disciplines such as molecu- lar biology, chemistry, engineering sciences, mathematics, computer science and systems theory. Systems biology, unlike “traditional” biology, focuses on high-level concepts such as: network, component, robustness, efficiency, control, regulation, hierarchical design, synchronization, concurrency, and many others. The very terminology of systems biology is “foreign” to “tra- ditional” biology, marks its drastic shift in the research paradigm and it indicates close linkage of systems biology to computer science. One of the basic tools utilized in systems biology is the mathematical modelling of life processes tightly linked to experimental practice. The stud- ies contained in this thesis revolve around a number of challenges commonly encountered in the computational modelling in systems biology. The re- search comprises of the development and application of a broad range of methods originating in the fields of computer science and mathematics for construction and analysis of computational models in systems biology. In particular, the performed research is setup in the context of two biolog- ical phenomena chosen as modelling case studies: 1) the eukaryotic heat shock response and 2) the in vitro self-assembly of intermediate filaments, one of the main constituents of the cytoskeleton. The range of presented approaches spans from heuristic, through numerical and statistical to ana- lytical methods applied in the effort to formally describe and analyse the two biological processes. We notice however, that although applied to cer- tain case studies, the presented methods are not limited to them and can be utilized in the analysis of other biological mechanisms as well as com- plex systems in general. The full range of developed and applied modelling techniques as well as model analysis methodologies constitutes a rich mod- elling framework. Moreover, the presentation of the developed methods, their application to the two case studies and the discussions concerning their potentials and limitations point to the difficulties and challenges one encounters in computational modelling of biological systems. The problems of model identifiability, model comparison, model refinement, model inte- gration and extension, choice of the proper modelling framework and level of abstraction, or the choice of the proper scope of the model run through this thesis.

Extração de DNA genômico de tecidos foliares maduros de espécies nativas do cerrado

Grandes quantidades de contaminantes na amostra de DNA dificultam a obtenção de DNA genômico de qualidade durante a extração. A presença de polissacarídeos, fenóis e outros compostos secundários representa o principal problema com o procedimento de isolamento do DNA e sua aplicação subsequente, por inibir a atividade das enzimas Taq DNA polimera-se e enzimas de restrição. Neste estudo, descreveu-se um procedimento modificado baseado no hexadecyltrimethylammonium (CTAB), rendendo DNA genômico satisfatório para técnicas de manipulação subsequente, como reações de PCR e digestão com enzima de restrição. Nesse protocolo foram utilizadas diferentes concentrações de β-mercaptoetanol no tampão de extração (0,0; 0,2; 10; 15; 25; e 50 uL de β-mercaptoetanol/mL do tampão de extração: 100 mM de Tris-HCl, pH 8; 20 mM de EDTA; 1,4 mM de NaCl; 2% de CTAB; 1% de PVP), cujo procedimento foi aplicado no caso de folhas maduras e testado em Annona crassiflora (arati-cum), Eugenia dysenterica (cagaita), Anacardium humilis (caju-do-campo), Hancornia speciosa (mangaba) e Caryocar brasiliense (pequi). O protocolo foi eficiente no isolamento de DNA livre de polissacarídeos e polifenóis, com rendimento do DNA com alto peso molecu-lar, utilizando-se concentrações a partir de 1% de β-mercaptoetanol no tampão de extração. O DNA isolado por esse método mostrou alta pureza, de acordo com as análises de digestão por restrição e amplificação por PCR.

