« Li Dit WATRIKET, menestrel au conte de Blois ». Premiers vers.

Contient : 1 « Le Diz de la nois » ; 2 « Diz de fortune » (fol. 6) ; 3 « Li Diz de l'arbre royal » (fol. 7) ; 4 « Li Diz de la fontaine d'amours » (fol. 17) ; 5 « La Confession Watriquet » (fol. 23) ; 6 « Li Diz des.VIII. couleurs » (fol. 24) ; 7 « Li Diz de haute honnour » (fol. 35) ; 8 « Li Enseignemens du jone prince » (fol. 38) ; 9 « Li Diz de loiauté » (fol. 41) ; 10 « Li Diz de l'ortie » (fol. 43) ; 11 « Le Despit du monde » (fol. 52) ; 12 « Li Diz des.IIII. sieges » (fol. 55) ; 13 « Li Diz dou preu chevalier » (fol. 69) ; 14 « Li Diz des.XII. dames » (fol. 75) ; 15 « Li Diz des trois vertuz » (fol. 81) ; 16 « Li Diz de l'escole d'amours » (fol. 87) ; 17 « Li Diz de l'iraigne et du crapout » (fol. 89) ; 18 « Li Diz des Mahommes » (fol. 93) ; 19 « Li Diz de la cygoigne » (fol. 95) ; 20 « Li Enseignemenz le roy Phelippe de France » (fol. 100)

Recueil de chants royaux, ballades et rondeaux, composés au puy de Rouen ; précédé d'un prologue adressé à Guillaume « Cretin » par « JAQUES LE LYEUR ».

Contient : 1 « Le riche don d'amoureuse mercy ». « Me NICOLE OSMONT » ; 2 « En vray amour il n'est riens impossible ». « Me JAQUES LE LYEUR » ; 3 « L'arbre de vie en l'isle fortunée ». « Me JEHAN ALYNE » ; 4 « Le sainct desert plain de manne angelique ». « Damp NICOLE LESCARRE » ; 5 « Le grant decret d'auctorité divine ». « Me JAQUES FILLASTRE » ; 6 « Le restaurant qui pour mort rend la vie ». « COURNILLE, alias TOURMENTE » ; 7 « Romme où se tient le sainct pape Innocent ». « Damp NICOLE LESCARRE » ; 8 « Le bien de paix aux humains necessaire ». « Me NICOLE DU PUYS » ; 9 « Dessus la loy d'humaine congnoissance ». « Me YSAMBERT BUSQUET » ; 10 « Femme parfaicte en nature imparfaicte ». « Me GUILLAUME THIBAULD » ; 11 « La souveraine en parfaicte beaulté ». « PIERRE CRIGNON » ; 12 « Ung corps parfaict sus ordre elementaire ». « Me JAQUES LE LYEUR » ; 13 « Au fondz d'yver printemps qui rend verdure ». « Me INNOCENT TOURMENTE » ; 14 « La purité du feu elementaire ». « Me P. AVRIL » ; 15 « La digne couche où le roy reposa ». « Me CLEMENT MAROT » ; 16 « Harnoys d'espreuve au puissant roy de gloire ». « PIERRES CRIGNON » ; 17 « Le regne franc de la loy tributaire ». « Me GUILLAUME THIBAULD » ; 18 « Saine et entiere en note et escripture ». « Me CHARLES DE SAINCT GERMAIN » ; 19 « Femme en la loy et hors la loy conceue ». « Me JO. DE BEAUVOYS » ; 20 « Selon ton nom louenge te soit faicte ». « Le general DE CAEN » ; 21 « Au grant festin du cereal convive ». « Me THOMAS LE PREVOST » ; 22 « La saincte Bible où verité repose ». « Me GUILLAUME THYBAULD » ; 23 « Pour le tout beau conceue toute belle ». « Me JEHAN DE BEAUVOYS » ; 24 « Fille obtenant la grace de son pere ». « Me ADAM LAIR » ; 25 « Le noble cueur commencement de vie ». « Me JAQUES LE LYEUR » ; 26 « Triumphanment la victoire obtenue ». « GUILLAUME DE SEVYNGUEHEN » ; 27 « Le feu d'amour pour reschauffer le monde ». « Me NICOLE DU PUYS » ; 28 « Du faulx serpent la puissance a destruicte ». « Me JAQUES LE LIEUR » ; 29 « Vray Mythridat contre mordz de vipere ». « Me INNOCENT TOURMENTE » ; 1 « Toute belle en ame et corps nect ». « Me JAQUES LE LYEUR » ; 2 « La bouge plaine de salutz ». « DUPUYS » ; 3 « La main armée aux ennemys ». « Damp NICOLE LESCARRE » ; 4 « La terre rendent bled de grace ». « Me GUILLAUME THIBAULT » ; 5 « Le nombre d'or de l'an de grace ». « Me THOMAS LEPREVOST » ; 6 « Victoire sur mes ennemys ». « Me JAQUES LELYEUR » ; 7 « Pour les siens poison importable ». « Me REUIL DOUBLET » ; 8 « Entre deux vertes une meure ». « Me THOMAS LEPREVOST » ; 9 « Entre deux vertes une meure ». « Damp NICOLE LESCARRE » ; 10 « Entre imparfaictz toute parfaicte ». « Me GUILLAUME DE SEVYNGUEHEN » ; 11 « Il n'est à Dieu rien impossible ». « Me GUILLAUME THYBAULT » ; 12 « Toutes à l'oeil, mais une au cueur ». « Me THOMAS LEPREVOST » ; 13 « Grace en toy par divin plaisir ». « Damp NICOLLE LESCARRE » ; 14 « Conception plaine de grace » ; 15 « Juste balence et loyal poix ». « Damp NICOLE LESCARRE » ; 16 « La haulte tour de fortitude ». « LESCARRE » ; 17 « La franche terre du grand roy ». « JEHAN PARMENTIER » ; 18 « D'azur à trois fleurs de lys d'or ». « PIERRE CRIGNON » ; 19 « Pour humains lyez deslier ». « Me JAQUES LE LIEUR » ; 20 « Corde l'homme et Dieu accordant ». « LIEUR » ; 21 « Ne craignez plus, la beste est prise ». « Me JAQUES LE LIEUR » ; 1 « Seule sans cy ». « Me JAQUES LE LIEUR » ; 2 « Par devolut ». « Me PIERRES AVRIL » ; 3 « Le povre Adam ». « Me NICOLE DU PUYS » ; 4 « Fors vous ». « Me NICOLE OSMONT » ; 5 « En fleur et fruict ». « Me JEHAN ALYNE » ; 6 « En unité ». « Me PIERRES AVRIL » ; 7 « Comme nature ». « Me CLEMENT MAROT » ; 8 « Grace sur grace » « Me THOMAS LEPREVOST » ; 9 « En mon concept ». « Me INNOCENT TOURMENTE » ; 10 « Ou bien de Dieu ». « GUILLAUME DE SEVYNGUEHEN » ; 11 « Une et non plus ». « Me THOMAS LEPREVOST » ; 12 « En tout honneur ». « Me PIERRES AVRIL » ; 13 « Pour moy sans plus ». « Me GUILLAUME TYBAULD » ; 14 « Grace nous vient ». « Damp NICOLE LESCARRE » ; 15 « Par mon cher filz ». « Me GUILLAUME THIBAULD » ; 16 « Mauldict serpent ». « AVRIL » ; 17 « Voulez vous myeulx ». « Me JEHAN BROYSE » ; 18 « Nonobstant loy ». « G. DE SEVYNGUEHEN » ; 19 « Au gré d'amour ». « Me GUILLAUME TYBAULD » ; 20 « Est ce bien faict ». « L'abbé DE SAINCT VANDRILLE » ; 21 « Hors paradis ». « Me JAQUES LE LYEUR » ; 1 « Deploracion de l'acteur » ; 2 « Espitre », par « LE LIEUR »

