Estudo numérico da interação de ondas com um quebra-mar poroso utilizando o código IHFOAM

A presente dissertação tem como principal objetivo a validação da ferramenta IHFOAM do código OpenFOAM para problemas de interação de ondas com estruturas costeiras porosas, concretamente a interação de ondas com o quebra-mar poente do porto de pesca de Albufeira. Numa primeira parte deste trabalho analisa-se o comportamento do código com malhas de diferentes tipos, mais especificamente, estuda-se os efeitos sobre o escoamento de uma malha não estruturada no meio poroso em relação a uma malha estruturada. Isto é de extrema importância, devido ao tempo dispensado na construção de uma malha estruturada com elementos rectangulares. É ainda estudada a dependência da simulação numérica com o modelo de turbulência. O estudo mostra que os efeitos dos diferentes tipos de malha na zona porosa influenciam pouco o escoamento, sendo aceitável o recurso a malhas não estruturadas na zona porosa, em contraste com a escolha do modelo de turbulência que se mostra muito importante para a simulação. Numa segunda parte, são calibrados os parâmetros do meio poroso usados pelo modelo numérico. Apresenta-se o método utilizado para a calibração dos parâmetros e são estudados os seus efeitos sobre o comportamento hidráulico da estrutura. O estudo é realizado com duas alturas de ondas, uma altura de onda que não gera galgamento e uma altura de onda que gera galgamento. Foram colocadas várias sondas numéricas ao longo de um canal de ondas que medem a elevação de superfície livre simulada. Para os ensaios com galgamento, mediu-se a altura da água galgada e o volume galgado, podendo-se assim estudar os efeitos dos parâmetros do meio poroso do quebra-mar sobre o galgamento. A calibração sequencial dos parâmetros mostrou-se muito eficaz, gerando resultados muito bons. Ao longo do estudo entende-se a forte dependência do comportamento hidrodinâmico da estrutura, dos parâmetros e a necessidade de os calibrar, para cada caso estudado. Conclui-se que o IHFOAM é muito interessante para o estudo numérico de interação de onda-estrutura porosa, obtendo resultados satisfatórios para a superfície livre dentro e fora do quebra-mar. O galgamento, sendo um processo muito rápido, foi razoavelmente simulado e captado pelo código.

Development of computational tools for the integrated analysis of DNA microarray data with applications in cancer research

The MAP-i Doctoral Program of the Universities of Minho, Aveiro and Porto

HPV- detección por técnicas de patología molecular

Se trabaja con materiales de citologías y biopsias de cervix uterino en un grupo de pacientes controles biopsiados por otras sospechas clínicas sin diagnóstico clínico, colposcópico ni citológico de presunción de infección por HPV, y tres grupos de pacientes problemas, scorizados como presuntamente negativos, presuntamente sospechosos y presuntamente infectados, basados en presencia de cortes histológicos de acantosis, hiperplasia de células basales y asas capilares, coilocitorisis, cambios nucleares, binucleación y disqueratosis. Se correlacionan las biopsias con los estudios citológicos; sobre los cortes histológicos se procede a efectuar técnicas de hibridización in situ con sondas Innogenex para los virus 6-11, 6-18, grupo del 30. Se han estudiado las asociaciones del HPV en cervix con otras patologías (especialmente infecciosas) en nuestro medio, lesiones simuladoras de infección por el HPV y se trabajará en los grupos sospechosos y presuntamente infectados que sean positivos para la HIS, con marcaciones de detección de grado de actividad proliferativa para Mib1 y p53 y su relación con los subtipos virales. En las lesiones intraepiteliales relacionadas con el HPV se investigarán en la lesión y en la mucosa vecina receptores estrogénicos y progestacionales para tratar de determinar si la infección viral afecta la expresión de estos receptores.