Impact of elevated temperature scenarios on potato leaf development

The objective of this study was to simulate the impact of elevated temperature scenarios on leaf development of potato in Santa Maria, RS, Brazil. Leaf appearance was estimated using a multiplicative model that has a non-linear temperature response function which calculates the daily leaf appearance rate (LAR, leaves day-1) and the accumulated number of leaves (LN) from crop emergence to the appearance of the upper last leaf. Leaf appearance was estimated during 100 years in the following scenarios: current climate, +1 °C, +2 °C, +3 °C, +4 °C e +5 °C. The LAR model was estimated with coefficients of the Asterix cultivar in five emergence dates and in two growing seasons (Fall and Spring). Variable of interest was the duration (days) of the crop emergence to the appearance of the final leaf number (EM-FLN) phase. Statistical analysis was performed assuming a three-factorial experiment, with main effects being climate scenarios, growing seasons, and emergence dates in a completely randomized design using years (one hundred) as replications. The results showed that warmer scenarios lead to an increase, in the fall, and a decrease, in the spring growing season, in the duration of the leaf appearance phase, indicating high vulnerability and complexity of the response of potato crop grown in a Subtropical environment to climate change.

Queimaduras autoinfligidas: tentativa de suicídio

OBJETIVO: Analisar a incidência, características, conduta e taxa de mortalidade de pacientes com autolesão por queimaduras internados no Centro de Queimaduras de Brasília, Distrito Federal, Brasil. MÉTODOS: Os pacientes do estudo consistiram das vítimas de queimaduras consecutivamente internadas na Unidade de Queimados do Hospital Regional da Asa Norte, Brasília, Distrito Federal, Brasil, durante o período de fevereiro de 2008 e fevereiro de 2009. Os dados foram obtidos na admissão e foram registrados prospectivamente durante a internação. Os pacientes foram seguidos até a alta ou o óbito. RESULTADOS: No período do estudo, foram admitidos 15 casos de autolesão por queimaduras na Unidade de Queimados. A média de idade foi 38,0 ± 20,6 anos; 66,7% dos casos de autolesão por queimadura eram mulheres. Na maioria dos casos eram casadas, provedoras do lar, e pobres. O maior motivo foi conflito conjugal. A taxa de mortalidade foi 40%. A área média de superfície corporal queimada foi 38,7 ± 26,1%. O álcool foi usado por 66,7% dos pacientes como causa das queimaduras. A média de duração do tratamento foi 20,1 ± 14,8 dias. Pacientes com autoinjúria por queimadura apresentaram lesões mais extensas, permaneceram mais tempo no hospital e pior prognóstico. CONCLUSÃO: Pacientes com autolesão por queimaduras apresentaram média de idade mais elevada, maior superfície corporal queimada, maior período de internação, mais complicações infecciosas e maior taxa de letalidade do que os pacientes com queimaduras acidentais. Esses pacientes precisam de constante suporte psiquiátrico, o qual pode ser útil na prevenção de futuros episódios de autoagressão.

Indicadores sociais de grávidas adolescentes: estudo caso-controle

OBJETIVO: verificar diferenças entre alguns indicadores sociais de uma população de gestantes adolescentes (12 a 19 anos) e de adultas, procedentes de e que tiveram parto em Ribeirão Preto-SP, entre janeiro de 1992 e dezembro de 1996. MÉTODOS: foram analisadas informações relacionadas à internação, obtidas das folhas de alta hospitalar no Centro de Processamento de Dados Hospitalares do Departamento de Medicina Social, FMRP-USP. Os parâmetros analisados foram: tipo e número de partos, categoria de internação, ocupação e diagnósticos obstétricos. Para processar as informações, foram utilizados o Sistema Epi-Info processador de texto 6.04a, banco de dados e estatística para epidemiologia, produzido pelos Centers of Disease Control and Prevention (Atlanta, GA, USA), e o Dbase IV. A associação entre variáveis foi testada pelo chi² com nível de significância de 5%, usando o software GraphPad Prism versão 2.0, 1995. RESULTADOS: ocorreram 43.253 partos no período, sendo 7.134 (16,5%) de adolescentes e 36.119 (83,5%) de adultas. Observou-se aumento de 25,5% no número de partos nas adolescentes no decorrer dos anos. A proporção de partos de adolescentes aumentou significativamente na categoria SUS no período. A proporção de internações de adolescentes pelo SUS foi significativamente superior à de adultas. Apenas 14,1% das adolescentes tinham inserção na população economicamente ativa, comparado com 34,8% das adultas. Apenas 6,8% das adolescentes eram estudantes, ao passo que 79,0% eram "do lar" ou sem ocupação remunerada. Houve aumento da proporção de parto vaginal entre adolescentes quando comparadas às mulheres adultas, enquanto a proporção de cesáreas permaneceu estável e maior entre as adultas. O trabalho de parto prematuro ou falso foi significativamente mais freqüente entre as adolescentes. CONCLUSÕES: observamos aumento do número de partos entre adolescentes, sendo a maioria normal. Tanto a proporção de partos pelo SUS quanto a proporção de partos vaginais foi maior entre a população de adolescentes. Houve predomínio de adolescentes com atividades no lar e sem remuneração. Assim, recomendamos medidas para prevenção de gestação na adolescência, com ênfase à população mais carente.