Recueil de copies de pièces.

Contient : 1 « Proces verbal contenant la declaration que le marquis de La Fuente, ambassadeur extraordinaire du roy catholique [Philippe IV] pres du roy [Louis XIV], a faite à Sa Majesté de la part de son maistre, pour satisfaire Sa Majesté sur ce qui estoit arrivé en la ville de Londres le dixieme octobre de l'année 1661, entre les ambassadeurs de France et d'Espagne. 24 mars 1662 » ; 2 « Remonstrance faite au roy » Louis XIV par FREDERIC-MAURICE DE LA TOUR, « duc DE BOUILLON, pour son rang et seance » ; 3 « Requeste presentée au roy [Louis XIV] par LOUIS, prince DE COURTENAY, le 23 mars 1666 » ; 4 « Protestation de monsieur le prince DE COURTENAY et de messieurs ses enfans, faicte entre les mains du roy pour la conservation des droits de leur naissance, le unzieme de feuvrier mil six cens soixante deux » ; 5 « Second Placet de messieurs DE COURTENAY au roy » ; 6 Attestation de COME DE MEDICIS, duc de Florence, en faveur de Roccho de' Guerrini. « Datum Pisiae, anno M.D.LXIIII, die XV maii ». En latin ; 7 « Lettre de JACQUES [Ier], roy d'Angleterre, à Maurice, comte de Nassau, prince d'Oranges, par laquelle il luy done advis qu'il l'a associé à l'ordre de la Jartiere... De nostre cour de Westmunster, le 24 decembre 1612 » ; 8 « Commission de JACQUES [Ier], roy d'Angleterre, à Rudolphe Vinvod, chevalier, son ambassadeur vers messieurs les Estats generaux des provinces unies des Pays Bas, pour doner l'ordre de la Jartiere de sa part à Maurice, comte de Nassau, prince d'Oranges,... En nostre palais de Vestmunster, le 26 de decembre l'an de grace 1612 » ; 9 « Relation de ce qui s'est passé au chasteau de Windsor à la solennité de la feste de St Georges, et installation du prince de Dannemarc et du duc de Montmouth en l'ordre de la Jarretiere » ; 10 « Relation de ce qui s'est passé à Stokolm, lorsque le roy de Suede a receu l'ordre de la Jarretiere que luy avoit envoyé le roy d'Angleterre » ; 11 « Lettres patentes des roys LOUYS XII et HENRY III, par lesquelles il est dit que le pays d'Auxone est un comté et non pas vicomté, et defenses à toutes persones de l'apeller autrement que comté » ; 12 à 14 Trois pièces formant une « relation de ce qui s'est passé en l'assemblée generale du clergé » à « Pontoise, en l'an 1660, entre l'evesque d'Autun Louis Doni d'Attichy et l'abbé de Richelieu, [portant plainte contre] le dit evesque sur ce qu'il avoit escrit du cardinal [de Richelieu] dans son livre des Fleurs de l'histoire des cardinaux » ; 15 et 16 Deux pièces relatives à la même affaire ; 17 « Arrest du parlement de Bourdeaux contre les jurats qui avoient fait publier la paix accordée par le roy aux religionaires ». Mai 1626 ; 18 « Ordonnance de [J. LOUIS DE LA VALETTE], duc D'ESPERNON, portant defense à tous huissiers et sergents de mettre à execution l'arrest cy dessus... Faict à Bourdeaux, le 3 de may 1626 » ; 19 « Second Arrest du parlement de Bourdeaux contre l'ordonnance de monsieur le duc d'Espernon,... Faict à Bourdeaux en parlement, may 1626 » ; 20 « Seconde Ordonance de [J. LOUIS DE LA VALETTE], duc D'ESPERNON, contre l'arrest du parlement de Bourdeaux cy dessus... Faict à Bourdeaux, le 8 de may 1626 » ; 21 « Troisiesme Arrest du parlement de Bourdeaux, portant cessation de l'exercice de la justice pour l'expedition des affaires particulieres... Faict à Bourdeaux en parlement, le 12 may 1626 » ; 22 « Arrest de la cour de parlement de Bourdeaux, portant inhibitions et deffences au sieur duc d'Espernon de prendre et usurper à l'advenir les qualitez de tres haut et puissant prince et d'Altesse, et à toutes personnes de les luy bailler... Faict à Bourdeaux, en parlement, le huitiesme avril mil six cens cinquante » ; 23 à 25 Trois « Pieces concernants la preseance de la ville de Salins sur celle de Dole en l'assemblée des trois Estats du comté de Bourgogne », de 1654 à 1658 ; 26 « Lettres patentes du roy HENRY II du 30 aoust 1556, portant adjudication de la preseance et presidence d'un president de la chambre des comptes de Dijon sur un conseillier du parlement [tant] en la chambre du domaine que dans les assemblées du parlement et de la chambre... Doné à Fonteinebleau, le 30 jour d'aoust 1556 » ; 27 Lettres patentes du roi HENRI II sur le même sujet. « Doné à Chantilly, le 24 mars 1557 » ; 28 « Extraict des registres de la chambre des comptes à Dijon », portant entérinement desdites lettres, « le 6 d'avril 1557, avant Pasques » ; 29 « Lettres par lesquelles le roy HENRY III done à M. Benigne de La Verne, president au parlement de Dijon, l'ordre de chevalerie, l'accolée et ceintq militaire... Doné à Blois, le sixiesme jour d'avril, l'an de grace mil cinq cent soixante et dix sept » ; 30 Enregistrement desdites lettres. « Doné à Dijon, le cinquiesme jour du mois de juin mil cinq cent soixante et dix sept » ; 31 « Coppies des chartres, verifications et enregistremens faits les 19 juillet 1642 et es années 1643 et 1644, pour l'union des terres et comtez de Bury, Donzain, Molineuf, Blemars en Blaisois, en une seule et mesme conté, et nommées par le roy le comté de Rostaing, en faveur de Mre Charles, marquis de Rostaing, au lieu du marquisat de Rostaing » ; 32 « Provisions de chevalier de grace des ordres militaires de Nostre Dame du Mont Carmel et de St Lazare pour Anthoine de Caboud,... Donné à La Benisson Dieu, le premier jour de decembre mil six cent soixante trois » ; 33 « Confirmation des privileges des ordres militaires de Nostre Dame du Mont Carmel et de St Lazare par le roy LOUYS XIV,... Donné à Paris, au mois d'avril mil six cent soixante quatre » ; 34 Serment fait par GALOYS DE BARAT-CHENCEAU d'observer les deux voeux ajoutés par le pape aux cinq articles du premier voeu de la milice chrétienne