Bioinformática: consultas cruzadas a bases de datos biomédicas remotas

En la presente memoria se detallan con exactitud los pasos y procesos realizados para construir una aplicación que posibilite el cruce de datos genéticos a partir de información contenida en bases de datos remotas. Desarrolla un estudio en profundidad del contenido y estructura de las bases de datos remotas del NCBI y del KEGG, documentando una minería de datos con el objetivo de extraer de ellas la información necesaria para desarrollar la aplicación de cruce de datos genéticos. Finalmente se establecen los programas, scripts y entornos gráficos que han sido implementados para la construcción y posterior puesta en marcha de la aplicación que proporciona la funcionalidad de cruce de la que es objeto este proyecto fin de carrera.

Planificación y gestión de las herramientas de SCM aplicadas a un proyecto de desarrollo

El software es fácil de cambiar, demasiado fácil, las herramientas de Software Configuration Management, nos permiten conseguir que un determinado proyecto sea estable y trazable, siempre y cuando estas se usen debidamente. Tampoco el uso de estas herramientas es sencillo. El objetivo de nuestro proyecto es el de implementar una herramienta que haga de nexo entre el desarrollador y todas las herramientas de desarrollo para asegurar que los cambios son consistentes.

Disseny i proposta d' implementació d'un model formatiu per a la iniciació professional i el mentoratge del professorat de secundària

En estudis anteriors al que ara us proposem i en diferents articles realitzats pels components d’aquest grup de recerca s’ha constatat que el professorat que ha d’atendre grups d’alumnes amb adaptacions curriculars, programes d’iniciació professional, alumnes amb difícil inclusió acadèmica i escolar que aquests docents haurien de rebre una formació psicopedagògica per adequar-se al trets característics dels alumnes i per aplicar una metodologia que desperti en els alumnes la il•lusió per seguir formant-se i les estratègies organitzatives i de planificació per fer un ensenyament de qualitat. El professorat ha d’adquirir una sèrie de competències que li permetin donar resposta a les necessitats dels alumnes. Estudis previs constaten que hi ha una gran necessitat pel que fa a les competències personals i participatives per sobre de les tècniques. Tot i que també és molt important apostar per les metodològiques. Aquesta formació l'haurà de rebre al llarg de la seva acció docent i està lliga amb el concepte Lifelong learning que es proposa arreu de la Unió Europea con un dret i una obligació per aconseguir la constant adequació a les demandes socials i a les necessitats personals, així com assolir la progressió professional i l’accés a noves etapes educatives:No hi ha dubte que una professió com la docent que requereix un domini competencial tan exigent desvetlla la curiositat per iniciar recerques i la necessitat d’esmerçar esforços per facilitar que tingui èxit la inserció dels nous professors i professores en l’entorn socioeducatiu durant el període llindar. Cal saber què passa, què ocupa i què preocupa a Europa en relació al professorat i a la seva formació, sobretot que cal desenvolupar en el període previ i com es facilita la transició des d’aquesta formació inicial per assolir una ràpida i eficaç inserció a la professió docent.   

Innovació tecnològica a la construcció subterrània

Report for the scientific sojourn carried out in the International Center for Numerical Methods in Engineering (CIMNE) –state agency – from February until November 2007. The work within the project Technology innovation in underground construction can be grouped into the following tasks: development of the software for modelling underground excavation based on the discrete element method - the numerical algorithms have been implemented in the computer programs and applied to simulation of excavation using roadheaders and TBM-s -; coupling of the discrete element method with the finite element method; development of the numerical model of rock cutting taking into account of wear of rock cutting tools -this work considers a very important factor influencing effectiveness of underground works -.

Marine biotoxins in the Catalan littoral: could biosensors be integrated into monitoring programmes?

