T-Coffee: a web server for the multiple sequence alignment of protein and RNA sequences using structural information and homology extension.

This article introduces a new interface for T-Coffee, a consistency-based multiple sequence alignment program. This interface provides an easy and intuitive access to the most popular functionality of the package. These include the default T-Coffee mode for protein and nucleic acid sequences, the M-Coffee mode that allows combining the output of any other aligners, and template-based modes of T-Coffee that deliver high accuracy alignments while using structural or homology derived templates. These three available template modes are Expresso for the alignment of protein with a known 3D-Structure, R-Coffee to align RNA sequences with conserved secondary structures and PSI-Coffee to accurately align distantly related sequences using homology extension. The new server benefits from recent improvements of the T-Coffee algorithm and can align up to 150 sequences as long as 10,000 residues and is available from both http://www.tcoffee.org and its main mirror http://tcoffee.crg.cat.

Developing a web portal for managing marketing campaign information

Diplomityö liittyy Accenturen projektiin, jossa kehitettiin asiakkaalle CMS Web-portaali, jonka tarkoitus on tarjota mekanismi tuote- ja kampanjainformaation luontiin ja hallintaan sekä hallita niihin liittyviä budjettiprosesseja yrityksen Intranetissä. Työn tavoitteena on kuvata CMS-portaalin kehitysprosessia ja koota projektin aikana saadut opit ja parannusehdotukset. Tavoitteena on myös esittää ideoita havaittujen ongelmien ehkäisemiseksi tulevissa projekteissa. Portaalin kehitysprojektinsuurimmat haasteet liittyivät tietojärjestelmien kehitysympäristöihin, portaali- ja sisällönhallintapuolen yhdistämiseen sekä tiimikehitykseen. Kun portaaliprojekti tehdään asiakkaan tiloissa, ei täyttä kontrollia kehitysympäristöistä voi saada. Jos kehitysympäristöjen kanssa on ongelmia, niistä on syytä kommunikoida selkeästi ja ammattimaisesti asiakkaan kehitysympäristöistä vastaavalle taholle. Yhteistyö ja hyvät henkilökohtaiset suhteet asiakkaan kanssaovat tärkeitä. Jos portaalin sisällönhallintatarpeet eivät ole erittäin rajoittuneet, on suositeltavaa käyttää erillistä sisällönhallintaohjelmistoa portaalin sisällön hallitsemiseksi. Pienemmillekin projekteille tämä mahdollistaa paremmat laajennusmahdollisuudet. Portaali- ja sisällönhallintapuolenyhdistäminen kannattaa tehdä ohjelmistojen tarjoajien ohjeiden mukaan ja yleisiä menettelytapoja noudattaen. Yleisillä menettelytavoilla tarkoitetaan portaalinja sisällönhallinnan yhdistämisessä sitä, että portaali vastaanottaa sisältöä sisällönhallintajärjestelmältä, mutta kaikki sisällön muokkaustoimenpiteet tehdään sisällönhallintajärjestelmän käyttöliittymän kautta. Jos mukautettuja menettelytapoja on käytettävä, näiden kehittämiselle on varattava niiden vaatima aika. Tällöin Web-palveluiden käyttöä kannattaa harkita, koska Web-palvelut auttavat ohjelmistojen yhdistämisessä etenkin, kun yhdistäminen tehdään mukautetusti. Kun portaali tehdään käyttäen tiimikehitystyötä, on käytettävä myös versionhallintajärjestelmää, jolla estetään päällekkäisten muutosten mahdollisuus. Kehitysprosessin yhdenmukaistamiseksi on erittäin suositeltavaa tehdä yleinen kehitysohjedokumentti. Lisäksi on huolehdittava siitä, että kaikki kehittäjät noudattavat yleisiä kehitysohjeita, jotta yhdenmukaisuuden mukanaan tuomat edut saavutetaan mahdollisimman hyvin.

T-Coffee: a web server for the multiple sequence alignment of protein and RNA sequences using structural information and homology extension

This article introduces a new interface for T-Coffee, a consistency-based multiple sequence alignment program. This interface provides an easy and intuitive access to the most popular functionality of the package. These include the default T-Coffee mode for protein and nucleic acid sequences, the M-Coffee mode that allows combining the output of any other aligners, and template-based modes of T-Coffee that deliver high accuracy alignments while using structural or homology derived templates. These three available template modes are Expresso for the alignment of protein with a known 3D-Structure, R-Coffee to align RNA sequences with conserved secondary structures and PSI-Coffee to accurately align distantly related sequences using homology extension. The new server benefits from recent improvements of the T-Coffee algorithm and can align up to 150 sequences as long as 10 000 residues and is available from both http://www.tcoffee.org and its main mirror http://tcoffee.crg.cat.