de Notre-Dame et St-Michel. « Datum Sti Albini, die sexto octobris, anno milesimo sexcentesimo vigesimo tertio » ; 35 Relation du différend intervenu entre Charles de Bourbon, comte de Soissons, et Maximilien de Béthune, marquis de Rosny, en août 1603 ; 36 « Reglement faict par le roy [LOUIS XIV] entre les officiers du parlement de Dijon et Mr le comte d'Amanzé, lieutenant de roy en Bourgongne au bailliage de Dijon... Faict à Versailles, le VIIe jour de juillet 1674 » ; 37 « Factum pour les gardes de la franchise de la lignée d'Eude le maire de Challo Sainct Maz » ; 38 « Lettres de chevalerie » et « d'accollade du Sr colonnel Fegelly, 1613 » ; 39 « Confirmation des armes de François de Bellegarde, seigneur de Monts, capitaine du chasteau de Nice, par l'empereur CHARLES V, qui y adjouste un aigle de sable à deux testes... Datum Bruxellis, die XIII mensis septembris, anno M.CCCCC.XL ». En latin ; 40 à 42 « Patentes par lesquelles le collier de [l']ordre de la Cosse de Geneste » est accordé à Geoffroy de Belleville, Victor de Lichtereielde, et Robert de Mauny. 6 juillet 1378, 17 décembre 1398 et 7 mars 1406 ; 43 Lettre de BERNARD DE NOGARET, « duc D'EPERNON,... De Lyon, ce 5e octobre 1656 » ; 44 Lettre de BERNARD DE NOGARET, « duc D'ESPERNON, à Mr le president Fyot, contenant son demeslé avec monsieur le comte de Montrevel,... A Bourg, ce 25 septembre 1656 » ; 45 « Reglement faict par le roy LOUYS [XIV] entre Mr le duc d'Espernon et Mr le comte de Montrevel, pour le faict de leurs charges... Faict à Compiegne, le quinziesme de may mil six cent cinquante sept » ; 46 « Brevet de soixante et quinze mille livres donées par le roy LOUYS [XIV] à Mr le comte de Montrevel,... Quinziesme jour de may mil six cens cinquante sept » ; 47 « Arrest du conseil portant reglement pour la seance aux Estatz entre Mr le gouverneur, Mr le premier president et Mr l'evesque d'Autun... Faict à Dijon, le sixiesme jour de novembre mil six cens cinquante huict » ; 48 Lettres closes par lesquelles « LOUIS » XIV reconnaît aux « tresoriers generaux de France en la generallité de Bourgongne » le privilége de lui parler debout. Dijon, 15 novembre 1658. Copie ; 49 « Extraict des registres du conseil privé du roy », énonçant que « les tresoriers generaulx de France en Bourgongne et Bresse, au bureau des finances de Dijon... doresnavant porteront des robbes ». Paris, le 15 février 1678 ; 50 « Lettre de concession du roy LOUYS XI à Galeas, duc de Milan, de porter les armes escartelées de France et du serpent... Doné en nostre ville de Chartres, le cinquiesme jour de novembre, l'an de grace 1467 » ; 51 « Ordonnances de l'ordre de la Toison d'or ». 1429 à 1531 ; 52 Mémoire du pas d'armes de l'arbre de Charlemagne, près Dijon, publié par Pierre de Beaufremont, en 1443 ; 53 « Erectio Matisconensis comitatus in Franciae parriam, in gratiam Joannis Matisconensis et Pictaviensis comitis... Datum apud S. Dionysium in Francia, anno Domini M.CCC.LIX, mense septembris ». En latin ; 54 Preuves généalogiques de François Damas, baron de Thianges, pour être reçu dans l'ordre du St-Esprit ; 55 « Arest doné le 5 de may 1633 contre [Charles de Lorraine], duc d'Elboeuf, et[Charles] marquis de La Vieuville, degradés de l'ordre du St Esprit » ; 56 « Arrest du mesme jour doné au chapitre de l'ordre du St Esprit, sur la preseance des chevaliers » ; 57 Traité entre Charles-Emmanuel, duc de Savoie, et l'électeur palatin, relativement au titre d'Altesse Royale que l'électeur accorde au duc. « Ratisbonae, die 5 junii anni 1666 ». En latin ; 58 « Decretum consistoriale S. D. N. URBANI papae VIII de titulis S. R. E. cardinalium, die X junii M.DC.XXX, in consistorio secreto ». En latin ; 59 « Protestation de MAURICE, cardinal DE SAVOYE, servant de response à la lettre à luy escritte par le college des cardinaux touchant le titre d'eminentissime, et escrite par le dit cardinal à Mr Castracani, nonce de Sa Saincteté resident à Turin... D'Asti, questo 24 settembre 1630 ». En italien ; 60 « Extraict des registres des deliberations particulierement faites en la chambre de la noblesse, pendant l'assemblée des Estats de Bourgongne, tenus en la ville de Dijon, es mois de may et juin mil six cens soixante cinq » ; 61 « Copie tirée de l'original de la lettre en espagnol de ST AUNEZ à don Gabriel de Loupion, vice roy de Catalogne. 1666 » ; 62 Vers satiriques sur François d'Aubusson, comte de La Feuillade ; 63 « Provisions de la charge de mareschal de France pour [Antoine Coeffier], marquis d'Effiat,... Doné à Paris, le Ier jour de janvier, l'an de grace 1631 » ; 64 « Discours des rangs et preseances, par BERNARD DE GIRARDI, sieur DU HAILLAN » ; 65 « Lettres de noblesse accordées par le roy LOUIS [XIV] à M. Le Brun, premier peintre de Sa Majesté... Données à Paris, au mois d'octobre, l'an de grace 1662 » ; 66 Lettres de comte palatin accordées par FERDINAND III à Samuel Guichenon. « Datum in civitate nostra Viennae, die prima julii anno millesimo sexcentesimo quinquagesimo primo ». En latin ; 67 Lettres de chevalier de l'ordre de St-Maurice et St-Lazare, accordées par CHARLES-EMMANUEL, duc DE SAVOIE, à Samuel Guichenon. « Datas Augustae Taurinorum, die 20 maii 1661 ». En latin ; 68 « Reglement faict par le roy [LOUIS XIII] pour le rang et seance des princes enfants naturels des roys et de ceux issus des maisons souveraines estrangeres... A Fontainebleau, le 15e jour de septembre 1629 » ; 69 « Copie des lettres ou privilege de noblesse que les Venitiens donnerent à feu monseigneur de Joieuse, qui fut tué à la bataille de Coutras, passant par Venize au mois d'aoust 1583 ». En latin ; 70 « Recueil de divers passages pour justifier de l'ancienne confraternité des citoyens de Rome avec ceux d'Autun »