Glicoconjugados en el Sistema Nervioso Central en desarrollo

Se continúa con el estudio de la biosíntesis y expresión de glicoconjugados en el desarrollo del Sistema Nervioso Central de aves y mamíferos. La diferenciación de las células neurales va acompañada por variaciones en las actividades de gangliósido glicosiltransferasas claves. Dichas variaciones contribuyen a generar cambios importantes en la calidad de los gangliósidos de la superficie celular. En este proyecto se trata de: I) Examinar los diferentes niveles potenciales de control de la actividad de estas enzimas, como así también del complejo mecanismo de transporte intracelular que culmina con la síntesis y localización celular del producto terminado. II) Indagar el proceso que vincula los diferentes compartimentos metabólicos que operan durante la biosíntesis y/o reciclado. III) Estimar los niveles de transcriptos para la N-acetilgalactosaminiltransferasa de cerebro de pollo, usando sondas de cDNA apropiadas. IV) Estimar la cantidad de proteína enzimática y determinar su ubicación celular y subcelular utilizando anticuerpos obtenidos contra la enzima expresada como proteína de fusión en células pro- o eucariotas. V) Examinar el efecto de la transformación de células COS-7 y/o NIH3T3 con oncogenes o protooncogenes constitutivamente activados sobre el metabolismo de sus gangliósidos. VI) Determinar condiciones para optimizar la obtención de gangliósidos de potencial aplicación en la terapia de melanomas y también de derivados de ácido siálico inhibidores de neuraminidasa, de potencial aplicación para limitar las patologías generadas por el virus de la influenza o gripe.

Aspectos moleculares del metabolismo de colina en Pseudomona aeruginosa

Con la realización de este proyecto se pretende contribuir al conocimiento del metabolismo de colina y de otros compuestos de amonio cuaternario en Pseudomonas aeruginosa . Se enfocará el estudio mediante el abordaje microbiológico y molecular. Se buscarán, mediante mutagénesis química y transposicional, cepas bacterianas alteradas en el metabolismo de colina. Se tendrán en cuenta las que presenten fenotipos negativos en su capacidad de producir fosfatasa ácida, de transportar colina y de osmoprotegerse con betaína. Se caracterizarán las mutantes obtenidas anteriormente a este proyecto (cepa Pa10 y Pa5, afectadas en actividad betaína homocisteína metiltransferasa y colinesterasa, respectivamente) y las próximas por obtener en el laboratorio. Se procederá al análisis molecular mediante el rescate del gen interrumpido por Tn5-751 o Tn5-phoA. Se construirán sondas específicas para tal fin. Se realizarán estudios de complementación en E. coli DH5, utilizando vectores adecuados, mediante técnicas ampliamentes citadas en la bibliografía. Nuestra principal intención es demostrar si existe una relación entre los operones involucrados en la degradación de colina (genes chu), la síntesis de ChE, Ac.Pasa y PLC con los regulones involucrados en la disponibilidad de fosfato (Pho) y de nitrógeno (Ntr).

Estudios genético-poblacionales en especies de interés sanitario

Se reúnen en esta presentación tres proyectos relacionados que vienen desarrollándose desde hace varios años con subsidios independientes de ese Consejo. Los tres refieren a estudios genético poblacionales de especies de interés sanitario. Los temas son los siguientes: Tema I. Estudios de poblaciones de roedores Cricétidos. Tema II. Estudios de variabilidad genética en Aedes albifasciatus (Diptera, Culicidae). Tema III. Estudios de polimorfismo enzimático en aislamientos de Trypanosoma cruzi. En todos los casos se obtendrán muestras de poblaciones en distintas regiones del país y en ellas se realizará: a) análisis de polimorfismo enzimático detectable mediante técnicas de electroforesis en geles. b) Determinación de frecuencias alélicas, proporción de loci polimórficos y heterocigosis media por locus. c) Cálculo de Nm, estimador del grado de intercambio génico entre poblaciones de una especie. d) Cálculo de distancia genética y similitud entre poblaciones. e) Amplificación de DNA mitocondrial (tema II) y DNA quinetoplástico de minicírculos (tema III) y posterior caracterización por RFLP y sondas de DNAc.