Aspectos ginecológicos e obstétricos de pacientes atendidas nos serviços público e privado de saúde: há diferenças?

OBJETIVO: Avaliar os aspectos epidemiológicos e clínicos de pacientes ginecológicas atendidas nas redes privada e pública de saúde. MÉTODOS: Estudo de corte transversal, no qual foram estudados prontuários de 243 pacientes (122 pacientes no serviço público e 121 no privado), de janeiro de 2007 a janeiro de 2008. Excluíram-se os prontuários de pacientes grávidas, com sangramento genital, histórico de uso de cremes ou géis vaginais em intervalos inferiores há 15 dias e pacientes que tiveram relação sexual em prazo inferior a cinco dias da consulta avaliada. A análise dos dados foi realizada com recursos de processamento estatístico do software Stata, versão 9.2, considerando-se o nível de significância de 5%. RESULTADOS: A média de idade das pacientes foi de 27±12 anos entre pacientes da rede pública, e de 25,9±10,4 anos na rede particular, não havendo diferença estatística entre estas médias (F=0,5 e p=0,4). As pacientes da rede pública apresentaram escolaridade mais baixa (p<0,001), eram preferencialmente do lar (p<0,001), iniciaram vida sexual mais precocemente, tiveram maior número de parceiros (p<0,001), de gestações (p<0,001) e de partos (p=0,004) e utilizavam principalmente a camisinha como método contraceptivo (p=0,013). Não houve diferença estatística em relação aos antecedentes de doenças sexualmente transmissíveis, ao diagnóstico de candidíase, vaginose bacteriana, tricomoníase ou neoplasia. CONCLUSÕES: As pacientes da rede pública de saúde apresentam maior número de gestações e partos. São, em geral, donas de casa, com baixa escolaridade, iniciam vida sexual mais precocemente e com maior número de parceiros. Entretanto, não houve diferença entre os grupos quando se avaliaram doenças mamárias, infecções ginecológicas ou neoplasias de colo uterino, o que sugere que o nível socioeconômico não é o único elemento no determinismo da doença e, por isso, outras variáveis devem ser avaliadas.

Morfologia e morfometria da traqueia da preguiça (Bradypus variegatus): conhecimentos para procedimentos de emergência