Genèse, traduit par Pietro da Napoli.

Traduction de la Genèse en vers rimés regroupés en strophes de huit.F. 3-118 : "Incipit liber Genesis per magistro Petrum de Neapoli ...-... Finisce el Genesis divulgato e rimato per magistro Petro da Napoli, in Cremona. Explicit liber Genesis. Incipit liber Exodi ".

Poésies françaises de WATRIQUET DE COUVIN.

Contient : « Li Mireoir as dames » ; « Dit du conestable de France, conte de Porchieus, nommez Gauchier de Chastillon » ; « Dit de la nois » ; « Dit de l'yraigne et du crapot » ; « Dit de fortune » ; « Dit des Mahommés » ; « Dit de l'arbre roial » ; « Dit de la fontaine d'amours » ; « La Confession Watriquet » ; « Dit de haute honneur, comment le pere enseigne au filz » ; « Li Enseignement du jone prince » ; « Dit de loiauté » ; « Dit de l'ortie » ; « Le Despit du monde » ; « Dit des.IIII. sieges » ; « Dit du preus chevalier » ; « Le Mireoir ans princes » ; « Le Tournoi des dames az chevaliers, » ou « les Paraboles de venté » ; « Dit du roy » ; « Dit de la cygoigne » ; « Ave Maria de Nostre Dame » ; « Li fatras de quoi Raimondin et Watriquet desputerent le jour de Pasques devant le roy Phelippe de France »

« Cy apres commencent les croniques de France abregiées : comment le royaulme de Gaules fut commanciez et depuis nommez France, et comment la cité de Lutesse fut construite et depuis nommée Paris, et aussi parle de tous les roys qui y ont estés, et dont ils sont premierement venus, et de pluseurs autres qui d'eulx sont descendus; par especial depuis la destruction de Troye la Grant et jusques en l'an de grace Nostre Seigneur Jhesu Crist mil quatre cens et trente, et depuis » jusqu'en 1506. (Fol. 1 à 21).

Contient : 1 Quatre vers, dont le premier est ainsi : « Debat contre mes debateurs » ; 2 « Par le roy en son conseil, monseigneur le constable present. Blondeau »

Estimation des longueurs de branche et artefact sur la datation moléculaire

La phylogénie moléculaire fournit un outil complémentaire aux études paléontologiques et géologiques en permettant la construction des relations phylogénétiques entre espèces ainsi que l’estimation du temps de leur divergence. Cependant lorsqu’un arbre phylogénétique est inféré, les chercheurs se focalisent surtout sur la topologie, c'est-à-dire l’ordre de branchement relatif des différents nœuds. Les longueurs des branches de cette phylogénie sont souvent considérées comme des sous-produits, des paramètres de nuisances apportant peu d’information. Elles constituent cependant l’information primaire pour réaliser des datations moléculaires. Or la saturation, la présence de substitutions multiples à une même position, est un artefact qui conduit à une sous-estimation systématique des longueurs de branche. Nous avons décidé d’estimer l‘influence de la saturation et son impact sur l’estimation de l’âge de divergence. Nous avons choisi d’étudier le génome mitochondrial des mammifères qui est supposé avoir un niveau élevé de saturation et qui est disponible pour de nombreuses espèces. De plus, les relations phylogénétiques des mammifères sont connues, ce qui nous a permis de fixer la topologie, contrôlant ainsi un des paramètres influant la longueur des branches. Nous avons utilisé principalement deux méthodes pour améliorer la détection des substitutions multiples : (i) l’augmentation du nombre d’espèces afin de briser les plus longues branches de l’arbre et (ii) des modèles d’évolution des séquences plus ou moins réalistes. Les résultats montrèrent que la sous-estimation des longueurs de branche était très importante (jusqu'à un facteur de 3) et que l’utilisation d'un grand nombre d’espèces est un facteur qui influence beaucoup plus la détection de substitutions multiples que l’amélioration des modèles d’évolutions de séquences. Cela suggère que même les modèles d’évolution les plus complexes disponibles actuellement, (exemple: modèle CAT+Covarion, qui prend en compte l’hétérogénéité des processus de substitution entre positions et des vitesses d’évolution au cours du temps) sont encore loin de capter toute la complexité des processus biologiques. Malgré l’importance de la sous-estimation des longueurs de branche, l’impact sur les datations est apparu être relativement faible, car la sous-estimation est plus ou moins homothétique. Cela est particulièrement vrai pour les modèles d’évolution. Cependant, comme les substitutions multiples sont le plus efficacement détectées en brisant les branches en fragments les plus courts possibles via l’ajout d’espèces, se pose le problème du biais dans l’échantillonnage taxonomique, biais dû à l‘extinction pendant l’histoire de la vie sur terre. Comme ce biais entraine une sous-estimation non-homothétique, nous considérons qu’il est indispensable d’améliorer les modèles d’évolution des séquences et proposons que le protocole élaboré dans ce travail permettra d’évaluer leur efficacité vis-à-vis de la saturation.