Managing R&D Content with Web-based KM Software

Työssä tutkittiin tehokasta tietojohtamista globaalin metsäteollisuusyrityksen tutkimus ja kehitys verkostossa. Työn tavoitteena oli rakentaa kuvaus tutkimus ja kehitys sisällön hallintaan kohdeyrityksen käyttämän tietojohtamisohjelmiston avulla. Ensin selvitettiin käsitteitä tietämys ja tietojohtaminen kirjallisuuden avulla. Selvityksen perusteella esitettiin prosessimalli, jolla tietämystä voidaan tehokkaasti hallita yrityksessä. Seuraavaksi analysoitiin tietojohtamisen asettamia vaatimuksia informaatioteknologialle ja informaatioteknologian roolia prosessimallissa. Verkoston vaatimukset tietojohtamista kohtaan selvitettiin haastattelemalla yrityksen avainhenkilöitä. Haastatteluiden perusteella järjestelmän tuli tehokkaasti tukea virtuaalisten projektiryhmien työskentelyä, mahdollistaa tehtaiden välinen tietämyksen jakaminen ja tukea järjestelmään syötetyn sisällön hallintaa. Ensiksi järjestelmän käyttöliittymän rakenne ja salaukset muokattiin vastaamaan verkoston tarpeita. Rakenne tarjoaa työalueen työryhmille ja alueet tehtaiden väliseen tietämyksen jakamiseen. Sisällönhallintaa varten järjestelmään kehitettiin kategoria, profiloitu portaali ja valmiiksi määriteltyjä hakuja. Kehitetty malli tehostaa projektiryhmien työskentelyä, mahdollistaa olemassa olevan tietämyksen hyväksikäytön tehdastasolla sekä helpottaa tutkimus ja kehitys aktiviteettien seurantaa. Toimenpide-ehdotuksina esitetään järjestelmän integrointia tehtaiden operatiivisiin ohjausjärjestelmiin ja ohjelmiston käyttöönottoa tehdastason projektinhallinta työkaluksi.Ehdotusten tavoitteena on varmistaa sekä tehokas tietämyksen jakaminen tehtaiden välillä että tehokas tietojohtaminen tehdastasolla.

Web didáctica para la aproximación de funciones mediante redes neuronales

In this article we presents a project [1] developed to demonstrate the capability that Multi-Layer Perceptrons (MLP) have to approximate non-linear functions [2]. The simulation has been implemented in Java to be used in all the computers by Internet [3], with a simple operation and pleasant interface. The power of the simulations is in the possibility of the user of seeing the evolutions of the approaches, the contribution of each neuron, the control of the different parameters, etc. In addition, to guide the user during the simulation, an online help has been implemented.

BioSWR - Semantic Web services Registry for Bioinformatics

Article About the Authors Metrics Comments Related Content Abstract Introduction Functionality Implementation Discussion Acknowledgments Author Contributions References Reader Comments (0) Figures Abstract Despite of the variety of available Web services registries specially aimed at Life Sciences, their scope is usually restricted to a limited set of well-defined types of services. While dedicated registries are generally tied to a particular format, general-purpose ones are more adherent to standards and usually rely on Web Service Definition Language (WSDL). Although WSDL is quite flexible to support common Web services types, its lack of semantic expressiveness led to various initiatives to describe Web services via ontology languages. Nevertheless, WSDL 2.0 descriptions gained a standard representation based on Web Ontology Language (OWL). BioSWR is a novel Web services registry that provides standard Resource Description Framework (RDF) based Web services descriptions along with the traditional WSDL based ones. The registry provides Web-based interface for Web services registration, querying and annotation, and is also accessible programmatically via Representational State Transfer (REST) API or using a SPARQL Protocol and RDF Query Language. BioSWR server is located at http://inb.bsc.es/BioSWR/and its code is available at https://sourceforge.net/projects/bioswr/​under the LGPL license.