Por ser uma espécie pouco estudada, principalmente do ponto de vista morfológico, objetivou-se conhecer a anatomia da traqueia da preguiça (Bradypus variegatus) a fim de fornecer informações para facilitar a eleição de tubo endotraqueal adequado, máscara laríngea ou cânula de traqueostomia para anestesia e procedimentos de emergência, uma vez que a mesma revelou-se possuidora de uma morfologia especial. Foram investigados 11animais jovens de idades diferentes, sendo quatro machos e sete fêmeas, provenientes do Museu Emilio Goeldi e doados a UFRA. Os exemplares foram perfundidos via intramuscular com solução aquosa de formol a 10% para fins de conservação e posteriormente foram dissecados em nível cervico-torácico, por meio de mesoscopia, expondo-se desde a laringe até os brônquios principais direito e esquerdo ao nível do hilo pulmonar. As traqueias foram divididas em cinco regiões (região cervical, região da primeira flexura, região da segunda flexura, região da terceira flexura e região da carina) as quais foram mensuradas altura e largura, assim como o comprimento traqueal total e parte do material foi submetido à técnicas de rotina histológica. Macroscopicamente, destacou-se a presença de sinuosidades acentuadas em porção médio caudal, contemplando a carina. O comprimento médio traqueal foi de 14,6cm. Microscopicamente, a traqueia era constituída por placas separadas de cartilagem hialina constituindo cada anel, sendo revestido por epitélio estratificado ciliado. Apesar da traqueia da preguiça comum apresentar revestimento padrão encontrado na traqueia de outros animais, na literatura não há registros de outras espécies que tenham morfologia macroscópica nas condições descritas, o que nos leva a sugerir, quando necessário acesso para ventilação de emergência, a prática da IOT e não a de traqueostomia.

Seedling growth of fifteen Brazilian tropical tree species differing in successional status

Growth of seedlings of fifteen tropical tree species representative, at the adult stage, of different successional positions, was studied under field conditions. Seedlings were grown in three treatments: full sun (FS), artificial shade imposed by neutral screens (AS) and natural shade imposed by a closed canopy in a Forest Reserve in Southeast Brazil (NS). Most of the studied species survived in both shade treatments, although their growth was severely affected. Decreases in height, internode numbers, dry weight, leaf area, root:shoot ratio (R:S) and increases in leaf mass ratio (LMR), leaf area ratio (LAR) and specific leaf area (SLA) were common responses to shade. Relative growth rates (RGRs) and net assimilation rates (NARs) were consistently lower in the shaded treatments than in full sun. RGR was significantly correlated with NAR in the FS and NS treatments, whereas it was correlated with LAR in the AS treatment. Natural shade had more severe effects than artificial shade on leaf area reduction and RGR. Between-species differences in R:S, LMR, SLA and LAR were not related to the successional status of species. However, there was a tendency for early-successional species to have higher RGRs than late successional ones, regardless of the light environment. Late-successional species also showed less pronounced responses to shade than early ones. The characteristics presented by the late-successional species may be associated with shade tolerance, enabling their persistence under dense canopies.

Effects of emotional reactivity on inhibitory avoidance in the elevated T-maze

The possibility of the presence of inter-individual emotional differences and the memory performance of rats was examined in the elevated T-maze. Two kinds of aversively motivated behaviors, inhibitory avoidance and escape learning, were measured. Based on the number of trials to achieve a learning criterion, rats were divided into two subgroups with either low or high avoidance reactivity (LAR or HAR, respectively). Retention test avoidance latencies showed that HAR animals had better avoidance memory (Mann-Whitney rank sum test, P = 0.0035). No such differences were found for the escape component of this test. These data suggest that individual emotional differences affect inhibitory avoidance performance, which may help to explain the dispersion of the data observed in other studies using this paradigm.

Ordonnances des rois Philippe le Long, Philippe VI, Charles VI, Charles VII et Louis XI sur les matières bénéficiales et sur le domaine. Copies.