Aquest article descriu els sensors enzimàtics i immunosensors electroquímics que s’han desenvolupat als nostres grups per a la detecció de la biotoxina marina àcid okadaic (OA), i discuteix la possibilitat d’integrar-los en programes de seguiment. Els sensors enzimàtics per a OA que es presenten es basen en la inhibició de la proteïna fosfatasa (PP2A) per aquesta toxina i la mesura electroquímica de l’activitat enzimàtica mitjançant l’ús de substrats enzimàtics apropiats, electroquímicament actius després de la seva desfosforació per l’enzim. Els immunosensors electroquímics descrits en aquest article es basen en un enzimoimmunoassaig sobre fase sòlida competitiu indirecte (ciELISA), amb fosfatasa alcalina (ALP) o peroxidasa (HRP) com a marcatges, i un sistema de reciclatge enzimàtic amb diaforasa (DI). Els biosensors presentats aquí s’han aplicat a l’anàlisi de dinoflagel·lats, musclos i ostres. Les validacions preliminars amb assaigs colorimètrics i LC-MS/MS han demostrat la possibilitat d’utilitzar les bioeines desenvolupades per al cribratge preliminar de biotoxines marines en mostres de camp o de cultiu, que ofereixen informació complementària a la cromatografia. En conclusió, tot i que encara cal optimitzar alguns paràmetres experimentals, la integració dels biosensors a programes de seguiment és viable i podria proporcionar avantatges respecte a altres tècniques analítiques pel que fa al temps d’anàlisi, la simplicitat, la selectivitat, la sensibilitat, el fet de poder ser d’un sol ús i l’efectivitat de cost. This article describes the electrochemical enzyme sensors and immunosensors that have been developed by our groups for the detection of marine biotoxin okadaic acid (OA), and discusses the possibility of integrating them into monitoring programmes. The enzyme sensors for OA reported herein are based on the inhibition of immobilised protein phosphatase 2A (PP2A) by this toxin and the electrochemical measurement of the enzyme activity through the use of appropriate enzyme substrates, which are electrochemically active after dephosphorylation by the enzyme. The electrochemical immunosensors described in this article are based on a competitive indirect Enzyme- Linked ImmunoSorbent Assay (ciELISA), using alkaline phosphatase (ALP) or horseradish peroxidase (HRP) as labels, and an enzymatic recycling system with diaphorase (DI). The biosensors presented herein have been applied to the analysis of dinoflagellates, mussels and oysters. Preliminary validations with colorimetric assays and LC-MS/MS have demonstrated the possibility of using the developed biotools for the preliminary screening of marine biotoxins in field or cultured samples, offering complementary information to chromatography. In conclusion, although optimisation of some experimental parameters is still required, the integration of biosensors into monitoring programmes is viable and may provide advantages over other analytical techniques in terms of analysis time, simplicity, selectivity, sensitivity, disposability of electrodes and cost effectiveness.

Comparativa de la publicitat radiofònica entre Espanya i Itàlia. Estudi de les emissores Els 40 Principals y Radio Deejay

El treball final de carrera “Comparativa de la publicitat radiofònica entre Espanya i Itàlia. Estudi de les emissores Els 40 Principals i Radio Deejay”, és un anàlisi que pretén, mitjançant un estudi de cas de dues emissores de radiofórmula privades i nacionals, una espanyola i una italiana, comparar la publicitat radiofònica entre Espanya i Itàlia en cadenes musicals. L’estudi analitza la història, el target, la programació, la publicitat i les tarifes en cada una de les dues emissores per tal de trobar les semblances i diferències entre elles. La recerca es centra amb l’anàlisi dels tipus d’anunciants, l’estructura dels espais i formats publicitaris i l’anàlisi de la publicitat emesa en cada emissora en la franja horària del matí. Se n’extreuen conclusions que utilitzem com a referència per veure si a Espanya i a Itàlia aquest tipus d’emissores de ràdio usen les mateixes estratègies organitzatives i creatives, veure si en el passat i el present han seguit i segueixen un mateix camí o no.

Políticas sociolaborales en las comunidades autónomas de Madrid y Canarias

Aquest Treball de Fi de Carrera (TFC) analitza i avalua les polítiques sociolaborals de dos comunitats autònomes: Madrid i Canàries. Per realitzar-lo s’ ha investigat tant a nivell qualitatiu com quantitatiu, les politiques sociolaborals que es desenvolupant en les dos comunitats per mitja dels plans y programes d’ actuació, realitzats per les seves Consegeries de Govern. Per realitzar l'estudi quantitatiu de cada comunitat autònoma, s’ ha calculat i analitzat a nivell estadístic, les polítiques sociolaborals, per mitjà d'unes variables i ràtios determinats. Els programes que s' analitzen en aquest estudi són el Pla de Formació Professional que ve desenvolupant la Comunitat de Madrid durant els últims anys, i el Pla per a la Dona a Canàries.