Search Interfaces on the Web: Querying and Characterizing

Current-day web search engines (e.g., Google) do not crawl and index a significant portion of theWeb and, hence, web users relying on search engines only are unable to discover and access a large amount of information from the non-indexable part of the Web. Specifically, dynamic pages generated based on parameters provided by a user via web search forms (or search interfaces) are not indexed by search engines and cannot be found in searchers’ results. Such search interfaces provide web users with an online access to myriads of databases on the Web. In order to obtain some information from a web database of interest, a user issues his/her query by specifying query terms in a search form and receives the query results, a set of dynamic pages that embed required information from a database. At the same time, issuing a query via an arbitrary search interface is an extremely complex task for any kind of automatic agents including web crawlers, which, at least up to the present day, do not even attempt to pass through web forms on a large scale. In this thesis, our primary and key object of study is a huge portion of the Web (hereafter referred as the deep Web) hidden behind web search interfaces. We concentrate on three classes of problems around the deep Web: characterization of deep Web, finding and classifying deep web resources, and querying web databases. Characterizing deep Web: Though the term deep Web was coined in 2000, which is sufficiently long ago for any web-related concept/technology, we still do not know many important characteristics of the deep Web. Another matter of concern is that surveys of the deep Web existing so far are predominantly based on study of deep web sites in English. One can then expect that findings from these surveys may be biased, especially owing to a steady increase in non-English web content. In this way, surveying of national segments of the deep Web is of interest not only to national communities but to the whole web community as well. In this thesis, we propose two new methods for estimating the main parameters of deep Web. We use the suggested methods to estimate the scale of one specific national segment of the Web and report our findings. We also build and make publicly available a dataset describing more than 200 web databases from the national segment of the Web. Finding deep web resources: The deep Web has been growing at a very fast pace. It has been estimated that there are hundred thousands of deep web sites. Due to the huge volume of information in the deep Web, there has been a significant interest to approaches that allow users and computer applications to leverage this information. Most approaches assumed that search interfaces to web databases of interest are already discovered and known to query systems. However, such assumptions do not hold true mostly because of the large scale of the deep Web – indeed, for any given domain of interest there are too many web databases with relevant content. Thus, the ability to locate search interfaces to web databases becomes a key requirement for any application accessing the deep Web. In this thesis, we describe the architecture of the I-Crawler, a system for finding and classifying search interfaces. Specifically, the I-Crawler is intentionally designed to be used in deepWeb characterization studies and for constructing directories of deep web resources. Unlike almost all other approaches to the deep Web existing so far, the I-Crawler is able to recognize and analyze JavaScript-rich and non-HTML searchable forms. Querying web databases: Retrieving information by filling out web search forms is a typical task for a web user. This is all the more so as interfaces of conventional search engines are also web forms. At present, a user needs to manually provide input values to search interfaces and then extract required data from the pages with results. The manual filling out forms is not feasible and cumbersome in cases of complex queries but such kind of queries are essential for many web searches especially in the area of e-commerce. In this way, the automation of querying and retrieving data behind search interfaces is desirable and essential for such tasks as building domain-independent deep web crawlers and automated web agents, searching for domain-specific information (vertical search engines), and for extraction and integration of information from various deep web resources. We present a data model for representing search interfaces and discuss techniques for extracting field labels, client-side scripts and structured data from HTML pages. We also describe a representation of result pages and discuss how to extract and store results of form queries. Besides, we present a user-friendly and expressive form query language that allows one to retrieve information behind search interfaces and extract useful data from the result pages based on specified conditions. We implement a prototype system for querying web databases and describe its architecture and components design.

Prototype of a web-based participative decision support platform in natural hazards and risk management

This paper presents the current state and development of a prototype web-GIS (Geographic Information System) decision support platform intended for application in natural hazards and risk management, mainly for floods and landslides. This web platform uses open-source geospatial software and technologies, particularly the Boundless (formerly OpenGeo) framework and its client side software development kit (SDK). The main purpose of the platform is to assist the experts and stakeholders in the decision-making process for evaluation and selection of different risk management strategies through an interactive participation approach, integrating web-GIS interface with decision support tool based on a compromise programming approach. The access rights and functionality of the platform are varied depending on the roles and responsibilities of stakeholders in managing the risk. The application of the prototype platform is demonstrated based on an example case study site: Malborghetto Valbruna municipality of North-Eastern Italy where flash floods and landslides are frequent with major events having occurred in 2003. The preliminary feedback collected from the stakeholders in the region is discussed to understand the perspectives of stakeholders on the proposed prototype platform.

An interactive web-GIS tool for risk analysis: a case study in the Fella River basin, Italy

This paper presents a prototype of an interactive web-GIS tool for risk analysis of natural hazards, in particular for floods and landslides, based on open-source geospatial software and technologies. The aim of the presented tool is to assist the experts (risk managers) in analysing the impacts and consequences of a certain hazard event in a considered region, providing an essential input to the decision-making process in the selection of risk management strategies by responsible authorities and decision makers. This tool is based on the Boundless (OpenGeo Suite) framework and its client-side environment for prototype development, and it is one of the main modules of a web-based collaborative decision support platform in risk management. Within this platform, the users can import necessary maps and information to analyse areas at risk. Based on provided information and parameters, loss scenarios (amount of damages and number of fatalities) of a hazard event are generated on the fly and visualized interactively within the web-GIS interface of the platform. The annualized risk is calculated based on the combination of resultant loss scenarios with different return periods of the hazard event. The application of this developed prototype is demonstrated using a regional data set from one of the case study sites, Fella River of northeastern Italy, of the Marie Curie ITN CHANGES project.