Determinación analítica de compuestos orgánicos en complejos huésped-receptor

Los complejos Huésped-Receptor son supermoléculas en las cuales se producen interacciones específicas que modifican las propiedades físicas y químicas de los sustratos incluidos. Dentro de los receptores más comunes para compuestos orgánicos se encuentran los éteres corona y sus derivados, las ciclodextrinas y los metaciclofanos. Estudios fotofísicos y fotoquímicos con estos receptores indican que los sustratos orgánicos incluidos experimentan un notable incremento de sus propiedades luminiscentes. Un gran número de compuestos orgánicos que son de interés en varios campos como el biológico, farmacéutico y agroquímico presentan estructuras derivados en núcleos como el indólico, naftalénico o benzofuránico que tienen propiedades fluorescentes. Se considera interesante desarrollar métodos analíticos sensibles para la determinación de compuestos orgánicos que presentan estructuras derivadas de estos núcleos, haciendo para ello uso del incremento en la propiedad fluorescente de los mismos en presencia de agentes acomplejantes. Se determinarán las condiciones más favorables para la detección por fluorescencia en presencia de los receptores que muestren la mayor interacción con cantidades límites de compuestos como serotonina (hormona), metatonina (fármaco), carbaryl y carbofuran (pesticidas), cuya determinación por otros métodos (espectofotometría UV-Visible, cromatografía líquida de alta presión) es engorrosa, poco sensible o requiere reacciones de derivatización para su mejor cuantificación. (...) La importancia potencial de este proyecto es el desarrollo de técnicas analíticas sensibles para la determinación de compuestos orgánicos que tienen importancia fundamental en la detección de algunas enfermedades o trastornos funcionales, como el caso de las hormonas o de determinados psicofármacos como alcaloides, y en la toxicidad de ciertos alimentos vegetales que pueden contener residuos de herbicidas o sus metabolitos en frutos y semillas. (...)

Identificación de genotipos de aislamientos de Trypanosoma cruzi mediante análisis de ADN

El estudio mediante zimogramas electroforéticos de extractos de Trypanozoma cruzi /i> aislados de humanos, animales domésticos y selváticos y de vectores procedentes de toda el área endémica de Argentina, permitió reconocer la existencia de 12 zimodemos (z) o "cepas isoenzimáticas". De los zimodemos aislados de hospederos humanos, sólo dos Z1 y Z12 se encuentran con gran frecuencia y tienen amplia distribución geográfica. Se ha observado una correlación significativa entre el zimodemo del parásito infectante y el cuadro clínico. El compromiso cardíaco es significativamente mayor en pacientes con Z12 que en aquellos con Z1. Por esta razón, la tipificación de la cepa infectante puede ser útil con fines pronósticos. Sin embargo, la metodología utilizada para la determinación del zimodemo es muy laboriosa e insume mucho tiempo, lo que reduce las posibilidades de aplicación clínica. Dada la similitud del agrupamiento obtenido por el análisis de los zimodemos y del ADNk, los problemas de la caracterización isoenzimática de aislamientos pueden ser evitados mediante estudio del ADN del parásito. (...) Objetivo general Identificación de zimodemos de Trypanosoma cruzi mediante análisis de ADN. Objetivos específicos a) Aislamientos de T. cruzi de pacientes chagásicos crónicos con diferentes cuadros clínicos serán caracterizados utilizando isoenzimas como marcadores genéticos. b) Se establecerá la relación entre la sintomatología observada en cada caso y el zimodemo al cual pertenecen los parásitos aislados. c) A partir del ADN aislado se procederá a: 1. Amplificación de segmentos de ADN al azar dando lugar a fragmentos de ADN que permitan identificar los diferentes zimodemos. 2. Hibridización con sondas de ADN, lo que permitiría identificar el zimodemo al que pertenecen los parásitos de dicho aislamiento. 3. Amplificar, mediante PCR, la región HVRm de T. cruzi directamente en muestras biológicas y proceder a su tipificación con sondas específicas.

Fotoquímica de moléculas de interés biológico y/o tecnológico. Estudios en medios homogéneos y microheterogéneos

Se estudiará, desde el punto de vista cinético, mecanístico y de identificación de fotoproductos, la fotoquímica de compuestos de interés biológico y/o tecnológico. En particular se estudiarán los procesos de degradación directa y fotoinducida de vitaminas y aromatizantes. Además se investigará sobre la fotoquímica y fotofísica de moléculas fotocrómicas con posibles aplicaciones como memorias ópticas o interruptores moleculares y se comenzará con el desarrollo de nanodispositivos fluorescentes destinados a la detección y cuantificación de especies reactivas de oxígeno. En todos los casos se hará especial énfasis en la elaboración de generalizaciones, basadas en relaciones estructura-reactividad, para familias o grupos de compuestos relacionados, que adviertan acerca de probables procesos fotoquímicos. Estos procesos pueden deberse a absorción lumínica directa por parte del sustrato o bien a reacciones fotosensibilizadas (ante fotoirradiación con luz natural medioambiental) en las que el receptor primario de la luz es un compuesto acompañante, que directa o indirectamente produce especies reactivas que afectan al sustrato en cuestión. Una variante de este segundo proceso es que el mismo sustrato actúe como fotosensibilizador. Los estudios se realizarán en medios homogéneos y microheterogéneos, con el fin, en el segundo caso, de modelar determinados medioambientes de reacción para los diferentes sustratos, o bien de modificar o proveer nuevas propiedades a los compuestos de interés.