Contient : 1 Acte de CHARLES VI, du 6 octobre 1385. En latin. « Pour la reparation des edifices des eglises » ; 2 Acte de CHARLES VII. Chinon, 10 mars 1431. « Nul de quelque estat et dignité, prérogative, preeminence ou auctorité qu'il soit, ne sera receu à tenir et avoir le gouvernement ou administracion d'aucun archeveschiéz (sic), eveschié, abbaye, dignité, prieuré ou autre benefice ecclesiastique en nostredict royaume et seignorie, s'il n'est natif d'icellui nostre royaume, et seignorie et feal et bienveullant de nous » ; 3 Bulle de MARTIN V, du 1er mai 1429. En latin. « Comme au roy appartient de congnoistre des benefices en matiere possessoire » ; 4 Acte de CHARLES VI, du 26 mai 1404. « Nous, actendu ... les bons et aggreables services que nous ont fait et font continuelment ... nos dicts conseilliers, greffiers, notaires, advocas, procureurs et huissiers, et esperons qu'ilz nous facent, ou temps advenir, ne voulons ne entendons » que au « fait de l'aide nouvellement mis sus pour resister à l'entreprinse de Henry de Lenclaustre, soy disant roy d'Angleterre... ils soient aucunement comprins » ; 5 Acte de CHARLES VI, du 5 mars 1388-9. Défense à l'évêque d'Amiens, à son official et à ses archidiacres, de faire comparaître devant eux ceux qui, étant mariés, sont inculpés d'adultère, et de les condamner à une amende ; 6 Acte de CHARLES VI, du 30 juillet 1406. Le roi accorde aux habitants du Cambrésis d'hériter de leurs parents décédés en France; pourvu qu'il en soit de même pour les Français dont les parents décéderaient en Cambrésis ; 7 Acte de CHARLES VI, du 17 avril 1410. En faveur des membres du l'Université qui ont été pourvus de benefices « selon les statuz et ordonnances du concile », pour les garantir contre toute entreprise qui pourroit troubler leur possession ; 8 Acte de CHARLES VI, du 3 mai 1412. « Concessio quod gentes parlamenti, racione feodorum suorum, non arment se cum rege, in armata per eum facta Bicturis et alibi, contra certos subditos suos et inobedientes, ut sciebatur » ; 9 Acte de JEAN DE BROGNIER, évêque d'Ostie, cardinal de la sainte Eglise romaine, et vice-chancelier, du 1er avril 1410. En latin. « Transcriptum certarum conclusionum et cappitulorum in cappitulo Pisano factarum super facto beneficiorum durante neutralitate et alias collatorum » ; 10-14 Actes en latin de CHARLES VI ; 10 Paris, 18 février 1406. « Ordinacio super reduccione libertatum Ecclesie gallicane » ; 11 Même date. « Confirmacio arresti super exactione financiarum gencium ecclesiarum prolati » ; 12 11 septembre 1406. « Arrestum per modum provisionis super facto exaccionum curie romane » ; 13 Paris, après le 27 mars 1418. « Reductio perpetua ecclesiarum Francie et Delphinatus ad suas libertates antiquas » ; 14 Paris, 9 septembre 1418. « Revocacio reductionis ecclesiarum gallicane et Dalphinatus Viennensis ad suas libertates antiquas » ; 15 « Opposition du procureur du roy » et du parlement « à l'enterinement et publication des lectres revocatoires de celles de la reduccion de l'Eglise de France à ses anciennes libertez ». 