Un formalisme pour la traçabilité des transformations

Dans le développement logiciel en industrie, les documents de spécification jouent un rôle important pour la communication entre les analystes et les développeurs. Cependant, avec le temps, les changements de personel et les échéances toujours plus courtes, ces documents sont souvent obsolètes ou incohérents avec l'état effectif du système, i.e., son code source. Pourtant, il est nécessaire que les composants du système logiciel soient conservés à jour et cohérents avec leurs documents de spécifications pour faciliter leur développement et maintenance et, ainsi, pour en réduire les coûts. Maintenir la cohérence entre spécification et code source nécessite de pouvoir représenter les changements sur les uns et les autres et de pouvoir appliquer ces changements de manière cohérente et automatique. Nous proposons une solution permettant de décrire une représentation d'un logiciel ainsi qu'un formalisme mathématique permettant de décrire et de manipuler l'évolution des composants de ces représentations. Le formalisme est basé sur les triplets de Hoare pour représenter les transformations et sur la théorie des groupes et des homomorphismes de groupes pour manipuler ces transformations et permettrent leur application sur les différentes représentations du système. Nous illustrons notre formalisme sur deux représentations d'un système logiciel : PADL, une représentation architecturale de haut niveau (semblable à UML), et JCT, un arbre de syntaxe abstrait basé sur Java. Nous définissons également des transformations représentant l'évolution de ces représentations et la transposition permettant de reporter les transformations d'une représentation sur l'autre. Enfin, nous avons développé et décrivons brièvement une implémentation de notre illustration, un plugiciel pour l'IDE Eclipse détectant les transformations effectuées sur le code par les développeurs et un générateur de code pour l'intégration de nouvelles représentations dans l'implémentation.

Approches algorithmiques pour l’inférence d’histoires de duplication en tandem avec inversions et délétions pour des familles multigéniques

[Français] Une fraction importante des génomes eucaryotes est constituée de Gènes Répétés en Tandem (GRT). Un mécanisme fondamental dans l’évolution des GRT est la recombinaison inégale durant la méiose, entrainant la duplication locale (en tandem) de segments chromosomiques contenant un ou plusieurs gènes adjacents. Différents algorithmes ont été proposés pour inférer une histoire de duplication en tandem pour un cluster de GRT. Cependant, leur utilisation est limitée dans la pratique, car ils ne tiennent pas compte d’autres événements évolutifs pourtant fréquents, comme les inversions, les duplications inversées et les délétions. Cette thèse propose différentes approches algorithmiques permettant d’intégrer ces événements dans le modèle de duplication en tandem classique. Nos contributions sont les suivantes: • Intégrer les inversions dans un modèle de duplication en tandem simple (duplication d’un gène à la fois) et proposer un algorithme exact permettant de calculer le nombre minimal d’inversions s’étant produites dans l’évolution d’un cluster de GRT. • Généraliser ce modèle pour l’étude d’un ensemble de clusters orthologues dans plusieurs espèces. • Proposer un algorithme permettant d’inférer l’histoire évolutive d’un cluster de GRT en tenant compte des duplications en tandem, duplications inversées, inversions et délétions de segments chromosomiques contenant un ou plusieurs gènes adjacents.

A phylogenomics approach to resolving fungal evolution, and phylogenetic method development

Bien que les champignons soient régulièrement utilisés comme modèle d'étude des systèmes eucaryotes, leurs relations phylogénétiques soulèvent encore des questions controversées. Parmi celles-ci, la classification des zygomycètes reste inconsistante. Ils sont potentiellement paraphylétiques, i.e. regroupent de lignées fongiques non directement affiliées. La position phylogénétique du genre Schizosaccharomyces est aussi controversée: appartient-il aux Taphrinomycotina (précédemment connus comme archiascomycetes) comme prédit par l'analyse de gènes nucléaires, ou est-il plutôt relié aux Saccharomycotina (levures bourgeonnantes) tel que le suggère la phylogénie mitochondriale? Une autre question concerne la position phylogénétique des nucléariides, un groupe d'eucaryotes amiboïdes que l'on suppose étroitement relié aux champignons. Des analyses multi-gènes réalisées antérieurement n'ont pu conclure, étant donné le choix d'un nombre réduit de taxons et l'utilisation de six gènes nucléaires seulement. Nous avons abordé ces questions par le biais d'inférences phylogénétiques et tests statistiques appliqués à des assemblages de données phylogénomiques nucléaires et mitochondriales. D'après nos résultats, les zygomycètes sont paraphylétiques (Chapitre 2) bien que le signal phylogénétique issu du jeu de données mitochondriales disponibles est insuffisant pour résoudre l'ordre de cet embranchement avec une confiance statistique significative. Dans le Chapitre 3, nous montrons à l'aide d'un jeu de données nucléaires important (plus de cent protéines) et avec supports statistiques concluants, que le genre Schizosaccharomyces appartient aux Taphrinomycotina. De plus, nous démontrons que le regroupement conflictuel des Schizosaccharomyces avec les Saccharomycotina, venant des données mitochondriales, est le résultat d'un type d'erreur phylogénétique connu: l'attraction des longues branches (ALB), un artéfact menant au regroupement d'espèces dont le taux d'évolution rapide n'est pas représentatif de leur véritable position dans l'arbre phylogénétique. Dans le Chapitre 4, en utilisant encore un important jeu de données nucléaires, nous démontrons avec support statistique significatif que les nucleariides constituent le groupe lié de plus près aux champignons. Nous confirmons aussi la paraphylie des zygomycètes traditionnels tel que suggéré précédemment, avec support statistique significatif, bien que ne pouvant placer tous les membres du groupe avec confiance. Nos résultats remettent en cause des aspects d'une récente reclassification taxonomique des zygomycètes et de leurs voisins, les chytridiomycètes. Contrer ou minimiser les artéfacts phylogénétiques telle l'attraction des longues branches (ALB) constitue une question récurrente majeure. Dans ce sens, nous avons développé une nouvelle méthode (Chapitre 5) qui identifie et élimine dans une séquence les sites présentant une grande variation du taux d'évolution (sites fortement hétérotaches - sites HH); ces sites sont connus comme contribuant significativement au phénomène d'ALB. Notre méthode est basée sur un test de rapport de vraisemblance (likelihood ratio test, LRT). Deux jeux de données publiés précédemment sont utilisés pour démontrer que le retrait graduel des sites HH chez les espèces à évolution accélérée (sensibles à l'ALB) augmente significativement le support pour la topologie « vraie » attendue, et ce, de façon plus efficace comparée à d'autres méthodes publiées de retrait de sites de séquences. Néanmoins, et de façon générale, la manipulation de données préalable à l'analyse est loin d’être idéale. Les développements futurs devront viser l'intégration de l'identification et la pondération des sites HH au processus d'inférence phylogénétique lui-même.