HTML-teknologian hyödyntäminen Web-sovelluksen prototypoinnissa

Käyttöliittymä on rajapinta käyttäjän ja järjestelmän tarjoamien toimintojen välillä ja sen toimivuus vaikuttaa toimintojen suorittamiseen joko positiivisesti tai negatiivisesti. Täten sovelluksen suunnitteluvaiheessa on hyvä arvioida käyttöliittymän ja sen toimintojen laatua ja kokeilla ideoiden toimivuutta rakentamalla asiasta prototyyppejä. Prototypoinnilla voidaan tunnistaa ja korjata mahdolliset ongelmat jo suunnittelupöydällä. Tämä diplomityö käsittelee Web-sovelluksen kehityksen aikana toteutettua käyttöliittymän ja sen toimintojen prototypointia. Käyttöliittymien mallintamista voidaan toteuttaa erilaisilla menetelmillä, joita työssä käydään läpi teknologisista näkökulmista eli miten prototypointimenetelmiä voidaan soveltaa projektin eri vaiheissa. Prototypoinnin apuna käytettäviin työkaluihin luodaan lyhyt katsaus esitellen yleisellä tasolla muutamia eri sovelluskategorian ohjelmistoja ja lisäksi käsitellään suunnittelumallien hyödyntämistä. Työ osoittaa, että yleisiä prototypointimenetelmiä ja -periaatteita voidaan soveltaa Web-sovellusten prototypoinnissa. Prototypointi on hyödyllistä aloittaa luonnostelemalla ja jatkaa aikaisessa vaiheessa HTML-malleihin, joilla päästään lähelle toteutuksen teknologioita ja mallintamaan sovelluksen luonnetta, ilmettä, tuntumaa ja vuorovaikutusta. HTML-prototyypeistä voidaan jalostaa sekoitetun tarkkuuden malleja ja ne toimivat toteutuksen perustana. Jatkokehityksessä ideoita voidaan esittää useilla eri tarkkuuden tekniikoilla.

Usability Centered Implementation of a Web Based Value Added Module

Customer specific functionalities are a challenging part of procurement and invoice automation environments. In Basware Enterprise Purchase to Payment product family the customer specific reports are supported only in a basic level without any seamless interface between all EPP products. Also other customer specific functionalities are not supported as there is no customizable interface between the applications and only the most common features are implemented to the products themselves. In this thesis foundations are created for a new web based value added module where it is possible to create seamless customer specific functionalities throughout the whole EPP product family. The work is implemented in a Proof of Concept type of piloting. The system is created in user centered way where the users are able to explain their requests and determine their needs. The result is an excellent foundation for a module that can be developed further.

Web-käyttöliittymän ajonaikainen parametripohjainen luominen

Työssä tutkitaan eri tekniikoita, joilla web-käyttöliittymä voidaan toteuttaa. Tutkituista tekniikoista valitaan työn tavoitteisiin ja rajoitteisiin parhaiten soveltuvat tekniikat, joita käytetään hyväksi luotaessa varsinainen käyttöliittymäkerros olemassa olevalle web-sovellukselle. Varsinaiset käyttöliittymät luodaan automaattisesti työn aikana toteutettavalla käyttöliittymägeneraattorilla, joka käyttää hyväkseen käyttöliittymiä kuvaavia XML-kuvaustiedostoja. Tekniikoista parhaiten tarpeisiimme soveltui AJAX-lähestymistapa, joka mahdollistaa sivun osittaisen päivittämisen ja täten työpöytäsovellusmaisemman käytettävyyden nopeamman sivun päivityksen vuoksi. Käyttöliittymägeneraattorin käyttämät kuvaustiedostot puolestaan mahdollistavat käyttöliittymäkontrollien valmiin mallintamisen yleisessä kontrollikuvaustiedostossa sekä niiden helpon muokkaamisen ja sijoittelun sivu-kohtaisesti. Lisäksi käyttöliittymäkerros sisältää monipuoliset käyttöliittymäkontrollit.