15 février et 30 mars 1419 ; 16 « Extrait des ordonnances faictes touchant l'alienacion du domainne de la coronne de France », depuis le mois de décembre 1360 jusqu'au 18 octobre 1425 ; 17 « Ce sont les droicts de souveraineté et de ressort et autres drois roiaulx appartenans seul (sic) et pour le tout au roy nostre sire, et desquelx et deppendences d'iceulz, et de tous autres droiz royaulz et de souveraineté, qui par exprès icy ne peuvent estre exprimés, le gouverneur à ce ordonné aura la cognoissance, la garde et la conservation. Et ne soufferra que autrement en soit usé par le roy de Naverre ne par ses gens, ne par quelzconques autres ; et lesquels droiz ont esté baillés par manière d'instruction à maistre Arnaux de Lux, secretaire du roy et gouverneur dessusdict, le VIIIe jour de may mil CCC LXXII » ; 18 « C'est l'advis et instruction fait sur la conservacion des souverainetés et ressors et autres drois roiaulx appartenans au roy en la ville, baronie et rectorie de Montpellier, baillés au roy de Navarre, lesquelz drois et souverainetés sont toujours appartenans au roy en tout son roiaume, et par especial aussi ont été reservés au bail de lad. terre, laquelle instruction a esté baillée à maistre Arnault de Lar, secretaire du roy et gouverneur desd. souverainetés, le VIIIme jour de may l'an mil CCCLXXII » ; 19 Acte de PHILIPPE LE LONG, du 24 fevrier 1320-1321, par lequel il fait rentrer dans le domaine de la couronne les droits, les terres et les bâtiments que les héritiers de Pierre Le Hideux détenaient indûment ; 20 Acte de PHILIPPE VI DE VALOIS : donne un arrêt par lequel le comte de Vendôme, Bouchard, qui avait envahi à main armée les terres du comte de Blois, est condamné à raser la tour qu'il avait fait construire à Vendôme, etc. En latin. 23 janvier 1328-9 ; 21 « Lettres de nomination de la court, que prengnent les conseillers pour leurs benefices » ; 22 « Coppie des ordonnances et declaracions faictes par le roy nostre sire de ses droiz royaulx ès duchiés de Touraine, Anjou et le Maine, par la bonne et meure deliberacion de son conseil, ouquel estoient lors les seigneurs de son sang et lignage, les gens de son grant conseil et autres, pour ce assemblez, du temps de feu monseigneur le duc d'Anjou, et depuis ce observées et gardées » ; 23 « Extraict du livre et registre des plaidoiries de la court de parlement, videlicet du parlement commançant l'an mil IIIC. IIIIXX et cinq, le lendemain de la Saint Martin. Du XXIIe jour de fevrier, oud. an mil IIIC. IIIIXX et cinq. Entre messire Denis comparant, presbtre, d'une part, et M. Jehan de Chacteu, bailli de Meaulx, d'autre part », était débat à cause d'un prisonnier de Provins, que l'archevêque de Sens disait être clerc, et qu'il devait jouir du privilège de clergie, tandis que le bailli de Meaux prétendait qu'il était laic » ; 24 Autre extrait concernant les dîmes. Acte donné à Toulouse le 17 juin 1417, par « Galaubras de Panaffaco » ; 25 « Sentence entre Dame Pericte de La Rivière, dame de La Rocheguion, demanderesse et complaignante, en cas de saisine et de nouvelleté d'une part, et le conte de Joigny, defendeur et opposant oudict cas, d'autre part ». Paris, 23 septembre 1460 ; 26 Acte en latin de LOUIS XI, du premier février 1462-3. Même objet que l'acte précédent ; 27 « De regalia ». Exercice de la régale à Chartres sur l'évêché, après la mort de Philippe de Boys Giloud en 1418, jusqu'au départ des Anglais ; 28 « L'ordonnance du roy LOYS » XI « faite ... à Paris, le IXe jour de septembre, l'an mil IIIIe ; LXI ... touchant l'alienation du demainne » ; 29 Acte de CHARLES VII sur les revenus des eglises et leur emploi. Inachevé. En latin ; 30 Avis pour « monstrer clerement le pays de Waise, la ville et chasteau de Ruplemonde, ou pays et conté de Flandres, que monseigneur de Bourgongne dit estre de l'empire, estre neuement en ce royaume, et tenu à une seule foy et hommaige, avec lad. conté de Flandres, du roy nostre sire, et que les causes des terres et choses scituées et assises oud. paÿs, ville et chasteau, ont de tout temps et ancienneté acoustumé venir par appel et ressort en la court de parlement »