La revolución energética cubana en la UCLV: ¿un paso en el camino hacia la sostenibilidad?. Parte I: Análisis de los impactos ambientales

La Revolución Energética Cubana (REC) surge de las necesidades de resolver la situación social y económica de Cuba, sumergida en una crisis energética con constantes apagones que limitaban por completo todo desarrollo del país. La REC (2006) se basa en los principios de la autosuficiencia energética, el ahorro y uso racional de la energía, y el incremento de la eficiencia en todos los aspectos. En el presente trabajo se realiza el análisis de la sostenibilidad socio-ambiental de la REC en la Universidad Central Marta Abreu de Las Villas (UCLV), ubicada en Santa Clara (Cuba). La valoración se ha efectuado mediante el análisis de los impactos ambientales y sociales en dos estudios paralelos que se complementan aplicando la técnica de conmensurabilidad débil. El conjunto de los programas de la REC han propiciado mejoras en el suministro eléctrico y en el ahorro energético, disminuyendo en un 44% las emisiones de CO2, a pesar del incremento en la actividad docente y en la flota de equipos. Las medidas adoptadas han incidido en la calidad de la docencia, las condiciones de vida, la concienciación y la participación de la población, dando lugar a un impacto social positivo. De esta manera, el balance global de la REC es positivo ya que ha permitido el desarrollo de la UCLV sin incrementar los impactos ambientales, por lo que se puede considerar un paso en el camino hacia la sostenibilidad socio-ambiental.

La revolución energética cubana en la UCLV: ¿un paso en el camino hacia la sostenibilidad?. Parte II: Análisis de los impactos sociales

La Revolución Energética Cubana (REC) surge de las necesidades de resolver la situación social y económica de Cuba, sumergida en una crisis energética con constantes apagones que limitaban por completo el desarrollo del país. La REC (2006) es un conjunto de medidas basadas en los principios de la autosuficiencia energética, el ahorro y uso racional de la energía, y el incremento de la eficiencia en todos los aspectos. En el presente trabajo se realiza el análisis de la sostenibilidad socio-ambiental de la REC en la Universidad Central Marta Abreu de las Villas (UCLV), ubicada en Santa Clara (Cuba). La valoración se ha efectuado mediante el análisis de los impactos ambientales y sociales en dos estudios paralelos que se complementan aplicando la técnica de conmensurabilidad débil. El conjunto de los programas de la REC han propiciado mejoras en el suministro eléctrico y en el ahorro energético, disminuyendo en un 30% las emisiones de CO2, a pesar del incremento en la actividad docente y en la flota de equipos, en la universidad. Las medidas adoptadas han incidido en la calidad de la docencia, las condiciones de vida, la concienciación y la participación de la población, dando lugar a un impacto social positivo. De esta manera, el balance global de la REC se califica de positivo ya que ha permitido el desarrollo de la UCLV sin incrementar los impactos ambientales, por lo que se puede considerar un paso en el camino hacia la sostenibilidad socio-ambiental.

Análisis de rendimiento de aplicaciones paralelas de memoria compartida: problema N-body

Este trabajo analiza el rendimiento de cuatro nodos de cómputo multiprocesador de memoria compartida para resolver el problema N-body. Se paraleliza el algoritmo serie, y se codifica usando el lenguaje C extendido con OpenMP. El resultado son dos variantes que obedecen a dos criterios de optimización diferentes: minimizar los requisitos de memoria y minimizar el volumen de cómputo. Posteriormente, se realiza un proceso de análisis de las prestaciones del programa sobre los nodos de cómputo. Se modela el rendimiento de las variantes secuenciales y paralelas de la aplicación, y de los nodos de cómputo; se instrumentan y ejecutan los programas para obtener resultados en forma de varias métricas; finalmente se muestran e interpretan los resultados, proporcionando claves que explican ineficiencias y cuellos de botella en el rendimiento y posibles líneas de mejora. La experiencia de este estudio concreto ha permitido esbozar una incipiente metodología de análisis de rendimiento, identificación de problemas y sintonización de algoritmos a nodos de cómputo multiprocesador de memoria compartida.

Performance analysis and tuning in multicore environments

Performance analysis is the task of monitor the behavior of a program execution. The main goal is to find out the possible adjustments that might be done in order improve the performance. To be able to get that improvement it is necessary to find the different causes of overhead. Nowadays we are already in the multicore era, but there is a gap between the level of development of the two main divisions of multicore technology (hardware and software). When we talk about multicore we are also speaking of shared memory systems, on this master thesis we talk about the issues involved on the performance analysis and tuning of applications running specifically in a shared Memory system. We move one step ahead to take the performance analysis to another level by analyzing the applications structure and patterns. We also present some tools specifically addressed to the performance analysis of OpenMP multithread application. At the end we present the results of some experiments performed with a set of OpenMP scientific application.

GAPS: generador de aplicaciones sintéticas

Gaps es un generador de aplicaciones sintéticas de estructura compuesta Master/Worker de pipelines. Para crear una aplicación sintética, el investigador utilizará Gaspar, que recibe un fichero de texto con los parámetros de la aplicación a generar: cantidad de workers, etapas, tamaño de mensaje a enviar, etc., y genera un fichero con las propiedades de cada etapa. A partir de estos datos, Gaps, que esta hecho en C con MPI, genera y ejecuta la aplicación paralela. Estas aplicaciones se utilizan para comprobar en un entorno real los estudios analíticos que constituyen el modelo de rendimiento y sintonización dinámica.