Designing and Implementing Mouse Emulation to Touchscreen Operated Mobile Web Browsers

Browsing the web has become one of the most important features in high end mobile phones and in the future more and more people will be using mobile phone for web browsing. Large touchscreens improve browsing experience but many web sites are designed to be used with a mouse. A touchscreen differs substantially from a mouse as a pointing device and therefore mouse emulation logic is required in the browsers to make more web sites usable. This Master's thesis lists the most significant cases where the differences of a mouse and a touchscreen affect web browsing. Five touchscreen mobile phones and their web browsers were evaluated to find out if and how these cases are handled in them. Also as a part of this thesis, a simple QtWebKit based mobile web browser with advanced mouse emulation model was implemented, aiming to solve all the problematic cases. The conclusion of this work is that it is feasible to emulate a mouse with a touchscreen and thus deliver good user experience in mobile web browsing. However, current highend touchscreen mobile phones have relatively underdeveloped mouse emulations in their web browsers and there is a lot to improve.

Viitearkkitehtuuri Windows-sovelluksen käyttöliittymän modernisoimiseksi web-sovellukseksi

IT-järjestelmillä on tärkeä rooli organisaation liiketoiminnassa. Koska organisaation liiketoimintavaatimukset ja strategia muuttuvat ympäröivän maailman mukaan, täytyy järjestelmän arkkitehtuurin sopeutua vallitsevaan tilanteeseen sekä mahdollisiin muutoksiin lyhyellä ja pitkällä aikavälillä. Modernin web-sovelluksen arkkitehtuuri sopeutuu organisaation liiketoiminnan haasteisiin. Erityisesti hallinnolliseksi ongelmaksi organisaatiossa muodostuvat Windows-sovellukset, koska niiden ylläpito sitoo henkilöresursseja ja niiden käyttökonteksti on rajallinen. Tästä syystä organisaatiot ovat käyneet etsimään ratkaisuja kuinka korvata Windows-sovellukset web-sovelluksilla. Kustannustehokas ratkaisu on modernisoida Windows-sovelluksen käyttöliittymä web-sovellukseksi. Tämän diplomityön tavoitteena oli laatia Logica Suomi Oy yritykselle viitearkkitehtuuri Win-dows-sovelluksen käyttöliittymän modernisoimiseksi web-sovellukseksi. Työ suoritettiin Proof of Concept projektissa, jossa modernisointiin Logican pääkäyttäjäsovellus. Työn tarkoituksena oli tunnistaa laajalti käytetyt arkkitehtuurimallit ja menetelmät jotka mahdollistavat modernisoinnin toteutuksen. Lisäksi tarkoitus oli tunnistaa menetelmät ja ohjelmistot jotka mahdollistavat kustannustehokkaan ja laadukkaan web-sovelluksen kehittämisen ja toteuttamisen. Työn osatavoitteena oli laatia modernisoitavan pääkäyttäjäsovelluksen kokonaisarkkitehtuuri. Työn tuloksena saatiin viitearkkitehtuuri jota voidaan käyttää ja hyödyntää ohjelmistokehitysprojekteissa, asiakkaan dokumentaatiossa, myynnissä ja markkinoinnissa. Viitearkkitehtuurissa on esitelty modernit web-teknologiat joilla on mahdollista toteuttaa web-sovellus jonka käyttökokemus vastaa Windows-sovellusta. Lisäksi tuloksena saatiin pääkäyttäjäsovelluksen kokonaisarkkitehtuuri, jonka tärkeimpiä tuloksia ovat modernisoinnin tavoitetila ja sovellusarkkitehtuuri. Tärkeimpiä jatkotoimenpiteitä ovat viitearkkitehtuuriin pohjautuvan modernisointiviitekehyksen laadinta sekä modernisointiprojektin arviointiin käytettävien mittareiden määrittely, suunnittelu ja toteutus. Relevanttien mittareiden avulla voidaan todeta, vastaako modernisoitu sovellus organisaation liiketoimintavaatimuksia ja strategiaa.

Model-View-Controller architectural pattern and its evolution in graphical user interface frameworks

Model-View-Controller (MVC) is an architectural pattern used in software development for graphical user interfaces. It was one of the first proposed solutions in the late 1970s to the Smart UI anti-pattern, which refers to the act of writing all domain logic into a user interface. The original MVC pattern has since evolved in multiple directions, with various names and may confuse many. The goal of this thesis is to present the origin of the MVC pattern and how it has changed over time. Software architecture in general and the MVC’s evolution within web applications are not the primary focus. Fundamen- tal designs are abstracted, and then used to examine the more recent versions. Prob- lems with the subject and its terminology are also presented.