Aspectos bioquímicos y celulares de la reproducción de los vectores de la enfermedad de Chagas: regulación e importancia fisiológica. Biochemical and cellular aspects of the reproduction of Chagas’ disease vectors: regulation and physiologycal impact

En la hipótesis de trabajo del presente proyecto se considera la importancia del metabolismo de lípidos y proteínas en los insectos hematófagos, en particular en los vectores de la enfermedad de Chagas, para afrontar exitosamente la demanda energética de la reproducción. Las hembras de estas especies pueden ingerir una comida de sangre abundante en lípidos y proteínas, los que son modificados en el intestino para su utilización y posterior almacenamiento en estructuras organizadas en el tejido ovárico, sustentando así el rápido crecimiento de los ovocitos. Estos aspectos resultan críticos para el ciclo de vida del insecto y para el mantenimiento de la cadena epidemiológica de la enfermedad. En estas especies, recientemente hemos caracterizado a nivel bioquímico y celular la interacción entre lipoproteínas y tejidos [Fruttero y col., Insect Biochem. Mol. Biol. 39: 322-331 (2009); Fruttero y col. Biocel 33 (3): 260 (2009)] y las fases del ciclo reproductivo [Aguirre y col., J. Insect Physiol. 54: 393-402 (2008)]. No obstante, los factores que participan en su regulación son aún escasamente conocidos. En este contexto, el estudio propone emplear dos especies de triatominos con el objeto de: (1) caracterizar los factores involucrados en la formación y regulación de reservas nutricionales en los ovocitos; (2) analizar los eventos que participan en la regresión del tejido ovárico: atresia folicular y mecanismos de muerte celular. (3) evaluar el impacto de productos naturales (ureasas vegetales y péptidos derivados) en el desarrollo del tejido ovárico. Para la ejecución de los objetivos se llevarán a cabo ensayos in vivo e in vitro con trazadores fluorescentes, fraccionamiento subcelular, estudios de expresión de proteínas (mRNA y proteína), estudios histo-morfológicos, ultraestructurales e inmunocitoquímicos, microscopía láser confocalizada, ensayos de actividad enzimática, ELISA, western-blot, electroforesis bidimensional, espectrometria de masas en tándem, etc. También se evaluarán los mecanismos de muerte celular (apoptosis/autofagia) mediante microscopía electrónica, detección de apoptosis in situ (TUNEL), inmunofluorescencia, etc. Los resultados obtenidos permitirán un mejor conocimiento sobre la fisiología y bioquímica de estos vectores, los que resultan indispensables en el diseño de nuevas estrategias para su control. Debido a la carencia de un tratamiento específico para la enfermedad y a la falta de métodos preventivos (vacuna), el control del vector es una de las vías más importantes para reducir la incidencia de la enfermedad. Actualmente, la situación socio-económica que sufren amplios núcleos de nuestra población propicia condiciones de vida que facilitan la reproducción de los vectores y la transmisión vectorial del parásito. El estudio permitirá además explorar aspectos bioquímicos y celulares básicos, generando conocimientos que podrían ser extensivos a otros insectos de importancia económica en la ganadería y/o agricultura. The aim of this project is to analyze the biochemical and cellular events involved in the lipid and protein metabolism in Chagas' disease vectors, and to evaluate their impact on the physiology of reproduction, particularly in the formation of nutritional resources in developing oocytes. At present, little is known about these critical aspects for the life cycle of the insect and for the epidemiology of the disease. The experimental approaches, which will be carried out using two species of triatomines, were designed: (1) to characterize factors involved in the formation and regulation of nutritional resources in developing oocytes; (2) to analyze the biochemical and cellular events that play a role during the regression of ovarian tissue, including the processes of oocyte resorption and programmed cell death. (3) to evaluate the impact of natural products (ureases from jackbean and related peptides) in the development of ovarian tissue. Methods and techniques involved in the project are: in vivo and in vitro assays with fluorescent tracers, ELISA, chemical assays, enzyme activities, western-blot; protein expression (mRNA), histological techniques, immunohistochemical and ultrastructural studies. Cell death will be analyzed by detection of apoptosis in situ (TUNEL), immunofluorescence (for autophagy), among others. The results obtained from the study will offer the opportunity to explore important aspects in the biology and physiology of Chagas' disease vectors that could be of potential utility in designing alternative strategies for the control of the insect.