Facteurs de risque de chutes chez les aînés vivant dans la communauté et ayant recours aux services de soutien à domicile : covariables dépendantes du temps et événements récurrents

Les chutes chez les personnes âgées représentent un problème majeur. Il n’est donc pas étonnant que l’identification des facteurs qui en accroissent le risque ait mobilisé autant d’attention. Les aînés plus fragiles ayant besoin de soutien pour vivre dans la communauté sont néanmoins demeurés le parent pauvre de la recherche, bien que, plus récemment, les autorités québécoises en aient fait une cible d’intervention prioritaire. Les études d’observation prospectives sont particulièrement indiquées pour étudier les facteurs de risque de chutes chez les personnes âgées. Leur identification optimale est cependant compliquée par le fait que l’exposition aux facteurs de risque peut varier au cours du suivi et qu’un même individu peut subir plus d’un événement. Il y a 20 ans, des chercheurs ont tenté de sensibiliser leurs homologues à cet égard, mais leurs efforts sont demeurés vains. On continue aujourd’hui à faire peu de cas de ces considérations, se concentrant sur la proportion des personnes ayant fait une chute ou sur le temps écoulé jusqu’à la première chute. On écarte du coup une quantité importante d’information pertinente. Dans cette thèse, nous examinons les méthodes en usage et nous proposons une extension du modèle de risques de Cox. Nous illustrons cette méthode par une étude des facteurs de risque susceptibles d’être associés à des chutes parmi un groupe de 959 personnes âgées ayant eu recours aux services publics de soutien à domicile. Nous comparons les résultats obtenus avec la méthode de Wei, Lin et Weissfeld à ceux obtenus avec d’autres méthodes, dont la régression logistique conventionnelle, la régression logistique groupée, la régression binomiale négative et la régression d’Andersen et Gill. L’investigation est caractérisée par des prises de mesures répétées des facteurs de risque au domicile des participants et par des relances téléphoniques mensuelles visant à documenter la survenue des chutes. Les facteurs d’exposition étudiés, qu’ils soient fixes ou variables dans le temps, comprennent les caractéristiques sociodémographiques, l’indice de masse corporelle, le risque nutritionnel, la consommation d’alcool, les dangers de l’environnement domiciliaire, la démarche et l’équilibre, et la consommation de médicaments. La quasi-totalité (99,6 %) des usagers présentaient au moins un facteur à haut risque. L’exposition à des risques multiples était répandue, avec une moyenne de 2,7 facteurs à haut risque distincts par participant. Les facteurs statistiquement associés au risque de chutes incluent le sexe masculin, les tranches d’âge inférieures, l’histoire de chutes antérieures, un bas score à l’échelle d’équilibre de Berg, un faible indice de masse corporelle, la consommation de médicaments de type benzodiazépine, le nombre de dangers présents au domicile et le fait de vivre dans une résidence privée pour personnes âgées. Nos résultats révèlent cependant que les méthodes courantes d’analyse des facteurs de risque de chutes – et, dans certains cas, de chutes nécessitant un recours médical – créent des biais appréciables. Les biais pour les mesures d’association considérées proviennent de la manière dont l’exposition et le résultat sont mesurés et définis de même que de la manière dont les méthodes statistiques d’analyse en tiennent compte. Une dernière partie, tout aussi innovante que distincte de par la nature des outils statistiques utilisés, complète l’ouvrage. Nous y identifions des profils d’aînés à risque de devenir des chuteurs récurrents, soit ceux chez qui au moins deux chutes sont survenues dans les six mois suivant leur évaluation initiale. Une analyse par arbre de régression et de classification couplée à une analyse de survie a révélé l’existence de cinq profils distinctifs, dont le risque relatif varie de 0,7 à 5,1. Vivre dans une résidence pour aînés, avoir des antécédents de chutes multiples ou des troubles de l’équilibre et consommer de l’alcool sont les principaux facteurs associés à une probabilité accrue de chuter précocement et de devenir un chuteur récurrent. Qu’il s’agisse d’activité de dépistage des facteurs de risque de chutes ou de la population ciblée, cette thèse s’inscrit dans une perspective de gain de connaissances sur un thème hautement d’actualité en santé publique. Nous encourageons les chercheurs intéressés par l’identification des facteurs de risque de chutes chez les personnes âgées à recourir à la méthode statistique de Wei, Lin et Weissfeld car elle tient compte des expositions variables dans le temps et des événements récurrents. Davantage de recherches seront par ailleurs nécessaires pour déterminer le choix du meilleur test de dépistage pour un facteur de risque donné chez cette clientèle.