Amplification of the DFR1 gene in Saccaromyces cerevisiae

A new system was employed to study amplification of t,he DHF'R gene DFB,1 ) in Sa<,:;charoillYCB§. .Q~~Yi...S!i<;1~. . This system consists of a series of yeast strains containing a casset,te which encodes t he yeast, D..ERl gene ttghtly linked tjO a f usion of the yeast 1EU2. regulat,ory region wi tJ1 the LAQZ str ctural gene from E. cO.1-1 (,) . M. Clement , unpubl i,::;hed) . Th's casset;t e was shown t.o be integrat,ed int o a unj que chromosomal l ocati on in each strain . Yeast cells were se l ected for MTX-resistance and overproduction of ~ galac t osi d se ( B-gal ). Since the inserted DF'Rl and ~ACZ genes are independently regulated, it was thought that cel l s with this phenotype probably contain e d ampl if ications of the cassette. A lar ge variat ion in the f requn y o f MTX-resistance was found between the di ff e r ent str ains. These freqlen c ~ es r anged from about 2 x 10 - 7 fo r a population of cells containing the cassette integrated at, the BI J2.l gene in t,he middle of the long arm of chromosome V, to about 5 x 10-4 for a strain with the cassette i nserted in the r DNA cluster Abo It 85% of the MTX- res i stcmt iso l ates examined showed enhanced B·-gal act i v ity rel a t ive t o the parental strain . For the ma jorit y of strains, the mean B- gal activity in drug-r sistant clones was about 3 times that o f the parent following a single se l ect i on step . I n con t r ast, primary MTX-resistant derivat~ves of cells with the cassette inserted 3 at the rDNA cluster showed inc r eases in B- gal activity ranging from 9 - 14 f old r elative to the parent. Analysis of the latte r s train by Southe rn hybr idization indicated that the cassette was inde e d amplified several fold in MTX-re sistant derivatives. A sing l e strain, in which the cassette was inserted at the !lEA;], loc u.s , was used to examine in more detai 1 , the parameters affecting DFRl gene amplificat~ion in yeast . The mean B- gal activity in drug-resistant derivatives of this strain could be increased from 3 to 6 or 7 fold relative to the parent, by stepwise sel ection using increasing MTX concentrations. B-gal overproduction was found to be un stable in all primary and highly -resistant isolates examined. There was no indication, h owever, of a decrease i n growth r a t e in MTX-res i s tant cells which overproduced B - gal.

Niveaux de vitamine a (retinol et acide retinoïque) mesurés dans le sang de cordon ombilical et dévéloppement rénal des nouveau-nés

Introduction : La Vitamine A (rétinol, ROL) et son métabolite l’acide rétinoïque (AR) sont essentielles pour l’embryogénèse. L’excès comme l’insuffisance d’AR sont nocives. L’AR est régularisé dans l’embryon par des gènes spécifiques (ALDH, CRABP, CYP). Hypothèse : Les grandes variations d’AR dans le plasma des adultes normaux, nous ont orienté à mesurer les rétinoïdes (ROL et RA) dans le sang de cordon ombilical, pour évaluer des corrélations avec des polymorphismes des gènes impliquées dans le métabolisme de l’AR et le développement rénal-(RALDH2, CRABP2, CYP26A1; B1). Vérifier pour des corrélations entre ces rétinoïdes et/ou avec la taille de reins à la naissance. Méthodes : Extraction du ROL et RA du sang de cordon ombilical de 145 enfants et analyse par HPLC. Le volume des reins a été mesuré par ultrasonographie et l’ADN génomique leucocytaire extrait (FlexiGene DNA-Kit). 10 échantillons d’ADN ont été exclus (qualité). Les htSNP : ALDH1A2, CRABP2, CYP26A1;B1 du génome humain (HapMap) ont été séquencés et génotypés (Sequenom iPlex PCR).Des testes bio-statistiques des fréquences génotypiques et alléliques ont été effectués (Single-Locus, χ2, Kruskal-Wallis, Allelic-Exact).Des corrélations (ROL, RA, SNPs, V-reins) ont été analysés (Kendall-tau /Oakes). Résultats : La Δ RA (0.07-550.27 nmol/l) non corrélé avec la Δ ROL (51.39-3892.70 nmol/l). Il n’y a pas d’association ROL ou RA avec les volumes des reins ou avec les SNPs/ CYP21A1;B1. Corrélations trouvées : 1. (p=0.035), polymorphisme génétique ALDH1A2-SNP (rs12591551:A/C) hétérozygote/CA, (25enfants, 19%) avec moyennes d’AR (62.21nmol/l). 2. (p=0.013), polymorphisme CRABP2-SNP (rs12724719:A/G) homozygote/AA (4 enfants, 3%) avec hautes valeurs moyennes d’AR (141,3 nmol/l). Discussion-Conclusion : Les grandes ΔRA suggèrent une variabilité génique individuelle du métabolisme de ROL. Les génotypes (CA)-ALDH1A2/ SNP (rs12591551:A/C) et (AA) -CRABP2/SNP (rs12724719:A/G) sont associés à des valeurs moyennes hautes d’AR, pouvant protéger l’embryogénèse lors d’une hypovitaminose A maternelle.