Possibilidades de transmissão e vias de inoculação da lepra murina em ratos e outros animais

1) O A. revê as vias de infecção naturais e os processos de inoculações empregados em ratos, no estudo da lepra murina. 2) Na natureza, o contacto prolongado de animal sadio com doente e a infecção por via gástrica devem ser os modos comuns de contaminação. 3) Foram encontrados dentro do Polyplax spinulosa (Burmeister) capturados em ratos leprosos, bacilos ácido álcool resistentes. Tentativas de cultura com êste material, foram infrutíferas. 4) O A. infectou ratos colocando no estômago, por meio de sondas de vidro, material leproso. Em cinco animais, todos se infectaram. 5) Por via subcutânea e por via intraperitoneal, a infecção se processa em quase 100% dos casos. 6) Foi possível infectar gambás (Didelphis aurita) com lepra murina. Êsses animais provavelmente são mais suscetíveis à lepra dos ratos que à humana. 7) Conseguiu-se infectar pinto por inoculação de emulsão de lepra murina no músculo do peito, por via intraperitoneal e por via gástrica. 8) Pombos também se infectaram após inoculação no músculo do peito e por via venosa.

Pigmentos de Triatomideos brasileiros

Os extratos em metanolºHCL e amônia-mercaptoetanol de conexivos de Triatomídeos examinados apresentaram espectros de absorção no visível com máximo único e nítido em 400 nm. A cromatografia em camada fina de silica-gel e em papel revelou a pesença de pterinas fluorescentes à luz ultravioleta filtrada em 365 nm a julgar pelos Rf comparados com os de pterinas padrões.

Toxoplasmose humana adquirida através da ingestão de leite de cabra

A ocorrência de toxoplasmose aguda em três membros de uma mesma família foi relacionada à ingestão de leite de cabra, não pasteurizado e nem fervido. As cabras eram criadas soltas no peridomicílio para fornecimento de leite. Anticorpos fluorescentes anti-Toxoplasma foram detectados nos quinze animais examinados, sendo que oito caprinos apresentaram títulos superiores a 1:1024 e nas cinco cabras lactantes estes títulos variaram de 1:1024 a 1:32.768. Taquizoitos foram isolados, por inovulação em camundongos, do leite de uma destas cabras. Os cães criados na mesma casa não apresentaram sintomas de toxoplasmose apesar de ter ocorrido perda de ninhada de uma cadela; em todos os cães foram detectados baixos níveis de anticorpos. Foi considerada menos provável a possibilidade de que as infecções humanas pudessem ser devido à ingestão de alimentos contaminados com oocistos.

Aplicación de técnicas de citogenética molecular para la detección de aneuploidía y clastogenicidad en células humanas expuestas a arsénico

Los objetivos de esta investigación son: a) Determinar la potencialidad genotóxica de diversos compuestos de arsénico (incluyendo inorgánicos y sus formas metiladas) con el ensayo de micronúcleos utilizando cultivos de células humanas; y b)Estudiar la posible acción aneugénica y clastogénica de los compuestos analizados, determinando el origen de los micronúcleos inducidos mediante la técnica FISH, utilizando sondas pancentroméricas.

Diagnóstico rápido de citomegalovirus (CMV) en pacientes inmunocomprometidos mediante anticuerpos monoclonales que reconocen proteinas precoces virales

Se aplicó la técnica de detección de antigenos precoces fluorescentes (DAPF) usando el anticuerpo monoclonal E-13 McAb, mediante el cual se lograron detectar 15 casos positivos a CMV de 75 muestras de orina o sangre ("buffy coat") tomadas de 52 pacientes inmunocomprometidos ingresados en el Instituto de Nefrología de ciudad Habana. Aplicando las técnicas clásicas de aislamiento en fibroblastos humanos diploides (MRC-5), se lograron aislar 12 cepas de CMV de casos previamente positivos por DAPF; lográndose además un aislamiento en una muestra reportada negativa por fluorescencia. Se observó una coincidencia de un 80% entre ambas técnicas. Se detectó la presencia de anticuerpos IgG contra CMV en todos los casos estudiados, utilizando para ello la técnica ELISA.