Essais sur la gestion des ressources forestières

Cette thèse est composée de trois essais en économie forestière. Les deux premiers s'intéressent à la fixation de la redevance optimale à laquelle fait face le propriétaire d'une ressource forestière dans un contexte d'information asymétrique. Le troisième analyse l'impact à long terme du recyclage sur la surface de terre affectée à la forêt. La gestion des ressources forestières implique souvent la délégation des droits de coupe par le propriétaire forestier à une entreprise exploitante. Cette délégation prend la forme d'un contrat de concession par lequel le propriétaire forestier octroie les droits d'exploitation aux compagnies forestières, en contrepartie d'une redevance (transfert monétaire). L'octroie des droits d'exploitation s'effectue généralement sous plusieurs modes, dont les plus répandus sont les appels d'offres publics et les contrats de gré à gré, où le propriétaire forestier et la firme exploitante spécifient entre autres la redevance dans les clauses d'exploitation de la forêt. Pour déterminer le mécanisme optimal (choix de la firme, âge de coupe et redevance), le propriétaire forestier a idéalement besoin de connaître les coûts de coupe et de reboisement. Or en réalité, les firmes sont mieux informées sur leurs coûts que le propriétaire forestier. Dans ce contexte d'information asymétrique, le mécanisme optimal doit donc prendre en considération des contraintes informationnelles. Les deux premiers essais caractérisent, sous ces conditions, l'âge de coupe optimal (la rotation optimale) et la redevance optimale. Le premier essai examine le contrat optimal quand le propriétaire forestier cède les droits de coupes à une firme par un accord de gré à gré ou par une procédure d'appel d'offre public au second prix. L'analyse du problème est menée premièrement dans un contexte statique, dans le sens que les coûts de coupe sont parfaitement corrélés dans le temps, puis dans un contexte dynamique, où les coûts sont indépendants dans le temps. L'examen en statique et en dynamique montre que la rotation optimale va satisfaire une version modifiée de la règle de Faustmann qui prévaudrait en information symétrique. Cette modification est nécessaire afin d'inciter la firme à révéler ses vrais coûts. Dans le cas statique, il en résulte que la rotation optimale est plus élevée en information asymétrique qu'en situation de pleine information. Nous montrons également comment le seuil maximal de coût de coupe peut être endogénéisé, afin de permettre au propriétaire d'accroître son profit espéré en s'assurant que les forêts non profitables ne seront pas exploitées. Nous comparons ensuite la redevance optimale en information asymétrique et symétrique. Les redevances forestières dans un arrangement de gré à gré étant généralement, en pratique, une fonction linéaire du volume de bois, nous dérivons le contrat optimal en imposant une telle forme de redevance et nous caractérisons la perte en terme de profit espéré qui résulte de l'utilisation de ce type de contrat plutôt que du contrat non linéaire plus général. Finalement, toujours dans le contexte statique, nous montrons à travers un mécanisme optimal d'enchère au second prix qu'en introduisant ainsi la compétition entre les firmes le propriétaire forestier augmente son profit espéré. Les résultats obtenus dans le contexte dynamique diffèrent pour la plupart de ceux obtenus dans le cas statique. Nous montrons que le contrat optimal prévoit alors que chaque type de firme, incluant celle ayant le coût le plus élevé, obtient une rente strictement positive, laquelle augmente dans le temps. Ceci est nécessaire pour obtenir la révélation à moindre coût à la période courante du véritable type de la firme. Comme implication, la rotation optimale s'accroît aussi dans le temps. Finalement, nous montrons qu'il y a distorsion en asymétrique d'information par rapport à l'optimum de pleine information même pour le coût le plus bas (la réalisation la plus favorable). La concurrence introduite dans le premier essai sous forme d'enchère au second prix suppose que chaque firme connaît exactement son propre coût de coupe. Dans le deuxième essai nous relâchons cette hypothèse. En réalité, ni le propriétaire forestier ni les firmes ne connaissent avec précision les coûts de coupe. Chaque firme observe de manière privée un signal sur son coût. Par exemple chaque firme est autorisée à visiter un lot pour avoir une estimation (signal) de son coût de coupe. Cependant cette évaluation est approximative. Ainsi, le coût de chaque firme va dépendre des estimations (signaux) d'autres firmes participantes. Nous sommes en présence d'un mécanisme à valeurs interdépendantes. Dans ce contexte, la valeur d'une allocation dépend des signaux de toutes les firmes. Le mécanisme optimal (attribution des droits d'exploitation, redevance et âge de coupe) est exploré. Nous déterminons les conditions sous lesquelles le mécanisme optimal peut être implémenté par une enchère au second prix et dérivons la rotation optimale et le prix de réserve dans le contexte de ce type d'enchère. Le troisième essai de la thèse analyse l'impact à long terme du recyclage sur la surface de terre affectée à la forêt. L'un des principaux arguments qui milite en faveur du recours au recyclage est que cela entraînerait une réduction de la coupe de bois, épargnant ainsi des arbres. L'objectif est donc d'aboutir à un nombre d'arbres plus important qu'en l'absence de recyclage. L'idée d'accroître le stock d'arbre tient au fait que les forêts génèrent des externalités: elles créent un flux de services récréatifs, freinent l'érosion des sols et des rives des cours d'eau et absorbent du dioxyde de carbone présent dans l'atmosphère. Étant donné la présence d'externalités, l'équilibre des marchés résulterait en un nombre d'arbre insuffisant, justifiant donc la mise en oeuvre de politiques visant à l'accroître. Le but de ce troisième essai est de voir dans quelle mesure la promotion du recyclage est un instrument approprié pour atteindre un tel objectif. En d'autres mots, comment le recyclage affecte-t-il à long terme la surface de terre en forêt et l'âge de coupe? Nous étudions cette question en spécifiant un modèle dynamique d'allocation d'un terrain donné, par un propriétaire forestier privé, entre la forêt et une utilisation alternative du terrain, comme l'agriculture. Une fois les arbres coupés, il décide d'une nouvelle allocation du terrain. Il le fait indéfiniment comme dans le cadre du modèle de Faustmann. Le bois coupé est transformé en produit final qui est en partie recyclé comme substitut du bois original. Ainsi, les outputs passés affectent le prix courant. Nous montrons que, paradoxalement, un accroissement du taux de recyclage réduira à long terme la surface forestière et donc diminuera le nombre d'arbres plantés. Par contre l'âge de coupe optimal va s'accroître. L'effet net sur le volume de bois offert sur le marché est ambigu. Le principal message cependant est qu'à long terme le recyclage va résulter en une surface en forêt plus petite et non plus grande. Donc, si le but est d'accroître la surface en forêt, il pourrait être préférable de faire appel à d'autres types d'instruments de politique que celui d'encourager le recyclage.