Analyse cinétique des rétinaldéhydes déshydrogénases recombinantes de type 3 et 4 de souris

Les Rétinal déshydrogénases (RALDHs) catalysent irréversiblement la déshydrogénation du Rétinal en Acide Rétinoïque (AR) qui est impliqué dans l’embryogenèse et la différenciation tissulaire. Pour comprendre le rôle dans la biosynthèse de l’AR des RALDHs type 3 et 4 de souris, nous avons déterminé leurs propriétés cinétiques ainsi que leur comportement en présence de différents inhibiteurs. Les tests enzymatiques sont effectués avec une préparation d’enzyme recombinante, tagguée avec 6 histidines, purifiée sur colonne Ni-NTA (Qiagen). L’activité enzymatique est évaluée en quantifiant la production d’AR par chromatographie liquide à haute performance (HPLC) en phase inversée. Les constantes cinétiques ont été déterminées pour les isomères du rétinal tout-trans, 9-cis et 13-cis. La RALDH4 catalyse les isomères 9-cis et 13-cis de rétinal, elle présente un faible KM (3μM) pour les deux isomères et a une efficacité catalytique élevée pour le 9-cis rétinal 3.4 fois supérieure au 13-cis rétinal. La RALDH3 est spécifique au tout-trans rétinal avec un KM de 4 μM et une efficacité élevée. β-Ionone, inhibiteur possible pour la RALDH4, inhibe l’activité avec le rétinal 9-cis et 13-cis, mais n’influence pas l’activité de la RALDH3. Le para-hydroxymercuribenzoïque (p-HMB) inhibe l’activité de deux isoenzymes. Le cation MgCl2 augmente par 3 fois l’oxydation du rétinal 13-cis par la RALDH4, diminue l’oxydation du 9-cis rétinal et influence faiblement la RALDH3. Ces données enrichissent les connaissances sur les caractéristiques cinétiques des RALDHs recombinantes de souris de types 3 et 4 et fournissent des éclaircissements sur la biogenèse de l’acide rétinoïque in vivo.

Allergies And Asthma : Employing Principles Of Social Justice As A Guide In Public Health Policy Development

The growing epidemic of allergy and allergy-induced asthma poses a significant challenge to population health. This article, written for a target audience of policy-makers in public health, aims to contribute to the development of policies to counter allergy morbidities by demonstrating how principles of social justice can guide public health initiatives in reducing allergy and asthma triggers. Following a discussion of why theories of social justice have utility in analyzing allergy, a step-wise policy assessment protocol formulated on Rawlsian principles of social justice is presented. This protocol can serve as a tool to aid in prioritizing public health initiatives and identifying ethically problematic policies that necessitate reform. Criteria for policy assessment include: 1) whether a tentative public health intervention would provide equal health benefit to a range of allergy and asthma sufferers, 2) whether targeting initiatives towards particu- lar societal groups is merited based on the notion of ‘worst-off status’ of certain population segments, and 3) whether targeted policies have the potential for stigmatization. The article concludes by analyzing three examples of policies used in reducing allergy and asthma triggers in order to convey the general thought process underlying the use of the assessment protocol, which public health officials could replicate as a guide in actual, region-specific policy development.