Análisis y sintonización de aplicaciones paralelas/distribuidas de bioinformática: caso de estudio mpiBLAST

En termes de temps d'execució i ús de dades, les aplicacions paral·leles/distribuïdes poden tenir execucions variables, fins i tot quan s'empra el mateix conjunt de dades d'entrada. Existeixen certs aspectes de rendiment relacionats amb l'entorn que poden afectar dinàmicament el comportament de l'aplicació, tals com: la capacitat de la memòria, latència de la xarxa, el nombre de nodes, l'heterogeneïtat dels nodes, entre d'altres. És important considerar que l'aplicació pot executar-se en diferents configuracions de maquinari i el desenvolupador d'aplicacions no port garantir que els ajustaments de rendiment per a un sistema en particular continuïn essent vàlids per a d'altres configuracions. L'anàlisi dinàmica de les aplicacions ha demostrat ser el millor enfocament per a l'anàlisi del rendiment per dues raons principals. En primer lloc, ofereix una solució molt còmoda des del punt de vista dels desenvolupadors mentre que aquests dissenyen i evaluen les seves aplicacions paral·leles. En segon lloc, perquè s'adapta millor a l'aplicació durant l'execució. Aquest enfocament no requereix la intervenció de desenvolupadors o fins i tot l'accés al codi font de l'aplicació. S'analitza l'aplicació en temps real d'execució i es considra i analitza la recerca dels possibles colls d'ampolla i optimitzacions. Per a optimitzar l'execució de l'aplicació bioinformàtica mpiBLAST, vam analitzar el seu comportament per a identificar els paràmetres que intervenen en el rendiment d'ella, com ara: l'ús de la memòria, l'ús de la xarxa, patrons d'E/S, el sistema de fitxers emprat, l'arquitectura del processador, la grandària de la base de dades biològica, la grandària de la seqüència de consulta, la distribució de les seqüències dintre d'elles, el nombre de fragments de la base de dades i/o la granularitat dels treballs assignats a cada procés. El nostre objectiu és determinar quins d'aquests paràmetres tenen major impacte en el rendiment de les aplicacions i com ajustar-los dinàmicament per a millorar el rendiment de l'aplicació. Analitzant el rendiment de l'aplicació mpiBLAST hem trobat un conjunt de dades que identifiquen cert nivell de serial·lització dintre l'execució. Reconeixent l'impacte de la caracterització de les seqüències dintre de les diferents bases de dades i una relació entre la capacitat dels workers i la granularitat de la càrrega de treball actual, aquestes podrien ser sintonitzades dinàmicament. Altres millores també inclouen optimitzacions relacionades amb el sistema de fitxers paral·lel i la possibilitat d'execució en múltiples multinucli. La grandària de gra de treball està influenciat per factors com el tipus de base de dades, la grandària de la base de dades, i la relació entre grandària de la càrrega de treball i la capacitat dels treballadors.

Visor de mapes temàtics del servei Internet per a la consulta i publicació d’indicadors estadístics de l’Institut d’Estudis Regionals i Metropolitans de Barcelona (IERMB)

El projecte ha consistit en la construcció d’un visor de mapes temàtic com a part d’un servei Internet per a la consulta i publicació d’indicadors estadístics de l’Institut d’Estudis Regionals i Metropolitans de Barcelona (IERMB). El servei s’ha muntat amb programes de codi lliure i obert en un entorn HTML, utilitzant MapServer CGI com a servidor d’informació geogràfica i les llibreries JavaScript OpenLayers per a la implementació de les funcionalitats del servei de mapes. El visor s’ha dissenyat seguint l’estètica del Web de l’IERMB perquè l’usuari interactui amb una interfície familiar i coneguda que li faciliti l’adaptabilitat al servei donat

Empleabilidad y Adaptabilidad de los jóvenes con inteligencia límite y sus procesos de integración laboral: Hacia un modelo de formación y de orientación para su inserción en el mundo del trabajo

ii. Aquest estudi planteja un model de formació i d'orientació per la millora de l’empleabilitat i l’adaptabilitat d’un grup especialment vulnerable, els joves amb intel•ligència límit, a partir d’un procés de detecció de necessitats de les competències bàsiques i laborals exigides pel mercat de treball. El model sorgeix de l’estudi dels programes i actuacions de formació i d’orientació que els serveis locals d’ocupació i/o d'integració laboral dissenyen i desenvolupen per la inserció laboral dels joves amb intel•ligència límit en el mercat de treball obert i competitiu.