Phylogénomique des Archées

Les transferts horizontaux de gènes (THG) ont été démontrés pour jouer un rôle important dans l'évolution des procaryotes. Leur impact a été le sujet de débats intenses, ceux-ci allant même jusqu'à l'abandon de l'arbre des espèces. Selon certaines études, un signal historique dominant est présent chez les procaryotes, puisque les transmissions horizontales stables et fonctionnelles semblent beaucoup plus rares que les transmissions verticales (des dizaines contre des milliards). Cependant, l'effet cumulatif des THG est non-négligeable et peut potentiellement affecter l'inférence phylogénétique. Conséquemment, la plupart des chercheurs basent leurs inférences phylogénétiques sur un faible nombre de gènes rarement transférés, comme les protéines ribosomales. Ceux-ci n'accordent cependant pas autant d'importance au modèle d'évolution utilisé, même s'il a été démontré que celui-ci est important lorsqu'il est question de résoudre certaines divergences entre ancêtres d'espèces, comme pour les animaux par exemple. Dans ce mémoire, nous avons utilisé des simulations et analyser des jeux de données d'Archées afin d'étudier l'impact relatif des THG ainsi que l'impact des modèles d'évolution sur la précision phylogénétique. Nos simulations prouvent que (1) les THG ont un impact limité sur les phylogénies, considérant un taux de transferts réaliste et que (2) l'approche super-matrice est plus précise que l'approche super-arbre. Nous avons également observé que les modèles complexes expliquent non seulement mieux les données que les modèles standards, mais peuvent avoir un impact direct sur différents groupes phylogénétiques et sur la robustesse de l'arbre obtenu. Nos résultats contredisent une publication récente proposant que les Thaumarchaeota apparaissent à la base de l'arbre des Archées.

L’arbre de régression multivariable et les modèles linéaires généralisés revisités : applications à l’étude de la diversité bêta et à l’estimation de la biomasse d’arbres tropicaux

En écologie, dans le cadre par exemple d’études des services fournis par les écosystèmes, les modélisations descriptive, explicative et prédictive ont toutes trois leur place distincte. Certaines situations bien précises requièrent soit l’un soit l’autre de ces types de modélisation ; le bon choix s’impose afin de pouvoir faire du modèle un usage conforme aux objectifs de l’étude. Dans le cadre de ce travail, nous explorons dans un premier temps le pouvoir explicatif de l’arbre de régression multivariable (ARM). Cette méthode de modélisation est basée sur un algorithme récursif de bipartition et une méthode de rééchantillonage permettant l’élagage du modèle final, qui est un arbre, afin d’obtenir le modèle produisant les meilleures prédictions. Cette analyse asymétrique à deux tableaux permet l’obtention de groupes homogènes d’objets du tableau réponse, les divisions entre les groupes correspondant à des points de coupure des variables du tableau explicatif marquant les changements les plus abrupts de la réponse. Nous démontrons qu’afin de calculer le pouvoir explicatif de l’ARM, on doit définir un coefficient de détermination ajusté dans lequel les degrés de liberté du modèle sont estimés à l’aide d’un algorithme. Cette estimation du coefficient de détermination de la population est pratiquement non biaisée. Puisque l’ARM sous-tend des prémisses de discontinuité alors que l’analyse canonique de redondance (ACR) modélise des gradients linéaires continus, la comparaison de leur pouvoir explicatif respectif permet entre autres de distinguer quel type de patron la réponse suit en fonction des variables explicatives. La comparaison du pouvoir explicatif entre l’ACR et l’ARM a été motivée par l’utilisation extensive de l’ACR afin d’étudier la diversité bêta. Toujours dans une optique explicative, nous définissons une nouvelle procédure appelée l’arbre de régression multivariable en cascade (ARMC) qui permet de construire un modèle tout en imposant un ordre hiérarchique aux hypothèses à l’étude. Cette nouvelle procédure permet d’entreprendre l’étude de l’effet hiérarchisé de deux jeux de variables explicatives, principal et subordonné, puis de calculer leur pouvoir explicatif. L’interprétation du modèle final se fait comme dans une MANOVA hiérarchique. On peut trouver dans les résultats de cette analyse des informations supplémentaires quant aux liens qui existent entre la réponse et les variables explicatives, par exemple des interactions entres les deux jeux explicatifs qui n’étaient pas mises en évidence par l’analyse ARM usuelle. D’autre part, on étudie le pouvoir prédictif des modèles linéaires généralisés en modélisant la biomasse de différentes espèces d’arbre tropicaux en fonction de certaines de leurs mesures allométriques. Plus particulièrement, nous examinons la capacité des structures d’erreur gaussienne et gamma à fournir les prédictions les plus précises. Nous montrons que pour une espèce en particulier, le pouvoir prédictif d’un modèle faisant usage de la structure d’erreur gamma est supérieur. Cette étude s’insère dans un cadre pratique et se veut un exemple pour les gestionnaires voulant estimer précisément la capture du carbone par des plantations d’arbres tropicaux. Nos conclusions pourraient faire partie intégrante d’un programme de réduction des émissions de carbone par les changements d’utilisation des terres.

Modélisation procédurale par composants

Le réalisme des images en infographie exige de créer des objets (ou des scènes) de plus en plus complexes, ce qui entraîne des coûts considérables. La modélisation procédurale peut aider à automatiser le processus de création, à simplifier le processus de modification ou à générer de multiples variantes d'une instance d'objet. Cependant même si plusieurs méthodes procédurales existent, aucune méthode unique permet de créer tous les types d'objets complexes, dont en particulier un édifice complet. Les travaux réalisés dans le cadre de cette thèse proposent deux solutions au problème de la modélisation procédurale: une solution au niveau de la géométrie de base, et l’autre sous forme d'un système général adapté à la modélisation des objets complexes. Premièrement, nous présentons le bloc, une nouvelle primitive de modélisation simple et générale, basée sur une forme cubique généralisée. Les blocs sont disposés et connectés entre eux pour constituer la forme de base des objets, à partir de laquelle est extrait un maillage de contrôle pouvant produire des arêtes lisses et vives. La nature volumétrique des blocs permet une spécification simple de la topologie, ainsi que le support des opérations de CSG entre les blocs. La paramétrisation de la surface, héritée des faces des blocs, fournit un soutien pour les textures et les fonctions de déplacements afin d'appliquer des détails de surface. Une variété d'exemples illustrent la généralité des blocs dans des contextes de modélisation à la fois interactive et procédurale. Deuxièmement, nous présentons un nouveau système de modélisation procédurale qui unifie diverses techniques dans un cadre commun. Notre système repose sur le concept de composants pour définir spatialement et sémantiquement divers éléments. À travers une série de déclarations successives exécutées sur un sous-ensemble de composants obtenus à l'aide de requêtes, nous créons un arbre de composants définissant ultimement un objet dont la géométrie est générée à l'aide des blocs. Nous avons appliqué notre concept de modélisation par composants à la génération d'édifices complets, avec intérieurs et extérieurs cohérents. Ce nouveau système s'avère général et bien adapté pour le partionnement des espaces, l'insertion d'ouvertures (portes et fenêtres), l'intégration d'escaliers, la décoration de façades et de murs, l'agencement de meubles, et diverses autres opérations nécessaires lors de la construction d'un édifice complet.